Curso HIAI Versión Julio 2009

Herramientas Informáticas de Apoyo a la Investigación (HIAI) Mariano Rico. UAM 2009

Índice
Parte 1 : Buscando referencias bibliográficas y documentos
Parte 2 : Gestores de referencias
Parte 3 : Creando artículos con gestión automática de referencias
Parte 4 : Reutilización de gráficos

Parte 1: Buscando referencias bibliográficas y documentos

Servicios UAM
http://www.uam.es/servicios/ti/servicios/

http://biblioteca.uam.es/ Opción 1 Opción 2

Buscando artículos
http://biblioteca.uam.es  Biblioteca Politécnica  Recursos de …  Bases de datos

ISI Web of Knowledge
ISI clásico ( http://portal.isiknowledge.com )
Nuevo ISI ( http://www.isi webof knowledge.com/ )
Pulsar Botón verde (Click here to access…)
Bibliotecas UAM
http://biblioteca.uam.es/  Politécnica  Recursos de…  Bases de datos  Web of Knowledge

Acceso a ISI sin estar en la UAM
Opción 1: Usar VPN (“El atajo”)
Simula estar en la UAM
Suele dar problemas de instalación
Ver las instrucciones en http://groups.google.com/group/cursoHerramInformUAM/web/acceso-a-la-uam-con-vpn
Opción 2: (desde sept 07)
Identificación manual (si falla la automática)
http://www.accesowok.fecyt.es
Usuario: univ.autmad.wok
Contraseña: o2qsgb66ur (la misma para todos los usuarios)
Correo UAM (@uam.es)

Creación de consultas en ISI

Ejemplos
TS=myoblast* AND AU=Zimmermann R*
SO=(Journal of Ecology OR Ecology Letters) AND TI=birch
#2 AND #4
(#1 OR #2) NOT #3
TS=lactose AND #1

Nuevos formatos de búsqueda (Jul 2006)

Ordenando
Por fecha (por defecto)
Por número de citas

Refinando
Desde “Search Result” pulsar “Analyze Results”
Analizar por “Subject Category” para eliminar otras disciplinas

Exportando
A “Software de referencia” (EndNote)
Selecciona el fichero de referencias (*.enl)
Las referencias son añadidas a ese fichero
Se abre EndNote
A “fichero de texto”

ISI Proceedings
No aparece núm refs, pero sí “relevancia”
¡OJO! Esta “relevancia” es realmente “grado de ajuste de cada referencia a los datos de la consulta”. Esto es:
Número de términos de la consulta
Número de veces que el término aparece
Grado de proximidad de los términos

ISI Proceedings. Cited vs. Citing
¡OJO! Una vez seleccionada la referencia, no confundid:
“ Cited references”: el num. Refs. citadas en el/por artículo) con
“ Citing Articles”: los artículos que mencionan a este. Sólo en Web of Science, aunque a veces ponen un enlace directo desde la referencia de ISI Proceedings

ISI Proceedings. View record in Web of Science Temporalmente va a “ Web of Science” Al estar en “Web of Science” podemos ver ambas

Salvando la historia de búsquedas

Novedad (Jul 2006): RSS

Análisis en ISI Proceedings
No hay análisis por “Subject category”
Interesante análisis por “Source Title”

Related Records
Si dos artículos tienen referencian a las mismas fuentes, se asume que están relacionados, aunque sus títulos, abstracts o palabras clave no hagan referencia a los mismos términos

Citation alerts
Te envían un mail cada vez que aparece un artículo citando uno de los de tu lista
Se añaden elementos a la “Cited Articles List” pinchando “Create citation alert” cuando se está viendo un Full Record.

My Journal List
Te envían un email con la tabla de contenidos de los nuevos ejemplares

Índice de impacto de una revista
En ISI ir a Journal Citation Report (JCR)
Buscar revista
Con un año de retraso
Se muestra en detalle
Cálculo del índice de impacto de la revista
Tendencia del índice de impacto
Revistas parecidas a una dada
Búsqueda de revistas por área de conocimiento

Factor-h (1/2)
Cálculo preciso del impacto de las publicaciones de un autor
Se basa en el número de veces que son citados tus artículos
ANECA/ACAP no usa este índice (aún), sino el impacto de la revista en la que se publican tus artículos
Usado ya en España para conceder (o no) proyectos según el h del investigador principal/es. Proyectos Consolider piden h> 5
Significado del factor h: Un h = 40 (media de los últimos premios nobel) significa 40 artículos con más de 40 referencias
Más información en
http://www.elpais.com/articulo/futuro/factor/h/clasificacion/cientificos/siglo/XXI/elpfutpor/20051221elpepifut_5/Tes
http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7155/full/448737a.html
http://www.nature.com/nature/journal/v436/n7053/full/436900a.html

Factor-h. (2/2)
Ejemplo
Búsqueda de AU=Rico M AND OG=Aut*
Selecciono Gomez JM, Rico M , Garcia-Sanchez F, et al.
Click en Rico M
Saca todos los artículos de ese autor (no de todos los autores Rico M). Click en “Citation Report”
Se obtiene un análisis detallado del cálculo del factor-h

Más información

SI NO ESTÁ EN ISI

Biblioteca del CSIC
Bases de datos gratuitas
http://bddoc.csic.es:8080/index.jsp
Bases de datos por suscripción (enviar formulario que aparece en sitio web. Misma URL pero 8080  8085. ¿Mejoras respecto a la gratuita?)
La mejor para humanidades (Sumarios ISOC Ciencias Sociales y Humanidades)
Aplicación Web en castellano

Humanidades
CSIC para Humanidades: Summaries ISOC - database on Social Sciences and Humanities
RESH http://resh.cindoc.csic.es/index.php
Equivalente al JCR para para revistas españolas de humanidades
LATINDEX http://www.latindex.unam.mx/
Lista de revistas hispano-americanas y españolas
DIALNET http://dialnet.unirioja.es/
Revistas de Ciencias y Humanidades. Tiene suscripciones tipo ISI

DIALNET
Búsqueda de revistas de Derecho
Búsqueda de artículos
Bajas pdf (si registrado)
Bajas referencia bibliográfica
Un poco escondido

Registro en DIALNET
Rellenar formulario y nos envía un mail para confirmar registro (unos 10 min)
“ Mi Dialnet” (sólo usuarios registrados)

Búsqueda en DIALNET (1/2)
Para usuarios registrados
Para no registrados hay una búsqueda peor

Ejemplo:
Términos de la búsqueda: “leyes”
Resultado:
Búsqueda en DIALNET (2/2)

Referencias en DIALNET (1/2)
Seleccione los artículos y pulse “Selección”. Esto se añade al “carrito”.

Referencias en DIALNET (2/2)
Para salvar las referencias del carrito
“ Selección” y seleccionar formato

Google Scholar
Buscar en Google Scholar (GS) ( http://scholar.google.com )
Agrupa no sólo artículos de revistas sino también libros (ISI no tiene libros)
Por ejemplo, este artículo apareció en GS y nos llevó al portal de la ACM

Google Scholar (1/4)
A partir del título del artículo obtenemos
Pinchando el enlace nos lleva al pdf
Agrupaciones (posiblemente el mismo artículo)
Autores. Útil para ver publicaciones del autor
Cited by. Los artículos que lo citan (aparecen típicamente más que en ISI)
Related articles. En ISI son artículos con las mismas referencias, en GS son artículos “similares” (¿palabras?)
Pueden aparecer enlaces a la BL (British Library, para comprarlo) o a bibliotecas que tienen una copia en papel

Si seleccionamos “cited by” nos sale la lista de artículos ordenada a su vez por número de citas.
Útil para ver la evolución de una idea a través de distintos autores.

Si seleccionamos autor
Saca las publicaciones del autor ordenadas por número de “cited by”

Autores con el mismo apellido

El secreto mejor guardado
Pinchar en “Scholar Preferences”
No aparece seleccionado inicialmente
Seleccionar el formato de exportación
No olvidar salvar las preferencias

DBLP
También gratis
Más de 960.000 publicaciones (Nov 07)
Revistas, congresos, libros…
http://www.informatik.uni-trier.de/~ley/db/index.html

DBLP. Búsqueda por Autor
Dado el apellido saca todos los nombres completos (nombre + apellido)
Búsqueda avanzada

DBLP. Características (1/2)
EE: Es el enlace al DOI
En el ejemplo es http://dx.doi.org/10.1007/11531371_45
Si pinchamos en él nos lleva a la fuente
En este ejemplo nos lleva a http://www.springerlink.com/content/5mkjjkmb9ch1kq8u/
El DOI es interesante guardarlo (en JabRef, por ejemplo) para tener el enlace “oficial” al documento

DBLP. Características (1/2)
Si pinchamos el número
En este ejemplo “4”
Nos lleva a la referencia BibTex
Que podemos meter en JabRef

DBLP. Otros criterios de búsqueda
Título del artículo
Nombre de la conferencia
Journal (Nombre abreviado)

INSPEC
Accesible desde la UAM

INSPEC. Búsqueda avanzada

INSPEC. Resultados

INSPEC. Búsqueda Visual

Otras fuentes. Science Direct
Exporta formato RIS (leíble por JabRef y EndNote) y RefWorks

Referencias de libros
Amatex (http://www.2ndminute.org:8080/amatex/pages/main.jsp)
Libros de Amazon  Bibtex

Parte 2: Gestores de Referencias

¿Para qué vale? (1/2)
Para tener un “cajón de referencias”
Al escribir nuestros artículos citamos siempre a los artículos de nuestro “cajón”.
Mis “amadas” referencias (se les coge cariño)
Se refinan con el tiempo, con más info en “Review” (JabRef), más detalles, …
Se clasifican y reclasifican
Tienen un “ciclo de vida” hasta quedar obsoletas
Cajón único  información centralizada

¿Para qué vale? (2/2)
Para formatear las referencias según lo indicado por la editorial
Formatos más comunes (ver monash.edu.au )
AIP American Institute of Physics
APA American Psychological Association
Chicago or notes-bibliography
Harvard or author-date
IEEE Institute of Electrical and Electronics Engineers
Turabian
Vancouver or numeric or footnote-endnote, for Biomedical publications

¿Qué gestor uso?
Los más populares son
EndNote (de pago)
RefWorks (licencia UAM)
El mejor (el que yo uso)
JabRef (gratis)

JABREF

JabRef
Es una aplicación Java Web Start (JWS)
Multiplataforma (Windows, Linux, Mac…)
Actualizaciones automáticas
Es open source
En SourceForge. Muy activo.
Página web: http://jabref.sourceforge.net
Exporta a muchos formatos
EndNote, bibTeXML, OpenOffice bibliography, …
Importa
ISI, MedLine, y otros muchos
… y Refer/EndNote
Requiere Java 1.4

JabRef.Instalación
Vía Java Web Start (JWS). La mejor opción para estar actualizado
1.- Ir a una página web con JNLP.
Lo más sencillo. Sin instalación. Click & Run. Necesita JRE instalado.
Crea un icono de acceso en el escritorio
2.- Usar el javaws de JRE (Java Runtime Env.)
Agrupa todas las aplicaciones JWS
Recomendable: Poner un icono de acceso a javaws en Start
Instalación en local
Bajar JabRef-2.2b.jar (o la versión que sea)
Ir a http://sourceforge.net/projects/jabref/
Buscar página de Dowload y navegar hasta llegar al .jar (o .exe).Descargarlo
Ejecutarlo. Un doble clic al .jar (o .exe) debería arrancar la aplicación (o el instalador).
http://jabref.sourceforge.net/documentation.php

JabRef.Instalación.javaws
Un ejecutable. Típicamente en
C:Archivos de ProgramaJavajreXXXXjavaws
Ejecutar JabRef en
Local
remoto (con comprobación de versión)
No es más lento. Sólo baja info (clases java) actualizada y ejecuta en local.
No deja (visible) nada parecido a un directorio con un ejecutable

JabRef. Ventajas
Gestiona un fichero .bib
Mismo fichero que Bibtex  útil para usuarios de Latex y CiteMaker (Adobe)
Java  Multiplataforma
Windows, Unix (Linux), Mac …
Inserta referencias en el procesador de texto
Led, WinEd, Lyx/Kile , emacs…
Comprobación de links huérfanos a ficheros
Comprobaciones de integridad
Tools  Scan Database  Integrity Check
Excelente gestión de grupos (clasificación de las referencias)

Permite insertar nuestros comentarios acerca del artículo
La búsqueda incluye el texto de Revisión
No se puede cargar en EndNote
JabRef. Revisión

Búsqueda por “todo” (cualquier campo)
Búsqueda por campos. Ejemplos:
author = Rico
title = “Web Semántica”
Operadores lógicos y paréntesis
(author = miller or title|keywords = "image processing") and not author = brown
Expresiones Regulares
author = G.mez (para Gómez y Gomez)
JabRef. Búsqueda

JabRef. Grupos
Mejor una demostración

JabRef. Gestión de duplicados En la importación Herramienta de gestión de duplicados

JabRef. DOI
www.doi.org
Sistema para asignar una URL permanente a los documentos
Aunque los documentos cambien de ubicación
Su DOI seguirá apuntando al documento
Basado en “Agencias Registradoras”
http://dx.doi.org/ Para doi  URL

JabRef y Word
No diseñado para Word. No se pueden comunicar directamente.
Comunicación indirecta:
Se puede convertir a EndNote y de ahí a Word
Se puede usar un plugin para Word llamado Write-N-Cite (de RefWorks (http://www.refworks.com))
Se puede cargar en RefWorks
No carga citedreferences, owner, pdf, review, timestamp
Antes obliga a generar la bibliografía en un formato intermedio (fichero .rwt). En la versión moderna ya no es necesario
http://www.uoguelph.ca/~gardnerw/research/bib.htm

JabRef vs. EndNote (1/2)
JabRef gestiona mejor la clasificación
Permite clasificar por keyword, añadiendo/borrando mis keywords (para clasificación) al meter/sacar referencias de los grupos
En EndNote se debe hacer una a una
Detección de pertenencia a varios grupos
Para un grupo seleccionado permite saber qué referencias tienen al menos una keyword común
Permite crear un conjunto de keywords “más frecuentes” útiles para clasificar (Tools -> Manage Content Selectors)
JabRef permite anotaciones (pestaña Review) de cada referencia. EndNote no.
Se permite búsqueda

JabRef vs. EndNote (2/2)
EndNote muestra el aspecto final (en el documento) de la referencia.
JabRef no lo muestra, dejando esta tarea a
bibtex en el caso de Latex
EndNote o Write-N-Cite (RefWorks) en el caso de Word

JabRef. Detalles útiles (1/2)
Directorio de archivos pdf por omisión
En pestaña “General”  Campo “Pdf”  Browse: Abrirá ese directorio inicialmente
Se almacena únicamente el nombre del fichero pdf (sin el path completo)
Útil si cambiamos el directorio de archivos pdf

JabRef. Detalles útiles (2/2)
Búsqueda en Bases de Datos Bibliográficas
MedLine. Para medicina
CiteSeer. Para Computer Science (no me funciona a veces)
IEEEXplore. Ciencias e ingeniería
Incorpora los resultados encontrados a nuestra BD

JabRef. Comunicación con EndNote
Conversiones:
JabRef  EndNote SÍ
EndNote  JabRef NO
JabRef  EndNote. Dos opciones:
En Jabref  File  Export  EndNote y cargar fichero en EndNote
Importar .bib en EndNote con File  Import  Import Option “EndNote import from jabRef”
La primera vez no aparece (no es un formato soportado inicialmente)
El “filtro” que permite importarlo lo proporciona JabRef en File  Export  “Unpack EndNote filter set”. Esto genera un .zip que hay que abrir
Copiar los filtros al directorio de Filtro de EndNote
Única limitación: No importa los campos doi, citeseerurl, ni Review (V8)
Incorporar campos JabRef A EndNote
Copiar RefTypeTable.xml en C:Documents and Settings<user>Datos de programaEndNote
Dos estilos EndNote para mostrar salida bibtex
No genera ficheros .bib
Sólo muestra cada referencia en formato bibtex
Hay que copiar y pegar en un fichero .bib, referencia a referencia.

JabRef.Export Bibtex  EndNote
La conversión de tipos es la siguiente: BibTeX -> Endnote misc, other -> Generic unpublished -> Manuscript manual -> Computer Program article -> Journal Article book -> Book booklet -> Personal Communication inbook,incollection -> Book Section inproceedings -> Conference Proceedings techreport -> Report mastersthesis, phdthesis -> Thesis
Ver http://jabref.sourceforge.net/help/EndNoteFilters.html

JabRef.FormatosRevistas
Por omisión hay dos en JabRef.
Options  Preferences  Entry Preview
Ctrl-F9 para conmutar entre las dos. ¿No Funciona?
Ninguno es de una revista
No hay otros formatos
Ni siquiera en Internet
Hay un llamamiento a la colaboración
Con escaso éxito

JabRef.FormatosExportación
En File  Export se elige el formato del fichero de salida
Se pueden crear nuevos formatos (usuarios avanzados)
Ver ejemplos
Crear directorio donde alojarlos. P.ej: MisFormatosRevistaJabRef
Sacarlos del código fuente de JabRef
Descargar código fuente (de la página web de JabRef). Esto resulta en un fichero .zip
Sacar el contenido de src esourcelayout a la carpeta MisFormatosRevistaJabRef
Para crear nuevos formatos de exportación
JabRef  Options  Manage Custom Exports
Indicar fichero. .layout base y la extensión del fichero que se generará al exportarlo usando ese formato de exportación. Aparecerá el nuevo formato en File  Custom Export
Se podría usar para definir un nuevo formato de visualización
Nadie lo hace
Cortar y pegar el código de .layout en Options  Preferences  EntryPreview
El predefinido es simplehtml.layout

ENDNOTE

EndNote. Web vs. Local
Versión Web accesible desde ISI
Para EndNote < “versión X” hay que usar un plug-in (“Cite-While-You-Write”) para Word http://endnote.accesowok.fecyt.es/Download/EndNoteWeb.exe
No confundir con Write-N-Cite de RefWorks
La instalación no deja un “ejecutable”, sino una nueva barra de herramientas en Word
Pide identificación (email y contraseña)
Versión local. Un instalador convencional.

EndNote Local. Instalación
EndNote es de Thomson (creadora de ISI)
Es de pago
Para Windows y Mac (no para Unix(Linux))
Sitio web: http://www.endnote.com
Descarga directa de una versión de evaluación (30 días) de última versión (X2): http://download1.isiresearchsoft.com/demos/ENX202Inst.exe
(Últimas versiones en http://download1.isiresearchsoft.com/demos )
Si está instalado Word, le añade un conjunto de botones

EndNote. Usándolo en Word
Aparece una barra de herramientas nueva

EndNote Local. Ventana principal Mis referencias Aspecto de la referencia seleccionada (en azul), usando el “formato de revista” selecionado “ Formato de revista” selecionado

EndNote. Cargando referencias de JabRef
Exporta desde JabRef (todas o sólo las refs releccionadas) en formato “Endnote(.txt)”
Importa desde EndNote con “Import Option = EndNote Import”
(¡ojo!, no confundir con EndNote Library)

Clasificación en EndNote
Editar la referencia. Añadir “keywords”.
Se mantienen las keywords originales
Se añaden las nuevas keywords (en rojo)
Para saber cuáles son las tuyas, usa namespaces

Enlace a archivos
Pueden ser .pdf, imágenes, .doc, etc.
El icono indica fichero adjunto

Subject Bibliography
Tools -> Subject Bibliography
Subject Fields: típicamente “keywords”
Subject terms: los valores

Cambiando tus keywords
Cambiemos myStatus.unread por myStatus.read

URL, Link to pdf e Image (1/2)
No confundirlos.
Puede haber varias: externas o internas. Indica la referencia bibliográfica (no el artículo en sí) Puede haber varias: externas o internas. Indica la hubicación del artículo en sí. Sólo pdf’s. Sólo una: externa o interna Puede ser cualquier tipo de archivo

URL, Link to pdf e Image (2/2) Esto añade (link To…), o abre (Open Link) la URL Esto lleva al web site de ISI y muestra los datos de esta referencia

Listas de términos (LT)
LTs para keywords, autores, y revistas
Se pueden hacer otras LTs
Se pueden indicar otros delimitadores
Útil para rehacer la lista de keywords
“ ,” no es un delimitador salvo que se indique

Import
Casi cualquier formato
Usando “filtros” para programas comerciales
¡¡¡Pero no .bib !!!
Ejemplos:
ISI CD (Citation indexes)
ISI CE (Referencias)
PubMed

Export
Fatal. Sólo formatos propietarios
XML
Rtf
Txt
HTML
No puede generar .bib

EndNote. Soporte
Sitio web ( www.endnote.com ) muy completo
Parches
Nuevos “output styles” (por ejemplo, LNCS)
Nuevos “Import filters”
Nuevos “Word Templates”

EndNote 8 . Pegas
De pago
EN8 no soporta Word2003
Sólo Soporta Word2000 y “Word XP”¿?
Si se actualiza Word hay que reinstalar EndNote (ojo, en “Custom Instalation”)
EN8 compartido: falso
EN8 a veces deja de funcionar y no se insertan las referencias en Word.
No he encontrado solución  Reiniciar el PC

EndNote. ¡Ojo!
EndNote pasa la información a Word mediante “campos ocultos”.
La pega: si se modifica la referencia en EndNote  No se actualiza en Word.
La ventaja: Word es autosuficiente  no depende de EndNote una vez insertada la referencia
Verlo con un ejemplo

REFWORKS

Registro en RefWorks
www.refworks.com

Desde fuera de la UAM
ID UAM: “RWUAutoMadrid”

RefWorks. Instalación (1/2)
RefWorks NO es una aplicación de escritorio
Es una aplicación web  “No net, no fun”
Usa un “añadido” (plug-in) para Word llamado Write-N-Cite (WNC)
WNC III beta para Windows Vista y Word 2007 ( www.refworks.com/appupdate/wnc3inst.exe )
WNC para los demás ( www.refworks.com/appupdate/wncinstall.exe )

RefWorks. Instalación (2/2)
En la instalación se puede marcar “Allow working Offline”
Esto permite trabajar sin estar conectado a Internet
La pega: no se pueden cambiar los datos, sólo insertar referencias
Es de esperar que se mejore y permita edición y sincronización automática

Import en RefWorks
Importa EndNote y bibTeX (JabRef) directamente
Multitud de otros filtros

Utilidad “Output Style Preview”
El formato de la revista

Write-N-Cite
Plug-in para Word
Añade una ventana flotante (no es una nueva barra de tareas como en EndNote)
Gestiona dos ficheros
Fuente con refs {{ }}
Generado con el formato adecuado

Backup
Permite hacer backup/restore de toda la información almacenada en RefWorks

Ventajas e inconvenientes
Exporta a EndNote, Bibtex, y básicos
Importa EndNote, Bibtex y muchos otros
Online: ubicuidad. Pega: “No net, no fun”
Backup / Restore. Ficheros propietarios (.rwb)
Write-N-Cite para Word
¿Ventaja?: clasificación básica basada en carpetas
¿Utilidad?: Gestión de listas de RSS Feeds
Genera página web con todas las referencias

PROBLEMAS ABIERTOS
Donde no llega la tecnología

Tipos de documento
JabRef usa BibTex internamente.
Bibtex define varios tipos de documentos
Cada tipo tiene unos campos obligatorios
En JabRef se ve si una ref es completa
EndNote define otro conjunto de documentos
No hay manera de saber si una ref es completa
La conversión bibtex  EndNote es delicada (suele funcionar bien, pero si falla es muy complicado cambiarlo en EndNote)

Tipos de documentos. Caso real
Un artículo publicado en Lecture Notes in Computer Science (LNCS)
BibTex / EndNote
¿Es un article / Journal Article?
En contra: No es un journal (publicación periódica)
A favor: tiene ISSN como las revistas (journals)
¿Es un Proceeding / Conference Proceedings?
A favor: son fruto de una conferencia
¿Es un InBook / Book Section?
A favor: tiene ISBN, editores, y el Publisher es la editorial Springer)
En contra: no es igual que un libro-libro
¿Es un Book / Book?
Seguro que no. Si acaso, el editor del congreso podría decir que es un libro.

El contenido. Estilo
Guías de estilo (para Ciencias)
IEEE
Buscar en Google “IEEE Style Guide Special Sections” (La URL es variable)
Buscar “Article Preparation and Submission” en www.ieee.org
ACM
http://www.acm.org/pubs/submissions/submission.htm
Errores comunes: Buscar “preparation of papers for IEEE Transactions and Journals” en Google

El contenido. Revisores profesionales de estilo
http://www.prof-editing.com/ (recomendación IEEE)
http://www.journalexperts.com (recomendación Elsevier )
http://www.journalexperts.com/ (usado CNB)
http://www.bostonbioedit.com/
http://www.internationalscienceediting.com/
http://www.asiascienceediting.com/
http://www.bioscsiencewriters.com/
http://www.biomeditor.com/
http://www.oleng.com.au/
http://davidherron.tripod.com/index-6.html
http://documentclinic.com

Parte 3: Creando artículos con gestión automática de referencias

Latex vs. Word
Latex es abierto
Word no
Empezar a escribir
En Word es sencillo
Con Latex cuesta más
Documento complejo
Word se lía
Referencias, figuras…
Latex funciona
Converge a 0 bugs (última versión: 3.141592 / Diciembre 2002)
Desde 1980
http://www.ifs.hr/~mpinter/miktex.html

MS Word. “He visto cosas…”
“ He visto cosas en Word que vosotros no creeríais...”
He visto listas de items formateadas a base de espacios en blanco.
He visto docenas de retornos de carro seguidos al final de una página, para forzar el cambio a la página siguiente.
He visto una tabla de contenidos de un documento de 300 páginas, generada totalmente a mano « para evitar problemas ».
He visto documentos llenos de imágenes en formato bitmap, ocupando gigas y que tardan minutos en «repaginarse».
He visto menús desplegables de «Estilos» con centenares de estilos definidos, ninguno usado de forma consistente en el documento.
He visto siete tipos diferentes de « bullets » en el mismo documento, con niveles de indentación inconsistentes.
He visto documentos impresos llenos de «¡Error! Marcador no definido»
He visto intentos de crear documentos multi-archivo con Word. Nunca he visto uno que funcionara.
He visto horas de trabajo desaparecidas por un súbito cuelgue, y copias de respaldo irrecuperables.
He visto listas de enumerables cuya numeración, en lugar de comenzar en 1, continuaba de otras de capítulos anteriores, sin que el autor lo notara hasta después de imprimir.
He visto documentos impresos que no se parecen a lo que se veía en pantalla.
He visto documentos que, al cambiar de ordenador, cambian completamente su paginación debido a que se usa una impresora diferente.
He visto el mensaje « ¿Desea guardar los cambios efectuados en el documento? » sin haber hecho ningún cambio.
He visto un documento que, al avanzar tras la última página, se copiaba y pegaba a sí mismo en ese punto, de forma recursiva, aumentando su tamaño hasta colapsar el sistema.
“ Todos esos momentos se perderán en el tiempo, como lágrimas de alegría en la lluvia. Es hora de LaTeX”.
Gracias a http://ltx.blogspot.com/2007/11/he-visto-cosas.html

Usando WORD
Todo el mundo sabe usar Word
¿O no?
Plantillas de editoriales
Estilos dentro de las plantillas
Corta y pega de texto  mezcla de estilos
Editor integrado de fórmulas
Referencias cruzadas
Generadores de “Índice”, “Tabla de contenidos”, y “Lista de Figuras”

Aprendiendo Latex
Tutorial de SlideShare
http://www.slideshare.net/XEmacs/latex-introduction-for-word-users
Latex para documentos en castellano
http://www.aq.upm.es/Departamentos/Fisica/agmartin/webpublico/latex/FAQ-CervanTeX/FAQ-CervanTeX.html#toc3

Herramientas para Latex
En Windows. Opciones:
Miktex (gratuito) + LatexEditor (LEd) (gratuito) http://www.latexeditor.org/
Miktex (gratuito) + WinEdt (vers. evaluación)
Miktex:
http://www.miktex.org/
http://docs.miktex.org/manual/
WinEdt:
http://www.winedt.com/
De pago: Scientific WorkPlace, etc.

Instalación de Led
Requisitos previos: Instalar:
Ghostview & Ghostscript
Miktex (yo uso la 2.6)
Descargar Led e instalarlo
Seguir instrucciones de instalación
http://www.latexeditor.org/how_to_start.html

Instalación de WinEdt
Requisitos previos: Instalar en este orden:
Ghostview & Ghostscript
Miktex.
WinEdt

Instalando Ghostview & Ghostscript
http://www.cs.wisc.edu/~ghost/gsview/index.htm

Instalando Miktex
Ir a http://www.miktex.org/
Download "Basic MiKTeX" Installer
El guionado (partición de palabras) se configura en Miktex  Settings  Language
Marcar español,ingles y nohype

Configurando WinEdt
Para asociar fichero .tex con WinEdt
Options  Configuration Wizard  Filetype Associations

WinEdt. Cambiando Texify
Options  Menu Setup
Seleccionar Main Menu  &Accesories
Pulsar en el 1er icono (Context Popup Menu)
Seleccionar Edit
NO FUNCIONAAAA

Configurando Yap

WinEdt. Cambios de Miktex 2.4 a Miktex 2.5
En Texify
En la 2.5 se invoca pdfetex
Es cosa de Miktex, no de WinEdt
Se configura en Inicio  Programas  Miktex  Miktex Options
NO DEJA CAMBIARLO
Dan problemas los eps con fonts
Tanto que prefiero 2.4 a 2.5

Led. Configuración
LEd no entiende castellano inicialmente
Hay que crear un filtro (fichero spanish.fl)
Hay que instalar los paquetes “spanish” en Miktex (miktex-hyph-spanish)
En el site de LEd hay un diccionario de catellano

Una prueba de Latex
Poner el siguiente texto en el editor
Guardarlo con el nombre prueba.tex
Compilar el documento
prueba.tex  prueba.dvi
Generar pdf
Prueba.dvi  prueba.pdf
documentclass{article} egin{document} My first TeX~document. end{document}

Insertando referencias en latex
Desde JabRef
Insertar referencias en Led / WinEdt
Poner código latex para leer la bibliografía
Uso de plantillas bibliográficas
named.bst (tipo Harvard, i.e. Autor, año)
Invocar bibtex
.bib  .bbl
Invocar latex
.tex + .bbl  .dvi  pdf

Conversión latex  rft (Word)
Ver http://www.tug.org/utilities/texconv/textopc.html
Conversión de fórmulas, tablas… difícil
No conozco ninguno que funcione bien

Parte 4: Reutilización de gráficos

La pega de la Suite MS Office
Una gráfica no puede escalarse
Los tamaños de letra han quedado fijados por el usuario
Si se re-escala se mantiene el tamaño de letra
Grosor de línea no cambia
Un bloque de texto sí

Gráficos vectoriales vs. bitmaps
A cierto nivel de zoom parecen lo mismo
Vectorial
Bitmap/raster

Herramientas para gestión de gráficos vectoriales y bitmaps
Vectoriales
Corel Draw (de pago). Descarga pesada: ~250 MB
Gráfico Office a CorelDraw: Edit  Paste Special  Picture (Enhanced Metafile) para tener un objeto Corel.
Demo, ejemplo con póster ( http:// mariano.rico.googlepages.com/poster_ISWC04.ok.cdr )
MS Visio (licencia UAM)
Muy cerrado (pocos formatos de entrada/salida)
Adobe Ilustrator (de pago). CNB tiene licencia.
Bitmaps
Photoshop (licencia UAM)
Demo, ejemplo con imagen (http://mariano.rico.googlepages.com/Bio_Figure2.jpg)

Vectoriales con Power Point
Pegas
Si reescalo el dibujo
El grosor de las líneas no cambia
El texto sí, si se ha hecho con cuidado
Ventajas
Entorno conocido (más vales malo...)
Hay gente que hace pósters con PP
Feos, muy feos ;-)

Conversiones
GhostView
La mejor conversión (vectorial  vectorial/bitmap)
ps  pdf
ps  eps (para usar en Latex o Corel)
ps  png, gif, jpeg…
Para generar un archivo postscript (.ps). Lo mejor:
Una impresora postscript genérica
Aunque no la tengas físicamente (no es fácil engañar a Windows)
Configura como impresora Color o Escala de Grises
Descargar Drivers de Adobe (“generic postscript printer” en Google)
Para generar ficheros pdf:
Soluciones Adobe (de pago): Acrobat (no el Reader)
PdfCreator (gratuito)
Aparece una nueva impresora “virtual” que “imprime” ficheros pdf

Resolución: pixels, dpi, ppp
dpi = dots per inch = puntos por pulgada (ppp)
Ejemplo con una foto digital
Tamaño en pixels: 3072 x 2304 (jpeg 1.76MB)
Para un artículo. Debe ocupar 4’’ y tener 300dpi
1 pulgada = 2.52 cm
4´´ son 4´´ x 300dpi = 1200 puntos (pixels)
Hay que reducir la imagen en un factor 3072/1200 = 2.56
Imagen óptima: 1200 x 2304/2.56 = 1200 x 900
Para un póster. Debe ocupar 20cm y tener 300dpi
20 cm = 8’’ a 300dpi = 2400 pixels (el doble que antes)
Imagen óptima: 2400 x 1800

Gráficos en artículos
Vectoriales para “cajas y flechas”
Reutilizables (para pósters, por ejemplo)
Resolución infinita
Formatos (eps, ps, cdr..)
ps (eps), tiff , pdf, etc permiten vectores + bitmaps
Bitmaps para fotos o captura de pantalla
¿A qué resolución?
Resolución de imagen
Resolución de impresión
¿En qué formato? (jpeg, gif, png, tiff…)
Formatos con pérdida (jpeg)  fotos
Compresión variable  mayor o menor calidad
Formatos sin pérdida (gif, png)  figuras con líneas, pantallazos
Compresión fija

Parte 5: Extras

“ Trucos” de Word
Referencias cruzadas
Para figuras, tablas, secciones…
Guionado
Para partir las palabras por el sitio adecuado
Word 2007 tiene su propio gestor de referencias
Es muy simple
Generar pdf
pdfCreator (gratuito). No siempre se incrustan todas las fuentes. Usa PrimoPdf para incrustar todas las fuentes. Que instalado como una impresora más.

“ Trucos” de PowerPoint
Incrustar fuentes TrueType
Paste Special
Imágenes: Windows Metafile
Texto: Unformatted Text
Autoformas  Conectores

Utilidades gratuitas
Google Notebook
Entrar en www.google.com/notebook
Registrarse. Sólo desde aquí se puede descargar la extensión de Firefox
Del.icio.us
Entrar en www.del.icio.us
Descargar Extensión Firefox
Google Desktop
Descargar gadget delicious
Google Pages. 100 MB para crear páginas web WYSIWYG ( http://pages.google.com )
SugarSync ó FolderShare
Sincronización de archivos

FIN Gracias por vuestra atención [email_address]

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Curso HIAI Versión Julio 2009

by Mariano Rico on Mar 24, 2009

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