Palestra realizada no Encontro de Usuários de Python de Pernambuco (PUG-PE) em 17.07.2014

1. Como Python pode ajudar a
automatizar seu laboratório
Marcel Caraciolo
Julho, 2014
ajudou

2. O que fazemos ?

3. Laboratório de análises clínicas que oferece
os mais modernos testes genéticos para
diagnóstico de doenças raras e tumores.

4. Para isto usamos seu DNA!

5. Para isto usamos seu DNA!

6. Para isto usamos seu DNA!

7. Para isto usamos seu DNA!

8. Para quem não entendeu lembra
do Angelina Joulie effect ?

9. Para quem não entendeu lembra
do Angelina Joulie effect ?

10. Para quem não entendeu lembra
do Angelina Joulie effect ?

11. Para quem não entendeu lembra
do Angelina Joulie effect ?

12. NextGen Sequencing

13. NextGen Sequencing

14. NextGen Sequencing

15. Bioinformática
Aplicação de técnicas de informática para análise
de informação da área de estudo de biologia.
http://pt.wikipedia.org/wiki/Bioinform%C3%A1tica

16. Variant Analysis

17. Variant Analysis

18. Variant Analysis

19. Como Python pode nos ajudar ?
genp pipeline

20. Como Python pode nos ajudar ?

21. Como Python pode nos ajudar ?
Orquestrador de pipelines para análise de
variantes em ambientes de sequenciamento
clínico

22. Como Python pode nos ajudar ?

23. Como Python pode nos ajudar ?

24. Desafios
1. Armazenamento de dados (20 a 50 GB por paciente)
2. Alto desempenho (Corrida em menos de 48 hrs)
3. Visualização, interpretação dos dados (Como os especialistas
poderão usar estes dados ?)

25. Desafios
genp
vallys
genv
mipMutation Identification Pipeline
genome sequencing pipeline
variant analysis pipeline
genome environment builder

29. Gestão Laboratorial

30. Sim, usamos Windows.

31. Sim , somos tristes.

32. Sim , somos tristes.

33. LMS
Sistemas de gerenciamento de laboratório para
processos de coleta, atendimento, cadastro,
faturamento, liberação de laudos, etc
http://en.wikipedia.org/wiki/Laboratory_information_management_system

34. It comes Python and Django!

35. It comes Python and Django!
1. Django 1.6 com celery; south; e outras apps mágicas.
2. Muito javascript, ajax e html/css
3. Muito SqlServer no início também…

36. Melhor parte !

37. I can’t forget Flask!
Sistemas de notificação de amostras,
laudos e internos.
Não há wikipedia para isto.

38. I can’t forget Flask!

39. I can’t forget Flask!
1. Flask, Flask-admin, Jinja, flask-sqlalchemy
2. celery
3. MVP com sqlite3

40. Infra-Estrutura

41. Servidores, rede, etc.
Servidores de armazenamento, NAS, servidores
para processamento, xenserver, virtualização,
etc.
Já é claro de entender!

42. xenserver
1. 8 VM’s distribuídas em Darwin e Mendel
2. Logo em breve Fisher!
3. Debians, Windows Servers, Centos, etc.

43. backup , backup, monitor.
Python nos ajudou a montar as rotinas de backup!!
subprocess I love you!

44. Para quem não entendeu o que
o subprocess faz ainda….
https://docs.python.org/2/library/subprocess.html
>>> subprocess.check_output(["echo", "Hello World!"])
'Hello World!n'

46. Desafios
1. Desenvolvimento de um monitor de serviços
2. Melhorias nas políticas de backup e
armazenamento em nuvem privada
3. Monitorar todos os torrents de seriados e filmes.
4. Container para construção de imagens especializadas para as
diversas aplicações do setor de T.I & Bioinformática

47. Desafios
1. Flask, Python, javascript, shell e python.

48. Open-Source

49. biopandas
Ferramentas para análise de dados genômicos com Python e pandas

50. Para quem não conhece o pandas ?

51. Para quem não conhece o pandas ?

52. Como posso começar na área
de bioinformática já ?

53. Tales of Genome (Udacity)
Curso On-line gratuito sobre Genética (bem completo!)

54. Rosalind
Desafios de Python na área de bioinformática
rosalind.info/

55. Broad workshops
Variant analysis; sequencing pipelines, etc.
https://www.broadinstitute.org/partnerships/education/broade/broad-workshops/

56. Trabalhe conosco!
github.com/genomika/jobs

58. PS: Sim, usamos php!
https://www.mediawiki.org/wiki/MediaWiki

59. Como Python pode ajudar a
automatizar seu laboratório
Marcel Caraciolo
Julho, 2014
ajudou
marcel@genomika.com.br