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Bh13.13 sagace 1

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国内版バイオハッカソン BH13.13 - http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH13.13 …

国内版バイオハッカソン BH13.13 - http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH13.13
内で発表した資料(抜粋)です。

Published in: Health & Medicine

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  • 1. 生命科学分野の横断検索サービス とメタデータの活用 医薬基盤研究所 伊藤真和吏
  • 2. Sagace 創薬・疾患研究のための生命科学分野の データベースの横断検索サービス http://sagace.nibio.go.jp/ 2
  • 3. h"p://integbio.jp/ja/ 3
  • 4. Search System NIBIO NBDC  /  DBCLS AgriTogo   MEDALS Collaborate by using P2P architecture JCGGDB   4
  • 5. 悪性リンパ腫での検索結果 Google 対 Sagace 5
  • 6. 広告 一般的な説明 やブログが   ヒット
  • 7. 同義語展開 悪性リンパ腫での検索結果 研究関連の信頼   出来るデータベース からの情報 7
  • 8. 例:生物資源で動物の データを調べたい場合 ファセット分類を   使った効率的な絞り込み 8
  • 9. メタデータの活用 •  メタデータ:データの情報を示したデータ。 疾患:アルツハイマー病 生物種:ヒト 最終更新日:2012-10-24 文献:PubMed ID 23110816 関連するエントリ:OMIM 134400 9
  • 10. 検索結果への反映 •  ユーザーが何に関するデータなのかを見つけやすく なり,データベースへのアクセスがされやすくなる。 10
  • 11. メタデータを活用した検索結果例 11
  • 12. メタデータを活用した検索結果例
  • 13. 横断検索サービスはDBとの 出会いを支援するサービス •  ユーザー –  検索結果を見てそのエントリーが自分が探してい るものか否かを瞬時に判断可能に。   •  データベース管理者 –  より多くの人にデータベースを発見してもらいや すくなる。アクセス増加に繋がる。   •  横断検索サービス –  クローラーが1つで良い。   13
  • 14. どうメタデータを入れるのか? •  htmlタグにメタデータを追記するだけ <div  itemscope=“”  itemtype=“h"p://schema.org/BiologicalDatabaseEntry”>   <span  itemprop=“dateModified”>2013-­‐1-­‐24</span>   </div>   ウェブページ 2013-1-24 http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry/dateModified 14
  • 15. どうメタデータを入れるのか? •  htmlタグにメタデータを追記するだけ <div  itemscope=“”  itemtype=“h"p://schema.org/BiologicalDatabaseEntry”>   <span  itemprop=“dateModified”>2013-­‐1-­‐24</span>   </div>   15
  • 16. 8つのDBが採用 •  DoBISCUIT(Database Of BIoSynthesis clusters CUrated and InTegrated) •  JCRB細胞バンク •  Functional Glycomics with KO mice database •  Glyco-Disease Genes Database •  JCGGDB Report •  MEDALS •  Integbio データベースカタログ •  LSDBアーカイブ 16
  • 17. これまでのBioHackathonにて •  Biological Database (Entry)に特化した Schema.org 用の語彙を策定,宣伝 –  Proposal  :  h"p://www.w3.org/wiki/WebSchemas/ BioDatabases   –  独自のプロパティを策定   •  entryID,  isEntryOf,  taxon,  seeAlso,  reference   •  Schema.org –  大手検索エンジン(Google,Yahoo!,Bingなど)が共通で使 用することを宣言している横断検索用の語彙体系   •  Microdata –  htmlにメタデータを付与するための方法。Schema.orgの 語彙を使用してマークアップをする。 17
  • 18. HTMLをマークアップするため の方法 •  Microdata –  書き方がシンプル。大手検索エンジンの採用。   •  RDFa –  マークアップ方法が複雑。書き方がひと通りでは ない。   •  Microformats –  書き方はシンプルだが,マークアップ定義が曖昧 で機械的処理がしにくい。   18
  • 19. 現状の問題点 •  提案した語彙をSchema.orgに追加させるに は,より多くのDBの協力が必要。(by Schema.org オーガナイザー) •  Microdataだと(原則)Schema.orgの語彙し か使えない。 •  MicrodataはW3C Working Groupであり Recommendationではない。 19
  • 20. RDFa Lite •  Schema.orgやMicrodataの普及にともない, W3CがRDFaをかなり単純化させて制定した 形式 –  W3C  recommendaon   •  schema.orgの語彙体系を基本としながら, 外部のRDFの語彙も柔軟に適用可能。 •  マークアップが簡単 20
  • 21. RDFa Liteのマークアップ方法 <div  vocab=“h"p://schema.org/”  typeof=“BiologicalDatabaseEntry”>   <span  property=“dateModified”>2013-­‐1-­‐24</span>   </div>   21
  • 22. RDFの語彙を使う場合 (検索結果はイメージ) <div prefix="PDBo : http://rdf.wwpdb.org/schema/pdbx-v40.owl#"> <span property="PDBo:exptl.method">X-RAY DIFFRACTION</span> </div> 22
  • 23. Sagaceが検索結果に 反映するプロパティ •  •  •  •  •  •  •  •  image  (画像) isEntryOf  (どのデータベース由来か) entryID (エントリーID) taxon(生物種) disease (疾患名) seeAlso (他の参考となるデータベースのエントリ) dateModified (最終更新日) reference (文献) 23
  • 24. •  現在対応しているマークアップ方法について詳しく はこちら –  h"p://sagace.nibio.go.jp/press/metadata/markup/     •  外部のRDF用の語彙も検索結果への反映を予定 •  複数の語彙でのマークアップにおいて混乱がないよ うに,検索結果に反映させる語彙とプロパティは Sagaceのページに掲載予定。 24
  • 25. 大募集 •  皆さんのデータベースにもぜひマークアップを! •  ライフサイエンス系のDBであれば,検索結果に マークアップされたプロパティを反映 –  NBDC横断検索,MEDALS横断検索の検索結果にも 反映予定   •  RDFa Liteの活用方法についても相談したいで す! •  マークアップされたデータベースが増えれば,大手の検索エンジンにも反映され るかも... 25