39th MTG in NIBIO

1. 2015/1/30
第40回統合DBミーティング
Integrated MTG in NIBIO
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2. 本日の予定
• Sagace
– アクセス解析
– 進捗報告
– 新規追加DBについて
• 医薬基盤研内のデータのRDF化
– 副作用データ→化合物→発現上昇／下降遺伝子の取
得について
– Open TG-GATEsのRDFのSchema修正について
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3. 進捗報告
• PDBjでマークアップされたRDFa Liteを
検索結果に表示（開発版）
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4. 新規追加候補DB
• Genetics Home Reference
• がん研究データベース
• 化学物質の有毒性評価書
• VaDE
• 病理コア画像
• NBRP-Rat
• じん肺データベース
• 腰痛データベース
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5. 医薬基盤研内のデータのRDF化
• 「＊＊＊という副作用が報告された医薬
品において，ラット／マウスに投与後，
発現が上昇した遺伝子／下降した遺伝
子」
• 上記を実行するアプリケーションを作成
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6. SIDERのSchema （抜粋）
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7. Open TG-GATEsのSchema（抜粋）
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8. データの統合
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9. イメージ図
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10. 実際に行ったこと
• 遺伝子発現のデータはOpen TG-GATEsの
RDFに直接紐付けられていなかった。
• 実験条件を以下に固定
– Repeat, Rat, in vivo, Liver, Middle, 15 day
• 遺伝子発現の上昇・下降条件を固定し，
Toxygatesで使用しているプログラム経由で
取得。
– 条件：p-valueが小さい上位50位のうち
– log2foldの値 > 2 ：上昇
– log2foldの値 < -2 ：下降
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11. Open TG-GATEsのSchema（抜粋）
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12. SPARQLで確認
SELECT distinct ?gene ?compound
WHERE {
#from Open TG-GATEs
?exp dbowl:pubchem ?pubchem;
toxico:compound_name ?compound;
toxico:up_regulated_gene ?gene.
#from SIDER
?drug sider_vocab:pubchem-compound-id ?pubchem;
sider_vocab:side-effect ?side.
?side dcterms:title “headache"@en.
}
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13. アプリケーション化
• PHPで実装
• 副作用の文字をクエリとして受け取り，その文字列をそのまま，
SPARQLに投げる。
• JSONで結果を受け取り，その結果をパースして表示する。
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SELECT distinct ?gene ?compound
WHERE {
#from Open TG-GATEs
?exp dbowl:pubchem ?pubchem;
toxico:compound_name ?compound;
toxico:up_regulated_gene ?gene.
#from SIDER
?drug sider_vocab:pubchem-compound-id ?pubchem;
sider_vocab:side-effect ?side.
?side dcterms:title "'.$keyword.'"@en.
}

14. デモ
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15. Open TG-GATEsのSchema
の修正
• 現在のRDFの問題点
– 実験条件とサンプルの情報が１つのRDFにまとめ
られている。
– 外部のRDFとの親和性が低い。
• RDFのSchemaが分からないと統合しにくい。
– 文法上の間違いがある。
• 目標
– 修正して，ダウンロード可能な状態にする。
– アプリケーションでも利用しやすい状態にする。
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16. 16
Schemaの修正（素案）

17. 今後の予定
• 次回 2月20日（金) or 27日（金）
• 国内版 BioHackathon
– 2月2日〜6日
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