La Unidad ALCUE UAA tiene como objetivos gestionar programas de cooperación entre universidades latinoamericanas para fomentar la investigación y transferencia tecnológica, generar estrategias que promuevan soluciones locales a través de la educación superior e innovación, e incubar redes virtuales que dinamicen la gestión del conocimiento entre universidades de América Latina y Europa para crear proyectos educativos innovadores.