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Biotechno2005

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Biotechno2005
http://www.biotechno.asso.fr/Pages/Ann_prec/2005/Actes_2005.pdf

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  • 1. Biotechno 2005 Pierre Lindenbaum Integragen lindenb @ integragen . com
  • 2. Integragen
    • Le société
    • Technologies
    • Réalisations
    • Place des doctorants
  • 3. Integragen
    • Fondée en Juillet 2000
    • Spin-off du Centre National G é noty page ( Evry )
    • Basée à Evry.
    • Levée de fonds € 11.8 M
    • 27 employés
    • Collaborations & Partenariats avec Aventis, Jurilab, Affirm …
  • 4. Activités
      • Genome-wide Hybridization Identity Profiling ( GenomeHIP™ )
    • Cartographie physique de loci partagés par des familles affectées à une résolution de 1Mb.
    • Production d’haplotypes à haut debit (SNPLEX)
    • Statistiques
    • LIMS.
    • Identification & confirmation de l’association de gènes à des maladies en moins de 8 mois.
  • 5. Identification de G è ne s Approches Mol é cula i r e (I)
    • Mod é l e s
      • Monog é ni que
      • Polyg é ni que
  • 6. Identification de G è ne s Approches Mol é cula i r e (II)
    • Polymorphi smes
      • Micro-satellites
      • SNPs
    • Haplotypes
    • Etudes d’association
  • 7. IBD (I)
  • 8. IBD (II) OK OK OK OK
  • 9. Genomic Hybrid Identity Profiling (GenomeHIP) (I) Les ADN de deux individus apparentés sont coupés sous la forme d’ADN simple brin et sont marqués.
  • 10. Genomic Hybrid Identity Profiling (GenomeHIP) (II) Les fragments marqués sont mélangés. Les morceaux complémentaires vont pouvoir s’hybrider
  • 11. Genomic Hybrid Identity Profiling (GenomeHIP) (III) Suppression des homohybrid e s portant un seul marqueur Elimination des fragments h é t é rohybrid e s non-IBD
  • 12. Genomic Hybrid Identity Profiling (GenomeHIP) (IV) La localisation des fragments sur une puce à ADN ( BAC array ) 5’ 3’ 1Mb
  • 13. Genomic Hybrid Identity Profiling (GenomeHIP) (V) La localisation des fragments se fait sur une puce à ADN ( BAC array )
    • Identification des régions génomiques communes.
    • Fragments d’ADNdb ayant un brin de chacun des individus représentant une section partagée du génome. Cette section peut contenir un gène lié à la maladie.
  • 14. Genomic Hybrid Identity Profiling (GenomeHIP) (VI) L’expérience est réalisée sur de nombreuses familles. Identification des régions impliquées dans la maladie.
  • 15. De GenomeHip aux gènes. 12ZG02 68.1 68.3 q2.13 23 100 14 0.61 5.5e-01 12ZG03 74.2 74.4 q1.31 23 100 17 0.74 1.0e-01 20ZC07 75.3 75.6 q1.32 22 96 17 0.77 4.8e-02 12ZH04 77.5 77.5 q1.32 23 100 17 0.74 1.0e-01 20ZD07 80.6 80.7 q1.33 23 100 23 1.00 1.9e-06 26ZB01 81.0 81.1 q1.33 22 96 20 0.91 5.6e-04 12ZF06 81.6 81.8 q2.1 23 100 20 0.87 2.7e-03 20ZE07 83.1 83.3 q2.2 23 100 18 0.78 4.0e-02 12ZC08 85.5 85.6 q2.31 23 100 14 0.61 5.5e-01 Clone Pos N info Score  p values CHR * Linked Region : 77 500 000 – 79 700 000 Genes : Name Product Draft Chr Start End BXX-1 B XXXXXX gene 1 34 * 77797585 77798773 XXE1 XXXXX-like enhancer protein 1 34 * 79655717 79760715
  • 16. SNPlex ™ Genotyping System
  • 17. Identification des Alleles IBD Grandchild (GC) Grandparent (GP) GC + GP hybrid IBD-enriched DNA
  • 18. Aires thérapeutiques I
    • Obésité
    • Diabete de Type 2
    • Bi-Polarité
    • Autisme
  • 19. Aires thérapeutiques II
    • Molecular Psychiatry advance online publication 19 July 2005
    • Haplotypes in the gene encoding protein kinase c-beta (PRKCB1) on chromosome 16 are associated with autism
    • A Philippi, E Roschmann, F Tores 1 , P Lindenbaum , A Benajou, L Germain-Leclerc, C Marcaillou, K Fontaine, M Vanpeene, S Roy, S Maillard, V Decaulne, J P Saraiva, P Brooks, F Rousseau and J Hager
    • IntegraGen SA, Genopole, Evry, France
  • 20. Les équipes
  • 21. Place des doctorants.
    • 5 doctorants Français
    • 3 doctorant étrangers
    • 27 employés.
  • 22. Francis Rousseau Director Genomics
    • DUT biologie appliquée (1987)
    • DEA Génétique Humaine Paris VI (1993)
    • Doctorat Génétique Humaine (1996): gènes du nanisme: 5 publications (Nature, Nature Genetics)
    • Aventis Evry Genomic Center (Chercheur) 1997-2000 (Thèse en cours).
    • Genodyssée (directeur plate-forme de génotypage) 200-2002
    • Integragen 2002
  • 23. Frederic Tores
    • Maîtrise de mathématiques.
    • DEA biomathématique (Paris VI)
    • Doctorat Biomatémathiques Génétique Humaine. (INSERM).
    • Thèse abandonnée au bout de 5 ans.
    • Contrats CNRS, Infobiogen, Inserm
    • Integragen.
  • 24. Jerome Carayol
    • DEA s ant é publique specialit é G é n é tique statistique Paris XI ( 2000 ): INSERM U521
    • D octorat Sante publique specialite genetique statistique (2004):  INSERM U535. «  methode d`estimation du risque de cancer dans les syndromes de predisposition h é r é ditaire » . F inancement de la fondation de France et 6 mois par la Ligue Nationale contre le cancer.
    • Pas de post-doc .
    • CDD 6 mois a l`INSERM ( ing é nieur d` é tude .)
    • Integragen en Mars 2005
  • 25. Nathalie Vionnet
    • Doctorat en génétique et endocrinologie.
    • Chercheur à l’ INSERM.
  • 26. Pierre Lindenbaum (I)
    • DEA de microbiologie 1995 (Paris XI)
    • Doctorat de virologie (Paris XI): INRA Jouy-en-Josas. Interactions Rotavirus / Cellule hôte. Juin 2000
    • Formation PPP INRA.
  • 27. Pierre Lindenbaum (II)
  • 28.  
  • 29. Pierre Lindenbaum (III)
    • Centre National de Génotypage. 2000. CDD Bioinformaticien
  • 30. Pierre Lindenbaum (IV)
    • Integragen. 2001-
  • 31.  
  • 32.  
  • 33.  
  • 34.
    • RESEAU
  • 35. Inconvénients du secteur privé (I)
    • Compartimentation de l’information.
    • Prestation.
    • Peu d’interaction
  • 36. Secteur privé (II)
    • Rapidité de décision
    • Moyen
    • Rédaction de cahier des charges.
    • Travail en groupe
    • Publication / travail de recherche possible.
  • 37. MERCI