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Gopubmed maj2010
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Gopubmed maj2010

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Présentation de GoPubmed

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  • 1. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 Interroger Pubmed différemment : GoPubmed www.gopubmed.com
  • 2. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 GoPubmed Introduction - 1 GoPubMed est un outil qui, en plus de retourner exactement les mêmes résultats que PubMed lors d’une recherche, exploite différents systèmes de classification sémantique (thésaurus MESH; Gene Ontology …) pour développer des analyses statistiques des résultats, accessibles de façon très conviviale à l’utilisateur.
  • 3. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 GoPubmed Introduction - 2 Les résultats de recherche sont : triés selon un vocabulaire contrôlé issu du GO (Gene Ontology) du MeSH (Medical Subject Headings) et Universal Protein Resource ( UniProt). analysés et clustérisés via un système de recherche complémentaire aux mots clés selon 4 filtres prédéfinis : What est un regroupement thématique, When un filtre sur la date, Who et Where permettent en quelques clics de cerner un auteur. Le système est potentiellement capable de distinguer les homonymes et de retracer plusieurs affiliations successives par analyse sémantique. Cet aspect « Social Network » potentiellement très intéressant permet de visualiser sous forme de carte, les réseaux de collaborations d’auteurs.
  • 4. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 En bref … un "top 20" des auteurs ayant le plus publié sur le sujet, un "top 20" des publications classées par pays, un "top 20" des journaux dans lesquels on trouve le plus de publications en rapport avec le sujet, une courbe temporelle vous permettant de visualiser la progression (ou le recul) du nombre de publications par an sur ce sujet, une visualisation sous forme de graphe des réseaux de collaboration entre auteurs (répondant à la question "qui publie avec qui ?")".
  • 5. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 Les ontologies ?… L’objectif premier d’une ontologie est de modéliser un ensemble de connaissances dans un domaine donné (Définition Wikipédia) C’est un réseau sémantique qui regroupe un ensemble de concepts liés les uns aux autres par des relations taxonomiques (hiérarchisation des concepts) d'une part, et sémantiques d’autre part. Extrait de «Les ontologies en biologie … la fin de Babel ?» Carl Herrmann – 2009
  • 6. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 GO, MeSH … Gene Ontology vise à construire une ontologie générique pour décrire le rôle d’un gène / protéine («gene product») Fonction biologique (kinase, protéase, liaison à l’ADN …) Processus biologique (signalisation, métabolisme) Localisation cellulaire (noyau, cytoplasme, membrane …) C’est l’ontologie la plus développée et la plus utilisée (depuis 2000) MeSH (Medical Subject Headings) est le thesaurus de Medline : un vocabulaire contrôlé et hiérarchisé qui permet de décrire précisément le contenu d’un article L’arborescence hiérarchique conduit de concepts très larges à des notions très spécifiques. Les descripteurs MeSH sont choisis parmi un ensemble de synonymes pour décrire un concept de façon univoque.
  • 7. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 La requête de recherche (1) 1ère voie : Recherche directement issue de Pubmed (("Allergy and Immunology"[Mesh] OR "Hypersensitivity"[Mesh] OR "Peanut Hypersensitivity"[Mesh] OR "Food Hypersensitivity"[Mesh])) AND ("Arachis hypogaea"[Mesh] OR "arachis oil "[Substance Name]) 487 réponses dans Pubmed (le 20/11/09)
  • 8. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 (("Allergy and Immunology"[Mesh] OR "Hypersensitivity"[Mesh] OR "Peanut Hypersensitivity"[Mesh] OR "Food Hypersensitivity"[Mesh])) AND ("Arachis hypogaea"[Mesh] OR "arachis oil "[Substance Name]) Copier – Coller de la requête Pubmed dans la fenêtre de recherche GoPubmed
  • 9. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 2ème voie : Recherche par saisie directe Par sujet, auteur, journal … : elle est exécutée (et peut être saisie) selon la syntaxe de Pubmed Par exemple : Si l’on ne précise pas de champ de recherche, le terme saisi est recherché dans l’ensemble des champs. Pour rechercher un concept dans les champs Title et/ou Abstract, utiliser [TIAB], Pour rechercher un nom d’auteur, utiliser [AU] Pour rechercher une affiliation (University, Institute, Company, etc), utiliser [AD]. Pour rechercher un mot-clé, utiliser [MeSH] La requête de recherche (2)
  • 10. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 Résultats Clusters selon 4 axes Résultats : 2887 références analysées de façon sémantique Accès direct : statistiques générales
  • 11. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 Statistiques générales Top author Affichage de l’auteur le plus représenté dans le lot des 2887 références Top Author
  • 12. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 Focalisation possible : Tous les éléments sont cliquables Statistiques générales Statistics (1)
  • 13. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 Nombre de publications / année Localisation / monde Statistiques générales Statistics (2)
  • 14. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 Statistics (3) Cartographie : réseaux de collaboration / auteurs
  • 15. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 Affichage des 2887 références résultats Possibilité d’affinage selon 4 axes différents Statistiques générales Documents
  • 16. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 what ? GoPubMed sélectionne les références pertinentes pour la requête en cours Il analyse les résumés des documents sélectionnés et identifie les concepts relevant de termes présents dans : le Gene Ontology les Medical Subject Headings (MeSH) le Universal Protein Resource Ces termes sont ensuite classés et affichés dans le cluster what. L’exploration du corpus de résultat est ainsi facilitée : l’utilisateur peut focaliser sur un concept en cliquant sur un terme spécifique, il peut aussi réduire ou étendre sa recherche initiale en sélectionnant /désélectionnant des termes (Top Terms) ou des catégories sémantiques (Knowledge Database).
  • 17. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 who ? Accès à différentes informations (3 onglets) sur chaque auteur identifié : - en cliquant dans la liste ou - en faisant une recherche spécifique sur un nom. Le système exécute un algorithme pour lever les ambiguités d’homonymie.
  • 18. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 where ?
  • 19. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 when ? Filtre sur les dates de publications
  • 20. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 Affichage - Liste des résultats Affichage plus détaillé (résumé) Accès au menu export Accès aux statistiques (idem lien « statistics »
  • 21. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 Affichage - Référence format réduit / format avec résumé transfert dans un clipboard passage en mode « curator » accès au menu export
  • 22. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 Quelle utilisation ? Exploration d’un résultat de recherche issu de Pubmed. Quel est le bon mot ? : l’exploration facilite l’identification de termes intéressants Analyse rapide et conviviale d’un lot de références Analyse statistique et mise en forme Recherche de partenaires, de collaborations Qui publie sur tel concept ? Quels sont les thèmes de prédilection d’un laboratoire ? et ses principaux partenaires …
  • 23. INRA form@doc 2009 - D. L'Hostis - Décembre 2009 En savoir plus … Doms, A.; Schroeder, M., 2005. GoPubMed: exploring PubMed with the Gene Ontology. Nucleic Acids Res, 33.

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