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Uso do Cytoscape para Visualização e Análise de Redes
 

Uso do Cytoscape para Visualização e Análise de Redes

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    Uso do Cytoscape para Visualização e Análise de Redes Uso do Cytoscape para Visualização e Análise de Redes Presentation Transcript

    • Uso dopara Visualizaçãoe Análise de RedesLeandro de A. LimaDoutorando Bioinfo-USPLab. de Bioinformática eBioestatística(Hospital A.C. Camargo)
    • O que é o CytoscapeCytoscape é um software de bioinformática de códigoaberto para visualização de redes de interaçãomolecular e vias metabólicas, além de integrar essasredes com anotações, perfis de expressão gênica eoutros tipos de dados.> Das pesquisa biológicas para um uso geral> Ferramentas por padrão e por plugins(qualquer pessoa pode fazer e disponibilizar)
    • Instituições mantenedoras
    • Diretores
    • Motivos para usar (I)Suporta vários formatos Acesso bancos de dados públicos da web Salva sua sessão Interoperabilidade
    • Motivos para usar (II) VizMapper™ Exporta imagens em vários formatos
    • Motivos para usar (III) Vários layouts Busca fácil (* | ?) Filtros nos atributos de nós e arestas
    • Motivos para usar (IV) Encontra clusters Fácil controle e instalação de plugins
    • Algumas estatísticas- 1ª versão pública: julho de 2002 (v. 0.8)- Centenas de citações- 40.000+ usuários ~> 350.000+ downloads de plugins- Mais de 100 plugins- Versão em novembro de 2011: v. 2.8.2
    • Desenvolvimento de plugins- Fácil desenvolvimento (tutorial / modelos / wiki)http://wiki.cytoscape.org/cytoscape_developer_tutorialhttp://wiki.cytoscape.org/
    • Cytoscape Web - API para web- Visualização de redes na web (Flash + JavaScript)http://cytoscapeweb.cytoscape.org/ > Redes carregadas via código HTML/JavaScript em formato json ou xml > Possibilidade de relacionar estilos a atributos
    • Alguns plugins- FunNetViz- APID2NET: conexão com bancos de dados públicos(interatomas/Gene Ontology)- NetworkAnalyzer- Venn
    • Algumas funções (demonstração)- Mudar cor de vários nós- Importar atributos de várias tabelas- Tentar criar uma rede e importar atributos do APID p/ pegarGOs- Filtros (nós/arestas)- Integrar funções de diferentes plugins