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  • 1. LES DIFFICULTÉS D’INTERPRÉTATION THÉMATIQUE À TAPER EN… BACTÉRIOLOGIELes difficultés d’interprétationde l’examen cytobactériologique des urinesFrédéric Janviera,*, Elvire Mbongo-Kamaa, Audrey Mérensa, Jean-Didier CavalloaRÉSUMÉ SUMMARYL’examen cytobactériologique des urines (ECBU) est l’examen le plussouvent demandé au laboratoire de bactériologie. Théoriquement sim- Urinalysis interpretation difficultiesple dans sa réalisation, l’ECBU reste l’examen clé pour le diagnostic de Urinalysis is the most requested examination incertitude d’infection urinaire. Cependant, son interprétation est souvent bacteriology laboratories. This test, theoricallydifficile et repose essentiellement sur deux paramètres, la bactériurie et easy to perform, allows to confirm urinary tractla leucocyturie. Ces deux paramètres quantitatifs doivent être pondérés infection diagnosis. Interpretation is essentiallypar l’anamnèse, la présence ou non de signes cliniques ainsi que par des based on bacteriuria and leukocyturia, but clinicalparamètres techniques comme la qualité du prélèvement, sa conserva- symptoms, medical history and pre-analytic stepstion ou son transport. Les nombreux pièges présentés par l’ECBU sont quality (collection of specimens, preservation anddéveloppés dans cet article. transport) must be taken into account for final result. In this article, difficulties and pitfalls in Infection urinaire – examen bactériologique – examen microscopique interpretation of urinalysis are underlined. – interprétation – antibiogramme. Urinary tract infection – bacteriologic exam – direct microscopy examination – interpretation – antibiogram.1. IntroductionL’infection urinaire (IU) est l’infection communautaire la plusfréquente après les infections respiratoires et représente - l’infection urinaire compliquée qui est une IU survenant chezla première cause d’infection nosocomiale (IN) avec 30 % des patients ayant au moins un facteur de risque pouvant ren-des IN déclarées en France selon l’enquête nationale de dre l’infection plus grave et le traitement plus complexe.prévalence 2006 [1]. Souvent considérées comme banales, Ces facteurs de risque de complication sont, les anomaliesles infections urinaires peuvent avoir des conséquences organiques ou fonctionnelles de l’arbre urinaire, quellessévères, notamment chez la femme enceinte ou chez les qu’elles soient (résidu vésical, reflux, lithiase, tumeur, actepatients qui présentent une anomalie des voies urinaires, récent, …), certaines situations pathologiques (diabète,un facteur favorisant tel que le diabète ou une immuno- immunodépression, insuffisance rénale, …), certains ter-dépression. rains physiologiques (homme, sujet âgé avec comorbidité,Les définitions actuellement proposées dans la littérature grossesse).et par la dernière recommandation française [2] séparent Dans les recommandations de juin 2008, les termesdeux entités : d’IU basses ou hautes sont désormais abandonnés ainsi- l’infection urinaire simple, avec la cystite ou la pyélo- que ceux d’IU primitive ou secondaire, le type de bactérienéphrite simple de la femme de 15 à 65 ans sans anté- isolée n’intervient pas dans la classification en IU simplecédent ni complication ; ou compliquée [2]. L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) est l’exa- men clé pour diagnostiquer l’infection urinaire, adapter la thérapeutique et suivre son efficacité. L’interprétation de a Laboratoire de biologie médicale l’ECBU se heurte à de nombreux pièges et doit s’appuyer Hôpital d’Instruction des Armées Bégin sur une méthodologie rigoureuse. Dans cet article, nous 69, av. de Paris décrirons étape par étape les pièges susceptibles d’influer 94163 Saint-Mandé cedex sur l’interprétation de l’ECBU. et École du Val-de-Grâce 1, place Alphonse-Laveran 75005 Paris 2. Indications et objectif * Correspondance Le motif de prescription de l’ECBU est le premier élément à janvierfred@hotmail.com prendre en compte pour son interprétation. La prescription doit être motivée et accompagnée des données anamnes-article reçu le 29 juin, accepté le 25 septembre 2008 tiques permettant de personnaliser l’interprétation : motif© 2008 – Elsevier Masson SAS – Tous droits réservés. de la prescription, caractéristiques du patient, présence ou REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2008 - N°406 // 51
  • 2. Tableau I – Informations cliniques et thérapeutiques conditionnant l’interprétation de l’ECBU. Indications Particularité du patient Pathologie préexistante Traitement - Symptomatologie urinaire (pollakiurie, dysurie, brûlures - Nourrisson - Chirurgie pelvienne - Antibiotique mictionnelles, hématurie) - Jeune enfant - Manœuvre de la sphère uro-génitale - Chimiothérapie - Infection sur sonde urinaire - Femme enceinte - Pathologie gynécologique - Prostatite - Date des dernières règles - Vessie neurologique - Urétrite - Homme - Infection urinaire récidivante - Contrôle préopératoire et postopératoire en urologie - Sujet âgé - Anomalie fonctionnelle ou - Contrôle après traitement d’une IU - Hospitalisation au long anatomique du tractus urinaire - Urétérostomie cours - Diabète - Ponction sus-pubienne - Greffe - Immunodépression (neutropénie, - Cathétérisme urétéral aplasie) - Bilan de protéinurie non d’une pathologie préexistante, traitement antibiotique osseuse ou cardiaque. Chez la femme enceinte, l’IU est par récent ou en cours (tableau I). Par exemple, l’interpréta- définition compliquée. La bactériurie asymptomatique de tion d’une bactériurie significative sans leucocyturie ne la femme enceinte a une prévalence qui se situe entre 2 et sera pas la même pour un patient neutropénique, pour un 10 % avec un pic d’incidence entre la 9e et la 17e semaine patient susceptible d’avoir contaminé l’échantillon lors du d’aménorrhée. Cette bactériurie persiste en l’absence de prélèvement ou pour un patient symptomatique prélevé traitement et doit être recherchée mensuellement dès le très précocement dans l’évolution de l’infection. De même, 4e mois (accord professionnel). Une BU peut être réalisée une leucocyturie isolée sera interprétée différemment si et doit être suivie d’un ECBU en cas de leucocyturie ou le patient a reçu une antibiothérapie, s’il est porteur d’un de présence de nitrites. Chez les femmes enceintes à haut cathétérisme urinaire ou a subi récemment une intervention risque d’infections urinaires gravidiques, le dépistage par chirurgicale au niveau de la sphère génito-urinaire. ECBU est recommandé (Grade A). L’ECBU est indiqué devant la présence d’une symptoma- L’objectif de l’ECBU est de mettre en évidence des signes tologie urinaire évocatrice de cystite aiguë avec brûlures d’inflammation de l’arbre urinaire (traduits par la leucocy- mictionnelles, pollakiurie, impériosité mictionnelle, dysurie, turie), d’identifier, de quantifier le ou les micro-organismes urines troubles et hématurie, à l’exception des cystites pathogènes et de déterminer leur phénotype de résistance aiguës simples de la femme. aux antibiotiques [3]. Dans ce dernier cas, aucun examen n’est recommandé en dehors de la bandelette urinaire [2]. L’association d’un de ces signes à un syndrome fébrile (T° > 38°C), et/ou à 3. Les pièges du prélèvement, des douleurs lombaires est évocatrice de pyélonéphrite. de la conservation et du transport Chez l’homme, toute cystite doit être considérée et traitée comme une prostatite (sauf cas exceptionnel). Cette première étape de l’ECBU est fondamentale pour Les signes cliniques d’infection sont parfois atypiques l’interprétation. Après contamination lors du prélèvement, aux âges extrêmes de la vie. Les indications de l’ECBU un transport trop prolongé ou des conditions de tempéra- sont étendues à l’hyperthermie isolée de l’enfant et en ture inadaptées à la conservation se traduisent systéma- particulier du nourrisson ainsi qu’à l’apparition de trou- tiquement par une multiplication bactérienne susceptible bles de conscience ou d’une altération de l’état général, de modifier l’interprétation de l’examen, notamment par la découverte ou l’aggravation d’une incontinence urinaire surévaluation de la bactériurie. chez la personne âgée. Enfin, cet ECBU peut être prescrit afin de dépister une colonisation urinaire chez des patients à risques élevés de complications, telles que les femmes 3.1. Prélèvement enceintes et les personnes devant subir une manœuvre Le prélèvement est le premier point critique susceptible invasive sur l’arbre urinaire, une chirurgie prothétique d’influer sur le résultat de l’ECBU du fait de la présence d’une colonisation de l’urètre et des voies génitales exter- nes par une flore commensale (tableau II). Tableau II – Bactéries commensales L’échantillon destiné à l’analyse doit être le reflet de l’urine des voies génitales [3]. vésicale. Il est donc préférable de recueillir l’urine du matin afin d’obtenir une urine ayant séjourné suffisamment long- Micro-organismes Micro-organismes sans pouvoir commensaux éventuelle- temps (au moins 3 à 4 heures) dans la vessie notamment pathogène connu ment associés à des mani- en cas de diurèse importante. sur le tractus génital festations pathologiques Le second point, capital, est d’éviter la contamination de Lactobacillus spp. Gardnerella vaginalis, l’échantillon par la flore cutanée, digestive et/ou vaginale. Femme Mobilincus spp. Un recueil d’urine réalisé dans de mauvaises conditions Corynebacterium spp., Candida albicans, d’asepsie entraîne systématiquement une contamination Neisseria spp., Mycoplasma hominis et Homme Staphylococcus non genitalium, Ureaplasma spp., de l’échantillon avec le risque d’une interprétation erronée et femme aureus. Streptococcus spp., Staphy- (figure 1). Cette contamination, très fréquente, notamment lococcus aureus, bactéries par les sécrétions vaginales chez la femme, est majorée avec anaérobies, entérobactéries. les techniques utilisant un collecteur, chez les personnes52 // REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2008 - N°406
  • 3. LES DIFFICULTÉS D’INTERPRÉTATION EN… BACTÉRIOLOGIE Figure 1 – Exemple d’une contamination Figure 2 – Présence de plus de 3 espèces par la flore urétrale. bactériennes chez un patient non sondé. Il s’agit d’une urine mal prélevée et conservée plusieurs heures à Ici trois espèces différentes sont présentes. température ambiante avant d’être acheminée au laboratoire.handicapées ou les enfants. Le premier rôle du biologiste La ponction sus-pubienne et le prélèvement par cathé-est donc de décrire systématiquement au patient les éta- térisme sont des techniques fiables mais invasives. Lapes nécessaires à la réalisation d’un recueil de qualité. La ponction sus-pubienne expose à peu de risques gravesméthode habituellement recommandée consiste à récupérer mais nécessite une indication rigoureuse et une équipede manière aseptique l’urine de milieu de jet, « à la volée », entraînée. Le cathétérisme de réalisation facile chez laaprès un lavage hygiénique des mains et une toilette des fille, s’avère délicat chez le garçon et expose à un risqueorganes génitaux externes au savon doux puis rinçage à traumatique de l’urètre et à une IU iatrogène. Lors de cel’eau ou par un antiseptique non agressif. Après évacuation prélèvement, les premières gouttes d’urines, potentielle-du premier jet (20 ml) contaminé par la flore commensale, ment contaminées, doivent être éliminées.au moins 20 à 30 ml sont recueillis dans un pot stérile. Pour Pour les patients porteurs d’urétérostomie, un collecteurles patients non valides, le niveau de contamination semble stérile est utilisé après désinfection soigneuse de la peau.beaucoup moins important lorsque le recueil est effectué par Chez la personne incontinente ou handicapée, le recueil doitun personnel soignant entraîné [4]. Chez le patient sondé, s’effectuer en priorité par un personnel soignant après unel’urine ne sera jamais prélevée dans le sac collecteur ou par toilette génitale soigneuse. Chez la femme, le cathétérismedes manœuvres entraînant une rupture du « système clos ». est conseillé si la miction est impossible. Chez l’homme,Elle doit être prélevée dans un site de ponction spécifique on peut utiliser un étui pénien ou réaliser une ponctionprévu sur la sonde et après désinfection, ou collectée sur sus-pubienne lors d’une rétention urinaire aiguë.une sonde neuve lors d’un changement de dispositif pour Dans tous les cas, le prélèvement est fermé hermétique-éliminer toute contamination par des bactéries adhéren- ment, précisément identifié et accompagné d’une pres-tes à la paroi interne du cathéter urinaire [5, 6]. En réalité, cription détaillée.chez le patient sondé, seule la ponction sus-pubienne estcomplètement représentative des espèces bactériennes 3.2. Conditions de conservation et transportprésentes dans la vessie [7]. Il s’agit ici d’éviter la pullulation microbienne suivant uneChez le nourrisson et le jeune enfant, le prélèvement au éventuelle contamination en diminuant le plus possiblemilieu du jet est une technique non invasive, à privilégier le délai entre le prélèvement et l’analyse. Une mauvaisesystématiquement chez les enfants qui ont une miction conservation des urines peut conduire à des résultatsvolontaire. Avec un peu de patience, il est même pos- de bactériurie aberrants, surtout si la contamination ini-sible de recueillir de cette façon l’urine d’un très jeune tiale est importante (figure 2). Le principal risque est deenfant ou même d’un nourrisson qui urine toutes les surestimer la bactériurie et d’inciter le clinicien à traiterdemi-heures. La contamination par la flore périnéale et inutilement le patient.digestive est réduite par une désinfection soigneuse de De nombreuses études soulignent depuis longtemps l’im-la vulve, du prépuce ou du gland. En routine, la technique portance majeure d’un transport rapide et d’une températurela plus utilisée est la collecte d’urine sur poche à urine de conservation adaptée pour éviter la multiplication desadhésive. Cette technique nécessite une désinfection bactéries contaminantes [8, 9, 10]. À partir de la 3-4e heure,cutanée extrêmement rigoureuse et un temps de pose il existe une augmentation de la bactériurie de l’ordrebref (< 30 minutes). de 1 log10 entre les urines placées à 22 °C et les urines REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2008 - N°406 // 53
  • 4. conservées à 4°C ; en fonction des espèces, cette augmen- 4. Les pièges techniques tation varie entre 1 et 3 log10 à la 6e heure et dépasse 3 log10 à la 24e heure (figure 3). En revanche, une conservation à de l’ECBU +4 °C permet une stabilisation de la bactériurie, mais les leucocytes peuvent s’altérer au-delà de la 12e heure. 4.1. Examen macroscopique La réalisation du prélèvement devrait être effectuée chaque L’examen macroscopique de l’urine homogénéisée permet fois que cela est possible au laboratoire. À défaut, il faut d’apprécier la limpidité et de noter l’existence d’une héma- s’assurer que les urines n’ont pas été conservées plus de turie. Son intérêt reste limité. En effet, le caractère trouble 2 heures à température ambiante ou plus de 24 heures à d’une urine ne signe pas systématiquement la présence d’une 4 °C. Il existe des systèmes de transport stabilisateurs infection et peut simplement refléter la présence de cristaux. contenant de l’acide borique en conditionnement stérile qui La coloration des urines n’est pas synonyme d’hématurie et permettent une conservation de l’urine pendant 48 heures peut être liée à une prise médicamenteuse (rifampicine). La à température ambiante sans modification notable de la valeur prédictive positive (VPP) de cet examen est faible et bactériurie et de la leucocyturie [11, 12]. Il est nécessaire sa VPN est de l’ordre de 95 % ce qui signifie qu’une urine de bien remplir ces flacons afin d’obtenir la concentration limpide peut être infectée dans 5 % des cas [8]. de conservateur recommandée par le fabricant. 4.2. Numération des leucocytes 3.3. Tests de dépistage rapide et de la bactériurie La recherche de leucocyte estérase et des nitrites à l’aide Cet examen associe obligatoirement 2 étapes, cytologique de bandelettes réactives permet un dépistage rapide de et bactériologique, qui ont pour but d’apprécier de façon l’infection urinaire mais expose à plusieurs difficultés d’in- quantitative et qualitative la présence d’éléments figurés terprétation. En effet, il existe des leucocyturies dues à la (leucocytes, hématies, cellules épithéliales) et de bacté- présence de leucorrhées, ou de fausses leucocyturies lors ries. Lors de cette étape, des erreurs de numération sont d’hyperalbuminémie ou en présence d’acide ascorbique, possibles. Elles sont principalement dues à l’inexpérience de nitrofurantoïne ou de gentamicine [13]. La sensibilité du technicien, au manque de formation ou à une charge de la recherche de leucocyte estérase est de l’ordre de de travail trop importante au laboratoire ce qui entraîne 82 à 95 % et sa valeur prédictive négative (VPN) de 81 à une lecture trop rapide de l’examen direct. Un mauvais 96 %. Ce test est sans valeur chez les patients sondés ou examen ne permettra pas de signaler une bactériurie ayant une vessie neurologique, chez lesquels on retrouve polymorphe, la présence de lactobacilles, de levures, de systématiquement une leucocyturie. La recherche de cellules épithéliales ou de cylindres qui sont des éléments nitrites peut être faussement négative lors d’infections à prendre en compte pour l’interprétation. par des bactéries ne produisant pas de nitrate réductase La leucocyturie est mesurée par numération dans un volume tel que Staphylococcus spp., Enterococcus spp., Pseu- donné de l’urine homogénéisée sur cellule de type Malas- domonas spp., ou Acinetobacter spp. Ce test présente sez, de préférence à usage unique [3]. Ce nombre est rap- une VPN de 81 à 90 % suivant les études. L’association porté par millilitre. En cas d’infection urinaire, un processus de la recherche de leucocyte estérase et des nitrites per- inflammatoire se traduit par la présence de plus de 104 leu- met d’obtenir une VPN proche de 100 %, ce qui supporte cocytes/mL, parfois en amas, fréquemment associée à une l’intérêt des bandelettes urinaires dans le diagnostic d’éli- hématurie supérieure à 104 hématies/mL dans environ 30 % mination de l’IU. des cas. La présence de cylindres doit être signalée. Figure 3 – Évolution comparée de la bactériurie en fonction du temps et de la température de conservation pour deux espèces bactériennes [8].54 // REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2008 - N°406
  • 5. LES DIFFICULTÉS D’INTERPRÉTATION EN… BACTÉRIOLOGIELors de bactériuries élevées, l’examen bactériologique Figure 4 – Présence d’une flore polymorphed’un frottis coloré au Gram de 10 μL d’une urine homo- sur milieu chromogène (3 espèces).généisée non centrifugée est un examen simple, rapideet très utile. Un résultat positif est très évocateur d’unebactériurie supérieure à 104 UFC/mL.Cet examen permet une orientation diagnostique rapide(bacilles à Gram négatif, cocci à Gram positif, levures..)et permet éventuellement de cibler le choix des milieux etdes conditions de culture spécifiques. Il permet égalementd’orienter le prescripteur pour la mise en route d’une anti-biothérapie probabiliste, notamment lors de pyélonéphriteou de prostatite.Depuis quelques années, il existe également des techniquesautomatisées de numération. Ces méthodes utilisent lacytométrie en flux couplée à une détection de fluorochromeou une technique d’analyse d’images après capture parsystème vidéo. Elles permettent une détection quantita-tive rapide d’une grande variété de particules urinaires(hématies, leucocytes, cylindres, cristaux) et estiment labactériurie à partir d’un seuil minimum de 103 ou 104/mL.Les avantages de ces méthodes automatisées sont :- la standardisation des résultats avec une répétabilité supé-rieure aux techniques manuelles (coefficient de variation de1,5 % à 24 % pour ces systèmes contre 12,5 % à 44 % détecter des bactériuries ou des candiduries à partir d’unpour les techniques manuelles) et une bonne reproducti- seuil d’environ 102 UFC/mL d’urine. L’ensemencementbilité (coefficient de variation de 3,5 % à 32 %) ; s’effectue le plus souvent sur des milieux de type C.L.E.D.- un rendement important de l’ordre de 60 à 100 échan- ou B.C.P qui permettent la croissance des entérobacté-tillons par heure ; ries tout en inhibant l’envahissement par les Proteus. Des- un transfert des données sur le système informatique milieux chromogènes facilitent le repérage des colonies,du laboratoire. notamment pour les cultures polymicrobiennes (figure 4),Dans les études récentes, la VPP varie de 61 % à 86 % et permettent une orientation rapide. Des milieux spécifi-et la VPN de 93 % à 98,5 % [14, 15, 16]. Ces différences ques comme une gélose au sang ou un milieu Sabouraudobservées de VPP peuvent s’expliquer par le fait que les peuvent être ensemencées en fonction des résultats deautomates et les seuils de positivité utilisés étaient variables la coloration de Gram.en fonction des études. Ces automates sont d’efficacité La bactériurie peut être sous-estimée du fait d’une ten-inégale selon le type de lecture choisi ; certains systèmes dance chez certaines bactéries, notamment du genresont plus performants dans l’évaluation de la bactériurie Staphylococcus, à s’agréger en amas.et d’autres dans la recherche de cellules épithéliales dans Le second problème rencontré à cette étape de culturel’urine [17]. est une sous-estimation de la bactériurie liée à un tempsEn revanche, l’ensemble des études confirment une très d’incubation trop court. La lecture s’effectue à 18-24 hbonne VPN, conférant à ces systèmes une fonction de tri d’incubation en aérobiose à 37 °C et il faut savoir attendredes urines. La technique manuelle demeure nécessaire 48 h en cas de suspicion de bactéries à culture lente.pour chaque alarme signalée ce qui représente 10 à 35 %des échantillons [15]. 4.4. Quels seuils utiliser ? (tableau III)Le caractère standardisé et automatisé de cette étape analy-tique ne dispense pas d’un prélèvement de bonne qualité. 4.4.1. Leucocyturie Le seuil significatif de leucocyturie est fixé de manière4.3. Culture quantitative consensuelle à 104/mL (10 leucocytes/mm3) : il témoigneLes problèmes les plus fréquemment rencontrés lors de d’une inflammation du tractus urinaire. Une leucocyturiecette étape sont un ensemencement incorrect de l’urine non significative possède une excellente VPN permet-(volume mal calibré, mauvaise technique d’isolement) et tant souvent d’exclure une infection urinaire (sauf chez leune durée ou des conditions d’incubation inadaptées, qui sujet neutropénique ou à la phase initiale de l’infection).entraînent systématiquement une erreur de quantification Cependant ce paramètre n’a pas de valeur chez un patientde la bactériurie. porteur d’une sonde à demeure ou présentant une vessiePour éviter les erreurs techniques, les méthodes d’ense- neurologique, circonstances où la leucocyturie est quasimencement, d’incubation et de lecture (abaques) doivent constante. Les leucocyturies sans bactériurie sont fré-être formalisées par le biais de procédures connues et quentes et reflètent la plupart du temps un phénomènedisponibles dans les pièces de travail. inflammatoire non infectieux du tractus urinaire, une IULa culture des urines doit être quantitative et s’opère le plus déjà traitée par un antibiotique ou une IU causée par unsouvent par technique de l’anse calibrée (généralement microorganisme non cultivable ou à croissance difficileà 10 μL). Ces méthodes d’ensemencement permettent de (tableau III). REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2008 - N°406 // 55
  • 6. Tableau III – Infections urinaires : interprétation des principales situations basées sur le contexte épidémiologique, la présence de signes cliniques, d’une leucocyturie et d’une bactériurie. Bactériurie avec des Signes Leucocyturie Contexte uropathogènes reconnus Commentaires cliniques ≥ 104 / ml (au plus 2 micro-organismes différents) ≥ 103 UFC/mL Infection urinaire (cystite aiguë) coliformes et S. saprophyticus Dans le cas de suspicion de pyélonéphrite Communautaire + + ≥ 105 UFC/mL aiguë, le seuil de bactériurie ≥ 104 UFC/mL pour les autres espèces, est considéré comme significatif Non sondé notamment entérocoque [2] ≥ 103 UFC/mL Colonisation ¤ - + ou - ≥ 105 UFC/mL [2] pour la femme enceinte Nosocomial Infection urinaire ou associé + + ≥ 103 UFC/mL [21] aux soins Colonisation ¤ - + ou - ≥ 105 UFC/mL Non sondé [21] Nosocomial ou Infection urinaire + ≥ 105 UFC/mL associé au soin [21] Non contributif Colonisation ¤ Sondage urinaire - ≥ 105 UFC/mL [21] Inflammation sans bactériurie Traitement antibiotique en cours +* < 103 UFC/mL Communautaire Recherche micro-organismes à culture lente + ou - ou difficile ou étiologie non infectieuse ou nosocomial Absence d’infection urinaire ou de bactériurie -* < 103 UFC/mL asymptomatique * La leucocyturie n’est pas contributive en présence d’un sondage urinaire. ¤ La colonisation urinaire, anciennement dénommée bactériurie asymptomatique, correspond à une situation de portage, c’est-à-dire à la mise en évidence d’un micro-organisme, lors d’un prélèvement urinaire correctement réalisé, sans que ce micro-organisme ne génère en soi de manifestations cliniques [2]. 4.4.2. Bactériurie • Chez l’adulte L’interprétation de l’ECBU découle en grande partie En 1960, les travaux de Kass ont défini une bactériurie du seuil de bactériurie retenu. Les recommandations significative (>105 UFC/mL) dans le cadre des pyélonéphri- nationales et internationales ne sont pas strictement tes aiguës et des « bactériuries asymptomatiques » de la superposables à l’heure actuelle et stratifient les seuils femme. Ce seuil de 105 UFC/mL manque de sensibilité significatifs en fonction des informations cliniques mais et peut être pris en défaut lors d’authentiques infections également en fonction des bactéries isolées. De plus en urinaires chez des patients ayant récemment reçu un plus, cette interprétation s’appuie sur le contexte clini- antibiotique, lors d’une hydratation excessive ou lors que, malheureusement pas toujours connu du biologiste, d’une infection urinaire débutante. Un seuil inférieur à sur la notion de traitements antibiotiques antérieurs, 105 UFC/mL a donc été proposé par plusieurs sociétés de cathétérisme urinaire ou d’antécédents urologiques savantes [18, 19, 20, 21]. Un seuil à 103 UFC/mL doit être (tableau I). En complément des données anamnestiques considéré comme significatif pour une infection urinaire et cliniques, l’interprétation se fondera sur les données de communautaire impliquant un uropathogène habituel l’examen direct, de la leucocyturie et de la bactériurie. Le (E. coli, S. saprophyticus) [2, 18, 20, 21] et pour une caractère symptomatique ou non permet généralement infection urinaire nosocomiale quelle que soit l’espèce de différencier infection et colonisation. La colonisation en cause [22]. En revanche, dans le cadre des infections urinaire, anciennement dénommée bactériurie asympto- urinaires communautaires à uropathogènes opportunistes, matique, correspond à une situation de portage, c’est- un seuil de 105 UFC/mL reste généralement requis, sauf à-dire à la mise en évidence d’un micro-organisme, lors s’il s’agit d’une pyélonéphrite ou d’une prostatite où le d’un prélèvement urinaire correctement réalisé, sans que seuil de 104 UFC/mL est suffisant pour poser le diagnos- ce micro-organisme ne génère en soi de manifestations tic [2, 18, 23]. Sans renseignement clinique, le biologiste cliniques [2]. Pendant la grossesse, les critères définissant ne sera donc pas en mesure de définir correctement le la bactériurie asymptomatique sont les suivants : seuil de bactériurie. En pratique, il semble raisonnable de - patiente asymptomatique ; tenir compte de bactériuries à partir de 103 UFC/mL pour - et 2 cultures positives avec la même bactérie, à un seuil E. coli ou S. saprophyticus dans le cadre des IU com- >105 UFC /ml. munautaires de la femme, surtout si l’on a la notion de Pour des aspects pratiques, un seul prélèvement est accepté signes cliniques ou si cette bactériurie est associée à pour la détection des bactériuries asymptomatiques. une leucocyturie significative. En cas de doute, il ne faut En dehors de la grossesse, le terme de colonisation urinaire pas hésiter à redemander un autre ECBU. Dans tous les est préférable à celui de bactériurie asymptomatique et cas, le seuil ne peut être opposé à un tableau clinique correspond à la même entité sans notion de seuil. évident (accord professionnel) [2].56 // REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2008 - N°406
  • 7. LES DIFFICULTÉS D’INTERPRÉTATION EN… BACTÉRIOLOGIE• Chez l’enfant L’identification de l’agent pathogène est orientée par l’exa-Les seuils significatifs retenus par l’Afssaps en 2007 [24] sont men direct après coloration de Gram, par l’aspect des colo-103 UFC/mL pour les urines prélevées par cathétérisme et nies sur milieu usuel ou chromogène et par des tests simples105 UFC/mL pour les prélèvements de milieu de jet. et classiques d’identification biochimique. Les bactéries lesIl est précisé que l’urine prélevée à l’aide d’une poche est une plus fréquemment retrouvées dans les IU communautairestechnique peu fiable. Une culture bactérienne ≤ 103 UFC/mL sont E. coli (80 %) suivi des Proteus, Klebsiella, Enterococcusa une excellente valeur prédictive négative, mais si elle est et Staphylococcus saprophyticus (tableau IV). Cette der-> 104 UFC/mL, elle doit être interprétée avec prudence, en nière espèce est plus fréquente chez la femme de moins detenant compte du tableau clinique, de l’association à une 30 ans. Les agents responsables d’IU nosocomiales les plusleucocyturie significative (son absence rendant improbable le fréquents sont E. coli, Pseudomonas aeruginosa, S. aureus,diagnostic), du nombre d’espèces isolées et de leur nature. Enterococcus et Candida spp. (tableau IV) [25].Il ne faut pas hésiter, en cas de doute, avant de débuter une Parallèlement à l’identification, un antibiogramme doit êtreantibiothérapie et des explorations, à renouveler l’examen réalisé. Il permet de dépister les résistances acquises auxdans des conditions toujours aussi rigoureuses ou à pro- antibiotiques et de réévaluer le traitement empirique misposer un prélèvement de l’urine vésicale chez le nourrisson en place. L’antibiogramme minimum doit être adapté à laet l’enfant trop jeune pour uriner sur commande. bactérie en cause et doit comprendre les principaux anti- biotiques à forte élimination urinaire habituellement utilisés4.4.3. Cas particuliers per os ou sous forme injectable. Ce choix doit tenir compte• Ponction sus-pubienne des résistances naturelles aux différentes familles bacté-Après ce type de prélèvement, 100 μl d’urine sont ense- riennes. La méthode de diffusion en gélose utilisant desmencés et tout isolement bactérien doit être considéré disques chargés d’antibiotiques est une excellente méthode,comme significatif à un seuil ≥ 10 UFC/mL, c’est-à-dire mais nécessite une bonne standardisation [26]. Il faut faireun seuil beaucoup plus bas que ceux retenus pour les très attention aux principaux pièges de cette méthode quiautres modes de prélèvement. sont la densité de l’inoculum et la bonne conservation des• Cultures polymicrobiennes disques, en particulier pour les bêta-lactamines. La lectureLes infections urinaires polymicrobiennes sont rares dans interprétative de l’antibiogramme par un lecteur entraînéle cadre des IU communautaires mais peuvent se ren- doit permettre de corriger les discordances et le passagecontrer chez le patient porteur d’une sonde à demeureou ayant une vessie neurologique. Elles représententen revanche 15 % des cas d’IU nosocomiales, essen- Tableau IV – Principaux micro-organismes isoléstiellement dans la suite de manœuvres invasives ou de des grandes catégories d’infections urinaires.cathétérisme urinaire. En dehors de ce contexte, il s’agit Infections urinaires Infections urinairesle plus souvent d’une contamination de l’urine lors du nosocomiales* communautaires**prélèvement. Le biologiste peut être orienté vers une Femmes Tous Sondage urinaire Total de 15contamination, par exemple chez la femme, par la pré- Espèces patients à 65 anssence de nombreux lactobacilles, d’une flore polymorphe Oui*** Non N = 340 N = 1149 Données(corynébactéries, staphylocoques) et de cellules épithé- N = 219 N = 121 % % cumuléesliales à l’examen direct. Il faut être prudent quant à l’in- % %terprétation de l’existence de polynucléaires à l’examen Escherichia coli 25,1 40,5 30,6 80 66-75direct dont la présence est physiologique au niveau de Proteus spp. 7,3 7,4 7,4 5 4-6la muqueuse vaginale. Une culture de lactobacilles ouune culture polymorphe à 103 ou 104 UFC/mL confirme la Klebsiella spp. 10 9,9 10 3 4-5contamination et impose un nouveau prélèvement réalisé Enterobacter spp. 5 2,5 4,1 1,3 1-2dans de bonnes conditions si le contexte est évocateur Citrobacter spp. 2,7 2,5 2,6 1,8 1-2d’infection urinaire. Quel que soit le contexte, une culturepolymicrobienne avec plus de 2 bactéries impose un Pseudomonas 10,5 4,1 8,2 0,5 0,5-3 aeruginosacontrôle sur un autre prélèvement.• Bactériurie sans leucocyturie significative Acinetobacter spp. 1,4 <1 <1 0,1 0,2Il s’agit le plus souvent d’une contamination initiale du Enterococcus spp. 13,2 15,7 14,1 2,4 3-8prélèvement ou de mauvaises conditions de transport mais Streptococcuscette situation est également rencontrée dans d’authen- - 2,5 <1 2 2 agalactiaetiques infections urinaires chez un patient neutropénique Staphylococcus aureus 3,7 3,3 3,5 2 1-2ou à la phase initiale de l’infection. Staphylococcus <1 <1 <1 1,2 1 saprophyticus5. Identification Autres staphylocoques 1,8 3,4 2,1 1,2 2 à coagulase négativeet antibiogramme Candida spp. 16,4 6,6 12,9 < 0,5 2Les étapes d’identification et d’antibiogramme sont mises * Données Bouza [25]. ** Données AFORCOPI-BIO (1998-2004).en œuvre en cas d’ECBU positif selon les critères d’inter- *** Sondage urinaire de courte durée (< 30 jours) dans plus de 90 % des cas.prétation retenus. REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2008 - N°406 // 57
  • 8. régulier de souches de référence doit permettre de valider 7. Conclusion la méthodologie et de s’assurer que les disques sont bien chargés. Un temps d’incubation trop court (< 18 heures) L’ECBU est l’examen de référence qui permet d’affirmer est également une source d’erreur pouvant entraîner une la présence d’une infection urinaire. Bien que l’ECBU soit mauvaise interprétation des phénotypes de résistances. l’examen microbiologique le plus fréquemment pratiqué Pour les entérobactéries, l’antibiogramme minimal adapté au laboratoire de biologie, c’est l’un des plus difficiles à à un ECBU doit comporter une aminopénicilline, l’amoxi- interpréter car la qualité de sa réalisation est soumise à cilline-acide clavulanique, une céphalosporine de 1re, 2e de nombreux paramètres. Ces difficultés sont essentielle- et de 3e génération (C3G), le pivmecillinam, le sulfamé- ment liées à la contamination de l’échantillon par la flore thoxazole-triméthoprime, une quinolone de 1re généra- commensale et à des conditions de transport inadaptées. tion, une fluoroquinolone, un aminoside, la fosfomycine, la Les erreurs rencontrées lors de la phase analytique sont nitrofurantoïne, et un carbapénème en 2e intention. Chez moins fréquentes et peuvent être évitées par la mise en E. coli, principale bactérie en cause, il faudra être attentif place de méthodes éprouvées, de procédures standardi- aux résistances de 1er niveau aux quinolones (résistance sées au laboratoire et par une formation initiale et conti- à l’acide nalidixique et sensibilité aux fluoroquinolones) nue des techniciens pour toutes les phases de l’ECBU : pour laquelle il faudra éviter un traitement par fluoroqui- ensemencement, incubation, identification, réalisation de nolone ; pour la fosfomycine, la résistance est homogè- l’antibiogramme. L’utilisation d’automates de numération ne et la présence de colonies dans la zone d’inhibition comme méthode de tri des urines permet une meilleure ne devra pas être prise en compte. Enfin, pour les bêta- standardisation des résultats et une amélioration du ren- lactamines, il faudra savoir rechercher la production d’une dement. Cette automatisation ne dispense pas d’une pénicillinase, d’une pénicillinase résistante aux inhibiteurs bonne indication et d’un bon prélèvement. ou d’une oxacillinase, d’une céphalosporinase et enfin Au delà des problèmes techniques, les difficultés ren- d’une bêta-lactamase à spectre élargi (BLSE). Ce dernier contrées par les biologistes sont liées à la variabilité des type de résistance est dominé actuellement chez E. coli seuils de bactériurie publiés par les sociétés savantes et par les enzymes CTX-M et en particulier par la diffusion à l’accès aux renseignements cliniques susceptibles de mondiale de CTX-M15 dans les infections communautai- faciliter l’interprétation. La connaissance des renseigne- res. Cependant sa fréquence reste encore faible dans les ments cliniques, malheureusement difficile en pratique, IU communautaires à E. coli en France (environ 1 %). Ces permet une réponse mieux adaptée à chaque patient BLSE sont facilement mises en évidence par une synergie et permet de contribuer plus efficacement à sa prise en entre l’amoxicilline-acide clavulanique et une C3G. charge médicale. Références [11] Verger S, Le Noc P, Rouhan D, Renaudet J. Évaluation bactériologi- [1] Thiolet JM, Lacavé L, Jarno P, Metzger MH, Tronel H, Gautier C, que d’un nouveau système de transport et de conservation de l’urine : le L’Hériteau F, Coignard B, pour le groupe de travail Raisin ENP 2006, système Vacutainer UC and S. Ann Biol Clin 1986;44:249-53. Prévalence des infections nosocomiales, France, 2006. Bull Epid Hebd [12] Weinstein MP. Clinical evaluation of a urine transport kit with 2007;51-52:429-32. lyophilized preservative for culture, urinalysis, and sediment microscopy. [2] Recommandations « Diagnostic et antibiothérapie des infections Diagn Microbiol Infect Dis 1985;3:501-8. urinaires bactériennes communautaires de l’adulte : cystite aiguë sim- [13] Courcol R, Marmonier A, Piémont Y. Les difficultés d’interprétation ple, cystite compliquée, cystite récidivante, pyélonéphrite aiguë simple, de l’examen cytobactériologique des urines. Rev Fr Lab 2005;370:21-5. pyélonéphrite aiguë compliquée, prostatite aiguë, infections urinaires de la femme enceinte », Afssaps, juin 2008. [14] Boucaud-Maitre Y, Thoinet S, Fuhrmann C, Coronel B, Freney J. Évaluation des performances et de la praticabilité de l’automate de [3] REMIC. Examen cytobactériologique des urines, 3e édition pp 25-30. cytobactériologie sysmex UF-100 TM pour la prédiction d’infection uri- Référentiel en microbiologie médicale, Édition 2M2, Montmorency, 2007. naire. Rev Fr Lab 2001;338:75-81. [4] Pfau A. Bacteriuria-Sampling methods and significance. Infection [15] Delanghe J, Kouri T, Huber A, Hannemann-Pohl K, Guder W, Lun A, 1994;22(Suppl.1):S32-3. Sinha P, Stamminger G, Beier L. The role of automated urine particle [5] Grahn D, Norman DC, White ML, Cantrell M, Yoshikawa TT. Validity flow cytometry in clinical practice. Clin Chim Acta 2000;301:1-18. of urinary catheter specimen for diagnosis of urinary tract infection in [16] Gentelet H, Carricajo A, Rusch P, Dow C, Aubert G. Evaluation of a the elderly. Arch Int Med 1985;145:1858-60. new rapid screening analyser: cellFacts. Pathol Biol 2001;49:262-4. [6] Tenney JH, Warren JW. Bacteriuria in women with long-term [17] Chien T, Kao JE, Liu HL, Lin PC, Hong JS, Hsieh HP, Chien MJ. catheters : paired comparison of indwellingand replacement catheters. Urine sediment examination: a comparison of automated urinalysis J Infect Dis 1988;157:199-202. systems and manual microscopy. Clin Chim Acta 2007;384:28-34. [7] Bergqvist D, Bronnestam R, Hedelin H, Stahl A. The relevance of [18] Aspevall O, Hallander H, Gant V, Kouri T. European guidelines for urinary sampling methods in patients with indwelling Foley catheters. urine analysis: a collaborative document produced by European cli- Br J Urol. 1980;52:92-5. nical microbiologists and clinical chemists under ECLM (European [8] Cavallo JD. Bonnes pratiques de l’examen cytobactériologique des Confederation of Laboratory Medecine) in collaboration with ESCMID urines (ECBU) au laboratoire. Feuill. Biol. 1987;215:7-13. (European Society for Clinical Microbiology and Infectious Diseases). [9] Clarridge JE, Johnson JR, Pezzlo MT. Laboratory diagnosis of urina- Clin Microbiol Infect 2001;7:173-8. ry tract infections. In : Cumitech 2B AS Wessfeld Ed, ASM press, 1998. [19] Naber KG. Experience with the new guidelines on evaluation of [10] Hindman R, Tronic B, Bartlett R. Effect of delay on culture of urine. new anti-infective drugs for the treatment of urinary tract infections. Int J Clin Microbiol 1976;4:102-3. J Antimicrob Agents 1999;11:(3,4)189-96, discussion 213-6.58 // REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2008 - N°406
  • 9. LES DIFFICULTÉS D’INTERPRÉTATION EN… BACTÉRIOLOGIE[20] Rubin RH, Shapiro ED, Andriole VT, Davis RJ, Stamm WE. Lobel B, Naber KG, Palou J, Tenke P. Guidelines on the managementEvaluation of new anti-infective drugs for the treatment of urinary tract of urinary and male genital tract infections, European Association ofinfection. Infectious Diseases Society of America and the Food and Urology (2008).Drug Administration. Clin Infect Dis 1992;15(Suppl.1)S216-27. [24] Recommandations « Diagnostic et antibiothérapie des infections[21] Rubin RH, Shapiro ED, Andriole VT, Davies RJ, Stamm WE with urinaires bactériennes communautaires du nourrisson et de l’enfant »,modifications by a European Working Party (Norrby SR), General Afssaps, février 2007.guidelines for the evaluation of new anti-infective drugs for the treat- [25] Bouza E, San Juan R, Munoz P, Voss A, Kluytmans J. A Europeanment of UTI. Taufkirchen, Germany. The European Society of Clinical perspective on nosocomial urinary tract infections. Report on the micro-Microbiology and Infectious Diseases 1993;294-310.` biology workload, etiology and antimicrobial susceptibility (ESGNI-003[22] Conférence de consensus « Infections urinaires nosocomiales », study). Clin Microbiol Infect 2001;7:523-31.AFU et SPILF, Paris, 27 novembre 2002. [26] Courvalin P, Leclercq R, Bingen E. Antibiogramme, 2e édition, ESKA,[23] Grabe M, Bishop MC, Bjerklund-Johansen TE, Botto H, Çek M, Paris, 2006. REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2008 - N°406 // 59