Les Outils du Chercheur

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Present some electronic tools usefull for research

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  • Serveurs de préprints http://bmiu.univ-bpclermont.fr/DOC_ELECTR/PageEnCours/PREPRINTS.htm
  • CRC handbook of chemistry and physics http://www.hbcpnetbase.com/
  • Thèse sur la communication en physique www.ujf-grenoble.fr/BUS/Ressources_Electroniques/ Presentation_mai_2005_NPignard.pdf Mai 2005 Nathalie Pignard-Cheynel
  • ALERT SERVICES http://marmaris.ku.edu.tr/sasrequest/alert_page/Alert.htm
  • AXIOM http://axiom.iop.org/ ACM Digital Library http://portal.acm.org/ BMJ http://bmj.bmjjournals.com/alerts/
  • AXIOM http://axiom.iop.org/ ACM Digital Library http://portal.acm.org/ BMJ http://bmj.bmjjournals.com/alerts/
  • Scholar Google http://scholar.google.com/ Chercher : vioxx cardiovascular Peter Jacso http://www2.hawaii.edu/~jacso/scholarly/side-by-side2.htm -------------------------------- OAIster http://oaister.umdl.umich.edu -------------------------------
  • URFIST.info http://www.urfist.info/ Moteurs de recherche http://urfist.univ-lyon1.fr/risi/outils.htm The Role of RSS in Science Publishing Syndication and Annotation on the Web http://www.dlib.org/dlib/december04/hammond/12hammond.html D-Lib Magazine December 2004 Volume 10 Number 12 ISSN 1082-9873
  • URFIST.info http://www.urfist.info/ Moteurs de recherche http://urfist.univ-lyon1.fr/risi/outils.htm The Role of RSS in Science Publishing Syndication and Annotation on the Web http://www.dlib.org/dlib/december04/hammond/12hammond.html D-Lib Magazine December 2004 Volume 10 Number 12 ISSN 1082-9873
  • URFIST.info http://www.urfist.info/ Moteurs de recherche http://urfist.univ-lyon1.fr/risi/outils.htm The Role of RSS in Science Publishing Syndication and Annotation on the Web http://www.dlib.org/dlib/december04/hammond/12hammond.html D-Lib Magazine December 2004 Volume 10 Number 12 ISSN 1082-9873
  • Voir CNRS http://www.sg.cnrs.fr/drh/carriere/cherch/eval.htm
  • Voir CNRS http://www.sg.cnrs.fr/drh/carriere/cherch/eval.htm
  • EDP http://www.edp-e-services.com
  • Serveurs de preprints http://bmiu.univ-bpclermont.fr/DOC_ELECTR/PageEnCours/PREPRINTS.htm
  • Serveurs de preprints http://bmiu.univ-bpclermont.fr/DOC_ELECTR/PageEnCours/PREPRINTS.htm
  • Faculty of 1000 http://www.facultyof1000.com
  • SD pub-date > 1994 and pub-date < 2005 and TITLE-ABSTR-KEY(vioxx) and TITLE-ABSTR-KEY(cardio!) 11 Articles Found That Cited: Risk of cardiovascular events and rofecoxib: cumulative meta-analysis The Lancet, Volume 364, Issue 9450, 4 December 2004-10 December 2004, Pages 2021-2029
  • Les Outils du Chercheur

    1. 1. Les outils du chercheur LARDY Jean-Pierre Université LYON 1
    2. 2. Sommaire <ul><ul><li>Le chercheur doit : </li></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>S’informer </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Publier </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Archiver </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li> Évaluer et se faire évaluer </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li> Gérer son information </li></ul></ul></ul></ul>
    3. 3. S’informer <ul><li>S’informer pour explorer un sujet : </li></ul><ul><li> état de l’art avant de commencer une thèse ou un nouveau sujet </li></ul><ul><ul><li> faire le point pour une publication ou une communication à un congrès </li></ul></ul><ul><ul><li>Source d’information  les bases de données bibliographiques </li></ul></ul>
    4. 4. S’informer <ul><li>Suivre l’actualité scientifique : </li></ul><ul><li>générale </li></ul><ul><li>Source d’information  quelques publications peu nombreuses et multidisciplinaires comme La Recherche, Pour la Science, Science, Nature </li></ul><ul><li>sur un sujet particulier </li></ul><ul><li>Source d’information  les bases de données. Elles ont maintenant des mises à jour très rapides : quotidiennes et même en temps réel </li></ul><ul><li> les serveurs d’archives ouvertes donnent l’accès au texte intégral des articles </li></ul>
    5. 5. S’informer <ul><li>Rechercher une information ponctuelle : </li></ul><ul><li>données numériques </li></ul><ul><li>propriétés physiques et chimiques </li></ul><ul><li>techniques </li></ul><ul><li>réactions chimiques </li></ul><ul><li>… . </li></ul><ul><li>Source d’information  séries techniques, handbooks </li></ul><ul><li>Ex : CRC Handbook of Chemistry and Physics </li></ul><ul><li>Bases de données factuelles DADI http://dadi.univ-lyon1.fr </li></ul>
    6. 6. S’informer <ul><li>Savoir ce que font les autres : </li></ul><ul><li>par l’information informelle </li></ul><ul><li>rencontres et discussions aux congrès </li></ul><ul><li>le collège invisible : </li></ul><ul><li>réseau de relations entretenu avec des chercheurs dans d'autres laboratoires </li></ul><ul><li>les outils PUSH (l’info arrive sur son poste de travail) : </li></ul><ul><ul><li>Les listes de discussion </li></ul></ul><ul><ul><li>Les fils RSS des blogs </li></ul></ul>
    7. 7. S’informer <ul><li>Faire de la veille pour suivre l’évolution des publications : </li></ul><ul><li>on parle d’ alertes </li></ul><ul><ul><li>Source d’information  les bases de données bibliographiques et les collections de e-journaux </li></ul></ul><ul><li>NB : il faut obligatoirement s’enregistrer c’est-à-dire avoir un compte (gratuit) pour chaque ressource </li></ul><ul><li>Ex SciencDirect :  Register or Login--------: Password:------ </li></ul><ul><li>Pubmed : My NCBI [ Sign  In]   [ Register ] </li></ul>
    8. 8. S’informer <ul><li>Les fonctions d’ alerte des bases de données ou des collections de jounaux électroniques permettent de rester averti des dernières informations dans ses domaines de recherche. </li></ul><ul><li>Les différents producteurs de ressources électroniques emploient une terminologie variée. </li></ul><ul><li>Une alerte de recherche est une demande de recherche programmée pour fonctionner automatiquement à une fréquence choisie et fournir un avertissement par mail des résultats. </li></ul><ul><li>De même, une alerte de table des matières de revue est une notification par mail d’une nouvelle édition d’un journal. </li></ul>
    9. 9. S’informer <ul><li>alerte sur profil = elle est basée sur un ou plusieurs termes de recherche </li></ul><ul><li>Ex ScienceDirect Save Search | Save as Search Alert </li></ul><ul><li>Pubmed : My Saved Searches </li></ul><ul><li>alerte basée sur un article particulier = pour être averti </li></ul><ul><ul><li>de la citation d’un article </li></ul></ul><ul><ul><li>d’une correction quand un erratum est publié </li></ul></ul><ul><ul><li>d’une discussion </li></ul></ul><ul><li>SD : Save as Citation Alert </li></ul><ul><li>Science : Alert me when new articles cite this article </li></ul><ul><li>recevoir les tables des matières (ToC) </li></ul><ul><li>SD : Alert me when new Journal Issues are available </li></ul><ul><li>Ex : Futuribles http://www.futuribles-revue.com </li></ul>
    10. 10. S’informer <ul><li>ticTOCs centralise les sommaires de plus de 12 200 revues scientifiques provenant de 436 éditeurs. </li></ul><ul><li>http://www.tictocs.ac.uk </li></ul><ul><li>MyJournals.org </li></ul><ul><li>http://www.myjournals.org </li></ul><ul><li>Accès aux tables des matières de 559 revues </li></ul>
    11. 11. S’informer <ul><li>De nouvelles sources d’information sont apparues dernièrement </li></ul><ul><ul><li>Google Scholar http://scholar.google.fr </li></ul></ul><ul><ul><li>Scirus http://www.scirus.com </li></ul></ul><ul><ul><li>OAIster http://www.oaister.org </li></ul></ul><ul><ul><li>BASE http://www.base-search.net </li></ul></ul><ul><ul><li>In Extenso http://www.in-extenso.org </li></ul></ul><ul><ul><li>Scitopia http://www.scitopia.org </li></ul></ul>
    12. 12. S’informer <ul><ul><li>Le web évolue : blogs et wikis </li></ul></ul><ul><ul><li>Les blogs </li></ul></ul><ul><ul><li>Définition : Pages web constituées de textes affichées et archivées automatiquement par ordre ante-chronologique, susceptibles d’être commentées et enrichies de liens externes. </li></ul></ul><ul><ul><li>Il existe de nombreux moteurs de recherche spécialisés sur les blogs comme Google recherche de blogs </li></ul></ul><ul><ul><li>http://www.google.fr/blogsearch?hl=fr </li></ul></ul>
    13. 13. S’informer <ul><li>En français </li></ul><ul><ul><li>Blog des bactéries et de l’Evolution http://bacterioblog.over-blog.com </li></ul></ul><ul><ul><li>Climat Sceptique http://www.climat-sceptique.com </li></ul></ul><ul><ul><li>Inclassables Mathématique http://beverycool.hautetfort.com </li></ul></ul><ul><ul><li>Science, On Blogue! http://blogue.sciencepresse.info </li></ul></ul><ul><ul><li>Science pour tous http://science-for-everyone.over-blog.com </li></ul></ul><ul><li>En anglais </li></ul><ul><ul><li>Sciencebase http://www.sciencebase.com </li></ul></ul><ul><ul><li>Cosmic Variance http:// cosmicvariance.com </li></ul></ul><ul><ul><li>Panda’s Thumb http:// pandasthumb.org </li></ul></ul><ul><ul><li>RealClimate http://www.realclimate.org </li></ul></ul><ul><ul><li>ScienceBlogs http://scienceblogs.com </li></ul></ul>
    14. 14. S’informer <ul><ul><li>Les wikis </li></ul></ul><ul><ul><li>Définition : c’est un site web dynamique permettant à tout individu d'en modifier les pages à volonté. Il permet de communiquer et diffuser des informations rapidement, et de structurer cette information pour permettre d'y naviguer commodément. </li></ul></ul><ul><li>Le meilleur exemple est Wikipedia, l’encyclopédie libre </li></ul><ul><li>http://fr.wikipedia.org </li></ul><ul><li>Exemples : </li></ul><ul><li>Proteopedia http://proteopedia.org </li></ul><ul><li>Paris 5 http://wiki.univ-paris5.fr </li></ul><ul><li>Fluwiki http://www.fluwikie.com </li></ul>
    15. 15. Publier <ul><ul><ul><ul><li>S’informer </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Publier </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Archiver </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li> Évaluer et se faire évaluer </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li> Gérer son information </li></ul></ul></ul></ul>
    16. 16. Publier <ul><li>Tout chercheur doit publier pour la reconnaissance de son travail : </li></ul><ul><li>C’est le fameux «  publish or perish  » </li></ul><ul><li>La carrière des chercheurs s’appuient sur leurs publications avec toutes les dérives liées à ce principe, en particulier le copier/coller, la surabondance … </li></ul>
    17. 17. Publier
    18. 18. Publier <ul><li>En sciences exactes et </li></ul><ul><li>biomédicales, l’article de </li></ul><ul><li>périodique est devenu le </li></ul><ul><li>média principal de publication, </li></ul><ul><li>suivi des communications aux congrès et pour les doctorants des posters. </li></ul>
    19. 19. Publier <ul><ul><li>Diffuser les connaissances scientifiques, c’est </li></ul></ul><ul><ul><li>éclairer les décisions des acteurs publics et privés </li></ul></ul><ul><ul><li>participer aux débats science/société </li></ul></ul><ul><ul><li>développer la culture scientifique et technique et vulgariser la science en direction du grand public </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>Production  livres, expositions, conférences grand public… </li></ul></ul></ul>
    20. 20. Publier <ul><ul><li>Valoriser la recherche en </li></ul></ul><ul><ul><li>trouvant des partenaires : société de valorisation </li></ul></ul><ul><ul><li>Ex : EZUS à Lyon 1 http://www.ezus-lyon1.fr </li></ul></ul><ul><ul><li>créant son entreprise : incubateur </li></ul></ul><ul><ul><li>Ex : Créalys http://www.crealys.com </li></ul></ul><ul><ul><li>déposant des brevets </li></ul></ul><ul><ul><li>Ex : INPI http://www.inpi.fr </li></ul></ul>
    21. 21. Publier <ul><li>Les nouveaux moyens de publication </li></ul><ul><li> le mouvement Accès Libre </li></ul><ul><li>Définition de l’Open Access (OA) </li></ul><ul><li>C’est la disponibilité libre de la littérature validée par les pairs l'Internet public, permettant à tout utilisateur de lire, télécharger, copier, distribuer, imprimer, rechercher ou lier le texte des articles. </li></ul>
    22. 22. Publier Archiver <ul><li>Deux voies complémentaires : </li></ul><ul><li>Open Access : principe d'accès gratuit aux publications scientifiques avec un comité de lecture . Les coûts d’une archive sont négligeables. C'est aussi comme cela qu'on appelle le mouvement, initié à Budapest en 2002 par des scientifiques. </li></ul><ul><li>Open Archive : stockage des publications scientifiques par les auteurs ou des médiateurs institutionnels (bibliothèques) sans comité de lecture sur des serveurs fonctionnant avec un logiciel « Open Source » (généralement E-prints), permettant une interopérabilité avec d'autres serveurs et offrant un accès totalement gratuit. </li></ul>
    23. 23. Publier <ul><li>De nouveaux acteurs : </li></ul><ul><li>Public Library of Science - PLoS </li></ul><ul><li>http://www.plos.org </li></ul><ul><li>Biomed Central (lancé en 2000, > 200 journaux) </li></ul><ul><li>http://www.biomedcentral.com </li></ul><ul><li>Hindawi </li></ul><ul><ul><li>http://www.hindawi.com </li></ul></ul><ul><li>BioOne </li></ul><ul><li>http://www.bioone.org </li></ul>
    24. 24. Publier <ul><li>DOAJ </li></ul><ul><li>http://www.doaj.org </li></ul><ul><li>Répertoire de plus de 3 850 journaux, toutes disciplines et langues, dont 74 pour la France en 2008 </li></ul><ul><li>HighWire Press </li></ul><ul><li>http://highwire.stanford.edu </li></ul><ul><li>Plus de 1 342 000 articles en texte intégral issus de 942 journaux hébergés par HighWire </li></ul>
    25. 25. Publier <ul><li>De nouvelles pratiques : on parle de publication hybride </li></ul><ul><li>EDP Sciences expérimente différentes formules : </li></ul><ul><li>période de mise en accès libre - actualités ou archives ; </li></ul><ul><li>modèles économiques comme par exemple le modèle mixte pour lequel le choix est laissé à l’auteur de rendre ou non son article disponible gratuitement à l’intérieur d’une revue. </li></ul><ul><li>De même on trouve Springer Open Choice, Blackwell Publishing Online Open, Oxford Open (mai 2005)…. </li></ul>
    26. 26. Publier <ul><li>Les bibliothèques numériques : une bibliothèque numérique est une collection organisée de documents électroniques  en accès libre et gratuit sur Internet, associée à une interface permettant la recherche et la consultation de ces documents. </li></ul><ul><ul><li>NUMDAM http://www.numdam.org </li></ul></ul><ul><ul><li>numérisation rétrospective des fonds mathématiques publiés en France </li></ul></ul><ul><ul><li>Persée http://www.persee.fr </li></ul></ul><ul><ul><li>portail de revues scientifiques en sciences humaines et sociales </li></ul></ul><ul><ul><li>Bibliothèques numériques en France </li></ul></ul><ul><li>http://jp.lardy.free.fr/pages/bibnum.html </li></ul>
    27. 27. Archiver <ul><ul><ul><ul><li>S’informer </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Publier </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Archiver </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li> Évaluer et se faire évaluer </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li> Gérer son information </li></ul></ul></ul></ul>
    28. 28. Archiver <ul><li>Différents types d’archives : </li></ul><ul><li>Par discipline : </li></ul><ul><li>arXiv en physique lancé en 1991 arXiv.org </li></ul><ul><li>PubMed Central lancé en 1999 http://www.pubmedcentral.org/ </li></ul><ul><li>Par institution : </li></ul><ul><li>eScholarship - California Digital Library http://repositories.cdlib.org/escholarship/ </li></ul><ul><li>En France : </li></ul><ul><li>HAL http://hal.archives-ouvertes.fr </li></ul><ul><li>La Cellule MathDoc http://mathdoc.emath.fr </li></ul>
    29. 29. Réactions des éditeurs <ul><li>Pour convaincre les chercheurs que les éditeurs commerciaux admettent l’auto-archivage, consultez le site : </li></ul><ul><li>The SHERPA/ROMEO list </li></ul><ul><li>http://www.sherpa.ac.uk </li></ul><ul><li>plus de 500 éditeurs </li></ul>
    30. 30. Evaluer <ul><ul><ul><ul><li>S’informer </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Publier </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Archiver </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li> Évaluer et se faire évaluer </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li> Gérer son information </li></ul></ul></ul></ul>
    31. 31. Evaluer <ul><li>Depuis plus de 40 ans, l’ISI comptabilise les co-citations. </li></ul><ul><ul><li>Journal Citation Reports ( JCR ) permet la comparaison des périodiques de recherche à partir des citations tirées de plus de 8 400 périodiques de recherche. </li></ul></ul><ul><ul><li>Il présente : </li></ul></ul><ul><ul><li>le facteur d'impact annuel par revue </li></ul></ul><ul><ul><li>l'évolution de l'impact des revues scientifiques </li></ul></ul><ul><ul><li>des informations statistiques basées sur des données de citations </li></ul></ul><ul><ul><li>une mesure qualitative des citations entre publications </li></ul></ul>
    32. 32. Evaluer <ul><li>Citations </li></ul><ul><li>Web of Science est composé de 3 bases interrogeables séparément ou simultanément : </li></ul><ul><ul><li>Arts & Humanities Citation Index </li></ul></ul><ul><ul><li>Science Citation Index Expanded </li></ul></ul><ul><ul><li>Social Sciences Citation Index </li></ul></ul><ul><li>On peut rechercher par référence citée </li></ul><ul><ul><li>auteur cité ( Cited author ) </li></ul></ul><ul><ul><li>publication citée ( Cited work ) </li></ul></ul>
    33. 33. Evaluer <ul><li>Il existe d’autres ressources d’évaluation des articles et journaux. </li></ul><ul><li>Faculty of 1000, </li></ul><ul><li>http://www.facultyof1000.com </li></ul><ul><li>publié dans BMC, est un ensemble d'articles sélectionnés en sciences biologiques. </li></ul><ul><li>Le classement est effectué par plus de 1000 chercheurs. </li></ul>
    34. 34. Evaluer <ul><li>Des bases de données récentes proposent aussi les co-citations  voir http://urfist.univ-lyon1.fr/cocitations.html </li></ul><ul><li>ex ScienceDirect : </li></ul><ul><li>http://www.sciencedirect.com </li></ul><ul><li>pub-date > 1994 and pub-date < 2005 and TITLE-ABSTR-KEY(vioxx) and TITLE-ABSTR-KEY(cardio!) </li></ul><ul><li>11 Articles Found That Cited: </li></ul><ul><li>Risk of cardiovascular events and rofecoxib: cumulative meta-analysis The Lancet, Volume 364, Issue 9450, 4 December 2004-10 December 2004, Pages 2021-2029 </li></ul>
    35. 35. Evaluer <ul><li>Scholar Google </li></ul><ul><li>On retrouve le même article : </li></ul><ul><li>Risk of cardiovascular events and rofecoxib : cumulative meta - analysis P Jueni, L Nartey, S Reichenbach, R Sterchi, PA … - Lancet, 2004 - Peter Jüni, Linda Nartey, Stephan ... Cited by 49 - </li></ul>
    36. 36. Evaluer <ul><li>HighWire : certaines références donnent le lien </li></ul><ul><li>View Citation Map View Citation Map </li></ul>
    37. 37. Gérer l’information <ul><ul><ul><ul><li>S’informer </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Publier </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Archiver </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li> Évaluer et se faire évaluer </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li> Gérer son information </li></ul></ul></ul></ul>
    38. 38. Gérer l’information <ul><li>Un logiciel de gestion de bibliographie permet : </li></ul><ul><li>La saisie et l’importation automatique de références </li></ul><ul><li>La gestion de la base de références </li></ul><ul><li>L’interrogation de la base de données </li></ul><ul><li>La liaison entre un document de traitement de texte et la base de données </li></ul><ul><li>La génération de bibliographie selon le style demandé par la publication </li></ul>
    39. 39. Gérer l’information <ul><li>Il existe des solutions commerciales : </li></ul><ul><li>EndNote est le plus connu http://www.endnote.com </li></ul><ul><li>RefWorks de CSA est disponible en ligne </li></ul><ul><li>http://www.refworks.com </li></ul><ul><li>Mais aussi des solutions Open source gratuites : </li></ul><ul><li>Zotero plugin de Firefox http://www.zotero.org </li></ul><ul><li>Bibus multi-plateforme http://bibus-biblio.sourceforge.net </li></ul><ul><li>Wikindx en ligne http://wikindx.sourceforge.net </li></ul>

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