Your SlideShare is downloading. ×
Ohjelmistovertailu - KMV 2013
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×

Thanks for flagging this SlideShare!

Oops! An error has occurred.

×

Saving this for later?

Get the SlideShare app to save on your phone or tablet. Read anywhere, anytime - even offline.

Text the download link to your phone

Standard text messaging rates apply

Ohjelmistovertailu - KMV 2013

807
views

Published on

Published in: Education

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total Views
807
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
1
Actions
Shares
0
Downloads
1
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

Report content
Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
No notes for slide

Transcript

  • 1. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto Ohjelmistovertailu Johannes Pernaa (2013)
  • 2. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto Mallinnusohjelmistot ● Ilmaisia / maksullisia ● Tarvitsee asentamisen tietokoneelle / ei tarvitse asentaa ● Suomenkielisiä / englanniksi ● Ajetaan verkon yli ● Käyttöjärjestelmäriippuvainen / -riippumaton ● Kuoleva / elinvoimainen ● Ammattikäyttöön / opetuskäyttöön
  • 3. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto Pitää siis miettiä ● Hinta ● Ylläpito ● Kieli ● Koulutus ● Valmis materiaali ● Käyttöliittymän selkeys ● Vakaus ● Yhteensopivuus
  • 4. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto Chemsketch ● Kemian piirto-ohjelmisto ● Reaktioyhtälöt ja mekanismit ● Laboratoriovälineet ja kuvaajat ● Hyvin rajoittuneet laskentamahdollisuudet ● Rakenteen optimointi ● Kuvien ja animaatioiden teko onnistuu ● Ei kunnollista 3D-visualisointia ● Englanninkielinen (http://www.acdlabs.com/resources/freeware/chemsketch/) ● Tutoriaali: http://exordio.qfb.umich.mx/CHEMSK_R.pdf
  • 5. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto Avogadro (1.0.3) (1) ● Cross-Platform: Windows, Linux, and Mac OS X. ● Free, Open Source: GNU GPL ● International: Translations into e.g. Chinese, French, German, Italian, Russian, Spanish... ● Partial Finnish ● Intuitive: Built to work easily for students and advanced researchers both. ● Fast rendering and computation. ● Flexible: Features include Open Babel import of chemical files, input generation for multiple computational chemistry packages
  • 6. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto Avogadro (1.0.3) (2) ● Kuvien tekoon erinomainen ● Pikseli ja vektorikuvat ● Yhteensopiva muiden ohjemistojen kanssa ● Export / Import ● Ei tarvitse asentaa ● Hyvät tukisivustot: http://avogadro.openmolecules.net/ ● Paljon valmiita opetusmalleja ja käyttötutoriaaleja ● Ongelma vakaus ● Kaatuu vähän valiä
  • 7. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto Spartan student ● Kaupallinen ohjelmisto ● MFKA välittää Suomessa ● Paljon enemmän työkaluja kuin Avogadrossa ● Selkeä käyttää ● Tasokkaat visualisoinniit ● Enemmän Wavefunction keskittynyt ● Eli rajapinnat muiden ohjelmistojen kanssa eivät ole niin kehittyneet ● Sähköpostituki ja hyvät käyttötutoriaalit (Eng) Lähde: http://en.wikipedia.org/wiki/Cyanide
  • 8. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto Jmol (1) ● Visualisointiohjelmisto ● Lukee lähes kaikkia kemian tiedostotyyppejä ● Alkeellinen molekyylien rakennustyökalu ● Geometrian optimointi ● Käytetyin interaktiivisten molekyylimallien verkkopohjainen visualisointityökalu ● Wikipedia ● Protein data bank ● Myös stand alone -ohjelmistona ● Ei vaadi asentamista
  • 9. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto Jmol (2) ● Laaja käyttäjäyhteisö ● Kehittyy nopeasti ● Tukipalvelut ● Paljon valmista materiaalia ● Suomenkielinen versio ● Esimerkkejä esim.: ● http://www.edumendo.fi/jmol.html ● http://www.edumol.fi/mallinnus ● http://jmol.sourceforge.net/
  • 10. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto Vertailu ● Laskenta A J S ● Avogadro Semi-empirical ● Jmol Molecular mechanics ● Spartan Ab initio ● Piirtäminen C ● Rakentaminen A J S ● Kuvan tekeminen A C J S ● Visualisointi J