Your SlideShare is downloading. ×
0
Molekyylien rakenne
Molekyylien rakenne
Molekyylien rakenne
Molekyylien rakenne
Molekyylien rakenne
Molekyylien rakenne
Molekyylien rakenne
Molekyylien rakenne
Molekyylien rakenne
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×

Thanks for flagging this SlideShare!

Oops! An error has occurred.

×
Saving this for later? Get the SlideShare app to save on your phone or tablet. Read anywhere, anytime – even offline.
Text the download link to your phone
Standard text messaging rates apply

Molekyylien rakenne

388

Published on

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total Views
388
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
0
Actions
Shares
0
Downloads
0
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

Report content
Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
No notes for slide

Transcript

  • 1. Molekyylien rakenne Johannes Pernaa www.helsinki.fi/yliopisto 1
  • 2. Tärkeä aihe● LOPS: ● “tuntee aineen rakenteen ja ominaisuuksien välisiä yhteyksiä ● osaa käyttää aineen ominaisuuksien päättelyssä erilaisia kemian malleja, taulukoita ja järjestelmiä ● ymmärtää orgaanisten yhdisteiden rakenteita ja tuntee rakenteen määrityksessä käytettäviä menetelmiä ● osaa tutkia kokeellisesti ja erilaisia malleja käyttäen aineiden rakenteeseen, ominaisuuksiin ja reaktioihin liittyviä ilmiöitä.” www.helsinki.fi/yliopisto 2
  • 3. Molekyylimallit● Muovimallit, kirjan kuvat ja interaktiiviset tietokoneavusteiset mallit● Tutkimustiedon mukaan: ● Kehittää avaruudellista hahmotuskykyä ● Tukee kemiallisen reaktion ymmärtämistä ● Auttaa ymärtämään rakenteen ja ominaisuuksien välistä yhteyttä www.helsinki.fi/yliopisto 3
  • 4. Erilaisia esitystapoja● Pallotikku: Atomien paikat ja sidosten suhteelliset pituudet ● Tietoa myös sidostyypistä● Kalottimalli (CPK / space-filling model): Atomisäteiden mukaisesti visualisoitu avaruudellinen muoto ja koko ● Ei tietoa sidostyypeistä www.helsinki.fi/yliopisto 4
  • 5. Harjoitus: Optinen isomeria● Tutkitaan alaniinin optista isomeriaa tietokoneavusteisesti Lähde: http://fi.wikipedia.org/wiki/Optinen_isomeria www.helsinki.fi/yliopisto 5
  • 6. Rakenteen ja ominaisuuksienvälinen yhteys (1)● Taustatietoa laskuista ja laskutasoista ● Geometrian optimointi ja energian minimointi ● Molekyylimekaniikka ● Newtonin mekaniikka → ei elektronista energiaa ● Semi-empiirinen ● Osa tuloksista lasketaan koneella ja osa pohjautuu valmiiseen empiiriseen dataan ● Nopeita laskuja ● Sisimmät elektronit jäävät pois laskuista ● Ab initio -menetelmät (Spartanissa Hartree fock) ● Kaikki laskenta tehdään koneella www.helsinki.fi/yliopisto 6
  • 7. Rakenteen ja ominaisuuksien välinen yhteys (2) ● Kvanttikemiallisten laskujen avulla voidaan laskea molekyylien todellinen koko ja elektronien avaruudellinen sijoittuminen ● Elektronitiheys kertoo 75 % todennäköisyydellä elektronien sijoittumisen (Lundell & Aksela, 2004)Elektronitiheys + Elektrostaattinen potentiaalikartta Hehre & Shisterman, Molecular Modeling in Undergraduate Elektrostaattinen potentiaali Chemistry Education: www.helsinki.fi/yliopisto 7 http://www.wavefun.com/support/MMUndEd.pdf
  • 8. Harjoitus 2:Rakenne jaominaisuudet● Dipolimomentti● Liukoisuus● Elektronien sijoittuminen www.helsinki.fi/yliopisto 8
  • 9. Harjoitus 3: Makromolekylit● Laskutason valitseminen ● Ab initio → alle 30 atomia ● Semiempiirinen → alle 100 atomia ● Molekyylimekaniikka → alle 10 000 atomia● Proteiinissa tuhansia atomeja● Ei rakenneta vaan hyödynnetään tietokantoja● Protein data bank: http://www.rcsb.org/ ● Visualisointia verkossa tai omalla koneella www.helsinki.fi/yliopisto 9

×