BITS: Introduction to MySQL - Introduction and Installation

Uploaded on

BITS: Introduction to relational databases and MySQL - Module 1: Introduction and Installation …

BITS: Introduction to relational databases and MySQL - Module 1: Introduction and Installation


More in: Education , Technology
  • Full Name Full Name Comment goes here.
    Are you sure you want to
    Your message goes here
    Be the first to comment
    Be the first to like this
No Downloads


Total Views
On Slideshare
From Embeds
Number of Embeds



Embeds 0

No embeds

Report content

Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

    No notes for slide


  • 1. Introduction to MySQL● Introduction● Installation● SQL● Schema design● PerlBITS/VIB Bioinformatics Training – Jun 24, 2011 – Luc Ducazu <>
  • 2. Introduction to MySQL● Introduction● Installation● SQL● Schema design● PerlBITS/VIB Bioinformatics Training – Jun 24, 2011 – Luc Ducazu <>
  • 3. Databases● A database is a collection of data – numbers – dates – text or labels – …● A Database Management System – Data storage – Data retrieval – Data manipulation – Authentication & Authorization
  • 4. Relational Databases● Rigid structure● 2 dimensional tables:  – columns (fields) – rows (records)
  • 5. Relational Databases● Model objects (entities) and their relationships● Eg a store sells products to customers – Entities: ● Customers Attributes: name, address, telephone number... ● Products  Attributes: name, price... – Relationships: ● Sale Attributes: quantity, timestamp...
  • 6. Relational Databases● MySQL Workbench: – graphical representation of entities and relationships – generates SQL statements to create database & tables
  • 7. Relational Database Management  Systems (RDBMS)● Enforce data intergrity: Honors constraints on columns● Enforce referential integrity: Honors constraints on relations● See also: the 12 rules of Edgar Codd
  • 8. RDBMS● Commercial products: – Oracle – DB2 (IBM) – MS SQL Server (Microsoft)● Open­source offerings: – MySQL (Oracle) Forks: ● MariaDB ● Drizzle – PostgreSQL – SQLite
  • 9. NoSQL● Key­value stores – Berkeley DB● Document databases – unstructured data – CouchDB – MongoDB – Cassandra (FaceBook)● See also:
  • 10. Introduction to MySQL● Introduction● Installation● SQL● Schema design● PerlBITS/VIB Bioinformatics Training – Jun 24, 2011 – Luc Ducazu <>
  • 11. Installing MySQL on Linux● For DEB based Linux distributions (Debian, Ubuntu, …) # apt­get install mysql­server● For RPM based Linux distributions (RHEL, Fedora, CentOS, ...) # yum install mysql­server
  • 12. Installing MySQL on Windows● An installable (MSI) package is available on the  MySQL site: – Follow the Downloads (GA) link – Choose MySQL Community Server – Select Microsoft Windows as platform
  • 13. Running MySQL● To start / stop / restart the MySQL service: # service mysql start # service mysql stop # service mysql restart● When starting MySQL for the first time, the  system administrator is reminded that the MySQL  setup is not yet secured
  • 14. Running MySQL● To check whether or not mysql is running  correctly: # service mysql status mysql start/running, process 3394 # ps ­ef | grep mysql mysql  3394  1  0 12:09 ?  00:00:00  /usr/sbin/mysqld # netstat ­ltpn | grep mysql tcp 0 0*  LISTEN  3394/mysqld 
  • 15. Exercises● Install MySQL● Start the service● Check whether or not the service has been started
  • 16. The MySQL monitor● To connect or log on to a MySQL database  service: $ mysql● The MySQL monitor has many options, you can  review them using: $ man mysql or  $ mysql ­­help
  • 17. The MySQL monitor● The most important options are: $ mysql [options] [database]  ­u uname | ­­user=uname default: UNIX account  ­p [pwd]| ­­password[=pwd] default: <none> if pwd not given, prompt for password  ­h hname | ­­host=hname default: localhost  ­P prt | ­­port=prt default: 3306
  • 18. The MySQL monitor● Once connected to the database server, you can  execute SQL statements: mysql> statement;● Every SQL statement should end with a semi­ colon (;)
  • 19. Exercises● Make sure you do these exercises as a normal  UNIX user, and not as root.● Connect to the database and execute the  following SQL statements: mysql> select current_user; mysql> show databases;● Connect to the databases as user root and execute  the same statements.● Do you understand the (security) implications?
  • 20. Securing the server● The process of securing the server is automated  by running the script # mysql_secure_installation as root: – Changes the root password – Removes anonymous users – Disallows remote root logins – Removes the test database
  • 21. Securing the server● As an extra precaution, we will prevent any  external access to the database server. This is  done by putting the following line in the global  config file (/etc/mysql/my.cnf) (*): [mysqld] bind­address =● After restarting the MySQL service, verify with # netstat ­ltpn | grep mysql tcp 0 0* LISTEN 1228/mysqld● (*) On standard MySQL installations, the global  config file is /etc/my.cnf
  • 22. Exercises● Secure your MySQL installation● Repeat the last exercise: – it is no longer possible to log in with your ordinary  UNIX account ­ why ? – you can still login as root, but with a twist...
  • 23. Database Users● In principle, database users and OS users are  completely independent from each other: – If no user is specified when executing mysql,  the OS user is taken – The database superadmin is called root@localhost This user can do anything, including dropping  databases● It is not a good idea to always connect to the DB  as root. Try to log in as a less privileged user as  much as possible.
  • 24. Database Users● To create a database user, connect to the database  server as root and issue the following statement: mysql> create user dbuser[@host]        [identified by passwd];● In this statement is: – dbuser: the user to be created – host: the hostname from which the user is going to  connect ­ if not specified the user can connect from  any host (%) – passwd: the password needed to connect to the  database server
  • 25. Exercises● Create a database user: – the database user has the same name as your UNIX  account – the hostname is localhost – you are free to choose the password● Try to connect as this user and execute the  following SQL statements: mysql> select current_user; mysql> show databases;
  • 26. The options file● To avoid having to type your password every  time you connect to the database service, you can  create an options file: – the file name is .my.cnf – this file is located in your home directory – since it might contain a password, protect it from  preying eyes: mode 600● The format of .my.cnf is similar to Windows  ini­files: it contains key=value pairs in [sections]● In fact, the key=value pairs are provided as  (invisible) command line parameters
  • 27. The options file● As an example, the password will be put in an  options file.● Looking at the command line parameters of  mysql (and almost all client applications), the  password can be provided as: $ mysql ­­password=pwd● The options file contents could look like this: [client] password=pwd
  • 28. Exercises● Create an options file and put the password in● Make sure the options file is protected on the OS  level● Try to connect to the database without specifying  a password
  • 29. Database User Privileges● The created user has very limited privileges. To  grant privileges prv on table tbl in database db,  you need to execute the following statement: mysql> grant prv on db.tbl                    to user@host;● Some convenient wild cards: – To grant all privileges, specify all as prv – To include all databases, specify * as db – To include all tables, specify * as tbl● The given database and table names do not have  to exist (yet)
  • 30. Getting Help● An extensive help system is available in the  MySQL monitor: mysql> help This gives an overview of commands you can use  to customize the output● You can get help on any function or statement: mysql> help contents This shows you the broad topics of available  help. You can drill down into any of these topics
  • 31. Getting Help ­ Demo● How to get help for creating users: mysql> help mysql> help contents mysql> help account management mysql> help create user● How to use less as a pager: $ export PAGER=/usr/bin/less $ mysql mysql> pager PAGER set to /usr/bin/less