Servicios Web en Bioinformática
Jesús M. Castagnetto, Ph.D.
<jesus@upch.edu.pe>
CONTITEL 2008
http://www.contitel.org/2008/
Puno, Perú
(Videoconferencia)
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Bioinformática
“... La ciencia que usa la [tecnología]
informática para entender la Biología ...”
(de “Developing Your Bioinformatic Skills”, O´Reilly)
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Una definición más larga
“... (E)l estudio del contenido de
●
información y del flujo de datos en un
sistema o proceso biológico. Es el puente
que une las observaciones (datos), el
entendimiento de como funciona un
sistema (información), y la aplicación
subsecuente de estos principios
(conocimiento)...”
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Áreas de investigación
Investigación genómica
●
Identificación de genes en un genoma, correlación
➔
de genes con función, análisis de secuencias, etc.
Dimensionalidad: 1D, 2D
➔
Bioinformática estructural
●
Análisis de estructuras, plegamiento de proteínas,
➔
etc.
Dimensionalidad: 3D
➔
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Áreas de investigación
Estudios proteómicos y de rutas de
●
interacción
Redes de interacción, rutas de expresión genética y
➔
proteínica, etc.
Problemas multidimensionales.
➔
Biología de sistemas
●
Entender a los sistemas biológicos desde el nivel
➔
molecular, pasando por el celular, hasta el
funcionamiento como parte de un organismo.
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Hoy en día, necesitamos lidiar
con información en cantidades
masivas
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Necesitamos usar múltiples
herramientas para procesar este
diluvio de los datos
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

No es posible el aprender a usar
todas las herramientas y fuentes
de datos
Phylip
BLAST
Tree of Life
Web Project
tolweb.org
UCSC In-Silico PCR
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

... felizmente han habido
cambios tecnológicos y
filosóficos que ayudan ha
hacer esto manejable
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Nuevas tecnologías y modos de
usarlas son críticas para el
quehacer científico
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

La tendencia mundial no es
vender cajitas con software
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Es mejor
ofrecer
Software
Como Un
Servicio
(SaaS)
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Servicios Web:
Tecnologías que
permite la
interconexión de
aplicativos
distribuidos
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Existen varios protocolos de
comunicación, desde el más
sencillo y directo (REST)
REpresentational
State
Transfer1
Fielding, R.T. “Architectural Styles and the Design of Network-based Software Architectures”, Ph.D. Dissertation
1
(http://www.ics.uci.edu/~fielding/pubs/dissertation/top.htm)
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

... pasando por uno de
complejidad intermedia (XML-
RPC)
eXtensible
Markup
Language
Remote
Procedure
Call
http://www.xmlrpc.com/
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

... finalmente, uno de gran
flexibilidad, modularidad y
complejidad (SOAP*)
* Inicialmente: Simple Object Access Protocol. Ya no es un considerado un acrónimo hoy en día.
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Podemos usar servicios web en
almacenamiento masivo
Amazon S3:
Simple
Storage
Service
S3 en Second Life
Chicago Crime Maps
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Nos posibilitan el integrar
sistemas de búsqueda
Google
Search API
Google
CSE
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Incluyendo la integración de
fuentes de información de forma
simple y sofisticada
iGoogle
Panoramio
RSS + xFruits
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Existen tecnologías que nos
permiten agregar semántica a
datos y procesos
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Las mismas arquitecturas de
sistemas están cambiando
Service
Oriented
Architecture
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Se han creado nuevos
métodos para manejar esta
tecnología
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Existen directorios de Servicios
Web ofrecidos
Universal
Description,
Discovery and
Integration
http://www.xmethods.net/
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Y formas de “orquestrar” el
funcionamiento de servicios
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Hasta control del flujo de trabajo
científico en forma visual,
modular y escalable
Taverna
http://www.kepler-project.org/
Sistemas Integrados
para flujos de trabajo
científicos
http://taverna.sourceforge.net/
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

La web se ha convertido en una
plataforma de desarrollo
Yahoo! Pipes
Real time traffic
in San Francisco
Zoom and Go
Congress meets
Second Life
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

¿Cómo se está usando todo esto
en Bioinformática?
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

NCBI (NIH): Integración de
fuentes de datos
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

EMBL-EBI: Servicios Web
Bioinformáticos
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

SDSC: SWAMI – Plataforma de
trabajo en línea para Biología
Molecular
http://www.ngbw.org/
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Kepler: Flujos de trabajo
científicos distribuidos
Promotores en Biología Molecular
Cálculo de la
ecodiversidad
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Tree of Life: Colaboración global
entre biólogos
http://tolweb.org/
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Servicios de predicción de
estructuras de proteínas
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Una interfaz para búsqueda de
flujos de trabajo
http://www.google.com/coop/cse?cx=006491099109873764573%3Ahtaex4vgqqg
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Un mapa (parcial) de
Servicios Web
Bioinformáticos*
* Brendan Vaughan, http://www.ebi.ac.uk/~bren/alberto_map.html
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Y nosotros, ¿como podemos
usar estas tecnologías en
nuestra investigación
científica?
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Aplicativos y datos tienden cada
vez más hacia sistemas globales
y abiertos
Usemos Sistemas Abiertos, y
aprendámos de ellos
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

No nos
dejemos
abrumar
por el
tsunami de
datos
Integradores de información nos
ayudan a ver lo relevante
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

Estas son tecnologías que nos
abren nuevas puertas y hacen
accesible lo que antes no era
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia

¡Gracias!
A los organizadores de CONTITEL.
A ustedes por no aburrirse mucho con mi charla
remota e interminable.
Esta y otras presentaciones están disponibles
en:
http://www.castagnetto.com/
Jesús M. Castagnetto M., Ph.D. - Facultad de Ciencias y Filosofía, y
Dirección Universitaria de Información, Universidad Peruana Cayetano Heredia