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“Dibujando estructuras moleculares”

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            http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page

            Sitio en la colección 1 a 1 de Educ.ar:
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La Pantalla:




       La primera vez que abran Avogadro
       se presentará la siguiente pantalla
En la parte superior vemos……



                         Menú desplegable




Herramientas
Para cambiar el fondo de pantalla:




                Ir al menú superior, la opción “Ver”
                Luego vamos a..
                Establecer el color de fondo
                Haciendo clic allí……
Elijo el
               color
Aparece
una paleta
de colores
para elegir
              ok
Algunos ejemplos de colores de pantalla
Pantalla:

En la parte superior podemos ver la información de depuración:


                                          En este caso, dibujé la
                                          Molécula de CH4, que tiene
                                          5 átomos y 4 enlaces covalentes
                                          simples.




           En la parte inferior se encuentran los ejes, para
           acceder vamos a la opción “Ver” / “Mostrar ejes”
Nueva vista
                                                    Vamos a la opción
                                                    “Ver”
                                                    “Nueva vista”




Quedarán solapadas en la parte superior izquierda
Duplicar vistas:


                   Vamos a la opción “Ver”
                   “Duplicar vistas”
Podemos ver dos vistas distintas de la molécula, en este caso tenemos el
propeno, en el segundo dibujo se puede notar la unión covalente doble desde
un mejor ángulo




  También se puede apreciar como rotan los ejes de abajo
Herramienta dibujo: “El lápiz”

El lápiz es la herramienta que nos va a permitir dibujar átomos y enlazarlos
 para generar moléculas.




 “Preferencias de herramientas”, nos muestra la configuración del dibujo


                                                       Si hacemos clic aquí….
Podemos elegir el átomo




                 Podemos elegir el tipo de enlace:
                 •Simple
                 •Doble
                 •Triple



Si queda tildada coloca los hidrógenos automáticamente.
Si hacemos clic en “otro”, aparece la
Tabla periódica de elementos químicos
y podemos elegir otro elemento.
Con esta configuración voy              Etano
 a dibujar carbonos con
 enlaces covalentes simples
 y los hidrógenos se
 ajustan automáticamente.


Con el botón izquierdo genero átomos y luego arrastro con el mouse desde
uno de los átomos hacia el otro.
Botón izquierdo del mouse   Botón derecho del mouse




 •Hacer clic para generar    •Hacer clic para
  átomos.                     borrar átomos.
 •Arrastrar para generar
  enlaces.
Optimización de la geometría molecular



               Vamos a “Extensiones”/Optimizar Geometría




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Avogadro parte i

  • 1. “Dibujando estructuras moleculares” Sitio oficial: http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page Sitio en la colección 1 a 1 de Educ.ar: http://escritoriodocentes.educ.ar/datos/cien_avogadro.h
  • 2. La Pantalla: La primera vez que abran Avogadro se presentará la siguiente pantalla
  • 3. En la parte superior vemos…… Menú desplegable Herramientas
  • 4. Para cambiar el fondo de pantalla: Ir al menú superior, la opción “Ver” Luego vamos a.. Establecer el color de fondo Haciendo clic allí……
  • 5. Elijo el color Aparece una paleta de colores para elegir ok
  • 6. Algunos ejemplos de colores de pantalla
  • 7. Pantalla: En la parte superior podemos ver la información de depuración: En este caso, dibujé la Molécula de CH4, que tiene 5 átomos y 4 enlaces covalentes simples. En la parte inferior se encuentran los ejes, para acceder vamos a la opción “Ver” / “Mostrar ejes”
  • 8. Nueva vista Vamos a la opción “Ver” “Nueva vista” Quedarán solapadas en la parte superior izquierda
  • 9. Duplicar vistas: Vamos a la opción “Ver” “Duplicar vistas”
  • 10. Podemos ver dos vistas distintas de la molécula, en este caso tenemos el propeno, en el segundo dibujo se puede notar la unión covalente doble desde un mejor ángulo También se puede apreciar como rotan los ejes de abajo
  • 11. Herramienta dibujo: “El lápiz” El lápiz es la herramienta que nos va a permitir dibujar átomos y enlazarlos para generar moléculas. “Preferencias de herramientas”, nos muestra la configuración del dibujo Si hacemos clic aquí….
  • 12. Podemos elegir el átomo Podemos elegir el tipo de enlace: •Simple •Doble •Triple Si queda tildada coloca los hidrógenos automáticamente.
  • 13. Si hacemos clic en “otro”, aparece la Tabla periódica de elementos químicos y podemos elegir otro elemento.
  • 14. Con esta configuración voy Etano a dibujar carbonos con enlaces covalentes simples y los hidrógenos se ajustan automáticamente. Con el botón izquierdo genero átomos y luego arrastro con el mouse desde uno de los átomos hacia el otro.
  • 15. Botón izquierdo del mouse Botón derecho del mouse •Hacer clic para generar •Hacer clic para átomos. borrar átomos. •Arrastrar para generar enlaces.
  • 16. Optimización de la geometría molecular Vamos a “Extensiones”/Optimizar Geometría Aparece este cartel Resultado final
  • 17. Guardar mi producción: Archivo/Exportar/Gráficos y lo vamos a guardar cómo imagen png
  • 18. Archivo/Exportar/Gráficos vectoriales y lo vamos a guardar en formato pdf