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Large Scale Data
from Next Gen. Sequencer
with TIBCO Spotfire
次世代シークエンサから得られる大規模データにおける
Spotfireを用いた解析手法 part II
by DBCLS: DataBase Center for LifeScience
transcriptome analysis team
Tazro I. Ohta
What is the “data”
for the wet scientist in the Lab of biology...
生物系研究者にとって
“データ”とは何か?
then: photo, figure, graph...
now: digital data, as large as you can’t handle
without computer.
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therefore, we are.
#togofarm is the research team at DBCLS
for the bioinformatics study.
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TIBCO Spotfire as the tool for lifescience data
( we just start tryin’! )
Spotfireを用いたデータの操作、結果の可視化
アカデミック・ライフサイエンスの現場における選択...
comparing transcriptome between NGS and EST
data: human brain transcriptome
NGSによるヒト脳サンプルからの発現データを
これまでに得られたESTの発現データと比較する
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but can’t deal with it,
so he send it to collaborator...
and data is back.
得られたシークエンスデ...
case 1:
Perfect!!
compared with reference, list and beautiful graph,
nothing to be done!
...but this is a rare case.
“完璧なデ...
case 2:
almost good, but just a list of the value,
need to visualize
数値データの羅列
可視化する必要がある場合
just import data to Spotfire,
and visualize on GUI
even if you can’t do only this, take it to your student..
Spotfireにデータを流し...
case 3:
only the result of basic processing,
and that’s all.
一次的な解析のみで、他のデータとの比較などは無し
そのためのデータは っているが…
import data to Spotfire
add column + add match
Spotfire上でIDの紐付けを行うことで
発現データの比較検証も可能
この方法は既に”統合TV”にて公開中!
http://togotv-curate...
Spotfire 3×!!!
...and one more thing
Spotfire Web Player
is powerful tool for research collaboration
Spotfire Web Playerによって共同研究の効率も上がる
Integromics Biomarker Discovery for TIBCO Spotfire
we also have plan to use this
to make processing simple and easy.
IBDの使用...
please give us any good ideas!
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Jaspug 2010

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Jaspug 2010

  1. 1. Analyzing Large Scale Data from Next Gen. Sequencer with TIBCO Spotfire 次世代シークエンサから得られる大規模データにおける Spotfireを用いた解析手法 part II
  2. 2. by DBCLS: DataBase Center for LifeScience transcriptome analysis team Tazro I. Ohta
  3. 3. What is the “data” for the wet scientist in the Lab of biology... 生物系研究者にとって “データ”とは何か?
  4. 4. then: photo, figure, graph... now: digital data, as large as you can’t handle without computer. but all the biologists cannot use computer well, who tells how to deal with it? 次世代シークエンサーの登場によって得られた 大規模なデータはコンピュータ無しでは扱えない
  5. 5. therefore, we are.
  6. 6. #togofarm is the research team at DBCLS for the bioinformatics study. we’re working to make lifescience in Japan more efficient. “生物学” “情報学” その両方を扱える人材を育てる”統合牧場” 「大規模データをより容易に扱いたい」
  7. 7. TIBCO Spotfire as the tool for lifescience data ( we just start tryin’! ) Spotfireを用いたデータの操作、結果の可視化 アカデミック・ライフサイエンスの現場における選択肢の一つへ
  8. 8. comparing transcriptome between NGS and EST data: human brain transcriptome NGSによるヒト脳サンプルからの発現データを これまでに得られたESTの発現データと比較する
  9. 9. sampling, sequencing, and got data, but can’t deal with it, so he send it to collaborator... and data is back. 得られたシークエンスデータの解析を依頼。 戻ってきたデータは…
  10. 10. case 1: Perfect!! compared with reference, list and beautiful graph, nothing to be done! ...but this is a rare case. “完璧なデータが返ってくる” しかし理想 is not equal to 現実 photo by http://www.cytoscape.org/
  11. 11. case 2: almost good, but just a list of the value, need to visualize 数値データの羅列 可視化する必要がある場合
  12. 12. just import data to Spotfire, and visualize on GUI even if you can’t do only this, take it to your student.. Spotfireにデータを流し込んでGUIで操作するだけ。 コンピュータに不慣れな研究者も高度な解析が可能
  13. 13. case 3: only the result of basic processing, and that’s all. 一次的な解析のみで、他のデータとの比較などは無し そのためのデータは っているが…
  14. 14. import data to Spotfire add column + add match Spotfire上でIDの紐付けを行うことで 発現データの比較検証も可能 この方法は既に”統合TV”にて公開中! http://togotv-curated.dbcls.jp/ only on TogoTV!
  15. 15. Spotfire 3×!!!
  16. 16. ...and one more thing
  17. 17. Spotfire Web Player is powerful tool for research collaboration Spotfire Web Playerによって共同研究の効率も上がる
  18. 18. Integromics Biomarker Discovery for TIBCO Spotfire we also have plan to use this to make processing simple and easy. IBDの使用も検討中です。
  19. 19. please give us any good ideas! ご意見お待ちしております。

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