Mooc'и для биологов — Обзор полезных онлайн-курсов / Future Biotech 27.01.2014

MOOC’и для
биологов
Григорий Сапунов
www.eclass.cc
grigory.sapunov@eclass.cc
27.01.2014 | Future Biotech

MOOC: Что это такое?

MOOC
➔ Massive (1000-100000+ студентов)
➔ Open (открытый доступ, бесплатный?)
➔ Online (через веб)
➔ Course
В реальности с терминологией всё сложнее…

Что это обычно собой представляет:
➔ Видеолекции.
➔ Задания (автоматически проверяемые и
peer-review, с дедлайнами).
➔ Community на форумах.
➔ Сертификат по успешному завершению.

MOOC: Задания с автопроверкой

MOOC: Задания с peer-review

MOOC: Вычислительные задачи

Чем это лучше youtube, книг …?
Иногда ничем.
Но как правило:
➔ мотивация (дедлайны, иногда
элементы соревнования и игры)
➔ интерактивность
➔ коммьюнити (легче искать ответы на
вопросы)
➔ сертификат

Чем это лучше плохого вуза?
Лекции читают топовые профессора, часто
авторы классических учебников или много
сделавшие сами в своей области:
➔ Neural Networks for Machine Learning /
Geoffrey Hinton
➔ Machine Learning / Andrew Ng
➔ Natural Language Processing / Dan
Jurafsky, Christopher Manning
➔ Automata / Jeffrey Ullman

Зачем это нужно?
Студентам:
➔ изучить нужную/интересную тему
➔ присмотреться к университету
➔ блеснуть перед работодателями
➔ [добавьте сюда, зачем это нужно
именно вам]

Преподавателям:
➔ за один “выпуск” можно обучить
тысячи и десятки тысяч студентов. Это
больше, чем за 20 лет в вузе.

Университетам:
➔ пиар и реклама
➔ привлечение толковых студентов на
master- и PhD-программы
➔ обкатка онлайн-образования (уже есть
платные магистерские онлайнпрограммы)

➔ Платформе — в конечном счёте, видимо,
заработать денег. Также называется
миссия: “Сделать образование доступным
всем”.
➔ Государству — сделать образование более
доступным (образование в США сильно
дорожает, много долгов по кредитам).

Что это даёт выпускникам?
➔ знания и умения (есть курсы где надо,
например, много программировать или
работать с данными)
➔ сертификат — для повышения самооценки
и продемонстрировать работодателю
(теоретически, есть курсы, дающие college
credits в США)
➔ возможность включиться в какую-то
деятельность — стать TA или тьютором,
вовлечься в research (MOOR у Певзнера), …

Кто всё это делает?
Множество провайдеров:
➔ Coursera
➔ Udacity
➔ edX
➔ KhanAcademy (не MOOC в чистом виде)
➔ Stanford, NovoED
➔ FutureLearn
➔ Canvas
➔ Santa Fe Institute
➔ Iversity
➔ и многие другие.

Как во всём этом ориентироваться?
➔ ходить по сайтам, подписываться на
обновления и регистрироваться на
курсы
➔ пользоваться специальными
поисковиками и агрегаторами (eclass.cc)

Как во всём этом ориентироваться?
➔ пользоваться специальными
поисковиками и агрегаторами (eclass.cc)
◆ курсы от разных провайдеров в
одном месте
◆ удобный поиск с параметрами
◆ рейтинги и отзывы (coursetalk.org,
knollop.com)
◆ подборки курсов и индивидуальный
план обучения

Что нужно, чтобы участвовать?
➔ знать английский (как вариант можно
знать китайский)
➔ иметь свободное время или желание и
волю его регулярно находить (2-20 часов
в неделю на протяжении 4-16 недель)
➔ иметь хорошую мотивацию и уметь её
поддерживать (особенно если 16 недель)
➔ понимать, зачем именно вы берёте этот
курс

Что делать, если не успел на курс?
➔ Не расстраиваться, многие курсы
повторяются и их качество со временем
только растёт. Следите за анонсами.
➔ Попытаться догнать.
➔ Некоторые курсы оставляют материал
доступным, можно просмотреть хотя бы
в режиме видеолекций.
➔ Но некоторые хорошие курсы, к
сожалению, были только один раз.

Теперь собственно про курсы

Курсы: Биология (elementary)
Зачем?
➔ не все пришли сюда из биологии, нужно
быстро войти в тему
➔ полезно в целях популяризации науки и
просвещения (родственникам, друзьям
и знакомым)

7.00x: Introduction to Biology The Secret of Life (edX)
Автор — Eric Lander, профессор MIT и
участник Human Genome Project.
Качественный материал, интересные
интерактивные задания “собери белок”,
“поправь ДНК” и т.п. Увидите танцевальный
перформанс про синтез белка.

Fundamentals of Biology
(MIT OpenCourseWare)
Подобие предыдущего курса от того же
автора, проходить можно в свободном
графике.

Tales from the Genome.
Adventures in DNA, Identity,
and Health (Udacity)
Вводный курс от Udacity и 23andme. Красиво
и интерактивно, но очень тривиально и
малый темп. Для тех, кто хоть сколько-то в
теме, может быть скучно.

Introduction to Genetics
and Evolution (Coursera)
Автор — Mohamed Noor, Duke University
Базовые вещи про генетику и эволюцию. В
каждом курсе есть подробное расписание,
смотрите список тем и решайте.
Идёт сейчас, 3 неделя.

Useful Genetics I, II (Coursera)
Автор — Rosemary Redfield,
The University of British Columbia.
Более продвинутый и ёмкий курс про
генетику, разбитый на две части.
“it is equivalent in content and difficulty to a
typical second-year course in Genetics at a
Canadian or American university.”

Курсы: Биология (advanced)
Epigenetic Control of Gene
Expression (Coursera)
Автор — Dr Marnie Blewitt, The University of
Melbourne.
Хороший курс про основные эпигенетические
механизмы, опирается на самые свежие
данные, вплоть до ещё не опубликованных.
28 апреля 2014, 8 недель

Programmed cell death
(Coursera)
Автор — Barbara Conradt, Ludwig-MaximiliansUniversität München.
Курс про апоптоз. Разбирают историю
изучения вопроса и основные известные
механизмы. Узнаете много интересного про
каспазы и митохондрии.
Дата неизвестна.

Experimental Genome
Science (Coursera)
Авторы — John Hogenesch, John Isaac Murray,
University of Pennsylvania.
Современные методы анализа генома, курс
для тех, кто уже в теме. Каждую неделю
summary либо pros&cons по научной статье.
Закончился недавно.

Биология (miscellaneous)

Курсы: Биология (miscellaneous)
What a Plant Knows
(and other things you didn’t
know about plants)
(Coursera)
Авторы — Daniel Chamovitz, Aviva Katz, Tel
Aviv University.
Очень лёгкий и очень интересный курс про
растения. Прошедшие курс люди очень его
хвалят.
26 октября 2014, 7 недель

Курсы: Биология (misc.)
«Восторг. Просто восторг. В 2 дня во
вторник я начинала безумно кликать
обновление страницы, чтобы увидеть
следующую серию ))) Курс полезный для
кого угодно, с отличными параллелями
с Homo Sapiens и эволюционными
отступлениями. Надеюсь, что будет
продолжение )) Очень легкий курс,
годится вместо сериальчика.»

Virology I: How Viruses Work,
Virology II: How Viruses Cause
Disease (Coursera)
Автор — Vincent Racaniello, Columbia
University.
Про устройство вирусов и про вызываемые
болезни. Первая часть содержит множество
материала про молекулярную биологию,
вторая про иммунологию.
9 января 2014, 12 недель

Astrobiology and the Search
for Extraterrestrial Life
(Coursera)
Автор — Charles Cockell, The University of
Edinburgh.
Простой курс, хорош тем, что это ещё один
взгляд на живое со стороны различных
граничных условий. Узнаете про множество
экстремофилов.

Статистика и Анализ данных

Курсы: Статистика и Анализ данных
Computing for Data Analysis
(Coursera)

Roger Peng, Johns Hopkins University.
Короткий 4-недельный курс по основам R.
Простой и хороший, годится для быстрого
старта.
6 января 2014, 4 недели

Data Analysis (Coursera)
Jeff Leek,
Johns Hopkins University.
Логическое продолжение предыдущего
курса. Есть большие и сложные задания.
Закончился недавно.

Mathematical Biostatistics
Boot Camp 1&2 (Coursera)
Brian Caffo, Johns Hopkins University.
Хороший курс по статистике, предполагает
минимальные начальные знания. Покрывает
много разных подходов и методов, включая
маленькие кусочки байесовской статистики.
3 марта 2014, 7 недель
28 апреля 2014, 7 недель

Курсы: Статистика
«Каффо отличный педагог: до теста
предлагается домашка, где вопрос это или первая половина решения
теста, или аналогичная задачка, но
это не оценивается, зато довольно
подробно расписано, почему - правильно
- это правильно, а то, что
неправильно - нередко люди так
считают и это неверно.»

PH207x: Health in Numbers:
Quantitative Methods in
Clinical & Public Health
Research (edX)
Earl Francis Cook, Marcello Pagano, Harvard.
“Огромный дополнительный плюс - вся
статистика заточена именно на медиковбиологов, все примеры и особенности
только по теме”

Statistics One (Coursera)
Andrew Conway,
Princeton University
“Покрывает разные темы включая ANOVA,
GLM и прочее. Рекомендуется биологам,
которые не очень хотят вдаваться в
глубины, но хотят освоить много
практических методов.”
Закончился недавно, 12 недель.

Stat2.* Introduction to Statistics:
Descriptive Statistics,
Probability, Inference
(edX)
Ani Adhikari, Philip B. Stark UC Berkeley
Семейство коротких курсов (4-5 недель).
От основ статистики и теории вероятностей
до проверки гипотез.
Февраль 2014.

Introduction to Data Science
(Coursera)
Bill Howe,
University of Washington
Знакомит с базами данных (SQL и noSQL),
MapReduce и Hadoop, машинным обучением,
текстовой и графовой аналитикой.

Introduction to Statistics.
Making Decisions Based on Data
(Udacity)
Свободный график, много интерактива.
Простой и совсем вводный с упором на
визуализацию.

Statistics.
The Science of Decisions
(Udacity)
Свободный график, много интерактива.
Стандартный набор тем: описание данных,
проверка гипотез, регрессия, корреляция.

Udacity: раздел Data Science
➔ Intro to Data Science.
Learn What It Takes to Become a Data
Scientist.
➔ Exploratory Data Analysis. Investigate,
Visualize, and Summarize Data Using R.
➔ Intro to Hadoop and MapReduce.
➔ Data Wrangling with MongoDB.

Probability and Statistics
(KhanAcademy)
Стандартный набор тем: описание данных,
проверка гипотез, регрессия.
Свободный график.

Machine Learning (Coursera)
Andrew Ng, Stanford
Рекомендуется для вхождения в тему, чтобы
знать что такое и для чего нужны линейная и
логистическая регрессии, нейросети, SVM,
кластеризация, уменьшение размерности,
поиск аномалий и другое.

CS1156x: Learning From Data
(edX)
Yaser S. Abu-Mostafa,
Caltech
Когда освоились с курсом Ng, можно
переходить к этому. Больше рассказывают
про суть методов и машинного обучения в
целом.

Probabilistic Graphical
Models (Coursera)
Daphne Koller, Stanford
Содержит полезные биоинформатикам темы
как HMM, MCMC, Gibbs sampling, Maximum
likelihood и Bayesian inference, Expectation
Maximization method.
Тяжёлый курс (11 недель, до 20 ч/нед),

Курсы: Биоинформатика
Computational Molecular
Evolution (Coursera)
Anders Gorm Pedersen,
Technical University of Denmark (DTU)
Введение в анализ филогении, используя
готовый софт. Курс лёгкий, больше похож на
набор из лабораторных работ.

Bioinformatic Methods I & II
(Coursera)
Nicholas James Provart,
University of Toronto
Выравнивания, филогения, базы данных,
RNA-seq. Судя по всему, полезен для мокрых
биологов, желающих использовать BLAST и
базы данных белков и геномов.

PH525x: Data Analysis for
Genomics (edX)
Rafael Irizarry, Michael Love
Harvard
Анализ данных микрочипов и NGS в
биомедицинских задачах. Будет статистика,
PCA, кластеризация, элементы Байесовского
анализа. R, Bioconductor.
coming soon, 2014.

Bioinformatics Algorithms
(Part 1) (Coursera)
Pavel Pevzner and
Phillip E. C. Compeau, UC San Diego
Тяжёлый программистский курс (>10 ч/нед).
Интересные темы: поиск точек начала
репликации, секвенирование циклических
пептидов, поиск мотивов, сборка геномов,
выравнивания, картирование ридов.

MOOR
➔ Massive
➔ Open
➔ Online
➔ Research !

MOOR
➔ 5 problems

➔ “The goal of each project is to produce a
research paper co-authored by YOU!”


“Узнаете изнутри как работают
современные биоинформатические
программы (например, ассемблеры,
использующие графы де Брёйна или
картирование ридов с помощью
Burrows-Wheeler Transform).”

Участник 1

“Я прошел курс до конца. Курс заполнил
большую брешь в моем биоинформатическом образовании, а именно умение
читать и понимать псевдокоды и
алгоритмы и превращать их в эффективные коды. А чтение форума к
этому курсу добавило еще и умение
воплощать идеи других в эффективные
коды.”
Участник 2

“Теперь про нагрузку. Это реально
главная проблема курса. По-видимому,
создатели не очень подумали о том,
кого они собираются учить. Потому
что в лекциях упоминается, что курс и
для биологов и для программистов. Но
ни один биолог точно не сможет
справиться с нагрузкой. Программист
м.б. сможет, но…”
Участник 3

Bioinformatics Algorithms
(Part 2)
Заявлена вторая часть про машинное
обучение (кластеризация и анализ
экспрессии, протеомика, алгоритмические
методы в генетике, молекулярная эволюция,
HMM и предсказание генов, сравнительная
геномика).

Моделирование биологических
молекул на GPU (Coursera)
Артём Жмуров, МФТИ
В требованиях: “Знания основ
программирования на языке C. Доступ к ПК,
который можно не выключать в течении ~5
дней. Крайне рекомендуется наличие
графической карты компании NVidia”

Введение в биоинформатику:
биоинформатика в биологии и
медицине (Coursera)
Алла Львовна Лапидус, СПбГУ
Очень широкий список тем.
Даты неизвестны.

Большая подборка по системной биологии от
Icahn School of Medicine at Mount Sinai
(Coursera):
➔ Introduction to Systems Biology (31.03)
➔ Network Analysis in Systems Biology
➔ Dynamical Modeling Methods for Systems
Biology (31.03)
➔ Experimental Methods in Systems Biology
➔ Integrated Analysis in Systems Biology

Биоинформатика (bonus)

Курсы: Биоинформатика (bonus)
Introduction to Complexity
(Santa Fe Institute)
Melanie Mitchell
Широкий список тем, от фракталов до
теории хаоса через сетевые модели,
клеточные автоматы и генетические
алгоритмы.
Весна 2014.

Social and Economic Networks:
Models and Analysis (Coursera)
Matthew O. Jackson, Stanford
Про анализ сложных сетей и графов.

Графы и комбинаторика:
от жемчужин теории к
современным приложениям
(Universarium)
Андрей Михайлович Райгородский
Математика больших графов.
20 января 2014

Программирование

Курсы: Программирование
Зачем?
➔ не все пришли сюда из математики или
инженерии, нужно ориентироваться
➔ в качестве подготовки к курсу Певзнера
:)

Algorithms: Design and Analysis,
Part 1&2 (Coursera)
Tim Roughgarden, Stanford
«Это один из лучших курсов, из тех, что я
слышал как в интернете, так и в реальной
жизни. Отличный язык, прекрасные
видео. Слайды. Первая часть несколько
проще, чем вторая. Но не потому, что
лекции хуже, просто материал сложнее.»

Algorithms, Part I & II
(Coursera)
Kevin Wayne and
Robert Sedgewick, Princeton University
Другой классический курс по алгоритмам,
ориентирован на Java.
Начинается в эту пятницу, 31.01.2014

Ещё два курса от этого же автора
➔ Analysis of Algorithms
Оценка сложности
алгоритмов
7 февраля 2014, 6 недель
➔ Analytic Combinatorics
Комбинаторные струтуры
и их анализ

Discrete Optimization
(Coursera)
Pascal Van Hentenryck,
The University of Melbourne
Устали решать судоку вручную?
Курс про решение NP-сложных задач
(которых в биологии тоже достаточно).


“Самый сложный и одновременно самый
весёлый курс из всех, что я проходил.”


“NP-сложная задача каждую неделю”

Discrete Optimization
(Coursera)
Зажигательный лектор, продуманная
система баллов, только один общий дедлайн
на все задачи. Нагрузка также больше 10
часов в неделю.
Стартует в марте 2014.

“Когда я пытался определиться, чем
хочу заниматься в жизни, я был
убеждён, что если не изучу экономику,
мне придётся работать на кого-то,
кто её изучил, и они будут знать
всякие особенные вещи, которых я не
знаю. Это выглядело не очень приятно,
так что я хотел быть уверен, что
тоже буду знать всё это.”

Элон Маск, основатель и сооснователь
PayPal, SpaceX, Tesla Motors

Курсы: Бизнес
Зачем?
➔ кто-то из вас создаст свой бизнес в
биотехе

How to Build a Startup.
The Lean LaunchPad (Udacity)
Автор — Стив Бланк,
серийный предприниматель и автор книги
“The Startup Owner's Manual”.
Курс — это введение в Customer Development
process и раскрывает ту же тему, что и книга
«Построение бизнес-моделей». Пройти
можно прямо сейчас, у курса свободный
график (как у всего на Udacity).

Developing Innovative Ideas for
New Companies: The First Step
in Entrepreneurship (Coursera)
James V. Green, University of Maryland
Как превратить идею в компанию.
Начало курса через неделю: 3 февраля 2014,
это уже 6-я итерация курса.

Поиск и выбор бизнес-идеи
(Universarium)
Михаил Хомич, Юрий Митин,
основатели бизнес-инкубатора МГУ
Практическое руководство по
предпринимательству, подробная
«инструкция», как с нуля создать
собственный бизнес.
Курс только что начался, можно включиться.

Entrepreneurship 101:
Who is your customer?
(edX)
Bill Aulet, MIT
Как перейти от идеи или технологии к
пониманию того, кто ваш клиент и почему он
хочет купить ваш продукт.
Курс начинается 18 марта 2014.

Technology Entrepreneurship 1, 2
(NovoED, ex. Stanford Venture Lab)
Chuck Eesley, Stanford
Ещё два стэнфордских курса про
предпринимательство.
Последняя сессия только закончилась в
начале января. Следите за обновлениями.

Ещё два курса, которые только начались
➔ What’s Your Big Idea?
Про проверку идеи
➔ How to Change the World
В частности рассматривают
здравохранение

Introduction to Finance
(Coursera)
Gautam Kaul,
University of Michigan
Хороший курс для получения базовой
финансовой грамотности. Нацелен на
понимание, а не на перемалывание чисел.
Начало курса через неделю: 3 февраля 2014,
продлится 15 недель. 5-я итерация курса.

Курсы: Другое
SciWrite: Writing in the
Sciences (Stanford/Coursera)
Kristin Sainani, Stanford
Как писать хорошо, быстро, что такое
формат научной статьи, как происходит
процесс публикации и peer-review.
Курс только закончился. Следите за
обновлениями.

Курс: Writing in the Sciences
“Writing in Sciences - это лучшее, что со
мной произошло в прошлом году. Этот
курс вообще must для начинающих и
полезен даже для продвинутых.
Занимает не так много времени,
рассказывается просто, доступно и с
примерами. Настроен на регулярные
занятия - понедельные блоки с простыми
упражнениями и две "курсовые".”

Курсы: Нейробиология
➔ Computational Neuroscience
➔ Medical Neuroscience
➔ Fundamentals of Neuroscience, Part I
➔ Drugs and the Brain
➔ Synapses, Neurons and Brains
➔ Neuroethics
➔ ...

Курсы: Фармакология
➔ Introduction to Pharmacy
➔ Generation Rx: The Science
Behind Prescription Drug Abuse
➔ Fundamentals of Pharmacology
➔ Drug Discovery, Development
& Commercialization
➔ Medicinal Chemistry: The Molecular Basis
of Drug Discovery
➔ ...

Курсы: Физиология и Медицина
➔ Introductory Human Physiology
➔ Epidemiology: The Basic
Science of Public Health
➔ Vaccines
➔ Genomic Medicine Gets Personal
➔ Diabetes: Diagnosis,
Treatment, and Opportunities
➔ Genomic and Precision Medicine
➔ ...

Курсы: Динозавры!
➔ Dino 101: Dinosaur Paleobiology

Найдите свой курс:
www.eclass.cc

Подборки курсов:
http://www.eclass.cc/courselists/52_futurebiotech_biology_elementary
http://www.eclass.cc/courselists/53_futurebiotech_biology_advanced
http://www.eclass.cc/courselists/54_futurebiotech_biology_misc
http://www.eclass.cc/courselists/55_futurebiotech_statistics
http://www.eclass.cc/courselists/56_futurebiotech_bioinformatics
http://www.eclass.cc/courselists/57_futurebiotech_programming
http://www.eclass.cc/courselists/58_futurebiotech_business_and_startups
http://www.eclass.cc/courselists/59_futurebiotech_other

Mooc'и для биологов — Обзор полезных онлайн-курсов / Future Biotech 27.01.2014

Recommended

Recommended

More Related Content

What's hot

What's hot (13)

Similar to Mooc'и для биологов — Обзор полезных онлайн-курсов / Future Biotech 27.01.2014

Similar to Mooc'и для биологов — Обзор полезных онлайн-курсов / Future Biotech 27.01.2014 (20)

More from Grigory Sapunov

More from Grigory Sapunov (20)

Mooc'и для биологов — Обзор полезных онлайн-курсов / Future Biotech 27.01.2014