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  • 1. 4/2/14 In Silico Medicine Opens US Office, Prepares to Launch Drug Discovery Software for Aging Research Market | BioInform | Informatics | GenomeWeb www.genomeweb.com/informatics/silico-medicine-opens-us-office-prepares-launch-drug-discovery-software-aging-re 1/3 Genome Technology Digital Editions Archive In Silico Medicine Opens US Office, Prepares to Launch Drug Discovery Software for Aging Research Market March 28, 2014 By Uduak Grace Thomas In Silico Medicine, a newly minted bioinformatics company, is hoping to build a business by providing software that supports research focused on drugs that have the potential to slow or reverse age­related processes. The company, which officially opened its doors earlier this month, has set up shop in Baltimore and will soon begin marketing a product called Geroscope. With this product, In Silico is targeting the pharmaceutical industry and large clinical institutions. The company is positioning its offering as a computational platform for screening and predicting the effectiveness of drugs that suppress aging­related processes. The system works by comparing differences in gene expression and signaling pathway data collected from cells in different tissues in older individuals versus those taken from younger healthy individuals. It then looks for drugs that can stimulate the pathways in older cells to behave as they do in the younger cells. It's currently being validated in cell lines and model organisms with a full launch planned for later this year. Geroscope is based on similar technological concepts that underlie a system called OncoFinder, which is used to select and rank personalized cancer therapies. That platform is owned and used internally by Pathway Pharmaceuticals, a Hong Kong­ based pharma company. In Silico Medicine licenses the technology from them. Alex Zhavoronkov, In Silico Medicine's CEO, was one of OncoFinder's developers. Explaining how the technology came to be used at Pathway and now at his company, he told BioInform that the process began with research projects where he and others were analyzing gene expression data collected from patients with tumors. They developed the computational methods, he said, of mapping gene expression data onto various cellular pathways that are activated in cancer cases, and for ranking drugs that targeted these pathways and successfully killed the cells gone wrong or sent them into a state that was as close to normal as possible. They used the system to analyze data from various solid and blood­based tumors including bladder cancer, head and neck cancer, and leukemia. After validating the algorithms that would eventually comprise the OncoFinder software in almost 1,000 cancer patients, Zhavoronkov and colleagues commercialized the technology first in Russia providing it as a service to oncologists there who were looking for more guidance in selecting treatments for their patients, and then they expanded the technology to China where Pathway Pharma used it in their drug discovery efforts. "After that we realized this particular personalized medicine approach can be used for drug discovery for aging research," he told BioInform. "We could take gene expression data from the 'young cell' and look at the signaling pathway activation profile that is characteristic to that tissue and to that specific age of the patient" and then compare it to the same sort of data collected from cells in older individuals. The key to the technology, and what makes it a cut above similar systems, according to Zhavoronkov, is that "we found the fine line between too much complexity and too little complexity." Some groups have "tried to rank targeted compounds by looking essentially at every single genome in [a given] network, [but they can't] really find good correlations from patient to patient and from norm to cancer." Instead of looking at all possible pathways in cells, "we identified a limited number of In this issue of BioInform IBM Research Tapped to Provide Computational Solutions for Drug­Resistant Tuberculosis Coalition Expanse Bioinformatics Granted Patents for Algorithms Underlying Planned Informatics Products In Silico Medicine Opens US Office, Prepares to Launch Drug Discovery Software for Aging Research Market UW­Madison Selects Cartagenia's Bench Platform for Genomic Analysis Type size: Email Printer­friendly version RSS Feed GenomeWebinars Young Investigator Profile Michael Stitzel The Jackson Laboratory Epigenome in Type 2 Diabetes Michael Stitzel joked that his research has led him to climb up the evolutionary tree. As an undergraduate he worked with yeast, and over the years, he has worked his way up to studying Drosophila, C. elegans, and, now, people. Stitzel shifted from the more basic roots of the tree to the biomedical limbs as a matter of motivation. He said that as a graduate student, though he worked on an important and interesting question, when experiments didn't go well, it was hard for him to get motivated. And so, he found himself drawn to questions with more direct relevance to medicine. He turned to studying type 2 diabetes. Using a genome­ wide association study approach, he identified a number of regions in the genome linked to the disease, but many of them were, as he put it, "in the middle of nowhere." This led him to thinking about epigenetics, and then to later uncover what he and his colleagues dubbed 'stretch enhancers,' longer­than­average enhancers that appear to be driving physiological functions. Welcome google_1369316667. Log out. | My account Wednesday, April 2, 2014 SEARCH
  • 2. 4/2/14 In Silico Medicine Opens US Office, Prepares to Launch Drug Discovery Software for Aging Research Market | BioInform | Informatics | GenomeWeb www.genomeweb.com/informatics/silico-medicine-opens-us-office-prepares-launch-drug-discovery-software-aging-re 2/3 Tech Guide Archives A recent survey found that oncologists have varying degrees of "genomic confidence," which affects their use of certain genetic tests. How do you think physicians' genetic knowledge can be bolstered?  Medical schools should emphasize genetics and genomics.  Continuing medical education in genetics and genomics should be encouraged.  Guidelines for the use of such tests should be developed.  Diagnostic companies should explain the benefits of their tests.  All of the above  None of the above Vote View Results pathways. So, for cancer, we look at pathways that are related to cancer," for example, some of the metabolic and cell cycle pathways for a total of just over 100 pathways. "That is easier at looking at a [large dataset] with unrelated elements, which is an approach that some groups have taken," he said. They also look at what they believe is an appropriate number of elements per pathway — about 65 to 70 elements on average, he said. "It's much more accurate and more effective than looking at a very small [number of] individual network elements," for example, just 10 or 15 elements. In Silico Medicine has finished developing its version of the software — which includes some new capabilities in addition to those that are in its source software — and it is now validating the tool in human fibroblasts and nematodes. The company also constructed internal databases of gene expression data from young healthy cells in a variety of tissues that it has gleaned from both open­source and commercial repositories as well as various drug compounds with known molecular targets. The validation tests are being done in conjunction with laboratories in academic institutions here in the US, China, and Russia, Zhavoronkov said. They plan to publish the results of these tests this in July, after which they will begin making the software available for use in clinical contexts. Zhavoronkov said that the company hopes to begin offering Geroscope for clinical use either just before or during an Aging Research Symposium at this year's MipTec conference — a drug discovery and life sciences research event that will be held in Basel, Switzerland on Sept. 23 – 25. Currently the software is available for research use. Customers that fall into this category — academic research institutions mostly — don’t have to pay a licensing fee. Rather the company forms research collaborations with these clients where it provides access to its servers and expertise and works in concert to analyze the data these groups generate. In return, it receives a share of the proceeds of any intellectual property that's generated over the course of the project. Zhavoronkov didn't disclose the exact percentage. Its pharmaceutical clients on the other hand pay an undisclosed "milestone payment," Zhavoronkov said, to access to company's software and expertise. In Silico Medicine sees a number of potential areas where its software could be useful. Besides helping researchers identify novel treatments, Geroscope could help pharma customers identify and rank potentially useful geroprotective drugs from lists of approved treatements, Zhavoronkov said. "We can take a very large number of drugs with known molecular targets, run it through Geroscope and rank them placing those known to have beneficial effects on age­related processes higher up on the totem pole. Another benefit of the system is its ability to help clients tailor treatments to individuals. "We know there could be similar phenotypes in people that age, but we all age at very different rates and for very different reasons … and we all metabolize drugs differently," Zhavoronkov said. "A system which helps you … predict the efficacy of a combination of drugs, some of which may already be approved for various therapeutic reasons for various conditions, is much more valuable than having a general one pill fits all strategy." Finally, Geroscope could help pharma companies select participants who will derive the most benefit from clinical trials. Since "most drugs will not work in two different patients in exactly the same way, we will be able to help predict the outcome of [applying] various therapies on specific patients" prior to enrolling that patient in a clinical trial, he said.       Uduak Grace Thomas is the editor of GenomeWeb's BioInform. She covers bioinformatics, computational biology, and life science informatics. E­mail Uduak Grace Thomas or follow her GenomeWeb Twitter account at @BioInformGW. Related Stories Syapse, N­of­One Integrate Clinical Data Interpretation Platforms April 2, 2014 / GenomeWeb Daily News Jackson Lab to Incorporate CollabRx Informatics in Genetic Cancer Tests April 2, 2014 / GenomeWeb Daily News IGS Wins FDA Funds to Sequence Pathogens, Create Database for Use in New Dx Development April 1, 2014 / GenomeWeb Daily News Last Week's Sequencing­Related Papers of Note Blog Papers of Note People on the Move Upcoming Events
  • 3. 4/2/14 In Silico Medicine Opens US Office, Prepares to Launch Drug Discovery Software for Aging Research Market | BioInform | Informatics | GenomeWeb www.genomeweb.com/informatics/silico-medicine-opens-us-office-prepares-launch-drug-discovery-software-aging-re 3/3 Text Sponsorship: Visit Asuragen.com to read the #1 most downloaded article published in JMD in 2013 – Targeted, High­Depth, Next­Generation Sequencing of Cancer Genes in Formalin­Fixed, Paraffin­Embedded and Fine­Needle Aspiration Tumor Specimens. Text Sponsorship: How much can sample errors cost you? What would it mean to reduce your sample turn around time significantly? Visit GenoLogics to see how the new generation of LIMS can reduce time and costs. Text Sponsorship: Why pay to repair the same worn out thermal cycler, when you can purchase a new unit for nearly the same price. The LifeECO 96­well gradient thermal cycler comes with a 2 yr warranty. At its special price of $2495, you've no reason to repair again. Request a QUOTE! Exclusively provided by BULLDOG BIO. Text Sponsorship: ApoptosisMAP Webinar. Learn about Myriad RBM's quantitative ApoptosisMAP service and its utility in cancer research, including the ability to help identify responders to apoptosis inducers or other chemotherapeutic regimes. Access the on­demand webinar. Text Sponsorship: Live cell RNA Detection made possible by SmartFlare™ technology. SmartFlare™ probes enable detection of RNA in live cells, connecting gene expression to specific phenotypes. The probes enter cells with no toxicity and leave after detection, allowing the same cells to be used for downstream assays. Text Sponsorship: Accura™ High­Fidelity Polymerase: Half the price of Phusion®. Ideal for cloning and protein expression, superior performance on high GC targets. Learn more about Accura and try a free sample today! Copyright © 2014 Genomeweb LLC. All rights reserved. About | FAQ | Subscriptions | Media Kit | Contact us | Privacy policy | My account April 1, 2014 / In Sequence Qiagen, Maverix Expand Co­marketing Agreement April 1, 2014 / GenomeWeb Daily News Science Long­read sequencing can enable researchers to not only detect what drug­ resistance mutations are present in someone with HIV, but also whether those mutations are present in one strain or spread across multiple strains of the virus circulating in that patient, according to a presentation at the ABRF annual conference. A long­read approach, such as the Pacific Biosciences platform, NIAID's Dawei Huang said, could give both the frequency and phasing information because its read length covers the full length of the PCR product. Business An expert panel of the US Food and Drug Administration reviewed clinical data on Exact Science's Cologuard and unanimously supported approval of the stool­based, non­invasive molecular screening test for colorectal cancer. After reviewing and discussing the DeeP­C data, committee member Steven Skates from Massachusetts General Hospital said that Cologuard was "one of the biggest improvements to early [CRC] detection" he had seen. The FDA is not bound by advisory committee recommendations, but the agency often follows the advice. Funding A report from the Global Health Technologies Coalition has called for NIH to receive $32 billion in funding in fiscal year 2015, above the $30.36 billion the White House recently proposed. The non­profit organization said that persistent "underfunding" to NIH poses a risk to the global health R&D pipeline. "Denying federal agencies, such as the NIH, the funding they need to continue vital health research will result in a host of damaging consequences to global public health, patients' lives, scientific careers, and the domestic economy," GHTC said in the report. GenomeWebinars Standardized Assays for Personalized Immune Response Monitoring Sponsor: Myriad RBM Date and Time: May 15, noon ET GenomeWeb and Myriad RBM invite you to a free online presentation by Matthew Albert of the Institut Pasteur on recent progress in personalized immune response monitoring. Dr. Albert will share findings from the Milieu Interieur Project, a population­ based study that aims to identify the genetic and environmental determinants of immune phenotype variance and establish a path towards personalized medicine. Register here.

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