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Bioinfo - Grad - Aula 6

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Transcript

  • 1. + Bioinformática Análise Funcional Gabriel da Rocha Fernandes Universidade Católica de Brasília gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com
  • 2. + Objetivos 2 nIdentificar as funções dos genes. nCaracterizar os processos celulares. nMapear em vias metabólicas. nElucidar o funcionamento do organismo.
  • 3. + Ferramentas nFerramenta de alinhamento: n BLAST n HMMER nBase de dados: n COG n KEGG Orthology n PFam n Gene Ontology 3
  • 4. + Dicas nProcurar por Hits que tenham descrição clara. n Evitar: hypothetical protein, putative.. nBuscar em várias bases de dados. n Aumentar a quantidade de entradas anotadas. n Hits não identificados em uma base podem ser anotados por outra. nObservar a cobertura do alinhamento. n BLAST faz alinhamento local. n Não classificar uma proteína como um todo baseado apenas em alinhamento a um unico domínio. 4
  • 5. + Processo 5 27 0! ! Predição dos genes! 27 0! ! BLAST! Base de dados!
  • 6. + Blast2GO 6
  • 7. + KEGG Mapper 7
  • 8. + iPath npathways.embl.de 8
  • 9. + Pfam 9