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  • 1. + Bioinformática Montagem de genomas Gabriel da Rocha Fernandes Universidade Católica de Brasília gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com
  • 2. + Bioinformática Montagem de genomas Gabriel da Rocha Fernandes Universidade Católica de Brasília gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com
  • 3. + Genômica 2
  • 4. + Estratégia de sequenciamento 3
  • 5. + Estratégia de sequenciamento 4
  • 6. + Sequenciadores 5
  • 7. + O que sequenciar? nQuebrar o DNA original em fragmentos aleatórios e selecionar os fragmentos de determinado tamanho (Ex: 2Kbp) 6 singlet gap DNA original
  • 8. + A montagem ab initio nReconstruir a sequência do genoma, dados vários (potencialmente milhões) fragmentos curtos de sequência (os reads) nOs reads têm tamanho entre 35-800 bp nOs reads podem conter erros de sequenciamento (mismatches ou indels) nA orientação (5`3` ou 3`5`) de cada read é desconhecida 7
  • 9. + Terminologia nRead: fragmento sequenciado nContig: Pedaço contíguo de sequência formado a partir da sobreposição dos reads nSinglet: read sem sobreposição com nenhum outro nGap: região do genoma não capturada por nenhum read nCobertura:Total de bases sequenciadas dividido pelo tamanho do genoma 8
  • 10. + Contigs e cobertura 9 nTenho um álbum de figurinhas, com 24 figurinhas em uma página.
  • 11. + Contigs e cobertura 10 nCompro 5 pacotes, totalizando 25 figurinhas.
  • 12. + Contigs e cobertura 11 nContigs e singlets. Contig 1 Contig 2 Contig 3
  • 13. + Contigs e cobertura 12 nCompro mais 5 pacotes, totalizando 50 figurinhas.
  • 14. + Contigs e cobertura 13 nCompro mais 20 pacotes, totalizando 150 figurinhas. E ainda assim faltou uma.
  • 15. + Contigs e cobertura 14 nPrimer walking é ligar na Panini e comprar as figurinhas que faltam.
  • 16. + Estratégias 15
  • 17. + Problemas nSequências repetitivas. nTamanho dos reads. nSequencias Alu. 16
  • 18. + Sequencias repetitivas. De onde veio o meu read? 17
  • 19. + Tamanho do read 18
  • 20. + Montando um “genoma” 19
  • 21. + Erros das copias 20 a b c a c b a b c d I II III I II III a bc d b c a b dc e f I II III IV I III II IV a d be c f a collapsed tandem excision rearrangement
  • 22. + Uso dos paired-ends 21 nDecisão sobre repetições. nMontagem de scaffolds.

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