• Like
  • Save
Bioinfo - Grad - 8
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×
 

Bioinfo - Grad - 8

on

  • 612 views

 

Statistics

Views

Total Views
612
Views on SlideShare
116
Embed Views
496

Actions

Likes
0
Downloads
1
Comments
0

4 Embeds 496

http://www.lab-bioinfo.com 481
http://ucb.lab-bioinfo.com 7
http://10.150.3.54 7
http://189.57.143.106 1

Accessibility

Categories

Upload Details

Uploaded via as Adobe PDF

Usage Rights

© All Rights Reserved

Report content

Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
  • Full Name Full Name Comment goes here.
    Are you sure you want to
    Your message goes here
    Processing…
Post Comment
Edit your comment

    Bioinfo - Grad - 8 Bioinfo - Grad - 8 Presentation Transcript

    • + Bioinformática Análise de Expressão Gabriel da Rocha Fernandes Universidade Católica de Brasília gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com
    • + Identificando genes diferencialmente expressos. nComparar diferentes condições: controle com testes. n Célula normal com célula tumoral. n Planta sem e com estresse hídrico. n Animal sem e com parasita... nGenes em duas condições diferentes VÃO apresentar quantidades de reads diferentes. nEssa variação pode ser diferença biológica entre as duas condições, ou ruído experimental. nAplicação de testes estatísticos. 2
    • + Identificando genes diferencialmente expressos. nPara identificar uma diferença estatisticamente significantes, é necessário que a diferença de expressão entre as duas condições seja maior que a imprecisão do nível de expressão sob uma determinada condição. 3
    • + Replicata técnica vs. Replicata biológica nTécnica: explica a variação encontrada que pode ter sido causada por critérios técnicos: preparação da biblioteca, qualidade do sequênciamento, cobertura do gene... nBiológica: explica a variação encontrada que pode ter sido causada pela variabilidade de expressão que não está associada à mudança nas condições do experimento. 4
    • + Fontes de variação Variância de Poisson nÉ a incerteza existente em qualquer medição em que algo é amostrado e contado. nComo é baseado no valor da contagem em si, não é específico do experimento. nEssa variância está relacionada a quantidade total de reads. nPor exemplo, a diferença na expressão de um gene medido com 1 read versus 2 reads é inerentemente menos seguro do que as diferenças na expressão de um gene medido com 100 reads versus 200 reads, apesar de ambas as diferenças serem, nominalmente, uma mudança 2X. 5
    • + Fontes de variação Variância de Poisson 6
    • + Fontes de variação Variação Técnica Não-Poisson nAssociado à incapacidade da técnica não conseguir medir a expressão perfeitamente. nVisto em replicatas técnicas. nCausas: n Seleção de miRNA. n Depleção de rRNA. n Amplificação por PCR. n Armazenamento. n RNA-later. nMoral da história: Manipule sua amostra o mínimo possível. 7
    • + Fontes de variação Variação Biológica nOcorre naturalmente nas amostras. nA expressão naturalmente flutua em células sob a mesma condição. nCausas da variações biológicas podem ser diferenças genéticas, de maquinaria celular, ou de resposta a variação do ambiente. nVariação biológica também sofre a influência das outras duas variações vistas. 8
    • + Objetivos e Ferramentas 9 nAplicar testes estatísticos para observar que a expressão em um grupo é diferente do outro grupo. nUtilizamos a contagem dos reads para cada gene. nPrograma R nBioconductor nDEGseq