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Gabriel da Rocha Fernandes
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Bioinfo - Grad - 8

  1. 1. + Bioinformática Análise de Expressão Gabriel da Rocha Fernandes Universidade Católica de Brasília gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com
  2. 2. + Identificando genes diferencialmente expressos. nComparar diferentes condições: controle com testes. n Célula normal com célula tumoral. n Planta sem e com estresse hídrico. n Animal sem e com parasita... nGenes em duas condições diferentes VÃO apresentar quantidades de reads diferentes. nEssa variação pode ser diferença biológica entre as duas condições, ou ruído experimental. nAplicação de testes estatísticos. 2
  3. 3. + Identificando genes diferencialmente expressos. nPara identificar uma diferença estatisticamente significantes, é necessário que a diferença de expressão entre as duas condições seja maior que a imprecisão do nível de expressão sob uma determinada condição. 3
  4. 4. + Replicata técnica vs. Replicata biológica nTécnica: explica a variação encontrada que pode ter sido causada por critérios técnicos: preparação da biblioteca, qualidade do sequênciamento, cobertura do gene... nBiológica: explica a variação encontrada que pode ter sido causada pela variabilidade de expressão que não está associada à mudança nas condições do experimento. 4
  5. 5. + Fontes de variação Variância de Poisson nÉ a incerteza existente em qualquer medição em que algo é amostrado e contado. nComo é baseado no valor da contagem em si, não é específico do experimento. nEssa variância está relacionada a quantidade total de reads. nPor exemplo, a diferença na expressão de um gene medido com 1 read versus 2 reads é inerentemente menos seguro do que as diferenças na expressão de um gene medido com 100 reads versus 200 reads, apesar de ambas as diferenças serem, nominalmente, uma mudança 2X. 5
  6. 6. + Fontes de variação Variância de Poisson 6
  7. 7. + Fontes de variação Variação Técnica Não-Poisson nAssociado à incapacidade da técnica não conseguir medir a expressão perfeitamente. nVisto em replicatas técnicas. nCausas: n Seleção de miRNA. n Depleção de rRNA. n Amplificação por PCR. n Armazenamento. n RNA-later. nMoral da história: Manipule sua amostra o mínimo possível. 7
  8. 8. + Fontes de variação Variação Biológica nOcorre naturalmente nas amostras. nA expressão naturalmente flutua em células sob a mesma condição. nCausas da variações biológicas podem ser diferenças genéticas, de maquinaria celular, ou de resposta a variação do ambiente. nVariação biológica também sofre a influência das outras duas variações vistas. 8
  9. 9. + Objetivos e Ferramentas 9 nAplicar testes estatísticos para observar que a expressão em um grupo é diferente do outro grupo. nUtilizamos a contagem dos reads para cada gene. nPrograma R nBioconductor nDEGseq

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