生物学辞書のLinked Open Data化とその応用

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2012/03/23 第48回 SIG-MBI

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  • 1. 生物学辞書のLinked Open Data化 とその応用 加藤 文彦,南 佳孝,神保 宇嗣,川本 祥子,武田 英明 (共)情報・システム研究機構 第48回人工知能学会 分子生物情報研究会, 2012/03/23
  • 2. 背景• LODAC Project • 学術LOD基盤構築 • 論文, 研究者, 美術品, 標本, 図鑑, ... • 生物学分野にも結び付けたい
  • 3. 著者 著者 文献 命名 標本 言及 種の同定 Papilio xuthus 採集場所 シーケンス 採集者Photo of Papilio xuthus:北九州市立自然史・歴史博物館
  • 4. 標本データ 種 外部情報 LOD Cloud
  • 5. 生物種の問題 ある生物種に関する資料やデータを収集• 表記揺れ: Papilio xuthus, P. xuthus, ...• 種名の変更: 分類学的研究の発展に伴う学名や分類体系の変更 和名のほうが安定している場合も• 種名や分類体系が一義的でない: 複数の分類体 系,複数の和名・英名,… 種名・分類体系の名寄せ問題
  • 6. 要件• LODで使用する• リンクしやすくしたい• 様々な種名・分類体系を扱いたい 名称典拠を作成するだけでは不十分
  • 7. アプローチ • 種名・分類体系のグラフ • 緩やかに関係を辿れるように • リンクのルーティング Papilio xuthus Papilio Linnaeus, 1767out ナミアゲハ Papilio xuthus Chinese in Swallowtail
  • 8. 和名・学名リスト• 図鑑等の文献 • 生物学辞書• 生物標本情報 • 国立科学博物館サイエンス・ミュージ アムネット,生物学辞書• 専門家が管理しているリスト • 日本昆虫学会 日本産蝶類和名学名便覧
  • 9. LODAC BDLS生物学辞書 http://lifesciencedb.jp/bdls/100近くの出典元から集めた種名・用語の辞書 種名や用語の関係をグラフに種名: 和名と学名用語: 日本語と英語種名や用語の関係を抽出した出典元を明記
  • 10. データモデル
  • 11. 6,366,545トリプル
  • 12. Future Work• データの整備 • 生物学辞書自体とLODAC BDLS• 専門家の種名データとの関係 • LODAC Species • リンク or 統合• 学術データから/へのリンク • CiNii, LODAC Museum, PubMed, DOI,...
  • 13. まとめ• 生物学辞書のLOD化• 種名の名寄せに貢献• 種名を学術と科学のハブに