Medibulary - Sistema de Terminología Médica
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Sistema creado en Drupal para generar Terminología Médica

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Medibulary - Sistema de Terminología Médica Medibulary - Sistema de Terminología Médica Document Transcript

  • Francisco Riveros y Emilia Rubilar | Informática Médica | 26 de Agosto de 2013 Medibulary TERMINOLOGÍA MÉDICA AL ALCANCE DE TODOS Universidad de La Frontera Facultad de Ingeniería, Ciencias y Administración Departamento de Ingeniería de Sistemas
  • PÁGINA 1 Introducción CONCEPTOS GENERALES Y PROBLEMÁTICA Para el estudio de las ciencias en las diversas ramas de la medicina existen muchas herramientas de carácter físicas que brindan ayuda a los estudiantes, académicos y médicos que buscan saciar el hambre de conocimiento respecto a los diversos temas, o inducir en la búsqueda de información vital para algunas asignaturas a sus pupilos, y de esta forma orientarlos para una buena toma de decisiones. Muchos lumbagos acompañados de horas de sueño y pérdida de tiempo invertidos en colas de estudiantes en las bibliotecas, para solicitar algún libro de conceptos o información, hacen impetuoso e imperioso una herramienta digital que ayude a las personas solucionar el problema de agilizar las búsquedas conceptos. Lamentablemente, en Chile, no existe hasta el día de hoy tal herramientas que permita homologar conceptos, asociar contenidos e interpretar para tomar decisiones; Hasta hoy. Estado del arte y posibles soluciones En el mercado digital se encuentran muchos diccionarios de terminología médica, la cual entrega, a través de herramientas de difícil manejo, información acerca de conceptos, trabajando con tecnologías llamadas WIKI o de similares características, las cuales son de aspecto poco llamativo y de difícil búsqueda, sobre todo al momento que querer relacionar estos conceptos. Por separado se puede encontrar Vocabularios, Sufijos, Prefijos, Acrónimos y todos estos de forma desordenada. Para obtener los resultados que realmente sirvan a un mercado cada vez más exigente se debe crear una integración de todos estos recursos, para lo cual se ha establecido una idea de utilizar terminología que se asocie con inteligencia informática; es así como llegamos a los conceptos de Thesaurus y Taxonomía. THESAURUS: Thesaurus, palabra procedente del latín y el griego, significa tesoro, depósito de riqueza o libro mágico. En su sentido moderno es un instrumento de control de la terminología, utilizado para trasladar a un lenguaje más estricto (lenguaje documental) el lenguaje natural utilizado en los documentos. Un thesaurus se forma mediante descriptores que sirven para representar sin ambigüedad los conceptos (no las palabras) contenidos en los documentos y en las consultas documentales. Cada descriptor se relaciona con otros mediante tres formas jerárquicas: Relación específica, donde el vínculo se da con uno o varios conceptos que le son subordinados y representan una parte del descriptor. Relación genérica, que expresa la relación con los conceptos que comprenden al descriptor.
  • PÁGINA 2 Relación asociativa, que se emplea para cubrir relaciones diferentes a las jerárquicas, donde los conceptos o descriptores tienen una clara vinculación. Adicionalmente, cada concepto puede estar relacionado con otros que sólo cumplen el papel de Sinónimos, por lo que éstos no contienen relaciones jerárquicas. (Referencia: http://www.siemexico.com/estudios/diccionario/thesaurus.html) TAXONOMIA: La taxonomía es la disciplina académica de la definición de los grupos de organismos biológicos sobre la base de características comunes y dar nombres a los grupos. A cada grupo se le asigna un rango y grupos de un rango dado pueden agregarse para formar un super grupo de mayor rango y por lo tanto crear una clasificación jerárquica. Los grupos creados a través de este proceso se conocen como taxones. Un ejemplo de una clasificación moderna es el publicado en 2009 por el Grupo de APG para todas las familias de plantas con flores vivas. La definición exacta de la taxonomía varía ligeramente de una fuente a otra, pero el núcleo de la disciplina sigue siendo: la concepción, denominación, y la clasificación de grupos de organismos. Como puntos de referencia, tres definiciones últimos libros de texto se presentan a continuación:  Teoría y práctica de la agrupación de los individuos en las especies, la organización de las especies en grupos más grandes, y dar los nombres de los grupos, lo que produce una clasificación;  Un campo de la ciencia que abarca la descripción, identificación, nomenclatura y clasificación;  La ciencia de la clasificación, en la biología de la disposición de los organismos en una clasificación. Para dar mayor especificación a continuación se hace referencia a Taxonomía aplicada a Informática. (Referencia: http://centrodeartigos.com/articulos-de-todos-los-temas/article_36326.html http://www.cyta.com.ar/elearn/edita/material/taxonomia.htm ) Aunque estos conceptos se manejan de forma separada para crear una herramienta que sea versátil se debe pensar en la utilización de algo que permita “NO REINVENTAR LA RUEDA” si no que hacer caso al paradigma de ORQUESTACION DE SISTEMAS.
  • PÁGINA 3 Dicho lo anterior se comenzó la búsqueda de una herramienta que permita crear a través de módulos una integración de terminología y asociatividad. HERRAMIENTAS CMS Una herramienta CMS significa (Content Manager System) que traducido al español es Sistema Manejador de Contenidos. Se basa en un sistema de tipo Web, trabajado bajo la forma MVC (Modelo Vista Controlador) y que permite a través de cuentas de usuario crear de forma dinámica contenidos para subir información de forma más sencilla para un usuario, sin necesidad de conocer programación ni código HTML. De las herramientas existentes destacan JOOMLA, TYPO3 y DRUPAL, las cuales están muy vigentes en el mercado renovando versiones todos los años para dar mejor usabilidad y conformismo a los usuarios. Estas herramientas (CMS) trabajan en base a la creación y adaptación de módulos y para utilizarlos de mejor forma existe información directa de los creadores en la cual se orienta a los usuarios como integrar dichos módulos a cada plataforma. De toda la oferta del mercado se inició el estudio de 2 herramientas, tomando como 1era opción TYPO3 y los diversos componentes que integra esta plataforma y se descubrió la información que se detalla a continuación.
  • PÁGINA 4 TYPO3 – Proyecto Teserack TYPO3 es una herramienta de gestión de contenidos abierta y flexible que permite diseñar espacios web a medida de las necesidades y personalidad de cada empresa. Esta tecnología abre un nuevo concepto de website funcional estructurada sobre tres sólidos pilares: Máxima facilidad y rapidez en la gestión y actualización de contenidos, Integración de diferentes idiomas en un mismo proyecto y multiplicidad de usuarios, páginas y recursos. Se trata de un sistema Open source, distribuido y desarrollado libremente, muy intuitivo y fácil de manejar. Presenta una estructura globalizada que integra un editor web, un gestor inteligente de contenidos, un intérprete encargado de comunicarse con el servidor, etc. Esta integración permite a usuarios redactores poder modificar diariamente de forma rápida y cómoda su propio portal en Internet, Intranet y Extranet, ahorrando costes en herramientas y tiempo de aprendizaje (Referencia: http://www.factoressencial.com/conoce-typo3/que-es-el-cms-typo3.html) Proyecto Tesseract: Es un proyecto de FrameWork MVC para TYPO3, el cual está basado en la creación de un Nucleo de Datos con creación interna de Tesauro, para agilizar la búsqueda y relaciones entre conceptos. (Referencia: http://www.typo3-tesseract.com/en/concepts/)
  • PÁGINA 5 DRUPAL – Modulación de Taxonony Drupal: Es un CMF (Content Management Framework) modular multipropósito y muy configurable que permite publicar artículos, imágenes, y otras cosas u otros archivos y servicios añadidos como foros, encuestas, votaciones, blogs y administración de usuarios y permisos. Drupal es un sistema dinámico: en lugar de almacenar sus contenidos en archivos estáticos en el sistema de ficheros del servidor de forma fija, el contenido textual de las páginas y otras configuraciones son almacenados en una base de datos y se editan utilizando un entorno Web. Es un programa libre, con licencia GNU/GPL, escrito en PHP, desarrollado y mantenido por una activa comunidad de usuarios. Destaca por la calidad de su código y de las páginas generadas, el respeto de los estándares de la web, y un énfasis especial en la usabilidad y consistencia de todo el sistema. El diseño de Drupal es especialmente idóneo para construir y gestionar comunidades en Internet. No obstante, su flexibilidad y adaptabilidad, así como la gran cantidad de módulos adicionales disponibles, hace que sea adecuado para realizar muchos tipos diferentes de sitio web. (Referencias: www.drupal.org) Taxonomía es el sistema de Drupal para clasificar el contenido. Algunos módulos usan taxonomía para su funcionalidad, por ejemplo el módulo “Ad” describe los lugares donde van los avisos con taxonomía. Cómo se usa Se definen vocabularios (grupos de términos que comparten algún tipo de relación entre ellos). A cada vocabulario se le agregan términos. Los vocabularios pueden ser planos (todos los términos al mismo nivel) o jerárquicos (términos que dependen de otros), pueden permitir múltiples selecciones, y pueden ser libres, de modo que nuevos términos pueden ser agregados por los usuarios "al vuelo". Se asocia el vocabulario a uno o más tipos de contenido. De esta forma, los nodos del sitio pueden ser agrupados en categorías, etiquetados o clasificados como se elija. A veces se usa "categoría" como sinónimo de Taxonomía. (Referencias: http://www.drupalsoul.com/que-es-taxonomia) Análisis y Aplicación de Solución Para la sorpresa de todos, y aunque ambas herramientas cuentan con una robustez sólida como para montar una solución óptima, los módulos de Teserack ligados a TYPO3 están en una etapa de abandono total por sus creadores, por una razón de falta de investigación e
  • PÁGINA 6 implementación el proyecto de módulo para TYPO3 quedó obsoleto. De esta manera se inició el trabajo para integrar los módulos existentes en DRUPAL como parte de la herramienta elegida para dar solución a los problemas existentes. Así se comenzó con la implementación de DRUPAL – TAXONOMY de lo cual se detalla a continuación paso a paso. INSTALACIÓN DE DRUPAL V 7 ANTES DE INICIAR (Localhost, XAMPP) 1. Si se está trabajando con Windows, descargue e instalé XAMPP 2. También descargue el comprimido de Drupal 7.2. Y luego debe descomprimirlo en la carpeta del servidor, para XAMPP, por defecto es “C:xampphtdocs”, en este caso, la carpeta como “drupal7”: 3. Ingrese a “http://localhost”, y desde allí al PhpMyAdmin, en donde se ha agregado una nueva base de datos nombrándola también “drupal7” (no es necesario que la carpeta donde va a instalar se llame igual que la base de datos), la puede dejar vacía.
  • PÁGINA 7 4. Ahora volvamos a nuestro navegador e ingresamos la dirección URL en donde descomprimimos Drupal (http://localhost/drupal7), tendremos esto: Para instalar directamente Drupal 7 en español tenemos que seguir los siguientes pasos: - Descargamos la última traducción en español de Drupal 7 en la web: http://localize.drupal.org/translate/languages/es - Colocamos el archivo de la traducción en español (tiene extensión .po) en la siguiente ruta de nuestra instalación: carpeta_drupal/profiles/standard/translations o En Choose profile podemos elegir Standar o Minimal. Elegimos Standar.
  • PÁGINA 8 Choose profile drupal 7  En Choose language elegimos idioma Spanish. Elegir idioma español en la instalación de drupal 7  En Configurar base de datos introducimos los datos de nuestra base de datos, el usuario y su contraseña.
  • PÁGINA 9 Configurar base de datos en drupal 7 en la instalación en español  Configuramos los campos de nuestro sitio.  Ventana de confirmación de instalación de drupal completa. Instalación drupal 7 en español completo Con esto ya tenemos nuestro sitio Drupal 7 instalado directamente en español.
  • PÁGINA 10 INSTALACIÓN DE MÓDULOS NECESARIOS EN TAXONOMY 1. Install new module 2. Seleccionar archivo: buscar en el disco los archivos de los módulos descargados desde la página www.drupal.org/project/nombre_modulo luego presionar el botón Instalar. (proceso se realiza módulo por módulo)
  • PÁGINA 11 3. Habilitar los módulos instalados: en el menú superior, existe una pestaña que dice Módulos, debemos acceder realizando un clic izquierdo sobre ella en la cual debemos seleccionar a través de un check box la habilitación de los módulos que queremos utilizar. Luego de esto ir al final del menú y presionar el botón Guardar Configuración. En algunos casos, al habilitar algunos módulos aparecerá una pantalla como esta Lo cual dependiendo los módulos que se hayan instalados saldrá con otras dependencias a instalar, solo se debe presionar aceptar. Notará que existen módulos que tienen dependencias de otros módulos que están o no habilitados para poder trabajar con ellos o sobre ellos, para poder reconocer esto solo se
  • PÁGINA 12 debe observar la descripción que existe sobre los módulos instalados. Al apreciar esta descripción se observan 2 colores característicos: Café y Rojo. Café: quiere decir que los módulos dependen de aquellos módulos que salen descritos de color café, para que sean buscados dentro de toda la lista de los instalados y se le selecciones el check box. Luego de hacer esto se debe ir al final del menú para guardar los cambios. Rojo: quiere decir que el módulo a utilizar depende de otro módulo a habilitar, con la diferencia que se debe descargar de la página oficial de Drupal.org porque el módulo que sale nombrado de rojo no está instalado en DRUPAL.
  • PÁGINA 13 CREACIÓN Y ADAPTACIÓN DE MÓDULOS PARA LOS DISTINTOS CONTENIDOS Y POSICIONES Para el ejercicio de adaptación de Drupal solo hace falta entrar a la documentación oficial que se entrega en la página oficial de Drupal (www.drupal.org), por lo cual la etapa más complicada se realiza en el momento de adaptar los módulos a la forma que queramos utilizarla, por lo cual la explicación se centrará en aquello. Para comenzar, se debe saber cuáles, de todos los módulos existentes e instalados, se van a utilizar para trabajar la Taxonomía y estos son: - TAXONOMIA (Módulo que viene por defecto en la instalación de Drupal, pero que necesita módulos complementarios para ser utilizado, ya debieran estar instalados previamente). - FEEDS IMPORTER - VIEWS - BLOQUES Todos estos menús se encuentran alojados en el menú de administración en la etiqueta Estructura y se detallan a continuación:
  • PÁGINA 14 Taxonomía: El módulo de los vocabularios. En este módulo se deben crear los aquellas listas de conceptos que se utilizarán para trabajar las relaciones. Los diccionarios a crear son: a. Acrónimos b. Especialidades c. Contextos Tipo de Contenido: El módulo de Tipo contenido crea y mantiene los tipos de contenidos existentes dentro de Drupal, como los nodos y cualquier otro tipo que se requiera. En este caso se crearon Acrónimos, Definiciones, Especialidades, y Contextos (sin contar Artículos y Páginas básicas que están por defecto en Drupal).
  • PÁGINA 15 Feeds Importer: Este módulo se utiliza para crear los archivos de carga masiva. Se adapta para generar los prototipos de CSV, XML o el archivo que se requiera para ingresar los datos ordenados con un formato. a. Creación de un Feed Importer: i. Add importer >> Se ingresa el Nombre y una descripción. Luego de eso aparecerá otro menú de ingreso de Datos
  • PÁGINA 16 ii. Basic Settings: Es un menú donde se debe dar propiedades a las diversas OPCIONES según lo que se necesite. Si lo que necesitamos es crear una definición, para Drupal, una Definición tendría que ser un NODO común y corriente, para lo cual debemos ingresar datos como tiempo de importación. Como segundo dato importante es el RECUPERADOR; este Submenú entrega opciones sobre el tipo de archivo que se manejará; si se desea subir un archivo se utiliza el File Upload, si se desea cargar una URL se elige la otra opción. Dependiendo lo elegido dará un submenú asociado a lo anterior. Dependiendo de lo elegido anteriormente se deberá seleccionar las opciones del INTERPRETE; El intérprete es el tipo de archivo que se tomará para parsear los datos, en este caso es CSV parser. Luego de elegir la opción siempre se debe “Guardar”.
  • PÁGINA 17 En PROCESSOR, se debe elegir el tipo de archivo que vamos a trabajar y a qué vamos a asociar lo que cargaremos. Si es una Definición como es un artículo, en Drupal se considera como NODE. Si es un Acronimo u otro tipo de archivo de Vocabulario tipo Taxonómico se debe elegir un Taxonomy Term, Si es una lista de usuarios que se cargará desde archivos se debe elegir User Processor. Si elegimos Taxonomy Term (como en la mayoría de los casos) veremos que en el submenú que aparece se crean opciones y mapping. Para Opciones se debe asociar el tipo de dato que ingresará al Vocabulario que deberá ingresarse los datos. Elegir si
  • PÁGINA 18 se reemplazará los datos existentes o se actualizarán. Y el tipo de texto que ingresará. Luego al ir a la opción de Mapping, se debe estructurar el archivo o Plantilla del CSV para lo cual debemos agregar campos eligiendo el tipo de datos que el sistema tiene.
  • PÁGINA 19 Manual de Usuario Este es un manual simple de uso para los usuarios y los privilegios asignados a cada uno de ellos. Dentro del sistema se ha creado solamente el Administrador y el User View. ADMINISTRADOR Este usuario tiene los privilegios completos, Ingresar Usuarios, dar privilegios, Modificar todo tipo de contenidos, Ingresar datos individuales y en gran cantidad por archivos. Además es el encargado de crear contenidos páginas y hacer escalable el sistema. Para ingresar debe ingresar al Login como administrador con la cuenta que se ha creado por defecto. Este Admin, tiene la particularidad de editar los privilegios que se dan a todos los usuarios y crear nuevos tipos de participantes en el sistema. Cuando se abre el Home de la página desde el administrador se aprecia que se puede Agregar Contenidos e importar archivos. Además ingresar una búsqueda de archivos.
  • PÁGINA 20 Ingreso de Contenidos individuales Para ingresar contenidos se debe ir a la opción más sencilla del sistema en el panel izquierdo “Agregar Contenido”, dentro del cual se puede elegir qué tipo de contenido se requiere. Al momento de elegir una opción se debe llenar los datos del formulario sencillo en el cual se ingresan los datos requeridos. Si se elige Definición se requerirá ingresar acrónimos, especialidad, y contexto, pero si al momento de ingresarlos estos no existen en sus respectivos vocabularios se ingresan a la base de datos y están disponibles para ser usados después.
  • PÁGINA 21 Importación de Datos Para Importar Datos masivos se debe ir al panel izquierdo donde dice “Importar”. Al seleccionar dicha opción De elegir cualquier tipo de estos el procedimiento es el mismo. Se desplegará un menú donde se verá una opción de descargar la plantilla (Download a Template) con la estructura de CSV, el cual deberemos sacar el modelo para ingresar los datos. (revisar el concepto de estructura de CSV)
  • PÁGINA 22 Se debe elegir el tipo de delimitador (Separador), Luego presionar el botón Seleccionar Archivo y buscar tu archivo con los datos a ingresar. Luego de eso, se debe presionar Importar. De no existir errores debe salir la cantidad de nodos que se ingresaron como información al usuario. USER VIEW Es un usuario que solo puede ver datos, ingresa desde la URL y puede buscar y ver todos los contenidos existentes en la página. Existe una opción de registrarse, pero el Admin es el que ve que privilegios deberá asignar a este tipo de usuarios. En la pantalla principal se verá los últimos Conceptos ingresados al sistema en el centro. Además en el panel izquierdo se observará un Buscador de conceptos y además debajo de eso los Acronimos existentes en el sistema. En el menú superior se ve el Inicio, Qué es Medibulary y los Créditos. Estas dos últimas son paginas informativas acerca del uso contexto y creadores de esta aplicación web.