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In trodução ao Epigrass
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In trodução ao Epigrass

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  • 1. Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos e Tecnologias ca Fl´vio C. Coelho a Claudia T. Code¸o c Funda¸˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers ca 26 de junho de 2008 Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 1 / 15
  • 2. Motiva¸˜o ca Cen´rio: a A Modelagem dinˆmica de popula¸˜es, est´ ultrapassando o a co a paradigma de popula¸˜es homogˆneas representadas por suas m´dias co e e A inclus˜o do espa¸o como um elemento descont´ a c ınuo e complexo surge na modelagem de pandemias globais (sars, gripe avi´ria, etc). a Teoria de grafos e redes passa a ser utilizada para representar a estrutura de associa¸˜o de indiv´ ca ıduos e popula¸˜es distribu´ co ıdos espacialmente. Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 2 / 15
  • 3. Motiva¸˜o ca O Problema: A introdu¸˜o de heterogeneidades populacionais e espaciais aumenta ca a complexidade do modelo e n´mero de parˆmetros. u a Com muito esfor¸o pode-se escrever um modelo razoavelmente c complexo (algumas dezenas de equa¸˜es)usando as ferramentas co tradicionais. Mas... e o pr´ximo modelo? o Como lidar com o volume de dados necess´rios para a parametriza¸˜o a ca de tal modelo? Como lidar com a montanha de dados produzidos? Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 3 / 15
  • 4. Expandindo os limites A proposta Desenvolver uma plataforma de modelagem orientada a objetos que permita aumentar a complexidade dos modelos sem uma aumento ”exponencial”do esfor¸o de parametriza¸˜o e an´lise. c ca a Incorporar conceitos de teorias de grafos e redes. Buscar integra¸˜o com sistemas de informa¸˜o geogr´fica, sem ca ca a ”reinventar a roda”. Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 4 / 15
  • 5. O Epigrass Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 5 / 15
  • 6. Princ´ ıpios de Design Otimizar o tempo de desenvolvimento e manuten¸˜o: Linguagem ca Python. Desenvolvido Exclusivamente com Software Livre: Qt, Numpy, Matplotlib, , etc. Arquitetura modular, pode funcionar sem a GUI, por exemplo. Aderˆncia a padr˜es abertos: MySQL, SQLite, PostGIS?, Unicode, e o A X, GraphML,etc. LTE Utiliza¸˜o exclusiva de arquivos texto para toda a especifica¸˜o do ca ca modelo (3 arquivos definem completamente o modelo). Manuten¸˜o da generalidade da Plataforma: util para qualquer tipo ca ´ de modelo baseado em rede. Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 6 / 15
  • 7. Epigrass, Status atual: Caracter´ ısticas dos modelos: Modelos compostos por Trˆs objetos b´sicos: Grafo, N´ e aresta. e a o Modelos dinˆmicos espacialmente estruturados onde a unidade a espacial ´ o n´ de uma rede. e o Dinˆmica intra-n´ ´ dada por uma fun¸˜o em Python, idˆntica para a oe ca e todos os n´s mas parametrizadas com vari´veis locais. o a Dinˆmica inter-n´ ´ parametrizada atrav´s das arestas. Estrutura a oe e completa do modelo ´ vis´ e acess´ a todos os seus componentes e ıvel ıvel durante a execu¸˜o. ca Treze Modelos epidemiol´gicos cl´ssicos para dinˆmica intra n´ s˜o o a a o a incluidos no programa. Usu´rio pode desenvolver seu pr´prio modelo para a dinˆmica a o a intra-n´ como uma fun¸˜o em Python. o ca Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 7 / 15
  • 8. Editor de Modelos: Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 8 / 15
  • 9. Modelo Do Usu´rio: a Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 9 / 15
  • 10. Parametrizando um modelo: Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 10 / 15
  • 11. N´s e arestas o Parametriza¸˜o: ca Parametriza¸˜o a partir de duas tabelas contendo um objeto por linha ca Atualmente lidos apartir arquivos “csv”mas poderiam ser lidos diretamente de um banco de dados. N´: lat, long, nome, popula¸˜o, geoc´digo, mais n´mero o ca o u arbitr´rio de vari´vieis adicinais. a a Aresta: NomeOrigem, NomeDestino, fluxoOD, fluxoDO, Dist, geoc´digoOR, Geoc´digoDEST. o o Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 11 / 15
  • 12. Visualiza¸˜o dos Resultados ca Google Earth Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 12 / 15
  • 13. ´ Arvore de Espalhamento Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 13 / 15
  • 14. Futuro (pr´ximo) o Epigrass 2.0 Novas funcionalidades: Visualizador em tempo de simula¸˜o. ca Editor gr´fico de Modelos a Novo Manual. Epigrass API Documentada Processamento distribu´ ıdo: Modelo dependente. Melhor integra¸˜o com R. ca Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 14 / 15
  • 15. Obrigado! Fl´vio C. Coelho, Claudia T. Code¸o (Funda¸Introdu¸˜o ao Epigrass: Conceitos ) Tecnologias a c c˜o Oswaldo Cruz/ MetaModellers e a ca 26 de junho de 2008 15 / 15

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