Olivia Contradictions

789
-1

Published on

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total Views
789
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
0
Actions
Shares
0
Downloads
5
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Olivia Contradictions

  1. 1. Detecting Contradictions A Chapter in a Thesis by Olivia Sanchez    
  2. 2. The Aim To find two statements p and not p ● Either in the same document or in two different  – documents. The statements concern protein­protein interactions  – (PPIs). “Protein A interacts with protein B.” ­Author X – “Protein A doesn't interact with protein B.” ­Author Y –    
  3. 3. Explicit vs. Implicit Contradictions Explicit contradictions ● The paper clearly states the contradiction – “Although the activation of X by Y would contradict  ● previous observations...” Implicit contradictions ● In two different articles or in different sentences of  – the same article.    
  4. 4. Implicit Contradiction Example: ●  Doc1: C2­ceramide has no effect on PI 3­kinase in  – NIH­3T3 fibroblasts or 3T3­L1 adipocytes. Doc2: C2­ceramide potently inhibits PI 3­kinase  – activation. Just potential contradiction. ● The rest is done by curators. ●    
  5. 5. Explicit Contradictions They are used to tune and test a system to  ● detect the implicit ones. They happen near words expressing  ● contradiction and findings. They most often occur in Discussion and rarely  ● in the Abstract. Other sections lie in between.    
  6. 6. Finding Explicit Contradictions  CONTRAST WORDS FINDING WORDS ● ● contradict, contradiction,  observation, report, notion,  – – contradictory, conflict,  evidence, finding, research,  negate, negation, disagree,  hypothesis, knowledge,  disagreement, refute,  interpretation, conclusion,  refutation, differ, dissent,  model, data, fact, study,  discrepancy, inconsistency,  inform, document, work,  inconsistent, contrast,  proposal, result, view,  controversy assertion, assay    
  7. 7. Explicit – Clue Words There is an explicit contradiction when ● There's a CONTRAST word; – There's a FINDING word; – There's a PPI. –    
  8. 8. Method to Find Explicit C Rather vague definitions of dependency parse  ● and some other concept.  There may be an explicit C­PPI in a sentence if  – there is a direct path Γ of a maximum length of 3  between a finding word and a contradiction word,  and a path Φ of a maximum length of 10 between  the contradiction word and the cue word denoting  a PPI (affirmative or negative cases).    
  9. 9. Example of XC  “Although the activation of AMPK by insulin  ● would contradict previous observations (28,29),  AMPK activation is known to accelerate glucose  uptake and utilization in the heart.”    
  10. 10. Example of XC file:///home/farzaneh/Desktop/Screenshot-1.png    
  11. 11. Evaluation Sentences from 500 JBC articles with  ● contradiction and finding words Analyse manually and automatically  ● Results ● True positives 22    Recall    36.07% – False positives 2   Precision 91.67% – False negatives 39  F­score   51.76% –    
  12. 12. Evaluation Causes of errors  ● Wrong parsing – PPI recognition – Missing PPI due to anaphoric problems –    
  13. 13. Method to Find Implicit C Map the sentences to their meanings ● These should map to the same meaning – ATP inhibition of adenosine monophosphate­activated  ● protein kinase. Inhibition of ATP by AMPK. ● ATP inhibits AMPK. ●    
  14. 14. Method to Find Implicit C Map the sentences to their “meaning”s ● These should map to the same “meaning” – ATP inhibition of adenosine monophosphate­activated  ● protein kinase. Inhibition of ATP by AMPK. ● ATP inhibits AMPK. ●    
  15. 15. Syntax – Semantic Map (Example) Semantic class      Inactivate cue word            inhibit P1              ATP P2                 AMPK Auxiliar molecule  – Polarity           Positive Direction of cue word Negative Certainty          – Manner (of the cue word)    Neutral Organism           – Location           –    
  16. 16. The Method Map the semantic representation (“meaning”) to a numeric  ● value State of a PPI – Tables of ● Cue word – Manner word – Polarity, degree, direction,... –    
  17. 17. Tables and Examples    
  18. 18. Evaluation Kappa ● Tested with ● 5 biologists – 4 non­biologists – the system – Performed almost like biologists and better than  ● non­biologists    
  1. A particular slide catching your eye?

    Clipping is a handy way to collect important slides you want to go back to later.

×