Recherche documentaire en médecine

La recherche documentaire en médecine sur l’Internet Philippe Eveillard MSA - Bagnolet 19 et 20 mai 2008

Programme de la formation Les moteurs de recherche – Google Langage, syntaxe, ressources. Exercices avec Google. Google Scholar : caractéristiques et exercices. Les répertoires médicaux – CISMeF Langage, syntaxe, ressources. Exercices avec le module Terinologie. Exercices avec le module de recherche avancée. MEDLINE/PubMed MEDLINE (banque de données) et PubMed (interface). Le langage MeSH – L’affiliation descripteur/qualificatif. Les champs – l’explosion – la pondération. La formulation des débutants (Limits) La formulation des experts (« linéaire ») Les filtres – le coffre-fort My NCBI

Les moteurs de recherche – Google – le langage Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Le langage des moteurs de recherche (et de Google) est le langage courant = votre langage Dans Google, comparer les réponses obtenues dans la première page de résultat avec les requêtes : Polyarthrite chronique évolutive Polyarthrite rhumatoïde Commentaires Chacune des 2 requêtes affiche des notices différentes. Un outil de recherche comme Google ne prend pas en compte les synonymies, mais uniquement une chaîne de caractères (y compris les fautes d’orthographe et les erreurs de saisie).

Les moteurs de recherche – Google – la syntaxe Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 La syntaxe est élémentaire +++ et se résume à :  mettre des guillemets pour les mots composés et les expressions  remplacer l’opérateur AND par un espace Exemples Réanimation « arrêt cardiaque » Recommandations « traitement de l’hépatite C » « Diagnostic clinique » appendicite « Hémorragie méningée » « examen TDM »

Les moteurs de recherche – Google – la syntaxe – exemple Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Rechercher des documents sur le traitement de l’insuffisance cardiaque par les bêta-bloquants
Commentaire
Vous obtenez un résultat différent si :
les guillemets de sont pas mis en place ;
bêta-bloquant est au singulier ou au pluriel
Bêta-bloquants « insuffisance cardiaque »

Les moteurs de recherche – Google – les ressources Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Analyser la première page de résultat de la requête bêta-bloquants « insuffisance cardiaque ». Distinguer parmi les résultats les documents et les articles . Commentaire Google recense principalement des documents de la Toile et plus rarement des articles de la presse médicale. Ces derniers sont plus volontiers hébergés dans les banques de données bibliographiques type Google Scholar ou MEDLINE.

Les moteurs de recherche – Google – exercices Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Rechercher des documents sur le traitement chirurgical du syndrome du canal carpien. Commentaires Les résultats diffèrent selon la formulation de la requête : « traitement chirurgical » « syndrome du canal carpien » « traitement chirurgical du syndrome du canal carpien » « traitement chirurgical » « canal carpien » Chirurgie « canal carpien » « chirurgie du canal carpien »

Les moteurs de recherche – Google – exercices Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Rechercher des documents sur la ventilation non invasive dans les décompensations aiguës de l’insuffisance respiratoire chronique Commentaires L’interrogation de Google sur un thème médical est d’autant plus performante et adéquate qu’elle est faite dans un langage médical. « ventilation non invasive » décompensation « insuffisance respiratoire chronique »

Les moteurs de recherche – Google – exercices Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Rechercher des documents sur l’estimation des dépenses de prévention en France. Commenter les résultats. Commentaires Dans Google, les requêtes médico-administratives ou médico-économiques obtiennent plus souvent des réponses satisfaisantes que les requêtes spécifiquement médicales estimation« dépenses de prévention »

Les moteurs de recherche – Google Scholar – définition Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Google Scolar est l’interface de recherche d’une banque de données bibliographiques dont le « fonds » reste indéfini. Documents +++ Articles+ Google Articles+++ Livres + Google Scholar

Les moteurs de recherche – Google Scholar – utile ? Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Utile ? OUI, sous réserve :  de l’utiliser comme un « coup de sonde » sur un thème  de sélectionner les articles récents. En termes de « précision de la requête », Google Scholar est nettement moins performant que MEDLINE (PubMed) (voir les 2 diapositives suivantes)

Les moteurs de recherche – Google Scholar – utile ? – exemple Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Dans MEDLINE/PubMed, l’équation : Evidence-Based Medicine [mh] AND Internet [mh] affiche 610 notices (le 17 mai 2008). Le bordereau d’indexation de la première notice comprend 18 descripteurs MeSH. C’est dans ce bordereau d’indexation qu’ont été recherchés les descripteurs Evidence-Based Medicine et Internet .

Les moteurs de recherche – Google Scholar – utile ? – exemple Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Dans Google Scholar, l’équation : « Evidence-Based Medicine » Internet affiche 16 700 notices (le 17 mai 2008). Le premier des documents récents récents est un article de Trisha Greenhalgh. Les mots evidence-based medicine et Internet sont recherchés dans l’ensemble de l’article comme le montre l’extrait ci-contre

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Langage de CISMeF = langage MeSH Comparer les résultats obtenus en interrogeant CISMeF avec :  PR  Polyarthrite rhumatoïde  Polyarthrite chronique évolutive Polyarthrite rhumatoïde est un mot clé ( descripteur ) du langage MeSH (en version française). Il a pour synonyme PR et polyarthrite rhumatoïde. Une requête dans CISMeF donne sensiblement les mêmes résultats quand un descripteur ou ses synonymes sont utilisés.

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008
Les termes (descripteurs) du langage MeSH appartiennent à un thésaurus dont les particularités sont :
d’avoir une structure arborescente (les termes ont entre eux des relations hiérarchiques)
de rassembler des termes non ambigus (un descripteur = un concept et un seul)
MeSH 2008 24 767 descripteurs 16 branches maîtresses (dans l’arborescence)

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 La structure arborescente du MeSH
Dans le module terminologie de CISMeF : - entrer « asthme » dans la fenêtre recherche
cliquer sur OK
sélectionner l’onglet « navigation », ce qui affiche le descripteur asthme dans son arborescence.
« asthme » dans la fenêtre « recherche » L’arborescence du descripteur avec ses relations hiérarchiques (de niveau supérieur et de niveau inférieur)

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 La traduction du langage courant en langage MeSH (VF) 1. Entrer le mot clé « décomposé » (bloquant pour bêta bloquant) dans la fenêtre 2. Ne pas cocher la case « sans troncature 3. Sélectionner le « bon » descripteur dans le cadre « réponse » Confirmation de la sélection

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage - exercices Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Exercices de traduction langage courant – langage MeSH (VF)
Traduire :
embolie pulmonaire
maladie de Kahler
ostéochondrite de hanche
anti-TNF alpha

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage - exercices Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Corrigé des exercices de traduction langage courant – langage MeSH (VF)
embolie pulmonaire  embolie  embolie pulmonaire
maladie de Kahler  Kahler  myélome multiple
ostéochondrite de hanche  ostéochondrite  maladie de Legg-Calvé-Perthes
anti-TNF alpha  TNF-alpha  Facteur de nécrose tumorale-alpha (pour « anti », ajouter un qualificatif… voir plus loin )

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage – l’affiliation Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 L’affiliation descripteur/qualificatif +++ Des qualificatifs peuvent s’affilier ( se marier ) aux descripteurs si (et seulement si) ils ont entre eux des « affinités* ». Qualificatif = terme qui précise le sens d’un descripteur. MeSH 2008 : 83 qualificatifs Exemples : Asthme/diagnostic Arthrose/complications Analgésiques/effets indésirables * Affinités Certains qualificatifs s’affilient : - aux maladies, - d’autres aux médicaments, - d’autres encore aux investigations diagnostiques ou aux protocoles thérapeutiques…

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage – l’affiliation Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 L’affiliation descripteur/qualificatif +++ Exemple : épidémiologie de la polyarthrite rhumatoïde 1. Entrée de polyarthrite dans la fenêtre 2. Sélection de polyarthrite rhumatoïde dans le cadre de réponse 3. Sélection de épidémiologie dans la page « accès aux ressources »

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage – l’affiliation - exercices Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Exercices sur l’affiliation descripteur/qualificatif
Traduire en affiliation descripteur/qualificatif :
les complications de la sarcoïdose
la chirurgie du cancer du pancréas
le régime de la maladie de Crohn
les indications des bêta-bloquants

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage – l’affiliation - exercices Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Corrigé des exercices sur l’affiliation descripteur/qualificatif
les complications de la sarcoïdose  sarcoïdose  sarcoïdose  sarcoïdose/complications
la chirurgie du cancer du pancréas  pancréas  tumeurs du pancréas  tumeurs du pancréas/chirurgie
le régime de la maladie de Crohn  Crohn  maladie de Crohn  maladie de Crohn/diétothérapie
les indications des bêta-bloquants  bloquant  antagonistes beta-adrénergiques  antagonistes beta-adrénergiques/usage thérapeutique

Les répertoires médicaux – CISMeF – la recherche documentaire Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008
La requête dans CISMeF
Simple si réduite à une affiliation descripteur/qualificatif : recours au module Terminologie exemples : complications de l’hépatite C ; contre-indications des anti-émétiques…
Plus complexe si l’équation comporte plusieurs membres : recours au module de recherche avancée exemples : traitement antibiotique de l’otite moyenne aiguë ; indications des IEC dans l’hypertension…

Les répertoires médicaux – CISMeF – la recherche documentaire Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Le débit expiratoire de pointe dans le diagnostic de l’asthme de l’enfant La recherche se fait dans le module de recherche avancée

Les répertoires médicaux – CISMeF – la recherche documentaire Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Exercices sur les requêtes dans CISMeF
Rechercher :
les recommandations sur le traitement de la maladie de Parkinson
les causes rénales de l’hypertension artérielle
le traitement antibiotique de l’otite moyenne aiguë
les effets secondaires des antiviraux dans le traitement de l’hépatite C

Les répertoires médicaux – CISMeF – la recherche documentaire Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Corrigé des exercices sur les requêtes dans CISMeF
les recommandations sur le traitement de la maladie de Parkinson maladie de Parkinson – thérapie – recommandation pour la pratique clinique
les causes rénales de l’hypertension artérielle maladies du rein – étiologie - hypertension
le traitement antibiotique de l’otite moyenne aiguë
otite moyenne suppurée – traitement médicamenteux - antibactériens
les effets secondaires des antiviraux dans le traitement de l’hépatite B
antiviraux – effets indésirables – hépatite B

MEDLINE/PubMed Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008
MEDLINE = banque de données bibliographiques
1966
National Library of Medicine
> 17 millions de notices
PubMed = interface d’interrogation
en accès libre
évolutive

MEDLINE/PubMed – le langage Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008
Thésaurus MeSH
Descripteurs
Qualificatifs
Affiliation descripteur/qualificatif
Identique aux descripteurs et qualificatifs de CISMeF, mais en version « originale » (anglaise)

MEDLINE/PubMed – le langage – les descripteurs Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 La traduction des mots clés du langage courant en descripteurs MeSH en version originale fait appel au module Terminologie de CISMeF 1. Le mot clé dans la fenêtre recherche 2. La traduction du mot clé en descripteur MeSH (version française) 3. Le descripteur en version originale

MEDLINE/PubMed – le langage – les descripteurs - exercices Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008
Rechercher les descripteurs (version originale) correspondant à :
- thrombose veineuse
sarcoïdose pulmonaire
hémorragie méningée
antiviraux
laxatifs

MEDLINE/PubMed – le langage – les descripteurs – exercices - corrigés Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008
Corrigé des exercices sur les descripteurs
- thrombose veineuse  thrombose  thrombose veineuse  venous thrombosis
sarcoïdose pulmonaire  sarcoïdose  sarcoïdose pulmonaire 
Sarcoidosis, pulmonary
hémorragie méningée  méningée  hémorragie méningée 
subarachnoid hemorrhage
antiviraux  antiviraux  antiviral agents
laxatifs  laxatifs  laxatives

MEDLINE/PubMed – le langage – l’affiliation Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Le mot clé du langage courant Le descripteur (version originale) Les qualificatifs du descripteur « bronchitis »

MEDLINE/PubMed – le langage – l’affiliation – exercices Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008
Formuler les affiliations descripteur/qualificatif suivantes :
diagnostic de la bronchite chronique
complications du syndrome de Brugada
effets indésirables des bêta-2-mimétiques
méthode de prévision de la date d’ovulation
physiologie de la préménopause

MEDLINE/PubMed – le langage – l’affiliation – exercices - corrigés Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008
Corrigé des exercices sur les affiliations descripteur/qualificatif
diagnostic de la bronchite chronique  bronchite  bronchite chronique  bronchitis, chronic  bronchitis, chronic/DI
complications du syndrome de Brugada  Brugada  syndrome de Brugada  Brugada Syndrome  Brugada Syndrome/CO
effets indésirables des bêta-2-mimétiques  mimétique  agonistes bêta-adrénergiques  adrenergic beta-agonists  adrenergic beta-agonists/AE
méthode de prévision de la date d’ovulation  prévision  prévision de la date d’ovulation  ovulation prediction  ovulation prediction/MT
physiologie de la préménopause  préménopause  premenopause  premenopause/PH

MEDLINE/PubMed – la syntaxe Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Les champs
Entrer dans la fenêtre d’interrogation de PubMed le mot clé french.
Successivement,
faire suivre ce mot clé des indications : [la] ; [au] ; [ti] ; [tw]
et noter à chaque fois le nombre de notices affichées
Les champs indiquent :
la nature d’un mot clé (descripteur, auteur, type de publication, date de publication…)
ou la localisation d’un mot clé (mot du titre, mot du titre ou du résumé, mot du bordereau d’indexation)

MEDLINE/PubMed – la syntaxe Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Les champs Les 10 champs (sur 40) les plus fréquemment utilisés par les cliniciens : Nature [mh] (descripteur) ; [majr] (descripteur majeur) ; [au] (auteur) ; [pt] (type de publication) ; [ta] (titre de périodique) ; [dp] (date de publication) ; [la] (langue) Localisation [ti] (mot du titre) ; [tiab] (mot du titre ou du résumé) ; [tw] (mot du bordereau d’indexation)

MEDLINE/PubMed – la syntaxe Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008
Les opérateurs booléens
sont : AND, OR, NOT
relient entre eux les membres de l’équation
sont saisis en lettres capitales
AND « croise » OR « unit » NOT « exclut » Règle : les mots clés qui encadrent l’opérateur OR sont mis entre parenthèses

MEDLINE/PubMed – la syntaxe Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008
Les types de publication
sont une cinquantaine
ont comme champ [pt]
Les plus fréquemment utilisés par les cliniciens sont :
Review +++
Clinical Trial
Randomized Controlled Trial
Meta-Analysis
Practice Guideline
Editorial
Letter

MEDLINE/PubMed – la syntaxe Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 La pondération Entrer dans la fenêtre d’interrogation Arthritis, Rheumatoid/EP [majr]. Cocher la case de la 1 ère notice. Dérouler le menu « summary » jusqu’à « citation ». Vous affichez ainsi le bordereau d’indexation de cette notice. Vous constatez que l’affiliation descripteur/qualificatif a un astérisque

MEDLINE/PubMed – la syntaxe Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 L’explosion – la non explosion
Entrer dans la fenêtre d’interrogation Arthritis, Rheumatoid/EP.
Cliquer sur OK.
Noter le nombre de notices affichées.
Entrer Arthritis, Rheumatoid/EP [mh:noexp].
Cliquer sur OK.
Noter le nombre de notices affichées.
Dans PubMed, l’explosion (l’extension de la requête aux descripteurs de niveau hiérarchique inférieur) se produit par défaut . Pour qu’elle ne se produise pas, vous devez l’indiquer sous la forme [mh:noexp] ou [majr:noexp]

MEDLINE/PubMed – la syntaxe Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Les dates – les classes d’âge Les dates 2006-2008 2006/05:2008/05 2006/05/18:2008/05/18 Les classes d’âge Adult [mh] NOT (Adolescent [mh] OR Child [mh])

MEDLINE/PubMed – la syntaxe Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 La formulation linéaire
Il y a 6 façons de faire une requête dans PubMed :
Directement dans la fenêtre d’interrogation
(formulation linéaire)+++
En sollicitant la fonction Limits
En sollicitant la fonction Preview/Index
En sollicitant la fonction History
En passant par la MeSH Database
En passant par les Clinical Queries
Conseil : oubliez 5 des 6 façons et conservez celle qui est la plus performante car c’est celle qui vous permet d’exercer le meilleur contrôle sur votre requête (la formulation linéaire)

MEDLINE/PubMed – la syntaxe – exercices Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Exercices sur la syntaxe
Rechercher :
les mises au point (review) sur les complication des varices oesophagiennes
des publications sur le retentissement sur la croissance des corticoïdes inhalés
des publications à l’exception des lettres à l’éditeur et des éditoriaux sur les indications des progestatifs dans la préménopause
les essais cliniques randomisés publiés au cours des 3 dernières années sur le traitement de la douleur par des méthodes alternatives
les publications en libre accès publiées en 2006 et 2007 sur la chirurgie de l’ostéochondrite de hanche
les mises au point publiées en langue française depuis le 1 er janvier 2005 sur le traitement hormonal substitutif de la ménopause
des publications sur les indications des progestatifs dans la contraception de l’adolescente
des publications sur l’épidémiologie des gastroentérites

MEDLINE/PubMed – la syntaxe – exercices – corrigé Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Corrigé des exercices sur la syntaxe
Oesophageal and Gastric Varices/CO AND review [pt]
Growth/DE AND Adrenal Cortex Hormones/TU AND Administration, Inhalation [mh]
Premenopause [mh] AND Progestins/TU NOT (letter [pt] OR editorial [pt])
Pain/TH AND Complementary Therapies [mh] AND randomized controlled trial [pt] AND 2005/05/20:2008/05/20 [dp]
Legg-Perthes Disease/SU AND Free full text [filter] AND 2006:2007 [dp]
Hormone Replacement Therapy/TU AND Menopause [mh] AND review [pt] AND french [la] AND 2005:2008 [dp]
Progestins/TU AND Contraceptive Agents, Female/AD AND Adolescent [mh] NOT Adult [mh]
Gastroenteritis/EP [mh:noexp]

MEDLINE/PubMed – les filtres Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Les filtres « evidence-based » Entrer Venous Thrombosis/US dans la fenêtre d’interrogation des Clinical Queries Sélectionner Diagnosis et narrow, specific search (recherche des documents sur la valeur diagnostique de l’échographie dans la thrombose veineuse)

MEDLINE/PubMed – les filtres Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Les filtres « données validées » Associer à l’affiliation descripteur/qualificatif Chlamydia Infection/PC les 3 « filtres » Free Full Text, Core Clinical Journals, Systematic. L’association des 3 filtres (Core Clinical Journals, Free Full Text, Systematic) affiche des documents dont le contenu a de grandes chances d’être « validé » (et en cas de doute, la possibilité de contrôler cette validité est donnée par le free full text).

MEDLINE/PubMed – My NCBI Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Le coffre-fort de notices
Dans la page de résultat de la précédente équation :
cocher la première notice
sélectionner collections dans le menu déroulant send to
renseigner le cadre qui s’affiche
My NCBI « collections » est la bibliothèque de notices du clinicien

MEDLINE/PubMed – My NCBI Philippe Eveillard MSA 19 et 20 mai 2008 Le coffre-fort d’équations
A partir de la précédente équation :
cliquer sur « save search » (dans le prolongement de la fenêtre d’interrogation)
renseigner le cadre qui s’affiche (soit dans le sens « pull »  je fais la veille », soit dans le sens « push »  je reçois la veille)
Le coffre fort d’équations est une des 2 façons de faire de la veille bibliographique dans MEDLINE, l’autre étant « d’accrocher » un flux RSS à une équation.

http://biblimedi.blogspot.com	318
http://biblimedi.blogspot.fr	289
http://www.slideshare.net	10
http://dl.dropbox.com	4
http://biblimedi.blogspot.com.au	1
http://whatsnewdoc.blogspot.com	1

Recherche documentaire en médecine

by eveillard on May 19, 2008

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