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PubMed en 10 000 signes

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  • 1. PubMed en 10 000 signes Philippe Eveillard 21 février 2013Library par uberculture Flickr Licence CC BY
  • 2. 1. PubMed ?PubMed est un outil de recherche qui explore :- MEDLINE, la banque de données bibliographiques de la National Library of Medicine (NLM) ;- les articles non encore indexés de cette banque classés PubMed-as supplied by publisher ouPubMed in process ; une fois indexés, ils intègreront MEDLINE ;- les articles mis en ligne avant leur publication (Epub ahead of print).PubMed fait cette exploration par l’intermédiaire d’une interface d’interrogation (le système Entrez).Conséquences•L’interrogation exclusive de MEDLINE sans la partie non indexée et sans le preprint se fait :- soit en interrogeant PubMed avec des termes appartenant au langage MeSH ;- soit en le spécifiant dans l’équation de recherche (AND MEDLINE [sb]).•L’interrogation de la partie non indexée, indispensable quand on fait de la veille bibliographique sefait en excluant MEDLINE de la recherche (NOT MEDLINE [sb]).Note 1 : Les opérateurs booléens (AND, OR, NOT) sont gérés comme dans la majorité des autresoutils de recherche.Note 2 : Des champs (de nature ou de localisation) sont attribués aux mots clés. Ils sont indiquésentre 2 crochets. Pour MEDLINE, le champ est subset (ou [sb]).Pour donner une image (qui n’est pas juste, car « c’est juste une image »), MEDLINE estun sac de billes et PubMed est la main (l’interface Entrez) qui plonge dans le sac pour enretirer les billes « commandées ».
  • 3. 2. Pour quoi faire ?PubMed est un outil de recherche bibliographique qui permet de faire :- une revue bibliographique ;- la bibliographie d’un article ou d’une thèse.Conséquence•Ce n’est pas l’outil de choix pour résoudre le problème clinique d’un patient qui se trouve dansvotre salle d’attente ou dans votre cabinet de consultation.•Il y a d’autres outils pour cela, en majorité anglophones : Dynamed, UpToDate, ClinicalKey,Best Practice, MDconsult…•En langue française, penser à :- CISMeF, DReFC, résumés Cochrane…- aux outils qui peuvent être sollicités dans le cours de la consultation (CRAT, Antibioclic, Orphanet, maladies professionnelles de la CRAMIF…) ;- …et à Google, sous réserve que vous l’interrogiez avec des mots clés soigneusement choisis etque vous utilisiez sa syntaxe à bon escient.
  • 4. 3. Comment ?Pour faire une bibliographie, il faut s’asseoir, si possible dans une bibliothèqueuniversitaire.Ce n’est pas parce que des applications pour mobiles autorisent l’interrogation de PubMed dans uncouloir d’hôpital ou entre 2 stations de métro qu’il faut imaginer faire une bibliographie n’importeoù et en toutes circonstances.Les meilleures conditions pour faire une bibliographie sont remplies quand vous êtes :•Assis ; c’est mieux pour réfléchir aux mots clés que vous utiliserez et à la stratégie que vousmettrez en œuvre pour la formulation de votre requête.•Dans une bibliothèque universitaire. C’est l’endroit idéal où vous trouverez :- le calme et l’environnement propices à la réalisation d’une bibliographie ;- l’aide précieuse des bibliothécaires;- le texte intégral d’un grand nombre d’articles de votre bibliographie.
  • 5. 4. Avec quels mots clés ?L’interrogation de PubMed se fait de préférence avec des termes (les Medical Subjectheadings ou MeSH) appartenant à un thesaurus.Ce thesaurus comprend 26 853 termes (ou descripteurs). Il évolue chaque année au gré desmodifications du langage médical (les nouveaux termes remplaçant ceux tombés en désuétude).Le thesaurus MeSH est un vocabulaire contrôlé où les descripteurs ont, entre eux, des relationshiérarchiques. Exemple : l’arborescence du descripteur asthma.Respiratory Tract Diseases  Bronchial Diseases  Asthma  Asthma, Aspirin-Induced  Asthma, Exercise-Induced  Asthma, Occupational  status AsthmaticusConséquencesDans PubMed, l’interrogation avec un descripteur est étendue (par défaut) à tous ses descendantsdans l’arborescence. C’est l’explosion !Exemple : une requête avec le descripteur asthma est étendue aux 4 descripteurs de niveauhiérarchique inférieur (Asthma, Aspirin-induced ; Asthma, Exercise-Induced ; Asthma,Occupational et Status Asthmaticus).Pour éviter l’explosion, vous devez le spécifier dans la requête.Exemple : asthma [mh:noexp]Le champ [mh:noexp] signale que c’est un descripteur qui ne doit pas exploser.
  • 6. 5. Pourquoi le MeSH ?Sur chaque article est collée une étiquette (le bordereau d’indexation) sur laquelle sontindiqués les termes MeSH qui caractérisent le contenu de l’article.Il est judicieux (et logique) que vous utilisiez le même langage que celui des documentalistes quiont indexé les articles. Votre intelligence (à travers votre requête) rencontre alors celle dudocumentaliste (à travers son indexation).Si, par exemple, vous interrogez PubMed avec 2 descripteurs, vous afficherez dans vos pages derésultat les références qui ont ces 2 descripteurs sur leur étiquette. C’est l’assurance que cesréférences auront de grandes chances d’être en adéquation avec votre requête. C’est l’atoutmajeur de PubMed.Note : l’étiquette (le bordereau d’indexation) se trouve sous le résumé de la référence au formatabstract. Cliquer sur « MeSH Terms » pour l’afficher.
  • 7. 6. L’affiliation descripteur/qualificatifL’affiliation descripteur/qualificatif est au cœur de l’équation de recherche.C’est l’attelage de la locomotive (le descripteur) avec son tender (le qualificatif) qui tirele convoi de chemin de fer (l’équation de recherche) vers plus de cohérence et plus deprécision.Une affiliation descripteur/qualificatif établit une relation étroite entre un descripteur et unqualificatif. L’exemple de l’attelage entre la locomotive et son tender traduit bien cette relation.Dans une affiliation descripteur/qualificatif, le descripteur et le qualificatif sont « collés » l’un àl’autre, juste séparés par un slash. Exemple : asthma/diagnosisNote :Dans le langage MeSH, il y a des descripteurs (26 853 en 2013) et des qualificatifs (83). Unqualificatif ne peut s’affilier (se combiner) qu’avec certains descripteurs. Il y a des qualificatifs pourles maladies. Il y en a d’autres pour les médicaments et d’autres encore pour les investigationsdiagnostiques ou pour les protocoles thérapeutiques…L’analyse de l’étiquette d’un article montre que 80% des termes caractérisant son contenu sontdes affiliations descripteur/qualificatif.ConséquenceVous devez formuler vos équations de recherche avec des affiliations descripteur/qualificatif pourêtre cohérent avec ce qui est marqué sur l’étiquette.
  • 8. 7. Quelle méthode ?Pour faciliter la formulation d’une équation de recherche comportant une ou plusieursaffiliations descripteur/qualificatif, le recours à la banque de données du MeSH (MeSHDatabase) est la méthode de choix.MeSH Database à 4 fonctions :- traduction du mot clé anglais en descripteur MeSH ;- sélection et affiliation d’un qualificatif au descripteur ;- possibilité de pondérer l’affiliation et d’éviter son explosion ;- envoi de l’affiliation descripteur qualificatif (ou des affiliations descripteur/qualificatif s’il y en aplusieurs) dans la fenêtre d’interrogation de PubMed.Note 1Dans PubMed, le documentaliste qui indexe un article distingue (par un astérisque) certainesaffiliations descripteur/qualificatif. Ce sont les affiliations « majeures », celles qui caractérisent lemieux l’article. En cochant la case « Restrict to MeSH Major Topic » dans MeSH Database, vouslimitez votre recherche à ces affiliations « pondérées ».Note 2Dans MeSH Database, vous pouvez éviter l’explosion d’un descripteur ou d’une affiliation encochant la case « Do not include MeSH Terms… ».
  • 9. 8. Et les filtres ?Dans l’équation de recherche (le convoi de chemin de fer), les filtres sont les wagons.Les filtres limitent le champ de la requête comme les wagons freinent le convoi.Les filtres sont situés dans le cadre de gauche de la page de résultat.Vous pouvez les sélectionner dès que l’équation de recherche est passée de la banque de donnéesdu MeSH (MeSH Database) à la fenêtre d’interrogation de PubMed.Les filtres les plus courants sont :- les types d’articles (review, guidelines, randomized controlled trial…) ;- les accès (free full text, full text, abstract) ;- les dates de publication ;- les langues de publication (french, english, german…) ;- les classes d’âge (child, adolescent, adult, aged…).La sélection d’un filtre se fait en cliquant sur son intitulé.ConséquenceA la fin d’une requête où vous avez sélectionné 2 ou 3 filtres, n’oubliez pas de les retirer avant larequête suivante.
  • 10. 9. Quel résultat ?La première équation est rarement la bonne. Vous devez souvent la faire évoluer versplus de sensibilité ou vers plus de précision.•La précision, c’est :- comme la valeur prédictive positive d’un test diagnostic ;- le rapport des documents adéquats trouvés par l’outil de recherche sur la totalité des documentstrouvés par l’outil.•La sensibilité, c’est :- comme la sensibilité d’un test diagnostique ;- le rapport des documents adéquats trouvés par l’outil de recherche sur les documents adéquatshébergés dans l’espace interrogé.Conséquences•Le premier résultat montre trop peu de références.Pour élargir le champ de la requête, il faut supprimer :- un qualificatif, voire une affiliation descripteur/qualificatif, s’il y en a plusieurs ;- une pondération ;- une limite (de date ou de type d’articles).•Le premier résultat montre un trop grand nombre de référencesPour restreindre le champ de la requête, il faut ajouter :- une affiliation descripteur/qualificatif ou un descripteur ou un qualificatif à un descripteur ;- une limite (de date, de type de publication…) ;- une pondération à une affiliation descripteur/qualificatif. 
  • 11. 10. …et la veille bibliographique ?Une équation de veille bibliographique se distingue d’une équation de recherche par laprise en compte de la partie non indexée de PubMed.Seuls les articles des dinosaures de la presse médicale internationale (les 120 Core ClinicalJournals ?) sont indexés dans les jours qui suivent leur parution. Le délai d’indexation pour lesautres périodiques varie de quelques semaines à quelques mois.ConséquenceSi vous voulez faire de la veille bibliographique, vous devez explorer cette partie non indexée.Dans PubMed, l’équation de veille est formulée selon le schéma suivant :Recherche dans la partie indexée OR recherche dans la partie non indexéeLa recherche dans la partie indexée est faite en langage MeSH. Celle dans la partie non indexéeconsiste à rechercher les synonymes des descripteurs et des qualificatifs dans les titres et lesrésumés des articles qui ne sont pas encore intégrés dans MEDLINE (NOT MEDLINE).Exemple : veille bibliographique sur le diagnostic de l’asthme.L’équation de veille s’écrit :asthma/diagnosis OR ((asthma [tiab] OR bronchial asthma [tiab]) AND (diagnosis [tiab]OR screening [tiab] OR signs [tiab]) NOT MEDLINE [sb])(en maigre l’équation de la partie indexée, en gras celle de la partie non indexée) 

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