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O Jardim Botânico do Rio de Janeiro
como provedor de informações de
 qualidade sobre a biodiversidade
         vegetal brasileira

                                                      Eduardo Dalcin
            Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro
                                              Diretoria de Pesquisas
             Núcleo de Computação Científica e Geoprocessamento
                                              Brasília- Maio de 2012
Tópicos da Apresentação
•   O Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro
•   Diretoria de Pesquisa
•   Escola Nacional de Botânica Tropical
•   Rodriguésia
•   Coleções Científicas
•   Centro Nacional para Conservação da Flora (CNCFlora)
•   Lista de Espécies da Flora do Brasil
•   Núcleo de Computação Científica e Geoprocessamento
•   Sistemas de Informação sobbre Biodiversidade
•   Projeto REFLORA
•   Desenvolvimento de Sistemas
•   Infraestrutura computacional
•   O JBRJ e o SiB-Br
O Instituto de Pesquisas Jardim Botânico

• Criado em 1808 (204 anos de existência)
• Autarquia do Ministério do Meio Ambiente (2001)
• “...Promover, realizar e divulgar o ensino e as pesquisas
  técnico-científicas sobre os recursos florísticos do
  Brasil, visando o conhecimento e a conservação da
  biodiversidade, bem como manter as coleções
  científicas sob sua responsabilidade, competindo-lhe,
  em especial, com as diretrizes das políticas nacionais
  de meio ambiente fixadas pelo Ministério do Meio
  Ambiente.”
Diretoria de Pesquisa
 • 52 Pesquisadores (51 Doutores)
 • Indicadores 2010
    – 290 projetos de pesquisa
       • 17 Institucionais
    – 334 artigos em periódicos
    – 104 capítulos de livros
    – 15 livros
Diretoria de Pesquisas do JBRJ
             Produção de Artigos 2005-2009


100



 80


                                              Total de
 60                                           Artigos

                                              Artigos no
                                              ISI Web of
 40
                                              Science



 20



  0
      2005   2006   2007   2008   2009
Diretoria de Pesquisa
• Rede Laboratorial
  – Botânica Estrutural
  – Sementes
  – Micologia
  – Cultivo de Algas
  – Biologia Molecular
• Credenciada junto a ANP
Escola Nacional de Botânica Tropical


• Criada em 2001
• Programa de Pós-graduação strictu sensu
  reconhecido pelo MEC/CAPES
• Programa de Pós-graduação lato sensu
• 21 Docentes
• 2003 – 2011
    – 79 dissertações de mestrado
    – 25 teses de doutorado
• Áreas de concentração
    – Diversidade Vegetal                         http://www.jbrj.gov.br/enbt/
    – Ecologia de Ecossistemas Neotropicais
• Mestrado Profissional aprovado pela CAPES
  (2011)
    – Biodiversidade em Unidades de Conservação
Rodriguésia
Criada em 1935, a Revista publica, trimestralmente,
artigos científicos originais, de revisão, de opinião e notas
científicas em diversas áreas da Biologia Vegetal
(taxonomia, sistemática e evolução, fisiologia, fitoquímica,
ultraestrutura, citologia, anatomia, palinologia,
desenvolvimento, genética, biologia reprodutiva, ecologia,
etnobotânica e filogeografia), bem como em História da
Botânica e atividades ligadas a Jardins Botânicos.
http://rodriguesia.jbrj.gov.br/

     Artigos         2006        2007         2008        2009   2010
    Recebidos         61          93           97          158   192
    Publicados        37          55           60          62     77
    Recusados         12          41           37          34     49
    Espécies novas    4           5            11           9     56
    Português         31          45           51          53     52
    Inglês            5           8            8            9     21
    Espanhol          1           2            1           ---    7
    tempo (meses)     20          12           10           9     6
Coleções Científicas
• 550.000 amostras no Herbário
    – 6.000 typus
    – 20.000 fotos
•   7.000 amostras na Carpoteca
•   8.200 amostras na Xiloteca
•   30.000 amostras no Laminário
•   5.298 amostras no
• Criado em 2008
• Objetivos Gerais
  – Coordenar a Lista de Espécies da Flora do Brasil
  – Coordenar a Lista Oficial de Espécies da Flora
    Ameaçadas de Extinção
  – Elaborar Programa de Pesquisas e Conservação
    em Ecossistemas de Montanhas do Brasil
  – Contribuir para o alcance das metas nacionais da
    GSPC/CDB
Núcleo de Computação Científica e
       Geoprocessamento
• (Re)Criado em Abril de 2010
• Atribuições:
    – Realizar a administração de dados científicos da Diretoria de Pesquisas do
      JBRJ – DIPEQ;
    – Coordenar o desenvolvimento de uma estrutura de suporte à modelagem
      computacional aplicada à biodiversidade;
    – Desenvolver e implementar as atividades relacionadas com a mineração
      de dados;
    – Desenvolver e implementar a prestação de serviços de geoprocessamento
      como apoio à pesquisa científica;
    – Propor ao Diretor de Pesquisas programas de capacitação permanente nas
      áreas de bancos de dados para a biodiversidade, geoprocessamento,
      modelagem computacional, análise, visualização, mineração e qualidade
      de dados, além de supervisionar a execução de tais programas;
    – Propor ao Diretor da DIPEQ a realização de acordos e parcerias com outras
      instituições, objetivando o desenvolvimento de projetos relacionados com
      as atividades do núcleo e o atendimento das demandas da DIPEQ nesta
      área.
Sistemas de Informação sobre
               Biodiversidade no JBRJ

                    Lista da Flora do   Espécies Ameaçadas
        JABOT
                          Brasil             (CNCFlora)
• 2003            • 2009                • 2010
• Coleções        • Desenvolvido e      • Catálogo de
  Científicas       hospedado pelo        Metadados
                    CRIA                • Avaliação de Risco
                                          de Extinção
                                        • Avaliação de Status
                                          de Conservação
JABOT
Lista de Espécie da Flora do Brasil
Sistema CNCFlora
Locais                        Eventos

                                                                           Apresentações
                       Taxon                   Expedições
                                                                                       Documentos


                                                                                              Dados
       Contatos                                             Recursos de                    Estruturados
     (especialistas)                                         Informação
                                                                                           Vídeos


                                                                                       Imagens


                                 Catálogo                                   Software
 Referência
Bibliográficas                      de
                                Metadados                   Endereços
                                                              Web




                                                                            Lista de Spp.
                               Conhecimento                                  Ameaçadas
                               Sistematizado
                                                                                        Portfólio
                                                                                       De Espécies
                                                    Sistema de
     Lista do                                        Espécies
                                                    Ameaçadas
      Brasil                                                                           Planos de
                                                                                         Ação
Situação Atual



                      Lista de
                    Espécies da      Sistema do CNCFlora
   JABOT           Flora do Brasil
 (Coleções
Científicas)
Novo cenário institucional - 2011
• Lista oficial de espécies da flora brasileira (2008/2009)
   – MMA/PROBIO II
• Lista oficial das espécies ameaçadas da extinção da
  flora brasileira (2008/2009)
   – MMA/PROBIO II
• Lista da flora do Rio de Janeiro (2010)
   – FAPERJ
• Herbário Virtual “autenticado” das plantas repatriadas
  (K e P) – Projeto REFLORA - 2011
   – CNPq
   – NATURA
   – FAPERJ
Muséum National d’Histoire Naturelle                                Royal Botanic Gardens , Kew
              Paris                                                            Londres


Plantas do Brasil: Resgate Histórico e Herbário Virtual para o
      Conhecimento e Conservação da Flora Brasileira
                         “REFLORA”




                                 Jardim Botânico do Rio de Janeiro
Objetivo Geral


O projeto tem como objetivo a construção de um
Herbário Virtual de acesso público, abrangendo
as amostras coletadas no território brasileiro, nos
séculos 18, 19 e 20 (até 1970), e que estão
depositadas nos herbários Royal Botanic Gardens,
Kew e do Muséum National d’Histoire Naturelle
de Paris.
Componentes
        Captura de Dados



 Adequação da Infraestrutura


 Desenvolvimento de Sistemas
 • JABOT 2 – Herbário Virtual


  Manipulação e Tratamento
         de Dados
Banco de
  dados
 textual




Banco de
imagens
Outros herbários
virtuais e agregadores




                   Herbário Virtual
Em números

  Instituição   No. de imagens   ~ em TB (x 200MB)


JBRJ                550.000               104,8

KEW                   40.000                 7,6

Paris               280.000                 53,4

TOTAL               870.000               165,8
Parcerias Envolvidas


Desenvolvimento




Infraestrutura
Desenvolvimento
      “JABOT2”
            Coleções
           Científicas




             Núcleo
           Taxonômico


Floras
                          Espécies
(RJ, BR,                 Ameaçadas
  etc.)
Conservação
                   (Espécies Ameaçadas)




                                          Taxonomia
                                            (Floras)



Consulta


                                           Testemunhos
                                            (Coleções)



              JABOT2




Atualização
E validação
JABOT2
Arquitetura Orientada a Serviços

                                                     IPNI

                            Coleções
                           Científicas
  Biota
                                                      The
 FAPESP
                                                     Plant
                                                      List



  Serviço
                             Núcleo
                                                     KEW
 Florestal
 Brasileiro                Taxonômico


                Floras
                                          Espécies
                (RJ, BR,                 Ameaçadas
                  etc.)
       etc...

                             JBRJ
Infraestrutura Computacional
• Processamento
• Armazenagem
• Conectividade
Infraestrutura Computacional
                      Compartilhada*
   • 10 Servidores arquitetura “Blade Servers”
         – “Lâminas” com 72GB de RAM e 12 núcleos (Xeon
           2.93Ghz)




* Parceria com o MuMA - Recursos do BNDES
Infraestrutura Computacional
             Compartilhada
• Unidade de Armazenamento (“NAS”)
  – FAS3240 Cluster com 100TB líquidos (exp. 715TB)
  – 1TB FlashCache
  – Centro de Distribuição de Dados do SINAPAD
LNCC
                        DIPEQ

                                                      Internet

                          “Anel Coletor”
Internet          24 Fibras Óticas
                  Velocidade 10Gbits/seg
                  (atual 100Mbits/seg)


                                            Museu
           CTIC                            Botânico
Cenário atual e oportunidades
• Listas oficiais
    – Espécies da flora
    – Espécies ameaçadas
• Herbário Virtual (REFLORA)
    – Infraestrutura
    – Desenvolvimento
    – Parcerias estratégicas
         • LNCC
         • PESC/COPPE
• Formalização do Núcleo de Computação Científica e Geoprocessamento
    –   2 doutores
    –   1 doutorando
    –   2 técnicos
    –   3 bolsistas
         • 1 mestre
         • 1 doutor
         • 1 graduando
• Instituição reconhece como estratégico a produção, gestão e divulgação
  de informação de qualidade sobre biodiversidade
Mapa Estratégico do JBRJ
                   Subsidiar a formulação e        Formar recursos humanos             Desenvolver ações para a conservação
  Sociedade        a execução das políticas         em Botânica e ciências               da biodiversidade e dos acervos
                  públicas de meio ambiente               correlatas                      científico e histórico-cultural...


                      Promover ações para                  Difundir o conhecimento
                    tornar a instituição um                 científico relacionada à
                 qualificado provedor de dados            biodiversidade, com ênfase
                        de biodiversidade                            na flora

                                                                                                      Intensificar atividades
                                                                                                       científicas e culturais
                 Ampliar a oferta                                                                       no Museu do Meio
   Processos     de cursos de pós-          Gerar conhecimento           Conservar e ampliar
                                           científico relacionado         acervo científico e            Ambiente, Espaço
   Internos          graduação                 à flora nativa              histórico-cultural              Tom Jobim...
                    e extensão


                 Melhorar a avaliação do           Aumentar a                 Otimizar a           Promover a integração entre
                     PPG (ENBT)                   eficiência dos            utilização dos          as diversas linhas de ações
                      na CAPES                      processos                  recursos                    institucionais



                  Aperfeiçoar as           Melhorar a infra-          Possuir quadro de pessoal             Promover a
 Aprendizado e    edificações do           estrutura de TI e          comprometido e adequado        transformação da cultura
  Crescimento          JBRJ                  segurança da                   quantitativa e                organizacional
                                              informação                  qualitativamente



                  Ampliar a captação de           Ampliar a dotação          Ampliar a receita         Melhorar a qualidade
   Finanças        recursos externos               orçamentária                 própria                    dos gastos
O JBRJ e o SiB-Br

                                                           SiB-Br
           Fauna                                     Flora                          Ambientais               Socioeconômicos




Lista de    Registro de   Conhecimento    Lista de    Registro de   Conhecimento                                                                  Uso da
                                                                                    Clima   Solo   Uso da Terra   Desmatamento   Demografia
Espécies   Testemunhos    Sistematizado   Espécies   Testemunhos    Sistematizado                                                             Biodiversidade
O JBRJ e o SiB-Br

                                                           SiB-Br
           Fauna                                     Flora                          Ambientais               Socioeconômicos




Lista de    Registro de   Conhecimento    Lista de    Registro de   Conhecimento                                                                  Uso da
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Espécies   Testemunhos    Sistematizado   Espécies   Testemunhos    Sistematizado                                                             Biodiversidade
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  • 1. O Jardim Botânico do Rio de Janeiro como provedor de informações de qualidade sobre a biodiversidade vegetal brasileira Eduardo Dalcin Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro Diretoria de Pesquisas Núcleo de Computação Científica e Geoprocessamento Brasília- Maio de 2012
  • 2. Tópicos da Apresentação • O Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro • Diretoria de Pesquisa • Escola Nacional de Botânica Tropical • Rodriguésia • Coleções Científicas • Centro Nacional para Conservação da Flora (CNCFlora) • Lista de Espécies da Flora do Brasil • Núcleo de Computação Científica e Geoprocessamento • Sistemas de Informação sobbre Biodiversidade • Projeto REFLORA • Desenvolvimento de Sistemas • Infraestrutura computacional • O JBRJ e o SiB-Br
  • 3. O Instituto de Pesquisas Jardim Botânico • Criado em 1808 (204 anos de existência) • Autarquia do Ministério do Meio Ambiente (2001) • “...Promover, realizar e divulgar o ensino e as pesquisas técnico-científicas sobre os recursos florísticos do Brasil, visando o conhecimento e a conservação da biodiversidade, bem como manter as coleções científicas sob sua responsabilidade, competindo-lhe, em especial, com as diretrizes das políticas nacionais de meio ambiente fixadas pelo Ministério do Meio Ambiente.”
  • 4.
  • 5.
  • 6. Diretoria de Pesquisa • 52 Pesquisadores (51 Doutores) • Indicadores 2010 – 290 projetos de pesquisa • 17 Institucionais – 334 artigos em periódicos – 104 capítulos de livros – 15 livros
  • 7.
  • 8. Diretoria de Pesquisas do JBRJ Produção de Artigos 2005-2009 100 80 Total de 60 Artigos Artigos no ISI Web of 40 Science 20 0 2005 2006 2007 2008 2009
  • 9. Diretoria de Pesquisa • Rede Laboratorial – Botânica Estrutural – Sementes – Micologia – Cultivo de Algas – Biologia Molecular • Credenciada junto a ANP
  • 10. Escola Nacional de Botânica Tropical • Criada em 2001 • Programa de Pós-graduação strictu sensu reconhecido pelo MEC/CAPES • Programa de Pós-graduação lato sensu • 21 Docentes • 2003 – 2011 – 79 dissertações de mestrado – 25 teses de doutorado • Áreas de concentração – Diversidade Vegetal http://www.jbrj.gov.br/enbt/ – Ecologia de Ecossistemas Neotropicais • Mestrado Profissional aprovado pela CAPES (2011) – Biodiversidade em Unidades de Conservação
  • 11. Rodriguésia Criada em 1935, a Revista publica, trimestralmente, artigos científicos originais, de revisão, de opinião e notas científicas em diversas áreas da Biologia Vegetal (taxonomia, sistemática e evolução, fisiologia, fitoquímica, ultraestrutura, citologia, anatomia, palinologia, desenvolvimento, genética, biologia reprodutiva, ecologia, etnobotânica e filogeografia), bem como em História da Botânica e atividades ligadas a Jardins Botânicos. http://rodriguesia.jbrj.gov.br/ Artigos 2006 2007 2008 2009 2010 Recebidos 61 93 97 158 192 Publicados 37 55 60 62 77 Recusados 12 41 37 34 49 Espécies novas 4 5 11 9 56 Português 31 45 51 53 52 Inglês 5 8 8 9 21 Espanhol 1 2 1 --- 7 tempo (meses) 20 12 10 9 6
  • 12. Coleções Científicas • 550.000 amostras no Herbário – 6.000 typus – 20.000 fotos • 7.000 amostras na Carpoteca • 8.200 amostras na Xiloteca • 30.000 amostras no Laminário • 5.298 amostras no
  • 13.
  • 14. • Criado em 2008 • Objetivos Gerais – Coordenar a Lista de Espécies da Flora do Brasil – Coordenar a Lista Oficial de Espécies da Flora Ameaçadas de Extinção – Elaborar Programa de Pesquisas e Conservação em Ecossistemas de Montanhas do Brasil – Contribuir para o alcance das metas nacionais da GSPC/CDB
  • 15. Núcleo de Computação Científica e Geoprocessamento • (Re)Criado em Abril de 2010 • Atribuições: – Realizar a administração de dados científicos da Diretoria de Pesquisas do JBRJ – DIPEQ; – Coordenar o desenvolvimento de uma estrutura de suporte à modelagem computacional aplicada à biodiversidade; – Desenvolver e implementar as atividades relacionadas com a mineração de dados; – Desenvolver e implementar a prestação de serviços de geoprocessamento como apoio à pesquisa científica; – Propor ao Diretor de Pesquisas programas de capacitação permanente nas áreas de bancos de dados para a biodiversidade, geoprocessamento, modelagem computacional, análise, visualização, mineração e qualidade de dados, além de supervisionar a execução de tais programas; – Propor ao Diretor da DIPEQ a realização de acordos e parcerias com outras instituições, objetivando o desenvolvimento de projetos relacionados com as atividades do núcleo e o atendimento das demandas da DIPEQ nesta área.
  • 16. Sistemas de Informação sobre Biodiversidade no JBRJ Lista da Flora do Espécies Ameaçadas JABOT Brasil (CNCFlora) • 2003 • 2009 • 2010 • Coleções • Desenvolvido e • Catálogo de Científicas hospedado pelo Metadados CRIA • Avaliação de Risco de Extinção • Avaliação de Status de Conservação
  • 17. JABOT
  • 18. Lista de Espécie da Flora do Brasil
  • 20. Locais Eventos Apresentações Taxon Expedições Documentos Dados Contatos Recursos de Estruturados (especialistas) Informação Vídeos Imagens Catálogo Software Referência Bibliográficas de Metadados Endereços Web Lista de Spp. Conhecimento Ameaçadas Sistematizado Portfólio De Espécies Sistema de Lista do Espécies Ameaçadas Brasil Planos de Ação
  • 21. Situação Atual Lista de Espécies da Sistema do CNCFlora JABOT Flora do Brasil (Coleções Científicas)
  • 22. Novo cenário institucional - 2011 • Lista oficial de espécies da flora brasileira (2008/2009) – MMA/PROBIO II • Lista oficial das espécies ameaçadas da extinção da flora brasileira (2008/2009) – MMA/PROBIO II • Lista da flora do Rio de Janeiro (2010) – FAPERJ • Herbário Virtual “autenticado” das plantas repatriadas (K e P) – Projeto REFLORA - 2011 – CNPq – NATURA – FAPERJ
  • 23. Muséum National d’Histoire Naturelle Royal Botanic Gardens , Kew Paris Londres Plantas do Brasil: Resgate Histórico e Herbário Virtual para o Conhecimento e Conservação da Flora Brasileira “REFLORA” Jardim Botânico do Rio de Janeiro
  • 24. Objetivo Geral O projeto tem como objetivo a construção de um Herbário Virtual de acesso público, abrangendo as amostras coletadas no território brasileiro, nos séculos 18, 19 e 20 (até 1970), e que estão depositadas nos herbários Royal Botanic Gardens, Kew e do Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris.
  • 25. Componentes Captura de Dados Adequação da Infraestrutura Desenvolvimento de Sistemas • JABOT 2 – Herbário Virtual Manipulação e Tratamento de Dados
  • 26. Banco de dados textual Banco de imagens
  • 27. Outros herbários virtuais e agregadores Herbário Virtual
  • 28. Em números Instituição No. de imagens ~ em TB (x 200MB) JBRJ 550.000 104,8 KEW 40.000 7,6 Paris 280.000 53,4 TOTAL 870.000 165,8
  • 30. Desenvolvimento “JABOT2” Coleções Científicas Núcleo Taxonômico Floras Espécies (RJ, BR, Ameaçadas etc.)
  • 31. Conservação (Espécies Ameaçadas) Taxonomia (Floras) Consulta Testemunhos (Coleções) JABOT2 Atualização E validação
  • 33. Arquitetura Orientada a Serviços IPNI Coleções Científicas Biota The FAPESP Plant List Serviço Núcleo KEW Florestal Brasileiro Taxonômico Floras Espécies (RJ, BR, Ameaçadas etc.) etc... JBRJ
  • 34. Infraestrutura Computacional • Processamento • Armazenagem • Conectividade
  • 35. Infraestrutura Computacional Compartilhada* • 10 Servidores arquitetura “Blade Servers” – “Lâminas” com 72GB de RAM e 12 núcleos (Xeon 2.93Ghz) * Parceria com o MuMA - Recursos do BNDES
  • 36. Infraestrutura Computacional Compartilhada • Unidade de Armazenamento (“NAS”) – FAS3240 Cluster com 100TB líquidos (exp. 715TB) – 1TB FlashCache – Centro de Distribuição de Dados do SINAPAD
  • 37. LNCC DIPEQ Internet “Anel Coletor” Internet 24 Fibras Óticas Velocidade 10Gbits/seg (atual 100Mbits/seg) Museu CTIC Botânico
  • 38.
  • 39. Cenário atual e oportunidades • Listas oficiais – Espécies da flora – Espécies ameaçadas • Herbário Virtual (REFLORA) – Infraestrutura – Desenvolvimento – Parcerias estratégicas • LNCC • PESC/COPPE • Formalização do Núcleo de Computação Científica e Geoprocessamento – 2 doutores – 1 doutorando – 2 técnicos – 3 bolsistas • 1 mestre • 1 doutor • 1 graduando • Instituição reconhece como estratégico a produção, gestão e divulgação de informação de qualidade sobre biodiversidade
  • 40. Mapa Estratégico do JBRJ Subsidiar a formulação e Formar recursos humanos Desenvolver ações para a conservação Sociedade a execução das políticas em Botânica e ciências da biodiversidade e dos acervos públicas de meio ambiente correlatas científico e histórico-cultural... Promover ações para Difundir o conhecimento tornar a instituição um científico relacionada à qualificado provedor de dados biodiversidade, com ênfase de biodiversidade na flora Intensificar atividades científicas e culturais Ampliar a oferta no Museu do Meio Processos de cursos de pós- Gerar conhecimento Conservar e ampliar científico relacionado acervo científico e Ambiente, Espaço Internos graduação à flora nativa histórico-cultural Tom Jobim... e extensão Melhorar a avaliação do Aumentar a Otimizar a Promover a integração entre PPG (ENBT) eficiência dos utilização dos as diversas linhas de ações na CAPES processos recursos institucionais Aperfeiçoar as Melhorar a infra- Possuir quadro de pessoal Promover a Aprendizado e edificações do estrutura de TI e comprometido e adequado transformação da cultura Crescimento JBRJ segurança da quantitativa e organizacional informação qualitativamente Ampliar a captação de Ampliar a dotação Ampliar a receita Melhorar a qualidade Finanças recursos externos orçamentária própria dos gastos
  • 41. O JBRJ e o SiB-Br SiB-Br Fauna Flora Ambientais Socioeconômicos Lista de Registro de Conhecimento Lista de Registro de Conhecimento Uso da Clima Solo Uso da Terra Desmatamento Demografia Espécies Testemunhos Sistematizado Espécies Testemunhos Sistematizado Biodiversidade
  • 42. O JBRJ e o SiB-Br SiB-Br Fauna Flora Ambientais Socioeconômicos Lista de Registro de Conhecimento Lista de Registro de Conhecimento Uso da Clima Solo Uso da Terra Desmatamento Demografia Espécies Testemunhos Sistematizado Espécies Testemunhos Sistematizado Biodiversidade