Ontology  介绍 李  荣 2002 年 3 月
内容: <ul><li>什么是 ontology </li></ul><ul><li>GO:Gene Ontology </li></ul><ul><li>Ontology  环境 </li></ul>
什么是 ontology <ul><li>哲学:存在论,讨论对象的存在性,一个存在的系统说明 </li></ul><ul><li>在知识共享方面,指概念化的详细说明, </li></ul><ul><li>a specification of a...
基础:概念化  conceptualization <ul><li>假设在某感兴趣领域存在的对象、概念、其他实体及其中关系 </li></ul><ul><li>为实现某目标而期望表示的世界的抽象、简化的视图 </li></ul><ul><li>...
Ontology 的本质 <ul><li>一个逻辑理论的陈述 </li></ul><ul><li>一套表达术语的定义 </li></ul><ul><li>用人类可读的文本定义一个领域内(类型、关系、功能等)实体名字来描述其含义,定义正式公理以限...
ontology 历史 <ul><li>80 、 90 年代 </li></ul><ul><ul><li>在专家系统中应用 </li></ul></ul><ul><ul><li>由知识表示与推理专家建立 </li></ul></ul><ul><...
与分类学的区别 <ul><li>Ontology 是类的分类学层次,不是类定义、包含关系,但不限于此形式 </li></ul><ul><li>不限于保守的传统逻辑意义上的定义 </li></ul><ul><li>增加了知识 </li></ul>...
Ontology 使用 <ul><li>Ontology 承诺:同意按照一个 ontology 指定的理论一致、连贯地使用词汇表,如查询,发表声明 </li></ul><ul><li>按照 ontology 建立 agent,  通过这些 ag...
Formal Ontology&informal Ontology <ul><li>Formal ontology: </li></ul><ul><ul><li>着重在子类型和上层类型的区分 </li></ul></ul><ul><ul><li...
KR ontology <ul><li>基于 Knowledge Representation (by John D. Sowa) </li></ul><ul><li>基本的类型和区分由逻辑、语言学、 AI 导出 </li></ul><ul><...
图例:由属性用正规概念分析方法( FCA )构成
FCA 技术 <ul><li>属于数据挖掘 </li></ul><ul><li>生成子网格,可与更通用的分类网格自动合并 </li></ul>
GO : Gene Ontology  <ul><li>Gene Ontology TM  Consortium 制定 </li></ul><ul><li>动态受控的词汇表 </li></ul><ul><li>用于所有生物体,即使基因与蛋白质在...
GO 名词: <ul><li>注释: </li></ul><ul><ul><li>参与合作的数据库用 GO 术语注释它们的基因或基因产物 </li></ul></ul><ul><li>物种特性: </li></ul><ul><ul><li>当某...
<ul><li>同义词 </li></ul><ul><ul><li>一个术语有一个或多个同义词 </li></ul></ul><ul><li>唯一标识符: </li></ul><ul><ul><li>每个术语有一,用做数据库交叉参考 </li>...
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<ul><li>定义: GO. defs   文本文件定义  GO terms   </li></ul><ul><ul><li>tag: text or value   </li></ul></ul><ul><ul><li>Tag 是以下之一:...
Ontology  环境 <ul><li>合并多个 Ontology </li></ul><ul><li>诊断、升级 Ontology </li></ul>
Chimaera Ontology  环境 <ul><li>Knowledge Systems Laboratory   ,   Stanford University   </li></ul><ul><li>Web-based browser...
系统发现 mammal  和 mammalia 名字相似,建议合并
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香港六合彩|六合彩

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香港六合彩|六合彩

  1. 1. Ontology 介绍 李 荣 2002 年 3 月
  2. 2. 内容: <ul><li>什么是 ontology </li></ul><ul><li>GO:Gene Ontology </li></ul><ul><li>Ontology 环境 </li></ul>
  3. 3. 什么是 ontology <ul><li>哲学:存在论,讨论对象的存在性,一个存在的系统说明 </li></ul><ul><li>在知识共享方面,指概念化的详细说明, </li></ul><ul><li>a specification of a conceptualization </li></ul><ul><li>一个 agent 或其群体的概念与关系的描述 </li></ul><ul><li>目的:知识共享与重用 </li></ul><ul><li>一个 ontology 就是一个正式词汇表的定义 </li></ul>
  4. 4. 基础:概念化 conceptualization <ul><li>假设在某感兴趣领域存在的对象、概念、其他实体及其中关系 </li></ul><ul><li>为实现某目标而期望表示的世界的抽象、简化的视图 </li></ul><ul><li>知识库、基于知识的系统、知识层次的 agent 都可以对应于某概念化 </li></ul><ul><li>一个 ontology 就是一个概念化的显式指定 </li></ul>
  5. 5. Ontology 的本质 <ul><li>一个逻辑理论的陈述 </li></ul><ul><li>一套表达术语的定义 </li></ul><ul><li>用人类可读的文本定义一个领域内(类型、关系、功能等)实体名字来描述其含义,定义正式公理以限制其解释及这些术语的形式良好的使用 </li></ul>
  6. 6. ontology 历史 <ul><li>80 、 90 年代 </li></ul><ul><ul><li>在专家系统中应用 </li></ul></ul><ul><ul><li>由知识表示与推理专家建立 </li></ul></ul><ul><ul><li>多用于图书分类 </li></ul></ul><ul><li>互连网驱动 </li></ul><ul><ul><li>非分类学专家 </li></ul></ul><ul><ul><li>未受训公众 </li></ul></ul><ul><ul><li>研究、电子商务、计算机配置、通用信息站点、生物数据 </li></ul></ul>
  7. 7. 与分类学的区别 <ul><li>Ontology 是类的分类学层次,不是类定义、包含关系,但不限于此形式 </li></ul><ul><li>不限于保守的传统逻辑意义上的定义 </li></ul><ul><li>增加了知识 </li></ul><ul><li>指定一个概念化要陈述限制名词可能的解释的公理 </li></ul>
  8. 8. Ontology 使用 <ul><li>Ontology 承诺:同意按照一个 ontology 指定的理论一致、连贯地使用词汇表,如查询,发表声明 </li></ul><ul><li>按照 ontology 建立 agent, 通过这些 agent 共享知识 </li></ul><ul><li>Agent 共享词汇表而不必共享知识库 </li></ul><ul><li>每个 Agent 知道的东西其他 agent 不知道 </li></ul><ul><li>一个 Agent 不必回答所有可由共享词汇表表达的查询,即与 ontology 一致但不必完备 </li></ul>
  9. 9. Formal Ontology&informal Ontology <ul><li>Formal ontology: </li></ul><ul><ul><li>着重在子类型和上层类型的区分 </li></ul></ul><ul><ul><li>用逻辑语言或计算机语言描述 </li></ul></ul><ul><ul><li>公理化 ontology 由公理和定义陈述 </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>用于数学、物理、工程 </li></ul></ul></ul><ul><ul><li>基于原型 ontology 由每个子类的典型成员或原型的比较区分子类型 </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>用于植物、动物及普通家用物品 </li></ul></ul></ul><ul><li>Informal ontology: </li></ul><ul><ul><li>自然语言中定义或未定义的类型分类 </li></ul></ul><ul><ul><li>由一个概念和关系的名字集描述 </li></ul></ul><ul><ul><li>由部分子类型的关系排序、组织 </li></ul></ul><ul><li>大型 ontology 用混合方法 </li></ul>
  10. 10. KR ontology <ul><li>基于 Knowledge Representation (by John D. Sowa) </li></ul><ul><li>基本的类型和区分由逻辑、语言学、 AI 导出 </li></ul><ul><li>系统化的,开放的系统 </li></ul><ul><li>基于区别的框架,自动生成层次,而不是基于固定的分类层次 </li></ul>
  11. 11. 图例:由属性用正规概念分析方法( FCA )构成
  12. 12. FCA 技术 <ul><li>属于数据挖掘 </li></ul><ul><li>生成子网格,可与更通用的分类网格自动合并 </li></ul>
  13. 13. GO : Gene Ontology <ul><li>Gene Ontology TM Consortium 制定 </li></ul><ul><li>动态受控的词汇表 </li></ul><ul><li>用于所有生物体,即使基因与蛋白质在细胞中的角色知识积累、变化仍然适用 </li></ul><ul><li>现有的 GO : </li></ul><ul><ul><li>分子功能、生物学过程、细胞成分 </li></ul></ul><ul><li>相关文件: </li></ul><ul><ul><li>术语定义: </li></ul></ul><ul><ul><li>XML 格式:每月更新 </li></ul></ul>
  14. 14. GO 名词: <ul><li>注释: </li></ul><ul><ul><li>参与合作的数据库用 GO 术语注释它们的基因或基因产物 </li></ul></ul><ul><li>物种特性: </li></ul><ul><ul><li>当某文本串(功能、过程、成分)在不同物种含义不同时, GO 加以区别 </li></ul></ul><ul><li>数据库缩略名: </li></ul><ul><ul><li>调用其他数据库中的标识符时,加其缩略名做前缀 DB:identifier </li></ul></ul><ul><li>数据表示: </li></ul><ul><ul><li>直接非循环图 directed acyclic graphs (DAGs) 或网络表示, </li></ul></ul><ul><ul><li>父子术语是多对多的关系, </li></ul></ul><ul><ul><li>对每一父术语,子术语有不同的关系类 </li></ul></ul>
  15. 15. <ul><li>同义词 </li></ul><ul><ul><li>一个术语有一个或多个同义词 </li></ul></ul><ul><li>唯一标识符: </li></ul><ul><ul><li>每个术语有一,用做数据库交叉参考 </li></ul></ul><ul><ul><li>格式 GO:nnnnnnn ( 7 位数字, 0 补齐) </li></ul></ul><ul><li>数据库交叉参考 </li></ul><ul><ul><li>即唯一标识符 </li></ul></ul><ul><li>Terma 与 termb 合并 , termb 标识做第二标识 </li></ul><ul><ul><li>terma; GO:idterma, GO:idtermb, GO:idtermc, ... </li></ul></ul><ul><li>术语分裂 </li></ul><ul><ul><li>作为每个新术语的第二标识 </li></ul></ul><ul><li>文件: ontology </li></ul><ul><ul><li>Biological Process ( process.ontology ) </li></ul></ul><ul><ul><li>Molecular Function ( function.ontology ) </li></ul></ul><ul><ul><li>Cellular Component ( component.ontology ) </li></ul></ul>
  16. 16. 版本信息 : <ul><li>!version: $Revision: 1.48 $ !date: $Date: 2002/01/15 18:25:40 $ !source: $Source: /share/go/cvs/go/doc/GO.doc.html,v $ ! !Gene Ontology ![domain of file] !editors: Michael Ashburner (FlyBase), </li></ul><ul><li>Midori Harris (GO), Judith Blake (MGD) !Leonore Reiser (TAIR), Karen Christie </li></ul><ul><li>(SGD) and colleagues !with software by Suzanna Lewis (FlyBase </li></ul><ul><li>Berkeley). </li></ul>
  17. 17. 语法 : <ul><li>父子关系: </li></ul><ul><ul><li>parent_term </li></ul></ul><ul><ul><li>child_term </li></ul></ul><ul><li>实体关系 : term1 既是 term0 的实体,也是 term2 的实体 </li></ul><ul><ul><li>  %term0 </li></ul></ul><ul><ul><li>%term1 % term2 </li></ul></ul><ul><li>部分关系 : term1 是 term0 的实体,也是 term2 和 term3 的一部分 </li></ul><ul><ul><li>%term0 </li></ul></ul><ul><ul><li>%term1 < term2 < term3 </li></ul></ul>
  18. 18. XML 版本: <ul><li><?xml version=&quot;1.0&quot; encoding=&quot;UTF-8&quot;?> </li></ul><ul><li><!DOCTYPE go:go>  </li></ul><ul><li><go:go xmlns:go=&quot;http://www.geneontology.org/dtds/go.dtd#&quot; xmlns:rdf=&quot;http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#&quot;> </li></ul><ul><li><go:version timestamp=&quot;Wed May 9 23:55:02 2001&quot; /> </li></ul><ul><li><rdf:RDF> </li></ul>
  19. 19. <ul><li><go:term rdf:about= </li></ul><ul><li>&quot;http://www.geneontology.org/go#GO:0003674&quot;> </li></ul><ul><li><go:accession>GO:0003674</go:accession> </li></ul><ul><li><go:name>molecular_function</go:name> </li></ul><ul><li><go:definition>The action characteristic of a gene </li></ul><ul><li>product.</go:definition> </li></ul><ul><li><go:part-of rdf:resource=&quot;http: </li></ul><ul><li>//www.geneontology.org/go#GO:0003673&quot; /> </li></ul><ul><li><go:dbxref> </li></ul><ul><li><go:database_symbol>go</go:database_symbol> </li></ul><ul><li><go:reference>curators</go:reference> </li></ul><ul><li></go:dbxref> </li></ul><ul><li></go:term> </li></ul><ul><li></rdf:RDF> </li></ul><ul><li>< /go:go> </li></ul>
  20. 20. <ul><li>定义: GO. defs 文本文件定义 GO terms </li></ul><ul><ul><li>tag: text or value </li></ul></ul><ul><ul><li>Tag 是以下之一: </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>术语 GO_id 定义 注释 </li></ul></ul></ul><ul><li>Bibliography : GO.bib </li></ul><ul><ul><li>格式 tag: text or value </li></ul></ul><ul><li>其他分类系统的索引 </li></ul><ul><ul><li>database:<identifier> > GO:<term> ; GO:<GO_id> e.g.: </li></ul></ul><ul><ul><li>TIGR_role:11030 73 Amino acid biosynthesis Glutamate family > GO:glutamine family amino-acid biosynthesis ; GO:0009084 </li></ul></ul>
  21. 21. Ontology 环境 <ul><li>合并多个 Ontology </li></ul><ul><li>诊断、升级 Ontology </li></ul>
  22. 22. Chimaera Ontology 环境 <ul><li>Knowledge Systems Laboratory , Stanford University </li></ul><ul><li>Web-based browser environment </li></ul><ul><li>接受 15 种指定格式的输入 </li></ul><ul><li>提供潜在的合并候选项 </li></ul><ul><li>支持分类法决议模式,及发现语义包含关系功能 </li></ul><ul><li>提供分析功能套件,包括不完全的测试、分类学分析、语义检查 </li></ul><ul><li>提供规则语言,以允许用户添加测试工具 </li></ul>
  23. 23. 系统发现 mammal 和 mammalia 名字相似,建议合并

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