Fonctions avancées de
Contact : david.benoist[at]upmc.fr
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Fonctions avancées présentées
• Le MeSH
• Recherche étape par étape
• Nouvelle recherche avancée
• Exploiter les résultats
• Compte personnel MyNCBI
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PubMed / MedLine : présentation
- MEDLINE (Medical Literature Analysis and
Retrieval System Online)
- Base de données bibliographiques
(= références d’articles ≠ texte des articles) en
sciences biologiques et biomédicales
- Base gérée et mise à jour par la bibliothèque
nationale de médecine des États-Unis (NLM)
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PubMed / MedLine : contenu
- MedLine = le contenu (base de données)
≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine +
autres bases)
- 18 millions d’articles, tirés de 5 000 revues, depuis
les années 1950
- Une centaine de titres français
- Liste des revues :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/citmatch_help.html#JournalLists
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PubMed via JUBIL
PubMed est accessible gratuitement sur
Internet mais si on passe par JUBIL pour
s’y connecter :
On garde l’interface classique
+ lien vers texte intégral si nos
bibliothèques sont abonnées
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PubMed via JUBIL
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PubMed via JUBIL
Accès distant possible, quand on se connecte
depuis chez soi ou dans son service !
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Exemple d’article accessible
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Interroger PubMed
• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en
anglais
• Les articles sont indexés avec un système de
mots-clefs hiérarchisés : le MeSH
• MeSH pour Medical Subject Headings
• Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21
= Down Syndrome = Mongolism)
+ permet de réaliser des recherches fines, en allant
du général au particulier
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Qu’est-ce que le MeSH ?
- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,
répartis en 16 grandes catégories
- Mise à jour annuelle
- Traduction française
par l’INSERM
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Le MeSH est accessible via
PubMed
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Des tutoriels sur le MeSH
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Exemple d’un terme dans l’arborescence
du MeSH (on part du général pour arriver
au plus précis)
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Un même terme peut appartenir à
plusieurs arborescences
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Une recherche dans l’idéal :
Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français
• On détermine un mot-clef intéressant en
français
• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le
MeSH français
• Le site du CISMeF propose la traduction
française du vocabulaire MeSH
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Équivalent du mot-clef dans le MeSH français :
http://www.cismef.org/
• On se rend sur le site du CISMeF, onglet
Terminologie
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Exemple : moelle épinière
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Étape 2 : On utilise le terme MeSH anglais
dans la rubrique MeSH de PubMed
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Étape 3 : On choisit le terme
MeSH correspondant
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Étape 4 : on limite éventuellement la
recherche en cochant des qualificatifs
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Les qualificatifs du MeSH
Le MeSH comprend 83 qualificatifs
Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé qu’avec certains
qualificatifs
AB Abnormalities EM Embryology PP Physiopathology
AD Administration and EN Enzymology PO Poisoning
AE Dosage EP Epidemiology PC Prevention and Control
AG Adverse Effects ES Ethics PX Psychology
AA Agonists EH Ethnology RE Radiation Effects
AN Analogs and Derivatives ET Etiology RA Radiography
AH Analysis GE Genetics RI Radionuclide Imaging
AI Anatomy and Histology GD Growth and Development RT Radiotherapy
BI Antagonists and Inhibitors HI History RH Rehabilitation
BS Biosynthesis IM Immunology SC Secondary
BL Blood Supply IN Injuries SE Secretion
CF Blood IR Innervation ST Standards
CS Cerebrospinal Fluid IS Instrumentation SN Statistics and Numerical
CI Chemical Synthesis IP Isolation and Purification SD Data
CH Chemically Induced LJ Legislation and SU Supply and Distribution
CL Chemistry MA Jurisprudence TU Surgery
CO Classification ME Manpower TH Therapeutic Use
CN Complications MT Metabolism TO Therapy
CT Congenital MI Methods TM Toxicity
CY Contraindications MO Microbiology TR Transmission
DF Cytology NU Mortality TD Transplantation
DI Deficiency OG Nursing US Trends
DU Diagnosis PS Organization and UL Ultrasonography
DH Diagnostic Use PY Administration UR Ultrastructure
DE Diet Therapy PA Parasitology UT Urine
DT Drug Effects PK Pathogenicity VE Utilization
EC Drug Therapy PD Pathology VI Veterinary
ED Economics PH Pharmacokinetics Virology
Education Pharmacology
Physiology
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Major topic et explosion
• 2 options
• « Major topic » : limite la recherche aux articles ayant
pour sujet principal le terme recherché
• « Ne pas exploser » : ne pas récupérer les articles
indexés avec des termes situés en dessous dans
l’arborescence MeSH
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Étape 5 : on envoie dans la fenêtre
de recherche…
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Étape 6 : on lance la recherche
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Pourquoi utiliser le MeSH ?
• Recherche dans PubMed
– Avec « moelle épinière » : 2 articles seulement
– Avec « moelle spinale » : 1 article seulement
– Avec « spinal cord » (directement) : plus de 130 000
articles
– Avec « spinal cord [MeSH] » : 67 000 articles
– Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » :
2 300 articles
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Limites du MeSH
• Problème des articles trop récents ou trop vieux,
pas encore indexés dans MedLine, invisibles
lors d’une recherche avec le MeSH
• Articles récents signalés par : « in process » et
« as supplied by publisher »
• Certains documents pas indexés non plus :
« letters to the editors »
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Pallier les limites du MeSH
Solution : combiner tous les synonymes du terme MeSH
recherché (voir les « entry terms »)…
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Pallier les limites du MeSH
• …rechercher les termes trouvés dans les titres (titles=TI)
et les résumés (abstracts=AB)
• … en excluant ce qui est déjà dans MedLine, donc
indexé (=NOT MEDLINE[SB])
• Exemple pour dialyse rénale :
("Renal Dialysis″ [TIAB] OR Hemodialysis [TIAB] OR
"Extracorporeal Dialysis″ [TIAB]) NOT MEDLINE[SB]
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Combiner les termes
recherchés
• Opérateurs booléens (en majuscules)
AND / OR / NOT
• (AND) par défaut (en majuscule !)
• Troncature (transpl*) + guillemets (« kidney
allograft ») + parenthèses
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PubMed : stopwords
• Mots courants non indexés :
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PubMed : mapping
• Termes recherchés directement, sans
guillemets et sans passer par le MeSH
= PubMed vérifie, dans l’ordre
– dans le MeSH
– dans les revues
– dans les auteurs
Correspondance automatique des termes (ATM =
Automatic Term Mapping)
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Chercher un auteur
• Rentrer son nom et l’initiale de son prénom
• PubMed comprend qu’on cherche une personne
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Nouvelle recherche avancée
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Nouvelle recherche avancée
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Nouvelle recherche avancée
• Regroupe les onglets
• Va remplacer la recherche simple ?
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Nouvelle recherche avancée
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D’abord, une fenêtre de
recherche
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Puis l’historique
• Équivalent de l’onglet « history »
• Historique automatique, conservé 8 heures
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Puis l’équivalent de l’ancien « Single
Citation Matcher »
• Recherche par auteur / revue / date
• Pour retrouver une référence d’article précise
• D’autres champs disponibles en cliquant sur le
bouton jaune
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Recherche d’un article précis
• Champs titre de l’article / vol. / n° / pages
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Puis les limites
• Reprend l’onglet « Limits »
• Limiter le nombre de résultats (par langue,
type de document
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Puis la recherche par clefs
d’index
• Reprend l’onglet « Preview / index »
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Preview / Index
• On choisit le champ de recherche à gauche
• L’index s’affiche avec le nombre de références
correspondantes
• On sélectionne les termes et on clique sur « add
to search box » avec un booléen pour envoyer
vers la fenêtre de recherche
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Preview / Index avec MeSH
1 2 3
4
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Preview / Index avec auteur
1 2 3
4
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Enfin les requêtes spécifiques et
les accès à d’autres bases
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Exploiter les résultats
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Liste de résultats dans
PubMed
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Limiter et exporter les résultats
• « Limits » pour affiner la recherche
• « Sort by » pour les tris
• « Send to » pour sauvegarder les
résultats
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Changer d’affichage
• Par défaut : Summary =
auteurs + titre + PMID +
niveau d’indexation
• Abstract : résumé + lien
vers PDF
• Citation : voir indexation
MeSH
• MEDLINE : export vers
bibliographie (EndNote)
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Compte personnel MyNCBI
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Création de compte gratuit :
My NCBI
• Intérêts :
– Sauvegarder ses résultats
– Sauvegarder ses recherches habituelles
– Créer des alertes (RSS ou courriel)
– Appliquer des filtres automatiques sur les
résultats
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Création de compte gratuit :
My NCBI
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Création de compte gratuit : My NCBI
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Création de filtres pour les
recherches
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On choisit PubMed dans la liste…
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On cherche le filtre JUBIL
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Les résultats sont triés dans des onglets…
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Les résultats sont triés
• Onglet JUBIL : articles parus dans des revues
accessibles en ligne via JUBIL (5 000 revues)
• Onglet ifrhplib : articles parus dans des revues
accessibles via l’APHP (300 revues)
• Onglet ifrbinslib: articles parus dans des articles
accessibles sur biblioInserm
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Liens vers les PDF
Ne fonctionnera que si vous êtes sur un ordinateur de l’université ou de
l’APHP (de l’extérieur repasser par l’accès distant JUBIL)
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Sauvegarder une recherche
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Plus d’infos
• Diaporama réalisé pour partie grâce aux
documents suivants, à consulter pour plus
d’infos
• HOSPICES CIVILS DE LYON, Manuel
d’utilisation de PubMed
• MOUILLET, Evelyne, PubMed 2009
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Avant de partir…
• Un petit questionnaire d’évaluation de la
formation, qui se remplit en 2 minutes :
www.tinyurl.com/formmedupmc
Merci d’avance
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À bientôt à la bibliothèque !
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