Initiation à PubMed
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Formation_Bu_Medecine[at]scdmp6.jussieu.fr

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 Pour consulter les 7 500 revues en ligne de JUBIL :
– la liste A-Z sur la page d’accueil

Trouver des revues en ligne : liste AZ

Icône accès distant pour accéder de
chez vous

Bases de données bibliographiques
 Si on cherche des articles sans savoir dans quelle revue
on va les trouver :
 ATTENTION : Les catalogues des bibliothèques ne
répertorient que des titres de revues, pas des titres
d’articles
 Il faut passer par des bases de données
bibliographiques : PubMed, Web of Science, Pascal….

PubMed / MedLine : présentation
- MEDLINE (Medical Literature Analysis and
Retrieval System Online)
- Base de données bibliographiques
(= références d’articles ≠ texte des articles) en
sciences biologiques et biomédicales
- Base gérée et mise à jour par la
Bibliothèque nationale de médecine des États-Unis (NL

PubMed / MedLine : contenu
- 15 millions d’articles, tirés de 5 200 revues, depuis
les années 1950
- Une centaine de titres français
- Liste des revues :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/citmatch_help.html#JournalLists

PubMed : interface publique de MedLine
8

PubMed via JUBIL
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mais si on passe par JUBIL pour s’y connecter :
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En cliquant sur l’icône JUBIL si elle apparaît

Interroger PubMed
 Pour avoir des résultats pertinents, effectuer la
démarche en anglais
 Les articles sont indexés avec un système de mots-
clefs hiérarchisés : le MeSH
 MeSH pour Medical Subject Headings
 Intérêt du MeSH : gère les synonymes + permet de
réaliser des recherches fines, en allant du général au
particulier

Qu’est-ce que le MeSH ?
- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,
répartis en 16 grandes catégories
- Mise à jour annuelle
- Traduction française
par l’INSERM

Le MeSH est accessible via PubMed

Des tutoriels sur le MeSH

Exemple d’un terme dans l’arborescence
du MeSH (on part du général pour arriver
au plus précis)

Un même terme peut appartenir à
plusieurs arborescences

Une recherche dans l’idéal :
Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en
français
 On détermine un mot-clef intéressant en français
 On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le
MeSH français
 Le site du CISMeF propose la traduction
française du vocabulaire MeSH

Équivalent du mot-clef dans le MeSH
français : http://www.cismef.org/
 On se rend sur le site du CISMeF, onglet
Terminologie

Exemple : moelle épinière

Place du terme dans l’arborescence MeSH

Étape 2 : choix des qualificatifs

Les qualificatifs du MeSH
Le MeSH comprend 83 qualificatifs
Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé
qu’avec certains qualificatifs
AB Abnormalities EM Embryology PP Physiopathology
AD Administration and Dosage EN Enzymology PO Poisoning
AE Adverse Effects EP Epidemiology PC Prevention and Control
AG Agonists ES Ethics PX Psychology
AA Analogs and Derivatives EH Ethnology RE Radiation Effects
AN Analysis ET Etiology RA Radiography
AH Anatomy and Histology GE Genetics RI Radionuclide Imaging
AI Antagonists and Inhibitors GD Growth and Development RT Radiotherapy
BI Biosynthesis HI History RH Rehabilitation
BS Blood Supply IM Immunology SC Secondary
BL Blood IN Injuries SE Secretion
CF Cerebrospinal Fluid IR Innervation ST Standards
CS Chemical Synthesis IS Instrumentation SN Statistics and Numerical Data
CI Chemically Induced IP Isolation and Purification SD Supply and Distribution
CH Chemistry LJ Legislation and Jurisprudence SU Surgery
CL Classification MA Manpower TU Therapeutic Use
CO Complications ME Metabolism TH Therapy
CN Congenital MT Methods TO Toxicity
CT Contraindications MI Microbiology TM Transmission
CY Cytology MO Mortality TR Transplantation
DF Deficiency NU Nursing TD Trends
DI Diagnosis OG Organization and Administration US Ultrasonography
DU Diagnostic Use PS Parasitology UL Ultrastructure
DH Diet Therapy PY Pathogenicity UR Urine
DE Drug Effects PA Pathology UT Utilization
DT Drug Therapy PK Pharmacokinetics VE Veterinary
EC Economics PD Pharmacology VI Virology
ED Education PH Physiology

Étape 3 : on lance la recherche

Pourquoi utiliser le MeSH ?
 Recherche dans PubMed
– Avec « moelle épinière » : 2 articles seulement
– Avec « moelle spinale » : 1 article seulement
– Avec « spinal cord » (directement) : plus de 130 000
articles
– Avec « spinal cord [MeSH] » : 67 000 articles
– Avec un qualificatif « \"Spinal Cord/surgery\"[Mesh] » :
2 300 articles

Interroger PubMed
 Recherche en anglais
 Opérateurs booléens (en majuscules)
AND / OR / NOT
 (AND) par défaut
 Troncature et guillemets

Liste de résultats dans PubMed

Limiter et exporter les résultats
 « Limits » pour affiner la recherche
 « Sort by » pour les tris
 « Send to » pour sauvegarder les résultats

Notice d’article dans PubMed

Consulter les articles trouvés
 Sur papier dans les bibliothèques (JUBIL)
 En ligne, sur les postes des bibliothèques
 Et maintenant de chez vous, via l’accès distant

Lien direct vers le PDF ?
 Quand on est sur un ordinateur de l’université
 OU connecté en accès distant via JUBIL
 ET SI l’université est abonnée aux revues en
ligne où est paru l’article recherché
 Alors icône pour accès direct au PDF

Exemple d’article accessible

Création de compte gratuit : My NCBI
 Intérêts :
– Sauvegarder ses résultats
– Sauvegarder ses recherches habituelles
– Créer des alertes (RSS ou courriel)
– Appliquer des filtres automatiques sur les résultats

Création de compte gratuit : My NCBI

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Création de filtres pour les recherches

On choisit PubMed dans la liste…

On cherche le filtre JUBIL

Les résultats sont triés dans des
onglets…

Les résultats sont triés
 Onglet JUBIL : articles parus dans des revues
accessibles en ligne via JUBIL (7 500 revues)
 Onglet ifrhplib : articles parus dans des revues
accessibles via l’APHP (300 revues)

Liens vers les PDF
Ne fonctionnera que si vous êtes sur un ordinateur de l’université
ou de l’APHP (de l’extérieur repasser par l’accès distant JUBIL)

Avant de partir…
 Un petit questionnaire d’évaluation de la
formation, qui se remplit en 2 minutes :
www.tinyurl.com/formmedupmc
Merci d’avance

À bientôt à la bibliothèque !