Pub Med Apprentissage 2011

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Présentation des fonctions de base de PubMed

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  • 8h40 Présentation : David Benoist, conservateur adjoint de la bibliothèque de la Pi tié-Salpêtrière
  • Pub Med Apprentissage 2011

    1. 1. Apprentissage en français Université Pierre- et-Marie-Curie Formation_Bu_Medecine (at)scd.upmc.fr www.upmc.fr
    2. 2. JUBIL, portail des bibliothèques de l’UPMC 2
    3. 3. Trouver des revues en ligne : liste AZ 3
    4. 4. Accès distant pour accéder de l’extérieur
    5. 5. Bases de données bibliographiques• Si on cherche des articles sans savoir dans quelle revue on va les trouver :• ATTENTION : Les catalogues des bibliothèques ne répertorient que des titres de revues, pas des titres d’articles• Il faut passer par des bases de données bibliographiques : PubMed, Web of Science… 5
    6. 6. PubMed / MedLine : présentation- MEDLINE (Medical Literature Analysis andRetrieval System Online)- Base de données bibliographiques(= références d’articles ≠ texte des articles) ensciences biologiques et biomédicales- Base gérée et mise à jour par la bibliothèquenationale de médecine des États-Unis (NLM) 6
    7. 7. PubMed / MedLine : contenu- MedLine = le contenu (base de données)≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine +autres bases)- 21 millions de références d’articles, tirés de5 000 revues, depuis les années 1950- Une centaine de titres français- Liste des revues :http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/citmatch_help.html#JournalLists 7
    8. 8. PubMed via JUBILPubMed est accessible gratuitement sur Internet mais si on passe par JUBIL pour s’y connecter : On garde l’interface classique + lien vers texte intégral si nos bibliothèques sont abonnées 8
    9. 9. PubMed via JUBIL 9
    10. 10. PubMed via JUBILAccès distant possible, quand on se connecte depuis chez soi ou dans son service ! 10
    11. 11. PubMed via JUBIL
    12. 12. Interroger PubMed• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais• Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH• MeSH pour Medical Subject Headings• Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism)+ permet de chercher sur le sujet seulement des articles : exemple de la revue Cell ou du docteur Cell+ permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier 12
    13. 13. Qu’est-ce que le MeSH ?- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,répartis en 16 grandes catégories- Mise à jour annuelle- Traduction françaisepar l’INSERM 13
    14. 14. Le MeSH est accessible via PubMed 14
    15. 15. Des tutoriels sur le MeSH 15
    16. 16. Exemple d’un terme dansl’arborescence du MeSH (on part du général pour arriver au plus précis) 16
    17. 17. Un même terme peut appartenir à plusieurs arborescences
    18. 18. Une recherche dans l’idéal :Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français• On détermine un mot-clef intéressant en français• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le MeSH français• Le site du CISMeF propose la traduction française du vocabulaire MeSH 18
    19. 19. Équivalent du mot-clef dans le MeSH français : http://pts.chu-rouen.fr 19
    20. 20. Exemple : moelle épinière 20
    21. 21. Place du terme dans l’arborescence MeSH 21
    22. 22. Étape 2 : choix des qualificatifs 22
    23. 23. Les qualificatifs du MeSH Le MeSH comprend 83 qualificatifs Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé qu’avec certains qualificatifsAB Abnormalities EM Embryology PP PhysiopathologyAD Administration and Dosage EN Enzymology PO PoisoningAE Adverse Effects EP Epidemiology PC Prevention and ControlAG Agonists ES Ethics PX PsychologyAA Analogs and Derivatives EH Ethnology RE Radiation EffectsAN Analysis ET Etiology RA RadiographyAH Anatomy and Histology GE Genetics RI Radionuclide ImagingAI Antagonists and Inhibitors GD Growth and Development RT RadiotherapyBI Biosynthesis HI History RH RehabilitationBS Blood Supply IM Immunology SC SecondaryBL Blood IN Injuries SE SecretionCF Cerebrospinal Fluid IR Innervation ST StandardsCS Chemical Synthesis IS Instrumentation SN Statistics and Numerical DataCI Chemically Induced IP Isolation and Purification SD Supply and DistributionCH Chemistry LJ Legislation and Jurisprudence SU SurgeryCL Classification MA Manpower TU Therapeutic UseCO Complications ME Metabolism TH TherapyCN Congenital MT Methods TO ToxicityCT Contraindications MI Microbiology TM TransmissionCY Cytology MO Mortality TR TransplantationDF Deficiency NU Nursing TD TrendsDI Diagnosis OG Organization and Administration US UltrasonographyDU Diagnostic Use PS Parasitology UL UltrastructureDH Diet Therapy PY Pathogenicity UR UrineDE Drug Effects PA Pathology UT UtilizationDT Drug Therapy PK Pharmacokinetics VE VeterinaryEC Economics PD Pharmacology VI VirologyED Education PH Physiology 23
    24. 24. Pourquoi utiliser le MeSH ?• Recherche dans PubMed – Avec « moelle épinière » : 85 articles seulement – Avec « moelle spinale » : 1 article seulement – Avec « spinal cord » (directement) : plus de 145 000 articles – Avec « spinal cord [MeSH] » : 73 000 articles – Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » : 2 600 articles 24
    25. 25. Combiner les termes recherchés• Opérateurs booléens (en majuscules) AND / OR / NOT• (AND) par défaut (en majuscule !)• Troncature (transpl*) + guillemets(« kidney allograft ») 25
    26. 26. Liste de résultats dans PubMed 26
    27. 27. Les limites… 27
    28. 28. Limiter le nombre de résultats (par langue, type de document, population…) 28
    29. 29. Consulter les articles trouvés• Sur papier dans les bibliothèques (JUBIL)• En ligne, sur les postes des bibliothèques• Et maintenant de chez vous, via l’accès distant 29
    30. 30. Lien direct vers le PDF ?• Quand on est sur un ordinateur de l’université• OU connecté en accès distant via JUBIL• ET SI l’université est abonnée aux revues en ligne où est paru l’article recherché• Alors icône pour accès direct au PDF 30
    31. 31. Exemple d’article accessible 31
    32. 32. FINMerci de votre attention

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