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Orthophonistes3 2011-5-pub med
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Orthophonistes3 2011-5-pub med

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  • 1. Orthophonistes 3e annéePubMed Université Pierre- et-Marie-Curie Formation_Bu_Medecine (at)scd.upmc.fr www.upmc.fr
  • 2. • Élaborer une stratégie de recherche• Les outils de recherche – Recherche sur Internet – Catalogues de bibliothèques – Ebooks et revues en ligne – Bases de données : EM-Premium, banque de données de l’UNADREO, base Saphir, SantéPsy, PsycINFO + Pascal (aperçu), Science Direct, Web of Science – PubMed 2
  • 3. PubMed / MedLine : présentation- MEDLINE (Medical Literature Analysis andRetrieval System Online)- Base de données bibliographiques(= références d’articles ≠ texte des articles) ensciences biologiques et biomédicales- Base gérée et mise à jour par la bibliothèquenationale de médecine des États-Unis (NLM) 3
  • 4. PubMed / MedLine : contenu- MedLine = le contenu (base de données) ≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine+ autres bases)- 20 millions de références d’articles, tirés de5 000 revues, depuis les années 1950- Une centaine de titres français 4
  • 5. Liste des revues 5
  • 6. Chercher une revue 6
  • 7. Trouver le titre abrégé 7
  • 8. PubMed via JUBILPubMed est accessible gratuitement sur Internet mais si on passe par JUBIL pour s’y connecter : On garde l’interface classique + lien vers texte intégral si nos bibliothèques sont abonnées 8
  • 9. PubMed via JUBIL 9
  • 10. PubMed via JUBILAccès distant possible, quand on se connecte depuis chez soi ou dans son service ! 10
  • 11. Interroger PubMed• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais• Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH• MeSH pour Medical Subject Headings• Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism)+ permet de chercher sur le sujet seulement des articles : exemple de la revue Cell ou du docteur Cell+ permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier 11
  • 12. Qu’est-ce que le MeSH ?- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,répartis en 16 grandes catégories- Mise à jour annuelle- Traduction françaisepar l’INSERM 12
  • 13. Exemple d’un terme dansl’arborescence du MeSH (on part du général pour arriver au plus précis) 13
  • 14. Un même terme peut appartenir à plusieurs arborescences
  • 15. Le MeSH est accessible via PubMed 15
  • 16. Recherche en anglaisEx. de recherche sur le troubles de la paroleEn anglais : Speech Disorders 16
  • 17. On cherche le terme dans le MeSH 17
  • 18. Détail d’un terme MeSH 18
  • 19. Choix du qualificatif etconstruction de la requête 19
  • 20. Termes majeurs / Explosion 20
  • 21. Les qualificatifs du MeSH Le MeSH comprend 83 qualificatifs Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé qu’avec certains qualificatifsAB Abnormalities EM Embryology PP PhysiopathologyAD Administration and Dosage EN Enzymology PO PoisoningAE Adverse Effects EP Epidemiology PC Prevention and ControlAG Agonists ES Ethics PX PsychologyAA Analogs and Derivatives EH Ethnology RE Radiation EffectsAN Analysis ET Etiology RA RadiographyAH Anatomy and Histology GE Genetics RI Radionuclide ImagingAI Antagonists and Inhibitors GD Growth and Development RT RadiotherapyBI Biosynthesis HI History RH RehabilitationBS Blood Supply IM Immunology SC SecondaryBL Blood IN Injuries SE SecretionCF Cerebrospinal Fluid IR Innervation ST StandardsCS Chemical Synthesis IS Instrumentation SN Statistics and Numerical DataCI Chemically Induced IP Isolation and Purification SD Supply and DistributionCH Chemistry LJ Legislation and Jurisprudence SU SurgeryCL Classification MA Manpower TU Therapeutic UseCO Complications ME Metabolism TH TherapyCN Congenital MT Methods TO ToxicityCT Contraindications MI Microbiology TM TransmissionCY Cytology MO Mortality TR TransplantationDF Deficiency NU Nursing TD TrendsDI Diagnosis OG Organization and Administration US UltrasonographyDU Diagnostic Use PS Parasitology UL UltrastructureDH Diet Therapy PY Pathogenicity UR UrineDE Drug Effects PA Pathology UT UtilizationDT Drug Therapy PK Pharmacokinetics VE VeterinaryEC Economics PD Pharmacology VI VirologyED Education PH Physiology 21
  • 22. Combinaison avec un autre terme 22
  • 23. Combinaison avec un autre terme 23
  • 24. 24
  • 25. Chercher à partir du françaisÉtape 1 : trouver le mot-clef de départ en français• On détermine un mot-clef intéressant en français• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le MeSH français• Le site du CISMeF propose la traduction française du vocabulaire MeSH 25
  • 26. Équivalent du mot-clef dans le MeSH français : http://pts.chu-rouen.fr 26
  • 27. Exemple : troubles de la parole 27
  • 28. Place du terme dans l’arborescence MeSH 28
  • 29. Étape 2 : choix des qualificatifs 29
  • 30. Étape 3 : on lance la recherche depuis CISMeF 30
  • 31. Intérêt du CISMeF : les articles récents• Ex. de recherche sur les thérapies pour l’écholalie 31
  • 32. Intérêt du CISMeF : les articles récents• Ex. de recherche sur les thérapies pour l’écholalie• Terme Mesh : Echolalia• Formule de recherche standard :• "echolalia/therapy"[MH]• CISMeF : "echolalia/therapy"[MH] OR ((("mixed dysarthrias"[TIAB] OR "mixed dysarthria"[TIAB] OR "stutter"[TIAB] OR "stammering"[TIAB] OR "echo reaction"[TIAB] OR "logorrhoea"[TIAB] OR "slurring"[TIAB] OR "aprosodia"[TIAB] OR "dysarthrias"[TIAB] OR "developmental stuttering"[TIAB] OR "verbal fluency disorders"[TIAB] OR "flaccid dysarthria"[TIAB] OR "slurred speech"[TIAB] OR "speech disorder"[TIAB] OR "stuttering"[TIAB] OR "dyslalias"[TIAB] OR "childhood stuttering"[TIAB] OR "aprosodias"[TIAB] OR "scanning dysarthria"[TIAB] OR "dyslalia"[TIAB] OR "dysglossia"[TIAB] OR "cluttering"[TIAB] OR "aprosodic speech"[TIAB] OR "dysarthria"[TIAB] OR "speech disorders"[TIAB] OR "acquired stuttering"[TIAB] OR "echolalia"[TIAB] OR "rhinolalia"[TIAB] OR "spastic dysarthria"[TIAB] OR "adult stuttering"[TIAB] OR "rhinolalias"[TIAB] OR "volubility"[TIAB]) AND ("therapy"[TIAB] OR "disease management"[TIAB] OR "therapeutic"[TIAB] OR "treatments"[TIAB] OR "treatment"[TIAB] OR "therapeutic procedure"[TIAB] OR "th"[TIAB] OR "therapeutics"[TIAB])) NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[sb])) 32
  • 33. Sans CISMeF 33
  • 34. Avec CISMeF 34
  • 35. Recherches très spécifiques avec des termes absents du MeSH• Utiliser [TIAB] = recherche du terme dans les titres et résumés des articles• Ex. : dose intégrale en radiothérapie : « integral dose » – "integral dose" [TIAB] : 312 résultats – "integral dose" [TIAB] AND radiosurgery [MH] : 23 résultats 35
  • 36. Les limites… 36
  • 37. Limiter le nombre de résultats (par langue, type de document, population…) 37
  • 38. Pourquoi utiliser le MeSH ?• Recherche dans PubMed – Avec « moelle épinière » : 56 articles seulement – Avec « moelle spinale » : 2 articles seulement – Avec « spinal cord » (directement) : plus de 142 000 articles – Avec « spinal cord [MeSH] » : 72 000 articles – Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » : 2 600 articles 38
  • 39. Combiner les termes recherchés• Opérateurs booléens (en majuscules) AND / OR / NOT• (AND) par défaut (en majuscule !)• Troncature (transpl*) + guillemets(« kidney allograft ») 39
  • 40. Consulter les articles trouvés• Sur papier dans les bibliothèques (JUBIL)• En ligne, sur les postes des bibliothèques• Et maintenant de chez vous, via l’accès distant 40
  • 41. Exemple d’article accessible 41
  • 42. Chercher un auteur• Rentrer son nom et l’initiale de son prénom• PubMed comprend qu’on cherche une personne 42
  • 43. Alertes et historiques• Fil RSS sur une recherche• Historique automatique, conservé 8 heures, accessible via la recherche avancée 43
  • 44. « Single Citation Matcher »• Recherche par auteur / revue / date• Pour retrouver une référence d’article précise 44 Utilisation optimale documentation médicale
  • 45. Création de compte gratuit : My NCBIIntérêts : – Sauvegarder ses résultats – Sauvegarder ses recherches habituelles – Créer des alertes (RSS ou courriel) – Appliquer des filtres automatiques sur les résultats 45
  • 46. Création de compte gratuit : My NCBI 46
  • 47. Création de compte gratuit : My NCBI 47
  • 48. Création de filtres pour les recherches 48
  • 49. Création de filtres pour les recherches 49
  • 50. On cherche le filtre JUBIL 50
  • 51. Les résultats sont triés 51 Utilisation optimale documentation médicale
  • 52. Les résultats sont triés• JUBIL : articles parus dans des revues accessibles en ligne via JUBIL (5 500 revues)• ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via l’APHP (300 revues)• ifrbinslib : articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm 52
  • 53. Liens vers les PDFNe fonctionnera que si vous êtes sur un ordinateur de l’universitéou de l’APHP (de l’extérieur repasser par l’accès distant JUBIL) 53
  • 54. Avant de partir…Un petit questionnaire d’évaluation de la formation, qui se remplit en 2 minutes : www.tinyurl.com/formmedupmc Merci d’avance 54
  • 55. FINMerci de votre attention