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Package R Markdown:
Un outil pour générer des pages html avec R Studio

Réunion du Groupe Utilisateurs de R
« FLtauR »
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2.
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4.
5.
6.
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8.

Qu’est-ce que R Markdown?
Cas d’utilisations
Comment ca marche?
Plus de détails
Vers une mis...
1. Qu’est ce que R Markdown?
• C’est un package de R qui combiné à R Studio,
permet de créer de manière simplifiée des pag...
2. Cas d’utilisations
• Pour créer un cours que l’on veut publier en
ligne (avec Rpubs)
• Pour réaliser un compte rendu av...
3. Comment ca marche?
• Le package « markdown » fonctionne avec le
package « knitr » (à télécharger sur le CRAN
lors de la...
3. Comment ca marche?
• On ouvre R Studio
• On créé un fichier R Markdown

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3. Comment ca marche?
• On enregistre le fichier que l’on vient de créer
(de toute façon, R Studio demandera à ce qu’il po...
3. Comment ca marche?
• On obtient notre page html générée

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3. Comment ca marche?
• Dans notre dossier, on a:
– Un fichier .rmd: contenu de la page web

Package Knitr:
Permet la
comp...
3. Comment ca marche?
• Si on souhaite publier en ligne notre page:
On clique sur « Publish »

Attention, la page sera pub...
3. Comment ca marche?
• Une autre fonctionnalité intéressante Notebooks:
Créer une page web directement à partir du code R...
3. Comment ca marche?
• Une autre fonctionnalité intéressante Notebooks:
Créer une page web directement à partir du code R...
4. Plus de détails
• Ajouter du code et voir le résultat:
Le code sur le fichier .Rmd

Le résultat de la page Html

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4. Plus de détails
• Affichage d’un graphique généré avec R:
Le résultat de la page Html

Le code sur le fichier .Rmd

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4. Plus de détails
• Insérer un tableau:
Le code sur le fichier .Rmd

Le résultat de la page Html

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4. Plus de détails
• Insérer une équation:
Le code sur le fichier .Rmd

Le résultat de la page Html

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4. Plus de détails
• Insérer une image:
Le code sur le fichier .Rmd

Le résultat de la page Html

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4. Plus de détails
• Insérer un lien vers une page Internet:
Le code sur le fichier .Rmd

Le résultat de la page Html

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4. Plus de détails
• Insérer une citation:
Le code sur le fichier .Rmd

Le résultat de la page Html

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5. Vers une mise en page personnalisée
•

Par défaut, la mise en page est un peu sommaire:
– Pas de couleurs
– Tableaux sa...
5. Vers une mise en page personnalisée
•

On peut grâce à la feuille de style CSS modifier cette mise en page.
La procédur...
5. Vers une mise en page personnalisée
Sans mise en forme

Avec mise en forme

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5. Vers une mise en page personnalisée
Sans mise en forme

Avec mise en forme

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5. Vers une mise en page personnalisée
Sans mise en forme

Avec mise en forme

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6. Pour aller plus loin
D’autres fonctionnalités existent et n’ont pas été montrées lors de cette séance:

• Réaliser des ...
7. Conclusion
Package intéressant qui permet de créer des
rapports reproductibles sous forme de pages
web, facilement sans...
8. Annexes
Le code .Rmd utilisé dans cette présentation

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  1. 1. Package R Markdown: Un outil pour générer des pages html avec R Studio Réunion du Groupe Utilisateurs de R « FLtauR » 6 Novembre 2013 Sophie LAMARRE – Plateforme GeT-Biopuces à Toulouse Email: sophie.lamarre@insa-toulouse.fr
  2. 2. Plan 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. Qu’est-ce que R Markdown? Cas d’utilisations Comment ca marche? Plus de détails Vers une mise en page personnalisée Pour aller plus loin Conclusion Annexes 2
  3. 3. 1. Qu’est ce que R Markdown? • C’est un package de R qui combiné à R Studio, permet de créer de manière simplifiée des pages web. • Sur la page web on peut mettre: – – – – – – du code R le résultat de l‘exécution des graphiques des images des formules … 3
  4. 4. 2. Cas d’utilisations • Pour créer un cours que l’on veut publier en ligne (avec Rpubs) • Pour réaliser un compte rendu avec affichage des résultats (issu des commandes tapées dans R), que l’on souhaite communiquer à d’autres personnes (sans avoir à s’initier au Latex pour écrire des rapports avec Sweave) • … 4
  5. 5. 3. Comment ca marche? • Le package « markdown » fonctionne avec le package « knitr » (à télécharger sur le CRAN lors de la première utilisation) • Ce dernier permet d’inclure et d’exécuter le code R qui génère des tableaux et/ou des graphiques (au lieu d’insérer les tableaux et/ou les graphiques exécutés préalablement) -> reproductibilité des documents 5
  6. 6. 3. Comment ca marche? • On ouvre R Studio • On créé un fichier R Markdown 6
  7. 7. 3. Comment ca marche? • On enregistre le fichier que l’on vient de créer (de toute façon, R Studio demandera à ce qu’il porte un nom pour qu’il puisse transformer le fichier en un format .html). On appuie sur « Knit HTML » 7
  8. 8. 3. Comment ca marche? • On obtient notre page html générée 8
  9. 9. 3. Comment ca marche? • Dans notre dossier, on a: – Un fichier .rmd: contenu de la page web Package Knitr: Permet la compilation du code R – Un fichier .md: contient le code R traduit (ex: résultats des tableaux et des graphiques) Package markdown: Génère la page web – Un fichier .html: page web créée – Un dossier « figure »: contient les graphiques, images créés 9
  10. 10. 3. Comment ca marche? • Si on souhaite publier en ligne notre page: On clique sur « Publish » Attention, la page sera publique 10
  11. 11. 3. Comment ca marche? • Une autre fonctionnalité intéressante Notebooks: Créer une page web directement à partir du code R! On clique sur le dernier icône à droite 11
  12. 12. 3. Comment ca marche? • Une autre fonctionnalité intéressante Notebooks: Créer une page web directement à partir du code R! 12
  13. 13. 4. Plus de détails • Ajouter du code et voir le résultat: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 13
  14. 14. 4. Plus de détails • Affichage d’un graphique généré avec R: Le résultat de la page Html Le code sur le fichier .Rmd 14
  15. 15. 4. Plus de détails • Insérer un tableau: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 15
  16. 16. 4. Plus de détails • Insérer une équation: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 16
  17. 17. 4. Plus de détails • Insérer une image: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 17
  18. 18. 4. Plus de détails • Insérer un lien vers une page Internet: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 18
  19. 19. 4. Plus de détails • Insérer une citation: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 19
  20. 20. 5. Vers une mise en page personnalisée • Par défaut, la mise en page est un peu sommaire: – Pas de couleurs – Tableaux sans bordures – Texte non souligné – … 20
  21. 21. 5. Vers une mise en page personnalisée • On peut grâce à la feuille de style CSS modifier cette mise en page. La procédure à suivre est la suivante: – copier la feuille de style CSS nommée “markdown.css” qui se trouve dans le répertoire du package “Markdown” (endroit où tous les packages sont stockés) – la renommer – Modifier la feuille de style avec la mise en page que l’on souhaite (exemple: couleurs aux titres, bordures aux tableaux …) – la placer à l'endroit où on a stocké notre fichier .Rmd . – Ensuite, dans notre fichier .Rmd, on écrit en haut: la ligne suivante entourée de “<” et “>”: link href=“my_custom.css” rel=“stylesheet” 21
  22. 22. 5. Vers une mise en page personnalisée Sans mise en forme Avec mise en forme 22
  23. 23. 5. Vers une mise en page personnalisée Sans mise en forme Avec mise en forme 23
  24. 24. 5. Vers une mise en page personnalisée Sans mise en forme Avec mise en forme 24
  25. 25. 6. Pour aller plus loin D’autres fonctionnalités existent et n’ont pas été montrées lors de cette séance: • Réaliser des graphiques interactifs avec GoogleVis et les afficher sur la page web créée http://rpubs.com/gallery/googleVis • Convertir la page web en format pdf avec Pandoc Sous Linux, une fois la page web créée: - Ouvrir une console - Se placer dans le répertoire où se trouve le fichier « .md » - Taper: pandoc-s Nom_fichier.md –o Nom_fichier.pdf Attention: la mise en page est altérée (tableaux déformés, couleurs non originales …). Sinon, la méthode basique, imprimer dans fichier pdf marche bien aussi! • Et bien d’autres encore! 25
  26. 26. 7. Conclusion Package intéressant qui permet de créer des rapports reproductibles sous forme de pages web, facilement sans avoir à connaître Le langage Latex ni Html. 26
  27. 27. 8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation 27
  28. 28. 8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation 28
  29. 29. 8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation 29
  30. 30. 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation 30
  31. 31. 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation 31
  32. 32. 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation 32
  33. 33. 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation 33
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