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  • 1. Package R Markdown: Un outil pour générer des pages html avec R Studio Réunion du Groupe Utilisateurs de R « FLtauR » 6 Novembre 2013 Sophie LAMARRE – Plateforme GeT-Biopuces à Toulouse Email: sophie.lamarre@insa-toulouse.fr
  • 2. Plan 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. Qu’est-ce que R Markdown? Cas d’utilisations Comment ca marche? Plus de détails Vers une mise en page personnalisée Pour aller plus loin Conclusion Annexes 2
  • 3. 1. Qu’est ce que R Markdown? • C’est un package de R qui combiné à R Studio, permet de créer de manière simplifiée des pages web. • Sur la page web on peut mettre: – – – – – – du code R le résultat de l‘exécution des graphiques des images des formules … 3
  • 4. 2. Cas d’utilisations • Pour créer un cours que l’on veut publier en ligne (avec Rpubs) • Pour réaliser un compte rendu avec affichage des résultats (issu des commandes tapées dans R), que l’on souhaite communiquer à d’autres personnes (sans avoir à s’initier au Latex pour écrire des rapports avec Sweave) • … 4
  • 5. 3. Comment ca marche? • Le package « markdown » fonctionne avec le package « knitr » (à télécharger sur le CRAN lors de la première utilisation) • Ce dernier permet d’inclure et d’exécuter le code R qui génère des tableaux et/ou des graphiques (au lieu d’insérer les tableaux et/ou les graphiques exécutés préalablement) -> reproductibilité des documents 5
  • 6. 3. Comment ca marche? • On ouvre R Studio • On créé un fichier R Markdown 6
  • 7. 3. Comment ca marche? • On enregistre le fichier que l’on vient de créer (de toute façon, R Studio demandera à ce qu’il porte un nom pour qu’il puisse transformer le fichier en un format .html). On appuie sur « Knit HTML » 7
  • 8. 3. Comment ca marche? • On obtient notre page html générée 8
  • 9. 3. Comment ca marche? • Dans notre dossier, on a: – Un fichier .rmd: contenu de la page web Package Knitr: Permet la compilation du code R – Un fichier .md: contient le code R traduit (ex: résultats des tableaux et des graphiques) Package markdown: Génère la page web – Un fichier .html: page web créée – Un dossier « figure »: contient les graphiques, images créés 9
  • 10. 3. Comment ca marche? • Si on souhaite publier en ligne notre page: On clique sur « Publish » Attention, la page sera publique 10
  • 11. 3. Comment ca marche? • Une autre fonctionnalité intéressante Notebooks: Créer une page web directement à partir du code R! On clique sur le dernier icône à droite 11
  • 12. 3. Comment ca marche? • Une autre fonctionnalité intéressante Notebooks: Créer une page web directement à partir du code R! 12
  • 13. 4. Plus de détails • Ajouter du code et voir le résultat: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 13
  • 14. 4. Plus de détails • Affichage d’un graphique généré avec R: Le résultat de la page Html Le code sur le fichier .Rmd 14
  • 15. 4. Plus de détails • Insérer un tableau: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 15
  • 16. 4. Plus de détails • Insérer une équation: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 16
  • 17. 4. Plus de détails • Insérer une image: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 17
  • 18. 4. Plus de détails • Insérer un lien vers une page Internet: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 18
  • 19. 4. Plus de détails • Insérer une citation: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 19
  • 20. 5. Vers une mise en page personnalisée • Par défaut, la mise en page est un peu sommaire: – Pas de couleurs – Tableaux sans bordures – Texte non souligné – … 20
  • 21. 5. Vers une mise en page personnalisée • On peut grâce à la feuille de style CSS modifier cette mise en page. La procédure à suivre est la suivante: – copier la feuille de style CSS nommée “markdown.css” qui se trouve dans le répertoire du package “Markdown” (endroit où tous les packages sont stockés) – la renommer – Modifier la feuille de style avec la mise en page que l’on souhaite (exemple: couleurs aux titres, bordures aux tableaux …) – la placer à l'endroit où on a stocké notre fichier .Rmd . – Ensuite, dans notre fichier .Rmd, on écrit en haut: la ligne suivante entourée de “<” et “>”: link href=“my_custom.css” rel=“stylesheet” 21
  • 22. 5. Vers une mise en page personnalisée Sans mise en forme Avec mise en forme 22
  • 23. 5. Vers une mise en page personnalisée Sans mise en forme Avec mise en forme 23
  • 24. 5. Vers une mise en page personnalisée Sans mise en forme Avec mise en forme 24
  • 25. 6. Pour aller plus loin D’autres fonctionnalités existent et n’ont pas été montrées lors de cette séance: • Réaliser des graphiques interactifs avec GoogleVis et les afficher sur la page web créée http://rpubs.com/gallery/googleVis • Convertir la page web en format pdf avec Pandoc Sous Linux, une fois la page web créée: - Ouvrir une console - Se placer dans le répertoire où se trouve le fichier « .md » - Taper: pandoc-s Nom_fichier.md –o Nom_fichier.pdf Attention: la mise en page est altérée (tableaux déformés, couleurs non originales …). Sinon, la méthode basique, imprimer dans fichier pdf marche bien aussi! • Et bien d’autres encore! 25
  • 26. 7. Conclusion Package intéressant qui permet de créer des rapports reproductibles sous forme de pages web, facilement sans avoir à connaître Le langage Latex ni Html. 26
  • 27. 8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation 27
  • 28. 8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation 28
  • 29. 8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation 29
  • 30. 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation 30
  • 31. 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation 31
  • 32. 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation 32
  • 33. 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation 33