R2DOCX : R + WORD

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R package : R2DOCX by David Gohel

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  • 1. R2DOCX Présentation du package David Gohel david.gohel@lysis-consultants.fr
  • 2. Motivations
  • 3. envoyer les sorties R dans un document WORD
  • 4. Dans un environnement informatique maitrisé et contraint
  • 5. Simplement et rapidement une sortie R dans un document Word : Une seule commande R Recherche reproductible Ajouter ou Remplacer du contenu
  • 6. Fonctionnalités
  • 7. Les contenus pris en charge (1) Graphiques Tableaux Textes Lorem ipsum dolor sit amet, consect etur
  • 8. Les contenus pris en charge (2) Titres de document Tables des matières Saut de page Saut de ligne Image simple
  • 9. Gestion des modèles de documents Un document comme modèle de base pour les sorties Réutilisation des styles du document Chartre graphique libre Gestion des signets de MS Word pour le remplacement de contenu
  • 10. Les tableaux
  • 11. Structure implémentée Grouped header 1 Grouped header 2 Entête 1 Entête 2 Entête 3 Entête 4 Data[1,1] Data[1,2] Data[1,3] Data[1,4] … … … … Data[i,1]
  • 12. Factor A Factor B Moyenne de X Moyenne de Y Score (en %) A J 00,91 00,74 00,25 B J 00,69 00,84 00,63 B K 00,76 00,76 00,40 C K 00,60 00,84 00,80 Factor A Factor B Moyenne de X Moyenne de Y Entêtes de colonnes Score (en %) A J 00,91 00,74 25,00% B J 00,69 00,84 63,00% B K 00,76 00,76 40,00% C K 00,60 00,84 80,00% Variables discriminantes Factor A Factor B Moyennes X Typage des données Score Y Score (en %) A J 00,91 00,74 25,00% B J 00,69 00,84 63,00% B K 00,76 00,76 40,00% C K 00,60 00,84 « méta-entête » 80,00% Variables discriminantes Factor A A B C Factor B Moyennes X Score Y Score (en %) J 00,91 00,74 25,00% J 00,69 00,84 63,00% K 00,76 00,76 40,00% K 00,60 00,84 80,00% Formatage conditionnel
  • 13. Les Graphiques Distribution of Gas Milage 0.12 my.ggplot = qplot(mpg, data=mtcars, geom="density”…) 0.09 Density gear 3gears 4gears 5gears 0.06 0.03 0.00 10 15 20 25 Miles Per Gallon 30 35 doc = addPlot( doc, fun = print , x = my.ggplot , legend = "ggplot example" , width = 9, height = 7 )
  • 14. Les paragraphes / textes (1) doc <- addParagraph( doc , value = c("Hello!", "How are you today?") , stylename = "Normal")
  • 15. Les paragraphes / textes (2) x = c( "[animal] eat [food].", "tigers eat [animal]." ) # styles used for formating replacements texts repl.styles = list( animal = textProperties( font.size = 12 , font.family="Courier New", color="#FF3333") , food= textProperties( font.size = 12 , font.family="Courier New", color="#8C8C8C" ) ) # replacements texts repl = list( animal = "buffalos" , food = "grass" ) doc <- addParagraph( doc, value = x, stylename = "Normal" , replacements = repl , replacement.styles = repl.styles )
  • 16. Où le trouver install.packages("devtools") devtools::install_github('R2DOC', 'davidgohel') devtools::install_github('R2DOCX', 'davidgohel') http://davidgohel.github.io/R2DOCX/index.html Sur le CRAN début 2014
  • 17. Bientôt R2PPTX Graphiques vectoriels Intégration Shiny
  • 18. Quelques bonnes pratiques Deploiement de R
  • 19. Gestion des packages • Monter un dépôt de package en interne La majorité des sociétés ont des protections réseaux qui empêchent l’accès aux images des différents CRAN (Les codes du proxy permettent de passer outre)
  • 20. Assurer la compatibilité ascendante de vos codes • Packager les codes • R CMD CHECK exécutera les codes contenus dans l’aide de vos fonctions • Gérer les versions • Se brancher à un gestionnaire de sources (SVN, Git, etc.)
  • 21. S3/S4/R5(SetRefClass) • S3 : méthodes associés à des fonctions (pas des classes) • S4 : plus rigoureux mais plus verbeux • R5 : plus proche de la POO, idéal pour les objets qui « changent d’état »
  • 22. Tester les codes • Monter des machines virtuelles pour tester les codes sur les différents environnements à supporter • Commencer par écrire les tests
  • 23. L’intégration de codes compilés en C/C++/Fortran • Pour Windows, utiliser RTOOLS (Ripley et Murdoch) • Contient MINGW • Pour les autres OS, tout va bien (normalement)
  • 24. L’intégration de codes compilés en JAVA • S’assurer de la disponibilité du JRE 6 ou 7 sur les machines des utilisateurs • Positionner NOAWT à 1 sous OS X
  • 25. Travailler avec TCL/TK • Programme à installer • Dépendant de la plateforme • Il faudra modifier les variables d’environnement de votre système!