Presentation du vocabulaire MeSH

Slide 1: DCEM 1 Recherche documentaire F.DAILLAND – Dr C.DANIEL Université Paris Descartes francoise.dailland;christel.daniel@univ-paris5.fr 10 Janvier 2008

Slide 2: Contexte : Méthodologie DCEM1 - Paris Descartes • Module « Méthodologie » – Biostatistiques – Épidémiologie – Informatique médicale – Recherche documentaire et lecture critique • Épreuve rédactionnelle de l’ENC : 3 h – Article scientifique original, en français, de revue médicale avec comité de lecture • Améliorer sa pratique (soin, recherche) – Pratique « factuelle » F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 2

Slide 3: Contexte : Méthodologie Médecine factuelle ? • Evidence Based Medicine – “Médecine factuelle” ou “Médecine basée sur les preuves” ou “Médecine basée sur les faits” – 1991 : Gordon Guyatt (McMaster, Canada) • « Les décisions médicales reposent sur les données les plus fiables et les plus pertinentes trouvées dans la littérature médicale ». F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 3 Guyatt GH. Evidence-based medicine. ACP J Club 1991;114:A16

Slide 4: Contexte : Médecine factuelle Comportement Circonstances et choix du et situation patient clinique Décision Compétence du médecin Données actuelles de la science Recherche documentaire F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 4 Représentation graphique de l’Evidence-based medicine d’après B Haynes EBM Journal 2002;7:36-8

Slide 5: Contexte : Médecine factuelle Circonstances et situation clinique, comportement et choix du patient SYSTEMES D’INFORMATION DOSSIER PATIENT INFORMATISE DMP ANALYSE ACTIVITE MEDICO-ECONOMIQUE (Cours 1,3,4 et 6) Dossier patient informatisé F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 5

Slide 6: Contexte : Médecine factuelle Donnés actuelles de la science Etudes cliniques « Studies » Bases de données Littérature médicale PRESENTATION de recherche DE RESULTATS SCIENTIFIQUES (ED n°3) TRAITEMENT DE DONNEES (ED n°2) F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 6

Slide 7: Contexte : Médecine factuelle Donnés actuelles de la science Terminologies Thesaurus MeSH LANGAGE MEDICAL (Cours 2) Etudes cliniques « Studies » Littérature médicale F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 7

Slide 8: SYSTEMES D’AIDE A LA DECISION (Cours 5) Systèmes Dossier d’information patient «Systems » informatisé Référentiels de Terminologies connaissances Thesaurus MeSH applicables LANGAGE MEDICAL (Cours 2) Etudes cliniques « Studies » Littérature médicale RECHERCHE DOCUMENTAIRE (ED n°1) F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 8

Slide 9: SYSTEMES D’INFORMATION SYSTEMES DOSSIER PATIENT INFORMATISE D’AIDE A LA DECISION DMP (Cours 5) Systèmes ANALYSE ACTIVITE d’information MEDICO-ECONOMIQUE Dossier (Cours 1,3 ,4 et 6) «Systems » patient informatisé Référentiels de Terminologies connaissances Thesaurus MeSH applicables LANGAGE MEDICAL (Cours 2) Etudes cliniques « Studies » Bases de données de recherche Littérature médicale PRESENTATION TRAITEMENT RECHERCHE DE RESULTATS DE DONNEES DOCUMENTAIRE SCIENTIFIQUES (ED n°2) (ED n°1) (ED n°3) F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 9

Slide 10: Pourquoi ces cours de recherche documentaire ? • La pratique factuelle de la médecine nécessite des compétences particulières – Recherche documentaire : Trouver les articles d’investigation clinique utiles pour répondre à une question clinique précise • Cause d’une maladie (l’hypertension artérielle est elle un facteur favorisant l’apparition de la démence ?) • Traitement d’une maladie (quelle est l’efficacité du traitement antibiotique de l’otite moyenne ?) – Lecture critique : Évaluer les résultats trouvés (en terme de pertinence et validité) – Appliquer les résultats retenus (en tenant compte des particularités) F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 10

Slide 11: Pourquoi ces cours de recherche documentaire ? • La maîtrise des compétences documentaires est indispensable – à l’étudiant en médecine dans le cadre de l’apprentissage d’une pratique factuelle de la médecine – Tout au long de sa vie professionnelle F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 11

Slide 12: Objectifs (1) • Cours : Identifier les ressources documentaires et les outils de recherche associés • Connaître les enjeux de la recherche documentaire pour la pratique médicale basée sur les faits prouvés (pratique factuelle) • Utiliser les méthodes de recherche documentaire pour optimiser sa formation hospitalière • Connaître les principaux dictionnaires et encyclopédies médicales • Connaître les catalogues des bibliothèques (catalogue général, périodiques électroniques A to Z, catalogue national SUDOC) • Connaître les ressources documentaires électroniques pour la médecine factuelle • Connaître le site de référence CisMef • Connaître les manuels médicaux factuels et UpToDate • Connaître Medline et l’accès PubMed • Connaître et savoir utiliser le vocabulaire MeSH : différents accès au MeSH, opérateurs logiques des requêtes F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 12

Slide 13: Objectifs (2) • Enseignement dirigé : Formaliser les requêtes de recherche • Accéder aux manuels médicaux factuels par UpToDate • Accéder au Web médical de qualité par le site CisMef • Accéder à Medline par PubMed F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 13

Slide 14: Plan du cours • Les différents types de ressources documentaires • Ressources documentaires électroniques pour la médecine factuelle • Thesaurus MeSH • Les accès MeSH F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 14

Slide 15: Les ressources documentaires (1) • Dictionnaires, manuels et encyclopédies : – À partir du catalogue général http://www.bu.univ-paris5.fr/ Recherche avancée / recherche sujet / dictionnaire médical (dictionnair* médica*) Voir tutoriel http://www.bu.univ-paris5.fr/spip.php?article712 Comment localiser les ouvrages ? Par la cote Exemple : WT 155 PET WT : indique la discipline : ici gériatrie 155 : indique la subdivision à l’intérieur de la discipline : ici démences séniles PET : indique les 3 premières lettres du nom de l’auteur ou du titre si livre collectif. F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 15

Slide 16: Les ressources documentaires (2) – Encyclopédie médico-chirugicale (EMC) en ligne http://www.bu.univ-paris5.fr/spip.php?article283 Attention : consultation à partir des postes informatiques situés uniquement dans les murs de l’Université F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 16

Slide 17: Les ressources documentaires (3) • Web médical de qualité – CISMeF : Catalogue et Index des Sites Médicaux Francophones http://www.cismef.org/ F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 17

Slide 18: Les ressources documentaires (4) • « Littérature médicale » via PubMed/MEDLINE – désigne les articles publiés dans les revues médicales – la source d’information de référence F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 18

Slide 19: Ressources documentaires électroniques pour la médecine factuelle UpToDate Systèmes d’information «Systems PIER » ACP Journal Club Manuels médicaux factuels Evidence-Based « Summaries » Medicine Journal Résumés d'articles ou revues Cochrane Library «Synopsis » Pubmed Clinical Queries Revues systématiques « Synthesis » Articles des revues Etudes cliniques « Studies » scientifiques (PubMed) Cochrane Central Register of Controlled Hiérarchie à 5 niveaux (5S) d’après (B. Haynes, 2006) Université ParisTrials (CCTR) F. Dailland - C. Daniel - 2008 Descartes-DCEM1 19

Slide 20: Langage médical • L’usage d’un langage spécialisé est indispensable pour accéder aux ressources • Le vocabulaire de référence : MeSH « Medical Subject Headings » F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 20

Slide 21: Thesaurus MeSH : utilité ? • Pourquoi connaître ce vocabulaire contrôlé ? • Langage normalisé, utilisé pour décrire le contenu de documents imprimés ou électroniques : Les articles (base de données, exemple MEDLINE) Les ouvrages (catalogues) Les thèses (catalogues) Les documents audiovisuels (catalogues) Les sites web (ex : CHU de Rouen-CISMEF) Les ressources pédagogiques En résumé : Pour accéder efficacement à une multitude de ressources F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 21

Slide 22: MEDLINE : base de données bibliographiques Exemple d’une référence bibliographique dans Pubmed format « Summary» : Auteurs Titre de l’Article Source Année Mois date;Volume Titre de la revue (N°):pages extrêmes F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 22

Slide 23: Thesaurus MeSH : Généralités • Créé en 1960 par la National Library of Medicine (NLM) - US • Liste de termes normalisés dans le domaine biomédical, appelés descripteurs • Caractérisé par son organisation hiérarchique appelée « MeSH Tree Structure » F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 23

Slide 24: Thesaurus MeSH : outil évolutif • Mise à jour annuelle par la NLM tenant compte des avancées scientifiques Chiffres 2008 : • 24767 descripteurs dont – 456 nouveaux – 288 terminologies révisées – 46 supprimés F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 24

Slide 25: Thesaurus MeSH : 4 types de descripteurs • Descripteurs principaux (24767) – Ex : Alzheimer Disease • Qualificatifs (83) – Ex : Drug therapy • Concepts supplémentaires (172451 termes chimiques) – Ex : Efferalgan • Types de publication (environ 50 / PubMed) – Ex : Review F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 25

Slide 26: Thesaurus MeSH : Descripteurs(1) • 16 domaines principaux : – A : Anatomie – B : Organismes – C : Maladies – etc… • Classement hiérarchique F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 26

Slide 27: Thesaurus MeSH : Descripteurs(2) • Les maladies F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 27

Slide 28: Thesaurus MeSH : Descripteurs(3) Exemple : Alzheimer Disease 1er Principe du MeSH : la spécificité F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 28

Slide 29: Thesaurus MeSH : Descripteurs(4) Exemple : Dementia Terme générique Termes spécifiques Notion d’explosion = descripteur générique + descripteurs spécifiques L’explosion est automatique dans PubMed F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 29

Slide 30: Thesaurus MeSH : Descripteurs(5) • Un descripteur peut se situer dans plusieurs arborescences – Exemple : pain F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 30

Slide 31: Thesaurus MeSH : Qualificatifs(1) • 83 qualificatifs représentent des concepts généraux, ils sont employés pour préciser le sens des descripteurs Exemple : diagnostic /diagnosis s'applique aux maladies pour désigner tous les aspects du diagnostic, y compris l'examen, le diagnostic différentiel et le pronostic. Il exclut le dépistage de masse pour lequel le qualificatif \"prévention et contrôle\" est employé. Il exclut les diagnostics radiographique, scintigraphique, échographique pour lesquels les qualificatifs \"radiographie\", \"scintigraphie\" et \"échographie\" sont respectivement employés. Liste disponible : http://ist.inserm.fr/basismesh/meshv08.html# Lien en bas de page : les Qualificatifs 2ème Principe du MeSH : la coordination F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 31

Slide 32: Thesaurus MeSH : Qualificatifs(2) • Classement hiérarchique http://www.nlm.nih.gov/mesh/subhierarchy2008.html F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 32

Slide 33: Thesaurus MeSH : Concepts chimiques supplémentaires • Appartiennent à un index de vocabulaire chimique, lié au MeSH Exemples : F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 33

Slide 34: Thesaurus MeSH : Types de publication • Ils décrivent la nature de l’information ou la manière dont elle est transmise – Exemples : Revue (Review) Essai clinique (Clinical Trial) Méta-analyse (Meta-Analysis) Lettre (Letter) PubMed Publication Type : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=helppubmed.table.pubmedhelp.T42 F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 34

Slide 35: Types de publication/Médecine factuelle • Revue systématique (Systematic Review) : Evaluation critique de l’ensemble des données de la littérature (publiées et non publiées) en réponse à une question clinique précise, utilisant des méthodes permettant de réduire la probabilité de biais • Méta analyse (Meta analysis) : Revue systématique qui comprend une stratégie d’analyse quantitative permettant d’agréger les résultats provenant de plusieurs études en un seul résultat F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 35

Slide 36: Thesaurus MeSH : Les accès • Module Terminologie de CISMEF http://www.chu-rouen.fr/terminologiecismef/ • MeSH Database de Pubmed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=mesh ou www.pubmed.gov puis MeSH Database • MeSH bilingue de l’INSERM http://ist.inserm.fr/basismesh/meshv07.html# Important utiliser la troncature * avant et après le terme saisi Exemple : *grossesse* F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 36

Slide 37: Les notions à connaître pour utiliser Le MeSH Database : 1. L’explosion (diapo 29) 2. Les opérateurs logiques 3. La pondération F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 37

Slide 38: Les opérateurs logiques (1) : AND = ET • Permet de chercher les références où les mots du concept A, du concept B et du concept C apparaissent F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 38

Slide 39: AND = ET • Exemple : Traitement Démence Sujet âgé F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 39

Slide 40: Les opérateurs logiques (2) : OR = OU • Permet de chercher les références où l’un ou l’autre des mots exprimant un même concept apparaissent F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 40

Slide 41: OR= OU • Exemple : Régimes Diabète diabétiques F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 41

Slide 42: Les opérateurs logiques (3) : NOT = SAUF • Permet d’exclure un ensemble de références du sujet recherché F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 42

Slide 43: NOT = SAUF • Exemple : Enfant Adolescent F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 43

Slide 44: La pondération • MeSH « Major Topic » Cette option permet de limiter la recherche aux articles dont le sujet recherché est le thème principal de l’article F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 44

Slide 45: Thesaurus MeSH : Les accès • Module Terminologie de CISMEF http://www.chu-rouen.fr/terminologiecismef/ • MeSH Database de Pubmed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=mesh ou www.pubmed.gov puis MeSH Database • MeSH bilingue de l’INSERM http://ist.inserm.fr/basismesh/meshv07.html# Important utiliser la troncature * avant et après le terme saisi Exemple : *grossesse* F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 45

Slide 46: Terminologie de CISMEF Catalogue et Index des Sites Médicaux Francophones www.cismef.org F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 46

Slide 47: Exemple : démence Saisir le terme F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 47

Slide 48: Description F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 48

Slide 49: Navigation 44 documents dans CISMEF sur la maladie de Creutzfeldt-Jacob F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 49

Slide 50: Accès aux ressources Documents pédagogiques Documents pour les patients Validez votre choix F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 50

Slide 51: Mesh Database (1) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=mesh www.pubmed.gov dementia Saisir un terme ou expression en anglais Validez avec Go F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 51

Slide 52: Mesh Database (2) Résultat = 11 descripteurs Cliquez sur le terme pour un affichage complet F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 52

Slide 53: Mesh Database (3) Haut de page Définition Qualificatifs  Si cette option est cochée, la pondération sera appliquée à la recherche Entry Terms = Synonymes F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 53

Slide 54: Mesh Database (4) Bas de page Voir aussi Termes plus spécifiques inclus Arborescences par défaut dans la recherche Classement hiérarchique F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 54

Slide 55: Mesh Database (5) Exemple : sélection d’un descripteur sans qualificatif 2-Validez votre choix « Search Box with AND » 1-Sélectionnez F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 55

Slide 56: Mesh Database (6) Exemple : sélection d’un descripteur avec 2 qualificatifs 2-Validez votre choix « Search Box with AND » 1- Sélectionnez 1 ou x qualificatifs F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 56

Slide 57: Mesh Database (7) Le système affiche la sélection Envoi de la requête dans Pubmed F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 57

Slide 58: Mesh Database (8) Exemple : sélection de 2 descripteurs 1-Saisissez le deuxième descripteur et validez (Go) le premier descripteur est déjà sélectionné 3- Validez le choix 2- Sélectionnez le deuxième descripteur F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 58

Slide 59: Mesh Database (9) Les deux descripteurs sont associés par l’opérateur AND F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 59

Slide 60: MeSH bilingue de l’INSERM(1) http://ist.inserm.fr/basismesh/meshv08.html F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 60

Slide 61: MeSH bilingue de l’INSERM(2) Important : saisir le terme encadré de troncatures * *alzheimer* Validez F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 61

Slide 62: MeSH bilingue de l’INSERM(3) 3 descripteurs pour le concept Alzheimer F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 62

Slide 63: MeSH : Outils d’autoformation • Tutorial de PubMed Database Searching with the MeSH Database : http://www.nlm.nih.gov/bsd/viewlet/mesh/searching/mesh1.html Combining MeSH Terms : http://www.nlm.nih.gov/bsd/viewlet/mesh/combining/mesh2.html Applying Subheadings and other features of the MeSH Database : http://www.nlm.nih.gov/bsd/viewlet/mesh/subheadings/mesh3.html F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 63

Slide 64: Besoin d’aide ? Un service de référence disponible pour vous • A la bibliothèque des Saints-Pères (Bât. Jacob) Chaque après-midi, une équipe de bibliothécaires assurent une permanence pour répondre à vos questions • A la bibliothèque universitaire HEGP F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 64

Slide 65: Le site de référence pour votre documentation : http://www.bu.univ-paris5.fr/ F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 65

Slide 66: Bibliographie/Webographie • Haynes RB. Of studies, syntheses, synopses, summaries, and systems: the \"5S\" evolution of information services for evidence-based healthcare decisions. Evid Based Med 2006;11:162-4. http://ebm.bmj.com/cgi/content/full/11/6/162-a • PIER http://pier.acponline.org • UpToDate www.uptodate.com F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 66

Slide 67: Mentions légales • L'ensemble de ce document relève des législations française et internationale sur le droit d'auteur et la propriété intellectuelle. Tous les droits de reproduction de tout ou partie sont réservés pour les textes ainsi que pour l'ensemble des documents iconographiques, photographiques, vidéos et sonores. • Ce document est interdit à la vente ou à la location. F. Dailland - C. Daniel - 2008 Université Paris Descartes-DCEM1 67