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Presentation du vocabulaire MeSH
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  • Les objectifs de cette formation : transmission de « clés » pour optimiser vos recherches documentaires

Presentation du vocabulaire MeSH Presentation Transcript

  • 1. Recherche documentaire F.DAILLAND – Dr C.DANIEL Université Paris Descartes francoise.dailland;christel.daniel@univ-paris5.fr 10 Janvier 2008 DCEM 1
  • 2. Contexte : Méthodologie DCEM1 - Paris Descartes
    • Module « Méthodologie »
      • Biostatistiques
      • Épidémiologie
      • Informatique médicale
      • Recherche documentaire et lecture critique
        • Épreuve rédactionnelle de l’ENC : 3 h
          • Article scientifique original, en français, de revue médicale avec comité de lecture
    • Améliorer sa pratique (soin, recherche)
      • Pratique « factuelle »
  • 3. Contexte : Méthodologie Médecine factuelle ?
    • Evidence Based Medicine
      • “ Médecine factuelle” ou “Médecine basée sur les preuves” ou “Médecine basée sur les faits”
      • 1991 : Gordon Guyatt (McMaster, Canada)
    • « Les décisions médicales reposent sur les données les plus fiables et les plus pertinentes trouvées dans la littérature médicale ».
    Guyatt GH. Evidence-based medicine. ACP J Club 1991;114:A16
  • 4. Contexte : Médecine factuelle Circonstances et situation clinique Données actuelles de la science Comportement et choix du patient Représentation graphique de l’Evidence-based medicine d’après B Haynes EBM Journal 2002;7:36-8 Compétence du médecin Recherche documentaire Décision
  • 5. Contexte : Médecine factuelle Circonstances et situation clinique, comportement et choix du patient Dossier patient informatisé SYSTEMES D’INFORMATION DOSSIER PATIENT INFORMATISE DMP ANALYSE ACTIVITE MEDICO-ECONOMIQUE (Cours 1,3,4 et 6)
  • 6. Littérature médicale Bases de données de recherche PRESENTATION DE RESULTATS SCIENTIFIQUES (ED n°3) Etudes cliniques « Studies » Contexte : Médecine factuelle Donnés actuelles de la science TRAITEMENT DE DONNEES (ED n°2)
  • 7. Littérature médicale Etudes cliniques « Studies » Terminologies Thesaurus MeSH LANGAGE MEDICAL (Cours 2) Contexte : Médecine factuelle Donnés actuelles de la science
  • 8. Dossier patient informatisé Terminologies Thesaurus MeSH Littérature médicale Etudes cliniques « Studies » Référentiels de connaissances applicables Systèmes d’information «Systems » RECHERCHE DOCUMENTAIRE (ED n°1) SYSTEMES D’AIDE A LA DECISION (Cours 5) LANGAGE MEDICAL (Cours 2)
  • 9. Dossier patient informatisé Terminologies Thesaurus MeSH Littérature médicale Bases de données de recherche TRAITEMENT DE DONNEES (ED n°2) PRESENTATION DE RESULTATS SCIENTIFIQUES (ED n°3) Etudes cliniques « Studies » Référentiels de connaissances applicables Systèmes d’information «Systems » RECHERCHE DOCUMENTAIRE (ED n°1) SYSTEMES D’INFORMATION DOSSIER PATIENT INFORMATISE DMP ANALYSE ACTIVITE MEDICO-ECONOMIQUE (Cours 1,3 ,4 et 6) SYSTEMES D’AIDE A LA DECISION (Cours 5) LANGAGE MEDICAL (Cours 2)
  • 10. Pourquoi ces cours de recherche documentaire ?
    • La pratique factuelle de la médecine nécessite des compétences particulières
      • Recherche documentaire : Trouver les articles d’investigation clinique utiles pour répondre à une question clinique précise
        • Cause d’une maladie (l’hypertension artérielle est elle un facteur favorisant l’apparition de la démence ?)
        • Traitement d’une maladie (quelle est l’efficacité du traitement antibiotique de l’otite moyenne ?)
      • Lecture critique : Évaluer les résultats trouvés (en terme de pertinence et validité)
      • Appliquer les résultats retenus (en tenant compte des particularités)
  • 11. Pourquoi ces cours de recherche documentaire ?
    • La maîtrise des compétences documentaires est indispensable
      • à l’étudiant en médecine dans le cadre de l’apprentissage d’une pratique factuelle de la médecine
      • Tout au long de sa vie professionnelle
  • 12. Objectifs (1)
    • Cours : Identifier les ressources documentaires et les outils de recherche associés
        • Connaître les enjeux de la recherche documentaire pour la pratique médicale basée sur les faits prouvés (pratique factuelle)
        • Utiliser les méthodes de recherche documentaire pour optimiser sa formation hospitalière
        • Connaître les principaux dictionnaires et encyclopédies médicales
        • Connaître les catalogues des bibliothèques (catalogue général, périodiques électroniques A to Z, catalogue national SUDOC)
        • Connaître les ressources documentaires électroniques pour la médecine factuelle
        • Connaître le site de référence CisMef
        • Connaître les manuels médicaux factuels et UpToDate
        • Connaître Medline et l’accès PubMed
        • Connaître et savoir utiliser le vocabulaire MeSH : différents accès au MeSH, opérateurs logiques des requêtes
  • 13. Objectifs (2)
    • Enseignement dirigé : Formaliser les requêtes de recherche
        • Accéder aux manuels médicaux factuels par UpToDate
        • Accéder au Web médical de qualité par le site CisMef
        • Accéder à Medline par PubMed
  • 14. Plan du cours
    • Les différents types de ressources documentaires
    • Ressources documentaires électroniques pour la médecine factuelle
    • Thesaurus MeSH
    • Les accès MeSH
  • 15. Les ressources documentaires (1)
    • Dictionnaires, manuels et encyclopédies :
      • À partir du catalogue général http://www.bu.univ-paris5.fr/
      • Recherche avancée / recherche sujet / dictionnaire médical (dictionnair* médica*)
      • Voir tutoriel http://www.bu.univ-paris5.fr/spip.php?article712
    Comment localiser les ouvrages ? Par la cote Exemple : WT 155 PET WT : indique la discipline : ici gériatrie 155  : indique la subdivision à l’intérieur de la discipline : ici démences séniles PET  : indique les 3 premières lettres du nom de l’auteur ou du titre si livre collectif.
  • 16. Les ressources documentaires (2)
      • Encyclopédie médico-chirugicale (EMC) en ligne
      • http://www.bu.univ-paris5.fr/spip.php?article283
      • Attention : consultation à partir des postes informatiques situés uniquement dans les murs de l’Université
  • 17. Les ressources documentaires (3)
    • Web médical de qualité
      • CISMeF : Catalogue et Index des Sites Médicaux Francophones
      • http://www.cismef.org/
  • 18. Les ressources documentaires (4)
    • « Littérature médicale » via PubMed/MEDLINE
      • désigne les articles publiés dans les revues médicales
      • la source d’information de référence
  • 19. Ressources documentaires électroniques pour la médecine factuelle Etudes cliniques « Studies » Revues systématiques « Synthesis » Résumés d'articles ou revues «Synopsis » Manuels médicaux factuels « Summaries » Systèmes d’information «Systems » Hiérarchie à 5 niveaux (5S) d’après (B. Haynes, 2006) UpToDate PIER ACP Journal Club Evidence-Based Medicine Journal Cochrane Library Pubmed Clinical Queries Articles des revues scientifiques ( PubMed ) Cochrane Central Register of Controlled Trials (CCTR)
  • 20. Langage médical
    • L’usage d’un langage spécialisé est indispensable pour accéder aux ressources
    • Le vocabulaire de référence : MeSH
    • « Medical Subject Headings »
  • 21. Thesaurus MeSH : utilité ?
    • Pourquoi connaître ce vocabulaire contrôlé ?
        • Langage normalisé, utilisé pour décrire le contenu de documents imprimés ou électroniques :
        • Les articles (base de données, exemple MEDLINE)
        • Les ouvrages (catalogues)
        • Les thèses (catalogues)
        • Les documents audiovisuels (catalogues)
        • Les sites web (ex : CHU de Rouen-CISMEF)
        • Les ressources pédagogiques
        • En résumé :
        • Pour accéder efficacement à une multitude de ressources
  • 22. MEDLINE : base de données bibliographiques Exemple d’une référence bibliographique dans Pubmed format « Summary» : Titre de l’Article Auteurs Titre de la revue Année   Mois date ;Volume (N°) :pages extrêmes Source
  • 23. Thesaurus MeSH : Généralités
    • Créé en 1960 par la National Library of Medicine (NLM) - US
    • Liste de termes normalisés dans le domaine biomédical, appelés descripteurs
    • Caractérisé par son organisation hiérarchique appelée « MeSH Tree Structure »
  • 24. Thesaurus MeSH : outil évolutif
    • Mise à jour annuelle par la NLM tenant compte des avancées scientifiques
    • Chiffres 2008 :
        • 24767 descripteurs dont
          • 456 nouveaux
          • 288 terminologies révisées
          • 46 supprimés
  • 25. Thesaurus MeSH : 4 types de descripteurs
    • Descripteurs principaux (24767)
      • Ex : Alzheimer Disease
    • Qualificatifs (83)
      • Ex : Drug therapy
    • Concepts supplémentaires (172451 termes chimiques)
      • Ex : Efferalgan
    • Types de publication (environ 50 / PubMed)
      • Ex : Review
  • 26. Thesaurus MeSH : Descripteurs(1)
    • 16 domaines
    • principaux :
      • A : Anatomie
      • B : Organismes
      • C : Maladies
      • etc…
    • Classement hiérarchique
  • 27. Thesaurus MeSH : Descripteurs(2)
    • Les maladies
  • 28. Thesaurus MeSH : Descripteurs(3)
    • Exemple : Alzheimer Disease
    1er Principe du MeSH : la spécificité
  • 29. Thesaurus MeSH : Descripteurs(4)
    • Notion d’explosion = descripteur générique
    • + descripteurs spécifiques
    • L’explosion est automatique dans PubMed
    Exemple : Dementia Terme générique Termes spécifiques
  • 30. Thesaurus MeSH : Descripteurs(5)
    • Un descripteur peut se situer dans plusieurs arborescences
      • Exemple : pain
  • 31. Thesaurus MeSH : Qualificatifs(1)
    • 83 qualificatifs représentent des concepts généraux, ils sont employés pour préciser le sens des descripteurs
    • Exemple :
    • diagnostic /diagnosis s'applique aux maladies pour désigner tous les aspects du diagnostic, y compris l'examen, le diagnostic différentiel et le pronostic. Il exclut le dépistage de masse pour lequel le qualificatif "prévention et contrôle" est employé. Il exclut les diagnostics radiographique, scintigraphique, échographique pour lesquels les qualificatifs "radiographie", "scintigraphie" et "échographie" sont respectivement employés.
    • Liste disponible : http://ist.inserm.fr/basismesh/meshv08.html#
    • Lien en bas de page : les Qualificatifs
    2ème Principe du MeSH : la coordination
  • 32. Thesaurus MeSH : Qualificatifs(2)
    • Classement hiérarchique
    • http://www.nlm.nih.gov/mesh/subhierarchy2008.html
  • 33. Thesaurus MeSH : Concepts chimiques supplémentaires
    • Appartiennent à un index de vocabulaire chimique, lié au MeSH
    • Exemples :
  • 34. Thesaurus MeSH : Types de publication
    • Ils décrivent la nature de l’information ou la manière dont elle est transmise
      • Exemples : Revue (Review)
      • Essai clinique (Clinical Trial)
      • Méta-analyse (Meta-Analysis)
      • Lettre (Letter)
    • PubMed Publication Type :
    • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=helppubmed.table.pubmedhelp.T42
  • 35. Types de publication/Médecine factuelle
    • Revue systématique (Systematic Review) :
    • Evaluation critique de l’ensemble des données de la littérature (publiées et non publiées) en réponse à une question clinique précise, utilisant des méthodes permettant de réduire la probabilité de biais
    • Méta analyse (Meta analysis) :
    • Revue systématique qui comprend une stratégie d’analyse quantitative permettant d’agréger les résultats provenant de plusieurs études en un seul résultat
  • 36. Thesaurus MeSH : Les accès
    • Module Terminologie de CISMEF
    • http://www.chu-rouen.fr/terminologiecismef/
    • MeSH Database de Pubmed
    • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=mesh
    • ou www.pubmed.gov puis MeSH Database
    • MeSH bilingue de l’INSERM
    • http://ist.inserm.fr/basismesh/meshv07.html#
    • Important utiliser la troncature * avant et après le terme saisi
    • Exemple : *grossesse*
  • 37. Les notions à connaître pour utiliser Le MeSH Database :
    • L’explosion (diapo 29)
    • Les opérateurs logiques
    • La pondération
  • 38. Les opérateurs logiques (1) :
    • AND = ET
    • Permet de chercher les références où les mots du concept A, du concept B et du concept C apparaissent
  • 39. AND = ET
    • Exemple :
    Traitement Démence Sujet âgé
  • 40. Les opérateurs logiques (2) :
    • OR = OU
    • Permet de chercher les références où l’un ou l’autre des mots exprimant un même concept apparaissent
  • 41. OR = OU
    • Exemple :
    Diabète Régimes diabétiques
  • 42. Les opérateurs logiques (3) :
    • NOT = SAUF
    • Permet d’exclure un ensemble de références du sujet recherché
  • 43. NOT = SAUF
    • Exemple :
    Adolescent Enfant
  • 44. La pondération
    • MeSH « Major Topic »
    • Cette option permet de limiter la recherche aux articles dont le sujet recherché est le thème principal de l’article
  • 45. Thesaurus MeSH : Les accès
    • Module Terminologie de CISMEF
    • http://www.chu-rouen.fr/terminologiecismef/
    • MeSH Database de Pubmed
    • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=mesh
    • ou www.pubmed.gov puis MeSH Database
    • MeSH bilingue de l’INSERM
    • http://ist.inserm.fr/basismesh/meshv07.html#
    • Important utiliser la troncature * avant et après le terme saisi
    • Exemple : *grossesse*
  • 46. Terminologie de CISMEF C atalogue et I ndex des S ites M édicaux F rancophones www.cismef.org
  • 47. Exemple : démence Saisir le terme
  • 48. Description
  • 49. Navigation 44 documents dans CISMEF sur la maladie de Creutzfeldt-Jacob
  • 50. Accès aux ressources Documents pédagogiques Documents pour les patients Validez votre choix
  • 51. Mesh Database (1) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=mesh www.pubmed.gov Saisir un terme ou expression en anglais Validez avec Go dementia
  • 52. Mesh Database (2) Résultat = 11 descripteurs Cliquez sur le terme pour un affichage complet
  • 53. Mesh Database (3) Qualificatifs Entry Terms = Synonymes Si cette option est cochée, la pondération sera appliquée à la recherche  Haut de page Définition
  • 54. Mesh Database (4) Bas de page Voir aussi Arborescences Classement hiérarchique Termes plus spécifiques inclus par défaut dans la recherche
  • 55. Mesh Database (5) Exemple : sélection d’un descripteur sans qualificatif 2-Validez votre choix « Search Box with AND » 1-Sélectionnez
  • 56. Mesh Database (6) Exemple : sélection d’un descripteur avec 2 qualificatifs 1- Sélectionnez 1 ou x qualificatifs 2-Validez votre choix « Search Box with AND »
  • 57. Mesh Database (7) Le système affiche la sélection Envoi de la requête dans Pubmed
  • 58. Mesh Database (8) Exemple : sélection de 2 descripteurs le premier descripteur est déjà sélectionné 1-Saisissez le deuxième descripteur et validez (Go) 2- Sélectionnez le deuxième descripteur 3- Validez le choix
  • 59. Mesh Database (9) Les deux descripteurs sont associés par l’opérateur AND
  • 60. MeSH bilingue de l’INSERM(1) http://ist.inserm.fr/basismesh/meshv08.html
  • 61. MeSH bilingue de l’INSERM(2) *alzheimer* Important : saisir le terme encadré de troncatures * Validez
  • 62. MeSH bilingue de l’INSERM(3) 3 descripteurs pour le concept Alzheimer
  • 63. MeSH : Outils d’autoformation
    • Tutorial de PubMed Database
    • Searching with the MeSH Database :
    • http://www.nlm.nih.gov/bsd/viewlet/mesh/searching/mesh1.html
    • Combining MeSH Terms :
    • http://www.nlm.nih.gov/bsd/viewlet/mesh/combining/mesh2.html
    • Applying Subheadings and other features of the MeSH Database :
    • http://www.nlm.nih.gov/bsd/viewlet/mesh/subheadings/mesh3.html
  • 64. Besoin d’aide ? Un service de référence disponible pour vous
    • A la bibliothèque des Saints-Pères (Bât. Jacob)
    • Chaque après-midi, une équipe de bibliothécaires assurent une permanence pour répondre à vos questions
    • A la bibliothèque universitaire HEGP
  • 65. Le site de référence pour votre documentation :
    • http://www.bu.univ-paris5.fr/
  • 66. Bibliographie/Webographie
    • Haynes RB. Of studies, syntheses, synopses, summaries, and systems: the "5S" evolution of information services for evidence-based healthcare decisions. Evid Based Med 2006;11:162-4. http://ebm.bmj.com/cgi/content/full/11/6/162-a
    • PIER http://pier.acponline.org
    • UpToDate www.uptodate.com
  • 67. Mentions légales
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