Your SlideShare is downloading. ×
Manual usuari SNOB CAT
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×

Thanks for flagging this SlideShare!

Oops! An error has occurred.

×
Saving this for later? Get the SlideShare app to save on your phone or tablet. Read anywhere, anytime – even offline.
Text the download link to your phone
Standard text messaging rates apply

Manual usuari SNOB CAT

424
views

Published on

Manual d'usuari del navegador de SNOMED CT SNOB.

Manual d'usuari del navegador de SNOMED CT SNOB.


0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total Views
424
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
0
Actions
Shares
0
Downloads
7
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

Report content
Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
No notes for slide

Transcript

  • 1. Centre de Competències d’Integració SNOB – SNOmed Browser, manual d’usuari
  • 2. Centre de Competències d’Integració Data Versió Descripció Autor 23/04/2012 1 Esborrany inicial. Albert Graupera 03/05/2012 1.1 Revisió Ariadna Rius 07/05/2012 1.2 Funcionalitats afegides: mapeig, Albert Graupera comentaris 13/07/2012 1.3 Addició enllaços a vídeos. Albert Graupera 23/07/2012 1.4 Revisió i modificacions. Ariadna Rius 2
  • 3. Centre de Competències d’Integració Índex1 Introducció .......................................................................................................................................... 42 Obtenció.............................................................................................................................................. 53 Instal·lació i configuració...................................................................................................................... 64 Parts de la interfície gràfica.................................................................................................................. 85 Funcionalitats .................................................................................................................................... 11 5.1 Navegació jeràrquica per l’estructura ........................................................................................ 11 5.1.1 Navegació.............................................................................................................................. 11 5.1.2 Informació associada dels conceptes ..................................................................................... 12 5.2 Cerca ......................................................................................................................................... 12 5.3 Icones i accessos ràpids ............................................................................................................. 14 5.3.1 Còpia de la finestra ................................................................................................................ 14 5.3.2 Gestionar subconjunts ........................................................................................................... 15 5.3.3 Mapsets................................................................................................................................. 17 5.3.4 Post-coordinació.................................................................................................................... 18 5.3.5 Enviar comentaris .................................................................................................................. 20 5.3.6 Notes ..................................................................................................................................... 21 5.4 Menú......................................................................................................................................... 23 5.4.1 File ........................................................................................................................................ 23 5.4.2 Options.................................................................................................................................. 23 5.4.3 Tools...................................................................................................................................... 25 5.4.4 Help....................................................................................................................................... 25 3
  • 4. Centre de Competències d’Integració 1 IntroduccióAquest manual pretén proporcionar els coneixements bàsics sobre l’eina SNOB per tal de facilitar lesprimeres passes als nous usuaris que la vulguin utilitzar.En aquest document es poden trobar les passes a seguir per obtenir, instal·lar, configurar i utilitzar lesfuncions principals de SNOB. Aquests conceptes es trobaran explicats als apartats següents:  Obtenció: S’hi explica com obtenir SNOB, proporcionant la plana web de descàrrega i les passes per descarregar el fitxer d’instal·lació.  Instal·lació i configuració: Es presenta com instal·lar el navegador i com carregar l’edició espanyola de SNOMED CT, així com altres aspectes de configuració necessaris per utilitzar les funcionalitats de SNOB.  Parts de la interfície gràfica: Consisteix en una relació de les parts principals de la interfície gràfica, per tal que l’usuari es familiaritzi amb la ubicació de cada funcionalitat.  Funcionalitats: S’hi detallen les accions que es poden realitzar amb SNOB, i que estan representades a les parts de la interfície gràfica explicades a la secció anterior.Par d’aquest contingut també es pot trobar en versió vídeo:  Obtenció i instal·lació: http://www.youtube.com/watch?v=XxDYjusCHwM  Mapsets: http://www.youtube.com/watch?v=eFwt7sEXX3g 4
  • 5. Centre de Competències d’Integració 2 ObtencióSNOB es pot descarregar de forma gratuïta a la secció de descàrregues de la plana web oficial: - Pàg. principal: http://snob.eggbird.eu/index.html - Descàrrega: http://snob.eggbird.eu/download.htmlS’iniciarà la descàrrega a la carpeta per defecte o a la indicada (depenent del navegador utilitzat).També serà necessari descarregar la versió de SNOMED CT que posteriorment es vulgui utilitzar a SNOB.Per obtenir-la es pot visitar la web de l’Oficina d’Estàdnards i Interoperabilitat de la Fundació TicSalut, enel cas de Catalunya (versions internacionals INT i ES-ARG i extensió catalana): - http://www.gencat.cat/salut/ticsalut/html/ca/dir3475/index.htmlO la del Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad en l’àmbit espanyol (Versions internacionalsINT i ES-ARG): - http://www.msps.es/profesionales/hcdsns/areaRecursosSem/snomed-ct/areaDescarga.htmEn qualsevol d’ambdues planes es proporcionarà un formulari per sol·licitar la llicència de SNOMED CT 5
  • 6. Centre de Competències d’Integració 3 Instal·lació i configuracióL’eina no requereix d’una instal·lació prèvia, només caldrà descomprimir els fitxers descarregats de SNOB ide SNOMED CT a una carpeta (amb qualsevol ubicació).Una vegada descomprimit, executar l’aplicació mitjançant la icona:La primera vegada que s’executi s’obrirà la pantalla SETUP per tal d’indicar a SNOB quins fitxers SNOMEDha d’utilitzar i on crear la BBDD (Base de Dades). Aquí s’ha de cercar mitjançant “…” la ubicació de lacarpeta que conté els fitxers de conceptes, descripcions i relacions, “SNOMED Tabular Tables”, i onemmagatzemar tota la informació, “Data directory” (es recomana emmagatzemar la BBDD en el mateixdirectori on s’hagi descomprimit l’aplicació, camí marcat per defecte). Finalment marcar la casella de“Database” i fer clic a “Close” per iniciar la càrrega dels fitxers, aquesta operació pot trigar uns minuts. 6
  • 7. Centre de Competències d’IntegracióUn cop finalitzada la importació dels fitxers, es pregunta a l’usuari si vol continuar sense cap fitxer del tipus“stopwords”, fer clic a “Si”. S’inicia el procés de creació d’índexs automàticament (pot trigar uns minuts).Aquest pas habilitarà la realització de cerques pel contingut de SNOMED CT. 7
  • 8. Centre de Competències d’Integració 4 Parts de la interfície gràficaSNOB consta de quatre parts principals que es corresponen amb: 1. El cercador. 2. El navegador del contingut de SNOMED CT. 3. La informació del concepte. 4. Pissarra per col·locar-hi part del navegador SNOMED CT. 1 3 4 2 3 8
  • 9. Centre de Competències d’IntegracióCerca: L’espai destinat a la cerca inclou un camp de text on introduir la o les paraula/es a buscar, o bé unidentificador de concepte (conceptId) o descripció (descriptionId), i un botó per poder realitzar la cercamitjançant filtres “…”.Un cop finalitzada la cerca, a la zona del navegador de SNOMED CT, es mostraran els eixos on s’han trobatcoincidències, així com el nombre d’aquestes.Navegador: Cada concepte de l’edició carregada de SNOMED CT està representat en aquesta part de lainterfície gràfica. La navegació es duu a terme mitjançant el doble clic de ratolí, acció que provoca eldesplegament de la branca seleccionada i la visualització dels fills corresponents. Inicialment es podenobservar els 19 eixos d’alt nivell de SNOMED CT. Si es selecciona, per exemple “procedimientos”s’observarà:Informació del concepte seleccionat: Quan es selecciona un concepte de l’estructura jeràrquica, se’nmostra tota la informació relacionada (descripcions i identificadors). Seguint amb l’exemple, si es téseleccionat “procedimientos”, s’observarà: 9
  • 10. Centre de Competències d’IntegracióPissarra: aquesta part esta destinada per col·locar-hi part de la jerarquia que ens interessi, per podertreballar paral·lelament amb dues jerarquies i poder fer consultes a SNOMED CT més eficients i precises.Tanmateix, també serveix per mostrar tots els conceptes que estan relacionats amb el concepteseleccionat inicialment. Seguint l’exemple del concepte “procedimentos”, cerquem els conceptes quel’utilitzen i els llistem en aquesta zona: 10
  • 11. Centre de Competències d’Integració 5 Funcionalitats5.1 Navegació jeràrquica per l’estructura5.1.1 NavegacióAquesta funcionalitat permet visualitzar el contingut de SNOMED CT, navegant a través de la sevaestructura jeràrquica i representada en forma d’arbre. La relació de subtipus jeràrquics mostratsinicialment i, per tant, de més alt nivell, és la següent:Cadascun d’aquests conceptes es desglossa en d’altres que, a la vegada, es conformen d’altres, i així, fins elmés baix nivell. Quan es fa doble clic a sobre d’un node (concepte) de l’arbre, aquest passa a ser el nodeseleccionat (l’actual) i es mostren els conceptes que el conformen. El concepte seleccionat (l’actual) estàressaltat en color verd, i es mostra tota la seva informació.La navegació de conceptes de més a menys generals o de més alt a més baix nivell es realitza mitjançant eldoble clic de ratolí a sobre del concepte més general. Si es vol realitzar una navegació en sentit contrari,s’haurà de seleccionar el concepte corresponent al nivell superior. Per tornar a la jerarquia inicial, tambées pot realitzar mitjançant el botó “Home” (o F2).Els conceptes marcats de color verd son primitius, els vermells son compostos, blaus atributs, gris inactiusen el subset seleccionat, verd clar afegits recentment al subset, i blau clar eliminats recentment del subsetseleccionat. 11
  • 12. Centre de Competències d’Integració5.1.2 Informació associada dels conceptesQuan es selecciona un concepte a l’estructura jeràrquica es mostra la informació que té associada a duesparts de la interfície gràfica. Si es selecciona “acción”: - A la part dreta es mostra tota la informació relativa al concepte: - A la part inferior esquerra també es mostra informació refent al concepte, com el codi SNOMEDID i el CTV3Id.5.2 CercaPer tal de cercar una paraula dins l’estructura de SNOMED CT només cal introduir-la al camp “Find”. Perguardar una cerca fer clic , i s’afegirà al desplegable. És possible seleccionar el criteri de coincidènciade resultats mitjançant el desplegable:Es poden afegir més filtres i regles amb l’opció : 12
  • 13. Centre de Competències d’IntegracióEls resultats de les cerques es mostren en forma d’estructura jeràrquica de la manera següent: 13
  • 14. Centre de Competències d’Integració5.3 Icones i accessos ràpids A la part superior de la finestra de SNOB, just a sota del menú, es troben unes icones que ofereixen més funcionalitats (per accedir-hi també es pot fer amb la tecla “function” corresponent): - F2 torna a l’inici la jerarquia d’arbre. - F3 focalitza l’estructura jeràrquica en el concepte seleccionat. - F4 i F5 respectivament, retrocedeix o avança els últims passos fets sobre l’arbre jeràrquic. - F6 còpia de la finestra actual oberta. - F7 gestionar subsets. - F8 mapsets. - F9 post-coordinació. - F10 envia un mail amb comentaris sobre el concepte seleccionat. - F11 crear notes pels conceptes locals.5.3.1 Còpia de la finestraAquesta opció permet obrir una nova finestra SNOB amb el mateix contingut per tal de tenir una visióparal·lela del concepte. A part d’això, permet que la nova finestra oberta formi part d’una BBDD diferent al’inicial (per exemple per una versió diferent de SNOMED CT en anglès), i de tal manera que en seleccionarun concepte del SNOB, es seleccionarà automàticament el corresponent concepte del segon SNOB obert. 14
  • 15. Centre de Competències d’Integració5.3.2 Gestionar subconjuntsL’eina permet crear i modificar subconjunts. Per iniciar la creació d’un subset, es farà clic a “New…”, i se’ncompletarà la informació relacionada, acceptant-la amb “Ok”.Un cop creat, podem activar i desactivar el subconjunt fent clic amb el botó dret a sobre seu, de maneraque en podem tenir diferents activats alhora, i afegir un concepte directament a tots ells.Per afegir un concepte, cal tenir almenys un subconjunt actiu (on afegir-l’ho), cercar-lo amb ajuda delcercador o bé per la jerarquia, fer-hi clic amb el botó dret i “afegir-ho als subsets actius”, o per treure’l“eliminar dels subsets actius”. 15
  • 16. Centre de Competències d’IntegracióEls conceptes afegits a un subset actiu apareixeran a la jerarquia de color verd quan activem la opció de lapestanya de subconjunts “Use active subsets in search and browser”, la qual un cop activada, ens deixamostrar únicament els conceptes del subset (actius i eliminats), o bé ens mostra tots els conceptes deSNOMED CT identificant amb gris els no relacionats, verd els relacionats i blau amb una relació eliminada.Aquesta última opció permet treballar únicament amb els conceptes que es trobin en el subset. 16
  • 17. Centre de Competències d’IntegracióSempre que es vulgui es pot exportar el contingut d’un subset a format CSV amb l’estructura estàndard deSNOMED CT:5.3.3 MapsetsSi utilitzem la versió de SNOMED CT internacional (i no l’espanyola), podem importar el fitxer crossmap(des de la opció FileImport) que ens permetrà veure els mapejos de SNOMED CT amb la ICD9.Per exemple si busquem el concepte 229706001, veiem:També ens permet buscar el mapeig a la inversa, és a dir, a partir del codi ICD, veure quins conceptesSNOMED CT té relacionats. Per fer-ho, clicar la icona de “Mapsets” (o F8), i s’obrirà la finestra següent: 17
  • 18. Centre de Competències d’IntegracióEn l’espai en blanc escriure el codi ICD a cercar, clicar “Find”, i ens cercarà tots els conceptes que estiguinmapejats a aquell codi, i els mostrarà a la zona de la finestra de la jerarquia:5.3.4 Post-coordinacióLa post-coordinació serveix per donar un valor real als atributs que tingui relacionat un concepte, i mostrarla sintaxi que el formarà.Per exemple, si seleccionem el concepte “hallazgo por localización”, veiem que té els següents atributs: 18
  • 19. Centre de Competències d’IntegracióAmb ajuda de les fletxes blaves, es mostra un arbre dels possibles valors que pot adquirir aquell atribut.Amb un doble clic sobre el valor, s’assigna. Un cop assignats tots els valors, a la pestanya “Definition”, esmostra la sintaxi que el forma. 19
  • 20. Centre de Competències d’Integració5.3.5 Enviar comentarisL’aplicació permet enviar comentaris d’un concepte en format email. Per fer-ho, cal primer introduir elcorreu on s’enviarà, des de la opció optionssettings, pestanya comment. Senyala la casella de “send anemail to:”, i indicar-hi la direcció de correu on s’enviarà. A la casella “From”, introduïm el nostre nom (dequi l’envia).Un cop completats aquests camps, per enviar el correu, només caldrà tenir seleccionat el concepte hacomentar, i prémer F10 (o la icona “Comment”). 20
  • 21. Centre de Competències d’IntegracióApareixen totes les especificacions que hi ha importades a la BBDD, i el concepte a comentar.5.3.6 NotesL’aplicació permet crear notes personalitzades per cada concepte, i agrupar-les per grups. Alhora de crearuna nota cal, dir al grup que pertany (existent o nou), i el text que en conformarà el cos: 21
  • 22. Centre de Competències d’IntegracióUn cop creades les notes, es poden veure fent clic a sobre “NOTE” del concepte que vulguem consultar, obé, mitjançant F11. Es poden veure totes les notes filtrades pels grups que s’hagin creat. 22
  • 23. Centre de Competències d’Integració5.4 MenúEl menú de la part superior de la interfície gràfica de SNOB ofereix les següents funcionalitats:5.4.1 FilePermet importar i exportar fitxers de SNOMED CT, obrir nous SNOBs basats amb la mateixa o diferentBBDD per tal de treballar amb dues interfícies simultàniament (spawn). També hi ha l’apartat de propietatson es mostren tots els fitxers que s’han importat a la BBDD oberta.5.4.2 Options“Settings” permet modificar aspectes de la interfície, així com definir el namespace, els signes separadorsutilitzats per la creació del índex, entre altres opcions (els colors en què es mostren els conceptes, lainformació que volem veure de cada concepte com FSN, SIN…).Per exemple, per deshabilitar l’opció de veure les descripcions FSN dels conceptes: 23
  • 24. Centre de Competències d’Integració 24
  • 25. Centre de Competències d’IntegracióDes d’aquí, mitjançant l’opció “Filters...” es pot crear o modificar els filtres utilitzats per fer les cerques enel contingut de SNOMED CT. Aquesta opció es correspon botó que es troba a la zona de cerques.Per últim, hi ha “Lexicon...”, aquesta opció serveix per importar, exportar o crear nous diccionaris lexicon.Aquests diccionaris serveixen per ampliar el mètode de cerca utilitzat i per realitzar traduccions de l’índex.5.4.3 Tools“CLaML Importer...” serveix per importar fitxers de classificacions internacionals amb format CLaML,aquest format és distribuït per la OMS. El format CLaML és un XML simplificat.L’opció “Concept Model Checker”, valida el contingut d’un fitxer.“Sanity Checker…” recorre tots els conceptes de la BBDD cercant aquells que tinguin “problemes”, és a dir,que per exemple no tinguin cap relació i per tan, estiguin penjats.L’eina “Lexicon…” permet traduir els mots de l’índex.5.4.4 Help“Instructions…” és necessari tenir Internet, ja que l’ajuda que ofereix l’eina és a partir d’Internet a lapàgina oficial. 25