Conoscere e usare la banca dati PubMed Educafè: 18 aprile 2007- Valeria Baudo, Dip. Bioingegneria

Agenda: Usare PubMed: le funzioni base Salvare e gestire i risultati Usare le funzioni avanzate

Usare PubMed: le funzioni base

Salvare e gestire i risultati

Usare le funzioni avanzate

PubMed:il Google della medicina? 1997: la rivoluzione PubMed 1999: Nasce Google PUBMED : RICERCA MEDICA = GOOGLE : INTERNET Ma PubMed non è Google (e neanche Google Scholar) PubMed è una banca dati e non un motore di ricerca PubMed è costruito sul lavoro umano di selezione delle fonti, Google si basa su spider PubMed si basa su un theasurus , Google non permette neanche lo stemming (troncamenti * ?) In PubMed controllo e dirigo la ricerca, in Google mi affido ciecamente al ranking

1997: la rivoluzione PubMed

1999: Nasce Google

PUBMED : RICERCA MEDICA = GOOGLE : INTERNET

Ma PubMed non è Google (e neanche Google Scholar)

PubMed è una banca dati e non un motore di ricerca

PubMed è costruito sul lavoro umano di selezione delle fonti, Google si basa su spider

PubMed si basa su un theasurus , Google non permette neanche lo stemming (troncamenti * ?)

In PubMed controllo e dirigo la ricerca, in Google mi affido ciecamente al ranking

La usano in tanti

La banca dati http://www.pubmed.gov

PubMed: una banca dati PubMed è una banca dati bibliografica FREE! Comprende circa 16 milioni di citazioni da quasi 5000 riviste dagli anni ’50 a oggi, in più di 30 lingue Ogni giorno vengono aggiunti tra i 1500 e i 3500 record ( >700mila record/anno) È stata sviluppata dalla National Library of Medicine (U.S.A.) Fa parte del più ampio progetto Entrez Discipline: biomediche

PubMed è una banca dati bibliografica FREE!

Comprende circa 16 milioni di citazioni da quasi 5000 riviste dagli anni ’50 a oggi, in più di 30 lingue

Ogni giorno vengono aggiunti tra i 1500 e i 3500 record ( >700mila record/anno)

È stata sviluppata dalla National Library of Medicine (U.S.A.)

Fa parte del più ampio progetto Entrez

Discipline: biomediche

PubMed è: Una banca dati bibliografica (non comprende il full text a meno che non sia free o l’istituzione abbia un abbonamento specifico) Chi inserisce i record? Inviati in maniera automatica dagli editori [PubMed - as supplied by publisher] Inseriti, ma non indicizzati [PubMed - in process] La citazione completata con i MeSH, le correzioni eventuali etc etc [PubMed - indexed for MEDLINE] Il plusvalore di PubMed (e delle banche dati in generale) è dato dal lavoro umano di indicizzazione e normalizzazione

Una banca dati bibliografica (non comprende il full text a meno che non sia free o l’istituzione abbia un abbonamento specifico)

Chi inserisce i record?

Inviati in maniera automatica dagli editori [PubMed - as supplied by publisher]

Inseriti, ma non indicizzati [PubMed - in process]

La citazione completata con i MeSH, le correzioni eventuali etc etc [PubMed - indexed for MEDLINE]

Il plusvalore di PubMed (e delle banche dati in generale) è dato dal lavoro umano di indicizzazione e normalizzazione

Indicizzare vuol dire: Fare lo spoglio della rivista (cioè segnalare i contributi presenti) Di ogni articolo estrarre i dati principali che riguardano L’autore e la fonte: titolo della rivista (cartacea o elettronica) , volume, fascicolo, anno, data di pubblicazione, ISSN etc Sono dati che ci servono ad esempio per richiedere un articolo non disponibile presso il Politecnico (document delivery) Il contenuto: keywords, abstract, MeSH. È la parte più importante quando facciamo una ricerca per argomento, come quella per la tesi È un processo umano, che richiede tempo e fatica, ma offre un grande valore aggiunto in termini di pertinenza della ricerca

Fare lo spoglio della rivista (cioè segnalare i contributi presenti)

Di ogni articolo estrarre i dati principali che riguardano

L’autore e la fonte: titolo della rivista (cartacea o elettronica) , volume, fascicolo, anno, data di pubblicazione, ISSN etc Sono dati che ci servono ad esempio per richiedere un articolo non disponibile presso il Politecnico (document delivery)

Il contenuto: keywords, abstract, MeSH.

È la parte più importante quando facciamo una ricerca per argomento, come quella per la tesi

È un processo umano, che richiede tempo e fatica, ma offre un grande valore aggiunto in termini di pertinenza della ricerca

Una ricerca alla Google (si può fare di meglio) IL VIAGRA FA MALE AL CUORE? Search PubMed >for viagra heart

IL VIAGRA FA MALE AL CUORE?

Search PubMed >for viagra heart

Raffinare i risultati della ricerca

Il thesaurus Le banche dati (quasi tutte) sono costruite sulla base di un dizionario controllato (termine generico= theasurus). In PubMed si chiama MeSH (Medical Subject Headings) Qual è il vantaggio di partire da un thesaurus? I termini vengono normalizzati (si usa sempre una sola parola) I sinonimi Gli acronimi (ex: PET use Positron-Emission Tomography) Le varianti di lingua Il nome commercial (ex: Viagra use sildenafil [Substance Name]) Quando non posso usare i MeSH: Argomento molto specifico o molto recente (ex: gait analysis) Se il record è nello status [PubMed - as supplied by publisher] o [PubMed - in process]

Le banche dati (quasi tutte) sono costruite sulla base di un dizionario controllato (termine generico= theasurus).

In PubMed si chiama MeSH (Medical Subject Headings)

Qual è il vantaggio di partire da un thesaurus? I termini vengono normalizzati (si usa sempre una sola parola)

I sinonimi

Gli acronimi (ex: PET use Positron-Emission Tomography)

Le varianti di lingua

Il nome commercial (ex: Viagra use sildenafil [Substance Name])

Quando non posso usare i MeSH:

Argomento molto specifico o molto recente (ex: gait analysis)

Se il record è nello status [PubMed - as supplied by publisher] o [PubMed - in process]

I MeSH

Ho recuperato tutti i record presenti? Mancano i record: [PubMed - as supplied by publisher] [PubMed - in process] Che fare? Keywords, troncamenti, sinonimi e acronimi

Mancano i record:

[PubMed - as supplied by publisher]

[PubMed - in process]

Che fare?

Keywords, troncamenti, sinonimi e acronimi

Traducendo e semplificando: VIAGRA Viagra OR sildenafil HEART Heart* OR Cardiac System* OR Cardiovascular system AND VIAGRA HEART

VIAGRA

Viagra

OR

sildenafil

HEART

Heart*

OR

Cardiac System*

OR

Cardiovascular system

Entry terms e See also:

Un aiuto: gli entry terms HEART: Entry Terms: Hearts See Also: Angiocardiography Anti - Arrhythmia Agents Ballistocardiography Cardiotonic Agents Electrocardiography Myocardium Cardiovascular System Entry Terms: Cardiovascular Systems System, Cardiovascular Systems, Cardiovascular See Also: Blood Circulation SILDENAFIL [SUBSTANCE NAME]: Entry Terms: acetildenafil desmethyl sildenafil desmethylsildenafil homosildenafil hydroxyhomosildenafil Revatio Pfizer brand 2 of sildenafil citrate sildenafil citrate 1-((3-(6,7-dihydro-1-methyl-7-oxo-3-propyl-1H-pyrazolo(4,3-d)pyrimidin-5-yl)-4-ethoxyphenyl)sulfonyl)-4-methylpiperazine citrate UK 92480-10 UK-92,480-10 Viagra Abbott brand of sildenafil citrate Pfizer brand 1 of sildenafil citrate

HEART:

Entry Terms:

Hearts

See Also:

Angiocardiography

Anti - Arrhythmia Agents

Ballistocardiography

Cardiotonic Agents

Electrocardiography

Myocardium

Cardiovascular System

Entry Terms:

Cardiovascular Systems

System, Cardiovascular

Systems, Cardiovascular

See Also:

Blood Circulation

SILDENAFIL [SUBSTANCE NAME]:

Entry Terms:

acetildenafil

desmethyl sildenafil

desmethylsildenafil

homosildenafil

hydroxyhomosildenafil

Revatio

Pfizer brand 2 of sildenafil citrate

sildenafil citrate

1-((3-(6,7-dihydro-1-methyl-7-oxo-3-propyl-1H-pyrazolo(4,3-d)pyrimidin-5-yl)-4-ethoxyphenyl)sulfonyl)-4-methylpiperazine citrate

UK 92480-10

UK-92,480-10

Viagra

Abbott brand of sildenafil citrate

Pfizer brand 1 of sildenafil citrate

Costruire la strategia di ricerca: Before you can search for any information, you should first develop a search strategy. What is a Search Strategy? A search strategy is a plan that helps you look for the information you need. Search Strategy Tips * Identify the key concepts. * Determine alternative terms for these concepts, if needed. * Refine your search to dates, study groups, etc., as appropriate. * Practice helps. Strategies and styles will differ according to personal choice and professional discipline. Source: PubMed tutorial http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m2016.html

Before you can search for any information, you should first develop a search strategy.

What is a Search Strategy?

A search strategy is a plan that helps you look for the information you need.

Search Strategy Tips

* Identify the key concepts.

* Determine alternative terms for these concepts, if needed.

* Refine your search to dates, study groups, etc., as appropriate.

* Practice helps. Strategies and styles will differ according to personal choice and professional discipline.

Source: PubMed tutorial

http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m2016.html

I risultati della ricerca : la lettura

Il singolo risultato (Abstract Plus) Da sapere: SFX in PubMed da pagina SBA Epub significa in press Forma contratta titolo rivista: Journaldatabase Un titolo tra quadre indica un articolo in lingua non inglese Ex: [Retroperitoneal Castleman's disease. A report of two cases and analysis of the literature]

Da sapere:

SFX in PubMed da pagina SBA

Epub significa in press

Forma contratta titolo rivista: Journaldatabase

Un titolo tra quadre indica un articolo in lingua non inglese

Ex: [Retroperitoneal Castleman's disease. A report of two cases and analysis of the literature]

SFX in PubMed

Cosa posso fare coi risultati: Salvare la strategia di ricerca Richiede un account personale in MyNCBI (free!)

Salvare la strategia di ricerca

Richiede un account personale in MyNCBI (free!)

2) Salvare i singoli record Posso creare un file di testo (txt) Posso creare un file da salvare sul pc (txt) Posso stampare Inviare per mail Aggiungerli a una clipboard temporanea Order (document delivery commerciale)

Posso creare un file di testo (txt)

Posso creare un file da salvare sul pc (txt)

Posso stampare

Inviare per mail

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Importarli in Refworks: Refworks è un gestore di bibliografie che permette la creazione della bibliografia in maniera automatica Bisogna esportare i risultati che si vogliono inserire in bibliografia da PubMed a Refworks Per fare questo bisogna codificare il testo di modo che i due sistemi riescano a scambiarsi le informazioni Per fare questo bisogna scegliere il formato Display>MEDLINE Send to >File Salvare il file e importarlo in Refworks scegliendo: Import Filter/Data Source: NLM PubMed Database: PubMed Import Data from the following Text File: scegliere il file .txt precedentemente salvato Sembra complesso ma è facile, bisogna solo prenderci la mano! Se dimentichi qualche passaggio: http://bioingegneria.wordpress.com/2006/07/18/guida-allesportazione-in-refworks-da-pubmed /

Refworks è un gestore di bibliografie che permette la creazione della bibliografia in maniera automatica

Bisogna esportare i risultati che si vogliono inserire in bibliografia da PubMed a Refworks

Per fare questo bisogna codificare il testo di modo che i due sistemi riescano a scambiarsi le informazioni

Per fare questo bisogna scegliere il formato Display>MEDLINE

Send to >File

Salvare il file e importarlo in Refworks scegliendo: Import Filter/Data Source: NLM PubMed Database: PubMed Import Data from the following Text File: scegliere il file .txt precedentemente salvato

Sembra complesso ma è facile, bisogna solo prenderci la mano!

Se dimentichi qualche passaggio:

http://bioingegneria.wordpress.com/2006/07/18/guida-allesportazione-in-refworks-da-pubmed /

1) Display>Medline

2) Send to> File Salvare il file .txt sul disco

Salvare il file .txt sul disco

3) Refworks > Import References > Import Import Filter > NLM PubMed Import data from the following text file > Sfoglia > nostrofile.txt

References > Import

Import Filter > NLM PubMed

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Servono per l’alerting e manetenersi aggiornati su un argomento di ricerca (piuttosto generico)

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Il portale della NLM: http://www.nlm.nih.gov/

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