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Conoscere e usare la banca dati PubMed

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Corso per l'educafè Politecnico di Milano, 18 aprile 2007 (poi annullato) …

Corso per l'educafè Politecnico di Milano, 18 aprile 2007 (poi annullato)
Si consiglia di scaricare in locale le slides perchè ricche di animazioni funzionali al discorso

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  • 1. Conoscere e usare la banca dati PubMed Educafè: 18 aprile 2007- Valeria Baudo, Dip. Bioingegneria
  • 2. Agenda:
    • Usare PubMed: le funzioni base
    • Salvare e gestire i risultati
    • Usare le funzioni avanzate
  • 3. PubMed:il Google della medicina?
    • 1997: la rivoluzione PubMed
    • 1999: Nasce Google
    • PUBMED : RICERCA MEDICA = GOOGLE : INTERNET
    • Ma PubMed non è Google (e neanche Google Scholar)
    • PubMed è una banca dati e non un motore di ricerca
    • PubMed è costruito sul lavoro umano di selezione delle fonti, Google si basa su spider
    • PubMed si basa su un theasurus , Google non permette neanche lo stemming (troncamenti * ?)
    • In PubMed controllo e dirigo la ricerca, in Google mi affido ciecamente al ranking
  • 4. La usano in tanti
  • 5. La banca dati http://www.pubmed.gov
  • 6. PubMed: una banca dati
    • PubMed è una banca dati bibliografica FREE!
    • Comprende circa 16 milioni di citazioni da quasi 5000 riviste dagli anni ’50 a oggi, in più di 30 lingue
    • Ogni giorno vengono aggiunti tra i 1500 e i 3500 record ( >700mila record/anno)
    • È stata sviluppata dalla National Library of Medicine (U.S.A.)
    • Fa parte del più ampio progetto Entrez
    • Discipline: biomediche
  • 7. PubMed è:
    • Una banca dati bibliografica (non comprende il full text a meno che non sia free o l’istituzione abbia un abbonamento specifico)
    • Chi inserisce i record?
    • Inviati in maniera automatica dagli editori [PubMed - as supplied by publisher]
    • Inseriti, ma non indicizzati [PubMed - in process]
    • La citazione completata con i MeSH, le correzioni eventuali etc etc [PubMed - indexed for MEDLINE]
    • Il plusvalore di PubMed (e delle banche dati in generale) è dato dal lavoro umano di indicizzazione e normalizzazione
  • 8. Indicizzare vuol dire:
    • Fare lo spoglio della rivista (cioè segnalare i contributi presenti)
    • Di ogni articolo estrarre i dati principali che riguardano
    • L’autore e la fonte: titolo della rivista (cartacea o elettronica) , volume, fascicolo, anno, data di pubblicazione, ISSN etc Sono dati che ci servono ad esempio per richiedere un articolo non disponibile presso il Politecnico (document delivery)
    • Il contenuto: keywords, abstract, MeSH.
    • È la parte più importante quando facciamo una ricerca per argomento, come quella per la tesi
    • È un processo umano, che richiede tempo e fatica, ma offre un grande valore aggiunto in termini di pertinenza della ricerca
  • 9. Una ricerca alla Google (si può fare di meglio)
    • IL VIAGRA FA MALE AL CUORE?
    • Search PubMed >for viagra heart
  • 10. Raffinare i risultati della ricerca
  • 11. Il thesaurus
    • Le banche dati (quasi tutte) sono costruite sulla base di un dizionario controllato (termine generico= theasurus).
    • In PubMed si chiama MeSH (Medical Subject Headings)
    • Qual è il vantaggio di partire da un thesaurus? I termini vengono normalizzati (si usa sempre una sola parola)
    • I sinonimi
    • Gli acronimi (ex: PET use Positron-Emission Tomography)
    • Le varianti di lingua
    • Il nome commercial (ex: Viagra use sildenafil [Substance Name])
    • Quando non posso usare i MeSH:
    • Argomento molto specifico o molto recente (ex: gait analysis)
    • Se il record è nello status [PubMed - as supplied by publisher] o [PubMed - in process]
  • 12. I MeSH
  • 13. Ho recuperato tutti i record presenti?
    • Mancano i record:
    • [PubMed - as supplied by publisher]
    • [PubMed - in process]
    • Che fare?
    • Keywords, troncamenti, sinonimi e acronimi
  • 14. Traducendo e semplificando:
    • VIAGRA
    • Viagra
    • OR
    • sildenafil
    • HEART
    • Heart*
    • OR
    • Cardiac System*
    • OR
    • Cardiovascular system
    AND VIAGRA HEART
  • 15. Entry terms e See also:
  • 16. Un aiuto: gli entry terms
    • HEART:
    • Entry Terms:
    • Hearts
    • See Also:
    • Angiocardiography
    • Anti - Arrhythmia Agents
    • Ballistocardiography
    • Cardiotonic Agents
    • Electrocardiography
    • Myocardium
    • Cardiovascular System
    • Entry Terms:
    • Cardiovascular Systems
    • System, Cardiovascular
    • Systems, Cardiovascular
    • See Also:
    • Blood Circulation
    • SILDENAFIL [SUBSTANCE NAME]:
    • Entry Terms:
    • acetildenafil
    • desmethyl sildenafil
    • desmethylsildenafil
    • homosildenafil
    • hydroxyhomosildenafil
    • Revatio
    • Pfizer brand 2 of sildenafil citrate
    • sildenafil citrate
    • 1-((3-(6,7-dihydro-1-methyl-7-oxo-3-propyl-1H-pyrazolo(4,3-d)pyrimidin-5-yl)-4-ethoxyphenyl)sulfonyl)-4-methylpiperazine citrate
    • UK 92480-10
    • UK-92,480-10
    • Viagra
    • Abbott brand of sildenafil citrate
    • Pfizer brand 1 of sildenafil citrate
  • 17. Costruire la strategia di ricerca:
    • Before you can search for any information, you should first develop a search strategy.
    • What is a Search Strategy?
    • A search strategy is a plan that helps you look for the information you need.
    • Search Strategy Tips
    • * Identify the key concepts.
    • * Determine alternative terms for these concepts, if needed.
    • * Refine your search to dates, study groups, etc., as appropriate.
    • * Practice helps. Strategies and styles will differ according to personal choice and professional discipline.
    • Source: PubMed tutorial
    • http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m2016.html
  • 18. I risultati della ricerca : la lettura
  • 19. Il singolo risultato (Abstract Plus)
    • Da sapere:
    • SFX in PubMed da pagina SBA
    • Epub significa in press
    • Forma contratta titolo rivista: Journaldatabase
    • Un titolo tra quadre indica un articolo in lingua non inglese
    • Ex: [Retroperitoneal Castleman's disease. A report of two cases and analysis of the literature]
  • 20. SFX in PubMed
  • 21. Cosa posso fare coi risultati:
    • Salvare la strategia di ricerca
    • Richiede un account personale in MyNCBI (free!)
  • 22. 2) Salvare i singoli record
    • Posso creare un file di testo (txt)
    • Posso creare un file da salvare sul pc (txt)
    • Posso stampare
    • Inviare per mail
    • Aggiungerli a una clipboard temporanea
    • Order (document delivery commerciale)
  • 23. Importarli in Refworks:
    • Refworks è un gestore di bibliografie che permette la creazione della bibliografia in maniera automatica
    • Bisogna esportare i risultati che si vogliono inserire in bibliografia da PubMed a Refworks
    • Per fare questo bisogna codificare il testo di modo che i due sistemi riescano a scambiarsi le informazioni
    • Per fare questo bisogna scegliere il formato Display>MEDLINE
    • Send to >File
    • Salvare il file e importarlo in Refworks scegliendo: Import Filter/Data Source: NLM PubMed Database: PubMed Import Data from the following Text File: scegliere il file .txt precedentemente salvato
    • Sembra complesso ma è facile, bisogna solo prenderci la mano!
    • Se dimentichi qualche passaggio:
    • http://bioingegneria.wordpress.com/2006/07/18/guida-allesportazione-in-refworks-da-pubmed /
  • 24. 1) Display>Medline
  • 25. 2) Send to> File
    • Salvare il file .txt sul disco
  • 26. 3) Refworks > Import
    • References > Import
    • Import Filter > NLM PubMed
    • Import data from the following text file > Sfoglia > nostrofile.txt
  • 27. I Feed RSS
    • RSS “Really Simple Syndication” o “Rich Site Summary”
    • Servono per l’alerting e manetenersi aggiornati su un argomento di ricerca (piuttosto generico)
    • Sono meno invasivi della mail (NO SPAM!)
    • Per usarli serve un lettore: feed reader il locale o aggregatore sul Web
    • Refworks integra la funzionalità di lettore di Feed RSS
    • Come si riconoscono:
  • 28. I feed RSS in PubMed
    • Search > Send to > RSS FEED
  • 29. Create feed
  • 30. Feed creato
    • Tasto dx mouse > copia indirizzo
  • 31. Leggere i Feed in Refworks
  • 32. Altre funzionalità: il Journal Database
    • Trasforma il titolo abbreviato della rivista in formato esteso
    • Utile per cercare nell’ OPAC (alternativa: stemming con ?)
  • 33. Il Single Citation Matcher
    • Localizza un articolo di cui ricordo solo alcuni dati (ex: Autore e anno)
  • 34. Entrez comprende:
  • 35. E anche:
  • 36. Il portale della NLM: http://www.nlm.nih.gov/
  • 37. Domande? Dubbi? [email_address] biblio . polimi . it http://bioingegneria.wordpress.com/

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