Gestion des références bibliographiques

Gestion des références bibliographiques
Isabelle de Kaenel & Pablo Iriarte, BiUM/CDSP – CHUV
Mars 2010

Plan de l’atelier
Présentation des principales fonctions
des logiciels de gestion bibliographique
des outils connexes
Applications et exercices avec EndNote
les spécificités EndNote
Reference Manager vs. EndNote
Panorama des nouveaux logiciels de gestion de références
caractéristiques des nouveaux logiciels
diffusion et partage des références
Conclusion
Métadonnées vs. Texte intégral (ou Bibliothèques vs. Editeurs?)
Les identificateurs

Introduction
Imaginons, un chercheur se présente…
avec une liste bibliographique en format Word
avec une liste de références imprimée depuis PubMed
avec une clé USB contenant plusieurs fichiers PDF
…Et vous demande conseil pour
constituer, gérer, modifier un corpus de références
élaborer une bibliographie
réutiliser ces références pour différents travaux
organiser ses fichiers PDF
partager ses références avec des collègues à distance
rendre la base accessible sur le web

Travailler depuis un document Word
Examiner le document Word
Liste bibliographique simple = il faut récupérer les métadonnées
Exemples :
bibliographie d’un document SERVAL : BIB_10313CEAA18D
Cette liste :
Gilbert, M. T. P. et al. Paleo-eskimo mtDNAgenomerevealsmatrilinealdiscontinuity in Greenland. Science 320, 1787–1789 (2008)
Pääbo, S. Ancient DNA: extraction, characterization, molecularcloning, and enzymatic amplification. Proc. Natl Acad. Sci. USA 86, 1939–1943 (1989)
Brotherton, P. et al. Novelhigh-resolutioncharacterization of ancient DNA reveals C > U-type base modification events as the sole cause of post mortem miscodinglesions. NucleicAcidsRes. 35, 5717–5728 (2007)
Fogg, M. J. et al. Structural basis for uracil recognition by archaealfamily b DNA polymerases. Nature Struct. Biol. 9, 922–927 (2002)
Willerslev, E. & Cooper, A. Ancient DNA. Proc. Biol. Sci. 272, 3–16 (2005)
Handt, O. et al. The retrieval of ancienthuman DNA sequences. Am. J. Hum. Genet. 59, 368–376 (1996)
Skaletsky, H. et al. The male-specificregion of the human Y chromosome is a mosaic of discretesequence classes. Nature 423, 825–837 (2003)
Outil de CrossRef (taux de réussite élevé, DOI, PMID et PMCID) : http://www.crossref.org/SimpleTextQuery/
Outil de HubMed (moins fiable) : http://www.hubmed.org/citation.cgi
Liste bibliographique générée dynamiquement par un logiciel
Reconstituer la « travelling library »
ex. Evidence for acupuncture relevant to primary care

Utilisation de Endnote
Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique :
« Grilles modèles »
pour décrire un document
En utilisant des zones différenciées = champs
Modules de récupération de références et des pdfs depuis des bases de données
fichiers de connexion, filtres d’import
fonction glisser/déposer (fichier en format ris, fichier en format pdf)
Gestion interne de la base
Recherche dans la base de références, tri, modification, collections
Gestion des pdfs :
recherche des pdfs à partir des métadonnées
mais pas extraction automatique des métadonnées à partir du pdf
Modèles d’édition des publications et de diffusion sur le web
conformes aux normes de publication : les styles
publication et partage sur le web

Evolution des styles
Bibliographies, citations, références… le besoin de se référer à une source externe est aussi vieux que l’écriture. Les bibliographies sont apparues en même temps que les premiers catalogues… sur des tablettes d’argile!
Les citations sont apparues avec les premières revues : Journal des Scavantset Philosophical Transactions. Première citation (non autocitation) : 1666
dans : An Accompt of the Use of the Grain of Kermes for Coloration Philosophical Transactions, Vol. 1, 1666, p. 362-63

Les normes :
Normes ISO 690, ISO 690-2 (1997), ISO 690:2010
norme AFNOR NF Z 44-005 et AFNOR Z 44-005-2 de 1987 et 1998
Styles liés aux associations professionnelles
MLA (Modern Language Association of America)
APA (American Psychological Association)
Pratiques mises en œuvre par les universités (Chicago Style)
Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues
Panorama fait par Véronique Pierre
http://revues.refer.org/redaction_scientifique/fiche_bibliographie.pdf
aussi sur Scrib : http://www.scribd.com/doc/25441304/Fiche-Bibliographie
De plus en plus de styles demandent un identificateur
Soit le DOI
ex. http://my.unil.ch/serval/document/BIB_9A47A2222AF1.pdf
Soit le PMID
ex. Annals of internalmedicine

EndNote / Reference Manager : 2900 styles mais toujours les mêmes éléments textuels avec identificateurs (ISBN, DOI, PMCID, URL)
Des nouveaux formats « augmentés » arrivent
Avec des liens actifs pour l’édition électronique : format HTML ou « PDF plus »
Avec des informations cachées ou codées : type de citation, liens rétroactifs…

Reference Manager vs. EndNote
A vos tests!
Tableau comparatif : http://wiki.bium.ch/doku.php?id=aides:comparatif_rm_en

Panorama des nouveaux logiciels
Open source / propriétaires
Payants / gratuits
En ligne / sur le disque dur
Intégrés avec le navigateur / avec le traitement de texte
Orientés gestion locale / orientés partage
Limités à la gestion des références / ouverts à la gestion des fichiers associés
Spécialisés sur l’importation directe / indirecte depuis les bases de données
Supportant un nombre de formats limités / illimités pour l’import et la mise en page

Comparatifs : logiciels
ECLORE : http://eclore.veille.inist.fr

Comparatifs : formats
Microformats : http://microformats.org/wiki/citation-formats

Nouveaux acteurs : Zotero et Mendeley
Zotero : http://www.zotero.org/

Zotero : http://www.zotero.org/
Extension FireFox
Importation des références
Archivage des pages
Synchronisation entre postes
Attachement de fichiers
Import/export RIS
Plugin Word
Grand choix de styles
Open Source
Evolue très bien

Mendeley : http://www.mendeley.com/

Mendeley : http://www.mendeley.com/
Logiciel indépendant
Importation des références par bookmarklet
Extraction des métadonnées du PDF et des références
Attachement de fichiers
Synchronisation entre postes y compris des fichiers attaché
Import/export RIS
Plugin Word
Petit choix de styles
Logiciel propiétaire
Statistiques des tendances de rechercher

Nouveaux acteurs : Word, OpenOffice
Spécification : http://www.schemacentral.com/sc/ooxml/s-shared-bibliography.xsd.html

Diffusion et partage des références
Outils de diffusion sur le web :
RefBase : http://www.refbase.net/
EndNote Web : http://www.endnoteweb.com
Wikindx : http://retourexpcafel.metawiki.com/Wikindex
Outils web de partage des références et de catalogage social
Connotea : http://www.connotea.org/
CiteUlike : http://www.citeulike.org/
2Collab : http://www.2collab.com/
Babelio : http://www.babelio.com/
Library Thing : http://www.librarything.fr/
Libfly : http://www.libfly.com/

Métadonnées vs. Texte intégral
Formats pour tous les goûts et besoins :
MARC, MARCXML, FRBR, RDA
Dublin Core, ONIX, PRISM
RIS, BibTex
PubMedXML, Web of Science XML…

Texte intégral + Métadonnées!
Cohabitation depuis longtemps dans les fichiers image, audio et vidéo (EXIF, ID3, etc.)
Généralisation aux PDF et e-books : XMP, Epub

Les identificateurs
Les classiques :
ISBN : 10 / 13 (EAN)
La famille des revues :
ISSN : p-ISSN, e-ISSN, l-ISSNs,
Gerés par une instance garante :
DOI, URN
Permaliens : PURL
Databasecentric : ASIN, PMID, UT, REROID, SAPHIRID
Auteurs : Researcher-ID, Open-ID
Identificateurs vs. liens, les identificateurs comme ciment du web sémantique

Citations -> liens -> Web semantique
Ontologies : http://bibliontology.com/

http://www.bium.ch	76
http://www.slideshare.net	28
http://blog.bium.ch	3

Gestion des références bibliographiques

by bibbh08

Accessibility

Categories

Upload Details

Usage Rights

3 Embeds 107

Statistics

Gestion des références bibliographiques Presentation Transcript