Understanding the Genetic Landscape of Puccinia graminis f.sp. tritici From a Global to a Country Perspective
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×
 

Understanding the Genetic Landscape of Puccinia graminis f.sp. tritici From a Global to a Country Perspective

on

  • 323 views

Les Szabo, Botma Visser

Les Szabo, Botma Visser

Statistics

Views

Total Views
323
Views on SlideShare
323
Embed Views
0

Actions

Likes
0
Downloads
10
Comments
0

0 Embeds 0

No embeds

Accessibility

Upload Details

Uploaded via as Adobe PDF

Usage Rights

© All Rights Reserved

Report content

Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
  • Full Name Full Name Comment goes here.
    Are you sure you want to
    Your message goes here
    Processing…
Post Comment
Edit your comment

Understanding the Genetic Landscape of Puccinia graminis f.sp. tritici From a Global to a Country Perspective Understanding the Genetic Landscape of Puccinia graminis f.sp. tritici From a Global to a Country Perspective Presentation Transcript

  • ì  Understanding  the  genetic  landscape  of  Puccinia  graminis     f.  sp.  tritici  from  a  global  to  a  country  perspective   Les  J.  Szabo   USDA  ARS     Cereal  Disease  Laboratory   St.  Paul,  Minnesota,  USA   Botma  Visser   Department  Plant  Sciences   University  of  Free  State   Bloemfontein  9300,  South  Africa   Co-­‐Authors:   ChrisIna  Cuomo  &     S.  Sakthikumar   Broad  InsItute     MIT  and  Harvard   Cambridge,  MA    USA   Jerry  L.  Johnson   USDA  ARS     Cereal  Disease  Laboratory   St.  Paul,  Minnesota,  USA   Robert  F.  Park   ACRCP,  Plant  Breeding  InsItute   University  of  Sydney   Eveleigh  New  South  Wales,  Australia  
  • Pgt  genotyping  project   ì  ObjecIves:   ì  Characterize  the  global  geneIc  landscape.   ì  Develop  molecular  diagnosIc  tools.   ì  Track  regional  and  global  movement.   ì  Elucidate  evoluIon  of  Pgt.    
  • Pgt  genotyping  project:  Partners   Robert Park Univ. of Syndey USDA ARS CDL Zak Pretorius & Botma Visser Univ. of Free State Tom Fetch Agriculture & Agi - Food Sarah Hambleton Agriculture & Agi - Food Silvia German Y. Anikster & H. Sela Tel. Aviv University Alexey Morgounov CIMMYT Funding:  DRRW  phase  II,  USDA  
  • Pgt  genotyping  project:  Methods   ì  Genome-­‐wide  genotyping   ì  Re-­‐sequencing   ì  Illumina  paired-­‐end  reads  (101  bases,  20-­‐30X)   ì  70  isolates  analyzed   ì  ~  1  million  SNPs   ì  Pgt  SNP  Chip   ì  1,536  SNP  loci   ì  153  isolates  analyzed   ì  SNP  Panel   ì  Ug99  Race  Group  (Ug99  RG)   ì  25  SNP  Loci    
  • DistribuIon  of  Pgt  isolates  genotyped   1 to 5 6 to 10 Number of isolates 11-20 >20 Total  number  =  189  Pgt  isolates  
  • Pgt  genetic  landscape     ì  Genome-­‐wide  genotyping   ì  Re-­‐sequencing   ì  Pgt  SNP  Chip   ì  Combined  data  sets.   ì  1,156  SNP  loci   ì  Principle  coordinate  analysis    
  • Africa   Asia   Australia   Europe   North  America   South  America   Coordinate  3   83ETH6_1   ETH2010_01a  (TRTTF)   83KEN_7a   Ug99  RG   96ZIM2a   84KEN8c   86MAR185c   2009KEN06b  (RTRJP)   87KEN_3016_4   85MAR_42_2   84ETH_19_A   87KEN_11_4   80MAR_33_B   09ETH_8_3  (JRCQC)   AFRICA  
  • Africa   Asia   Australia   Europe   North  America   South  America   Ug99  RG   96ZIM2a   84KEN8c   86MAR185c   09KEN06b  (RTRJP)   60IRN_10_b   83ETH6_1   87KEN_3016_4   85MAR_42_2   84ETH_19_A   87KEN_11_4   80MAR_33_B   09ETH_8_3  (JRCQC)   ETH2010_01a  (TRTTF)   86PAK_1030_a  (RRRT)   06YEM34_1  (TRTTF)   ISR_2083_1  (TRRTF)   83KEN_7a   ISR_2147  (TTTTC)   ISR_2117  (TTJTC)     12TUR_6_c_1   12TUR_3_A_1   12TUR_6_B-­‐2   Coordinate  3   AFRICA   ASIA      
  • Africa   Asia   Australia   Europe   North  America   South  America   AFRICA   ASIA     AUSTRALIA   Ug99  RG   87KEN_3016_4   85MAR_42_2   84ETH_19_A   87KEN_11_4   80MAR_33_B   09ETH_8_3  (JRCQC)   96ZIM2a   84KEN8c   86MAR185c   09KEN06b  (RTRJP)   60IRN_10_b   ISR_2147  (TTTTC)   ISR_2117  (TTJTC)     12TUR_6_c_1   83ETH6_1   ETH2010_01a  (TRTTF)   86PAK_1030_a  (RRRT)   06YEM34_1  (TRTTF)   ISR_2083_1  (TRRTF)   12TUR_3_A_1   12TUR_6_B-­‐2   AUS_126_6711   83KEN_7a   AUS_194_12356   AUS_326_12356   AUS_21_0   Coordinate  3  
  • Africa   Asia   Australia   Europe   North  America   South  America   AFRICA   ASIA     AUSTRALIA   EUROPE   87KEN_3016_4   85MAR_42_2   84ETH_19_A   87KEN_11_4   80MAR_33_B   09ETH_8_3  (JRCQC)   84CSK_764_3  (GHBS)   96ZIM2a   84KEN8c   86MAR185c   09KEN06b  (RTRJP)   60IRN_10_b   AUS_126_6711   ISR_2147  (TTTTC)   ISR_2117  (TTJTC)     12TUR_6_c_1   83ETH6_1   12TUR_3_A_1   12TUR_6_B-­‐2   Ug99  RG   ETH2010_01a  (TRTTF)   86PAK_1030_a  (RRRT)   06YEM34_1  (TRTTF)   ISR_2083_1  (TRRTF)   INRA98_PGT0001   Coordinate  3   83KEN_7a   AUS_194_12356   AUS_326_12356   AUS_21_0   84CSK_75_9_C  
  • Africa   Asia   Australia   Europe   North  America   South  America   AFRICA   ASIA     AUSTRALIA   EUROPE   NA   Coordinate  3   87KEN_3016_4   85MAR_42_2   84ETH_19_A   87KEN_11_4   80MAR_33_B   09ETH_8_3  (JRCQC)   84CSK_764_3  (GHBS)   96ZIM2a   84KEN8c   86MAR185c   09KEN06b  (RTRJP)   60IRN_10_b   Ug99  RG   ISR_2147  (TTTTC)   ISR_2117  (TTJTC)     12TUR_6_c_1   AUS_126_6711   83ETH6_1   ETH2010_01a  (TRTTF)   86PAK_1030_a  (RRRT)   06YEM34_1  (TRTTF)   ISR_2083_1  (TRRTF)   INRA98_PGT0001   12TUR_3_A_1   12TUR_6_B-­‐2   83KEN_7a   AUS_194_12356   AUS_326_12356   AUS_21_0   84CSK_75_9_C   01TX27_C  (TTTT)   01MN84A  (TTTT)   08WA130_1   74MN70_5C  (TCLK)   76MN1391  (TMLK)   56IN1970_2C  (RKRQ)   80MN518_3  (RKRQ)   91IA154_1  (QCCJ)   72MEX1370_C  (QFCQ)   59KS19  (MCCF)   75WA973B  (MCCD)  
  • Africa   Asia   Australia   Europe   North  America   South  America   AFRICA   ASIA     AUSTRALIA   EUROPE   NA   SA   Coordinate  3   87KEN_3016_4   85MAR_42_2   84ETH_19_A   87KEN_11_4   80MAR_33_B   09ETH_8_3  (JRCQC)   84CSK_764_3  (GHBS)   96ZIM2a   84KEN8c   86MAR185c   09KEN06b  (RTRJP)   60IRN_10_b   Ug99  RG   ISR_2147  (TTTTC)   ISR_2117  (TTJTC)     12TUR_6_c_1   AUS_126_6711   83ETH6_1   ETH2010_01a  (TRTTF)   86PAK_1030_a  (RRRT)   06YEM34_1  (TRTTF)   ISR_2083_1  (TRRTF)   INRA98_PGT0001   12TUR_3_A_1   12TUR_6_B-­‐2   83KEN_7a   AUS_194_12356   AUS_326_12356   AUS_21_0   84CSK_75_9_C   59KS19  (MCCF)   75WA973B  (MCCD)   91IA154_1  (QCCJ)   72MEX1370_C  (QFCQ)   74MN70_5C  (TCLK)   76MN1391  (TMLK)   56IN1970_2C  (RKRQ)   80MN518_3  (RKRQ)   01TX27_C  (TTTT)   01MN84A  (TTTT)   08WA130_1  
  • Pgt  geneIc  landscape:  Ug99  RG     ì  SNP  panel   ì  Ug99  RG   ì  25  SNP  loci     Race   Sample  ID   Genotype   A003   A005   A007   A010   A012   A021   A022   A031   A013   A014   A017   A020   A023   A026   A030     A001   A004   A006   A011   A016   A018   A024   A029   A033   A034   TTKSK   98UgA_1   AF-­‐001aa   CC   GG   GG   TT   TT   TT   CT   GG       CC   AA   CC   CC   AA   GG   AA       AA   GG   TT   CC   GG   GG   CC   AA   GG   AA   TTKSK   04Ken156/4   AF-­‐001ab   CC   GG   GG   TG   TT   TT   CT   GG       CC   AA   CC   CT   AC   GG   AC       AA   GG   TT   CC   GG   GG   CC   AA   GG   AA   TTKSK   07Ken34_1   AF-­‐001ac   CC   GG   GG   TT   TT   TT   CT   GG       CC   AA   CC   CT   AA   GG   AA       AA   GG   TT   CC   GG   GG   CC   AA   GG   AA   TTKSK   07Ken11_2   AF-­‐001ad   CC   GG   GG   TT   TT   TT   CT   GG       CC   AA   CC   CT   AC   GG   AC       AA   GG   TT   CC   GG   GG   CC   AA   GG   AA   TTKSK   09Tan06_2   AF-­‐001af   CC   GG   GG   TT   TT   TT   CT   GG       CC   AA   TT   CT   AC   GG   AC       AA   GG   TT   CC   GG   GG   CC   AA   GG   AA   TTKST   06Ken19v3   AF-­‐001ba   CT   GG   GA   TT   TT   TT   CT   GT   TT   AA   CC   CT   AC   GG   AC   AA   GG   TT   CC   GG   GG   CC   AA   GG   AA   TTKST   07Ken18   AF-­‐001bb   CC   GG   GG   TT   TT   TT   CT   GT   TT   AA   CC   CT   AC   GG   AC   AA   GG   TT   CC   GG   GG   CC   AA   GG   AA   TTTSK   07Ken24_4   AF-­‐001ca   CC   GA   GG   TT   TT   TT   CT   GG   CC AA   TT   CT   AC   GG   AC   AG   GG   TC   CC   GG   GG   CC   AA   GA   AA   TTTSK   09Tan07_1   AF-­‐001cc   CC   GG   GG   GG   TT   TT   CT   GG   CC AA   CC   CT   AC   GG   AC   AA   GG   TT   CC   GG   GG   CC   AA   GG   AA   TTTSK   09Tan08_2   AF-001cd CC   GG   GG   GG   TT   AT   CT   GG   CC AA   CC   CT   AC   GG   AC   AA   GG   TT   CC   GG   GG   CC   AA   GG   AA                                                                                                   TTKSF   UvPgt55   AF-­‐001da   CC   GG   GG   TT   TT   AA   TT GG   CC AG   CC   CC   AA   GA   AA   AA   GA   TT   CC   GG   AG   AC   AT   GG   AG   TTKSF   09Zim01_1   AF-­‐001db   CC   GG   GG   TT   TT   AA   CT   GG   CC AA   CC   CC   AA   GG   AA   AA   GG   TT   CC   GG   GG   CC   AA   GG   AA   TTKSF   UvPgt61.2   AF-­‐001dd   CC   GG   GG   TT   TT   AA   CT   GG   CC AA   CC   CC   AA   GA   AA   AA   GG   TT   CC   GG   GG   CC   AA   GG   AA   PTKST   UvPgt60   AF-­‐001fa   CT   GG   GG   TT   TT   TT   CT   GT   TT   AA   CC   CT   AC   GG   AC   AA   GG   TT   CC   GG   GG   CC   AA   GG   AA   TTKSP   UvPgt59   AF-­‐001ea   CC   GG   GG   TT   TG   AA   TT GG   CC AA   CC   CC   AA   GA   AA   AA   GG   TT   CT   AG   AG   AC   AT   GG   AA  
  •  Pgt  genetic  landscape:  Ug99  RG     KENYA ETHIOPIA ZIMBABWE UGANDA SOUTH AFRICA TANZANIA ERITREA Pgt  race  TTKSK   Kenya  Uganda   1998 2007 2008 20102004 20122009 AF-001aa AF-001ad AF-001ac AF-001ab AF-001aa AF-001af AF-001ad AF-001ac AF-001ab AF-001da AF-001cd AF-001cc AF-001ca AF-001bb AF-001ba AF-001ea AF-001dd AF-001db AF-001fa Genotype TTKSK PTKST TTTSK TTKSF TTKST TTKSP
  • Pgt  genetic  landscape:  Summary     ì  Ug99  RG  is  an  unique  geneIc  group.   ì  Individual  races  of  Ug99  RG  consist  of  mulIple   genotypes.   ì  Genotyping  results  clearly  demonstrates  that  Pgt   has  spread  globally.     1 to 5 6 to 10 Number of isolates 11-20 >20
  • Pgt  genetic  landscape:  Summary     ì  This  represents  the  first  step  in  characterizing  the   Pgt  global  populaIon.   ì  It  will  take  parIcipaIon  by  the  global  rust   community  to  complete  this  project.       Robert Park Univ. of Syndey USDA ARS CDL Zak Pretorius & Botma Visser Univ. of Free State Tom Fetch Agriculture & Agi - Food Sarah Hambleton Agriculture & Agi - Food Silvia German Y. Anikster & H. Sela Tel. Aviv University Alexey Morgounov CIMMYT
  • ì  South  Africa      Pgt  genotyping  partnership   USDA-­‐ARS   Prof.  Szabo   UFS   Dr.  Visser,  Prof.  Pretorius   ARC-­‐SGI   Dr.  Terefe       Pgt  DNA   SNP     technology   CollecIons   Selected     collecIons  
  • ì  South  Africa      Introduction   §  South  Africa  (http://www.indexmundi.com/agriculture/?country=za&commodity=wheat&graph=production)   §  29th  ranked  wheat  producer  in  the  world   §  2013  production  reached  1700  MT   §  Annual  Pgt  surveys  started  in  South  Africa  in  1980  (Le  Roux  and  Rijkenberg,  1987)   §  Currently  conducted  by  Dr.  Terefe  at  the  Small  Grain  Institute  (ARC-­‐SGI)  in  Bethlehem   (see  poster  89  for  2011  and  2012  data)   §  Relies  on  phenotyping  viable  collections  on  standard  differentials  
  • ì  South  Africa      Introduction   Race 81 82,83 84 85 86S 86W 87S 87W 91 92 93 94 95 96 97 98 99 00 01 02 03 04 07 08 09 10 2SA002   1 3 1.7 9 14 2 2SA004 0.5 20.2 20.2 9 74 50 77 28 13 3 31 1 26 67 39 1 0.8 2SA006 31.6 2.8 55 2SA010 2 9.6 3.6 1 2SA018 1 2SA020 0.5 2SA032 4.5 8.2 8 7 1 2SA033 1 2SA036 8.5 1 1 10 2 2SA039 1.5 2SA043 0.5 2SA043 1.4 2 2SA045 31.1 2SA048 14.3 100 1.4 1 2SA049 2.5 2SA051 1 2SA052 1 2SA053 0.5 2SA054 1.5 2SA055 65 3.3 3.3 4.5 2SA088  (TTKSF) 35 68.8 81 85 69.7 26.1 38.4 39 78 2SA099 5 18.8 3 1 0.8 2SA100 58.2 55 27 15 29 16 1 5 13 5 2 1 0.8 2SA101 4.5 5.7 1 1 2SA102 70 54 36 59 37 53 53 12.4 10 12 23.8 1.1 8.9 12 1 2SA103 18 46 5 60 21 33 3 6 0.8 2 2SA104 14.1 9.8 8 3 2SA105 53.2 20.5 21 15 2SA106  (TTKSP) 2.2 17.9 14 2 2SA107  (PTKST) 4 1 2SA108  (TTKSF+) 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 Terefe  &   Pretorius,   2011a  ,  b Le  Roux  and  Rijkenberg,   1987 Le  Roux,  1989 Boshoff  et  al .,  2000 Komen,  2007 Terefe  et  al .,   2010
  • ì  South  Africa      Introduction   §  SSR  analyses  identified  two  unrelated  Pgt  lineages  within  South  Africa  (Visser  et   al.,  2011)   §  Lineage  1  –  non-­‐Ug99  races     §  Lineage  2  –  Ug99  race  group  members  (see  poster  88)   §  Why  is  the  South  African  situation  relevant  at  a  global  level?   §  Half  of  the  Ug99  race  group  members  occur  in  South  Africa   §  Possible  movement  of  races  from  Africa  to  Australia  was  suggested  (Watson   and  de  Sousa,  1982)    
  • ì  South  Africa      Hypothesis   §  The  genotyping  of  South  African  Pgt  samples  collected  during  annual   surveys  will  complement,  but  not  replace,  the  current  phenotyping   strategy.    
  • Materials  and  methods   §  Pgt  collections   §  Dr.  Tarakegn  Terefe  (ARC-­‐SGI,  Bethlehem,  SA)   §  Surveys   §  2010  –  84  collections  (country-­‐wide)   §  2011  –  56  collections  (country-­‐wide)   §  2012  –  102  collections  (Western  Cape  Province)   §  CTAB  DNA  extraction  (Saghai-­‐Maroof  et  al.,  1984)   §  Isolate  genotyping   §  Ug99  vs  non-­‐Ug99  identification  –  Stage  1  qPCR   §  Ug99  race  identification  –  Stage  2  qPCR   §  Non-­‐Ug99  race  identification  –  SSR  analysis  (PgSUN7,  PgSUN20,   PgSUN27,  PgSUN30,  PgSUN31,  PgSUN33,  PgSUN42,  PgSUN44   (Karaoglu  et  al.,  2013)  
  • Materials  and  methods   b d Ug99  positive   P5111   P9406   P13470   P18022   Ug99  vs  non-­‐Ug99  identification    
  • Materials  and  methods   Ug99  negative   b d P5111   P9406   P13470   P18022   Ug99  vs  non-­‐Ug99  identification    
  • Results   Ug99  vs  non-­‐Ug99  identification     Year Number  of  isolates Ug99  positive Ug99  negative Failed  DNA  extraction 2010 84 64  (76%) 19  (23%) 1  (1%) 2011 56 36  (64%) 17  (30%) 3  (6%) 2012 102 51  (50%) 49  (48%) 2  (2%)
  • Materials  and  methods   Ug99  race  identification     Ug99  race A003 A005 A007 A010 A012 A021 A022 A031 TTKSF C  (H) G  (H) G  (H) T  (H) T  (H) A  (H) T  (F) G  (H) C  (H) G  (H) G  (H) T  (H) T  (H) A  (H) T  (F) G  (H) TTKSP C  (H) G  (H) G  (H) T  (H) T  (H) A  (H) T  (F) G  (H) C  (H) G  (H) G  (H) T  (H) G  (F) A  (H) T  (F) G  (H) PTKST C  (H) G  (H) G  (H) T  (H) T  (H) T  (F) C  (H) G  (H) T  (F) G  (H) G  (H) T  (H) T  (H) T  (F) T  (F) T  (F) TTKSF+ C  (H) G  (H) G  (H) T  (H) T  (H) A  (H) C  (H) G  (H) C  (H) G  (H) G  (H) T  (H) T  (H) A  (H) T  (F) G  (H)
  • Results   Ug99  race  identification      -­‐  2011  survey     A003 A005 A007 A010 A012 A021 A022 A031 Phenotype TTKSF CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSP CC GG GG TT TG AA TT GG PTKST CT GG GG TT TT TT CT GT TTKSF+ CC GG GG TT TT AA CT GG Isolates S004-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S005-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S006-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S009-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S015-­‐11 CC GG GG TT TG AA TT GG TTKSP S017-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S019-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S021-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S027-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S030-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S031-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S032-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S033-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S034-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S035-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S036-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S037-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S038-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S039-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S041-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S042-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S044-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S045-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S046-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S047-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S048-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S049-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S052-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S053-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S054-­‐11 CC GG GG TT TT AA TT GG TTKSF S056-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S057-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S058-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S059-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S061-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ S062-­‐11 CC GG GG TT TT AA TC GG TTKSF+ TTKSF   TTKSF+   (see  poster  45)  
  • Results   2SA107   2SA88   2SA102   2SA88   2SA88/104   Non-­‐Ug99  race  identification      -­‐  2010  survey    
  • Results   2SA105/88   2SA105   2SA105   2SA88   2SA105   2SA106   Non-­‐Ug99  race  identification      -­‐  2010  survey    
  • Results   2SA105/104 2SA105/88 2SA105 Non-­‐Ug99  race  identification      -­‐  2011  survey    
  • Results   Non-­‐Ug99  race  identification      -­‐  2012  survey    
  • Results   Non-­‐Ug99  race  identification      -­‐  2012  survey    
  • Results   Race  data  summary     Race 98 99 00 01 02 03 04 07 08 09 10 10 11 12 2SA055 65 3.3 3.3 4.5 2SA088  (TTKSF) 35 68.8 81 85 69.7 26.1 38.4 39 78 53.7 35.9 37 2SA099 5 18.8 3 1 0.8 2SA100 1 0.8 2SA101 2SA102 53 12.4 10 12 23.8 1.1 8.9 12 1 1.9 1 2SA103 33 3 6 0.8 2 2SA104 14.1 9.8 8 3 1.2 2SA105 53.2 20.5 21 15 14.6 24.5 39 2SA106  (TTKSP) 2.2 17.9 14 2 1.2 1.9 2SA107  (PTKST) 4 1 2SA108  (TTKSF+) 22 30.1 14 2SA105  (?) 7.3 5.7 8 Unknown 1 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 Current   genotyping  studyKomen,  2007 Terefe  et   al .,  2010 Terefe  &   Pretorius,   2011a  ,  b
  • ì  South  Africa      Discussion   -­‐  Genotyping  of  Pgt  collections   -­‐  Indicated  significant  genetic  variation  within  the  population   -­‐  Forced  changes  in  the  survey  protocol   -­‐  Confirmed  the  wide  distribution  of  TTKSF+  before  it  was  detected  on   phenotype  level   -­‐  Confirmed  possible  multiple  genotypes  for  a  single  phenotype  (2SA105)     -­‐  Indicated  the  presence  of  an  unknown  genotype     -­‐  Help  with  planning  of  future  surveys     -­‐  Confirmed  the  continued  need  for  phenotyping   -­‐  Partnership  led  to  the  establishment  of  Pgt  genotyping  capacity  at  UFS   with  the  hope  of  expanding  both  in  the  future    
  • Acknowledgements   §  Prof.  Les  Szabo  (USDA-­‐ARS,  St  Paul,  USA)  for  genotyping  partnership   §  BGRI  for  invitation  and  financial  support  to  report  on  partnership   §  Dr.  Tarakegn  Terefe  (ARC-­‐SGI,  Bethlehem,  SA)  for  Pgt  collections   §  Mr.  Tonny  Selinga  (UFS)  for  technical  assistance   §  Prof.  Liezel  Herselman  (UFS)     §  Prof.  Zakkie  Pretorius  (UFS)  
  • Literature  cited   -­‐  Boshoff  WHP,  van  Niekerk  BD  and  Pretorius  ZA,  2000.  Suid  Afrikaanse  Tydskrif  vir  Plant  en  Grond  17:   60-­‐62.   -­‐  Karaoglu  H,  Lee  CMY  and  Park  R,  2013.  Australasian  Plant  Pathology  42:  271-­‐281.   -­‐  Komen  JS,  2007.  Studies  on  chemical  control  of  wheat  stem  rust.  M.Sc.  Dissertation,  University  of  the  Free   State,  Bloemfontein,  South  Africa.   -­‐  Le  Roux,  1989.  Phytophylactica  21:  255-­‐258.     -­‐  Le  Roux  J  and  Rijkenberg,  1987.  Phytophylactica  19:  467-­‐472.   -­‐  Saghai-­‐Maroof  MA,  Soliman  KM,  Jorgensen  RA  and  Allard  RW,  1984.  Proceedings  of  the  National   Academy  of  Sciences  USA  81:  8014–8018.     -­‐  Terefe  T  and  Pretorius  ZA,  2011a.  47th  Congress  of  the  South  African  Society  for  Plant  Pathology,  23-­‐26   January,  Kruger  National  Park,  South  Africa.   -­‐  Terefe  T  and  Pretorius  ZA,  2011b.  BGRI  Technical  Workshop,  13-­‐16  June,  St  Paul,  Minnesota,  USA.   -­‐  Terefe  T,  Pretorius  ZA,  Paul  I,  Mebalo  J,  Meyer  L  and  Naicker  K,  2010.  South  African  Journal  of  Plant  and   Soil  27:  163-­‐167.   -­‐  Visser  B,  Herselman  L,  Park  RF,  Karaoglu  H,  Bender  CM  and  Pretorius  ZA,  2011.  Euphytica  179:  119-­‐127.     -­‐  Watson  IA  and  de  Sousa  CNA,  1982.  Proceedings  of  the  Linnaean  Society  NSW  106:  311-­‐321.