Gephi Tutorial Visualization (Japanese)
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Gephi Tutorial Visualization (Japanese)

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  • 1. チュートリアル 可視化* はじめに Gephi チュートリアル* ズームとパン* 選択 可視化*色* 3-D* ラベル Gephi チュートリアルへようこそ!このチュートリアルでは、Gephi における可視化の基本設定と* テキストのサイズ 高度な設定について説明しています。ツールを使った選択や操作についても説明しています。* テキストの色 操作の基本を学ぶにはクイックスタートチュートリアルを読んでください。* ラベルの調整* 属性のテキスト このチュートリアルの作成には Gephi version 0.7alpha4 を使用しました。* テキストと選択* アンチエイリアス Gephi をダウンロードする* スクリーンショット* ツール* テキストの変換* まとめ このチュートリアルでは、サンプルとして airlines.gexf データセットを使用しています。 このデータセットは米国内の航空路線を描いたものです。 最終更新: 2010 年 5 月 26 日
  • 2. チュートリアル 可視化 はじめに* はじめに Gephi は、次に示すような可視化ウィンドウを中心とした構成になっています。ウィンドウの* ズームとパン 各要素の持つ機能についてはこのチュートリアルで順に説明していきます。* 選択*色* 3-D* ラベル* テキストのサイズ* テキストの色* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス* スクリーンショット* ツール* テキストの変換* まとめ
  • 3. チュートリアル 可視化 ズームとパン* はじめに • グラフを移動したり、縮小・拡大したりするにはマウスを使います。* ズームとパン - ズーム: マウスホイール* 選択 - パン: 右ボタンでドラッグ ズーム*色* 3-D* ラベル* テキストのサイズ* テキストの色 • グラフが見えなくなったら、位置をリセットしてください。* ラベルの調整 パン* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス* スクリーンショット* ツール* テキストの変換* まとめ
  • 4. チュートリアル 可視化 選択サイズ* はじめに Gephi を起動した時点ではドラッグモード が有効になっており、マウスの左ボタンを* ズームとパン 押したままポインタを移動すれば、ノードをドラッグできるようになっています。* 選択*色 ドラッグの選択サイズは変更できます。* 3-D* ラベル • [Dragging] と書かれている部分をクリックします。* テキストのサイズ* テキストの色* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス* スクリーンショット* ツール • スライダを使って [Diameter] を設定します。* テキストの変換* まとめ
  • 5. チュートリアル 可視化 矩形選択* はじめに 矩形選択は、ネットワークの 1 つまたは複数の領域を選択するときに使います。* ズームとパン* 選択 • [Rectangle] 選択ツールをクリックします。*色* 3-D* ラベル* テキストのサイズ* テキストの色* ラベルの調整 • 可視化ウィンドウでマウスの左ボタンを押し、ボタンを押した* 属性のテキスト まま矩形領域を拡大します。* テキストと選択* アンチエイリアス • 選択をリセットするには、ウィンドウ上のほかの部分をクリックします。* スクリーンショット* ツール* テキストの変換 CTRL キー (Macintosh では Command キー) を押しながら単一のノードをクリックして、 複数のノードを選択することもできます。* まとめ
  • 6. チュートリアル 可視化 隣接ノードの自動選択* はじめに これはネットワークの可読性を高めるのに不可欠な機能です。選択されたノードに隣接する ノードも自動的に選択されるので、誰が誰につながっているかを簡単に把握することができます。* ズームとパン* 選択*色 • 可視化設定を開きます。* 3-D* ラベル • [Autoselect neighbors] チェックボックスをオンにします。* テキストのサイズ* テキストの色* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス* スクリーンショット* ツール* テキストの変換* まとめ なしの場合 ありの場合
  • 7. チュートリアル 可視化 エッジの色* はじめに デフォルトでは、エッジはそのソースノードと同じ色になっています。エッジの色は設定可能で、 ソースノードとは別の色も設定できます。* ズームとパン* 選択*色 • 可視化設定を開いて [Edges] タブをクリックします。* 3-D* ラベル • [Source node color] チェックボックスをオフにし、[Edge defaut color] を設定します。* テキストのサイズ* テキストの色* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス* スクリーンショット* ツール* テキストの変換* まとめ ソースの色 ユーザー指定の色
  • 8. チュートリアル 可視化 背景の色* はじめに • 可視化設定の最初のボタンをクリックします。* ズームとパン* 選択*色* 3-D* ラベル* テキストのサイズ • 色を指定し、[OK] をクリックします。* テキストの色* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス* スクリーンショット* ツール* テキストの変換* まとめ
  • 9. チュートリアル 可視化 ノードの形状と 3-D* はじめに Gephi は 3-D レンダリングエンジンを使用していますが、ネットワー* ズームとパン クは一般に 2-D であり、これがデフォルトのモードになっています。* 選択*色 ここでは 3-D モードを有効にしてみましょう。* 3-D • 可視化設定を開いて [Nodes] タブをクリックします。* ラベル* テキストのサイズ • [Disk 2d] の代わりに [Sphere 3d] を選択します。* テキストの色* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス* スクリーンショット* ツール ノードの見え方が変わり、3-D 空間で移動させることができるようになります。* テキストの変換* まとめ マウスの中ボタンを押したまま上下に動かして、表示が変わるようすを 確かめてみてください。
  • 10. チュートリアル 可視化 ラベルの表示* はじめに • テキストの表示に関連する可視化設定には次のようなものがあります。* ズームとパン* 選択*色* 3-D* ラベル* テキストのサイズ* テキストの色* ラベルの調整 サイズ • サイズボタン をクリックし、[Node Size] を選択します。* 属性のテキスト* テキストと選択 - [Fixed] ラベルのサイズは拡大率に依存しません。* アンチエイリアス - [Scaled] ラベルのサイズは拡大率に依存します。* スクリーンショット - [Node size] ラベルのサイズはノードのサイズに依存します。* ツール 色* テキストの変換 • 色のモード では、ラベルをノードの色と同じ色にしたり、 独立した色にしたりできます* まとめ フォントの品質 フォントレンダリングを向上させるには、フォントのサイズを大きくして、 テキストのサイズを小さくします。
  • 11. チュートリアル 可視化 サイズのモード* はじめに サイズのモード によるテキスト描画の違いは、次の図に示すとおりです。 右の図ではテキストのサイズがノードのサイズに比例しています。* ズームとパン* 選択*色* 3-D* ラベル* テキストのサイズ* テキストの色* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス* スクリーンショット* ツール* テキストの変換 [Fixed mode] [Node size]* まとめ ヒント - コンパクトなフォントを使う Libel Suit や Yanone のようなコンパクトなフォントを使うと、テキストが占有する スペースを小さくすることができます。
  • 12. チュートリアル 可視化 ラベルの色の設定* はじめに • 可視化設定の中にカラーチューザーがあります。* ズームとパン* 選択*色* 3-D • マウスを左クリックしてパレットを表示し、色を選択します。* ラベル* テキストのサイズ (完全なパレットチューザーを表示するには、右クリックします。)* テキストの色* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択 この操作で設定するのは、ノードのラベルの色です。エッジのラベルの色を設定するには* アンチエイリアス    設定バーを開きます。* スクリーンショット* ツール* テキストの変換* まとめ パレット Alt、Shift、Ctrl (Macintosh では Command) の各キーを組み合わせて使うと、 即座にパレットを切り替えることができます。
  • 13. チュートリアル 可視化 ラベルの調整* はじめに サンプルのデータセットにテキストを表示すると、ラベルがしばしば* ズームとパン オーバーラップして表示されます。[Label Adjust] レイアウトを実行 すると、ラベルがオーバーラップするのを回避することができます。* 選択*色 • [Layout] パネルに移動します。* 3-D* ラベル • リストから [Label Adjust] レイアウトを選択します。* テキストのサイズ* テキストの色 • をクリックして処理を実行します。* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス* スクリーンショット* ツール* テキストの変換* まとめ オーバーラップしている状態 オーバーラップのない状態
  • 14. チュートリアル 可視化 属性の表示* はじめに ノードとエッジは、ラベルのほかにもさまざまな属性を持っています。たとえば、ソーシャルネット ワークの場合は、性別、年齢、リレーションのタイプなどです。これらの属性をラベルとともに、* ズームとパン またはラベルの代わりに表示することも簡単にできます。* 選択*色 • 可視化設定の中の [Attributes] ボタンをクリックします。* 3-D* ラベル • ダイアログボックスが表示され、ノードとエッジそれぞれについて、* テキストのサイズ すべての属性の一覧が表示されます。* テキストの色* ラベルの調整 • 表示する属性のチェックボックスをすべてオンに* 属性のテキスト します。たとえば、[Code] をオンにします。* テキストと選択* アンチエイリアス* スクリーンショット • 設定を確認して [OK] をクリックします。* ツール* テキストの変換* まとめ 属性の値が‘-’ を区切り文字として表示されます。
  • 15. チュートリアル 可視化 選択したラベルだけを表示* はじめに 要素が選択されている場合にのみラベルを表示する便利なオプションがあります。 このオプションは、ノードとエッジの両方で使用できます。* ズームとパン* 選択*色* 3-D* ラベル* テキストのサイズ* テキストの色* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択 • 可視化設定を開いて [Labels] タブをクリックします。* アンチエイリアス* スクリーンショット* ツール • [Hide non-selected] オプションをオンにします。* テキストの変換* まとめ
  • 16. チュートリアル 可視化 アンチエイリアスオプション* はじめに アンチエイリアスは、エッジがスムーズに見えるようにするための* ズームとパン オプションです。デフォルトでは [4x] ですが、[16x] まで増やすことが できます。* 選択*色 • [Tools] メニューの [Options] をクリックします。* 3-D [0x]* ラベル* テキストのサイズ • [Visualization] パネルを選択し、[OpenGL] タブをクリックします。* テキストの色* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス* スクリーンショット* ツール* テキストの変換* まとめ [16x] • ここで [Antialising] オプションを変更できます。変更内容を有効にするには、 Gephi を再起動します。 最高度のスムーズさが得られる値は [16x] ですが、必ずしもすべてのハードウェアでサポート されているわけではありません。Gephi で最高のパフォーマンスを発揮できるよう、グラフィック ドライバをアップデートすることをお勧めします。
  • 17. チュートリアル 可視化 スクリーンショットの作成* はじめに Gephi では、現在の可視化ウィンドウの高解像度スクリーンショットを作成できます。* ズームとパン スクリーンショット画像は、PNG 形式でエクスポートされます。* 選択*色 • 可視化バーにカメラのアイコンがあります。* 3-D* ラベル* テキストのサイズ • 下向きの矢印をクリックして設定パネルを開きます。* テキストの色* ラベルの調整 高解像度のスクリーンショットは、お使いのコンピュータの性能* 属性のテキスト に左右されます。解像度が高ければ高いほどスクリーンショット* テキストと選択 の見ばえもよくなりますが、ファイルサイズは大きくなります。* アンチエイリアス* スクリーンショット アンチエイリアスを有効にすると、エッジがよりスムーズに表示* ツール されます。ただし、[16x] は、必ずしもすべてのハードウェアで サポートされているわけではありません。* テキストの変換* まとめ 高性能のハードウェアでは、幅 16000 で [16x] のアンチエイリ アスが可能です。 • スクリーンショットを作成するには、 アイコンをクリックします。処理作業中、インタフェース は無反応のような状態になります。これは正常な状態なので、処理が終了するまでそのまま しばらく待ちます。
  • 18. チュートリアル 可視化 ツール* はじめに ツールバーに用意されている各種ツールを使うと、グラフウィンドウやグラフの要素 (ノード、* ズームとパン エッジ) に対してさまざまな操作を行うことができます。ツールは、マウスのクリック、選択、 ドラッグ、さらにはボタンを押しながらの移動といった複雑な操作にも対応しています。* 選択*色 • 一番上にあるツールの [Painter]   をクリックし、色の付いているノードでマウスの* 3-D ボタンを押したままにしてみてください。* ラベル* テキストのサイズ ツールに関連のあるプロパティは、上部のプロパティバーに表示されます。* テキストの色* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス* スクリーンショット* ツール* テキストの変換 • 今度は鉛筆ツール を使って新しくノードとエッジを作成してみてください。 デフォルトのノードサイズを大きくすると、ノードが見やすくなります。* まとめ 1 ではなく 10 に設定するとよいでしょう。
  • 19. チュートリアル 可視化 最短経路ツール* はじめに ツールを使うと、2 つのノード間の最短経路を簡単に可視化できます。* ズームとパン* 選択 • ツールバーにある最短経路ツール をクリックします。*色 • ノード (ソースノード) をクリックし、次にターゲットノードをクリックします。* 3-D* ラベル* テキストのサイズ* テキストの色* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス 色の付いた経路が表示され、ノードが選択された状態になります。経路が見つからない場合は、* スクリーンショット プロパティバーに「No path exists between these two nodes (2 ノード間に経路はありません)」 というメッセージが表示されます。経路が見つかった場合は距離が表示されます。距離はエッジの* ツール ウェイトを考慮している点に注意してください。* テキストの変換 • ノードの選択を解除するには、ウィンドウ上のほかの部分をクリック* まとめ します。赤い色を消すには、[Reset Color] をクリックします。 無向グラフ 有向グラフと無向グラフでは最短経路は同じではないことに注意してください。
  • 20. チュートリアル 可視化 ヒートマップツール* はじめに ヒートマップも、最短経路ツールのようにネットワーク距離を調べるツールですが、単一のノード を起点とした距離を調べることができます。ヒートマップでは、到達可能な最も近いノードや最も* ズームとパン 遠いノードを簡単に強調表示できます。* 選択*色 • ヒートマップ ツールをクリックします。* 3-D* ラベル • グラデーションを次のように設定します。色を変更するには、三角の上でダブルクリックします。* テキストのサイズ* テキストの色* ラベルの調整 • 航空路線のデータセットをサンプルとして使用し、どれかノードをクリックします。到達可能な* 属性のテキスト 最も遠い空港が赤で表示されます。プロパティバーには最大距離 (Max distance) の値も表示* テキストと選択 されます。路線が多い Detroit と、路線網からはずれた空港を選んで比較してみてください。* アンチエイリアス* スクリーンショット* ツール* テキストの変換* まとめ Minneapolis 空港からのヒートマップです。 赤いノードは、最大距離の 2 ステップで到達可能 な空港です。
  • 21. チュートリアル 可視化 編集ツール* はじめに 編集ツールは、可視化ウィンドウのデータ、特にラベルを直接編集するときに便利です。* ズームとパン* 選択*色 • ツールバーにある編集ツール をクリックします。* 3-D 左にパネルが表示されることに注意してください。* ラベル* テキストのサイズ • ラベルまたは属性を編集するノードをクリックします。* テキストの色 値を編集したら必ず [ENTER] キーを押して、変更した* ラベルの調整 値を確定します。* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス 現在のところエッジの編集はできませんが、そのための機能は今後のバージョンで開発される 予定です。* スクリーンショット* ツール* テキストの変換* まとめ その他のツール 開発者は新しいツールを簡単に Gephi に追加できます。利用可能なツールを知るには、Plugins Center を 参照してください。 また、ツールについてのアイデアや提案があったら、ぜひ Gephi フォーラムに投稿してください。
  • 22. チュートリアル 可視化 これまでの操作の応用例* はじめに テキストの色とサイズを使えば、影響力の強さやその他の特性を視覚的に表現する* ズームとパン ことができます。ここでは、このチュートリアルのしめくくりとして、次のようなグラフ の作り方を示します。* 選択*色* 3-D* ラベル* テキストのサイズ* テキストの色* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス* スクリーンショット* ツール* テキストの変換* まとめ
  • 23. チュートリアル 可視化 テキストの色とサイズの変換* はじめに 目的のグラフを作成するには、[Ranking] モジュールを使います。* ズームとパン* 選択 • ラベルの色 のトランスフォーマをクリックし、ランクパラ メータを選択します。ここでは、[Degree] を選択します。*色* 3-D • ランク付けの色を指定し、      をクリックします。* ラベル* テキストのサイズ* テキストの色 テキストに色が付いたはずです。今度は、[Degree] の代わりに* ラベルの調整 [Betweenness Centrality] を選択してみてください。* 属性のテキスト* テキストと選択 • 次に、ラベルのサイズ のトランスフォーマを選択します。* アンチエイリアス* スクリーンショット • サイズは 0 から 1 の間で選択します。デフォルトの要素の* ツール サイズに、ここで指定したサイズの値が乗じられます。* テキストの変換 • をクリックしてテキストのサイズが変わるのを確認* まとめ してください。 変換のリセット テキストの見え方をリセットするには、[Reset label color] と [Reset label size] をクリックします。
  • 24. チュートリアル 可視化 まとめ* はじめに このチュートリアルでは、Gephi の可視化の機能と基本設定についてやや詳しく学びました。* ズームとパン ここで学んだテキスト描画の方法を活用すれば、読みやすくて見ばえのするグラフを作成する ことができます。また、ツールなどの対話的操作機能とその設定方法についても学びました。* 選択*色* 3-D 将来的には、ツールだけに特化し、ツールのすべてについて細かく説明したチュートリアルを* ラベル 作成することも検討しています。それまでは、知りたいことがあったら遠慮なくフォーラムで* テキストのサイズ 尋ねてください。Gephi コミュニティのメンバーがきっとあなたの疑問に答えてくれるでしょう。* テキストの色* ラベルの調整* 属性のテキスト* テキストと選択* アンチエイリアス* スクリーンショット このあとは、次のものを参照してください。* ツール • Gephi Web サイト • Gephi Wiki* テキストの変換 • Gephi フォーラム* まとめ