Journal Reading  Divisi Penyakit Infeksi<br />Evaluation of the LightCycler® SeptiFast test in the<br /> rapid etiologic d...
PENDAHULUAN<br />KULTUR DARAH<br />Gold standard<br /> Deteksi bakteremia <br />dan fungemia<br />   Keterbatasa:<br />- P...
                                                                                                                 PENDAHULU...
 Penggunaan antibiotika sebelumnya, kuman <br /> patogen intraselular, kuman fastidious yang tidak <br /> terdeteksi denga...
 PENDAHULUAN<br />Teknik molekular komersial <br />baru untuk mendeteksi <br />bakteremia<br />SeptiFast <br />(Roche Diag...
6<br />
7<br />
8<br />
 Tujuan penelitian <br />Membandingkan hasil uji real-time PCR<br />dengan kultur darah standar untuk mendeteksi <br />bak...
BAHAN DAN METODE<br />PERIODE <br />POPULASI<br />TEMPAT<br />1 oktober 2005 -<br />30 oktober 2006<br />63 pasien dengan ...
BAHAN DAN METODE<br />   Protokol terdiri dari 3 unit spesimen :<br />   Unit pertama: <br />- 2 botol kultur darah (aerob...
                                                                                                                 BAHAN DAN...
                                                                                                                 BAHAN DAN...
                                                                                                                 BAHAN DAN...
HASIL<br />15<br />
hasil........<br />52<br /> (IE jantung kiri)<br />63 pasien<br />11<br />(pace maker)<br />39<br />(IE jantung)<br />Kult...
17<br />
hasil........<br />19<br />Positif  pada saat masuk<br />Kultur darah<br />41<br />22<br />Negatif  saat <br />masuk RS<br...
hasil........<br />hasil........<br />SeptiFast <br />41<br />11 Positif  <br />pada saat masuk<br />8 Positif, <br />pada...
20<br />
                                                                                     hasil........<br />Diantara19 pasiend...
hasil..........<br />22<br />
DISKUSI<br />23<br />
24<br />
Diskusi...........<br />Teknik-teknikbarumolekulermunculuntukmendeteksibakteridalamdarah . <br />Amplifikasi gen 16S ribos...
                                                                       Diskusi.......<br />Wilayah yang ditargetkandenganu...
                                                                       Diskusi.......<br />Sensitivitas yang lebihtinggidi...
Diskusi<br />SensitivitasanalitikdariSeptiFastdiuji  dengan menggunakanbakteriyang   diencerkan 100, 30, dan 3 CFU / ml da...
Diskusi<br />SensitivitasujiSeptiFastkurang baikjika dibandingkandengankulturdarah.<br />UjiSeptiFastdirancanguntukmendete...
Diskusi<br />UjiSeptiFast tidak dapat mendeteksibakterifastidious groupHACEK (Haemophilusspp, Actinobacillusactinomycetemc...
Diskusi<br />Bakteremiaterkaitdengan IE biasanya kontinu, jumlahnya sedikit,cutoffSeptiFast dibuat agak tinggi terutama un...
Diskusi<br />Interpretasihasil PCR komplekskarenaDNA yang dideteksi bukan dari patogenhidup,risiko terkontaminasi, adanya ...
Diskusi<br />Tiga Staphylococci koagulase-negatifdantigaenterobacteriaditemukandengan kultur danbukan denganujiSeptiFast.<...
    Diskusi<br />Streptococci danenterococcicepathilangdaridarahpasien IE yang diobati        kulur darah negatif <br />		...
   simpulan<br />Kultur darahadalahkuncidiagnostik IE, tetapimemilikibeberapaketerbatasan:hasilnegatifakibatpengobatananti...
Thank You !<br />Thank You !<br />36<br />
Prinsip dasar PCR: pelipatgandaan segmen DNA target (template) dalam tabung reaksi dengan bantuan enzim DNA Polimerase<br ...
Metode PCR adalah paten teknologi yang dapat membuat tiruan berlipat ganda dari sekuen nukleotida spesifik dari organisme ...
Di dalam bidang diagnostik klinik, hanya dibutuhkan jumlah sampel yang sangat sedikit dan dibuat tiruannya berlipat ganda ...
TAHAPAN PROSES PCR<br />PRE-PCR : <br />	-   preparasi reagensia<br />	-   preparasi spesimen: isolasi/purifikasi DNA/RNA<...
PRE-PCRPreparasi spesimen:Isolasi/ ekstraksi/ purifikasi asam nukleat<br />Isolasi/ ekstraksi/ purifikasi asam nukleat dil...
PROSES PCR: Aplifikasi<br />Denaturasi oleh panas<br />Penempelan pasangan primer berlabel biotin di kedua ujung sekuen ta...
PROSES REVERSE TRANSKRIPTASE-PCR (RT-PCR)<br />Master Mix  + Target RNA<br />Primer berlabel biotin menempel pada sekuen t...
PCR step 1 – denaturasi oleh panas<br />PCR step 2 – penempelan primer pada cDNA<br />PCR step 3 – rTth DNA Polymerase men...
Deteksi/ analisa hasil PCR<br />Elektroforesis gel agarosa (horizontal)<br />Elektroforesis gel poliakrilamid (vertikal)<b...
Real-Time PCR<br />Real-time PCR berarti amplifikasi dan analisa terjadi bersamaan<br />Dikenal sebagai ‘Rapid Cycle PCR’ ...
Real-Time PCR<br />Format deteksi:<br />	-  SYBR Green I<br />	-   Hybridization Probe (HybProbe Probes)<br />	-   Hydroli...
Reaksi PCR berlangsung sangat cepat dengan bantuan alat DNA Thermal Cycler dan ditemukannya enzim tahan panas Taq DNA Poli...
FLUORESCENCE SPECTROSCOPY<br />Senyawa fluorescent menyerap cahaya pd panjang gelombang tertentu (absorbance spectrum)<br ...
Format deteksi Real-time PCR dengan pewarnaan Fluoresensi<br />Format SYBR Green I<br /><ul><li>ketika SYBR Green I berika...
selama tahapan PCR yg berbeda, intensitas dari sinyal fluorsensi akan berbeda, tergantung dari jumlah dsDNA yg ada</li></u...
2 probe oligonukleotidasekuenspesifikdilabeldenganpewarna yang berbeda (donor & aseptor) danditambahkankedalam ‘master mix’
DalamanalisaHybProbeadanyaprodukamplifikasispesifikdapatdibacasecarakuantitatifberdasarkanpeningkatanfluoresensi</li></ul>...
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×

Jin3

747

Published on

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total Views
747
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
2
Actions
Shares
0
Downloads
0
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Jin3

  1. 1. Journal Reading Divisi Penyakit Infeksi<br />Evaluation of the LightCycler® SeptiFast test in the<br /> rapid etiologic diagnostic of<br /> infectious endocarditis<br />J.P. Casalta. F. Gouriet. V. Roux. F. Thuny. G. Habib. D. Raoult<br />Eur J Clin Microbiol Infect Dis (2009) 28:569-573<br />Ime. F. A/ JusakNugraha<br />Senin, 25Oktober 2010<br />1<br />
  2. 2. PENDAHULUAN<br />KULTUR DARAH<br />Gold standard<br /> Deteksi bakteremia <br />dan fungemia<br /> Keterbatasa:<br />- Positif palsu<br /><ul><li> Negatif palsu</li></ul>2<br />
  3. 3. PENDAHULUANINFEKSI ENDOKARDITIS (IE)<br />3<br />3<br />Bakteremia <br />Diagnosis: kultur darah<br />Kultur darah gagal mengisolasi <br />2,5 – 31 % kasus<br />3<br />
  4. 4. Penggunaan antibiotika sebelumnya, kuman <br /> patogen intraselular, kuman fastidious yang tidak <br /> terdeteksi dengan kultur standar kultur<br /> negatif<br />PENDAHULUAN<br />Perlu metode diagnostik laboratorium alternatif, <br />termasuk pemeriksaan patologi sampel katup <br />jantung, Immunochemistry, serologi, molekuler<br />4<br />
  5. 5. PENDAHULUAN<br />Teknik molekular komersial <br />baru untuk mendeteksi <br />bakteremia<br />SeptiFast <br />(Roche Diagnostik)<br />Deteksi, identifikasi bakteri, <br />jamur yg sering sebabkan <br />infeksi dalam aliran <br />darah selama 6 jam<br />5<br />
  6. 6. 6<br />
  7. 7. 7<br />
  8. 8. 8<br />
  9. 9. Tujuan penelitian <br />Membandingkan hasil uji real-time PCR<br />dengan kultur darah standar untuk mendeteksi <br />bakteri dan jamur dalam darah pasien dgn IE<br />9<br />
  10. 10. BAHAN DAN METODE<br />PERIODE <br />POPULASI<br />TEMPAT<br />1 oktober 2005 -<br />30 oktober 2006<br />63 pasien dengan <br />diagnosis IE <br />dites sesuai prosedur<br /> (informed consent)<br />Penelitiandilakukan<br />DiRS Universitas<br /> Marseilles<br />10<br />
  11. 11. BAHAN DAN METODE<br /> Protokol terdiri dari 3 unit spesimen :<br /> Unit pertama: <br />- 2 botol kultur darah (aerob, anaerob) (Bactec, BD) <br />- 1 tabung (serum) untuk mendeteksi faktor rheumatoid<br /> (RF Rapitex, Dade Behring), penentuan antibodi spesifik <br />Coxiellaburnetii, Bartonellaspp, Brucella spp., <br />Chlamydia spp., Mycoplasmapneumoniae,<br />Legionellapneumophila,Aspergillusspp.,<br /> - 1 tabung (darah EDTA) untuk pemeriksaan <br /> real- time PCR (SeptiFast test)<br />11<br />
  12. 12. BAHAN DAN METODE<br />- Unit kedua dan ketiga: masing-masing tdd 2 botol kultur <br /> darah digunakan berturut turut pada jam ke 2 dan ke 4 <br /> setelah tabung pertama<br /> Spesimen: 1.5 mL darah EDTA (real-time PCR) <br />Dilisiskan dengan SeptiFast Lys. <br /> DNA diekstraksi dengan SeptiFast Prep <br /> Digunakan hybridization probe <br />12<br />Internal Control (IC) dilakukan pd masing-masing<br /> sampel. <br />
  13. 13. BAHAN DAN METODE<br />InternalTranscribedSpacer (ITS): target spesifik<br />untukmendeteksipatogenbakteridanjamur.<br /> Kontrol positif: Reagen kontrol.<br />Kontrol negatif disediakan oleh produsen dalam <br /> setiap seri ekstraksi.<br />Fluoresensidiukur pada panjang gelombang <br />610, 640, 670, dan 705 nm. <br />13<br />
  14. 14. BAHAN DAN METODE<br /> BAHAN DAN METODE<br /> Identifikasi spesies dan pelaporan digunakan <br />SeptiFast Identification Software (SIS)..<br />Perhitunganstatistikdenganmenggunakan<br />softwareEpi Info<br />Proporsidibandingkandenganmenggunakan <br />Yates’ corrected Chi-square testatau<br />Fisher’s exact test <br />14<br />
  15. 15. HASIL<br />15<br />
  16. 16. hasil........<br />52<br /> (IE jantung kiri)<br />63 pasien<br />11<br />(pace maker)<br />39<br />(IE jantung)<br />Kultur darah<br />41<br />2<br />(pacemaker)<br />16<br />
  17. 17. 17<br />
  18. 18. hasil........<br />19<br />Positif pada saat masuk<br />Kultur darah<br />41<br />22<br />Negatif saat <br />masuk RS<br />Positif sebelum<br />Masuk RS<br />18<br />
  19. 19. hasil........<br />hasil........<br />SeptiFast <br />41<br />11 Positif <br />pada saat masuk<br />8 Positif, <br />pada pasien dengan kultur darah positif saat masuk<br />3 Positif, <br />pada pasien dengan kultur darah positif sebelum masuk<br />(11/41 dibanding 19/41, P=0.1)<br />19<br />
  20. 20. 20<br />
  21. 21. hasil........<br />Diantara19 pasiendengan kultur<br />darahnyapositif, ujiSeptiFast mempunyaisensitivitas yang rendah,hanya 8<br />yang terdeksi (42,1%) (Tabel 3)<br />Di antara 22pasiendgnkulturdarahnegatifsaat masuk rumahsakit, ujiSeptiFastmendeteksi3 bakteri (S. gallolyticus, S. aureus, danEnterococcusfaecalis). <br />21<br />
  22. 22. hasil..........<br />22<br />
  23. 23. DISKUSI<br />23<br />
  24. 24. 24<br />
  25. 25. Diskusi...........<br />Teknik-teknikbarumolekulermunculuntukmendeteksibakteridalamdarah . <br />Amplifikasi gen 16S ribosomal DNAdigunakanuntukmendeteksibakteri<br />25<br />
  26. 26. Diskusi.......<br />Wilayah yang ditargetkandenganujiSeptiFastterletakantaraurutan 16S dan 23S rDNAbakteridanantaraurutan18S dan 5.8S rDNAjamur (ITS). <br />Tahun 2002, Rothman et al.uji pada 51 penderita demam, penggunanarkobasuntikan. Hasilpenelitianmenunjukkanbahwa, dibandingkandengan kulturdarah, PCR yang menggunakan universal 16S rRNA primers mempunyaisensitivitasdanspesifisitas secara berturut-turut 86,7% dan 86,9%.<br />26<br />
  27. 27. Diskusi.......<br />Sensitivitas yang lebihtinggidiperoleh jika dibandingkandengan gen-gen single-copy, karenabeberaparibosomal operons paling sering ditemukan dalamgenomesbakteridanjamur. <br />Spesifisitas yang lebihtinggidiperoleh jika dibandingkandenganrRNA,karena ITS lebihspecies-specific. <br />27<br />
  28. 28. Diskusi<br />SensitivitasanalitikdariSeptiFastdiuji dengan menggunakanbakteriyang diencerkan 100, 30, dan 3 CFU / ml dalamdarah EDTA. <br />Sensitivitas minimal dari 30 CFU / mLdiperolehpadasemuaspesieskecualiStaphylococcus epidermidis, Staphylococcushaemolyticus Streptococcus agalactiae, Streptococcus pyogenes, dan Candida glabrata (100 CFU / mL).<br />28<br />
  29. 29. Diskusi<br />SensitivitasujiSeptiFastkurang baikjika dibandingkandengankulturdarah.<br />UjiSeptiFastdirancanguntukmendeteksidanmengidentifikasi 25 spesiesbakteridanjamurpenyebab bakteremia<br />29<br />
  30. 30. Diskusi<br />UjiSeptiFast tidak dapat mendeteksibakterifastidious groupHACEK (Haemophilusspp, Actinobacillusactinomycetemcomitans, Capnocytophaga spp., Cardiobacteriumhominis, Eikenellacorrodens, Kingellakingae) yang dianggapsebagaiagenetiologi prevalensi IE.<br />30<br />
  31. 31. Diskusi<br />Bakteremiaterkaitdengan IE biasanya kontinu, jumlahnya sedikit,cutoffSeptiFast dibuat agak tinggi terutama untuk streptokokusdan staphylococcus koagulase-negatifuntukmenghindarifalse positif karena kontaminasiflora normal kulitnilai cutoff inimungkintelahmenghambatdeteksinya<br />31<br />
  32. 32. Diskusi<br />Interpretasihasil PCR komplekskarenaDNA yang dideteksi bukan dari patogenhidup,risiko terkontaminasi, adanya DNAbackgrounddalamdarah.<br />UjiSeptiFastbaikuntukS. aureus, Streptococcus, danenterococci, burukuntuk Staphylococcus koagulase-negatif (0/15 dibanding 3/15 pada infeksipace makers, P= 0.2) danorganismeatipikallainnya (0/6 dibandingkan 4/6, P=0.03). <br />32<br />
  33. 33. Diskusi<br />Tiga Staphylococci koagulase-negatifdantigaenterobacteriaditemukandengan kultur danbukan denganujiSeptiFast.<br />IE yang sebelumnyadiobatidenganantibiotik, dengan kulturdarahnyanegatifpadasaat masuk RS, uji SeptiFast memberikanetiologidalam tiga kasus. <br />33<br />
  34. 34. Diskusi<br />Streptococci danenterococcicepathilangdaridarahpasien IE yang diobati kulur darah negatif <br /> hanya dapat diidentifikasidgn analisismolekular dari penggantian katup jantung<br /><ul><li>Uji SeptiFastmembantu mengidentifikasi patogen penyebab (dalam 2 dari 12 kasusendokarditispada kultur darahnegatif yang disebabkanolehStreptococciatauenterococci)</li></ul>34<br />
  35. 35. simpulan<br />Kultur darahadalahkuncidiagnostik IE, tetapimemilikibeberapaketerbatasan:hasilnegatifakibatpengobatanantibiotik.<br />Dalampenelitianini, uji SeptiFast mendeteksi bateri pada 3 pasien IE yang telah diobatidenganantibiotik,dengankultur darahnegatifpadasaat masukRS.<br />UjiSeptiFast PCR adalahteknikkomersialbaruuntukmendeteksibakteremia yang dapatbergunadalam IE yang telah diobatidenganantibiotiksebelummasuk.<br />35<br />
  36. 36. Thank You !<br />Thank You !<br />36<br />
  37. 37. Prinsip dasar PCR: pelipatgandaan segmen DNA target (template) dalam tabung reaksi dengan bantuan enzim DNA Polimerase<br />Pelipatgandaan DNA in vitro dilakukan dengan menambahkan primer – sepotong DNA pendek yang berpasangan dengan DNA target pada kedua ujung target dan kemudian memperpanjang rantai seukuran dengan DNA target, secara berulang, dengan bantuan DNA polimerase. <br />37<br />
  38. 38. Metode PCR adalah paten teknologi yang dapat membuat tiruan berlipat ganda dari sekuen nukleotida spesifik dari organisme target<br />Metode PCR menyediakan suatu mekanisme untuk mendeteksi target organisme dengan konsentrasi yang sangat kecil dengan spesifisitas yang tinggi.<br />Teknologi PCR ditemukan oleh Kary Mullis pada tahun 1985<br />38<br />
  39. 39. Di dalam bidang diagnostik klinik, hanya dibutuhkan jumlah sampel yang sangat sedikit dan dibuat tiruannya berlipat ganda sehingga ada atau tidak adanya virus dan bakteri spesifik serta mutasi materi genetik dapat dideteksi<br />39<br />
  40. 40. TAHAPAN PROSES PCR<br />PRE-PCR : <br /> - preparasi reagensia<br /> - preparasi spesimen: isolasi/purifikasi DNA/RNA<br />PCR : proses amplifikasi:<br /> - denaturasi (pemisahan rantai DNA)<br /> - annealing (penempelan primer)<br /> - extension (pemanjangan oleh enzim)<br />POST-PCR:<br /> - deteksi/ analisa hasil PCR<br />40<br />
  41. 41. PRE-PCRPreparasi spesimen:Isolasi/ ekstraksi/ purifikasi asam nukleat<br />Isolasi/ ekstraksi/ purifikasi asam nukleat dilakukan karena DNA/ RNA merupakan bahan dasar berbagai teknik molekuler biologi<br />Ekstraksi DNA/RNA dai organisme eukariotik manusia, hewan, tumbuhan) dilakukan melalui proses:<br /> - penghancuran dinding sel<br /> - penghilangan komponen seluler seperti protein, lipid dan karbohidrat dari sampel<br /> - pengendapan DNA/RNA<br /> - pemanenan<br />41<br />
  42. 42. PROSES PCR: Aplifikasi<br />Denaturasi oleh panas<br />Penempelan pasangan primer berlabel biotin di kedua ujung sekuen target<br />Taq DNA Polymerase mengkatalisa pemanjangan Primer sebagai Komplemen Nukleotida<br />Akhir siklus PCR ke-1 hasil 2 tiruan dari sekuen target <br />Target amplifikasi: siklus PCR diulang<br />42<br />
  43. 43. PROSES REVERSE TRANSKRIPTASE-PCR (RT-PCR)<br />Master Mix + Target RNA<br />Primer berlabel biotin menempel pada sekuen target RNA<br />rTth DNA Polymerase mengkatalisa pemanjangan Primer dengan nukleotida komplemennya<br />Hasil sintesa dari DNA komplemen (cDNA) terhadap sekuen target<br />43<br />
  44. 44. PCR step 1 – denaturasi oleh panas<br />PCR step 2 – penempelan primer pada cDNA<br />PCR step 3 – rTth DNA Polymerase mengkalisa pemanjangan primer<br />Akhir siklus ke- 1 PCR: hasil tiruan untai ganda DNA (amplikon) dari sekuen target<br />44<br />
  45. 45. Deteksi/ analisa hasil PCR<br />Elektroforesis gel agarosa (horizontal)<br />Elektroforesis gel poliakrilamid (vertikal)<br />Enzym labelling oligonucleotide<br />Biotin-labelled oligonucleotide<br />Digoxigenin-labelled oligonucleotide<br />Selanjutnya RFLP, Sequencing dll.<br />45<br />
  46. 46. Real-Time PCR<br />Real-time PCR berarti amplifikasi dan analisa terjadi bersamaan<br />Dikenal sebagai ‘Rapid Cycle PCR’ dengan siklus temperaturantara 20-60 detik<br />Produk PCR dpt dianalisa selama proses amplifikasi<br /> Menggunakan pewarna DNA dan Probe fluoresensi<br />Data dikoleksi dari tabung yang sama di dalam instrumen yang sama<br />Tidak ada transfer sampel, penambahan reagensia atau gel separasi <br />46<br />
  47. 47. Real-Time PCR<br />Format deteksi:<br /> - SYBR Green I<br /> - Hybridization Probe (HybProbe Probes)<br /> - Hydrolisis probes/ Taqman Probes<br /> - SimpleProbe Probes<br />Dapat melakukan real time quantitative PCR<br />Real time PCR adalah metode yang powerful. Sederhana, dan cepat<br />47<br />
  48. 48. Reaksi PCR berlangsung sangat cepat dengan bantuan alat DNA Thermal Cycler dan ditemukannya enzim tahan panas Taq DNA Polimerase oleh Dr. Gelfand tahun 1988.<br />Proses reaksi PCR perlu kelengkapan komponen-komponen dasar, yaitu enzim DNA target, primer, monomer DNA (dNTPs), dan bufer reaksi.<br />Segmen spesifik DNA hasil amplifikasi dapat dilihat langsung melalui reaksi gabungan PCR-Elisa yang menghasilkan spektrum warna tertentu. Pendeteksian Elisa sekarang banyak dikembangkan.<br />48<br />
  49. 49. FLUORESCENCE SPECTROSCOPY<br />Senyawa fluorescent menyerap cahaya pd panjang gelombang tertentu (absorbance spectrum)<br />Cahaya yang diserap diemisikan (fluorescence spectrum)<br />Sumber cahaya putih melalui filter untuk memilih warna spesifik yang mengoptimasi absorpsi fluorescent (excitation filter)<br />Warna spesifik pada spektrum fluorescen dibaca dengan detektor <br />49<br />
  50. 50. Format deteksi Real-time PCR dengan pewarnaan Fluoresensi<br />Format SYBR Green I<br /><ul><li>ketika SYBR Green I berikatan dgn primer dsDNA, akan terjadi peningkatan fluoresensi
  51. 51. selama tahapan PCR yg berbeda, intensitas dari sinyal fluorsensi akan berbeda, tergantung dari jumlah dsDNA yg ada</li></ul>Format hybridization probe/hybprobe<br /><ul><li>hybridization probe merubah fluoresensi pada saat hibridisasidengan “fluoresence resonance energy transfer (FRET)”
  52. 52. 2 probe oligonukleotidasekuenspesifikdilabeldenganpewarna yang berbeda (donor & aseptor) danditambahkankedalam ‘master mix’
  53. 53. DalamanalisaHybProbeadanyaprodukamplifikasispesifikdapatdibacasecarakuantitatifberdasarkanpeningkatanfluoresensi</li></ul>50<br />
  54. 54. Format deteksi Real-time PCR dengan pewarnaan Fluoresensi<br />Format Hybridization Probe / HybProbe<br /><ul><li>Spesifikkarena 2 probe dihbridisasidengan target dengancara yang sangatsekuenspesifik
  55. 55. Primer-dimertidakterdeteksikarena probe sekuenspesifiktidakmengenalinya
  56. 56. Dapatuntukaplikasideteksimutasi, analisis SNP, genotyping SNP, qPCRdan multiplex tes.</li></ul>51<br />
  57. 57. Format deteksi Real-time PCR dengan pewarnaan Fluoresensi<br />Format Hydrolysis Probes<br /><ul><li>Dikenaljugadengannama ‘Taqman Probe’
  58. 58. Menggunakanaktivitasexonuclease 5’ dari DNA polymerase
  59. 59. Sebuah probe terdiridari 2 label, fluorecence reporter danfluorecence quencher, yang sangatdekatsatusama lain. Ketika probe masihutuh, quencher menahansinyalfluoresensi reporter
  60. 60. Padaproses PCR, aktivitasexonuclease 5’ dari DNA polmemotonghidrolisis probe, danmemisahkan reporter & quencher
  61. 61. Sinyalfluoresensi reporter tidaklagitertahandandapatmemancarkansinyalfluoresensi
  62. 62. Peningkatansinyalfluoresensidari reporter berbandinglangsungdenganakumulasiproduk PCR.</li></ul>52<br />
  63. 63. Format deteksi Real-time PCR dengan pewarnaan Fluoresensi<br />Format Simple Probes<br /><ul><li>Simple Probe adalahbentuksederhanadarihibridization probe danhanyamenggunakan 1 probe saja
  64. 64. Ketikaterjadihibridisasi, akanmemancarkansinyalfluoresensi yang lebihbesar
  65. 65. Perubahansinyalfluoresensitergantungdari status hibridisasidari probe. Semakinstabilhibridisasinya, semakintinggitemperatur melting
  66. 66. Untukaplikasi SNP genotyping dandeteksimutasi</li></ul>53<br />

×