Comunicación y uso de la literatura científica en biomedicina II Seminario EC3 sobre evaluación y comunicación de la ciencia Alberto Labarga [email_address] http://ec3.ugr.es/seminario2009/

La generación de información es un aspecto clave de la investigación biomédica

No sólo es importante la cantidad sino la complejidad de las interacciones

Applied Biosystems ABI 3730XL Illumina / Solexa Genetic Analyzer Applied Biosystems SOLiD Roche / 454 Genome Sequencer 1 Mb/day 100 Mb/run 3000 Mb/run La tecnología ha aumentado recientemente esta capacidad de generación de datos

Lo que se traduce en un incremento en la producción científica PubMed statistics http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez >17 million citations >400,000 added/year ~70 million searches/month PubMedCentral statistics http://www.pubmedcentral.nih.gov > 500 journals >2 million full text papers ~20 million retrievals/month

Scientific information available in 2010 will double every 72 hours

Tradicionalmente, las bases de datos (Uniprot, EMBLbank) son el nodo central del conocimiento científico

y las referencias son material de soporte

pero eso está cambiando

A contest created to improve the way scientific information is communicated and used . The contest invites members of the scientific community to describe and prototype a tool to improve the interpretation and identification of meaning in (online) journals and text databases relating to the life sciences.

hay tres formas básicas de explicitar el conocimiento almacenado en las publicaciones científicas

1. capturar el conocimiento explicitamente

Structured Digital Abstracts Experiment To develop and fine tune simple tools to facilitate data entries and the authors selection of terms from controlled vocabularies. To propose a text layout for a structured abstract to be appended to the traditional abstract. To investigate and estimate the authors' degree of interest (and competence) in a project implicating them as active players in this "editorial revolution".

Structured Digital Abstracts Experiment

To develop and fine tune simple tools to facilitate data entries and the authors selection of terms from controlled vocabularies.

To propose a text layout for a structured abstract to be appended to the traditional abstract.

To investigate and estimate the authors' degree of interest (and competence) in a project implicating them as active players in this "editorial revolution".

2. extraer el conocimiento usando minería de textos

http://www.ihop-net.org

http://www.knewco.com/

generar conocimiento colectivamente

web 1.0: Acceder el conocimiento web 2.0: Recoger conocimiento

web 1.0: Acceder el conocimiento

web 2.0: Recoger conocimiento

redes sociales

wikis científicas

http://www.wikigenes.org

http://www.wikiproteins.org

blogs

I was lost but now I live here http://shirleywho.wordpress.com/ Shirley Wu

What You’re Doing Is Rather Desperate http://nsaunders.wordpress.com Neil Saunders

Public Rambling http://pbeltrao.blogspot.com Pedro Beltrao

HubLog Alf Eaton http://hublog.hubmed.org/

Open Reading Frame http://www.sennoma.net/ Bill Hooker

Nodalpoint http://www.nodalpoint.org/

microblogging

web 1.0: Acceder conocimiento web 2.0: Recoger conocimiento web 3.0: Aplicar conocimiento web 4.0: G enerar conocimiento

web 1.0: Acceder conocimiento

web 2.0: Recoger conocimiento

web 3.0: Aplicar conocimiento

web 4.0: G enerar conocimiento

living document

El Living Document no es uno que se (re)escribe continuamente como en le enfoque wiki, sino un que actúa como node de interconexión entre otros documentos y bases de datos, mediante el uso de etiquetado colaborativo y ontologías

El Living Document no es uno que se (re)escribe continuamente como en le enfoque wiki, sino un que actúa como node de interconexión entre otros documentos y bases de datos, mediante el uso de etiquetado colaborativo y ontologías

arquitectura

retrieval SPI annotation SPI Elsevier Pubmed BMC Custom whatizit reflect knewco ihop XSLT+DHTML +CSS user management (FOAF) tag management (MOAT) document management (POAP) web application

interfaces

Antileukoproteinase, Secretory leukocyte protease inhibitor, P03973 uniprot: http://www.uniprot.org/uniprot/ P03973 genecards: http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?id= P03973 dasty: http://www.ebi.ac.uk/dasty/client/ebi.php?q=P03973 >sp|P03973|SLPI_HUMAN Antileukoproteinase OS=Homo sapiens GN=SLPI MKSSGLFPFLVLLALGTLAPWAVEGSGKSFKAGVCPPKKSAQCLRYKKPECQSDWQCPGK KRCCPDTCGIKCLDPVDTPNPTRRKPGKCPVTYGQCLMLNPPNFCEMDGQCKRDLKCCMG MCGKSCVSPVKA

For a given annotation you can define links and ways to retrieve information. Links will be shown in the tag popup so you can visit the site Retrieval links will be used to download information in a given format, for example, all protein sequences mentioned in the text. Links uniprot: http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$ genecards: http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?id=$ID$ Add new Retrieve uniprot: http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$.txt uniprotXML : http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$.xml fasta: http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$.fasta Add new fasta Download ALP Antileukoproteinase Secretory leukocyte protease inhibitor WAP4 HUSI-1 BLPI

http://www.wired-marker.org

http://www.shiftspace.org/

web services high thoughput text visualization integration mining data analysis ontologies

muchas gracias! Para saber más: http://www.scientifik.info