• Share
  • Email
  • Embed
  • Like
  • Save
  • Private Content
L'agroécologie pour tous - N° 2 - Sept. 2013
 

L'agroécologie pour tous - N° 2 - Sept. 2013

on

  • 3,220 views

Communiqués de presse, poster, liste des publications. Cellule d'ingénierie des connaissances et d'assistance à la publication scientifique (CICAP). Unité mixte de recherche 1347 Agroécologie, ...

Communiqués de presse, poster, liste des publications. Cellule d'ingénierie des connaissances et d'assistance à la publication scientifique (CICAP). Unité mixte de recherche 1347 Agroécologie, INRA, Dijon, France.

Statistics

Views

Total Views
3,220
Views on SlideShare
3,026
Embed Views
194

Actions

Likes
1
Downloads
32
Comments
0

2 Embeds 194

http://www.scoop.it 192
http://www.pdfspirit.com 2

Accessibility

Categories

Upload Details

Uploaded via as Adobe PDF

Usage Rights

© All Rights Reserved

Report content

Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
  • Full Name Full Name Comment goes here.
    Are you sure you want to
    Your message goes here
    Processing…
Post Comment
Edit your comment

    L'agroécologie pour tous - N° 2 - Sept. 2013 L'agroécologie pour tous - N° 2 - Sept. 2013 Document Transcript

    • N° 2. Septembre 2013 L’agroécologie pour tous Presse, Posters et Publications Réalisé par Sylvie Belotti, Dominique Millot et Eric Lichtfouse Cellule d’ingénierie des connaissances et d’assistance à la publication (CICAP) UMR1347 Agroécologie E-mail : cicap@dijon.inra.fr Publications de l’UMR : http://www6.dijon.inra.fr/umragroecologie/Publications Intranet : https://intranet6.dijon.inra.fr/umragroecologie/Cellules/Ingenierie-des-Connaissances-et-Assistance-a- la-Publication-CICAP
    • l’énergie produite par énergies renouvelables nsommation nergie La Région agit pour le climat économes en énergie construits ou réhabilités avec l’aide de la Région depuis 2005 4500 logementsPrès de dans les TER depuis 2004 +28% de voyageurs installées en Bourgogne pour une puissance de 140 MW 70 éoliennes es en gne ne ce MW nness TER 04 BOUCHERIEBOUCHERIE En Bourgogne, la voiture autrement Sedéplacerautrement, c’est possible avec mobigo ! La plateforme de covoiturage est opérationnelle depuis novembre 2011. En 2013, mobigo va plus loin avec l’intégration d’unserviced’autopar- tage. Faire des économies en protégeant la planète, c’est toute l’ambition du servicemobigo-covoiturage.Unoutilsimpleetgratuit,quimetenrelation passagers et conducteurs et incite les Bourguignons à choisir cette alternative à la voiture individuelle. Bientôt, un nouveau service d’auto- partage permettra à ses abonnés d’emprunter occasionnellement une voiture. Mobigo-covoiturage et mobigo-autopartage : tous les avantages de la voiture, sans les inconvénients ! Pour en savoir plus : www.mobigo-bourgogne.com Pour accompagner la transition énergétique,l’assemblée régionale votera, en janvier prochain, le plan bâtiments de demain. D’ici 2020, les bâtiments à basse consommation, à énergie nulle ou positive se généraliseront. À la clé, des factures énergétiques réduitesetdesemploispourlaré- novation du parc immobilier. Pour relever ce défi économique et écologique, la Région se dote d’un plan bâtiments de demain. Quatre objectifs : réduire la précaritéénergétique,lutter contre le réchauffement climatique, économiser l’énergie et accompagner la mutation des profes- sionnels du bâtiment. Le plan pour économiser l’énergie Croissance de la population mondiale,réduction des terres arables et augmentation de la consommation d’intrants :autant de raisons qui poussent agronomes et écologistes à travailler ensemble. ÀDijon,l’UMR Agroécologie(UnitéMixtedeRecherche),soutenue par la Région, AgroSup, l’INRA et l’Université de Bourgogne, dispose d’expertises et de moyens exceptionnels pour la mise en œuvre de systèmes de culture novateurs, respectueux de l’envi- ronnement. L’objectif est de développer des pratiques agricoles qui respectent la biodiversité et assurent une production suffisante et de qualité. Un challenge majeur pour la recherche en agroécologie. Agroécologie : des racines pour demain Énergies nouvelles, métiers nouveaux ! Avec les nouvelles réglementations en- vironnementales, les métiers traditionnels requièrent de nou- velles compétences. Ce constat a incité le conseil régional à expérimenter et pro- poser des formations qualifiantes,afind’ai- der les demandeurs d’emploi à rebondir et trouver un travail. Aujourd’hui, la Région propose 17 formations professionnelles dans le domaine du développement durable (énergies renouvelables, ossatures bois, agriculture biologique, écoconstruction…), destinées à former les Bourguignons aux emplois de demain. Le coût de ces actions s’élève à 1,09 million d’euros. 133 demandeurs d’emploi en bénéficient cette année.
    • Les Pots-Capteurs : une innovation primée INRA Département SPE Actualités, publié le 19/03/2013 La Plateforme de Phénotypage Haut Débit de l’INRA de Dijon a été conçue pour développer et utiliser des techniques innovantes afin d’analyser l’expression des gènes de plantes. Cette plateforme permet l’analyse de la variabilité génétique par grandes séries de génotypes, en fonction de différents scénarios environnementaux. Pour réaliser ces analyses les plantes sont continuellement déplacées au sein de la plateforme via des convoyeurs. Ces déplacements entraînent de nombreuses contraintes qu'Arnaud Coffin, technicien dans le laboratoire d'Agroécologie de Dijon, a su solutionner grâce à un dispositif innovant de Pots-Capteurs. La société Campbell Scientific lui remettra à ce titre le Prix de l'Innovation. Mots-clés : ENVIRONNEMENT - GENE - GENETIQUE - PHENOTYPAGE - PLANTE La Plateforme de Phénotypage Haut Débit La Plateforme de Phénotypage Haut Débit (PPHD) du Centre INRA de Dijon est constituée d’un complexe qui comprend au total 400 m² de serres, 80 m² de chambres climatiques et 700 m² de bâtiment. Sur les 400 m² de serres, 250 m² sont dévolues au phénotypage automatisé avec convoyeurs. La modularité de ces serres permet d’envisager des expériences selon une variété de scénarios climatiques représentatifs de l’évolution probable du climat. Cette plateforme permet la production d’unité biologique (de la graine à la plante) et leur caractérisation automatisée, de manière non destructive, effectuée par des robots et des caméras. Cela permet d'établir des corrélations statistiques entre les caractères et les gènes qui les gouvernent. Il est ainsi primordial de mesurer précisément les conditions de culture « au plus proche » de la plante. Les grandeurs intervenant dans la croissance des plantes sont entre autres : la température et l’hygrométrie relative de l’air et le rayonnement utile à la photosynthèse.
    • Des convoyeurs pour déplacer les plantes Les serres et les chambres climatiques dédiées au phénotypage sont équipées de convoyeurs qui déplacent continuellement les plantes au sein des unités. Ceci permet d’homogénéiser les conditions de culture des plantes, de contrôler précisément la nutrition des plantes et de véhiculer les plantes vers leur lieu de phénotypage. Les plantes étant constamment déplacées au sein des serres, la caractérisation des conditions environnementales (température, lumière, hygrométrie), forcément hétérogènes au sein des serres, s’avère difficile. La caractérisation environnementale spatialisée dans les serres répond difficilement au besoin de caractérisation microclimatique sur des systèmes mobiles. C’est pourquoi Arnaud Coffin, Technicien de Recherche en instrumentation scientifique de l’unité d’Agroécologie du Centre INRA de Dijon, a développé des dispositifs innovants qui permettent d’enregistrer au cours du temps l’ensemble des conditions environnementales dans lesquelles les plantes se développent et croissent. Le dispositif de mesure est solidaire des plantes et suit leur déplacement. Des contraintes et des solutions Le fait de réaliser des mesures sur des convoyeurs en mouvement engendre diverses contraintes sur le dispositif de mesure. La première est qu’il faut raisonner le poids (environ 4 Kg) et l’encombrement du dispositif de mesure. Pour cela, il faut d’une part utiliser des matériaux légers (PVC et aluminium) et d’autre part optimiser le positionnement des appareillages dans le dispositif. Une autre contrainte est l’autonomie énergétique du dispositif de mesure. Il est en effet nécessaire d’enregistrer de manière autonome les données environnementales sur un pas de temps suffisamment long pour ne pas avoir à recharger les batteries et donc immobiliser le dispositif. Pour cela, Arnaud Coffin privilégie des composants fonctionnant sur batterie et ayant une faible consommation énergétique. La contrainte la plus importante est de pouvoir se connecter aux dispositifs d’enregistrement des données sans avoir à les enlever des convoyeurs. Arnaud Coffin a retenu la solution du modem radio. Il a pris en compte la taille et le nombre des unités de culture en construisant 4 dispositifs. Ces dispositifs sont appelés Pots-Capteurs.
    • Les Pots-Capteurs, un dispositif innovant Particulièrement motivé par le développement de prototype permettant l’automatisation de la mesure, Arnaud Coffin a travaillé avec la société Campbell Scientific pour la fabrication des Pots-Capteurs. Les produits de Campbell Scientific ont permis d’avoir une réponse technologique appropriée. Chaque dispositif se compose d’une centrale d’acquisition (CR1000), d’un capteur température et d’humidité relative (CS215) et d’un capteur de rayonnement (capteur quantique PAR-SKP215). Les hauteurs de plantes pouvant variées, les capteurs sont placés sur une potence mobile. La collecte et l’enregistrement des données sur un ordinateur de suivi se fait grâce à un modem radio (RF-416). Arnaud Coffin a développé le programme de la centrale d’acquisition pour optimiser le nombre de mesures par jour et la consommation électrique. Il a aussi défini pour chacun des dispositifs le protocole de connexion par radio. Le prix de l’innovation Campbell Scientific Fondée en 1974 et basée à Logan, en Utah (USA), Campbell Scientific est une société spécialisée dans la fabrication de centrales de mesure pour l'enregistrement des données destinées à la recherche agricole, aux contrôles des paramètres de l'environnement, à l'hydrologie et à la météorologie. En 1993, elle fonde Campbell Scientific France et c’est à l’occasion de son vingtième anniversaire que sera remis le Prix de l’Innovation à Arnaud Coffin en présence de Paul Campbell, Président du groupe Campbell Scientific et de Christophe Salon, Directeur Scientifique de la PPHD. Contact : Arnaud COFFIN UMR1347 Agroécologie, centre de recherche INRA de Dijon arnaud.coffin@dijon.inra.fr
    • www.inra.fr/presse • 01 42 75 91 86 • presse@inra.fr Juin 2013 8 Apport de composts, fumiers ou lisiers : que deviennent les graines des « mauvaises herbes » ? Les composts, fumiers ou lisiers  contiennent des graines d’adventices ou « mauvaises herbes » qui peuvent représenter un frein à la valorisation de ces matières organiques en agriculture. Des chercheurs de l’Inra ont mis en évidence que l’azote apporté par les fumiers favorise la germination précoce de certaines semences adventices produites après l’apport des matières organiques au sol. Cet azote les empêche ainsi de se développer dans les cultures suivantes, en cas de travail du sol ou de traitements herbicides avant le semis de ces cultures. L’apport d’engrais minéraux azotés permet d’améliorer la croissance des plantes et d’augmenter le rendement des cultures. Leur substitution partielle ou totale par des matières organiques, d’origine animale ou végétale, pourrait contribuer à diminuer l’impact environnemental des cultures, tout en permettant le recyclage de ces effluents. Dans les matières organiques d’origine agricole ou urbaine (fumier ou lisier, compost), on peut retrouver des graines d’adventices – de celles que l’on appelait jusque-là « mauvaises herbes » -, du fait de leur présence dans les pailles, de leur consommation par le bétail, de leur dispersion par le vent sur les lieux de stockage… Des chercheurs des centres Inra de Dijon et de Versailles-Grignon se sont intéressés au devenir de ces graines d’adventices présentes dans ces matières organiques apportées aux cultures. Plus de graines dans le fumier ou le lisier Les scientifiques ont mis en évidence que les matières organiques d’origine animale étaient celles qui renfermaient le plus de graines susceptibles de germer (jusqu’à 85 graines par kg de matière sèche). À l’inverse, les composts de déchets urbains et verts en étaient quasiment exempts. Au total, ce ne sont pas moins de 20 espèces végétales qui ont été identifiées dans ces matières organiques : la majorité appartenait à la famille des Poacées (brome, fétuque, ivraie, pâturin et autre pied-de-coq…). On y trouvait également du trèfle et du blé tendre. L’azote apporté par le fumier réduit le développement d’adventices dans les parcelles déjà infestées Dans une seconde étape, les chercheurs ont simulé les effets de l’épandage d’un type de matière organique bien spécifique, le fumier composté, sur la dynamique d’adventices de la famille des Poacées, telles que le vulpin des champs. Ils ont utilisé un modèle développé par l’Inra, AlomySys, pour simuler la dynamique de la flore adventice sous l’effet des pratiques agricoles. La simulation a porté sur plusieurs facteurs susceptibles de modifier la densité des adventices : fréquence d’épandage, contenu en graines du fumier, pratiques de labour, fertilisation azotée minérale, présence initiale d’adventices dans la parcelle. Cette approche a permis de tester un grand nombre de systèmes de cultures sur plusieurs dizaines d’années et avec des scénarios climatiques différents, une analyse difficilement réalisable au champ. Ces simulations ont montré que dans les parcelles agricoles dépourvues d’adventices, l’apport de fumier composté peut être une source d’adventices. Par contre, dans les parcelles déjà infestées par des adventices, l’apport de fumier peut avoir un effet bénéfique. En effet, l’azote apporté par le fumier composté favorise la ©Inra-AnnickMatejicek •••
    • www.inra.fr/presse • 01 42 75 91 86 • presse@inra.fr Juin 2013 9 germination estivale des graines d’adventices produites après l’apport du fumier. Or, les opérations culturales réalisées par l’agriculteur (travail du sol, traitements herbicides) pour préparer le champ au semis des cultures empêchent les jeunes plantes de terminer leur développement et de se reproduire à leur tour, contribuant à la diminution de l’infestation. Le fait d’enfouir le fumier par un labour réduit - ou même annule- les effets sur les adventices : l’augmentation de l’infestation dans les parcelles initialement propres devient alors négligeable, et il n’y a quasiment plus de diminution de l’infestation dans les parcelles déjà infestées. En effet, le labour enfouit l’essentiel des semences à une profondeur où elles peuvent difficilement lever. L’ensemble de ces travaux amène à considérer différemment les matières organiques d’origine végétale ou animale en termes de risque de voir de développer des adventices lors de leur utilisation. D’un côté, le stockage en cuve des lisiers dépourvus de litière prévient la dégradation des graines ; de l’autre, la montée en température des composts urbains favorise la dégradation des graines déjà peu présentes à la base. Plus encore, ces travaux révèlent que le point sensible de ces matières organiques n’est pas tant la quantité de graines d’adventices qu’elles contiennent, du moins dans le cas des Poacées comme le vulpin des champs, mais la quantité d’azote qu’elles apportent et qui est susceptible de modifier le cycle de vie des adventices étudiées. Enfin, ils soulignent l’intérêt de revisiter à la lumière de ces résultats les conseils dont pourrait bénéficier à terme la profession agricole. Référence N. Colbach, C. Tschudy, D. Meunier, S. Houot, B. Nicolardot. 2013. Weed seeds in exogenous organic matter and their contribution to weed dynamics in cropping systems. A simulation approach. European Journal of Agronomy 45: 7– 19. Contacts scientifiques Nathalie Colbach Tel 03 80 69 30 33 / Nathalie.Colbach@dijon.inra.fr Unité mixte de recherche Agroécologie (Inra, AgroSup Dijon, CNRS, Université de Bourgogne) Département scientifique Environnement et agronomie Centre Inra de Dijon Sabine Houot Tel : 01 30 81 54 01 / Sabine.Houot@grignon.inra.fr Unité mixte de recherche Environnement et grandes cultures (Inra - AgroParisTech) Département scientifique Environnement et agronomie Centre Inra de Versailles-Grignon
    • Des inoculants de légumineuses pour réduire les émissions des sols en oxyde d’azote nitreux Hénault C., Revellin C. En direct des labos (Journal INRA en ligne) 6 septembre © Inra-C.Avisse L’oxyde nitreux (N2O) est un puissant gaz à effet de serre, impliqué (contribuant à) dans l’appauvrissement de la couche d’ozone et qui provient principalement des sols et des activités agricoles. Son émission est évaluée à 6.7 Tg (1Tg = 10004 g) d’azote par an. De nouvelles pratiques agricoles sont explorées visant à réduire les émissions vers l’atmosphère de gaz à caractère émis. En ce sens, les équipes de recherche Inra des unités Agroécologie de Dijon et Unité Science du Sol d’Orléans ont inoculé des plants de soja avec des souches naturelles de bactéries du genre Rhizobia, connues pour leur propriété fixatrice d’azote. Des résultats probants de consommation du gaz à effet de serre N2O ont été obtenus. Dans le sol, la production d’azote nitreux constitue une étape intermédiaire des processus de nitrification et de dénitrification régis par des mécanismes microbiens. La transformation de N2O en diazote (N2), très variable selon les sols, est conduite par l’effet enzymatique de l’Oxyde nitreux réductase contrôlée chez les bactéries par la présence du gène nosZ. Pour réduire l’émission atmosphérique du polluant atmosphérique N2O, les chercheurs ont développé un système consommateur de ce gaz. Le principe repose sur une méthodologie d’ingénierie innovante consistant à amplifier dans le sol la fonction de l’étape de réduction de N2O en N2, tout en ayant pour objectif le maintien de la production agricole, l’utilisation de souches microbiennes naturelles et l’absence de transfert de pollution. Les chercheurs ont alors étudié le potentiel des souches de Bradyrhizobium japonicum, porteuses du gène nosZ codant pour la synthèse de l’enzyme N2O réductase, impliquée dans la transformation de N2O en N2. Le dispositif expérimental est le suivant : 60 plants de soja inoculés et cultivés sous serre pendant 2 mois, ont été répartis (à raison de 4 plants par pot) dans 15 pots de 0.031 m2 contenant 5 kg de terre sèche (sol gleyic lessivé). Les essais, répliqués 5 fois, se décomposent en 3 séries de traitement correspondant à l’inoculation de trois souches
    • différentes de B. japonicum : (1) USDA110, (2) mutant de la souche USDA 110 sans expression du gène nosZ, et (3) MSDJ G49. La consommation de N2O par les souches de B. japonicum porteuses du gène nosZ a été étudiée à la fois sous serre, sur des plants inoculés de soja cultivés en pots et, sur des nodules détachés soumis, en conditions de laboratoires, à des gradients de concentration en oxygène et en oxyde nitreux différents. Une augmentation de la vitesse de disparition de N2O, proportionnelle à la concentration initiale en N2O a été observée. Ce résultat est intéressant vis‐ à‐ vis de l’utilisation in situ de ces souches car elles seront d’autant plus efficaces que leur environnement sera riche en N2O. Alors que la dénitrification est un processus généralement anaérobie, les nodosités consomment du N2O quelle que soit la concentration en O2 dans la gamme 0‐ 21 %. Ce résultat est particulièrement intéressant. En effet, il suggère que le fonctionnement des nodosités vis‐ à‐ vis de la réduction de N2O ne sera pas cantonné aux conditions anaérobies dans le sol mais pourra aussi s’observer en conditions aérobies, ce qui augmente très significativement le temps sur lequel ce processus pourra fonctionner in situ. Les calculs sur les résultats quantitatifs obtenus ont clairement démontré le bénéfice environnemental de ce processus à l’échelle du champ. L’étude démontre que l’inoculation de cultures de légumineuses par des souches de rhizobium est un domaine prometteur pour atténuer les émissions de N2O par les sols cultivés. Les résultats de ces travaux pourraient utilement trouver application sur le marché des crédits-carbone ainsi que sur celui des inoculants. Contacts : Catherine Hénault catherine.henault@dijon.inra.fr Tél : 03 80 69 30 94 INRA UR0272 USS Unité Science du Sol 2163 avenue de la Pomme de Pin 45075 ORLEANS CEDEX 2 Cécile Revellin cecile.revellin@dijon.inra.fr Tél : 03 80 69 32 94 Inra UMR1347 Agroécologie 17 rue Sully 21065 DIJON CEDEX Sources : Catherine Hénault, Cécile Revellin, « Inoculants of leguminous crops for mitigating soil emissions of greenhouse gas nitrous oxide », Plant Soil, May 2011, 346 : 289-296 Rédacteur : Délégation au Partenariat avec les Entreprises Rubrique : Laboratoires - résultats de recherche http://www.inra.fr/les_partenariats/collaborations_et_partenaires/entreprises/en_dir ect_des_labos/inoculants_de_legumineuses
    • Cultiver sans herbicides ? Possible dit l'INRA Nicolas Munier-Jolain, Interview article par S. Huet Libération 24 septembre 2012 Peut-on cultiver à grande échelle nos plantes principales sans herbicides ? Ou avec un recours très réduit à ces puissants outils chimiques qui ont joué un rôle décisif dans "l'industrialisation" de l'agriculture ? Il y a plus de dix ans, l'INRA, Institut national de recherche agronomique, a lancé une expérience de longue durée pour étudier cette question sur son site d'Epoisses, près de Dijon (photo d'un des champs expérimentaux). J'invite le lecteur à réfléchir aux relations entre cette approche et le débat soulevé par l'étude de Gilles-Eric Seralini sur un maïs transgénique résistant au Round Up de Monsanto, puisqu'il s'agit d'un des herbicides les plus utilisés en agriculture (lire ici un premier commentaire sur cette affaire). Ci dessous, un reportage paru vendredi dernier dans Libération. «Et voilà notre fierté de l’année.» D’un geste large, Nicolas Munier-Jolain, de l’Inra (Institut national de la recherche agronomique) balaye le champ de blé. Nous sommes début juillet, le grain sera moissonné d’ici peu. Le champ semble banal aux yeux du citadin. L’œil exercé de l’agriculteur, lui, aurait tout de suite repéré des détails révélateurs. Cet étrange mélange de blés sur un seul champ, les uns très «barbus», les autres non. Ou la densité du semis, deux fois plus élevée que d’ordinaire.
    • Il sursauterait à la vue de ces quelques chardons, des liserons par-ci par-là, grimpant sur les blés, des coquelicots mettant une touche de rouge. Surtout, au milieu du champ, quelques dizaines de mètres carrés où dépassent de nombreuses têtes de vulpins pourraient bien l’alerter (photo à droite, les petits fanions repèrent les taches de vulpin). Des «mauvaises herbes», admet l’agronome qui précise toutefois : «Pas en quantités suffisantes pour affecter réellement le rendement.» Or, poursuit Munier-Jolain, «ce champ n’a pas reçu le moindre traitement d’herbicide depuis douze années consécutives». Le citadin se contenterait de soulever un sourcil, d’opiner que «c’est bien, une agriculture qui pollue moins». Les agriculteurs, dotés de cette information, se montrent très surpris, admiratifs ou dubitatifs, comme en témoignent les visites nombreuses. De leur expérience, c’est un champ de mauvaises herbes qu’ils devraient avoir sous les yeux et non un champ de blé où les mauvaises herbes semblent contrôlées à un niveau acceptable. D’où le «vif intérêt [qu’ils manifestent]», raconte Munier-Jolain. Ce champ de blé si particulier se trouve sur le site d’Epoisses (Côte-d’Or) de l’Inra, près de Dijon. Pas moins de 140 hectares où agronomes, biologistes, ingénieurs et techniciens réalisent des expériences en plein champ, sur «l’agroécologie de la parcelle cultivée». Le domaine provient d’un monastère fondé par les ducs de Bourgogne au XIIe siècle. Il en reste la salle du Chapître, où Nicolas Munier-Jolain relate que ce fameux champ de blé «sans herbicides» n’est pas seul. Avec dix autres champs, il fait partie d’un programme démarré en 1997. A l’époque, l’Inra le recrute dans une équipe chargée d’une nouvelle question : peut-on cultiver sans herbicides, ou à défaut, le moins possible ? Bilan de l’expérience pionnière qui s’y déroule depuis dix ans : «Il est techniquement possible de cultiver à grande échelle nos céréales sans herbicides, ou du moins en réduisant drastiquement leur usage, avec une faible diminution des rendements à l’hectare.» Formidable retournement de situation. Depuis dix mille ans, l’agriculteur lutte contre les «mauvaises herbes». Après les avoir presque inventées. «S’il n’y avait pas d’agriculture, il n’y aurait pas tant de mauvaises herbes», souligne un brin sarcastique l’agronome. Paradoxe ? L’explication se trouve au cœur d’une vision lucide de l’acte et de la geste agricole depuis ses origines. Cultiver un champ, c’est certes fabriquer un garde-manger gratuit et surabondant pour les «ravageurs» (insectes, champignons, herbivores). Mais c’est aussi
    • préparer le terrain - littéralement parlant - pour les plantes sauvages s’épanouissant dans les mêmes conditions que la plante domestiquée semée (photo, infestation de chardons dans un des champs expérimentaux). L’agriculteur sélectionne et favorise ainsi l’expansion de ces mauvaises herbes de manière involontaire. L’archéologue suit d’ailleurs leur progression, du Moyen-Orient à l’ouest européen, lorsque les agriculteurs y colonisent de nouvelles terres, de 10.000 à 4.000 ans avant J-C. L’agriculteur ne peut se contenter d’observer sans réagir la lutte darwinienne entre son semis et ces adventices (le terme d’agronomie pour les mauvaises herbes) compétitrices. Le combat pourrait tourner au désastre pour son exploitation tant il est inégal. Car la plupart des mauvaises herbes disposent d’une arme absolue : produire un stock de graines dix, cent, cinq cent fois plus nombreux que la plante cultivée. Lors du premier semis dans un champ nouveau, la plante domestiquée se montre souvent capable d’écraser ses compétitrices puisqu’elle domine en nombre de graines. Puis, les adventices vont, année après année, «accumuler dans le sol un énorme stock de graines» qui lui permettra de prendre le dessus. Adieu blé, colza, maïs et orge - donc pain, huile, bière et cochons - bonjour vulpin, chardon, moutarde, renouée, gaillet, folle avoine… Que faire ? Durant des millénaires, l’agriculteur a lutté à l’aide d’outils manuels, pour arracher les mauvaises herbes de son champ. Il s’est attaché à diversifier les cultures dans l’espace et le temps afin de perturber le cycle végétatif de ses ennemies. A intégrer des cultures sarclées, susceptibles de «nettoyer» le champ des mauvaises herbes, et des prairies fourragères entre les céréales. Deux milliards d’agriculteurs, souvent pauvres et aux productions aléatoires, poursuivent ainsi ce combat (ci dessus sarclage au Cameroun, photo piquée sur ce blog). Les pays industrialisés ont, dans les années 50, inventé de puissants produits chimiques herbicides. Couplés aux autres innovations agricoles (mécanisation, engrais, sélection des semences, insecticides et fongicides), ils ont participé à l’explosion des rendements des grandes cultures céréalières depuis un demi-siècle. La production française de blé tendre atteint ainsi près de 80 quintaux à l’hectare en moyenne en 2009, contre 50 à la fin des années 70 et dix seulement vers 1850. Même si cette moyenne d’il y a un demi- siècle était tirée vers le bas par des terroirs à très faible rendement ensuite abandonnés, la progression fut fulgurante.
    • Le rôle spécifique des herbicides fut de permettre une «simplification et une spécialisation extrême» des systèmes agraires, explique l’agronome. Dès lors qu’il peut écraser les mauvaises herbes sous la puissance de feu de l’herbicide, l’agriculteur peut industrialiser son mode d’action. En Bourgogne, cela donne souvent la rotation simplissime «blé, orge, colza, trois cultures dont le cycle cultural est très similaire», explique Munier-Jolain, aux rendements élevés. Le prix de cette évolution radicale ? La pollution des eaux, une moindre variété de cultures et une synergie avec les insecticides qui sape la biodiversité, l’apparition de résistances qui poussent à l’usage accru des herbicides… le tout se terminant par un système «non durable», insiste Munier-Jolain. Cette absence de durabilité n’est pas seulement biologique mais légale, avec la menace des interdictions de produits chimiques, comme pour l’atrazine sur le maïs dès 2001, puis dans toute l’Union européenne en 2004. L’objectif officiel est de diminuer de 50% les pesticides d’ici à 2018 affirme le plan gouvernemental Ecophyto, dont les herbicides (ici le programme Ecophyto de l'Inra et ses résultats). Mais comment ? Il faut «revenir à l’agronomie», répond l’agronome. D’où, après quelques années de modélisation du «complexe champ et adventices», la mise sur pied d’une expérience à grande échelle à Epoisses, en l’an 2000. Dix parcelles de deux hectares - un petit champ mais représentatif du réel - y sont consacrées. Mission : tester sur la durée quatre stratégies possibles de réduction des herbicides, en double exemplaire, comparées à une culture en agriculture raisonnée. (photo, binage féverole). L’objectif n’était pas de tester un outil agronomique particulier «toutes choses égale par ailleurs», explique Munier-Jolain. Mais une exploitation la plus proche possible des contraintes réelles d’un agriculteur. Jusqu’au bout de l’exercice : le bilan économique, coûts et bénéfices de la vente des produits. Quatre stratégies de «protection intégrée» ont été testées avec différents niveaux de diminution des herbicides - -50%, -70% et -100%. S’y ajoute l’objectif concomitant de diminuer les engrais, les insecticides et les fongicides dans la perspective d’une agriculture économe en «intrants», durable et moins agressive pour les sols et la biodiversité.
    • Puisque la chimie est exclue, place aux tueurs mécaniques. Passant devant un hangar, l’agronome détaille différents outils de désherbage mis en œuvre par les techniciens de l’Inra sous la houlette de Pascal Farcy. Des herses-étrilles, des bineuses ou des houes rotatives dont les dents arrachent et scalpent les mauvaises herbes entre les rangées. Ou ces bineuses disposant de doigts souples en caoutchouc qui viennent «grattouiller la terre au pied des plantes». (A droite, démonstration pour des membres de CUMA, coopératives d'utilisation du matériel agricole). Le trio blé, orge, colza bourguignon a été délaissé au profit de rotations complexes étalées sur plusieurs années (en agriculture biologique des rotations de huit ans sont courantes). Objectifs : varier les compétitions entre plantes cultivées et mauvaises herbes. Retarder les dates de semis afin de détruire les mauvaises herbes dès qu’elles sortent de terre, et semer ensuite. Ou les étouffer par un semis deux fois plus dense que d’habitude. Introduire «des cultures de légumineuses», dont la luzerne, capables d’utiliser directement l’azote de l’air et donc d’éviter l’usage d’engrais en ravitaillant le sol en matière organique… Le graphique ci-dessous, tiré d'une présentation de Munier-Jolain montre sur l'un des champs expérimentaux avec une réduction d'au moins 70% de l'usage d'herbicides que la rotation complexe et les autres techniques utilisées permettent de maîtriser les mauvaises herbes. Le bilan technique dressé par l’agronome, publié dans des revues scientifiques (1), semble positif. Les analyses des sols par carottages montrent que le stock de semences des mauvaises herbes n’est pas plus élevé qu’il y a douze ans. La biodiversité des sols en micro-organismes a augmenté comme la densité des fouisseurs (vers de terre). Le bilan en terme d’émissions de gaz à effet de serre est neutre. Le travail supplémentaire lié au désherbage mécanique peut se compenser par un étalement des interventions au long de l’année. Et la diminution du rendement est grossièrement compensée par celle des coûts.
    • Pourtant, Nicolas Munier-Jolain refuse de transformer ce résultat en belle histoire pour écolo urbain. «Il n’y a pas de miracle», préfère t-il avertir. Démonstration par une parcelle du scénario sans herbicide. Le champ est semé de luzerne, fauchée il y a peu. C’est la réponse à une véritable «infestation» de chardons, tandis que de la renouée liseron s’étale partout. Il faudra trois ans de culture de luzerne, fauchée régulièrement, pour que les chardons épuisent leur réserve souterraine (les rhizomes) en cherchant à la dépasser et finissent par mourir. Certes… Mais «je fais quoi de cette luzerne ? Sa vente couvre-t-elle la non culture de blé durant trois ans ?» s’interrogera l’agriculteur. Pour l’agronome, qui se mue en économiste agraire, la question relève moins de la valeur intrinsèque de la production - la luzerne se vend aux éleveurs - que du système économique. Il faut organiser des marchés permettant la commercialisation de productions plus variées, inciter à des productions permettant de s’affranchir des importations de tourteaux de soja pour animaux, déployer une vision agro-systémique à l’échelle régionale… C’est plutôt là que «le bât blesse», admet-il. L’agronomie propose des solutions techniques adaptées et non un illusoire et simpliste retour en arrière au défi des herbicides. Mais le cadre socio-économique susceptible de les accueillir reste à inventer. Sa mise en œuvre transformerait l’économie agraire, les circuits de commercialisation et jusqu’aux paysages en s’attaquant aux monocultures et en promouvant des cultures plus diversifiées. (1) Violaine Deytieux et al, European Journal of Agronomy, 36 (2012) 55 65. Ci-dessous une vidéo de l'INRA où Munier-Jolain explique en quelques phrases cette expérience : http://www.youtube.com/watch?v=4k6agZT4BV4&feature=player_embedded Par Sylvestre Huet, le 24 septembre 2012
    • Film INRA Web TV 18 min Paillard G. (2012). Le Centre Inra de Dijon. Interprètes : Lemanceau P., Burstin J., Dequiedt S., Steinberg C., Mougel C., Wipf D., Munier-Jolain N., Petit S., Salon C., Reboud X., and al. Ce film invite à découvrir les recherches menées à l'Inra de Dijon : agroécologie, aliment, sensorialité et goût, territoire et développement, écologie des écosystèmes microbiens et aquatiques. L'Inra en Bourgogne La Bourgogne est une région réputée pour offrir de nombreux terroirs, dont certains font l’objet de signes officiels de qualité prestigieux. De grandes parties de territoires marquent leur spécificité agricole (vigne, grandes cultures, prairies…) et l’inscrivent dans le paysage. L’INRA est présent en Bourgogne depuis 1946, date de sa création sur le plan national. Le Centre de Dijon est un centre pluridisciplinaire dont les champs de recherche et d’action correspondent bien aux grandes thématiques nationales de l’INRA, à savoir l’alimentation, l’agriculture et l’environnement. http://www.inra.fr/audiovisuel/web_tv/la_vie_de_l_inra/presentat ion_du_centre_inra_de_dijon
    • L'agroécologie, un chantier prioritaire pour l'INRA Le Monde.fr 24.04.2013 par Angela Bolis, journaliste au Monde Entretien avec Philippe Lemanceau, qui dirige l'unité Agroécologie à l'Institut national de recherche agronomique (INRA). Pourquoi l'INRA a-t-elle fait de l'agroécologie un de ses deux champs de recherche prioritaires ? On s'est rendu compte que l'agriculture avait, certes, pour objectif la production et la sécurité alimentaire, mais aussi celui de rendre des services environnementaux – éviter de contribuer au réchauffement climatique, empêcher la détérioration des sols, garantir une eau pure, éviter les invasions de pathogène – le tout dans un contexte de forte croissance démographique au niveau mondial. C'est un changement de paradigme : on n'est plus dans l'affrontement entre agronomie et écologie, agriculture productiviste et écosystèmes, mais dans leur réconciliation. Etes-vous déjà arrivés à des résultats que les agriculteurs pourraient mettre à profit sur le terrain ? Pour l'instant, les recherches visent encore à développer les connaissances scientifiques et à tester leur faisabilité : est-ce satisfaisant au niveau agricole, en termes de rendement ; au niveau environnemental (diminution des intrants chimiques, des gaz à effet de serre...) ; au niveau économique, par rapport aux coûts de production et aux marges d'exploitation ; et au niveau social, en termes d'acceptabilité de ces pratiques par le plus grand nombre d'agriculteurs. Sans oublier la dimension politique : quelle sera la part des subventions dédiées à ce type d'agriculture plus écologique dans une future PAC (politique agricole commune de l'UE) ? Toutefois, certaines recherches ont déjà montré des preuves de succès. C'est le cas notamment de dispositifs expérimentaux sur les adventices [mauvaises herbes, dans la terminologie agronomique] : on peut réduire le recours aux herbicides – dont la France est une grande consommatrice – en travaillant le sol de manière particulière, en faisant des rotations de cultures adaptées, en utilisant des plantes "étouffantes", en retardant les dates des semis, en désherbant mécaniquement... Il s'agit de proposer des systèmes
    • de culture innovants permettant de réduire l'utilisation d'intrants, et de répondre ainsi, en particulier, aux enjeux du plan Ecophyto 2018 visant à réduire l'usage des pesticides. Lire les résultats de dix ans d'expérimentation de l'INRA Dijon Vous êtes professeur en microbiologie des sols. Qu'apporte cette discipline à l'agroécologie ? On a réalisé que les sols sont des environnements vivants, peuplés de milliards de micro- organismes dont on connaît peu la diversité, mais qui jouent un rôle déterminant dans leur fonctionnement biologique, et par conséquent leurs cycles biogéochimiques (stockage du carbone, azote), la biofiltration de l'eau, mais aussi la croissance et la santé des plantes. Certains d'entre eux protègent les plantes contre les maladies en stimulant leurs défenses et en produisant des antibiotiques. Ils peuvent également développer des symbioses qui contribuent à la nutrition minérale des plantes, en particulier en azote. Un des enjeux de nos recherches est donc de mieux connaître la nature des interactions complexes entre plantes et microbes. L'idée est en particulier d'identifier les gènes d'une plante qui lui permettent d'attirer ou de nourrir tout ce cortège microbien autour de ses racines, ces microbes lui offrant en retour de mieux résister à telle ou telle maladie, et d'améliorer sa nutrition. Ces gènes ont pu être perdus au cours des processus de sélection qui ont permis la création de variétés performantes, mais seulement en situation de forte fertilité (grâce aux apports d'engrais). Une fois identifiés, ces traits végétaux favorables aux micro-organismes pourraient être intégrés à une variété par des programmes de sélection variétale. De façon plus générale, il est essentiel de décrire l'immense biodiversité des sols pour mieux connaître ce patrimoine dont les applications potentielles concernent l'agriculture et l'environnement, mais également la biotechnologie, la pharmacie et la phytopharmacie.
    • L'agroécologie est-elle l'avenir de l'agriculture française ? Le Monde.fr 24.04.2013 par Angela Bolis, journaliste au Monde Jacques Morineau dans son exploitation, le GAEC (Groupement agricole d'exploitation en commun) Ursule, près de Chantonnay en Vendée. Les parcelles sont entourées de haies, qui favorisent la biodiversité. Il faut un œil averti pour identifier de quoi sont plantés les champs de Jacques Morineau, de part et d'autre des chemins de son exploitation vendéenne où bringuebale son vieux 4x4 tout infiltré de poussière de terre. Vingt-neuf variétés y poussent, sur une mosaïque de parcelles où il a mêlé ici du pois et de l'orge, là du blé et de la féverole, ailleurs un carré de maïs entouré de colza, de l'avoine, du sorgho, des prairies et des bosquets, un champ de peupliers... Sans compter les ruches, les vaches et les poulets. Ce savant assemblage ne doit rien au hasard. Le pois et l'orge, par exemple : le premier fixe dans la terre l'azote nécessaire au second, évitant ainsi le recours aux engrais azotés. L'orge, plus fragile, résiste mieux aux maladies quand elle pousse en mélange, l'autre variété empêchant que le pathogène ne contamine tout le champ. Au final, le rendement global de la parcelle s'en trouve accru, assure Jacques Morineau. "On fait l'inverse de la monoculture et de l'agriculture intensive, où on a spécialisé les plantes : on cherche un maximum de diversité génétique", explique le paysan agronome. Les cultures associées sont l'une des méthodes employées dans sa ferme, qu'il a convertie dans les années 1990 à l'agroécologie. Union d'agronomie et d'écologie, ce mot-valise désigne une démarche agricole qui utilise les services rendus par les écosystèmes, plutôt que de chercher à les substituer par des intrants – engrais, pesticides... "Au lieu de lutter contre la nature, on compose avec", résume Benoît Drouin, président du réseau Agriculture durable des Civam. "Mon grand-père était agriculteur à l'époque de la deuxième guerre mondiale, et il mélangeait les cultures. Il faut retrouver la connaissance des plantes et le sens de l'observation."
    • LA FRANCE, FUTUR LEADER MONDIAL DE L'AGROÉCOLOGIE ? Ces méthodes, si elles restent marginales en France, sont acquises au gré des expérimentations de quelques agriculteurs "pionniers", et de plus en plus explorées par la science agronomique : l'INRA en a fait l'un de ses deux champs de recherche prioritaires en 2010. La démarche a aussi inspiré le ministre de l'agriculture, qui a déclaré vouloir faire de la France un leader mondial de l'agroécologie, et présenté un projet en ce sens fin février. Elle constitue le fil rouge de la future loi d'avenir de l'agriculture, qui est entrée en phase de concertation lundi 15 avril, avant une présentation en Conseil des ministres en septembre. Lire l'entretien : "L'agroécologie, un chantier prioritaire pour l'INRA" Stéphane Le Foll promet notamment de mobiliser 3 millions d'euros dès 2013 dans ce domaine, et de créer des "groupements d'intérêt économique et environnemental" pour permettre aux agriculteurs de s'associer et d'échanger leur savoir. "A ceux qui disent qu'on ne peut pas produire autant avec l'agroécologie, je réponds : "Venez constater avec moi, sur le terrain, que l'on peut faire des rendements de 80 quintaux à l'hectare en blé ou 9 000 litres par an pour une vache laitière avec des systèmes écologiquement performants", assure-t-il dans un entretien à Terra Eco. Lire la réaction de la Fédération internationale de l'agriculture biologique au projet de Stéphane Le Foll sur Basta Mag Dans l'exploitation de Jacques Morineau, les rendements sont légèrement inférieurs à ceux de l'agriculture conventionnelle, du moins en ce qui concerne les céréales comme le blé et le maïs. Mais l'homme se targue, pour compenser une production moindre, d'un gain de qualité : son blé, par exemple, peut être transformé en pain. Et "depuis cinq ans, notre productivité ne fait qu'accroître. Alors qu'avant, en chimique, c'était un échec : les rendements n'augmentaient plus", dit l'agriculteur. Selon lui, il faudrait d'ailleurs, pour comparer, ramener la production à la surface réelle et à l'énergie consommées pour un hectare : lui n'achète ni semences cultivées ailleurs, ni fourrage pour ses animaux, ni engrais ou pesticides. Cette autonomie lui permet, surtout, de réduire ses coûts de production. Les marges qu'il obtient permettent de faire travailler sept personnes dans sa ferme.
    • Le gendre de Jacques morineau est l’un des sept employés de l’exploitation. Parmi les salariés, le gendre de Jacques Morineau, qui souhaite reprendre l'exploitation avec sa fille, arpente en tracteur un champ de blé et de féverole avant la tombée de la nuit. Autres méthodes expérimentées dans ces champs : l'épandage de bois et de fumier pour favoriser le développement des micro-organismes vivant dans la terre – "base de la productivité des sols" selon M. Morineau –, ou la réduction des labours, pour "ne pas mettre sens dessus-dessous les couches dans lesquelles vit la microfaune du sol". En surface, des insectes prédateurs "auxiliaires", utilisés pour remplacer les insecticides, ont investi les haies qui dessinent les parcelles de l'exploitation. L'agriculteur tente aussi d'agencer les différentes cultures de sorte qu'y circulent les coccinelles, qui mangent les pucerons. "Une sorte de parcours gastronomique", s'amuse- t-il. "C'est une question de regard. Quand mon voisin voit des coccinelles, il se dit qu'il y a des pucerons, donc il traite. Quand j'en vois, je m'en réjouis car elles mangent les pucerons."
    • L’agro-écologie au carrefour des sciences et des pratiques Inra Actualités, par Eric Lecluyse, publié le 20/06/2013 Priorité de l’Inra, l’agro-écologie explore de nouvelles voies pour améliorer les performances environnementale et économique des exploitations. L’apparition de modèles innovants change la vision scientifique, ce qui tend à modifier la représentation des acteurs du monde agricole. Mots-clés : Agriculture - économie - ENVIRONNEMENT - RESSOURCE NATURELLE - AGRO-ECOLOGIE Le clivage historique entre les sciences agronomiques et l’écologie n’a plus lieu d’être. « Ces disciplines - élevage, génétique, santé végétale et animale… - convergent, et nous travaillons sur les bases théoriques et les applications de ces carrefours, explique Jean- François Soussana, directeur scientifique Environnement de l’Inra. L’enjeu est de taille : il s’agit améliorer les performances des systèmes agricoles, menacés par la montée des aléas, qu’il s’agisse de la variabilité du climat ou de la volatilité des prix » En réalité, l'agro-écologie, un néologisme apparu dans les années 1930, est déjà bien représentée dans la littérature scientifique, notamment à l’Inra, sans forcément être identifiée sous ce vocable. Les mots clés des articles publiés dans ce domaine sont plutôt « biodiversité », « paysage », « écosystème » ou « agriculture biologique »... Concrètement, il s’agit de passer d’une approche individuelle à une approche globale du système agricole. Au lieu d’essayer d’obtenir « l’individu le plus performant dans un environnement optimal » en apportant pesticides et engrais et en spécialisant les territoires, les équipes étudient les « arrangements les plus performants dans des environnements hétérogènes », moins fragiles du point de vue économique et environnemental. Comment favoriser la présence d’espèces auxiliaires qui peuvent aider à contrôler les adventices ou les parasites ? Quelles cultures associer pour valoriser les ressources naturelles ? Comment intégrer au mieux élevage et production végétale sur une exploitation ? Quel est l’impact sur les pollinisateurs de la présence de prairies ? Ces questions sont au cœur de la démarche de certains paysans pionniers de l’agro- écologie, tel Pierre Rabhi. « Des gens ont été innovants et ont apporté de la réflexion,
    • note Jean-François Soussana. Nous devons maintenant disposer d'innovations accessibles à tous, afin d’avoir un effet d'entraînement sur les multiples systèmes de production.» Le chantier de l’Inra sur l’agro-écologie s’inscrit dans le prolongement d’un mouvement scientifique de fond qui associe dix des treize départements de recherche de l’Inra et qui s’accompagne d’un fort potentiel d’innovation. « Il est caricatural de dire que l’Inra est au service de telle ou telle forme d'agriculture, relève Jean-François Soussana. Il n’y a pas de rupture, mais une prise de conscience de la nécessité de travailler ensemble, pour explorer de nouvelles pistes ». Au domaine expérimental d’Epoisses, par exemple, des essais menés depuis plus de dix ans par l’Inra montrent qu’il est possible d’avoir très peu recours aux herbicides à condition d’optimiser les rotations des cultures. La démarche « Produisons autrement » du ministère de l’Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt encourage cette évolution. Lors de la remise de son rapport sur l’agro-écologie le 11 juin dernier au ministre Stéphane Le Foll, Marion Guillou, ancienne présidente directrice générale de l’Inra, a notamment relevé que « l’agro-écologie ne fait pas baisser les rendements mais prend plus de temps ». Du temps, il en faudra, admet Jean-François Soussana, « mais en développant des théories, des modèles, nous changeons la vision scientifique, ce qui changera la représentation des acteurs à terme. » À ce jour, à l’Inra, neuf centres de recherche possèdent un identifiant en rapport avec l’agro-écologie (trois autres ont des activités qui relèvent de l’agro-écologie) et le nouveau méta-programme (Ecoserv) est entièrement tourné vers les « services de l’agriculture, de la forêt et des hydrosystèmes en fonction des pratiques de gestion ». Signe des temps, un important colloque organisé par l’Inra sur l’agro-écologie, le premier du genre, est programmé en octobre 2013. « Jusqu'à récemment, nous n’avions pas conscience d’avoir autant de travaux en cours dans le domaine. Grâce à cette nouvelle animation scientifique transversale, nous changeons d'échelle », se réjouit Jean- François Soussana. « SOS santé des plantes » : une innovation agro-écologique sur smartphone Lancée en 2011 par une équipe de l’UMR Santé et agro-écologie du vignoble (Inra - Bordeaux Sciences Agro), la plateforme Web ePhytia est rapidement devenue une référence nationale (voire internationale) pour les professionnels et les jardiniers avertis. En quelques clics, guidé par des photos, l’utilisateur peut diagnostiquer la maladie qui affecte ses tomates, salades ou melons. Des versions pour Androïd ou iPhone, baptisées Di@gnoplant, disponibles également pour le tabac et la vigne, sont également téléchargées en nombre. Prévue dans le courant de l’année 2013, l'application Vigipl@nt fera la part belle à la science participative : « Un réseau d’observateurs géolocalisera les maladies, ce qui nous permettra d’anticiper leur développement sur un territoire », précise Dominique Blancard, l’ingénieur de recherche à l’origine du projet. C’est logiquement dans le monde viticole, mieux équipé en smartphones, que ces applications mobiles connaissent la plus forte progression.
    • Remerciements aux agriculteurs enquêtés, M. Liaigre**, P. Boucheny (CA79), M. Potier (Corab), J.P. Gouraud (Agrobio Poitou-Charentes), J.Lallemand (Syndicat des Eaux du Vivier) et Olivier Caillé (SMEPDEP de la Vallée de la Courance). Financement ANR SYSTERRA ADVHERB (ANR-08-STRA-02) L’intégration d’une luzerne de 3 ans dans la rotation : un atout agronomique, économique et environnemental ! Zone atelier « Plaine et Val de Sèvre » 500 km² au sud de Niort (79) Agriculture céréalière (céréales, maïs, tournesol, pois et colza) 15% de la SAU en prairies (contre 60% en 1970) ZPS au titre du réseau Natura 2000, depuis 2003 Sols argilo-limoneux (groies) peu profonds (20 à 40 cm) RU = 50 à 80 mm En 2010, l’INRA de Dijon (UMR Biologie et Gestion des Adventices), en collaboration avec le CNRS (Centre d’Etudes Biologiques de Chizé), a réalisé une étude des pratiques agricoles sur le territoire sud Deux-Sèvres (zone atelier « Plaine et Val de Sèvre »). François BOISSINOT*, Delphine MEZIERE*, Vincent BRETAGNOLLE** et Nicolas MUNIER-JOLAIN* OBJECTIFS 1. Identifier les stratégies agronomiques permettant aux agriculteurs de réduire leur utilisation d’herbicides, voire de s’en passer totalement (AB). 2. Comparer les performances de durabilité d’une diversité de SdC contrastés en termes de niveau d’usage d’herbicides. IFTH < 1.15 si la rotation comprend au moins 50% de cultures de printemps et/ou pluriannuelles Alternance des périodes de semis (hiver vs. printemps ou été) Insertion de prairies temporaires (3 ans) Diversification des cultures de la rotation Evite une spécialisation de la flore adventice Gestion plus simple et efficace des espèces adventices MATERIEL ET METHODES 28 agriculteurs enquêtés 7 SdC en AB + 21 SdC avec un IFT Herbicides variant de 0.43 à 3.09 5 types de rotations OUTILS D’EVALUATION OdERA-Systemes® - Agro-Transfert Ressources et Territoires Simeq® - Arvalis-Institut du Végétal Indigo® - INRA Nancy et Colmar RESULTATS Succession avec luzerne MSN = [Produit Brut + Aides PAC] – [Charges Opérationnelles et de Mécanisation] Rentabilité Robustesse SdC à IFTH faible + + Diversité des cultures (compensation économique) + recours réduit aux intrants SdC avec Luzerne +++ ++ Faibles coûts de mécanisation + pas ou peu d’intrants SdC en AB ++ +++ Pas d’intrants de synthèse + soutiens publics plus élevés * UMR Agroécologie 17, rue Sully 21065 Dijon cedex francois.boissinot@pl.chambagri.fr ** Centre d’études biologiques de Chizé, CNRS, 79360 Beauvoir sur Niort Consommation totale (directe et indirecte) d’énergie / ha / rotation Echelle de 0 (faible) à 100 (élevée) Labour : très énergivore Intégration de légumineuses : économies sur la fertilisation et la mécanisation CONCLUSION L’intégration d’une luzerne de 3 ans dans la rotation joue un rôle important dans la gestion de la flore adventice. Ses atouts environnementaux (flux d’azote, consommation d’énergie, baisse des intrants), alimentaires (protéines, fourrage) et économiques renforcent son intérêt. En Deux-Sèvres, la luzerne constitue également un milieu très favorable à la préservation de l’outarde canepetière (espèce menacée) Retrouvez l’intégralité de cette étude dans l’article « Réduire l’usage des herbicides en grandes cultures », Phytoma n°649
    • Role of the AM interaction on S-uptake and S-starvation resistance in Medicago truncatula UMR1347 Agroécologie INRA/Agrosup/Université de Bourgogne ERL 6300 CNRS BP 86510, F-21065 Dijon, France. 1 Pôle IPM. 2 UMR1347 Pôle GEAPSI L. Casieri1, K. Gallardo2, D. Wipf1 Background: - Sulphur is an essential macronutrient for photosynthetic organisms, used to synthesize various molecules essential to sustain cell growth and viability such as amino acids (cysteine and methionine), glutathionine (GSH), thiols of proteins and peptides, membrane sulpholipids, cell walls and secondary products like vitamins, cofactors, hormones and jasmonate. Thus a reduced availability of S can affect growth, development, and response to numerous abiotic and biotic stresses, with dramatic economical impact. - Plants acquire S from soils mainly as sulphate (SO4 2-) through an H+-dependent co-transport process. As consequence of SO4 2- is highly soluble in water and commonly leached from soils by precipitations, leaving the 95% of the S pull in the soil as C-bonded moieties hardly available to plants. During the last three decades anthropogenic S emissions have been strongly reduced in response to increasing environmental and health awareness; consequently, the lack of indirect fertilization by means of S-containing precipitations led to an important rise of S deficiency cases in crop species. - Sulfate absorption through the plasma membrane of root cells and its transport within the plant are under the control of different sulfate transporters. Although our knowledge of SO4 2- transporters has been growing significantly, little is still known about the effect of the AM interaction on sulfur uptake. Lj SULTR-p chr6.CM0314.360 Medtr2g008470 (Mt SULTR1.1) MedtrCU651589 3.1 (Mt SULTR1.2) Medtr5g061880 (Mt SULTR1.3) 100 100 58 53 8 MtSULTRs identified Aims: - To understand Medicago responses to S- starvation at physiological and transcriptional level Medicago truncatula WT (Jemalong, A17) cultivated on sterilized quartz sand Experimental design: In-silico search for Medicago truncatula sulphate transporters (MtSULTRs) in the Mt3.5 v2 genome annotation Effect of AM interaction and SO4 -2 concentration on growth parameters 0 5 10 15 20 25 30 0 µM 1 µM 10 µM 100 µM 1mM 10mM Leafsurface(cm2 ) NM Myc 0 1 2 3 4 5 6 7 0µM 1 µM 10 µM 100 µM 1 mM 10mM Branchlength(cm) NM Myc a * * ** a a b b b a a a bc b c* b a * *** a a b b b a ab ab ab c bc a C, N, S content of above-ground tissues from NM and Myc plants 0 200 400 600 800 1000 1200 1400 S0 S1µ S10µ S100µ S1m S10m mgC NM Myc a * a a b b c a a ab b b b * ** 0 20 40 60 80 100 120 S0 S1µ S10µ S100µ S1m S10m mgN NM Myc a * a a bc b b a a a ab c b ** * 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 S0 S1µ S10µ S100µ S1m S10m mgS NM Myc a * a a b d c a a b c b e * * *** The evolutionary history was inferred using the Maximum Parsimony (MP). Numbers next to branches represent the percentage of replicate trees in which the associated taxa clustered together in the bootstrap test (2000 replicates). Sequence names consist of accession number and transporter IDs. Species code: At Arabidopsis thaliana; Lj Lotus Japonicus; Mt Medicago truncatula; Os Oryza sativa; Zm Zea mays. 0.00 0.20 0.40 0.60 0.80 1.00 1.20 1.40 1.60 S 1 µM S 1 mM S 10 mM NM Myc Medtr5g061880 (MtSULTR1.3) a * ab b b aab * *0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 S 1 µM S 1 mM S 10 mM NM Myc Medtr2g008470 (MtSULTR1.1) a * a a b a a * 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 NM Myc Medtr2g008470(Mt SULTR 1.1) a * b c a * * 0.18 0.20 CU651589-3.1 (Mt SULTR 1.2) * a 0.00 0.10 0.20 0.30 0.40 0.50 0.60 S 1 µM S 1 mM S 10 mM NM Myc Medtr3g087740 (MtSULTR2.2) a * b b b b a * 0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 S 1 µM S 1 mM S 10 mM NM Myc Medtr5g061860 (MtSULTR2.1) a * b c b aa * PhylogenetictreeofplantSULTRs Roots Leaves Myc/NM MtSULTRs transcripts abundance ratios Medtr5g061880 (Mt SULTR1.3) tr B6UC24 Zm SULTR 1.2 tr Q6Z9Y1 Os High aff SULTR sp Q9FEP7 At SUT1.3 sp Q9MAX3 At SUT1.2 sp Q9SAY1 At SUT1.1 tr Q9AT12 Zm SULTR ST1 tr Q8H7X4 Os Os03g0196000 Medtr5g061860 (Mt SULTR2.1) Lj SULTR-p chr6.LjT23A02.80 Medtr3g087740 (Mt SULTR2.2) sp O04722 At SUT2.1 sp P92946 At SUT2.2 tr Q8H7X1 Os Putative SULTR1 Lj SULTR-p chr2.LjT17O14.70 gi 112362444 Lj sst1 Medtr6g086170 (Mt SULTR3.2) sp Q94LW6 At SUT3.5 tr Q8LR58 Os Os01g0593700 Lj SULTR-p chr1.CM0322.220 Medtr1g071530 (Mt SULTR3.1) Lj SULTR-p chr5.CM0024.290 sp Q9SV13 At SUT3.1 tr Q10RF5 Os Os03g0161200 sp O04289 At SUT3.2 tr B6SYY9 Zm SULTR 3.4 tr Q5VQ79 Os Os06g0143700 sp Q9LW86 At SUT3.4 sp Q9SXS2 At SUT3.3 tr B6SXI4 Zm SULTR 4.1 Medtr7g022870 (Mt SULTR4.1) sp Q8GYH8 At SUT4.2 sp Q9FY46 At SUT4.1 sp Q12325 Sc SUL2 S permease sp P38359 Sc SUL1 S permease 100 58 100 73 28 97 84 100 43 16 14 100 91 100 100 92 100 71 94 30 59 99 100 100 84 100 92 100 60 78 100 100 100 0.2 Group 1 Group 4 Group 3 Group 2 - To assess the role of AM interaction on S-uptake and S-starvation resistance Nutrient solutions containing different SO4 -2 concentrations on Rhizophagus irregularis mycorrhized (Myc) and non-mycorrhized(NM) plants Growth parameters and Element content assessment MtSULTRs transcript accumulation in different tissues and SO4 -2 concentrations AM affect significantly the C, N, S content in leaves suggesting direct and/or indirect implication of AM in plant S-starvation resistance - Group 1 MtSULTRs generally induced in roots and repressed in leaves upon AM SO4 -2 concentration MtSULTR 1.1 MtSULTR 1.2 MtSULTR 1.3 MtSULTR 2.1 MtSULTR 2.2 MtSULTR 3.1 MtSULTR 3.2 MtSULTR 4.1 Leaves S1 μM 0.16 0.11 0.11 0.48 0.75 2.76 14.83 0.74 S1 mM 1.72 3.6 0.36 2.72 9.7 6.55 0.97 2.25 S10 mM 0.34 0.51 0.15 5.89 10.8 0.09 0.69 0.61 Roots S1 μM 4.34 15.25 0.95 0.65 1.09 0.41 0.12 2.39 S1 mM 4.12 3.68 0.34 0.71 0.49 0.46 0.1 0.46 S10 mM 11.71 8.11 0.62 0.94 1.32 3.3 1.11 2.14 Leaf surface (a), vegetative organs branch length (b), shoot DW (c) an roots DW (d) average values among biological replicates and St.Err. bars are shown. Significant differences among sulphate concentrations and between Myc and NM plants are indicated by lowercase letters and asterisks, respectively. 0 µM 1 µM 10 µM 100 µM 1mM 10mM 0µM 1 µM 10 µM 100 µM 1 mM 10mM 0.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 0 µM 1 µM 10 µM 100 µM 1mM 10mM LeavesDW(g) NM Myc a * * ** a a bc b c a a a b c bc** c 0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 1.2 1.4 1.6 1.8 2.0 0 µM 1 µM 10 µM 100 µM 1mM 10mM RootsDW(g) NM Myc d ab ** a b b c c a a a b b b* 0.00 0.50 S 1 µM S 1 mM S 10 mM b b b * 0.00 0.02 0.04 0.06 0.08 0.10 0.12 0.14 0.16 0.18 S 1 µM S 1 mM S 10 mM NM Myc a * a a b b a * * 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.07 0.08 S 1 µM S 1 mM S 10 mM NM Myc Medtr1g071530 (Mt SULTR 3.1) a * a ba b ab * 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.07 0.08 0.09 S 1 µM S 1 mM S 10 mM NM Myc Medtr6g086170 (Mt SULTR 3.2) a * a b ab a * b S-deficiency effects (reduced biomass, shorter branches, fewer and smaller leaves which become soon chlorotic) in NM plants were more evident at concentrations equal or below 100 µM and repressed in leaves upon AM - Group 2 MtSULTRs induced in leaves - Group 3 and Group 4 MtSULTRs differentially affected according to SO4 -2 concentration SO4 -2 concentrations affect significantly the growth of NM and Myc plants, suggesting SULTRs regulation being dependent on S-sensing and availability In-silico search allowed identifying 8 putative MtSULTRs with phylogenetic relations to already characterized Arabidopsis and Rice transporters belonging to all 4 SULTRs groups Transcript analyses revealed a complex picture of S-uptake and mobilization in M. truncatula. SULTRs also belonging to the same group are differentially regulated in leaves and roots according to SO4 -2 concentrations and AM interaction, suggesting a differential contribution to direct- (DS ) or mycorrhizal- (MS) sulphate uptake pathways Main Outcomes:
    • Technosols to reclaim industrial wastelands: depth distribution of abundance and activity of N-cycling microbial communities Farhan Hafeez1, Fabrice Martin-Laurent1, Aymé Spor1, Marie-Christine Breuil1, Christophe Schwartz2 and Laurent Philippot1 Introduction Technosol construction through assemblage of treated soil and recycled wastes is an innovative technology for the restoration of degraded lands and re-use of industrial wastes1. Recent studies have evidenced that Technosols could support primary production1 but knowledge about other ecosystemic services, such as nutrient cycling, is limited. Nitrification Denitrification NH4 + NO2 - NO3 - amoA The study was carried out on a 1 ha experimental site built in 2007 on industrial wasteland in Homécourt, France. References Acknowledgements: The PhD work was funded by HEC (Pakistan) and Doctoral School of the University of Burgundy (France). This work was part of the ‘Biotechnosol program’ carried out as part of the Gessol program, funded by the French Ministry of Ecology, Sustainable development and Land management in cooperation with the ADEME. We should also like to thank the Valterra Company as well as the GISFI for soil construction and technical assistance. 1INRA, UMR 1347 AgroEcologie , F-21065 Dijon cedex; France, 2Nancy-Université,Laboratoire Sols et Environnement, UMR INRA/INPL 1120, BP 172, F-54505 Vandœuvre-lès-Nancy cedex; France 1. G. Sere et al. 2008. Soil construction: A step for ecological reclamation of derelict lands. J. Soils Sediments 8 130-136. 2. L. Philippot et al. 2009. Mapping field-scale spatial patterns of size and activity of the denitrifier community. Environ. Microbiol. 11:1518-1526. 3. C.J. Phillips et al. 2000. Effects of agronomic treatments on structure and function of ammonia-oxidizing communities. Appl. Environ. Microbiol. 66:5410-5418. Conclusions Both soil properties and abundance of the AOB influenced PNA whereas PDA was mainly controlled by soil properties and, to a minor extent, by the abundances of the nirS denitrifiers (Fig. 4). The correlation between the AOB abundance and potential nitrification suggests that bacteria and not archaea are driving nitrification in Technosols. Despite being artificially constructed, our results showed that the vertical distribution of the microorganisms in Technosols is similar to that observed in other soils with a decrease of both the activity and the abundance of the ammonia-oxidizers and denitrifiers with increasing depth. The type of Technosol also had an impact on the N-cycling communities, especially in the upper horizon. However, Technosol depth was a more important driver of the studied microbial communities than Technosol type. Technosol depth clearly affected the abundance of the N-cycling microbial guilds with decreasing abundances with increasing depth (Fig. 1). AOB were more abundant than the AOA in both types of Technosols. N-cycling activities were comparable to those from agricultural soils and exhibited a gradual change along the profile with decreasing rates as depth increases (Fig. 2). Both potential ammonia oxidation (PNA) and potential denitrification activity (PDA) correlated with the physico-chemical properties but this correlation was stronger for the latter (Fig. 4). The main objective of this work was to study the distribution of key microbial guilds involved in the nitrogen cycle in two types of Technosols and to analyze how they were influenced by changes in Technosol properties along the depth profile. Shifts in the total bacterial community structure were also investigated. Green waste compost, treated industrial soil and paper by-products were staked to built two different Technosols (T1 and T2) at the contaminated site. For both Technosols, the first and second layers consisted of compost and mixture of paper by-products and treated industrial soil respectively. The bottom layer of T1 and T2 was composed of paper by-products and limed paper by- products, respectively. Soil sampling were carried out across 3-horizons (with an approximate depth of 0-15; 15-35; 35-85 cm) from three replicate plots from the two types of Technosols. Materials and Methods Results The abundances of the bacterial (AOB) and crenarchaeal (AOA) ammonia oxidizers and denitrifiers were assessed by quantitative PCR (qPCR) using the genes encoding the catalytic enzymes responsible for ammonia oxidation (amoA), and denitrification (nirK, nirS, nosZ) as molecular markers. Technosol Samples DNA extraction Real time-PCR Amplification Fingerprinting (ARISA) Denitrification Rate Nitrification Rate Spectrophoto- metry Gas- Chromatography A large spatial variability in the genetic structure of the bacterial community was observed between replicates, which prevents drawing robust conclusions on the effect of the Technosol type (Fig. 3). However, significant changes in bacterial community structure with depth were observed suggesting a vertical stratification of bacterial communities (Fig. 3). Potential ammonia-oxidation and denitrification were measured by colorimetry and by the acetylene inhibition technique, respectively. We focused on the ammonia-oxidizers performing the first step of the nitrification process and on the denitrifiers, which are often used as model communities in microbial ecology since they are responsible for N-losses through leaching and gaseous N emissions2,3. Fig. 4. Correlation matrix between the abundance and activity of the ammonia oxidizer and denitrifier communities and the physico-chemical properties of the two types of Technosols. The colour scale above the figure indicates the intensity and the direction of the correlation (red positive, blue negative). Fig. 3. A-RISA profiles from T1 (a) and T2 (b) Technosols, sampled at different horizons. Soil depth (in cm) is indicated above the gel pictures (three replicates per horizon). 856 bp 307 bp 1091 bp 520 bp 0-15 15-35 35-85 cm 0-15 15-35 35-85 cm 0-15 15-35 35-85 cm 0-15 15-35 35-85 cm 0-15 15-35 35-85 cm 0-15 15-35 35-85 cm 856 bp 307 bp 1091 bp 520 bp a) b) 16SrRNA(Crenarchaea) Gravels (0.2-0.5 cm) Olsen P Total CaCO3 pH Organicmatter Fine soil Organiccarbon C:N Total N Clay Fine sand Coarse sand Fine silt Coarse silt Gravels (>0.5 cm) Soil Moisture PDA PNA AOB 16SrRNA(Bacteria) nosZ nirS nirK narG napA 16SrRNA(Crenarchaea) Gravels(0.2-0.5cm) OlsenP TotalCaCO3 pH Organicmatter Finesoil Organiccarbon C:N TotalN Clay Finesand Coarsesand Finesilt Coarsesilt Gravels(>0.5cm) SoilMoisture PDA PNA AOB 16SrRNA(Bacteria) nosZ nirS nirK narG napA Fig. 1. Abundance of the AOB and the denitrifier community in the two types of Technosols (T1 and T2 ) at different horizons estimated by qPCR of amoA, nirK, nirS and nosZ genes. Bars indicate mean ( standard deviation) gene copy numbers per horizon depth and per Technosol (n = 9) expressed per ng extracted DNA. Letters adjacent to the bars indicate the significance of the differences between means. NO2 - NO N2O N2NO3 - nosZ nirK nirS Fig. 2. Potential nitrification (A) and denitrification (B) rates measured at different horizons of two types of Technosols (T1 and T2 ). Means ( standard deviation) per horizon depths and per Technosol are shown (n = 9). Letters adjacent to the bars indicate the significance of the differences between means. Automated Ribosomal Intergenic Spacer Analysis (A- RISA) was used to study the genetic structure of baterial community. Depth(cm) 0-15 15-35 35-85 0-15 15-35 35-85 nirKgenecopynumberper ngDNA nirSgenecopynumberper ngDNA 103 106104 105 a c a ab c 103 106104 105 b c d a b amoAgenecopynumberper ngDNA(Bacteria) 103 106104 105 c b a nosZgenecopy numberper ngDNA 103 106104 105 bc a c c b (B) Potential denitrification rate ng N2O-N g-1 dw soil min-1 10 200 30 40 b b b b b a 4 Potential nitrification rate ng NO2-N g-1 dw soil min-1 Depth(cm) 0-15 15-35 35-85 0-15 15-35 35-85 1 20 3 (A) a ab b
    • New hypothesis on the ploidy of the hybrid species Phytophthora alni subsp. alni Genome size comparison using flow cytometry 1Husson C. , 1Aguayo J. , 2Révellin C. , 1Marçais B. and 1Frey P. 1INRA, UMR1136 INRA Université de Lorraine "Interactions Arbres/Micro-organismes", IFR110 EFABA, Centre INRA de Nancy, 54280 Champenoux, France 2INRA, UMR1147 INRA Université de Bourgogne "Agroécologie " , Centre INRA de Dijon, 21000 Dijon, France claude.husson@nancy.inra.fr INTRODUCTION Alnus glutinosa (common alder) is an important species of riparian ecosystems. At the beginning of the 1990s, a new lethal disease was described in the United Kingdom in riparian populations and is now a serious concern for the management of the riverbanks throughout Europe. The causal pathogen, named Phytophthora alni subsp. alni (Paa), is a hybrid species between Phytophthora alni subsp. multiformis (Pam) and Phytophthora alni subsp. uniformis (Pau). One of the parental species, Pau, which is present in Europe and North America but probably exotic to Europe, is supposed to be a diploid species. Pam possesses a polyploid genome and is thought to be tetraploid (Brasier et al. 2004, Ioos et al. 2006, Aguayo et al. in press). In this study, our aim was to determine the relative genome size and the ploidy level of the hybrid species Paa using flow cytometry (D’Hondt et al. 2011) and Real-Time PCR. Foliage symptoms on alder Flame-shaped bark lesion CONCLUSION RESULTS Results of both methods are consistent and indicate that Paa contains half of the genome of each parental species. Thus, hybridization led to a reduction in chromosome number, as in the case of homoploid hybridization. As a result, the hybrid Paa is most probably a triploid species. This ploidy level may explain that oospores viability of Paa is low and that no germination was observed (Delcan and Brasier 2001). Such a ploidy level in hybrid species has already been described in plants species (Palop-Esteban et al. 2007). Determination of the ploidy level is of fundamental importance to characterize the population genetic structure which is mostly based on allele frequencies. Pam:Paaratios Pam : Paa ratios for the allele PAM1 of GPA1 gene MATERIALS and METHODS Determination of ploidy level using real-time PCR Aguayo, J., Adams, G. C, Halkett, F., Catal, M., Husson, C., Nagy, Z. A., Marçais, B and Frey, P. Strong genetic differentiation between North American and European populations of Phytophthora alni subsp. uniformis. Phytopathology (in press) Brasier C.M., Kirk S.A., Delcan J., Cooke D.E.L., Jung T. and Man in´t Veld W.A. Phytophthora alni sp. nov. and its variants: designation of emerging heteroploid hybrid pathogen spreading on Alnus trees. Mycological Research, 108: 1172–1184 (2004) D’Hondt L., Höfte M., Van Bockstaele E. and Leus L. Applications of flow cytometry in plant pathology for genome size determination, detection and physiological status. Molecular Plant Pathology, 12: 815–828 (2011) Delcan J. and Brasier C. M. Oospore viability and variation in zoospore and hyphal tip derivatives of the hybrid alder Phytophthoras. Forest Pathology, 31: 65-83 (2001) Ioos, R., Andrieux, A., Marçais, B. and Frey, P. Genetic characterization of the natural hybrid species Phytophthora alni as inferred from nuclear and mitochondrial DNA analyses. Fungal Genetics and Biology, 43, 511-529 (2006). Fluorescencepeakpositions Total nuclear DNA content: Paa = (Pam + Pau) x 0.5 Pau or Pam : Paa ratios genes Allele PAU Allele PAM1 Allele PAM2 ASF-like 1.9 2.0 1.9 GPA1 2.6 2.0 2.2 RAS-Ypt 2.5 2.1 1.9 Mean (95%CI) 2.3 (1.9-2.7) 1.9 (1.7-2.2) The number of copies of each allele is approximately 2 fold higher in the parental species than in the hybrid species Zoospore concentrations Paa Pam Pau Fluorescence intensity Comparison of genome size using flow cytometry fluorescence number of cycle sporangia Release of zoospores Fluorescent staining of nuclear DNA in zoospores 1- Preparation of zoospore suspensions in Tris-EDTA buffer • Production of sporangia in river water from 3 days old colony of P. alni. Addition of cold ultra-pure water in place of river water to release zoospores. Vortexing of zoospore suspensions, storage for 1 h at 4°C (encystment) • Filtration of suspensions using 10 µm pore membrane filters to trap zoospores. Incorporation of filters in a new tube containing Tris-EDTA buffer and vortexing to release zoospores • Zoospore concentrations measured by using a haemocytometer 2- Flow cytometry analysis • Addition of Rnase into zoospore suspensions and staining nuclear DNA content with Propidium Iodide • Measurement of fluorescence emission using a flow cytometer (Cyflow blue, Partec) • Relative genome sizes calculated from the ratios between the peak position of each Phytophthora species 3- Allele-specific real-time PCR • Design of 9 allele-specific primer pairs and probes for three single copy nuclear genes: ASF-like, GPA1, RAS-Ypt • DNA extraction of calibrated zoospore suspensions for 6 isolates per species • Quantitation of the number of copies of alleles for each gene using real-time PCR (Taqman®) PAU PAM1 PAM2 P. alni alni P. alni uniformis PAU P. alni multiformis PAM1 PAM2 Hybridization event: based on 4 nuclear genes, Paa possesses at least 1 copy of alleles PAU, PAM1 and PAM2 from its parental species (Ioos et al. 2006) PAU PAM1 PAM2 P. alni alni P. alni uniformis PAU P. alni multiformis PAM1 PAM2 2n 4n 3n 2n 4n ? ? n PAU PAM2 PAM1 Zoospore concentration (log) Cyclethreshold(Ct) 32 33 34 35 36 37 38 39 • Quantitative PCR on the three alleles (PAU, PAM1, PAM2) per gene • Comparison between Pau or Pam and Paa of the amount of amplified DNA  Calculation of Pam : Paa and Pau : Paa ratios • A difference of 1 Ct represents a 2 fold higher DNA quantity Fluorescence peak of the isolate Pau300 Gate R1 represents the zoospore population Cycle threshold Paa isolates Pam isolates Genome size estimation is based on the comparison of the amount of fluorescence emitted by DNA stained with an intercalating fluorochrome (PI) Mean (95% CI) = 0.49 (0.45–0.53)
    • Winter disease development Development stage 2 nodes Development on spike Seed-borne Inoculum Soil-borne inoculum Soil surface inoculum Saprophytic survival of Fusarium graminearum in crop residues Conclusion : There is no early indicators enabling to predict and control FHB. Part of the life cycle of F. graminearum relies on a saprotrophic phase during which the fungus seems to exhibit weakness. Therefore, the management of crop residues appears as the key point to control the development of FHB. A strong emphasis should be placed on the biological decomposition of crop residues at the soil surface or/and on the use of suppressive intermediate crops such as mustard to limit the soil inoculum potential of saprotrophic F. graminearum. Saprophytic survival of Fusarium graminearum in soil in presence of various crop residues Population dynamics of F. graminearum were assessed in controlled conditions (small microcosms) by Q PCR measurements J. Leplat1, L. Falchetto2, P. Mangin2, C. Heraud1, E. Gautheron1, N. Gautheron1, V. Edel-Hermann1, C. Steinberg1 1 INRA, UMR1347 Agroécologie 17 rue Sully, BP 86510, F-21000 Dijon, France. http://www6.dijon.inra.fr/umragroecologie 2 INRA, UE Domaine d’Epoisses, F-21110 Bretenières, France Email : christian.steinberg@dijon.inra.fr This poster reports part of a PhD work (J. Leplat) funded by the Vitagora–FUI programme Farine+ 2007–11 10 100 1000 10000 100000 1000000 10000000 0 10 20 30 40 50 60 70 80 Days 10 100 1000 10000 100000 1000000 10000000 0 10 20 30 40 50 60 70 80 Days Number of DNA copies.g-1 of matrix Number of DNA copies.g-1 of matrix Relative contribution of different sources of inoculum in the development of Fusarium diseases Soil No crop residues Seed-borne inoculum Buried crop residues Soil-borne inoculum Air-borne inoculum Crop residues on the surface Weeds, Adjacent plots Winter development of the disease Development stage 2 nodes Development of the disease on spike C/N 14 116 Fusarium Head Blight (FHB) is one of the most important disease altering wheat crops. A field experiment was conducted i) to better understand the saprotrophic development of Fusarium graminearum and its consequences on FHB, ii) to characterize the relative importance of the different sources of FHB inoculum and the accumulation of mycotoxins in grains and subsequently, iii) to determine early indicators of future disease development on ears and accumulation of mycotoxins in grains. No correlation Relationship between early symptoms and the severity of Fusarium Head Blight - No correlation between early symptoms and FHB => No early indicators - Climate plays a decisive role - Image analyses (not shown here) of spikes and spikelets revealed a positive correlation between symptoms and mycotoxin contents - Air borne inoculum was not taken into account in this study. - Crop residues left on the surface are the main source of FHB symptoms => they need a specific focus ! - Three wheat varieties (susceptible to resistant to FHB) - Various sources of inoculum of F. graminearum (seed, soil, buried and non buried crop residues) - 3 replicates/treatment, bioassay was performed two consecutive years - Measurements (field and lab) were carried out throughout the duration of the culture Symptoms No symptoms Disinfected soil + wheat residues Disinfected soil without residues Natural soil + wheat residues Natural soil without residues Soil + Maize residues Soil + Wheat residues Soil + Rape residues Soil without residues Soil + Mustard residues Soil + Alfalfa residues The soil-borne biota limits F. graminearum development The wheat residues provide exploitable resources for F. graminearum and consequently promote its saprotrophic survival. The exploitation of trophic and spatial resources provided by the crop residues depends on their nature (previous crop and C/N) : maize stubbles provide a greater carrying capacity than wheat straw and rapeseed residues while mustard has a suppressive effect for the fungus. The growth promoting effect of Alfalfa for F. graminearum is likely due to the rich N content of the residues but this effect is short-lived because its decomposition is probably also facilitated by the presence of N Leplat, J., H. Friberg, M. Abid, and C. Steinberg. 2013. Survival of Fusarium graminearum, the causal agent of Fusarium head blight. A review. Agronomy for Sustainable Development 33:97-111.
    • Assessment of functionality and integrity of the model FIGURE 4. Assessment of functionality and integrity of the FAE model. Development of an improved in vitro model of human intestinal follicle associated epithelia to study cellular and molecular interactions of Candida albicans with M cells. LÓPEZ ALAYÓN Carolina, ALBAC Sandrine, SAUTOUR Marc, DALLE Frédéric Agroécologie UMR 1347 Agrosup, INRA, Université de Bourgogne. Pôle Microbiologie Environnementale et Risques Sanitaires (MERS), 7, Boulevard Jeanne d'Arc BP 87900 - 21079 DIJON CEDEX, France TEER (Ωcm2) 203±68 445±62 Our results reported that adherence of Candida albicans SC5314 is greater in cultures containing M cells-like (co-cultures) than layers containing Caco-2 cells only (mono-cultures). Candida albicans seems to adhere preferentially to cells expressing the Glycoprotein 2 (M cell label) on its apical side. Candida albicans can cross more easily through the cellular layers containing M cells-like as compared to Caco-2 cells alone. CONCLUSIONS MONO-CULTURECO-CULTUREMONO-CULTURECO-CULTURE GLYCOPROTEIN2GLAECTIN9 i j k l m n o p 1. M CELL MARKER 2. UEA-1 3. DAPI 4. MERGE a b c d e f g h Method: 1. M cells (green) on the cell layers were stained (I and m) with a polyclonalIgG goat anti-galectin9 antibody (Santa cruz) or (a and e) with a polyclonal IgG rabbit anti-GP2(Imgenex) and were revealed with an Alexa fluor 488 rabbit anti-IgG goat (Invitrogen)or an Alexa fluor 488 goat anti-IgG rabbit antibody respectively(Invitrogen). 2. Enterocytes(red) were labelledwith the UEA-1 (ulex europaeusagglutinin1) lectin ((Sigma). 3. Nuclei (blue) were revealed with a DAPI staining (Invitrogen). 4. Merge: Overlap of the three differentstaining. Method: Cell layers were fixed and processed for SEM analysis. M cells were identified by their lack or fewer microvilli at their apical surface (c and d). Mono-cultureswere used as control(a and b) (M = M cell ; E = enterocyte). Candida albicans is a commensal inhabitant of the human mucosa causing harmful invasive infections in immuno-compromised patients, taking origin mainly from the gastro-intestinal tract. A better understanding of the mechanisms by which C. albicans interacts with the intestinal mucosa will improve our knowledge of the physiopathology of disseminated candidiasis. C. albicans can grow upon mucosal surfaces in both the yeast and the hyphal forms, the transition from the yeast to the hyphal form playing a key role in its virulence. Mucosal immunity contributes to both commensalism and pathogenicity of the fungus, possibly through presentation of C. albicans antigens to the underlying organized lymphoid structures via transcytosis that could probably be mediated by the specialized epithelial M cells. With this aim, we developed an in vitro model of the human intestinal Follicle Associated Epithelium (FAE) where enterocytes of the Caco-2 cell line in close contact with mucosal lymphocytes differentiate in M cells. Studying adherence, invasion and translocation of C. albicans across co-cultures suggest that C. albicans interacts differentially with M cells / enterocytes co-cultures as compared to mono-layers of Caco-2 cells alone. The uptake mechanism allowing C. albicans to translocate across the co-culture model is under investigation. Moreover, the respective contribution of the yeast and hyphal forms to this process will be studied using KO mutants of C. albicans unable to produce hyphae. Finally the cytokine production resulting from C. albicans and M cells / Caco-2 co-cultures interaction will be studied. ABSTRACT INVERSED FAE MODEL Membrane PE Seeding of Caco-2 cells D 0 Reverse inserts D 3-5 Co-culture D 14-16 In-vitro FAE model D 19-21 Culture of Caco-2 cells PE Membrane Basolatéral side Apical side B Raji Lymphocytesi Microparticles silicone rubber M cells Upper insert side Lower insert side Membrane PE Seeding of Caco-2 cells D 0 Reverse inserts D 3-5 Co-culture D 14-16 In-vitro FAE model D 19-21 Culture of Caco-2 cells PE Membrane Basolatéral side Apical side B Raji Lymphocytesi Microparticles silicone rubber M cells Upper insert side Lower insert side FIGURE 1. Time scale of the protocol to obtain an optimized inverted in vitro FAE model as described by Des Rieux et al. (1) VALIDATION AND CHARACTERISATION OF THE FAE MODEL Localisation of M cells in the co-cultures FIGURE 2. Identification of M cells by immunofluorescence analysis. GP2 and Galectin-9 expression was increased on the apical surface of the co-cultures, suggesting the presence of M cells in the layer of cells (2) The UEA staining decreases in the co-cultures layers as compared to mono-cultures conditions, suggesting changes in the apical membrane components induced by the contact of lymphocyte B with enterocytes (2). Mono-cultures were used as a control. CO-CULTUREMONO-CULTURE a b c d M M E Mono-cultures: <1% of M cells Co-Cultures: 5% of M cells FIGURE 3. Visualization of M cells by Scanning Electron Microscopy (SEM) analysis. References • des Rieux et al., 2007, European journal of pharmaceutical sciences, 3 0 ( 2 0 0 7 ), 380–391 • Pielage et al., 2007, The International Journal of Biochemistry & Cell Biology, 39 (2007), 1886–1901 ACKNOWLEDGEMENTS This work was supported by the Agence Nationale de la Recherche (grant ANR-08-MIEN-033–01), the University of Burgundy and the Hôpital du Bocage, Dijon. INTERACTION OF C. albicans WITH FAE MODEL 0,E+00 5,E-09 1,E-08 2,E-08 2,E-08 3,E-08 0,E+00 2,E-06 4,E-06 6,E-06 8,E-06 1,E-05 CO-CULTURES MONO-CULTURES Papp10KDaDextran-FITC(cm/s) %oftransportednanoparticles 0,2 µm nanoparticles 10KDa FITC-Dextran Transepithelial electrical resistance (TEER) decrease is considered to be a result of Caco-2 cell conversion into M cells. The observed TEER values were in the range reported in the literature for both co-cultures and mono-cultures with good tightness (1). 10KDa FITC-Dextran apparent permeability (Papp) were 10 fold higher in co-cultures as compared to mono-cultures, suggesting that this molecule may cross the epithelial barrier at the paracellular level and/or by transcytosis (1). The number of transported nanoparticles was 20 fold higher in co-cultures than in mono-cultures suggesting that this molecule may cross the epithelial barrier by transcytosis (1). Method: To quantify transcytosis function and permeability of the tissue: 4.5×108 nanoparticles/ml (0.2 µm FITC-labelled carboxylated nanoparticles)(Invitrogen) and 1mg/ml of 10KDa FITC-dextran suspended in HBSS, were added to the apical pole of the cellular layers. After 4h at 37 ◦C of incubation, the number of transported nanoparticles was evaluated by flow cytometry and the amount of transported 10KDa FITC-dextran was measured by fluorimetry. Integrity of the tissue was also measured by analysis of TEER (trans epithelial electrical resistance). TEER was measured using a Millicell®-RES(Millipore,Billerica,MA.) ohmmeter. Values appear down each group results. Each condition was tested in triplicate. FIGURE 8. Co-localisation of C. albicans SC 5314 with M cells of the FAE model 1. GP2 2. UEA-1 3. CALCOFLUOR WHITE 4. MERGE MONO-CULTURECO-CULTURE a b c d e f g h Method: Cultures were infected with 107 C. albicanslog phase for 2 hours. After rinsing, cultures were fixed and stained as described above. 1. M cells (green) and 2. Enterocytes(red) were labelled as describe above. 3. Adherent yeasts (blue) were revealed with a calcofluorwhite staining. 4. Merge: overlap of the three different staining. Adherence of C. albicans was increased in co-culture conditions Adherent yeasts mostly co- localised with GP2 stained cells, suggesting that yeasts preferentially adhered to M cells. FIGURE 5. Adherence of C. albicans SC 5314 FIGURE 6. Percentage of invasion of C. albicans SC 5314 FIGURE 7. Determination of the C. albicans SC 5314 transport through the mono- and co- cultures. 0,E+00 2,E-04 4,E-04 6,E-04 8,E-04 1,E-03 1,E-03 1,E-03 2,E-03 2,E-03 2,E-03 CO-CULTURES MONO-CULTURES %oftransportedyeasts Adherence of C. albicans SC 5314 was 2 fold higher in co-cultures as compared to mono- cultures, suggesting that C. albicans interacts preferentially with M cells of the co-culture layers. Method: The reference strain C. albicans SC 5314 was grown in liquid YPD (1% yeast extract, 2% bacto-peptone, 2% D-glucose) medium at 37°C overnight, with shaking. Prior to use C. albicans cells were diluted to a OD of 0,3 (600nm) into fresh liquid YPD medium and grown to log phase for 2 h at 37°C. Cultures of epithelial cells were infected with 4 x 104/ml of C. albicans log phase, for 30 minutes. After rinsing, cultures were fixed and stained with a rabbit polyclonal anti-C. albicans antibody (Acris) and with an Alexa fluor 488 goat anti-rabbit secondary antibody (Invitrogen). The percentage of adherence was determined as the ratio of the number of adherent yeasts to the number of C. albicans cells inoculated. Each condition was tested in triplicate. Invasion of C. albicans was significantly increased in co-cultures after 2 hours of incubation as compared to mono-cultures, suggesting that C. albicans can penetrate more easily into layers containing M cells. Method: C. albicans was grown as described above. Cultures were infected with 4 x 104/ml of C. albicans long phase, for 1, 2 or 3 hours. After rinsing, cultures were fixed and stained as described above. After permeabilisation both invasive and adherent yeasts were stained with calcofluor white. The percentage of invasive C. albicans cells was determined as the ratio of the number of [partially] internalized cells to the total number of interacting cells. Each conditionwas tested in quadruplicate Method: Cultures were infected with 107/ml of C. albicans log phase for 24 hours. Then, the totality of the basolateral medium was taken and sowed in YPD plates, at 30°C for 2 days. The number of colonies grown on plates was then counted. Finally, the percentage of translocation was estimated by the ratio of the number of colonies to the total number of yeasts inoculated. Each condition was tested in triplicate. After 24h of infection, translocation in co- cultures was 19 fold higher than in the mono- cultures, suggesting that translocation of C. albicans is facilitated by M cells. 0 1 1 2 2 3 3 4 4 5 CO-CULTURES MONO-CULTURES %ofadherence 0 10 20 30 40 50 60 1h 2h 3h %ofinvasion CO-CULTURES MONO-CULTURES
    • REFERENCES • Jeandroz, S., Murat, C., Wang, Y. J., Bonfante, P. & Le Tacon, F. (2008). Molecular phylogeny and historical biogeography of the genus Tuber, the 'true truffles'. Journal of Biogeography 35(5): 815-829. • Murat, C., Riccioni, C., Belfiori, B., Cichocki, N., Labbe, J., Morin, E., Tisserant, E., Paolocci, F., Rubini, A. & Martin, F. (2011). Distribution and localization of microsatellites in the Perigord black truffle genome and identification of new molecular markers. Fungal Genetics and Biology 48(6): 592-601. • Riccioni, C., Belfiori, B., Rubini, A., Passeri, V., Arcioni, S. &Paolocci, F. (2008). Tuber melanosporum outcrosses: analysis of the genetic diversity within and among its natural populations under this new scenario. New Phytologist 180(2): 466-478 • Song, M. S., Cao, J. Z. &Yao, Y. J. (2005). Occurrence of Tuber aestivum in China. Mycotaxon 91: 75-80. GENETIC DIVERSITY OF TUBER AESTIVUM / UNCINATUM RESULTS  Tuber aestivum-uncinatum ( the Burgundy truffle ) forms ectomycorrhizas with different host trees (oaks, hazels..).  This species has a European wide distribution and is also found also in North-Africa and China (Song et al., 2005 ; Jeandroz et al., 2008).  Its taxonomical status is unclear : Morphological and ecological polymorphisms exist but no genetic differentiation indicating the existence of two different species is found. Tuber aestivum-uncinatum is one species with different ecotypes. (Molinier et al, in prep)  No population genetic study using specific genetic markers has been performed at the European scale previously.  Here, we are reporting the first development of specific microsatellite markers (SSRs) in this species. Our Goal : To infer the evolutionary history of the species and perform a population genetic study using samples from different European populations GENERAL BACKGROUND & GOAL In this study, we report the first identification of polymorphic microsatellite markers (SSRs) of Tuber aestivum - uncinatum by using direct shotgun pyrosequencing (DSP). Fifteen polymorphic SSRs were identified. Preliminary analyses show a relative high polymorphism. A future population genetic study performed with more samples from different populations in Europe should confirm the strong polymorphism found in Tuber aestivum. The future study should address several questions : (1) species genetic distribution within Europe? (2) Is there any population containing non shared alleles? Are there some differentiated populations in which no gene flow has taken place? METHODS & STRATEGY • 1st Step : Development of specific SSR markers by Direct Shotgun Pyrosequencing (454) on genomic DNA extract. • 2nd Step : Population genetic study : Genotyping of a total of 320 samples coming from 30 different European populations. 1. DEVELOPMENT OF SSR MARKERS BY DIRECT SHOTGUN PYROSEQUENCING 4% agarose gel showing the different alleles for 1 SSR marker and 7 truffle isolates. 454- pyrosequencing run (Génoscope) => 534620 reads (average length mean = 561 bp) Reads < 300 pb or Reads with at least one « N » were removed. 411374 reads kept SSRs identification (tri-, tetra-, penta- & hexa-nucleotide repeats) with MISA. Conditions: •More than 5 repeats •SSRs separated by more than 1bp were considered as different SSRs •SSRs must begin between 100 and 300 bp from the 5’ end of the reads. 5265 reads kept (excluding Di-): Tri = 3568, Tetra = 1248, Penta = 324, Hexa = 125 Blastx search against nr database was performed SSRs with more than 10 repeats were kept 2126 reads kept Tri = 114 reads Tetra = 42 reads Penta = 23 reads Hexa = 2 reads Total= 181 reads Different softwares used to develop primers and test them in silico : « Websat », « Oligo Analyzer 3.1 » and« AmplifX ». 40 SSRs kept and their relative primers designed PCR tests with DNA extracts from several truffle ascocarps 25 SSRs easily amplified Polymorphism test on 14 samples from different populations by selection after visualization on a 4% agarose gel 15 polymorphic SSRs kept for the study 2. PRELIMINARY GENOTYPING ON 84 TRUFFLE ISOLATES Locus name SSR Motif Tm (°C) SSR Size range (bp) Number of alleles Number of expected alleles Expected Heterozygoty aest1 (CCACTC)10 60 236-296 7 4.065 0.754 aest6 (AGTAAT)6 60 212-236 5 2.697 0.629 aest7 (ACAGC)6 60 256-286 6 3.929 0.745 aest10 (AGTAC)6 60 280-310 6 4.618 0.783 aest15 (GGATG)6 60 297-322 4 1.849 0.459 aest18 (ACTG)11 60 136-156 5 2.285 0.562 aest24 (TCA)18 60 292-319 8 4.558 0.781 aest25 (ATT)10 60 122-140 5 3.402 0.706 aest26 (TAT)11 60 124-178 9 4.948 0.798 aest27 (TCA)18 60 314-341 8 4.121 0.757 aest28 (TCA)18 60 344-452 15 7.171 0.861 aest29 (AGTAC)6 60 186-226 7 4.748 0.789 aest31 (CCTAC)6 60 285-325 9 4.388 0.772 aest35 (TTTC)10 60 124-160 4 1.891 0.471 aest36 (GACT)13 60 310-350 8 3.216 0.689 Molinier V.1, Murat C.2, Morin E.2, Wincker P3, Gollotte A.4, Martin F.2, Wipf D.1 1UMR Agroécologie INRA 1347/AgroSup/uB, Pôle IPM ERL CNRS 6300- Dijon - France, UMR 1136, IAM INRA-Nancy Université - Champenoux – France, 3Centre National de Séquençage-Génoscope, 4Inoplant, Aiserey, France. 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1 0 10 20 30 40 50 60 70 80 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 MeanofGenotypicDiversity(Squares) MeanNumberofGenotypes(Triangles) Number of loci Figure 1 : Plots of the mean number of genotypes and genotypic diversity versus the number of loci.  84 isolates from 9 European populations were used.  Genotyping was performed with the 15 specific SSR markers.  69 different multilocus genotypes were identified out the 84 T. aestivum isolates (Figure 1)  Genotypic diversity was 0.993.  Number of different alleles (Na) per locus varied from 4 to 15 (mean = 7.067; SE = 0.714) (Table 1)  Number of expected alleles (Ne) per locus varied from 1.849 to 7.171 (mean = 3.859; SE = 0.357)  As expected, no heterozygosity was found as ascocarp (haploid) were used (Riccioni et al., 2008 ; Murat et al., 2011)  Expected heterozygosity (He) values range from 0.449 to 0.861 ( mean = 0.704; SE = 0.031) Table 1 : Characteristics of the 15 SSRs selected CONCLUSION
    • Mise en évidence d’une activité caféoyltransférase chlorogénate-dépendante dans les racines de tomate mycorhizées. Jonathan Negrel*, Francine Javelle et Dominique Morandi * email: negrel@dijon.inra.fr UMR 1347 Agroécologie INRA, AgroSup, Université de Bourgogne Pôle Interactions Plantes-Microorganismes ERL CNRS 6300 INRA 17 rue Sully BP 86510 21065 Dijon Cedex France INTRODUCTION et RESUME : Il a été rapporté récemment que la colonisation des racines de tomate par des champignons mycorhizogènes à arbuscules provoquait une diminution significative des teneurs en acide chlorogénique (acide 5-O-caféoylquinique) de ces racines (Lo- pez-Raez et al. 2010). En essayant de vérifier ce résultat nous avons observé que lorsque des racines de tomate colonisées par Rhizophagus irregularis (précédem- ment connu sous le nom de Glomus intraradices) sont extraites par le méthanol pen- dant 48 h à 6°C, l’acide chlorogénique naturellement présent dans l’extrait est lente- ment transestérifié en methyl caféate, la réaction pouvant être suivie par HPLC. La réaction n’a lieu que lorsque les racines broyées sont laissées au contact de l’extrait hydro-alcoolique et lorsque la teneur en eau du mélange est de 15 à 35 %. Lorsque les racines sont extraites dans l’éthanol, l’acide chlorogénique est transformé en ethyl caféate dans les mêmes conditions. La réaction est aussi détectée dans les extraits de racines colonisées par Glomus mosseae. Elle peut aussi être détectée dans les extraits de racines des plantes « témoins », non colonisées, mais est de 10 à 25 fois plus faible. Par contre elle est indétectable dans les extraits des parties aériennes, qui sont aussi riches en acide chlorogénique, et ceci que la plante soit inoculée ou pas avec le champignon. Nos résultats montrent que la réaction de transestérification détectée dans les extraits racinaires est catalysée par une enzyme de la plante, dotée d’une activité caféoyltransférase chlorogénate-dépendante et qui conserve son activité dans les mélanges hydro-alcooliques. Cette activité caféoyltransférase est inhibée par le PMSF. Les isomères 3- et 4-O-caféoylquinique sont également utilisés comme subs- trats mais sont moins actifs que le 5-O-caféoylquinique. L’activité est très fortement induite dans les racines de tomates mycorhizées cultivées en condition de forte défi- cience minérale. Etonnamment cette activité caféoyltransférase a aussi été détectée dans les racines mycorhizées de poireau, de sorgho et de Medicago truncatula. La signification physiologique et biochimique de la présence de cette enzyme dans les racines est actuellement inconnue. Notre hypothèse est que l’activation du métabolisme de l’acide chlorogénique dans les racines de tomate mycorhizées pour- rait être liée à son utilisation comme précurseur d’autres composés phénoliques. O O OH OH OH HO O HO O OH O OH OH Acide Chlorogénique HN O SERINE COMPLEXE ACYL-ENZYME nucléophile HO O OH OH Acide caféique O O OH OH Methyl caféate MeOHH2O PMSFX CONCLUSION Bien que nous n’ayons pas détecté de diminution significative des teneurs en acide chlorogénique dans les racines de tomate mycorhizées, nos résultats confir- ment que la mycorhization provoque une activation de son métabolisme. Assez étonnamment, la transestérificaton de l’acide chlorogénique détectée au cours de l’extraction des composés phénoliques de racines de tomate mycorhizées est une réaction enzymatique catalysée par une enzyme de la plante qui reste active dans les mélanges hydro-alcooliques et qui présente une activité caféoyltransférase chlo- rogénate-dépendante lorqu’elle est placée en présence de forte concentrations d’alcools. La signification biologique et biochimique de la présence de cette enzyme dans les racines est pour l’instant inconnue, mais on peut penser que l’activation du métabolisme de l’acide chlorogénique dans les racines de tomate mycorhizées est liée à son utilisation comme précurseur d’autres composés phénoliques. Il est pos- sible que cette enzyme corresponde à un gène de fonction inconnue dont l’activation a déjà été observée au cours des études consacrées à la symbiose mycorhizienne à arbuscules par des approches de transcriptomique ou de protéomique, ce qui devrait faciliter sa caractérisation et l’identification du ou des produits formés in vivo à partir de l’acide chlorogénique. Matériel et méthodes. Matériel végétal et fongique: La variété de tomate Marmande a été utilisée au cours de ce travail. Les plantes ont été cultivées sur sol d’Epoisses stérile additionné de 25% de zéolite et inoculées par G. intraradices (Agrauxine, Biorize SA) ou Glomus mosseae (BEG 12). Les plantes cultivées en chambre climatisée on été arrosées soit avec de l’eau osmosée, soit avec une solution nutritive de Long Ashton à teneur normale (P) ou réduite (P/10) en phosphate. La colonisation par le champignon a été estimée selon le protocole décrit par Morandi et al. 2005 Mycorrhiza,15, 283. Identification du methyl et de l’ethyl caféate: Le methyl caféate formé au cours de la réaction de transetérification a été identifié par co-chromatographie (HPLC, TLC) et comparaison des spectres UV-visible et de masse (HR-ESIMS) du produit de syn- thèse. L’ethyl caféate a été identifié dans les même conditions. Détection et quantification de la formation de methyl caféate lors de l’extraction de l’acide chlorogénique: La vitesse de transestérification de l’acide chlorogénique (Fig. 4 et 5) a été mesurée par HPLC après broyage des racines dans l’azote liquide et extraction des composés phénoliques endogènes en incubant les culots racinaires à 6°C pendant 48h en présence de d’acide chlorogénique (1 mM) dans le MeOH 70%. Détection de l’activité caféoyltransférase dans les extraits enzymatiques: Après broyage à 4°C des racines dans un tampon 0.2 M Tris-HCl pH 7.5 contenant 1% SDS, 10 mM ME, 1 mM EDTA et 20 g/L d’acide ascorbique l’extrait enzymatique cen- trifugé est précipité à l’acétone à – 20°C et remis en suspension dans un tampon KPi à pH 6. Cet extrait est ensuite utilisé pour mesurer l’activité en présence de MeOH 70% et d’acide chlorogénique 1 mM. La transestérification est alors suivie par HPLC à 6°C pendant 48h. Remerciements Ce travail a bénéficié d’un financement du Conseil Régional de Bourgogne (PARI Agrale 8). Nous remercions également le Laboratoire Central d’Analyse du CNRS à Lyon pour les données de spectrométrie de masse. Réferences López-Ráez, J. A., Flors, V., García, J.M., Pozo, M.J., 2010. AM symbiosis alters phe- nolic acid content in tomato roots. Plant Signaling and Behavior 5, 1-3. Fig. 1. Réaction de transestérification de l’acide chlorogénique détectée au cours de l’extraction dans le méthanol à 6°C des composés phénoliques des racines de tomate colonisées par Glomus intraradices. Une réaction analogue a lieu en présence d’éthanol. O O OH OH OH HO O HO O OH O OH OH MeOH OH HO O HO OH OH Acide quinique Methyl caféate Acide chlorogénique Fig. 2. Analyse par HPLC des composés phénoliques des racines de tomate de plantes témoins (A et B) ou inoculées par G. intraradices depuis 1 mois (C à F). 1: Acide chlorogénique, 2: Methyl caféate, 3: Ethyl caféate A et C: analyse immédiate après extraction dans le méthanol B et D: analyse après 48 h d’extraction dans le méthanol à 6°C E: analyse immédiate après extraction dans l’éthanol F: analyse après 48 h d’extraction dans l’éthanol à 6°C 1) L’acide chlorogénique est transestérifié au cours de l’extraction des composés phénoliques des racines de tomate mycorhizées (Fig. 1 et 2) 2) La vitesse de transestérification dépend à la fois de la mycorhization et de la nutrition minérale de la plante: (Tableau 1 et Fig. 3 et 4) 3) La réaction de transestérification est aussi liée à la mycorhization chez d’autres espèces végétales: (Fig. 5) 4) La réaction est catalysée par une enzyme de la tomate remarquablement stable, inhibée par le PMSF et dont l’activité est fortement stimulée par la mycorhization (Tableau 2 et Fig.6) Tableau 1. Paramètres de croissance et de colonisation des plants de tomate témoins (NM) et mycorhizés (Gi). Solution nutritive Eau LA P/10 LA Parties aériennes NM 2.49 ± 0.47 11.3 ± 0.44 13.2 ± 0.87 (g de matériel frais) Gi 3.08 ± 0.27 13.2 ± 0.87 13.6 ± 0.64 Racines NM 1.93 ± 0.36 3.79 ± 0.36 4.47 ± 0.24 (g de matériel frais) Gi 1.68 ± 0.18 4.11 ± 0.15 3.44 ± 0.45 Colonisation par le champignon L (%) Gi 30 ± 3.6 8.4 ± 2.8 2.2 ± 0.6 GI (%) Gi 10 ± 1.6 2.6 ± 1.1 0.49 ± 0.16 AI (%) Gi 85 ± 4.9 83 ± 11 59 ± 18 L = pourcentage de longueur racinaire colonisée par G. intraradices GI = intensité globale de la colonisation par G. intraradices AI = pourcentage des cellules corticales contenant des arbuscules dans la partie colonisée de la racine. Fig.3 Effets combinés de la nutrition minérale et de la mycorhization sur les teneurs en acide chlorogénique dans les parties aériennes et les racines de tomate. Les teneurs dans les plantes non mycorhizes (NM) et mycorhizées (Gi) ont été détermi- nées en HPLC 4 semaines après inoculation par G. intraradices. A : parties aériennes B : racines Fig.4 Effets combinés de la nutrition minérale et de la mycorhization sur la vitesse de transestérification de l’acide chlorogénique détectée dans les extraits méthanoliques de racines de tomate. Fig. 5 Effet de la mycorhization sur la transestérification de l’acide chlorogénique dans les extraits méthanoliques de racines de différentes espèces végétales (poi- reau, sorgho, Medicago truncatula) Tableau 2 Spécificité et inhibition de l’activité caféoyltransférase détectée dans les extraits enzymatiques de racines de tomate. Substrat (1 mM) Activité relative Gi NM Acide 5-O-caffeoylquinique 100 4 Acide 5-O-caffeoylquinique (enzyme dénaturée par la chaleur) 0 0 Acide 5-O-caffeoylquinique (1 mM PMSF) 3 0 Acide 4-O-caffeoylquinique 30 1 Acide 3-O-caffeoylquinique 55 2 Ethyl caféate 1 0 Acide caféique 0 0 Fig.6
    • K. Siegel1, S. Aimé1, E. Chapelle2, V. Edel-Herman1, J. Raaijmakers2, P. Lemanceau1*, C. Steinberg1 1 INRA, UMR 1347 Agroécologie, 17 rue Sully, BP 86510, 21065 Dijon, France ; (Phone: +33 380 693 051, E-mail: katarzyna.siegel@dijon.inra.fr), 2 Wageningen University; Bld 107, Droevendaalsesteeg 1, 6708 PB Wageningen, The Netherlands * Coordinator of the EU project Ecofinders FP7-ENV-2010-264465 Identifying indicators of soil suppressiveness to fungal diseases Background Objectives Experimental setup Progress Fusarium wilt of melon Root necrosis of sugar beet caused by Rhizoctonia solani Soils suppressive to soil-borne diseases are defined by a low disease incidence in spite of the presence of a virulent pathogen and a susceptible plant. A better survival of host plant (figure 1) is generally observed in suppressive soils (red curve) compared to conducive soil (blue curve). Moreover, the suppressive effect of a suppressive soil can be transmitted to the conducive soil by mixing 10% of the former into the latter (green curve). Therefore, we assume a biotic origin of the soil suppressiveness based on the activity of the resident soil microbiome. Such activity may include competition, antibiosis, and mycoparasitism towards the pathogenic fungi, as well as an induction of the plant defense reactions. These interactions among fungi and bacteria in the rhizosphere of the host plant are probably regulated by the abiotic environment but the microorganisms involved in these interactions are still not identified. Metagenomic approaches could be a way to evaluate and compare the microbial diversities of suppressive and conducive soils in order to depict fungal and/or bacterial taxa associated to the character. Subtitle : Ecofinders: Ecological Function and Biodiversity Indicators Identification of taxonomic microbial indicators of suppressive phenotype of soils by estimation and comparison of microbial biodiversity in two different soils suppressive to either Rhizoctonia solani damping-off disease of sugar beet and Fusarium wilt disease and check if this indicators are common to both soils. In the present situation, only soil suppressiveness to Fusarium wilt is reported. Assessing of bacterial & fungal soil diversity Greenhouse bio-assay Rhizospheric soil collection 16S (bacteria) and ITS1 (fungi) rDNA amplifications 454 Amplicon pyrosequencing Bioinformatic analysis SS: Suppressive soil CS: Conducive soil SS IN: Suppressive soil inoculated with pathogen CS+SS: Conducive soil amended with 10% of suppressive soil Assessement of fungal diversity of Fusarium wilt suppressive soil 125 602 reads generated by pyrosequencing, 114 641 reads kept after filtering by bioinformatic pipeline (J. Langellé, INRA Nancy): Raw sff files BLAST against UNITE database Trimming & denoising Extract ITS region (Fungal ITS Extractor) Select ITS region>100pb Clustering at 97% identity (Uclust) OTU clustering according to taxonomic assignments OTUs richness 0 200 400 600 800 1000 1200 1400 0 5000 10000 15000 20000 25000 30000 35000 40000 SS IN CS SS CS+SS Nb of reads NboffungalOTUs Fig2. Rarefaction curves : effect of internal transcribed spacer (ITS) sequence number on the number of operational taxonomic units (OTUs) identified from the four soil modalities. OTUs were generated at 3% sequence dissimilarity. Single- singletons (OTUs supported by only one read) were excluded from analysis. X, number of sequences; Y, number of observed OTUs. The number of OTUs increased with the number of reads but the plot of OTUs vs ITS1 sequences resulted in rarefaction curves that did not reached a plateau in spite of the large number of reads, what is expected in the case of soil metagenomics analysis. Ascomycota: 75,0% Basidiomycota: 5,4% Unclassified Dikarya: 6,6% Zygomycota: 3,5% Other phyla: 0,8% Unclassified fungi: 8,8% Fig4. Taxonomical distribution of different phyla and fungal groups in the rhizosphere microbiome of flax plants grown in soils with different levels of disease suppressiveness (sum of the fungal abundance of the four modalities). Ascomycota: 75,0%, Basidiomycota: 5,4%, Unclassified Dikarya: 6,6%, Zygomycota: 3,5%, other phyla (Chytridiomycota, Glomeromycota, Blastocladiomycota): 0,8%, Unclassified fungi: 8,8%. Taxonomic analysis Fig3. Venn diagram indicating shared and unique observed operational taxonomic units (OTUs) between disease conducive soil (CS), disease suppressive soil (SS), suppressive soil inoculated with F. oxysporum f.sp. lini (SS IN) and conducive soil with 10% of suppressive soil (CS+SS). SS and CS include respectively 1264 and 849 OTUs among which 325 are shared by both soils. Conclusions & Perspectives Although, bioinformatic and statistical analyses are not finished yet, we can already notice a significant difference in the taxonomic diversity composition between suppressive and conducive soils which could be associated with the suppressive/conducive character of given soil. The next step after achieving the bacterial communities in Fusarium wilt suppressive/conducive soils is to assess the microbial diversity of Rhizoctonia solani suppressive soil. Once the analyses of sequencing data are finished and the taxonomic assignments done, the comparison of microbial diversity of all studied soils will be performed in order to find out the similarities or/and differences in these soils which should provide the suppressiveness indicators. Fig1. Percentage of healthy plants remaining in the suppressive soil (SS), conducive soil (CS) and mix of both (CS+SS). Soils were inoculated with pathogen (103 conidia/ml of soil). Control: soil not inoculated. 0 20 40 60 80 100 0 5 10 15 20 25 30 35 Série2 Série1 Série3 Control Healthyplants(%) Time (days)
    • 1 1 I. Liste des productions de l’UMR 1347 Agroécologie 1. Articles dans des revues internationales ou nationales avec comité de lecture 2013 ACL1 Alignier A., Ricci B., Biju-Duval L., Petit S. (2013). Identifying the relevant spatial and temporal scales in plant species occurrence models: The case of arable weeds in landscape mosaic of crops. Ecol. Complex. 15:17-25. ACL2 Ansemant T., Mahy S., Piroth C., Ornetti P., Ewing S., Guilland J.-C., Croisier D., Duvillard L., Chavanet P., Maillefert J.-F., Piroth L. (2013). Severe hypovitaminosis D correlates with increased inflammatory markers in HIV infected patients. BMC Infect. Dis. 13:(7p.). ACL3 Baux A., Colbach N., Allirand J.M., Jullien A., Ney B., Pellet D. (2013). Insights into temperature effects on the fatty acid composition of oilseed rape varieties. Eur. J. Agron. 49:12-19. ACL4 Betelli L., Duquenne P., Grenouillet F., Simon X., Scherer E., Géhin E., Hartmann A. (2013). Development and evaluation of a method for the quantification of airborne Thermoactinomyces vulgaris by real-time PCR. J. Microbiol. Methods. 92:25-32. ACL5 Binet M.N., Sage L., Malan C., Clément J.C., Redecker D., Wipf D., Geremia R.A., Lavorel S., Mouhamadou B. (2013). Effects of mowing on fungal endophytes and arbuscular mycorrhizal fungi in subalpine grasslands. Fungal Ecol. 6:248-255. ACL6 Bonneau L., Huguet S., Wipf D., Pauly N., Truong H.-N. (2013). Combined phosphate and nitrogen limitation generates a nutrient stress transcriptome favorable for arbuscular mycorrhizal symbiosis in Medicago truncatula. New Phytol. 199:188-202. ACL7 Charles P.E., Bruyère R. (2013). Preventing Invasive Candidiasis in High-Risk Critically III Patients: Avoid Antibiotics or Give Probiotics? Crit. Care Med. 41:689-690. ACL8 Colbach N., Mézière D. (2013). Using a sensitivity analysis of a weed dynamics model to develop sustainable cropping systems. I. Annual interactions between crop management techniques and biophysical field state variables. J. Agric. Sci. 151:229-245. ACL9 Colbach N., Granger S., Mézière D. (2013). Using a sensitivity analysis of a weed dynamics model to develop sustainable cropping systems. II. Long-term effect of past crops and management techniques on weed infestation. J. Agric. Sci. 151:247-267. ACL10 Colbach N., Tschudy C., Meunier D., Houot S., Nicolardot B. (2013). Weed seeds in exogenous organic matter and their contribution to weed dynamics in cropping systems. A simulation approach. Eur. J. Agron. 45:7-19. ACL11 Colinon C., Deredjian A., Hien E., Brothier E., Bouziri L., Cournoyer B., Hartmann A., Henry S., Jolivet C., Ranjard L., Nazaret S. (2013). Detection and enumeration of Pseudomonas aeruginosa in soil and manure assessed by an ecfX qPCR assay. J. Appl. Microbiol. 114:1734-1749. ACL12 Correa-Galeote D., Marco D.E., Tortosa G., Bru D., Philippot L., Bedmar E.J. (2013). Spatial distribution of N-cycling microbial communities showed complex patterns in constructed wetland sediments. FEMS Microbiol. Ecol. 83:340-351. ACL13 Darmency H. (2013). Pleiotropic effects of herbicide-resistance genes on crop yield: a review. Pest Manag Sci. 69:897-904. ACL14 Davey J.S., Vaughan I.P., Andrew King R., Bell J.R., Bohan D.A., Bruford M.W., Holland J.M., Symondson W.O.C. (2013). Intraguild predation in winter wheat: prey choice by a common epigeal carabid consuming spiders. J. Appl. Ecol. 50:271-279. ACL15 Délye C. (2013). Unravelling the genetic bases of non-target-site-based resistance (NTSR) to herbicides: a major challenge for weed science in the forthcoming decade. Pest Manag Sci. 69:176- 187. ACL16 Délye C., Menchari Y., Michel S., Cadet E., Le Corre V. (2013). A new insight into arable weed adaptive evolution: mutations endowing herbicide resistance also affect germination dynamics and seedling emergence. Ann. Bot. 111:681-691. ACL17 Duhoux A., Délye C. (2013). Reference Genes to Study Herbicide Stress Response in Lolium sp.: Up-Regulation of P450 Genes in Plants Resistant to Acetolactate-Synthase Inhibitors. PLoS One. 8:e63576 (12p.). ACL18 Dupuy A.-M., Philippart F., Pean Y., Lasocki S., Charles P.-E., Chalumeau M., Claessens Y.-E., Quenot J.-P., Guen C.G.-L., Ruiz S., Luyt C.-E., Roche N., Stahl J.-P., Bedos J.-P., Pugin J., Gauzit R., Misset B., Brun-Buisson C., Maurice Rapin Institute Biomarkers G. (2013). Role of biomarkers in the management of antibiotic therapy: an expert panel review: I - currently available biomarkers for clinical use in acute infections. Annals of intensive care. 3:22 (8p.).
    • 2 2 ACL19 Elmaghrabi A.M., Ochatt S., Rogers H.J., Francis D. (2013). Enhanced tolerance to salinity following cellular acclimation to increasing NaCl levels in Medicago truncatula. Plant Cell Tissue Organ Cult. 114:61-70. ACL20 Garcia-Sanchez A.M., Ariza C., Ubeda J.M., Martin-Sanchez P.M., Jurado V., Bastian F., Alabouvette C., Saiz-Jimenez C. (2013). Free-living amoebae in sediments from the Lascaux Cave in France. Int. J. Speleol. 42:9-13. ACL21 Gard B., Bretagnolle F., Dessaint F., Laitung B. (2013). Invasive and native populations of common ragweed exhibit strong tolerance to foliar damage. Basic Appl. Ecol. 14:28–35. ACL22 Gibot-Leclerc S., Dessaint F., Reibel C., Le Corre V. (2013). Phelipanche ramosa (L.) Pomel populations differ in life-history and infection response to hosts. Flora. 208:247-252. ACL23 Griffiths B.S., Philippot L. (2013). Insights into the resistance and resilience of the soil microbial community. FEMS Microbiol Rev. 37:112-129. ACL24 Guillemin J.P., Gardarin A., Granger S., Reibel C., Munier-Jolain N., Colbach N. (2013). Assessing potential germination period of weeds with base temperatures and base water potentials. Weed Res. 53:76-87. ACL25 Hartney S.L., Mazurier S., Girard M.K., Mehnaz S., Davis II E.W., Gross H., Lemanceau P., Loper J.E. (2013). Ferric-Pyoverdine Recognition by Fpv Outer Membrane Proteins of Pseudomonas protegens Pf-5. J. Bacteriol. 195:765-776. ACL26 Hussain S., Devers-Lamrani M., Spor A., Rouard N., Porcherot M., Béguet J., Martin-Laurent F. (2013). Mapping field spatial distribution patterns of isoproturon-mineralizing activity over a three- year winter wheat/rape seed/barley rotation. Chemosphere 90:2499-2511. ACL27 Hussain T., Roohi A., Munir S., Ahmed I., Khan J., Edel-Hermann V., Kim K.Y., Anees M. (2013). Biochemical characterization and identification of bacterial strains isolated from drinking water sources of Kohat, Pakistan. Afr. J. Microbiol. Res. 7:1579-1590. ACL28 Jones C.M., Graf D.R., Bru D., Philippot L., Hallin S. (2013). The unaccounted yet abundant nitrous oxide-reducing microbial community: a potential nitrous oxide sink. ISME J. 7:417-426. ACL29 Kati V., Le Corre V., Michel S., Jaffrelo L., Poncet C., Délye C. (2013). Isolation and Characterisation of 11 Polymorphic Microsatellite Markers in Papaver rhoeas L. (Corn Poppy), a Major Annual Plant Species from Cultivated Areas. Int. J. Mol. Sci. 14:470-479. ACL30 Koen E., Lamotte O., Besson-Bard A., Bourque S., Nicolas-Frances V., Jeandroz S., Wendehenne D. (2013). Le monoxyde d’azote, un acteur de l’immunité chez les plantes. M S-Medecine Sciences. 29:309-316. ACL31 Koen E., Besson-Bard A., Duc C., Astier J., Gravot A., Richaud P., Lamotte O., Boucherez J., Gaymard F., Wendehenne D. (2013). Arabidopsis thaliana nicotianamine synthase 4 is required for proper response to iron deficiency and to cadmium exposure. Plant Sci. 209:1-11. ACL32 Ladoire S., Pauchard L.-A., Barbar S.-D., Tissieres P., Croisier-Bertin D., Charles P.-E. (2013). Impact of the prone position in an animal model of unilateral bacterial pneumonia undergoing mechanical ventilation. Anesthesiology. 118:1150-1159. ACL33 Le Roux X., Schmid B., Poly F., Barnard R.L., Niklaus P.A., Guillaumaud N., Habekost M., Oelmann Y., Philippot L., Salles J.F., Schloter M., Steinbeiss S., Weigelt A. (2013). Soil environmental conditions and microbial build-up mediate the effect of plant diversity on soil nitrifying and denitrifying enzyme activities in temperate grasslands. PloS One. 8:e61069 (11p.). ACL34 Leplat J., Friberg H., Abid M., Steinberg C. (2013). Survival of Fusarium graminearum, the causal agent of Fusarium head blight. A review. Agron. Sustain. Dev. 33:97-111. ACL35 Lienhard P., Tivet F., Chabanne A., Dequiedt S., Lelièvre M., Sayphoummie S., Leudphanane B., Chemidlin Prévost-Bouré N., Séguy L., Maron P.A., Ranjard L. (2013). No-till and cover crops shift soil microbial abundance and diversity in Laos tropical grasslands. Agron. Sustain. Dev. 33:375- 384. ACL36 Liu Y.-B., Wei W., Ma K.-P., Darmency H. (2013). Spread of introgressed insect-resistance genes in wild populations of Brassica juncea: a simulated in-vivo approach. Transgenic Res. 22:747-756. ACL37 Liu Y., Gianinazzi-Pearson V., Arnould C., Wipf D., Zhao B., van Tuinen D. (2013). Fungal genes related to calcium homeostasis and signalling are upregulated in symbiotic arbuscular mycorrhiza interactions. Fungal Biol. 117:22-31. ACL38 Liu Y.-B., Wei W., Ma K., Li J., Liangd Y., Darmency H. (2013). Consequences of gene flow between oilseed rape (Brassica napus) and its relatives. Plant Sci. 211:42-51. ACL39 Locatelli A., Depret G., Jolivet C., Henry S., Dequiedt S., Piveteau P., Hartmann A. (2013). Nation- wide study of the occurrence of Listeria monocytogenes in French soils using culture-based and molecular detection methods. J. Microbiol. Methods. 93:242-250. ACL40 Martin-Laurent F., Kandeler E., Petric I., Djuric S., Karpouzas D. (2013). ECOFUN-MICROBIODIV: an FP7 European project for developing and evaluating innovative tools for assessing the impact of pesticides on soil functionalmicrobial diversity—towards new pesticide registration regulation? Environ Sci Pollut Res. 20:1203-1205.
    • 3 3 ACL41 Martin-Sanchez P.M., Bastian F., Alabouvette C., Saiz-Jimenez C. (2013). Real-time PCR detection of Ochroconis lascauxensis involved in the formation of black stains in the Lascaux Cave, France. Sci. Total Environ. 443:478-484. ACL42 Mézière D., Lucas P., Granger S., Colbach N. (2013) Does Integrated Weed Management affect the risk of crop diseases? A simulation case study with blackgrass weeds and take-all disease. Eur. J. Agron. 47:33-43. ACL43 Monard C., Martin-Laurent F., Lima O., Devers-Lamrani M., Binet F. (2013). Estimating the biodegradation of pesticide in soils by monitoring pesticide-degrading gene expression. Biodegradation. 24:203-213. ACL44 Muller J.M., Simonet A.L., Binois R., Muggeo E., Bugnon P., Liet J., Duong M., Chavanet P., Piroth L. (2013). The Respect of Recommendations Provided in an International Travelers' Medical Service: Far From the Cup to the Lips. J. Travel Med. 20:78-82. ACL45 Munier-Jolain N.M., Guyot S.H.M., Colbach N. (2013). A 3D model for light interception in heterogeneous crop: weed canopies: model structure and evaluation. Ecol. Model. 250:101-110. ACL46 Negrel J., Javelle F., Morandi D. (2013). Detection of a plant enzyme exhibiting chlorogenate- dependant caffeoyltransferase activity in methanolic extracts of arbuscular mycorrhizal tomato roots. Plant Physiol. Biochem. 66:77-83. ACL47 Ochatt S.J., Conreux C., Jacas L. (2013). Flow cytometry distinction between species and between landraces within Lathyrus species and assessment of true-to-typeness of in vitro regenerants. Plant Syst. Evol. 299:75-85. ACL48 Pascault N., Ranjard L., Kaisermann A., Bachar D., Christen R., Terrat S., Mathieu O., Lévêque J., Mougel C., Hénault C., Lemanceau P., Péan M., Boiry S., Fontaine S., Maron P.A. (2013). Stimulation of different functional groups of bacteria by various plant residues as a driver of soil priming effect. Ecosystems. 16:810-822. ACL49 Pesce S., Béguet J., Rouard N., Devers-Lamrani M., Martin-Laurent F. (2013). Response of a diuron-degrading community to diuron exposure assessed by real-time quantitative PCR monitoring of phenylurea hydrolase A and B encoding genes. Appl Microbiol Biotechnol. 97:1661-1668. ACL50 Pesce S., Margouma C., Rouard N., Foulquier A., Martin-Laurent F. (2013). Freshwater sediment pesticide biodegradation potential as an ecological indicator of microbial recovery following a decrease in chronic pesticide exposure: A case study with the herbicide diuron. Ecol. Indic. 29:18- 25. ACL51 Petit S., Alignier A., Colbach, N., Joannon A., Le Cœur D., Thenail C. (2013). Weed dispersal by farming at various spatial scales. A review. Agron. Sustain. Dev. 33:205-217. ACL52 Quenot J.-P., Luyt C.-E., Roche N., Chalumeau M., Charles P.-E., Claessens Y.-E., Lasocki S., Bedos J.-P., Pean Y., Philippart F., Ruiz S., Gras-Leguen C., Dupuy A.-M., Pugin J., Stahl J.-P., Misset B., Gauzit R., Brun-Buisson C. (2013). Role of biomarkers in the management of antibiotic therapy: an expert panel review II: clinical use of biomarkers for initiation or discontinuation of antibiotic therapy. Annals of intensive care. 3:21 (17p.). ACL53 Ranjard L., Dequiedt S., Chemidlin Prévost-Bouré N., Thioulouse J., Saby N., Lelièvre M., Maron P.A., Morin F., Bispo A., Jolivet C., Arrouays D.; Lemanceau P. (2013). Turnover of soil bacterial diversity driven by wide-scale environmental heterogeneity. Nat. Commun. 4:1434 (10p.). ACL54 Recorbet G., Abdallah C., Renaut J., Wipf D., Dumas-Gaudot E. (2013). Protein actors sustaining arbuscular mycorrhizal symbiosis: underground artists break the silence. New Phytol. 199:26-40. ACL55 REX Consortium (Resistance to Xenobiotics Consortium). Members and affiliations: Bourguet D., Delmotte F., Franck P., Guillemaud T., Reboud X., Vacher C. Walker A.S. (2013) Heterogeneity of selection and the evolution of resistance. Trends Ecol.Evol. 28:110-118. ACL56 Ricci B., Franck P., Valantin-Morison M., Bohan D.A., Lavigne C. (2013). Do species population parameters and landscape characteristics affect the relationship between local population abundance and surrounding habitat amount? Ecol. Complex. 15:62-70. ACL57 Rochelet M., Vienney F., Solanas S., Membrilla A., Hartmann A. (2013). An electrochemical DNA biosensor for the detection of CTX-M extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli in soil samples. J. Microbiol. Methods. 92:153-156. ACL58 Topp E., Chapman R., Devers-Lamrani M., Hartmann A., Marti R., Martin-Laurent F., Sabourin L., Scott A., Sumarah M. (2013). Accelerated Biodegradation of Veterinary Antibiotics in Agricultural Soil following Long-Term Exposure, and Isolation of a Sulfamethazine-degrading Microbacterium sp. J. Environ. Qual. 42:173-178. ACL59 Verdier J., Dessaint F., Schneider C., Abirached-Darmency M. (2013). A combined histology and transcriptome analysis unravels novel questions on Medicago truncatula seed coat. J. Exp. Bot. 64:459-470. ACL60 Veres A., Petit S., Conord C., Lavigne C. (2013). Does landscape composition affect pest abundance and their control by natural enemies? A review. Agric. Ecosyst. Environ. 166:110-117.
    • 4 4 ACL61 Villard O., Breit L., Cimon B., Franck J., Fricker-Hidalgo H., Godineau N., Houze S., Paris L., Pelloux H., Villena I., Candolfi E., French Natl Reference Ctr. (Bonnin A. Dalle F. …). (2013). Comparison of four commercially available avidity tests for Toxoplasma gondii-Specific IgG antibodies. Clin. Vaccine Immunol. 20:197-204. ACL62 Vos C., Schouteden N., van Tuinen D., Chatagnier O., Elsen A., De Waele D., Panis B., Gianinazzi- Pearson V. (2013). Mycorrhiza-induced resistance against the root-knot nematode Meloidogyne incognita involves priming of defense gene responses in tomato. Soil Biol. Biochem. 60:45-54. ACL63 Wieder W.R., Cleveland C.C., Taylor P.G., Nemergut D.R., Hinckley E.-L., Philippot L., Bru D., Weintraub S.R., Martin M., Townsend A.R. (2013). Experimental removal and addition of leaf litter inputs reduces nitrate production and loss in a lowland tropical forest. Biogeochemistry. 113:629- 642. ACL64 Zancarini A., Mougel C., Terrat S., Salon C., Munier-Jolain N. (2013). Combining ecophysiological and microbial ecological approaches to study the relationship between Medicago truncatula genotypes and their associated rhizosphere bacterial communities. Plant Soil. 365:183-199. 2012 ACL65 Abdallah C., Dumas-Gaudot E., Renaut J., Sergeant K. (2012). Gel-based and gel-free quantitative proteomics approaches at a glance. Int. J. Plant Genomics. 2012:ID494572 (17p.). ACL66 Abdallah C., Sergeant K., Guillier C., Dumas-Gaudot E., Leclercq C.C., Renaut J. (2012). Optimization of iTRAQ labelling coupled to OFFGEL fractionation as a proteomic workflow to the analysis of microsomal proteins of Medicago truncatula roots. Proteome Sci. 10:37 (12p.). ACL67 Abirached-Darmency M., Dessaint F., Benlicha E., Schneider C. (2012). Biogenesis of protein bodies during vicilin accumulation in Medicago truncatula immature seeds. BMC Research Notes. 5:409 (8p.). ACL68 Adam T., Bouhidel K., Der C., Robert F., Najid A., Simon-Plas F., Leborgne-Castel N. (2012). Constitutive expression of clathrin hub hinders elicitor-induced clathrin-mediated endocytosis and defense gene expression in plant cells. FEBS Lett. 586:3293-3298. ACL69 Adrian M., Jeandet P. (2012). Effects of resveratrol on the ultrastructure of Botrytis cinerea conidia and biological significance in plant/pathogen interactions. Fitoterapia. 83:1345-1350. ACL70 Alignier A., Petit S. (2012). Factors shaping the spatial variation of weed communities across a landscape mosaic. Weed Res. 52:402-410. ACL71 Alignier A., Bretagnolle V., Petit S. (2012). Spatial patterns of weeds along a gradient of landscape complexity. Basic Appl. Ecol. 13:328-337. ACL72 Aloui A., Dumas-Gaudot E., Daher Z., van Tuinen D., Aschi-Smit S., Morandi D. (2012). Influence of arbuscular mycorrhizal colonisation on cadmium induced Medicago truncatula root isoflavonoid accumulation. Plant Physiol. Biochem. 60:233-239. ACL73 Astier J., Besson-Bard A., Lamotte O., Bertoldo J., Bourque S., Terenzi H., Wendehenne D. (2012). Nitric oxide inhibits the ATPase activity of the chaperone-like AAA plus ATPase CDC48, a target for S-nitrosylation in cryptogein signalling in tobacco cells. Biochem. J. 447:249-260. ACL74 Astier J., Kulik A., Koen E., Besson-Bard A., Bourque S., Jeandroz S., Lamotte O., Wendehenne D. (2012). Protein S-nitrosylation: What's going on in plants? Free Radic. Biol. Med. 53:1101-1110. ACL75 Avolio M., Muller T., Mpangara A., Fitz M., Becker B., Pauck A., Kirsch A., Wipf D. (2012). Regulation of genes involved in nitrogen utilization on different C/N ratios and nitrogen sources in the model ectomycorrhizal fungus Hebeloma cylindrosporum. Mycorrhiza. 22:515-524. ACL76 Badenhausser I., Cordeau S. (2012). Sown grass strip-A stable habitat for grasshoppers (Orthoptera: Acrididae) in dynamic agricultural landscapes. Agric. Ecosyst. Environ. 159:105-111. ACL77 Bani-Sadr F., Krastinova E., Fromentin D., Piroth L., Rosenthal E., Quertainmont Y., Perronne C., Cacoub P., Pol S., Carrat F., ANRS C0 07-Ribavic Study Team (2012). Severe transaminitis after interferon-ribavirin therapy in HIV/HCV-coinfected patients: influence of a sustained HCV response. J. Viral Hepatitis. 19:431-435. ACL78 Bellanger S., Guillemin J.P., Bretagnolle V., Darmency H. (2012). Centaurea cyanus as a biological indicator of segetal species richness in arable fields. Weed Res. 52:551-563. ACL79 Biron A., Bobin-Dubigeon C., Volteau C., Piroth L., Perré P., Leport C., Prazuck T., Jovelin T., Billard M., Sébille V., Bard J.M., Raffi F., Biron C. (2012). Metabolic syndrome in french HIV- infected patients: prevalence and predictive factors after 3 years of antiretroviral therapy. AIDS Res Hum Retroviruses. 28:1672-1678. ACL80 Blot M., Piroth L. (2012). L’infection par le VIH en France en 2012: réalité, risques et enjeux d’une polypathologie chronique. Rev. Mal. Respir. 29:785-792. ACL81 Bohan D.A., Haughton A.J. (2012). Effects of local landscape richness on in-field weed metrics across the Great Britain scale. Agric. Ecosyst. Environ. 158:208-215. ACL82 Borgy B., Gaba S., Petit S., Reboud X. (2012). Non-random distribution of weed species abundance in arable fields. Weed Res. 52:383-389.
    • 5 5 ACL83 Bourgeois A., Gaba S., Munier-Jolain N., Borgy B., Monestiez P., Soubeyrand S. (2012). Inferring weed spatial distribution from multi-type data. Ecol. Model. 226:92-98. ACL84 Braun N., de Saint Germain A., Pillot J.-P., Boutet-Mercey S., Dalmais M., Antoniadi I., Li X., Maia-Grondard A., Le Signor C., Bouteiller N., Luo D., Bendahmane A., Turnbull C., Rameau C. (2012). The Pea TCP Transcription Factor PsBRC1 Acts Downstream of Strigolactones to Control Shoot Branching. Plant Physiol. 158:225-238. ACL85 Brito I., Goss M.J., de Carvalho M., Chatagnier O., van Tuinen D. (2012). Impact of tillage system on arbuscular mycorrhiza fungal communities in the soil under Mediterranean conditions. Soil Tillage Res. 121:63-67. ACL86 Brooks D.R., Storkey J., Clark S.J., Firbank L.G., Petit S., Woiwod I.P. (2012). Trophic links between functional groups of arable plants and beetles are stable at a national scale. J. Anim. Ecol. 81:4-13. ACL87 Cacas J.-L., Melser S., Domergue F., Joubès J., Bourdenx B., Schmitter J.-M., Mongrand S. (2012). Rapid nanoscale quantitative analysis of plant sphingolipid long-chain bases by GC-MS. Anal. Bioanal. Chem. 403:2745-2755. ACL88 Cacas J.-L., Furt F., Le Guédard M., Schmitter J.-M., Buré C., Gerbeau-Pissot P., Moreau P., Bessoule J.-J., Simon-Plas F., Mongrand S. (2012). Lipids of plant membrane rafts. Prog. Lipid Res. 51:272-299. ACL89 Calvayrac C., Martin-Laurent F., Faveaux A., Picault N., Panaud O., Coste C.M., Chaabane H., Cooper J.F. (2012). Isolation and characterisation of a bacterial strain degrading the herbicide sulcotrione from an agricultural soil. Pest Manag. Sci. 68:340-347. ACL90 Casieri L, Gallardo K, Wipf D. (2012). Transcriptional response of Medicago truncatula sulphate transporters to arbuscular mycorrhizal symbiosis with and without sulphur stress. Planta. 235:1431- 1447. ACL91 Chavanet P. (2012). Pneumococcus infections: Is the burden still as heavy? Med. Mal. Infect. 42:149-153. ACL92 Cheyns K., Calcoen J., Martin-Laurent F., Bru D., Smolders E., Springael D. (2012). Effects of dissolved organic matter (DOM) at environmentally relevant carbon concentrations on atrazine degradation by Chelatobacter heintzii SalB. Appl. Microbiol. Biotechnol. 95:1333-1341. ACL93 Cheyns K., Martin-Laurent F., Bru D., Aamand J., Vanhaecke L., Diels J., Merckx R., Smolders E., Springael D. (2012). Long-term dynamics of the atrazine mineralization potential in surface and subsurface soil in an agricultural field as a response to atrazine applications. Chemosphere. 86:1028- 1034. ACL94 Cluzeau D., Guernion M., Chaussod R., Martin-Laurent F., Villenave C., Cortet J., Ruiz-Camacho N., Pernin C., Mateille T., Philippot L., Bellido A., Rougé L., Arrouays D., Bispo A., Pérès G. (2012). Integration of biodiversity in soil quality monitoring: Baselines for microbial and soil fauna parameters for different land-use types. Eur. J. Soil Biol. 49:63-72. ACL95 Cordeau S., Petit S., Reboud X., Chauvel B. (2012). Sown grass strips harbour high weed diversity but decrease weed richness in adjacent crops. Weed Res. 52:88-97. ACL96 Cordeau S., Petit S., Reboud X., Chauvel B. (2012). The impact of sown grass strips on the spatial distribution of weed species in adjacent boundaries and arable fields. Agric. Ecosyst. Environ. 155:35-40. ACL97 Cornut P.-L., Thuret G., Creuzot-Garcher C., Maurin M., Pechinot A., Bron A., Gain P., Carricajo A., Denis P., Romanet J.-P., Vandenesch F., Chiquet C., French Inst Endophthalmitis S.G., (Collaborators: Bonnin A. Dalle F. and al...) (2012). Relationship between baseline clinical data and microbiologic spectrum in 100 patients with acute postcataract endophthalmitis. Retin.-J. Retin. Vitr. Dis. 32:549-557. ACL98 De Mita S., Siol M. (2012). EggLib: processing, analysis and simulation tools for population genetics and genomics. BMC Genet. 13:(12p.). ACL99 D'Erfurth I., Le Signor C., Aubert G., Sanchez M., Vernoud V., Darchy B., Lherminier J., Bourion V., Bouteiller N., Bendahmane A., Buitink J., Prosperi J.M., Thompson R., Burstin J.,Gallardo K. (2012). A role for an endosperm-localized subtilase in the control of seed size in legumes. New Phytol. 196:738-751. ACL100 Deytieux V., Nemecek T., Knuchel R.F., Gaillard G., Munier-Jolain N. (2012). Is Integrated Weed Management efficient for reducing environmental impacts of cropping systems? A case study based on life cycle assessment. Eur. J. Agron. 36:55-65. ACL101 Doidy J., Grace E., Kuhn C., Simon-Plas F., Casieri L., Wipf D. (2012). Sugar transporters in plants and in their interactions with fungi. Trends Plant Sci. 17:413-422. ACL102 Doidy J., van Tuinen D., Lamotte O., Corneillat M., Alcaraz G., Wipf D. (2012). The Medicago truncatula Sucrose Transporter Family: Characterization and Implication of Key Members in Carbon Partitioning towards Arbuscular Mycorrhizal Fungi. Mol. Plant. 5:1346-1358.
    • 6 6 ACL103 Dokladal L., Oboril M., Stejskal K., Zdrahal Z., Ptackova N., Chaloupkova R., Damborsky J., Kasparovsky T., Jeandroz S., Zd'arska M., Lochman J. (2012). Physiological and proteomic approaches to evaluate the role of sterol binding in elicitin-induced resistance. J. Exp. Bot. 63:2203- 2215. ACL104 Dubreuil-Maurizi C., Poinssot B. (2012). Role of glutathione in plant signaling under biotic stress. Plant Signal Behav. 7:210-212. ACL105 Edel-Hermann V., Gautheron N., Steinberg C. (2012). Genetic diversity of Fusarium oxysporum and related species pathogenic on tomato in Algeria and other Mediterranean countries. Plant Pathol. 61:787-800. ACL106 El Azhari N., Lainé S., Sappin-Didier V., Béguet J., Rouard N., Philippot L., Martin-Laurent F. (2012). Long-term impact of 19 years’ farmyard manure or sewage sludge application on the structure, diversity and density of the protocatechuate-degrading bacterial community. Agric. Ecosyst. Environ. 158:72-82. ACL107 Fiers M., Edel-Hermann V., Chatot C., Le Hingrat Y., Alabouvette C., Steinberg C. (2012). Potato soil-borne diseases. A review. Agron. Sustain. Dev. 32:93-132. ACL108 Flores F., Nadal S., Solis I., Winkler J., Sass O., Stoddard F.L., Link W., Raffiot B., Muel F., Rubiales D. (2012). Faba bean adaptation to autumn sowing under European climates. Agron. Sustain. Dev. 32:727-734. ACL109 Fried G., Kazakou E., Gaba S. (2012). Trajectories of weed communities explained by traits associated with species’ response to management practices. Agric. Ecosyst. Environ. 158:147-155. ACL110 Gardarin A., Dürr C., Colbach N. (2012). Modeling the dynamics and emergence of a multispecies weed seed bank with species traits. Ecol. Model. 240:123-138. ACL111 Garmyn D., Augagneur Y., Gal L., Vivant A.-L., Piveteau P. (2012). Listeria monocytogenes differential transcriptome analysis reveals temperature-dependent agr regulation and suggests overlaps with other regulons. PLoS One. 7:e43154 (13p.). ACL112 Ghirardi S., Dessaint F., Mazurier S., Corberand T., Raaijmakers J.M., Meyer J.M., Dessaux Y., Lemanceau P. (2012). Identification of traits shared by rhizosphere-competent strains of fluorescent pseudomonads. Microb. Ecol. 64:725-737. ACL113 Gibot S., Béné M.C., Noel R., Massin F., Guy J., Cravoisy A., Barraud D., Bittencourt M.D.C., Quenot J.-P., Bollaert P.-E., Faure G., Charles P.-E. (2012). Combination biomarkers to diagnose sepsis in the critically Ill patient. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 186:65-71. ACL114 Gibot-Leclerc S., Sallé G., Reboud X., Moreau D. (2012). What are the traits of Phelipanche ramosa (L.) Pomel that contribute to the success of its biological cycle on its host Brassica napus L.? Flora. 207:512-521. ACL115 Gogé F., Joffre R., Jolivet C., Ross I., Ranjard L. (2012). Optimization criteria in sample selection step of local regression for quantitative analysis of large soil NIRS database. Chemometrics Intell. Lab. Syst. 110:168-176. ACL116 Goux X., Amiaud B., Piutti S., Philippot L., Benizri E. (2012). Spatial distribution of the abundance and activity of the sulfate ester-hydrolyzing microbial community in a rape field. J. Soils Sediments. 12:1360-1370. ACL117 Goyer M., Lucchi G., Ducoroy P., Vagner O., Bonnin A., Dalle F. (2012). Optimization of the preanalytical steps of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry identification provides a flexible and efficient tool for identification of clinical yeast isolates in medical laboratories. J. Clin. Microbiol. 50:3066-3068. ACL118 Gravot A., Deleu C., Wagner G., Lariagon C., Lugan R., Todd C., Wendehenne D., Delourme R., Bouchereau A., Manzanares-Dauleux M.J. (2012). Arginase induction represses gall development during clubroot infection in Arabidopsis. Plant Cell Physiol. 53:901-911. ACL119 Guermache F., Rodier-Goud M., Caesar A., Heraud C., Bon M.-C. (2012). Bi-fluorescence imaging for estimating accurately the nuclear condition of Rhizoctonia spp. Lett. Appl. Microbiol. 54:568- 571. ACL120 Guillon F., Larre C., Petipas F., Berger A., Moussawi J., Rogniaux H., Santoni A.-L., Saulnier L., Jamme F., Miquel M., Lepiniec L., Dubreucq B. (2012). A comprehensive overview of grain development in Brachypodium distachyon variety Bd21. J. Exp. Bot. 63:739-755. ACL121 Guinier D., Morlevat F., L'Ollivier C., Dalle F., Bonnin A. (2012). Une dirofilariose inguinale simulant une hernie. Presse Med. 41:759-761. ACL122 Gupta R., Bru D., Bisaria V.S., Philippot L., Sharma S. (2012). Responses of Cajanus cajan and rhizospheric N-cycling communities to bioinoculants. Plant Soil. 358:143-154. ACL123 Hafeez F., Spor A., Breuil M.C., Schwartz C., Martin-Laurent F., Philippot L. (2012). Distribution of bacteria and nitrogen-cycling microbial communities along constructed Technosol depth-profiles. J. Hazard. Mater. 231:88-97. ACL124 Hafeez F., Martin-Laurent F., Béguet J., Bru D., Cortet J., Schwartz C., Morel J.-L., Philippot L. (2012). Taxonomic and functional characterization of microbial communities in Technosols
    • 7 7 constructed for remediation of a contaminated industrial wasteland. J. Soils Sediments. 12:1396- 1406. ACL125 Hallin S., Welsh A., Stenstrom J., Hallet S., Enwall K., Bru D., Philippot L. (2012). Soil Functional Operating Range Linked to Microbial Biodiversity and Community Composition Using Denitrifiers as Model Guild. PLoS One. 7:e51962 (8p.). ACL126 Hamet M., Pavon A., Dalle F., Pechinot A., Prin S., Quenot J.P., Charles P.E. (2012). Candida spp. airway colonization could promote antibiotic-resistant bacteria selection in patients with suspected ventilator-associated pneumonia. Intensive Care Med. 38:1272-1279. ACL127 Hao Z., Fayolle L., van Tuinen D., Chatagnier O., Li X., Gianinazzi S., Gianinazzi-Pearson V. (2012). Local and systemic mycorrhiza-induced protection against the ectoparasitic nematode Xiphinema index involves priming of defence gene responses in grapevine. J. Exp. Bot. 63:3657- 3672. ACL128 Hartmann A., Locatelli A., Amoureux L., Depret G., Jolivet C., Gueneau E., Neuwirth C. (2012). Occurrence of CTX-M producing Escherichia coli in soils, cattle, and farm environment in France (Burgundy region). Front Microbio. 3:83 (7p.). ACL129 Hayek S., Grosch R., Gianinazzi-Pearson V., Franken P. (2012). Bioprotection and alternative fertilisation of petunia using mycorrhiza in a soilless production system. Agron. Sustain. Dev. 32:765-771. ACL130 Jing R., Ambrose M.A., Knox M.R., Smykal P., Hybl M., Ramos A., Caminero C., Burstin J., Duc G., van Soest L.J.M., Swiecicki W.K., Pereira M.G., Vishnyakova M., Davenport G.F., Flavell A.J., Ellis T.H.N. (2012). Genetic diversity in European Pisum germplasm collections. Theor. Appl. Genet. 125:367-380. ACL131 Koen E., Szymańska K., Klinguer A., Dobrowolska G., Besson-Bard A., Wendehenne D. (2012). Nitric oxide and glutathione impact the expression of iron uptake- and iron transport-related genes as well as the content of metals in A. thaliana plants grown under iron deficiency. Plant Signal. Behav. 7:1246-1250. ACL132 Kremer A., Le Corre V. (2012). Decoupling of differentiation between traits and their underlying genes in response to divergent selection. Heredity. 108:375-385. ACL133 Kulik A., Anielska-Mazur A., Bucholc M., Koen E., Szymanska K., Zmienko A., Krzywinska E., Wawer I., McLoughlin F., Ruszkowski D., Figlerowicz M., Testerink C., Sklodowska A., Wendehenne D., Dobrowolska G. (2012). SNF1-related protein kinases type 2 are involved in plant responses to cadmium stress. Plant Physiol. 160:868-883. ACL134 Larrat S., Gaillard S., Baccard M., Piroth L., Cacoub P., Pol S., Perronne C., Carrat F., Morand P., French National Agency for Research on AIDS and viral hepatitis HC02 Ribavic Study Team (2012). Hepatitis E virus infection in sheltered homeless persons, France. Emerg. Infect. Dis. 18:1031-1031. ACL135 Le Corre V., Kremer A. (2012). The genetic differentiation at quantitative trait loci under local adaptation. Mol. Ecol. 21:1548-1566. ACL136 Le Guillou C., Angers D.A., Maron P.A., Leterme P., Menasseri-Aubry S. (2012). Linking microbial community to soil water-stable aggregation during crop residue decomposition. Soil Biol. Biochem. 50:126-133. ACL137 Lepinay C., Rigaud T., Salon C., Lemanceau P., Mougel C. (2012). Interaction between Medicago truncatula and Pseudomonas fluorescens. Evaluation of Costs and Benefits across an Elevated Atmospheric CO2. PLoS One. 7:e45740 (10p.). ACL138 Lichtfouse E. (2012). 13 C-dating, the first method to calculate the relative age of molecular substance homologues in soil. Environ. Chem. Lett. 10:97-103. ACL139 Lichtfouse E., Schwarzbauer J., Robert D. (2012). Social Chemistry. Environ. Chem. Lett. 10:1-4. ACL140 Liu Y.B., Tang Z.X., Darmency H., Stewart C.N.Jr, Di K., Wei W., Ma K.P. (2012). The effects of seed size on hybrids formed between oilseed rape (Brassica Napus) and wild brown mustard (B. Juncea). PLoS One. 7:e39705 (8p.). ACL141 L'Ollivier C., Labruère C., Jebrane A., Bougnoux M.-E., d’Enfert C., Bonnin A., Dalle F. (2012). Using a Multi-Locus Microsatellite Typing method improved phylogenetic distribution of Candida albicans isolates but failed to demonstrate association of some genotype with the commensal or clinical origin of the isolates. Infect. Genet. Evol. 12:1949-1957. ACL142 L'Ollivier C., Gonzalez L.M., Garate T., Martin L., Martha B., Duong M., Huerre M., Cuisenier B., Harrison L.J.S., Dalle F., Bonnin A. (2012). Histological and molecular biology diagnosis of neurocysticercosis in a patient without history of travel to endemic areas - case report. Parasite-J. Soc. Fr. Parasitol. 19:441-444. ACL143 Lyautey E., Hartmann A., Lapen D.R., Topp E. (2012). A comparison of enrichment and direct- plating methods for isolation of Listeria monocytogenes from surface water. Can J. Microbiol. 58:1405-1410.
    • 8 8 ACL144 Manzoor H., Chiltz A., Madani S., Vatsa P., Schoefs B., Pugin A., Garcia-Brugger A. (2012). Calcium signatures and signaling in cytosol and organelles of tobacco cells induced by plant defense elicitors. Cell Calcium. 51:434-444. ACL145 Martin F., Torelli S., Le Paslier D., Barbance A., Martin-Laurent F., Bru D., Geremia R., Blake G., Jouanneau Y. (2012). Betaproteobacteria dominance and diversity shifts in the bacterial community of a PAH-contaminated soil exposed to phenanthrene. Environ. Pollut. 162:345-353. ACL146 Martin-Sanchez P.M., Novakova A., Bastian F., Alabouvette C., Saiz-Jimeneza C. (2012). Two new species of the genus Ochroconis, O. lascauxensis and O. anomala isolated from black stains in Lascaux Cave, France. Fungal Biol. 116:574-589. ACL147 Martin-Sanchez P.M., Novakova A., Bastian F., Alabouvette C., Saiz-Jimenez C. (2012). Use of Biocides for the Control of Fungal Outbreaks in Subterranean Environments: The Case of the Lascaux Cave in France. Environ. Sci. Technol. 46:3762-3770. ACL148 Martin-Sanchez P.M., Sanchez-Cortes S., Lopez-Tobar E., Jurado V., Bastian F., Alabouvette C., Saiz-Jimenez C. (2012). The nature of black stains in Lascaux Cave, France, as revealed by surface- enhanced Raman spectroscopy. J. Raman Spectrosc. 43:464-467. ACL149 Michielse C.B., Reijnen L., Olivain C., Alabouvette C., Rep M. (2012). Degradation of aromatic compounds through the beta-ketoadipate pathway is required for pathogenicity of the tomato wilt pathogen Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici. Mol. Plant Pathol. 13:1089-1100. ACL150 Monard C., McHergui C., Nunan N., Martin-Laurent F., Vieuble-Gonod L. (2012). Impact of soil matric potential on the fine-scale spatial distribution and activity of specific microbial degrader communities. FEMS Microbiol. Ecol. 81:673-683. ACL151 Moreau D., Salon C., Munier-Jolain N. (2012). How to hierarchize the main physiological processes responsible for phenotypic differences in large-scale screening studies? Plant Signal. Behav. 7:311- 313. ACL152 Moreau D., Allard V., Gaju O., Le Gouis J., Foulkes M.J., Martre P. (2012). Acclimation of Leaf Nitrogen to Vertical Light Gradient at Anthesis in Wheat Is a Whole-Plant Process That Scales with the Size of the Canopy. Plant Physiol. 160:1479-1490. ACL153 Moreau D., Burstin J., Aubert G., Huguet T., Ben C., Prosperi J.-M., Salon C., Munier-Jolain N. (2012). Using a physiological framework for improving the detection of quantitative trait loci related to nitrogen nutrition in Medicago truncatula. Theor. Appl. Genet. 124:755-768. ACL154 Petit S., Fried G. (2012). Patterns of weed co-occurrence at the field and landscape level. J. Veg. Sci. 23:1137-1147. ACL155 Petit C., Pernin F., Heydel J.M., Délye C. (2012). Validation of a set of reference genes to study response to herbicide stress in grasses. BMC Research Notes. 5:(10p.). ACL156 Peyretaillade E., Parisot N., Polonais V., Terrat S., Denonfoux J., Dugat-Bony E., Wawrzyniak I., Biderre-Petit C., Mahul A., Rimour S., Goncalves O., Bornes S., Delbac F., Chebance B., Duprat S., Samson G., Katinka M., Weissenbach J., Wincker P., Peyret P. (2012). Annotation of microsporidian genomes using transcriptional signals. Nat. Commun. 3:1137 (9p.). ACL157 Philippot L., Ritz K., Pandard P., Hallin S., Martin-Laurent F. (2012). Standardisation of methods in soil microbiology: progress and challenges. FEMS Microbiol. Ecol. 82:1-10. ACL158 Picque J.B., Blot M., Binois R., Jeudy G., Simonet A.L., Cagnon J., Mahy S., Duong M., Buisson M., Chavanet P., Piroth L. (2012). Infections récurrentes à mycobactéries atypiques chez l’adulte: attention aux autoanticorps anti-interféron-gamma! Rev. Med. Interne. 33:103-106. ACL159 Plassart P., Terrat S., Thomson B., Griffiths R., Dequiedt S., Lelièvre M., Regnier T., Nowak V., Bailey M., Lemanceau P., Bispo A., Chabbi A., Maron P.A., Mougel C., Ranjard L. (2012). Evaluation of the ISO standard 11063 DNA extraction procedure for assessing soil microbial abundance and community structure. PloS One. 7:e44279 (8p.). ACL160 Rajjou L., Duval M., Gallardo K., Catusse J., Bally J., Job C., Job D. (2012). Seed germination and vigor. Annu. Rev. Plant. Biol. 63:507-533. ACL161 Rasul S., Wendehenne D., Jeandroz S. (2012). Study of oligogalacturonides-triggered nitric oxide (NO) production provokes new questioning about the origin of NO biosynthesis in plants. Plant Signal. Behav. 7:1031-1033. ACL162 Rasul S., Dubreuil-Maurizi C., Lamotte O., Koen E., Poinssot B., Alcaraz G., Wendehenne D., Jeandroz S. (2012). Nitric oxide production mediates oligogalacturonide-triggered immunity and resistance to Botrytis cinerea in Arabidopsis thaliana. Plant Cell Environ. 35:1483-1499. ACL163 Repetto O., Rogniaux H., Larré C., Thompson R., Gallardo K. (2012). The seed nuclear proteome. Frontiers in Plant Sciences 3:289 (7p.). ACL164 Ribalta F.M., Croser J.S., Ochatt S.J. (2012). Flow cytometry enables identification of sporophytic eliciting stress treatments in gametic cells. J. Plant Physiol. 169:104-110. ACL165 Ricci B. Monod H., Guérin D., Messéan A., Maton C., Balique B., Angevin F. (2012). Predicting maize pollen production using tassel morphological characteristics. Field Crop. Res. 136:107-115.
    • 9 9 ACL166 Sauer A., Pfaff A.W., Villard O., Creuzot-Garcher C., Dalle F., Chiquet C., Pelloux H., Speeg- Schatz C., Gaucher D., Prevost G., Bourcier T., Candolfi E. (2012). Interleukin 17A as an effective target for anti-inflammatory and antiparasitic treatment of toxoplasmic uveitis. J. Infect. Dis. 206:1319-1329. ACL167 Sausse C., Colbach N., Young M.W., Squire G.R. (2012). How to manage the impact of gene flow on oilseed rape grain quality? Simulation case studies of three contrasted landscapes. Eur. J. Agron. 38:32-42. ACL168 Sautour M., Edel-Hermann V., Steinberg C., Sixt N., Laurent J., Dalle F., Aho S., Hartemann P., L'Ollivier C., Goyer M., Bonnin A. (2012). Fusarium species recovered from the water distribution system of a French university hospital. Int. J. Hyg. Environ. Health. 215:286-292. ACL169 Sautour M., Fournel I., Dalle F., Calinon C., L'Ollivier C., Goyer M., Cachia C., Aho S., Sixt N., Vagner O., Cuisenier B., Bonnin A. (2012). Dynamics of fungal colonization in a new medical mycology laboratory. J. Mycol. Med. 22:14-20. ACL170 Schoch C.L., Seifert K.A., Huhndorf S., Robert V., Spouge J.L., Levesque C.A., Chen W., Fungal Barcoding Consortium: Redecker D., Stockinger H., and al. (2012). Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. PNAS. 109:6241- 6246. ACL171 Sendid B., Ducoroy P., Francois N., Lucchi G., Spinali S., Vagner O., Damiens S., Bonnin A., Poulain D., Dalle F. (2012). Evaluation of MALDI-TOF mass spectrometry for the identification of medically-important yeasts in the clinical laboratories of Dijon and Lille hospitals. Med. Mycol. 51:25-32. ACL172 Serpaggi V., Remize F., Recorbet G., Dumas-Gaudot E., Sequeira-Le Grand A., Alexandre H. (2012). Characterization of the "viable but nonculturable" (VBNC) state in the wine spoilage yeast Brettanomyces. Food Microbiol. 30:438-447. ACL173 Sester M., Darmency H., Colbach N. (2012). Contribution of groundkeepers vs. weed beet to gene escape from sugar beet (Beta vulgaris spp.). Consequences for growing genetically-modified sugar beet – A modelling approach. Field Crop. Res. 135:46-57. ACL174 Solymosi K., Morandi D., Boka K., Boddi B., Schoefs B. (2012). High biological variability of plastids, photosynthetic pigments and pigment forms of leaf primordia in buds. Planta. 235:1035- 1049. ACL175 Splivallo R., Rittersma R., Valdez N., Chevalier G., Molinier V., Wipf D., Karlovsky P. (2012). Is climate change altering the geographic distribution of truffles? Front. Ecol. Environ. 10:461-462. ACL176 Steimetz E., Trouvelot S., Gindro K., Bordier A., Poinssot B., Adrian M., Daire X. (2012). Influence of leaf age on induced resistance in grapevine against Plasmopara viticola. Physiol. Mol. Plant Pathol. 79:89-96. ACL177 Sýkorová Z., Börstler B., Zvolenská S., Fehrer J., Gryndler M., Vosátka M., Redecker D. (2012). Long-term tracing of Rhizophagus irregularis isolate BEG140 inoculated on Phalaris arundinacea in a coal mine spoil bank, using mitochondrial large subunit rDNA markers. Mycorrhiza. 22:69-80. ACL178 Terrat S., Christen R., Dequiedt S., Lelièvre M., Nowak V., Regnier T., Bachar D., Plassart P., Wincker P., Jolivet C., Bispo A., Lemanceau P., Maron P.A., Mougel C., Ranjard L. (2012). Molecular biomass and MetaTaxogenomic assessment of soil microbial communities as influenced by soil DNA extraction procedure. Microb. Biotechno. 5:135-141. ACL179 Tisserant E., Kohler A., Dozolme-Seddas P., Balestrini R., Benabdellah K., Colard A., Croll D., Da Silva C., Gomez S.K., Koul R., Ferrol N., Fiorilli V., Formey D., Franken P., Helber N., Hijri M., Lanfranco L., Lindquist E., Liu Y., Malbreil M., Morin E., Poulain J., Shapiro H., van Tuinen D., Waschke A., Azcon-Aguilar C., Bécard G., Bonfante P., Harrison M.J., Küster H., Lammers P., Paszkowski U., Requena N., Rensing S.A., Roux C., Sanders I.R., Shachar-Hill Y., Tuskan G., Young J.P.W., Gianinazzi-Pearson V., Martin F. (2012). The transcriptome of the arbuscular mycorrhizal fungus Glomus intraradices (DAOM 197198) reveals functional tradeoffs in an obligate symbiont. New Phytol. 193:755-769. ACL180 Tivendale N.D., Davidson S.E., Davies N.W., Smith J.A., Dalmais M., Bendahmane A.I., Quittenden L.J., Sutton L., Bala R.K., Le Signor C., Thompson R., Horne J., Reid J.B., Ross J.J. (2012). Biosynthesis of the Halogenated Auxin, 4-Chloroindole-3-Acetic Acid. Plant Physiol. 159:1055-1063. ACL181 Udikovic-Kolic N., Scott C., Martin-Laurent F. (2012). Evolution of atrazine-degrading capabilities in the environment. Appl. Microbiol. Biotechnol. 96:1175-1189. ACL182 Vadez V., Berger J.D., Warkentin T., Asseng S., Ratnakumar P., Rao K.P.C., Gaur P.M., Munier- Jolain N., Larmure A., Voisin A.S., Sharma H.C., Pande S., Sharma M., Krishnamurthy L., Zaman M.A. (2012). Adaptation of grain legumes to climate change: a review. Agron. Sustain. Dev. 32:31- 44.
    • 10 10 ACL183 Veres A., Toth F., Kiss J., Fetyko K., Orosz S., Lavigne C., Otto S., Bohan D. (2012). Spatio- temporal dynamics of Orius spp. (Heteroptera: Anthocoridae) abundance in the agricultural landscape. Agric. Ecosyst. Environ. 162:45-51. ACL184 Villard O., Cimon B., Franck J., Fricker-Hidalgo H., Godineau N., Houze S., Paris L., Pelloux H., Villena I., Candolfi E., Network from the French National Reference Center for Toxoplasmosis, (Collaborators: Bonnin A. Dalle F. and al...) (2012). Evaluation of the usefulness of six commercial agglutination assays for serologic diagnosis of toxoplasmosis. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 73:231- 235. ACL185 Villette S., Piron E., Miclet D., Martin R., Gawain Jones G., Paoli J.N., Gée C. (2012) How mass flow and rotational speed affect fertilizer centrifugal spreading: Potential interpretation in terms of the amount of fertiliser per vane. Biosyst. Eng. 111:133-138. ACL186 Wächtler B., Citiulo F., Jablonowski N., Förster S., Dalle F., Schaller M., Wilson D., Hube B. (2012). Candida albicans-epithelial interactions: dissecting the roles of active penetration, induced endocytosis and host factors on the infection process. PLoS One. 7:e36952 (9p.). ACL187 Wipf D., Loqué D., Lalonde S., Frommer W.B. (2012). Amino acid transporter inventory of the Selaginella genome. Front. Plant Sci. 3:36 (6p.). ACL188 Zancarini A., Mougel C., Voisin A.-S., Prudent M., Salon C., Munier-Jolain N. (2012). Soil nitrogen availability and plant genotype modify the nutrition strategies of M. truncatula and the associated rhizosphere microbial communities. Plos One. 7:e47096 (10p.). ACL189 Zhu Y.M., Li Y.D., Colbach N., Ma K.P., Wei W., Mi X.C. (2012). Seed losses at harvest and seed persistence of oilseed rape (Brassica napus) in different cultural conditions in Chinese farming systems. Weed Res. 52:317-326. 2. Articles dans des revues avec comité de lecture non répertoriées dans des bases de données internationales 2013 ACLN1 Fried G., Chauvel B., Rodriguez A., Jullien J., Reboud X. (2013). Biovigilance flore adventice le point dans trois bassins de production de colza. Phytoma. 664:8-14. ACLN2 Molinier V., Murat C., Morin E., Gollotte A., Wipf D., Martin F. (2013). First identification of polymorphic microsatellite markers in the Burgundy truffle, Tuber aestivum (Tuberaceae). APPS. 1:1200220 (4p.). ACLN3 Morin F., Dequiedt S., Koyao-Darinest V.J., Toutain B., Terrat S., Lelièvre M., Nowak V., Faivre- Primot C., Lemanceau P., Maron P.A., Ranjard L. (2013). MicroSol database©, le premier système d'information environnemental sur la microbiologie des sols. EGS. 20:27-38. ACLN4 Rebollo Couto M.S., Lovato P.E., Wipf D., Dumas-Gaudot E. (2013). Proteomic studies of arbuscular mycorrhizal associations. Advances in Biological Chemistry. 3:48-58. ACLN5 Romer C., Jacquin D., Bonin L., Bertrand A., Huart G. (2013). Le désherbage d’automne contre l’ergot du seigle les traitements herbicides d’automne, un levier chimique efficace de lutte contre l’ergot du seigle. Phytoma. 665:10-16. 2012 ACLN6 Délye C., Causse R. (2012). Résistance aux inhibiteurs de l'ALS: gare aux dicots! Après le coquelicot et les matricaires, la stellaire fait de la résistance. Phytoma. 657:40-42. ACLN7 Smýkal P., Aubert G., Burstin J., Coyne C.J., Ellis N.T.H., Flavell A.J., Ford R., Hýbl M., Macas J., Neumann P., McPhee K.E., Redden R.J., Rubiales D., Weller J.L., Warkentin T.D. (2012). Pea (Pisum sativum L.) in the Genomic Era. Agronomy. 2:74-115. 3. Articles dans des revues sans comité de lecture 2013 ASCL1 Martin-Laurent F., Devers M., Pesce S. (2013). Influence de la biodégradation dans l’atténuation des pesticides sur un bassin versant viticole : potentialité des différents éléments du paysage et rôle des zones tampons Innovations Agronomiques. 28:35-48. ASCL2 Petit S., Gaba S., Colbach N., Bockstaller C., Bretagnolle V., Mézière D., Ricou C., Trichard A., Munier-Jolain N. (2013). Gestion agro-écologique de la flore adventice dans les systèmes à bas niveau d’usage d’herbicides : le projet ADVHERB. Innovations Agronomiques. 28:75-86. ASCL3 Reboud X., Gaba S., Borgy B., Bonneau M., Délos M., Fried G., avec la collaboration du réseau Biovigilance Flore (2013). Que nous disent les réseaux d'observatoires sur les réactions de la flore adventice aux évolutions des pratiques agricoles ? Innovations Agronomiques. 28:127-140. ASCL4 Wipf D. (2013). "A special symbiosis" précédé de l'interview "Linking plant processes". International Innovation. 4p.
    • 11 11 2012 ASCL5 Munier-Jolain N., Médiene S., Meiss H., Boissinot F., Rainer W., Jacques C., Bretagnolle F. (2012). Rôle des prairies temporaires pour la gestion de la flore adventice dans les systèmes céréaliers. Innovations Agronomiques. 22:71-84. ASCL6 Petit M.S., Challan-Belval C., Blosseville N., Blancard S., Castel T., Lecomte C., Duc G. (2012). Un exemple de gestion de systèmes de polyculture élevage à l’échelle de territoires : le cas des protéagineux et de l’élevage de monogastriques en Bourgogne. Innovations Agronomiques. 22:135- 157. ASCL7 Ranjard L. (2012). L'apport des techniques de la biologie moléculaire à la connaissance de la biodiversité microbienne dans les sols et de ses fonctions. Innovations Agronomiques. 21:31-43. ASCL8 Reau R., Monnot L.A., A. S., Munier-Jolain N., Pambou I., Bockstaller C., Cariolle M., Chabert A., Dumans P. (2012). Les ateliers de conception de systèmes de culture pour construire, évaluer et identifier des prototypes prometteurs. Innovations Agronomiques. 20:5-33. ASCL9 Salon C. (2012). PPHD: une plateforme pour le phénotypage à haut débit. Biofutur. 338:61-64. ASCL10 Viaud M., Adam Blondon A.F., Amselem J., Bally P., Cimerman A., Dalmais B., Lapalu N., Lebrun M.H., Poinssot B., Pradier J.M., Simon A. (2012). Le génome de Botrytis décrypté. Revue des Œnologues. 142:9-11. 4. Conférences données à l’invitation du Comité d’organisation dans un congrès national ou international 2013 INV1 Colbach N., Biju-Duval L., Doisy D., Granger S., Guyot S.H.M., Médiène S., Mézière D., Munier- Jolain N.M., Petit S. (2013). The role of models in management and conservation of weeds. "16 th European Weed Research Symposium (EWRS)." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013. In "Proceedings (978-90-809789-12)". p.294-295 (communication orale invitée, résumé). INV2 Darmency H. (2013). Behind the French National Action Plan in favor of Messicoles, the rare arable weeds. "Symposium on the conservation and restoration of rare arable weeds. Technical University of Munich" Munich (Friesing), Allemagne, 20-22 juin 2013 (communication orale invitée, résumé). INV3 Darmency H. (2013). How ALS-inhibitor herbicide-resistant cultivars impact on weed resistance occurrence and management? "Warsaw Plant Health Initiative, 7FP-REGPOT-2011-1-286093 Minisymposium "Resistance to acetolacte synthase inhibiting herbicides : mechanisms, epidemiology and prevention " Varsovie, Pologne, 28 février-01 mars 2013.p.12 (communication orale invitée, résumé). INV4 Délye C. (2013). Non-target-site based resistance to herbicides: what do we know, and how can we know more? "Global herbicide resistance challenge conference." Perth, Australie, 18-22 février 2013. p.66 (communication orale invitée, résumé). INV5 Duc G., Agrama H., Bao S., Berger J., Bourion V., Burstin J., Burton J., De Ron A., Gowda C., Lecomte C., Marget P., Mikić A., Millot D., Singh K., Tullu A., Vandenberg B., Vaz Patto M., Warkentin T., Zong X. (2013). Breeding annual legumes for sustainable agricultures must target for new and more complex variety ideotypes. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013. p.71 (communication orale invitée, résumé). INV6 Martin-Laurent F., Devers-Lamrani M., Pesce S. (2013). Influence de la biodégradation dans l’atténuation des pesticides sur un bassin versant viticole: potentialité des différents éléments du paysage et rôle des zones tampons. "ÉCOPHYTO Colloque Recherche." Paris, France, 28-29 janvier 2013. p.13-14 (communication orale invitée, résumé). INV7 Noguero M., D’Erfurth I., Le Signor C., Vernoud V., Verdier J., Aubert G., Buitink J., Gouzy J., Prosperi J., Huguet T., Burstin J., Gallardo K., Thompson R.D. (2013). Use of translational genomics to identify genes important for legume seed filling. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013. p.139 (communication orale invitée, résumé). INV8 Petit S. (2013). Gestion agro-écologique de la flore adventice dans les systèmes à bas niveau d’usage d’herbicides: le projet ADVHERB. "ÉCOPHYTO Colloque Recherche." Paris, France, 28- 29 janvier 2013. p.21-22 (communication orale invitée, résumé). INV9 Philippot L. (2013). Bridging microbial community ecology and terrestrial ecosystem functioning. "International meeting of the microbiological society of Korea." Jeonju, Corée du Sud, 1-3 mai 2013 (communication orale invitée, résumé). INV10 Reboud X. (2013). Exploitation des données d’épidémio-surveillance des adventices. "ÉCOPHYTO Colloque Recherche." Paris, France, 28-29 janvier 2013. p.31-32 (communication orale invitée, résumé).
    • 12 12 INV11 Wendehenne D. (2013). Cryptogein signaling in tobacco: in search for nitric oxide targets. "11 th International POG (Plant Oxygen Group) Conference - Reactive Oxygen and Nitrogen Species in Plants." Varsovie, Pologne, 17-19 juillet 2013 (communication orale invitée, résumé). In vol. BioTechnologia 94(2). p.230. INV12 Wendehenne D. (2013). GAPDH, ntosak and cdc48, a conserved chaperone-like aaa-atpase, as nitric oxide targets in response to (a)biotic stresses. "Symposium Plant Cell Signalling." Orsay, France, 9 avril 2013. (communication orale invitée). INV13 Wipf D. (2013). Mechanisms of beneficial legume-microbe interactions. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013. p.277 (communication orale invitée, résumé). 2012 INV14 Abirached-Darmency M. (2012). Assessing chromosome modifications in GM plants. "3rd European Workshop on BPI, FP7-REGPOT-2008-1, BPI PlantHeal project". Athènes, Grèce, 11-12 décembre 2012. INV15 Astier J., Wawer I., Besson-Bard A., Lamotte O., Jeandroz S., Terenzi H., Dobrowoslka G., Wendehenne D. (2012). GAPDH, NtOSAK and CDC48, a conserved chaperone-like AAA-ATPase, as nitric oxide targets in response to (a)biotic stresses. "7th International Conference on the Biology, Chemistry and Therapeutic Application of Nitric Oxide." Édimbourg, Ecosse, 22-26 juillet 2012 (communication orale invitée, résumé). In “Nitric Oxide, Biology and Chemistry”. vol.27. p.S9. INV16 Darmency H. (2012). Impact of herbicide-resistant transgenic plants on weed management and environment. "3rd European Workshop on BPI, FP7-REGPOT-2008-1, BPI PlantHeal project". Athènes, Grèce, 11-12 décembre 2012. INV17 Gianinazzi S. (2012). La biotechnologie des mycorhizes à arbuscules en horticulture. "Alliances au pays des racines - 14 e Colloque Scientifique de la Société d'Horticulture de France." Paris, France, 25 mai 2012. p.14-16 (communication orale invitée, résumé). INV18 Gianinnazi-Pearson V. (2012). Les mycorhizes éricoïdes: état de l'art et application. "Alliances au pays des racines - 14 e Colloque Scientifique de la Société d'Horticulture de France." Paris, France, 25 mai 2012. p.20-22 (communication orale invitée, résumé). INV19 Gianinazzi S., Gianinazzi-Pearson V. (2012). Bioalternatives to chemicals in plant production and in cleaning up the environment: hopes and reality. "7th International Symbiosis Society Congress "The Earth`s Vast Symbiosphere" Krakow, Pologne, 22-28 juillet 2012 (communication orale invitée). INV20 Hayek S., Franken P., Gianinazzi-Pearson V. (2012). Mycorrhiza-induced resistance againsta root- rot pathogen in petunia: molecular mechanisms. "7th International Symbiosis Society Congress "The Earth`s Vast Symbiosphere" Krakow, Pologne, 22-28 juillet 2012 (communication orale invitée). INV21 Jeandroz S., Rasul S., Borgeot M., Fournier C., Wendehenne D. (2012). Etude du rôle du monoxyde d’azote (NO) dans la réponse du transcriptome d’Arabidopsis thaliana aux oligogalacturonides, un éliciteur des réactions de défense. "9 èmes Rencontres de Phytopathologie - Mycologie de la Société Française de Phytopathologie." Aussois, France, 16-20 juillet 2012 (communication orale invitée, résumé). INV22 Leborgne-Castel N. (2012). Role of cryptogein-induced endocytosis in tobacco. "United States- Israel Binational Research and Development Fund (BARD) Workshop "Microbial Virulence Determinants and Plant Innate Immunity"." Tel Aviv, Israël, 5-8 février 2012 (communication orale invitée). INV23 Lemanceau P., Pivato B., Mougel C., Avoscan L., Mazurier S. (2012). Diversité et activités microbiennes dans la rhizosphère: des atouts majeurs en agroécologie. "Alliances au pays des racines - 14 e Colloque Scientifique de la Société d'Horticulture de France." Paris, France, 25 mai 2012. p.42-45 (communication orale invitée, résumé). INV24 Lemanceau P., Maron P.-A., Mougel C., Philippot L., Pivato B., Ranjard L., Salon C. (2012). Maîtrise et gestion de la biodiversité dans les sols: quelles perspectives ? "Carrefours de l'Innovation Agronomique (CIAG) 2012. Évaluer et gérer la fertilité des sols." Orléans, France, 6 avril 2012. p.85 (communication orale invitée, résumé et slides). INV25 Lemanceau P., Bailey M., Faber J.H., Griffiths B., Maron P.-A., Martin F., Mougel C., Philippot L., Pascual U., Pelé N., Ranjard L., Winding A. (2012). Connecting soil biodiversity to functions and ecosystem services: presentation of case studies and of the EU FP7 project EcoFINDERS. "4 th International Congress Eurosoil 2012-Soil science for the benefit of mankind and environment." Bari, Italie, 2-6 juillet 2012. p.558 (communication orale invitée, résumé). INV26 Lemanceau P., Arrouays D., Bailey M.J., Bispo A., Buee M., Creamer R., Faber J.H., Gardi C., Griffiths B., Griffiths R.I., Martin F., Mougel C., Pascual U., Pele N., Philippot L., Plassart P., Ranjard L., Mulder C., Rutgers M., Thomson B.C., van Veen H., Winding A. (2012). Monitoring microbial diversity in European soils: ongoing projects and challenges. "6th SETAC World
    • 13 13 Congress, SETAC Europe 22nd annual meeting, Securing a sustainable future: Integrating science, policy and people." Berlin, Allemagne, 20-24 mai 2012. p.29-30 (communication orale, résumé et slides). INV27 Lichtfouse E. (2012). Comment publier dans les meilleures revues scientifiques. "Doccitanist ". Toulouse, France, 23 novembre 2012. (communication orale invitée, slides associées à une vidéo). INV28 Lichtfouse E. (2012). Facebook age science publishing. Colloque INRA "Jeunes-chercheurs.comm Doc'J' Colloque Doc'J" Jouy-en-Josas, France, 21 mai 2012 (communication orale invitée, slides). INV29 Lichtfouse E. (2012). Rédaction scientifique. "Séminaire Master2 IDS-IIDEE." Lyon, France, 6 mars 2012 (communication orale invitée). INV30 Lichtfouse E. (2012). L'article du futur. "Séminaire Institut Pprime." Poitiers, France, 13 février 2012 (communication orale invitée suivie d’une interview filmée). INV31 Lichtfouse E. (2012). L'article du futur. Colloque «Maîtriser l'information scientifique, séminaire UPMC Médecine». Paris, France, 24 janvier 2012 (communication orale invitée). INV32 Martin-Laurent F. (2012). Ecolgy of pesticide-degrading microbes: from agricultural field to microbial gene dynamics. "5 th Croatian Congress of Microbiology with International Participation." Primosten, Croatie, 26-30 septembre 2012. p.27. (communication orale invitée, résumé). INV33 Martin-Laurent F. (2012). Ecology of pesticide-degrading microbes: from agricultural field to microbial gene dynamics. "Symposium of the BioTechnology Institute - Agriculture and AgriFood Canada (AAFC)." London, Canada, 12 juillet 2012 (communication orale invitée). INV34 Martin-Laurent F. (2012). Ecology of pesticide-degrading microbes: from agricultural field to microbial gene dynamics. "Symposium of the BioTechnology Institute." Minnesotta, États-Unis, 12 juin 2012 (communication orale invitée). INV35 Petric I., Udikovic-Kolic N., Kandeler E., Karpouzas D., Duric S., Martin-Laurent F. (2012). Ecotoxicological impact of low dose herbicide nicosulfuron on soil microbial biodiversity and functioning. "5 th Croatian Congress of Microbiology with International Participation." Primosten, Croatie, 26-30 septembre 2012. p.84. (communication orale invitée, résumé). INV36 Philippot L. (2012). Bridging microbial community ecology and nitrogen cycling in soil. "4 th International Ecosummit, Ecological sustainability, Restoring the planet's ecosystem services." Colombus, États-Unis, 30 septembre-5 octobre 2012. (communication orale invitée). INV37 Philippot L. (2012). Use of functional traits to study microbial diversity. "14 th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14)." Copenhague, Danemark, 19-24 août 2012 (communication orale invitée, résumé). INV38 Poinssot B., Trda L., Steimetz E., Héloir M.C., Trouvelot S., Daire X., Adrian M. (2012). Induced resistance in grapevine: from concept to vineyard application. "6 th Meeting on Induced Resistance in Plants against Pathogens." Viçosa, Brésil, 19-21 novembre 2012. (communication orale invitée). INV39 Poinssot B. (2012). Knowledge-based strategy to trigger grapevine immunity. "Mandulaviràgzàsi meeting: from grapevine to wine." Pecs, Hongrie, 28 février 2012. (communication orale invitée). INV40 Ranjard L. (2012). L'apport des techniques de la biologie moléculaire à la connaissance de la biodiversité microbienne dans les sols et de ses fonctions. "Carrefours de l'Innovation Agronomique 2012. Évaluer et gérer la fertilité des sols." Orléans, France, 6 avril 2012. p.31-44 (communication orale invitée, résumé). INV41 Rasul S., Lamotte O., Besson-Bard A., Wendehenne D., Jeandroz S. (2012). Nitric oxide production mediates oligogalacturonides-triggered immunity and resistance to Botrytis cinerea in Arabidopsis thaliana. "4th International Plant NO Club." Édimbourg Ecosse, 26-27 juillet 2012 (communication orale invitée, résumé). INV42 Redecker D. (2012). Elucidating the genetic structure of populations of arbuscular mycorrhizal fungi (Glomeromycota). "Journées Jean Chevaugeon 2012 - 9 èmes Rencontres de Phytopathologie- Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP)." Aussois, France, 16-20 janvier 2012. p.18 (communication orale invitée, résumé). INV43 Revellin C. (2012). Les symbioses fixatrices d'azote. "Alliances au pays des racines - 14 e Colloque Scientifique de la Société d'Horticulture de France." Paris, France, 25 mai 2012. p.32-36. (communication orale invitée, résumé). INV44 Salon C., Jeudy C., Bernard C. (2012). Phenotyping: Case study of legumes plants. "European Plant Phenotyping Network EPPN workshop "plant phenotyping". Varsovie, pologne, 11 mai 2012 (communication orale invitée, résumé). INV45 Salon C., Voisin A.S., Prudent M. (2012). Phenotipage racinaire, cas d'étude des légumineuses. "GIS ALLenvi, Journée Racines". Montpellier, France, 27 février 2012 (communication orale invitée). INV46 Salon C., Munier-Jolain N., Voisin A.S., Avice J.-C., Ourry A. (2012). Phloem: highway to N. "Le Phloème dans tous ses états. Formation, Nutrition, Transport, Réponse aux ravageurs et applications.
    • 14 14 Société Française de Biologie Végétale, IIième journée de Poitiers." Poitiers, France, 2-3 avril 2012 (communication orale invitée, résumé). INV47 Salon C., Bernard C., Bourion V., Duc G., Jeudy C., Voisin A.S. (2012). Phenotyping in Agroecology. Jülich, Allemagne, 19-20 avril 2012 (communication orale invitée). INV48 Sanchez-Castro I., Gianinazzi-Pearson V., Baudoin E., van Tuinen D. (2012). Arbuscular mycorrhizal fungi, partners of the rhizostabilization process of an orphan mining site. "7th International Symbiosis Society Congress "The Earth`s Vast Symbiosphere" Krakow, Pologne, 22- 28 juillet 2012 (communication orale invitée). INV49 Sozzi T., Gianinazzi N., Molan P., Gollotte A., Tiradani L., Dieffenbach R., Gianinazzi S., Gianinazzi-Pearson V., Walters D., Carlen C., Camps Z., Susek A., Batchvarova R., Kondakova V., Massardier P., Brosse C., Loisy J.L. (2012). QualiRedFruits: A European effort to develop new agricultural practices for quality production for red fruits enriched in healthy compounds. "7th International Symbiosis Society Congress "The Earth`s Vast Symbiosphere" Krakow, Pologne, 22- 28 juillet 2012 (communication orale invitée). INV50 Terrat S., Dequiedt S., Christen R., Lelièvre M., Regnier T., Nowak V., Plassart P., Wincker P., Lemanceau P., Maron P.-A., Mougel C., Ranjard L. (2012). Apport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité des communautés microbiennes du sol: nécessité d’un ‘pipeline’ bio-informatique pour les biologistes. "Journées d'animation "MEM Days" organisées par l'INRA." Ecully, France, 31 janvier-1 er février 2012 (communication orale invitée). 5. Communications avec actes dans un congrès international 2013 ACTI1 Steimetz E., Trouvelot S., Bordier A., Héloir M.C., Poinssot B., Adrian M., Daire X. (2013). Does leaf position influence induced resistance to grape downy mildew? "6 th meeting of IOBC-WPRS working group - Induced resistance in plants against insects and diseases: leaping from success in the lab to success in the field." Avignon, France, 10-13 juin 2013 (communication orale, short paper, résumé). In "Proceedings". vol. 89. p.171-175. ACTI2 Trdá L., Boutrot F., Perrin M., Schmitt C., Masson J., Kelloniemi J.-P., Héloir M.C., Daire X., Zipfel C., Poinssot B. (2013). Identification of the VvFLS2 grapevine flagellin receptor by a functional genomics strategy. "6 th meeting of IOBC-WPRS working group - Induced resistance in plants against insects and diseases: leaping from success in the lab to success in the field." Avignon, France, 10-13 juin 2013 (communication orale, short paper, résumé). In “Proceedings”. vol. 89. p.259-262. 2012 ACTI3 Milani G.A., Bohan D., Dunbar S., Muggleton S., Raybould A., Tamaddoni-Nezhad A. (2012). Machine learning and text mining of trophic links. "11th International Conference on Machine Learning and Applications (ICMLA)." Boca Raton, USA, 12-15 décembre 2012 (communication orale, short paper). In vol. 2 of ICMLA. p.410-415. ACTI4 Tamaddoni- Nezhad A., Bohan D., Raybould A., Muggleton S. (2012). Machine Learning a Probabilistic Network of Ecological Interactions. "2st International Conference ILP 2011." Windsor Great Park, UK, 31 juillet-3 août 2011 (communication orale, full paper). In. Lecture Notes in Computer Science, volume spécial: Inductive Logic Programming (Revised Selected Papers from the conference) 7207. p.332-346. 6. Communications avec actes dans un congrès national 2013 ACTN1 Colbach N., Moreau D., Gibot-Leclerc S. (2013). PheraSys - un projet de modélisation de la dynamique de l'orobanche dans les systèmes de culture. "Colloque L'orobanche rameuse en France." Paris, France, 21 juin 2013. (communication orale, texte intégral). 9p. 2012 ACTN2 Duru M., Jouany C., Theau J.P., Granger S., Cruz P. (2012). L'écologie fonctionnelle pour évaluer et prédire l'aptitude des prairies permanentes à rendre des services. "Les Journées de Printemps de l’AFPF (Association Française pour la Production Fourragère) Prairies permanentes: de nouveaux atouts pour demain». Paris, France, 3-4 avril 2012 (communication orale intégrale, résumé; sera publiée dans Fourrages). In "Actes des journées de l"AFPF". p.103-120. ACTN3 Guillemin J.-P. (2012). (FOCUS) Historique des herbicides en France depuis la seconde guerre mondiale. "42 ème congrès du GFP (Groupe Français des Pesticides)." Poitiers, France, 29-31 mai
    • 15 15 2012. p.3 (communication orale, résumé publié dans la Lettre d’information hors série n° 1 - Observox). 7. Communications orales sans actes dans un congrès international ou national 2013 COM1 Albac S., Lopez C., Sautour M., D'Enfert C., Dalle F. (2013). Candida albicans interaction with M cells in an in vitro model of the human intestinal Follicle Associated Epithelium (FAE). "Fifth FEBS Advanced Lecture Course on Human Fungal Pathogens: Molecular Mechanisms of Host-Pathogen Interactions and Virulence." La Colle sur Loup, France, 25-31 mai 2013. p.147 (communication orale, résumé). COM2 Barnard R., Osborne C., Firestone M. (2013). Responses of soil bacterial and fungal communities to extreme soil drought and rewetting. "12 th Symposium on Bacterial Genetics and Ecology (BAGECO 12)." Ljubljana, Slovénie, 9-13 juin 2013. p.46-47 (communication orale, résumé). COM3 Caillot D., Dalle F., Sautour M., Lafon I., Ferrant E., Bastie J.N., Cuisenier B., Astruc K., Aho S. (2013). Impact de la décontamination de l’air par l’utilisation du système Plasmair® sur la survenue d’aspergilloses pulmonaires invasives chez des patients atteints de leucémies aiguës recevant des chimiothérapies intensives. Expérience du service d’hématologie clinique, CHU Dijon. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale, Proceeding of congress." vol. 23. p.201. COM4 Caillot D., Legouge C., Lafon I., Ferrant E., Newinger M., Guido O., Favennec C., Bernard A., Krause D., Martin L., Bonniaud B., Favrot N., Dalle F. (2013). Performance du scanner thoracique pour le diagnostic des mucormycoses pulmonaires chez des patients atteints de leucémies aiguës. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale, Proceeding of congress." vol. 23. p.198. COM5 Charles P.E., Bruyère R., Pauchard L.A., Thierry-Antier N., Dalle F. (2013). De la colonisation digestive à l’infection systémique par Candida albicans chez le lapin sous ventilation mécanique : rôle du Toll-like receptor. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale, Proceeding of congress." vol. 23. p.190. COM6 Duhoux A., Délye C. (2013). Three cytochrome P450 genes are over-expressed in ryegrass (Lolium sp.) plants resistant to the ALS inhibitors iodosulfuron+mesosulfuron or pyroxsulam. "Global herbicide resistance challenge conference." Perth, Australie, 18-22 février 2013. p.68 (communication orale, résumé). COM7 Gardin J., Beffa R., Gouzy J., Carrère S., Délye C. (2013). A transcriptomics-based approach enables the first identification of candidate genes involved in non-target-site-based resistance to herbicides in a grass weed (Alopecurus myosuroides). "Global herbicide resistance challenge conference." Perth, Australie, 18-22 février 2013. p.68 (communication orale, résumé). COM8 Gardin J., Gouzy J., Carrère S., Beffa R., Délye C. (2013). Alopecurus myosuroides transcriptome database (ALOMYBase): unravelling the genetic bases of non-target-site-based resistance to herbicides. "16 th European Weed Research Symposium (EWRS)." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013 (communication orale, résumé). In "Proceedings". p.259. COM9 Goyer M., Albac S., Thenet S., Bon F., Dalle F. (2013). Enterocytes'tight junctions play a protective role in limiting invasion of Candida albicans into intestinal cells. "Fifth FEBS Advanced Lecture Course on Human Fungal Pathogens: Molecular Mechanisms of Host-Pathogen Interactions and Virulence." La Colle sur Loup, France, 25-31 mai 2013. p.151 (communication orale, résumé). COM10 Goyer M., Albac S., Thenet S., Bon F., Bonnin A., Dalle F. (2013). Les Tight Junctions des entérocytes jouent un rôle protecteur en limitant l’invasion des cellules intestinales par Candida albicans. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale, Proceeding of congress." vol. 23. p.190-191. COM11 Martin-Laurent F., Pesce S. (2013). Retour sur les journées d’écotoxicologie microbienne. "Colloque de la société d'Ecotoxicologie fondamentale et appliquée (SEFA)." Thionville, 3-4 juillet 2013. p.20 (communication orale, résumé). COM12 Moreau D., Milard G., Colbach N., Munier-Jolain N.M. (2013). Ecophysiological analysis of the nitrophily of weed species. "16 th European Weed Research Symposium (EWRS)." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013 (communication orale, résumé). In "Proceedings". p.63.
    • 16 16 COM13 Pérès G., Bispo A., Grand C., Cluzeau D., Gattin I., Hedde M., Cheviron N., Harris-Hellal J., LeGuedard M., Bessoule J.J., Ruiz N., Pauget B., Beguiristain T., Dequiedt S., Chaussod R., Faure O., Hitmi A., Criquet S., Legras M., Laurent N., Vandenbulcke F., Coeurdassier M., Ponton S., Corted J., Villenave C., Bodilis J., Lepelletier P., Taibi S., Dur J.C., Bodin J. (2013). Application of soil bioindicators for risk assessment, monitoring and soil characterization in contamined soils. Results from the French national "Bioindicators Programme". "AquaConSoil, 2th International UFZ- Deltares Conference on Groundwater-Soil-Systems and Water Resource Management." Barcelone, Espagne, 16-19 avril 2013 (communication orale, slides et résumé). COM14 Pesce S., Margoum C., Rouard N., Foulquier A., Martin-Laurent F. (2013). Utilisation du potentiel de biodégradation de sédiments de rivière comme indicateur d’une diminution du niveau d’exposition a l’herbicide diuron suite a son interdiction d’utilisation. "Colloque de la société d'Ecotoxicologie fondamentale et appliquée (SEFA)." Thionville, 3-4 juillet 2013. p.23 (communication orale, résumé). COM15 Poinssot B., Kelloniemi J.-P., Trouvelot S., Héloir M.-C., Trda L., Frettinger P., Ferrarini A., Flors V., Choquer M., Fermaud M., Simon A., Pradier J.M., Dalmais B., Viaud M. (2013). Evolution de la résistance basale à Botrytis cinerea au cours de la maturation de la baie. "Première Rencontre du Nouveau Réseau Vigne et Vins Septentrional Colloque RVVS 2013." Colmar, France, 1-2 juillet 2013. p.4 (communication orale, résumé). COM16 Roques M., Caillot D., Noel R., Chretien M.-L., Guido O., Lafon I., Ferrant E., Duvillard L., Dalle F. (2013). Intérêt de la procalcitonine sérique (PCT) comme aide au diagnostic des infections fongiques invasives (IFI) au cours des hémopathies malignes. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale, Proceeding of congress." vol. 23. p.200. COM17 Sautour M., Steinberg C., Laurent J., Edel-Hermann V., Barbezant M., Sixt N., Aho S., Hartemann P., Bonnin A., Dalle F. (2013). Contamination de réseaux hydriques hospitaliers par une population clonale de Fusarium oxysporum. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale, Proceeding of congress." vol. 23. p.201-202. COM18 Scarabel L., Délye C. (2013). Occurrence of non-target-site-based resistance to ALS inhibitors in the broadleaf weed Papaver rhoeas (corn poppy). "Global herbicide resistance challenge conference." Perth, Australie, 18-22 février 2013. p.71 (communication orale, résumé). 2012 COM19 Abdallah C., Renaut J., Valot B., Zivy M., Recorbet G., Wipf D., Dumas-Gaudot E. (2012). Label- free 1-DE-LC-MS/MS to identify arbuscular mycorrhiza related membrane proteins. "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.3 (communication orale, résumé). COM20 Abdallah C., Renaut J., Valot B., Zivy M., Recorbet G., Wipf D., Dumas-Gaudot E. (2012). Protéome membranaire en réponse à la symbiose mycorhizienne à arbuscules par GeLC-MS/MS. "Journées francophones mycorhizes, 3 ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.47 (communication orale, résumé). COM21 Abid M., Fayolle L., Gautheron E., Heraud C., Gautheron N., Edel-Hermann V., Steinberg C. (2012). Impact of deoxynivalenol on soil microflora and fauna. "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.12-13 (communication orale, résumé). COM22 Ait Lahmidi N., Todeschini V., Casieri L., Bonneau L., Lingua G., Arnould C., Berta G., Wipf D. (2012). Identification of sugar transporters in arbuscular mycorrhiza. "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.6 (communication orale, résumé). COM23 Bellanger S., Darmency H. Guillemin J.P. (2012). Biological causes of cornflower regression. VI International Weed Science Congress. Hangzhou, Chine, 17-22 juin 2012 (communication orale, résumé). COM24 Bellanger S., Guillemin J.P., Darmency H. (2012). Les causes biologiques de la régression du bleuet (Centaurea cyanus L.). Colloque Réveil du Dodo IV, Dijon, France, 2-4 mai 2012. p.44 (communication orale, résumé). COM25 Bouffaud M.-L., Stockinger H., Peyret-Guzzon M., van Tuinen D., Wipf D., Redecker D. (2012). Diversity of arbuscular mycorrhizal fungi (Glomeromycota) in european soils analysed by pyrosequencing. "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.11 (communication orale, résumé). COM26 Cacas J.-L., Thomas D., Robert F., Fromentin J., Jeannette E., Mongrand S., Simon-Plas F., Ruelland E., Gerbeau-Pissot P. (2012). Phosphatidic acid signalling in cryptogein-elicited tobacco
    • 17 17 cells. "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.10 (communication orale, résumé). COM27 Casieri L., Gallardo K., Wipf D. (2012). Transcriptional response of Medicago truncatula sulphate transporters to arbuscular mycorrhizal symbiosis with and without sulphur stress. "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.7 (communication orale, résumé). COM28 Chauvel B., Martinez Q. (2012). How to explain the introduction of common ragweed into Europe during the XIXth century? IInd International Ragweed Conference. Lyon, France, 28-29 mars 2012 (communication orale). COM29 Chemidlin Prévost-Bouré N. (2012). Distribution spatiale de la diversité microbienne des sols à l'échelle du territoire nationale. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.17 (communication orale, résumé). COM30 Chemidlin Prévost-Bouré N., Dequiedt S., Saby N., Thioulouse J., Jolivet C., Lelièvre M., Arrouays D., Ranjard L. (2012). Spatial processes driving soil microbial community assembly on a wide scale. "4 th International Congress Eurosoil 2012-Soil science for the benefit of mankind and environment." Bari, Italie, 2-6 juillet 2012. p.613. (communication orale, résumé). COM31 Colbach N., Granger S., Guyot S., Mézière D. (2012). Changing agricultural practices modify the species and trait composition of the weed flora. A simulation study using a cropping system model. "12th Congress of the European Society for Agronomy." Helsinki, Finlande, 20-24 août 2012. p.152-153 (communication orale, résumé). COM32 Constancias F., Nowak V., Dequiedt S., Biju-Duval L., Guillemin J.-P., Joffre R., Martins J., Chemidlin Prévost-Bouré N., Ranjard L. (2012). Spatial patterns of microbial communities at a soil micro-scale. "14 th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14)." Copenhague, Danemark, 19-24 aout 2012. (communication orale, résumé). COM33 Darmency H., Wang T.Y. (2012). Development of herbicide-resistant varieties of foxtail millet. "VI International Weed Science Congress". Hangzhou, Chine, 17-22 juin 2012 (communication orale, résumé). COM34 Darmency H., Bellanger S., Tricault Y., Gardarin A., Colbach N. (2012). Dormancy and longevity of soil-buried weed seeds: from examples to generalization. "VI International Weed Science Congress". Hangzhou, Chine, 17-22 juin 2012 (communication orale, résumé). COM35 Doisy D., Colbach N., Roger-Estrade J., Médiène S. (2012). Does grassland cover limit the replenishment of weed seed banks during seed rain? "12th Congress of the European Society for Agronomy." Helsinki, Finlande, 20-24 août 2012. p.152-153 (communication orale, résumé). COM36 Essiane-Ondo O., Wipf D., Gianinazzi S. (2012). Caractérisation d’une collection de variétés anciennes de blé pour leur réponse à la mycorhization et impact sur la qualité du grain. "18 ème forum des jeunes chercheurs." Besançon, France, 6-7 septembre 2012. (communication orale, résumé). COM37 Fried G., Bretagnolle V., Gaba S. (2012). Impact des techniques agricoles sur l’assemblage des communautés adventices. "EcoVeg 8 Ecologie des Communautés Végétales." Nancy, France, 28-30 mars 2012 (communication orale, résumé). COM38 Gard B., Bretagnolle F., Laitung B. (2012). Growth and reproduction responses of French invasive and North American native populations of common ragweed, Ambrosia artemisiifolia L. to defoliation. IInd International Ragweed Conference, Lyon, France, 28-29 mars 2012 (communication orale, résumé). COM39 Gerbeau-Pissot P., Kiêu K., Der C., Anca I., Thomas D., Roche Y., Perrier-Cornet J.-M., Mongrand S., Kervrann C., Simon-Plas F. (2012). Liquid ordered domains of tobacco cell plasma membrane :in vivo visualization, spatial distribution and modulation upon elicitation. "International Conference on Membrane Domains." 27-30 novembre 2012 Dijon, France. (communication orale, résumé). COM40 Guigue J., Mathieu O., Lévêque J., Kaisermann A., Sarr A., Milloux M.J., Ranjard L., Maron P.-A. (2012). Influence of microbial diversity on soil organic carbon dynamics highlighted by a 13 C- labelling technique. "Joint European Stable Isotope Users Group Meeting JESIUM 2012." Leipzig, Allemagne, 2-7 septembre 2012. p.115 (communication orale, résumé). COM41 Guillemin J.P., Gasquez J., Gauvrit C., Chauvel B. (2012). Historique des herbicides en France depuis la seconde guerre mondiale. 42e Congès du Groupe Français des Pesticides, Poitiers, France, 30 mai-1 juin 2012. p.54 (communication orale). COM42 Hartmann A. (2012). Prévalence et circulation de pathogènes humains et de bactéries résistantes aux antibiotiques dans l'environnement. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.4 (communication orale, résumé).
    • 18 18 COM43 Hayek S., Alaux P.-L., Grosch R., Gianinazzi-Pearson V., Franken P. (2012). Establishment of Petunia hybrida as model for studying mycorrhiza-induced resistance. "12 th World Petunia Days." Erfurt, Allemagne, 18-21 mars. p.21 (communication orale, résumé). COM44 Kelloniemi J.-P., Trdá L., Héloir M.C., Trouvelot S., Poinssot B. (2012). Transcriptomes of compatible and non-compatible gray mold/grapevine interactions compared in search of resistance factors. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. (communication orale, résumé). COM45 Koegel S., Ait Lahmidi N., Arnould C., Boller T., Wipf D., Wiemken A., Courty P.E. (2012). SbAMT3;1 et SbAMT4: deux transporteurs d'ammonium du Sorgho induits localement lors de la mycorhization. "Journées francophones mycorhizes, 3 ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.17 (communication orale, résumé). COM46 Koegel S., Ait Lahmidi N., Arnould C., Walder F., Ineichen K., Boller T., Wipf D., Wiemken A., Courty P.E. (2012). Expression of Sorghum bicolor ammonium transporters upon colonization with arbuscular mycorrhizal fungi. "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.7 (communication orale, résumé). COM47 Koen E., Brulé D., Boni G., Wendehenne D., Besson-Bard A. (2012). The plant resistance inducer β-aminobutyric acid (BABA) induces an iron deficiency response in A. thaliana. "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.5 (communication orale, résumé). COM48 Lemanceau P. (2012). Continuum microbiologique: homme - environnement - alimentation (présentation de l’axe et de son périmètre). "Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012 (communication orale, slides). COM49 Lichtfouse E., Hamelin M. (2012). L’INRA au colloque de l’Association Européenne des Editeurs Scientifiques. "Présentation de retour sur le colloque européen de l'édition scientifique 'Editing in the Digital World' à Tallin en Estonie en juin 2012 à la réunion de la Direction de la Valorisation - Revues INRA/Springer." Paris, France, 10 juillet 2012 (communication orale, slides). COM50 Lichtfouse E., Hamelin M., Lelièvre V., Aventurier P. (2012). Cows do not eat publications. Congrès EASE, 11th General Assembly and Conference ‘Editing in the Digital World’. Tallinn, Estonie, 8-10 juin 2012 (communication orale, résumé). COM51 Liu Y.B., Wei W., Tang Z.X., Stewart C.N.Jr, Ma K.P., Darmency H. (2012). Impact of transgenic insect resistance in introgressed wild Brassica populations. "VI International Weed Science Congress". Hangzhou, Chine, 17-22 juin 2012 (communication orale, résumé). COM52 Martinez Q., Paul C., Chauvel B. (2012). Création et rôle de l'Observatoire de l'ambroisie. IIème Colloque Européen des acteurs et décideurs de la lutte contre l’ambroisie. Lyon, France, 29-30 mars 2012. p.54 (communication orale, résumé). COM53 Masquelier S., Wipf D., Gianinazzi S. (2012). Advances in in vitro culture of AM fungi. "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.15 (communication orale, résumé). COM54 Merlin C., Heraud C., Devers-Lamrani M., Steinberg C., Martin-Laurent F. (2012). Isolation of fungal isolates from french west indies soil contaminated with chlordecone: evidence for chlordecone tolerance and potential biodegrading ability. "The international conference 2012 Contaminated Site Management in Europe CSME Sustainable Approaches to Remediation of Contaminated Land in Europe SARCLE." Nancy, France, 22-24 octobre 2012. p.20-21 (communication orale, résumé). COM55 Merlin C., Heraud C., Devers-Lamrani M., Steinberg C., Martin-Laurent F. (2012). Isolement de champignons d’un andosol de Guadeloupe contaminé à la chlordécone: caractérisation de leurs tolérances. "42e Congrès du Groupe Français des Pesticides." Poitiers, France, 30 mai-1er juin 2012 (communication orale, résumé). COM56 Molinier V. (2012). Identification et développement de marqueurs microsatellites polymorphes chez Tuber aestivum (syn. uncinatum) par une approche de pyroséquençage. "1 ère journée des doctorants de l’UMR Agroécologie." Dijon, France, 12 mars 2012 (communication orale). COM57 Molinier V., Murat C., Morin E., Gollotte A., Wipf D., Martin F. (2012). First identification of polymorphic microsatellite markers in the Burgundy truffle, Tuber aestivum (Tuberaceae). "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.12 (communication orale, résumé). COM58 Peyret-Guzzon M., Mansuy C., Stockinger H., Redecker D. (2012). Studies of the population structure of the arbuscular mycorrhiza fungus Rhizophagus irregularis. "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.11-12 (communication orale, résumé).
    • 19 19 COM59 Poignavent G., Wipf D., Gallardo K. (2012). Une fonction distincte du transporteur de sulfate SULTR3;5 selon la source d’azote chez Medicago truncatula. "18 ème forum des jeunes chercheurs." Besançon, France, 6-7 septembre 2012. (communication orale, résumé). COM60 Poinssot B., Kelloniemi J.-P., Antal Z., Bruel C., Cimerman A., Daire X., Dalmais B., Fermaud M., Frettinger P., Gagey M.-J., Héloir M.C., Poussereau N., Pradier J.M., Rascle C., Roudet J., Simon A., Trouvelot S., Vallet J., Baillieul F., Choquer M., Viaud M. (2012). SafeGrape - Genomic of the grapevine - pathogen interactions: Botrytis cinerea virulence factors & molecular mechanisms of induced resistance. "Plant Genomics seminar." Pont-Royal-en-Provence, France, 3-5 avril 2012. (communication orale, slides). COM61 Pugin A., Poinssot B., Trouvelot S., Adrian M., Daire X. (2012). Oligosaccharide-triggered plant immunity and plant protection. "The First World Congress on Biostimulants in Agriculture." Strasbourg, France 26-29 novembre 2012. (communication orale). COM62 Redecker D. (2012). Applications biotechnologiques des mycorhizes. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.39 (communication orale, résumé). COM63 Redecker D., Börstler B., Thiéry O., Peyret-Guzzon M., Mansuy C., Stockinger H. (2012). Elucidating the population structure of the ubiquitous arbuscular mycorrhizal fungal species Rhizophagus irregularis: implications for fungal community assembly. "First Joint Congress on Evolutionary Biology." Ottawa, Ontario, Canada, 6-10 juillet 2012. (communication orale). COM64 Siegel K., Aimé S., Raaijmaakers J., Deboer W., Lemanceau P., Steinberg C. (2012). Search for indicators of soil suppressiveness to soil-borne diseases: functional genomics approach. "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.13 (communication orale, résumé). COM65 Sozzi T., Gianinazzi N., Molan P., Gollotte A., Tiradani L., Dieffenbach R., Gianinazzi S., Gianinazzi-Pearson V., Walters D., Carlen C., Camps Z., Susek A., Batchvarova R., Kondakova V., Massardier P., Brosse C., Loisy J.L. (2012). QualiRedFruits: A European effort to develop new agricultural practices for quality production for red fruits enriched in healthy compounds. "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.14 (communication orale, résumé). COM66 Stockinger H., Bouffaud M.-L., Peyret-Guzzon M., van Tuinen D., Redecker D. (2012). Diversité des champignons mycorhizogènes à arbuscules (Glomeromycota) dans des systèmes agricoles analysée par pyroséquençage. "Journées francophones mycorhizes, 3 ième édition." Nancy, France, 5- 7 septembre 2012. p.28 (communication orale, résumé). COM67 Tardy V., Maron P.-A., Ranjard L., Lévêque J., Mathieu O., Lemanceau P. (2012). Erosion of biodiversity affects the stability of soil microbial communities. "4 th International Congress Eurosoil 2012-Soil science for the benefit of mankind and environment." Bari, Italie, 2-6 juillet 2012. p.576 (communication orale, résumé). COM68 Terrat S., Dequiedt S., Christen R., Bachar D., Lelièvre M., Regnier T., Nowak V., Plassart P., Wincker P., Lemanceau P., Maron P.-A., Mougel C., Ranjard L. (2012). Apport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité et la richesse des communautés microbiennes de sols issus d'échantillonnage de grande ampleur. "Ecole Thématique Expert Génomique Environnementale ETEGE." Aussois, France, 23-27 avril 2012 (communication orale, résumé). COM69 Terrat S., Christen R., Dequiedt S., Mougel C., Lelièvre M., Maron P.A., Plassart P., Wincker P., Cruaud C., Jolivet C., Arrouays D., Bispo A., Lemanceau P., Ranjard L. (2012). Influence of Soil DNA Extraction Procedure to Assess Bacterial Diversity using Pyrosequencing of 16S rDNA. "NENUN ISME workshop: Extraction of microbial DNA & RNA in environmental samples." Copenhague, Danemark, 22 août 2012 (communication orale, résumé). COM70 Thomson B., Bailey M., Plassart P., Lemanceau P., Ranjard L., Griffiths R. (2012). Effects of land use intensity on european soil bacterial, fungal and archaeal communities. "4 th International Congress Eurosoil 2012-Soil science for the benefit of mankind and environment." Bari, Italie, 2-6 juillet 2012. p.573 (communication orale, résumé). COM71 Trichard A., Alignier A., Petit S., Chauvel B. (2012). Effet de l’adoption du semis direct sous couvert sur la composition des communautés adventices. "Colloque ECOVEG 8, Ecologie des Communautés Végétales." Nancy, France, 28-30 mars 2012 (communication orale, résumé). COM72 Vincent F., Bon F., Sautour M., L'Ollivier C., Goyer M., Lopez Alayon C., Albac S., Charles P.-E., Croisier D., Hartmann A., Bonnin A., Dalle F. (2012). Adaptation de Candida albicans dans les tissus humains : du commensalisme à la pathogénicité. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.20 (communication orale, résumé). 8. Communications par affiche dans un congrès international ou national
    • 20 20 2013 AFF1 Ambrose M., Annicchiarico P., Boelt B., Boller B., Boukar O., Burstin J., Carbonaro M., Ćupina B., ðorñević V., Duc G., Ellis N., Fondevilla S., Julier B., Kovačević B., McPhee K., Medović A., Mikić A., Millan T., Muehlbauer F., Nair R., O’Kiely P., Rubiales D., Salon C., Santalla M., Smýkal P., Stoddard F.L., Święncicki W., Thompson R., Varshney R., Vaz Patto C., Warkentin T., Watson C., Wan P., Wipf D. (2013). A new journal on the legume research horizon - Legume Perspectives. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013. p.133 (affiche, résumé). AFF2 Anñelković S., Mikić A., Duc G., Marget P., Aleksić J., Banović B., Ćupina B., Malenčić ð. (2013). In situ preservation of local landraces of faba bean (Vicia faba L.) and utilisation of their food products in central regions of Serbia. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013. p.20 (affiche, résumé). AFF3 Clemente A., del Carmen Arques M., Chinoy C., Dalmais M., le Signor C., Bendahmane A., Domoney C. (2013). Induced mutations in the TI1 gene encoding a major double-headed protease inhibitor in Pisum sativum L. can reduce significantly the inhibition of target enzymes. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013 p.145 (affiche, résumé). AFF4 Colbach N., Granger S., Guyot S.H.M., Mézière D. (2013). Changing agricultural practices modifies the species and trait composition of the weed flora. A simulation study using a cropping system model. "16 th European Weed Research Symposium (EWRS)." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013 (affiche, résumé). In "Proceedings (978-90-809789-12)". p.120-121. AFF5 Darmency H., Chèvre A.-M., Lecomte J. (2013). Consequences of gene flow between oilseed rape and wild radish. "16th European Weed Research Society Symposium." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013 (affiche, résumé). AFF6 Délye C., Menchari Y., Michel S., Cadet E., Le Corre V. (2013). Mutant ACCase alleles endowing herbicide resistance have a direct effect on seed germination. "Global herbicide resistance challenge conference." Perth, Australie, 18-22 février 2013. p.86 (affiche, résumé). AFF7 Doisy D., Colbach N., Roger-Estrade J., Médiène S. (2013). Parameterizing the "grassland" module in the multispecific model FlorSys. "16 th European Weed Research Symposium (EWRS)." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013 (affiche, résumé). In "Proceedings (978-90-809789-12)". p.316. AFF8 Duhoux A., Gouzy J., Carrère S., Délye C. (2013). Transcriptome screening-based identification of candidate genes endowing non-target-site-based resistance to herbicides inhibiting ALS in Lolium sp. "16 th European Weed Research Symposium (EWRS)." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013 p.269 (affiche, résumé). AFF9 Ferrari B., Annicchiarico P., Aubert G., Boucherot k., Burstin J., Huart-Naudet M., Klein A., Romani M. (2013). Association of SNP markers with pea grain protein and grain yield traits in Italy: preliminary results. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013. p.83 (affiche, résumé). AFF10 Jeandroz S., Fournier C., Lamotte O., Wendehenne D. (2013). Nitric oxide signaling in plant defenses: recent progress in deciphering the mechanisms. "6 th meeting of IOBC-WPRS working group - Induced resistance in plants against insects and diseases: leaping from success in the lab to success in the field " Avignon, France, 10-13 juin 2013 (affiche, short paper, résumé). In "IOBC wprs bulletin". vol. 89. p.109-112. AFF11 Kati V., Michel S., Duhoux A., Giannopolitis C.N., Délye C. (2013). Accumulation of Pro197 and Trp574 mutations in ALS resistant Papaver rhoeas. "16 th European Weed Research Symposium (EWRS)." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013 p.275 (affiche, résumé). AFF12 Kulik A.M., Koen E., Noirot E., Bourque S., Wendehenne D., Simon-Plas F. (2013). Interplay between ROS and RNS in tobacco response to cryptogein. "11 th International POG (Plant Oxygen Group) Conference - Reactive Oxygen and Nitrogen Species in Plants." Varsovie, Pologne, 17-19 juillet 2013. (affiche, résumé). In vol. BioTechnologia 94(2). p.180. AFF13 Leplat J., Falchetto L., Mangin P., Heraud C., Gautheron E., Gautheron N., Edel-Hermann V., Steinberg C. (2013). Saprophytic survival of Fusarium graminearum in crop residues. "12th European Fusarium Seminar." Bordeaux, France, 12-16 mai 2013. (affiche, résumé). AFF14 Menchari Y., Hajri H., Ben Salem A., Délye C., Ghorbel A. (2013). Status of herbicide-resistant Lolium populations in wheat fields in Tunisia. "Global herbicide resistance challenge conference." Perth, Australie, 18-22 février 2013. p.60 (affiche, résumé). AFF15 Mézière D., Petit S., Granger S., Biju-Duval L., Colbach N. (2013). Proposing a set of simulation- based indicators to assess harmfulness and biodiversity resulting from weeds in agroecosystems. "16 th European Weed Research Symposium (EWRS)." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013 (affiche, résumé). In "Proceedings (978-90-809789-12)". p.309-310.
    • 21 21 AFF16 Michel S., Guddat L., Lee L., Délye C. (2013). Effects of ALS mutations endowing herbicide resistance on ALS activity and herbicide sensitivity in Alopecurus myosuroides (black-grass) and Papaver rhoeas (poppy). "16 th European Weed Research Symposium (EWRS)." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013 p.264 (affiche, résumé). AFF17 Mikić A., Anñelković S., Aleksić J., Banović B., Marget P., Duc G., Tervic S. (2013). Ex situ evaluation of grain yield in local landraces of faba bean (Vicia faba L.) from Serbia. In "Pre- breeding - fi shing in the gene pool. European Plant Genetic Resources Conference EUCARPIA 2013". Alnarp, Suède, 9-11 mai 2013. P105 p2-25. (affiche, résumé). AFF18 Mikić A., Smýkal P., Kenicer G.J., Vishnyakova M., Sarukhanyan N., Akopian J., Vanyan A., Gabrielyan I., Smýkalová I., Sherbakova E., Zorić L., Atlagić J., Zeremski-Škorić T., Ćupina B., Krstić ð., Jajić I., Antanasović S., ðorñević V., Mihailović V., Ivanov A., Ochatt S., Ambrose M. (2013). Beauty will save the world, but will the world save beauty? The case of highly endangered Vavilovia formosa (Stev.) Fed. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013. p.33 (affiche, résumé). AFF19 Philippot L., Spor A., Hénault C., Bru D., Bizouard F., Jones C.M., Sarr A., Maron P.A. (2013). Loss in microbial diversity affects nitrogen cycling in soil. "12 th Symposium on Bacterial Genetics and Ecology (BAGECO 12)." Ljubljana, Slovénie, 9-13 juin 2013. p.81 (affiche, résumé). AFF20 Rodriguez A., Philippe P., Bardet O., Chondroyannis P., S. H., J. C., Garreta D., James D., Guillemin J.-P., Darmency H., Chardès M. (2013). Segetal plant conservation in arable fields: functional role, farmers’ perception and farming systems. "16th European Weed Research Society Symposium." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013. (affiche, résumé). AFF21 Siegel K., Aimé S., Chapelle E., Edel-Hermann V., Raaijmakers J.M., Lemanceau P., Steinberg C. (2013). Identifying indicators of soil suppressiveness to fungal diseases. "12th European Fusarium Seminar." Bordeaux, France, 12-16 mai 2013. (affiche, résumé). AFF22 Smýkal P., Konečná E., Hanáček P., Aubert G., Šafářová D., Navrátil M. (2013). Analysis of eIF4E gene sconfering resistance to Pea seed-borne mosaic virus (PSbMV) and other potyviruses in pea. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013. p.217 (affiche, résumé). AFF23 Steimetz E., Echairi A., Trouvelot S., Poinssot B., Chiltz A., Guillier C., Bernaud E., Klinguer A., Héloir M.C., Daire X., Adrian M. (2013). Induced resistance as a strategy for vineyard protection. "Première Rencontre du Nouveau Réseau Vigne et Vins Septentrional Colloque RVVS 2013." Colmar, France, 1-2 juillet 2013. p.83 (affiche, résumé). AFF24 Szymanska K., Kulik A.M., Wendehenne D., Dobrowolska G. (2013). ABA-independent SnRK2 kinases are involved in plant response to salinity. "11 th International POG (Plant Oxygen Group) Conference - Reactive Oxygen and Nitrogen Species in Plants." Varsovie, Pologne, 17-19 juillet 2013 (affiche, résumé). In vol. BioTechnologia 94(2). p.197. AFF25 Trapet P. (2013). Establishment of tools for investigating pyoverdine impact on iron homeostasis and plant defence responses. "Forum des jeunes chercheurs de l’Université de Bourgogne." Dijon, France, 13-14 juin 2013 (affiche, résumé). AFF26 Trda L., Boutrot F., Perrin M., Schmitt C., Masson J., Kelloniemi J.-P., Daire X., Zipfel C., Poinssot B. (2013). Identification of the VvFLS2 grapevine flagellin receptor by a functional genomics strategy. "Première Rencontre du Nouveau Réseau Vigne et Vins Septentrional Colloque RVVS 2013." Colmar, France, 1-2 juillet 2013. p.86 (affiche, résumé). AFF27 Wipf D., Gallardo K., Casieri L. (2013). Role of the arbuscular mycorrhizal symbiosis on S-uptake and S-starvation resistance in Medicago truncatula. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013. p.280 (affiche, résumé). AFF28 Wipf D., Gallardo K., Casieri L. (2013). Transcriptional response of Medicago truncatula sulphate transporters to arbuscular mycorrhizal symbiosis with and without sulphur stress. "International Workshop on Plant Membrane Biology." Kurashiki-shi, Japon, 26-31 mars 2013. (affiche, résumé). 2012 AFF29 Abdallah C., Renaut J., Valot B., Zivy M., Recorbet G., Wipf D., Dumas-Gaudot E. (2012). Label- free 1-DE-LC-MS/MS to identify arbuscular mycorrhiza-related membrane proteins. "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. (affiche, résumé). AFF30 Ait Lahmidi N., Casieri L., Bonneau L., Lingua G., Berta G., Wipf D. (2012). Identification de transporteurs de sucres marqueurs de la mycorhize à arbuscules. "Journées francophones mycorhizes, 3 ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.52 (affiche, résumé). AFF31 Ait Lahmidi N., Todeschini V., Casieri L., Bonneau L., Lingua G., Arnould C., Berta G., Wipf D. (2012). Identification of sugar transporters in arbuscular mycorrhiza, from basic to applied science. "4 èmes Journées Doctorants INRA SPE." Toulouse, france, 20-22 juin 2012. (affiche, résumé).
    • 22 22 AFF32 Albac S., Bonnin A., Dalle F., Vincent F., Bon F., Croisier-Bertin D., Da Silva S., Hayez D. (2012). Mise en place d'un modèle in vivo de colonisation digestive stable à C. Abicans chez la souris immunocompétente. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.12 (affiche, résumé). AFF33 Alignier A., Ricci B., Petit S. (2012). Prédire l'occurrence des espèces adventices: quelles échelles de temps et d'espace? "ECOVEG 8, Ecologie des Communautés Végétales." Nancy, France, 28-30 mars 2012 (affiche, résumé). AFF34 Arnould C., Koegel S., Geavy L., Kälin M., Henri C., Wipf D., Dumas-Gaudot E., Courty P.E. (2012). La microdissection laser: une technique d'analyse du profil d'expression génique et protéique des types cellulaires spécifiques de la symbiose mycorhizienne à arbuscules. "3 rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. (affiche, résumé). AFF35 Arnould C., Koegel S., Geay L., Kälin M., Henri C., Wipf D., Dumas-Gaudot E., Courty P.E. (2012). La microdissection laser: une technique d’analyse du profil d’expression génique et protéique des types cellulaires spécifiques de la symbiose mycorhizienne à arbuscules. "Journées francophones mycorhizes, 3 ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.53 (affiche, résumé). AFF36 Bastian F., Mathieu O., Houdusse F., Fuentes M., Garcia-Mina Jose M., Lévêque J., Yvin J.C., Maron P.A., Lemenager D. (2012). Evaluation of the addition of fertilizing component on microbial communities and decomposition of organic matter in soil. "European Geosciences Union General Assembly 2012." Vienne, Autriche, 22-27 avril 2012 (affiche, résumé). AFF37 Bastian F., Mathieu O., Houdusse F., Fuentes M., Garcia Mina Jose M., Lévêque J., Yvin J.C., Maron P.A., Lemenager D. (2012). Evaluation de l’effet d’un complément de fertilisation sur les communautés microbiennes et la décomposition des matières organiques dans le sol. "Journées d’études des sols : Le sol face aux changements globaux." Versailles, France, 19-23 mars 2012 (affiche, résumé). AFF38 Boissinot F., Mézière D., Bretagnolle V., Munier-Jolain N. (2012). L’intégration d’une luzerne de 3 ans dans la rotation: un atout agronomique, économique et environnemental! "Journée Technique Grandes Cultures Biologiques ITAB-ARVALIS Institut du végétal." Chaussy, France. p.51-52. (affiche, résumé). AFF39 Casieri L., Gallardo K., Wipf D. (2012). Role of the AM interaction on S-uptake and S-starvation resistance in Medicago truncatula. "First Molecular Mycorrhiza Meeting." Munich, Allemagne, 6-7 septembre 2012. p.67. (affiche, résumé). AFF40 Coffin A., Gaba S., Chauvel B. (2012). Stratégie d’échantillonnage de la flore des bordures herbacées des parcelles cultivées. «Le réveil du Dodo IV - 4ème journées francophones des sciences de la conservation». Dijon, France, 2-4 mai 2012. p.80 (affiche, résumé). AFF41 Colbach N., Granger S., Guyot S., Mézière D., Darmency H. (2012). Changing agricultural practices modifies the species and trait composition of the weed flora. A simulation study using a model of cropping system effects on weed dynamics. "6th International Weed Science Congress." Hangzhou, Chine, 17-22 juin 2012 (affiche, résumé). AFF42 Constancias F., Chemidlin Prévost-Bouré N., Dequiedt S., Nowak V., Guillemin J.-P., Biju-Duval L., Ranjard L. (2012). Is there a microbial sub alpha-diversity at soil microscale? "4 th International Congress Eurosoil 2012-Soil science for the benefit of mankind and environment." Bari, Italie, 2-6 juillet 2012. p. 2241. (affiche, résumé). AFF43 Cortet J., Abonnel F., Begin J.-C., Béguet J., Bouchard A., Charissou A.-M., Chenot E.-D., Cluzeau D., Colin S., Hafeez F., Hedde M., Martin-Laurent F., Paris T., Piron D., Rakoto A., Schwartz C., Watteau F. (2012). Les épandages de déchets modifient-ils la qualité biologique des sols agricoles à long terme ? Résultats du programme VADEBIO. "11 èmes Journées d'Etudes des Sols." Versailles, France, 19-23 mars 2012 (affiche, résumé). AFF44 Dequiedt S., Lelièvre M., Maron P.-A., Mougel C., Morin F., Terrat S., Faivre C., Lemanceau P., Ranjard L. (2012). Plateforme GenoSol: une structure logistique d'appui à la recherche sur la microbiologie des sols et de l'environnement. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.29 (affiche, résumé). AFF45 Fried G., Chauvel B. (2012). Predicting the potential global range of common ragweed (Ambrosia artemisiifolia) using biologically informed and correlative species distribution models. IInd International Ragweed Conference. Lyon, France, 28-29 mars 2012 (affiche, résumé). AFF46 Gard B., Fanjas-Mercère T., Laitung B., Bretagnolle F. (2012). Characterisation of phenotypic plasticity in seedling stage of native and invasive populations in Ambrosia artemisiifolia L. "NEOBIOTA 2012 - 7th European Conference on Invasive Alien Species - Halting Biological Invasions in Europe: from Data to Decisions." Pontevedra, Espagne, 12-14 septembre 2012 (affiche, résumé).
    • 23 23 AFF47 Goyer M., Bonnin A., Dalle F. (2012). Role of tight junctions during invasion of the intestinal cell line caco-2 by candida albicans. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.13 (affiche, résumé). AFF48 Hafeez F., Martin-Laurent F., Spor A., Breuil M.-C., Schwartz C., Philippot L. (2012). Technosols to reclaim industrial wastelands: depth distribution of abundance and activity of N-cycling microbial communities. "4 th International Congress Eurosoil 2012-Soil science for the benefit of mankind and environment". Bari, Italie, 2-6 juillet 2012. p.2433 (affiche, résumé). AFF49 Hafeez F., Martin-Laurent F., Béguet J., Bru D., Cortet J., Schwartz C., Morel J.-L., Philippot L. (2012). Taxonomic and Functional Characterization of Microbial Communities in Technosols Constructed for Reclamation of a Contaminated Industrial Wasteland. "8th International Soil Science Congresse "Land Degradation and Challenges in Soil Management"." Izmir, Turquie, 15-17 mai 2012 (affiche, résumé). AFF50 Hamelin M., Lichtfouse E. (2012). The success of Agronomy for Sustainable Development: from IF 0.566 rank 29/53 to IF 2.9 rank 4/75. Congrès EASE, 11th General Assembly and Conference ‘Editing in the Digital World’. Tallinn, Estonie, 8-10 Juin 2012 (affiche, résumé). AFF51 Hartmann A., Depret G., Bardet E., Neuwirth C., Bollache L. (2012). Prevalence of CTX-M producing E. coli strains in a french river: occurrence in biofilm and fauna (invertebrates and pisces). "3rd ASM Conference on Antimicrobial Resistance in Zoonotic Bacteria and Foodborne Pathogens in Animals, Humans, and the Environment." Aix-en-Provence, France, 26-29 juin 2012 (affiche, résumé). AFF52 Husson C., Aguayo J., Révellin C., Marçais B., Frey P. (2012). New hypothesis on the ploidy of the hybrid species Phytopthora alni subsp. alni. "6th IUFRO Meeting Working Party 7.02.09 “Phytophthora in Forests and Natural Ecosystems”." Cordoue, Espagne, 9-14 september 2012. p.120-121. (affiche, résumé). AFF53 Jones C., Graf D., Bru D., Philippot L., Hallin S. (2012). Insights into the unexplored diversity of the nitrous oxide reducing microbial community. "14 th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14)." Copenhague, Danemark, 19-24 aout 2012 (affiche, résumé). AFF54 Koegel S., Arnould C., Boller T., Wipf D., Wiemken A., Courty P.E. (2012). Expression of Sorghum bicolor ammonium transporters upon colonization with arbuscular mycorrhizal fungi. "3 rd Swiss Arbuscular Mycorrhiza Meeting." Fribourg, Suisse, 15 juin 2012 (affiche, résumé). AFF55 Legrand C., Louviot G., Coffin A., Bleomelen A., Chauvel B., Gaba S. (2012). Valeur écologique de la flore adventice des bordures de champ pour les pollinisateurs. "Le réveil de Dodo IV. 4èmes journées francophones des sciences de la conservation." Dijon, France, 2-4 mai 2012 (affiche, résumé). AFF56 Locatelli A., Spor A., Piveteau P., Hartmann A. (2012). Influence of abiotic and biotic soil characteristics on Listeria monocytogenes survival in the environment. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.22 (affiche avec présentation orale, résumé). AFF57 López Alayón C., Bonnin A., Dalle F. (2012). Development of an improved in vitro model of human intestinal follicle associated epithelia to study cellular and molecular interactions of Candida albicans with M cells. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. (affiche, résumé). AFF58 López Alayón C., Albac S., Sautour M., Dalle F. (2012). Development of an improved in vitro model of human intestinal follicle associated epithelia to study cellular and molecular interactions of Candida albicans with M cells. "8 th European Mucosal Immunology Group (EMIG) meeting" Dublin, Irlande, 10-13 octobre 2012. (affiche, résumé). AFF59 Marhan S., Keil D., Regan K., Niehörster J., Niklaus P.A., Kammann C., Philippot L., Poll C., Kandeler E. (2012). Impacts of climate change on N-cycling microorganisms in soil. "14 th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14)." Copenhague, Danemark, 19-24 aout 2012 (affiche, résumé). AFF60 Meddad-Hamza A., Beddiar A., Gianinazzi S. (2012). Les mycorhizes de l'olivier (Olea europaea L.). Aspects écologiques, effet sur la croissance et exploitation en pépinière. "Journées francophones mycorhizes, 3 ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.76 (affiche, résumé). AFF61 Millot D., Bridet-Guillaume F., l’Hostis D., Baranger A., Buitink J., Jeuffroy M.H., Magrini M.B., Tivoli B., Duc G. (2012). 2000-2009 Publication metrics reveal world trends of grain legume research. Congrès EASE, 11th General Assembly and Conference ‘Editing in the Digital World’. Tallinn, Estonie, 8-10 Juin 2012 (affiche, résumé). AFF62 Molinier V., Murat C., Morin E., Wincker P., Gollotte A., Martin F., Wipf D. (2012). Genetic diversity of Tuber aestivum / uncinatum "ALPHY Meeting." Banyuls sur Mer, France, 19-21 mars 2012. p.20 (affiche, résumé).
    • 24 24 AFF63 Morandi D., Bonneau L., Potin S., Balzergue S., van Tuinen D., Truong H.N. (2012). Caractérisation de la réponse au phosphate du mutant hypermycorhizien B9 de Medicago truncatula. "Journées francophones mycorhizes, 3 ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.59 (affiche, résumé). AFF64 Negrel J., Javelle F., Morandi D. (2012). Mise en évidence d’une activité caféoyltransférase chlorogénate-dépendante dans les racines de tomate mycorhizées. "Journées francophones mycorhizes, 3 ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.60 (affiche, résumé). AFF65 Pauchard L.-A., Charles P.-E., Bruyère R. (2012). Impact de la modulation de la réponse inflammatoire pulmonaire et systémique de l’hôte médiée par TLR2 dans un modèle animal de pneumopathie acquise sous ventilation mécanique à Staphylococcus aureus. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.45 (affiche avec présentation orale, résumé). AFF66 Peyret-Guzzon M., Mansuy C., Stockinger H., Redecker D. (2012). Structuration et diversité des communautés et populations de champignons mycorhizogènes à arbuscules (Glomeromycota) à différentes échelles. "Journées francophones mycorhizes, 3 ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.79 (affiche, résumé). AFF67 Plassart P., Terrat S., Griffiths R.I., Thomson B., Lelièvre M., Regnier T., Bailey M., Dequiedt S., Mougel C., Lemanceau P., Ranjard L. (2012). Vers une optimisation de la procédure d’extraction d’ADN des sols pour caractériser la diversité microbienne tellurique par le pyroséquençage des gènes ribosomiques. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.34 (affiche, résumé). AFF68 Plassart P., Terrat S., Thomson B., Griffiths R., Dequiedt S., Lelièvre M., Regnier T., Nowak V., Bailey M., Lemanceau P., Bispo A., Chabbi A., Maron P.-A., Mougel C., Ranjard L. (2012). Evaluation of the ISO standard 11063 “Soil DNA Extraction Procedure” for Assessing Microbial Abundance and Community Structure. "14 th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14)." Copenhague, Danemark, 19-24 août 2012 (affiche, résumé). AFF69 Ragon M., Guyot S., Perrier-Cornet J.M., Hartmann A., Gervais P. (2012). Survie et/ou réactivation de microorganismes du sol sous hautes pressions gazeuses. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.11 (affiche, résumé). AFF70 Sadet-Bourgeteau S., Philippeau C., Lelièvre M., Julliand V. (2012). Comparaison de la structure bactérienne du caecum, du colon et des fèces équin par ARISA (Automated Ribosomal Intergenic Spacer Analysis). "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.27 (affiche, résumé). AFF71 Simon A., Kelloniemi J.-P., Cimerman A., Dalmais-Lenaers B., Morgant G., Schumacher J., Pradier J.M., Le Pecheur P., Roudet J., Fermaud M., Tudzynski B., Tudzynski P., Poinssot B., Viaud M. (2012). Transcriptomes of Botrytis cinerea. "XV International Congress on Molecular Plant- Microbe Interactions." Kyoto, Japon, 29 juillet-2 août 2012. (affiche). AFF72 Steimetz E., Echairi A., Trouvelot S., Poinssot B., Héloir M.C., Adrian M., Daire X. (2012). Induced resistance as a strategy for vineyard protection. "IX th International Congress of Vitivinicultural Terroirs." Dijon, France, 25-29 juin 2012. (affiche). AFF73 Steimetz E., Echairi A., Trouvelot S., Poinssot B., Chiltz A., Guillier C., Bernaud E., Klinguer A., Héloir M.C., Adrian M., Daire X. (2012). Induced resistance as a strategy for vineyard protection. "The Natural Products and Biocontrol Congress." Perpignan, France, 19-21 septembre 2012. (affiche). AFF74 Tardy V., Mathieu O., Lévêque J., Lemanceau P., Ranjard L., Maron P.-A. (2012). L'assurance écologique est-elle applicable aux communautés microbiennes telluriques ? "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.21 (affiche avec présentation orale, résumé). AFF75 Terrat S., Plassart P., Christen R., Dequiedt S., Regnier T., Lelièvre M., Nowak V., Lemanceau P., Maron P.-A., Mougel C., Ranjard L. (2012). Optimisation du pyroséquençage haut-débit pour caractériser la diversité taxonomique des communautés bactériennes des sols. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.24 (affiche avec présentation orale, résumé). AFF76 Terrat S., Plassart P., Christen R., Dequiedt S., Lelièvre M., Nowak V., Regnier T., Wincker P., Lemanceau P., Maron P.A., Mougel C., Ranjard L. (2012). Optimisation du pyroséquençage haut- débit pour caractériser la diversité taxonomique des communautés bactériennes des sols. "Ecole Thématique Expert Génomique Environnementale ETEGE." Aussois, France, 23-27 avril 2012 (affiche, résumé). AFF77 Terrat S., Dequiedt S., Bachar D., Christen R., Mougel C., Lelièvre M., Maron P.A., Plassart P., Wincker P., Cruaud C., Jolivet C., Arrouays D., Bispo A., Lemanceau P., Ranjard L. (2012). Deep
    • 25 25 sequencing of 16S rRNA gene to efficiently assess bacterial richness and the rare biosphere in soils. "14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14)." Copenhague, Danemark, 19-24 août 2012 (affiche, résumé). AFF78 Trichard A., Auguste C., Martinez Q., Petit S., Chauvel B. (2012). Ragweed seed predation by invertebrates in cultivated area. IInd International Ragweed Conference. Lyon, France, 28-29 mars 2012 (affiche, résumé). AFF79 Vincent F., Sautour M., L'Ollivier C., Truntzer C., Bonnin A., Dalle F. (2012). Genetic and phenotypic characterization of commensal and clinical Candida albicans isolates reveals heterogeneous distribution of adherence and invasiveness properties. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.6 (affiche avec présentation orale, résumé). AFF80 Vincent F., Sautour M., L'Ollivier C., Truntzer C., Bonnin A., Dalle F. (2012). Genetic and phenotypic characterization of commensal and clinical Candida albicans isolates reveals heterogeneous distribution of adherence and invasiveness properties "11 th ASM Conference on Candida and Candidiasis, American Society for Microbiology, ASM." San Francisco, États-Unis, 29 mars-2 avril 2012. p. 206-207. (affiche, résumé). AFF81 Vincent F., Znaidi S., Sautour M., Truntzer C., d'Enfert C., Dalle F. (2012). Development of a high throughput cytotoxicity assay of Caco-2 cells using a Candida albicans homozygous deletion library. "18th Congress of the International Society for Human and Animal Mycology, ISHAM (International Society for Human and Animal Mycology)”. Berlin, Allemagne, 11-15 juin 2012 (affiche, résumé). In «Mycoses». vol. 55, supplément 4. p.160. AFF82 Vincent F., Znaidi S., Sautour M., Truntzer C., D'Enfert C., Dalle F. (2012). Development of a high throughput cytotoxicity assay of Caco-2 cells using a Candida albicans homozygous deletion library. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.15 (affiche, résumé). AFF83 Viollet A., Corberand T., Mougel C., Avoscan L., Vansuyt G., Lemanceau P., Mazurier S. (2012). Influence du système de sécrétion de type III bactérien dans les intéractions plantes-Pseudomonas spp. fluorescents non pathogènes. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.23 (affiche avec présentation orale, résumé). AFF84 Vivant A.-L., Garmyn D., Gal L., Piveteau P. (2012). Le système Agr de Listeria monocytogenes et la croissance en biofilm: approche transcriptomique de l’effet de la température. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.33 (affiche, résumé). AFF85 Vivant A.-L., Garmyn D., Gal L., Briandet R., Guilbaud M., Lemaître J.-P., Hartmann A., Piveteau P. (2012). Single cell analysis evidence Heterogeneous expression of the Agr communication system of Listeria monocytogenes. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.10 (affiche, résumé). 9. Ouvrages scientifiques (ou chapitres de ces ouvrages) 2013 OS1 Adrian M., De Rosso M., Bavaresco L., Poinssot B., Héloir M.-C. (2013). Resveratrol from vine to wine. In Delmas D. eds. "Resveratrol: Sources, Production and Health Benefits." Nova Science Publishers Inc. Chap. 1, 3-18. OS2 Colbach N. (2013). Ex Ante evaluation of gene flow in oilseed rape with cropping system models. In Bertheau Y. eds. "Genetically Modified and Non-Genetically Modified Food Supply Chains: Co- Existence and Traceability." Wiley-Blackwell. Chap. 4, 49-60. OS3 Darmency H. (2013). Co-existence issues of GM sugar beet. In Bertheau Y. eds. "Genetically Modified and Non-Genetically Modified Food Supply Chains: Co-Existence and Traceability." Wiley-Blackwell. Chap. 3, 35-48. OS4 Darmency H. (2013). Diffusion génétique par transfert vertical chez les plantes. In Panoff, J.-M. eds. «Le risque biologique: une approche transdisciplinaire», L'Harmattan. Chap. 1Ba, 103-114. OS5 Lemanceau P., Mazurier S., Avoscan L., Robin A., Briat J.-F. (2013). Reciprocal interactions between plants and fluorescent pseudomonads in relation to iron in the rhizosphere. In de Bruijn F.J. eds. "Molecular Microbial Ecology of the Rhizosphere" vol. 2 Wiley-Blackwell. Chap. 113, 1181- 1189. OS6 Lichtfouse E. (2013). Scientific writing for impact factor journals. "Media and Communications - Technologies, Policies and Challenges". Nova Science Publishers, Inc. 87p. OS7 Zancarini A., Lepinay C., Burstin J., Duc G., Lemanceau P., Moreau D., Munier-Jolain N., Pivato B., Rigaud T., Salon C., Mougel C. (2013). Combining molecular microbial ecology with
    • 26 26 ecophysiology and plant genetics for a better understanding of plant-microbial communities interactions in the rhizosphere. In de Bruijn F.J. eds. "Molecular Microbial Ecology of the Rhizosphere" vol. 1 Wiley-Blackwell. Chap. 7, 69-86. 2012 OS8 Adrian M., Trouvelot S., Gamm M., Poinssot B., Héloir M.C., Daire X. (2012). Activation of Grapevine Defense Mechanisms: 2 Theoretical and Applied Approaches. In Mérillon J.M., Ramawat Kishan G. eds. “Plant defence: biological control.” vol. 12, part. 4. Springer, Science&Business Media. Chap.13, 313-331. OS9 Atif R.M., Patat-Ochatt E.M., Svabova L., Ondrej V., Klenoticova H., Jacas L., Griga M., Ochatt S.J. (2012). Gene transfer in legumes. In Lüttge U., Beyschlag W., Francis D., Cushman J. eds. "Progress in Botany." vol. 74. Springer-Verlag. Chap. 2, 37-100. OS10 Gianinazzi S., Masquelier S. (2012). Mycorrhizal industry in modern agriculture. In Hafidi M., Duponnois R. eds. "The Mycorrhizal symbiosis in Mediterranean Environment." Nova Science Publishers Inc. 171-184. OS11 Gianinazzi-Pearson V., van Tuinen D., Wipf D., Dumas-Gaudot E., Recorbet G., Liu Y., Doidy J., Redecker D., Ferrol N. (2012). Exploring the Genome of glomeromycotan fungi. In Hock B. eds. "The mycota IX - Fungal Associations"(2 nd ed.). Springer. Chap. 1, 1-21. OS12 Lichtfouse E. (2012). Rédiger pour être publié! Conseils pratiques pour les scientifiques. Springer. 2ème ed. 116p. OS13 Mikic A., Mihailovic V., Cupina B., Lejeune-Henaut I., Hanocq E., Duc G., McPhee K.E., Stoddard F.L., Kosev V., Krstic D., Antanasovic S., Jovanovic Ž. (2012). Developing fall-sown pea cultivars as an answer to the challenges of climatic changes. In Comstock A.M., and Lothrop B.E. eds."Peas: Cultivation, Varieties and Nutritional Uses”. Nova Science Publishers. Chap.4, 107-124. OS14 Poinssot B., Trda L., Kelloniemi J.P., Steimetz E., Héloir M.C., Trouvelot S., Daire X., Adrian M. (2012). Induced resistance in grapevine: from concept to vineyard application. In De Ávila, R., Fortunato, A.A., Resende, R.S. eds. "Indução de Resistência em Plantas a Patógenos". Departamento de Fitopatologia. Chap. 11, 277-310. OS15 Redecker D. (2012). Divisio/Phylum Glomeromycota. In Frey W. eds. "Syllabus of Plant Families - A. Engler's Syllabus der Pflanzenfamilien Part 1/1: Blue-green Algae, Myxomycetes and Myxomycete-like organisms, Phytoparasitic protists, Heterotrophic Heterokontobionta and Fungi p.p."(13 ième ed.). Bornträger Science Publishers. Chap. 11, 163-170. OS16 Sangwan R.S., Ochatt S., Nava-Saucedo J.E., Sangwan-Norreel B. (2012). T-DNA insertion mutagenesis. In Shu, Q.Y., Forster, B.P., and Nakagawa, H. eds. “Plant mutation breeding and biotechnology”. CABI, FAO. Chap.38, 489-506. OS17 Suprasanna P., Jain S.M., Ochatt S.J., Kulkarni V.M., Predieri S. (2012). Applications of in vitro techniques in mutation breeding of vegetatively propagated crops. In Shu, Q.Y., Forster, B.P., and Nakagawa, H. eds. “Plant mutation breeding and biotechnology”. CABI, FAO. Chap.28, 371-385. 10. Ouvrages de vulgarisation (ou chapitres de ces ouvrages) 2012 OV1 Granger S. (2012). Productions. In Lamy L., Leseigneur A. eds. «L'exploitation agricole à l'aube du XXIe siècle ». Educagri. Chap. 3, 64-91. OV2 Granger S. (2012). Productions. In Lamy L., Leseigneur A. eds. "L'exploitation agricole à l'aube du XXIe siècle". Educagri. Chap. 3, 108-109. OV3 Granger S. (2012). Productions. In Lamy L., Leseigneur A. eds. "L'exploitation agricole à l'aube du XXIe siècle". Educagri. Chap. 3, 112-113. 11. Direction d’ouvrages ou de revues Directions d’ouvrages 2013 Directions d’ouvrages en collections 2013 Lichtfouse E. (depuis 2006). Sustainable Agriculture Reviews. Springer, Netherlands. Volumes 2013 de la collection :
    • 27 27 DO1 Lichtfouse E. (2013). Sustainable Agriculture Reviews Volume 12. "Sustainable Agriculture Reviews". Springer. 372p. Directions de revues 2013 Directions d’ouvrages 2012 Directions d’ouvrages en collections 2012 Lichtfouse E. (depuis 2006). Sustainable Agriculture Reviews. Springer, Netherlands. Volumes 2012 de la collection : DO2 Lichtfouse E. (2012). Agroecology and Strategies for Climate Change. "Sustainable Agriculture Reviews". vol.8. Springer. 335p. DO3 Lichtfouse E. (2012). Organic Fertilisation, Soil Quality and Human Health. "Sustainable Agriculture Reviews". vol.9. Springer. 352p. DO4 Lichtfouse E. (2012). Farming for Food and Water Security. "Sustainable Agriculture Reviews". vol.10. Springer. 284p. DO5 Lichtfouse E. (2012). Sustainable Agriculture Reviews Volume 11. "Sustainable Agriculture Reviews". Springer. 270p. DO6 Lichtfouse E., Schwarzbauer J., Robert D. (2012). Environmental Chemistry for a Sustainable World. Volume 1: Nanotechnology and Health Risk. Springer. 410p. DO7 Lichtfouse E., Schwarzbauer J., Robert D. (2012). Environmental Chemistry for a Sustainable World. Volume 2: Remediation of Air and Water Pollution. Springer. 541p. Directions de revues 2012 DO8 Gianinazzi-Pearson, V., Molina, R. (depuis 1995). Mycorrhiza. Springer. DO9 Lichtfouse E. (depuis 2003). Agronomy for Sustainable Development. Springer. DO10 Lichtfouse E., Schwarzbauer, J., and Robert, D. (depuis 2003). Environmental Chemistry Letters. Springer. 12. Autres productions 12.1. Travaux encadrés : Thèses 2013 AP TH1 Betelli L. (2013). Développement et évaluation d'une méthode fondée sur la PCR temps réel pour la caractérisation des bioaérosols : application au groupe des actinomycètes. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences Vie. Vandoeuvre-lès-Nancy. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Hartmann A., Co-directrice: Géhin E. 252p. AP TH2 Lepinay C. (2013). Etude des interactions plantes-microbes et microbes-microbes, au sein de la rhizosphère, sous un aspect coûts-bénéfices, dans un contexte de variation environnementale. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences de la vie, Spécialité Ecologie microbienne. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Mougel C., Co-encadrant: Salon C. 262p. AP TH3 Mézière D. (2013). Compromis biodiversité-nuisibilité des communautés adventices dans les systèmes de culture : développement d’une méthode de diagnostic combinant simulations et indicateurs. Thèse de doctorat. Dijon. Université de Bourgogne. Directeurs de thèse: Colbach N., Granger S. 181p. AP TH4 Molinier V. (2013). Diversité génétique et aromatique de la truffe de Bourgogne. Thèse de Doctorat, Sciences de la Vie, Spécialités Biologie Végétale et Biologie Évolutive. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Wipf D., co-encadrante: Gollotte A. 316p. 2012 AP TH5 Abdallah C. (2012). Technical improvements for analysis of recalcitrant proteins by LC-MS: the mycorrhiza responsive membrane proteome as a case study. Thèse de Doctorat, Spécialité Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Co-Directeurs de thèse: Dumas-Gaudot E., Recorbet G., Renaut J. 330p.
    • 28 28 AP TH6 Adam T. (2012). Etude de l’implication de l'endocytose à clathrine dans les réactions de défense déclenchées par la cryptogéine chez le tabac. Thèse de Doctorat, Spécialité Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Leborgne-Castel N. 124p.et 38 d’annexes. AP TH7 Atif R.M. (2012). Dissecting the factors controlling seed development in the model legume Medicago truncatula. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences Vie. Spécialité Physiologie moléculaire des plantes et biotechnologie. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse Ochatt S., Co-directeur Thompson R. 163p. AP TH8 Bonneau M. (2012). Échantillonnage adaptatif optimal dans les champs de Markov, application à l’échantillonnage d’une espèce adventice. Thèse de Doctorat, Spécialité Mathématiques appliqués. Castanet-Tolosan, Dijon. Université P. Sabatier de Toulouse. Directeurs de thèse: Sabbadin R., Peyrard N., Gaba S. 92p. AP TH9 Doidy J. (2012). The Medicago truncatula sucrose transporter family: sugar transport from plant source leaves towards the arbuscular mycorrhizal fungus. Thèse de Doctorat, Spécialité Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Directeurs de thèse: Schüßler A., Wipf D. 296p. AP TH10 Gard B. (2012). Processus écologiques et évolutifs influençant la colonisation de l'ambroisie (Ambrosia artemisiifolia L.) en France. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences Vie, Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Bretagnolle, F. Co-directeur de thèse: Laitung B. 171p. AP TH11 Hafeez F. (2012). Characterization of microbial communities in Technosols constructed for industrial wastelands restoration. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences Vie, Spécialité Ecologie Microbienne. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Philippot L. Co-directeur de thèse: Martin-Laurent F. 143p. AP TH12 Hayek S. (2012). Mycorrhiza-induced resistance against Thielaviopsis basicola in the ornamental crop Petunia hybrida. Thèse de Doctorat, Discipline Biochemistry, Cellular and Molecular Biology. Dijon. Université de Bourgogne. Directeurs de thèse: Gianinazzi-Pearson V., Eckhard G. Co- directeur de thèse: Franken P. 135p. AP TH13 Koen E. (2012). Acteurs de l'homéostasie du fer chez Arabidopsis thaliana: caractérisation fonctionnelle de la nicotianamine synthase 4 et implications dans la résistance aux micro-orgnismes pathogènes. Thèse de Doctorat, Spécialité Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Wendehenne D. 245p. AP TH14 Leplat J. (2012). Développement saprotrophe de Fusarium graminearum: rôle respectif de différents habitats naturels du champignon dans le processus d'infection du blé en Bourgogne; recherche d'indicateurs prédictifs du risque de fusariose. Thèse de Doctorat en Sciences de la Vie, Spécialité Écologie Microbienne. Dijon. Université de Bourgogne. Directeurs de thèse: Steinberg C., Mangin P. 303p. AP TH15 Liu Y. (2012). Calcium-related fungal genes implicated in arbuscular mycorrhiza. Thèse de Doctorat, Discipline Microbiologie, Spécialité Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire. Wuhan (République Populaire de Chine). Huazhong Agricultural University et Université de Bourgogne. Directeurs de thèse: Zhao B., Gianinazzi-Pearson V., Co-directeur de thèse: van Tuinen D. 126p. AP TH16 Manzoor H. (2012). Calcium signaling in plant defense: involvement of subcellular compartments and glutamate receptors. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences de la Vie, Spécialité Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Garcia- Brugger A. 239p. AP TH17 Zancarini A. (2012). Etude de l’intéraction plante-communautés microbiennes de la rhizosphère chez l’espèce modèle Medicago truncatula par une approche multidisciplinaire: contribution à la réflexion sur le pilotage des interactions par la plante. Thèse de Doctorat, Sciences de la Vie et de la Terre, Spécialités Ecophysiologie et Ecologie Microbienne. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Munier-Jolain N. Co-directeurs de thèse: Mougel C., Salon C. 202p. 12.2. Travaux encadrés: Masters 2 2013 AP M1 Bardet E. (2013). Prévalence de gènes de résistances aux antibiotiques dans les communautés bactériennes de l'environnement : impact des systèmes de traitement d'eaux usées. Mémoire de Master II STS-ETEC, spécialité Biologie des organismes et des populations. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Hartmann A. 25p. AP M2 Cernay C. (2013). Caractérisation expérimentale de la variabilité phénotypique du système racinaire nodulé de génotypes contrastés de pois (Pisum sativum L.), en phase végétative et en milieu de croissance non azoté. Rapport de stage d’École d'ingénieur, Master 2 Sciences et Technologies du
    • 29 29 Vivant et de l’Environnement et d’Ingénieur en Agriculture. Angers. École Supérieure d’Agriculture. Encadrant: Voisin A.-S. 84p. AP M3 Fossot C. (2013). Étude de la colonisation racinaire par la bactérie pathogène ubiquiste Listeria monocytogenes : rôle de l'environnement biotique et du régulateur transcriptionnel agra. Mémoire de stage de Master II STS-ETE, spécialité Biologie des organismes et des populations. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Piveteau P. 29p. AP M4 Helbecque C. (2013). Contribution à l'étude des 5-énol-pyruvylshikimate-3 phosphate synthases (EPSP synthase) de Nicotiana tabacum. Rapport de stage de Master II Biologie Intégrative des Intéractions Plante Microbe Environnement. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Lamotte O. 21p. AP M5 Sadaoui A. (2013). Bases génétiques de la réponse aux contraintes de l’agroécosystème chez les plantes adventices (« mauvaises herbes »): Niveau d’expression de gènes impliqués dans la réponse au stress herbicide. Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant : Délye C. 39 p. 2012 AP M6 Baraton A. (2012). Les variétés de melon résistantes à la fusariose favorisent-elles dans leur rhizosphère la multiplication de souches pathogènes agressives? Rapport de stage de Master II STS- ETE, spécialité Biologie des organismes et des populations. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Steinberg C., Aimé S., Olivain C. 22p. AP M7 Belkacem N. (2012). Etude de l’adhérence de Candida albicans sur un support type verre et sur cellules CACO-2 et TR-146. Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de Franche Comté. Encadrants: Sautour M., Dalle F. 15p. AP M8 Bourgeois E. (2012). Evaluation de la robustesse technique et scientifique d'un bioindicateur de la qualité microbiologique du sol, la Biomasse Moléculaire Microbienne. Rapport de stage de Master II Aliments, Microbiologie, Assurance qualité, spécialité: Microbiologie appliquée à l'agroalimentaire et à l'agroenvironnement. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Ranjard L., Dequiedt S., Maron P.A. 25p. AP M9 Brulé D. (2012). Etude du mode d’action de l’acide β-aminobutyrique (BABA), un stimulateur des réactions de défense, sur l’homéostasie du fer chez Arabidopsis thaliana. Rapport de stage de Master II R BBCM. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Besson-Bard A. 25p. AP M10 Bruyère R. (2012). Impact de la modulation de la réponse inflammatoire pulmonaire et systémique de l'hôte mediée par Toll-Like Receptor 2 dans un modèle animal de pneumopathie acquise sous ventilation mécanique à Staphylococcus aureus. Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Charles P.E. AP M11 Chambolle J. (2012). La diversité des communautés végétales des forêts alluviales de l’Allier est- elle affectée par l’invasion de l’Érable négundo, du Robinier faux-acacia et de la Renouée de Bohême ? Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Fumanal B., Laitung B., Le Henaff PM., Boullet V. 31p. AP M12 Darsonval M. (2012). Etude du système AGR par caractérisation de mutants de Listeria monocytogènes. Rapport de stage de Master II. Recherche Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Garmyn D., Piveteau P. 29p. AP M13 Fanjas-Mercère T. (2012). Rôle de la diversité fonctionnelle des communautés végétales sur leur résistance à l’invasion par l’Ambroisie à feuilles d’Armoise (Ambrosia artemisiifolia L.). Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Laitung B., Gard B. 31p. AP M14 Grandperret V. (2012). Etude de la régulation d'une histone déacetylase de type 2 dans le contexte des réactions de défense des plantes. Rapport de stage de Master II R BBCM. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Bourque S. 25p. AP M15 Maurel A. (2012). Etude du rôle des jonctions serrées dans l’interaction de Candida albicans avec les cellules entérocytaires Caco-2. Rapport de stage de Master II. Dijon. Université Paris 6. Encadrants: Dalle F., Goyer M., Bon F. 41p. AP M16 Pierre C. (2012). Impact de huit plantes invasives sur des communautés végétales de la région méditerranéenne. Rapport de stage de Master II. Angers. AgroSup Dijon. Encadrants: Fried G., Laitung B. 51p. AP M17 Trapet P. (2012). Les protéines S-nitrosylées lors des réponses de défense des plantes. Cas de la protéine CDC48 et de l’EPSP Synthase. Rapport de stage de Master II R BBCM. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Lamotte O. 25p. 12.3. Habilitations à diriger les recherches 2013
    • 30 30 AP HDR1 12.4. Bases de données 2013 AP BD1 12.5. Rapports de grands projets internationaux 2013 AP RPI1 12.6. Rapports de programmes et d’expertises nationaux ou régionaux 2012 AP RPN1 Duc G., Blanchard S., Deytieux V., Hénault C., Lecomte C., Petit M.-S., Bernicot M.-H., Bernus M., Bizouard F., Blanc N., Blondon A., Blosseville N., Bonnin E., Bois B., Castel T., Challan- Belval C., Coulon C., Cuccia C., Delattre M., Dobrecourt J.F., Druot L., Dumas M., Geloen M., Hayer F., Humeau F., Huot E., Jeuffroy M.-H., Killmayer M., Larmure A., Lelay D., Leseigneur A., Mabire J.B., Mangin P., Marette A., Marget P., Million G., Nemecek T., Payot B., Raynard L., Robin P., Ronget D., Richard Y., Vaccari V., Vermue A., Villard A., Villery J., Vivier C. (2012). PSDR Profile: Potentiels et leviers pour developper la production et l'utilisation des protéagineux dans le cadre d'une agriculture durable en Bourgogne. (Plaquette de présentation PSDR - Pour et Sur le Développement Régional). 4p. 12.7. Normes 2012 AP N1 Martin-Laurent F., et al. (2012). Qualité du Sol - Méthode pour extraire directement l'ADN d'échantillons de sol (Norme française - internationale). NF ISO 11063:2012 (F). Indice de classement : X31-263. AFNOR. 30p. 12.8. Brevets et protections industrielles 2012 AP BRE1 Salon C., Jeudy C., Bernard C., Mougel C., Coffin A., Bourion V., Moreau D., Palavioux K., Baussard B. (2012). Demande de Brevet «Rhizotron et utilisations de celui-ci». Demande de brevet déposée en France le 26 juin 2012 sous le n°12 56069 aux noms de: Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) et Inoviaflow. 12.9. Dépôts de variétés au catalogue (français ou étranger) 2013 AP DV1 12.10. Divers (articles dans magazine ou quotidien, rapports de stages, logiciels enregistrés, traductions, catalogues d'exposition, rapports de fouilles, guides techniques, comptes rendus d'ouvrages, disséminations...) 2013 AP DIV1 Audouit Q. (2013). Etude de l'influence de l'hydromorphie des sols sur les communautés microbiennes à l'échelle d'un versant agricole. Rapport de stage Master 1 Sciences de l'environnement. Dijon. Encadrants: Ranjard L., Le Guillou C. 28p. AP DIV2 Bouancheau M. (2013). Evaluation de l'impact des pratiques agricoles sur l'abondance et la diversité des communautés microbiennes du sol. Rapport de stage de Master 1 Sciences de l'environnement. Encadrants: Maron P.A., Bourgeois E. 16p. AP DIV3 Coffin A. (2013). Les Pots-Capteurs : une innovation primée. INRA. La Lettres aux entreprises n°51 mars 2013. 1p. http://www.inra.fr/index.php/layout/set/newsletter/Kiosque/Newsletters/Chercheur- a-l-Inra/Campagne/Chercheur-a-l-Inra-n-26.
    • 31 31 AP DIV4 Coffin A. (2013). Les Pots-Capteurs : une innovation primée. INRA Département SPE Actualités. 2p. http://www.spe.inra.fr/Toutes-les-actualites/pots-capteurs. AP DIV5 Colbach N., Houot S. (2013). Apport de composts, fumiers ou lisiers : que deviennent les graines des « mauvaises herbes » ? INRA. Fiche Presse Infos. 2p. http://presse.inra.fr/. AP DIV6 Cottin A. (2013). Mise en place d'une base de données d'assignation taxonomique dédiée au logiciel GnS-PIPE et automatisation de sa mise à jour. Rapport de stage de fin d'étude de DUT Génie Biologique option Bio-Informatique. Encadrant: Terrat S. 18p.+43p. d'annexes. AP DIV7 Etievant P. (2013). Des plantes et des drones. Interview article par Bailly A.F. (journaliste) concernant et citant le travail de l'UMR 1347 Agroécologie. In Le Bien Public 4 février 2013. AP DIV8 Lamotte O. (2013). Nitric oxide (NO) in plants, a cell signalling messenger involved in plant defense. The case study of the N. tabacum / cryptogein model. Université de Fribourg, Suisse. 13 mai 2013 (dissémination vers les professionnels, séminaire invité). AP DIV9 Lemanceau P. (2013). L'agroécologie, un chantier prioritaire pour l'INRA. Le Monde.fr. Interview article par A. Bolis. 2 p. http://www.lemonde.fr/planete/article/2013/04/24/l-agroecologie-un- chantier-prioritaire-pour-l-inra_3165681_3244.html?xtmc=agroecologie&xtcr=6. AP DIV10 Naselli E. (2013). Frutti di stagione : fave, un simbolo della primavera e arriva anche quella per i malati. Article concernant le travail de Duc G. In "La Republica", 19 mars 2013. AP DIV11 Poinssot B. (2013). Comment stimuler l’immunité de la vigne avec des éliciteurs. "Assemblée Générale annuelle de Provynetum." Beaune, France. 21 mars 2013. (dissémination vers les professionnels, invité). AP DIV12 Tripied J. (2013). Veille technologique au sein de la Plateforme GenoSol : comparaison de l'impact de différents mix fast du commerce pour optimiser une PCR quantitative en temps réel. Rapport de 2ème année de BTS Bio-Analyses et contrôles. Dijon. Maitres de stage : Ranjard L., Nowak V. 22 p. + 12 p. d'annexes. AP DIV13 Wipf D. (2013). Débat sur les mycorhizes et l'agriculture dans le cadre des écrans du planétarium. Jardin des sciences, campus de Dijon. 11 avril 2013. 2012 AP DIV14 Albac S., Dalle F., Bonnin A. (2012). Mise en place d’un modèle in vivo de colonisation digestive stable à C. albicans chez la souris immunocompétente. In "Journée des Doctorants." Dijon, France. 12 mars 2012 (participation a manifestation de communication). AP DIV15 Albac S., López Alayón C., Bon F., Vincent F., Croisier-Bertin D., Da Silva S., Hayez D., d’Enfert C., Sautour M., Dalle F. (2012). Mise au point d’un modèle de co-culture cellules M/entérocy tes et d’un modèle de colonisation digestive stable chez la souris immunocompétente per mettant d’étudier les interactions cellulaires et moléculaires in vitro et in vivo de C. albicans avec la muqueuse digestive. In "18ème Forum des Jeunes Chercheurs." Besançon, France. 6-7 septembre 2012 (participation a manifestation de communication). AP DIV16 Arrouays D., Lemanceau P., Soussana J.-F. (2012). Connaître les sols français pour mieux les gérer "Conseil d’Administration national de l’INRA." Nancy, France. 15 juin 2012 (dissémination vers les professionnels, producteurs, slides). AP DIV17 Astier J., Besson-Bard A., Bourque S., Lamotte O., Wendehenne D. (2012). Immunité des plantes: premières identifications et analyses structurales de protéines régulées par le monoxyde d'azote. «Agriculture, Biodiversité, Environnement, Comportement, Aliment» Commentaire relatif à l'article: Astier J. et al. (Biochem. J. 447, 249–260, 2012)-Document en ligne sur le site de l'IFR IABECA). 2p. http://iabeca.com/?p=583. AP DIV18 Bordin I. (2012). Etude de l'interaction de Candida albicans avec les cellules entérocytaires Caco-2. Mise au point d'une technique d'amplification génique pour la recherche des Mollicutes. Mémoire de DUT. Encadrants: Dalle F., Bon F. 20p. AP DIV19 Boulisset F. (2012). Influence de l'auxine sur le developpement in vitro de la graine de Medicago truncatula, genotype sauvage et transformants. Rapport de stage Master 1 Sciences, Technologies, Vie, Terre et Santé. Spécialité Biologie Cellulaire et Physiologie. Dijon: Encadrant: Ochatt S., 20p. AP DIV20 Brivet X. (2012). Impact du travail du sol sur l'abondance et la biodiversité des communautés microbiennes. Rapport de stage Master 1 Sciences de l'Environnement. Dijon. Encadrants: Viollet A., Ranjard L. 25p. AP DIV21 Burstin J. (2012). Le projet PeaMUST. In «1er Cru n°79 – Journal interne INRA Dijon». Avril, p.8. AP DIV22 Chauvel B. (2012). Lutte contre l’Ambrosie, la résistance s’organise. Interview. In «Côte d’Or magazine» n°121, mai, p.16. AP DIV23 Chauvel B. & Martinez Q. (2012). Ambrosia 2012. In «1er Cru n°79–Journal interne INRA Dijon». avril, p.2. AP DIV24 Compayre C. (2012). Paramétrage d'un modèle pour évaluer l'impact des changements de pratiques agricoles sur la flore adventice. Mémoire de DUT. Encadrants: Colbach N.; Strbik F. 17p.+annexes. AP DIV25 Darmency H., Reboud X. (2012). Les OGM ont perdu la guerre contre les mauvaises herbes. Interview, résumé par Y. Miserey. In «Le Figaro», 25/05/12.
    • 32 32 AP DIV26 Didier F. (2012). Effets de la contrainte hydrique sur la production foliaire chez différentes espèces d’Astéracées envahissantes et non envahissantes. Mémoire de stage L2 EPX. Directeur de stage: Laitung B. 15p. AP DIV27 France 3 Bourgogne. (2012). Dijon: une serre robotisée pour l'INRA. Bernard C., Salon C., Etiévant P. 14 juillet 2012. (article et vidéo 1m45). AP DIV28 Hénault C., Revellin C. (2012). Des inoculants de légumineuses pour réduire les émissions des sols en oxyde d'azote nitreux. In "En direct des labos-Journal INRA en ligne", 6 septembre. AP DIV29 Jeandroz S., Cadet J., Chasseray M. (2012). Amélioration génétique de la moutarde brune (Brassica juncea)-Apports du marquage moléculaire pour la création de génotypes de type hiver. "Journée technique, Mois de l'Innovation en Bourgogne "Génotypage de variétés végétales: un outil pour établir les filières plants sains." Dijon, France. 22 octobre 2012 (dissémination vers les professionnels, producteurs, slides). AP DIV30 Lamotte O. (2012). Le monoxyde d'azote (NO) chez les plantes. Un messager cellulaire impliqué dans la signalisation des réponses de défense - l'exemple du modèle N. tabacum / cryptogéine. Université Nancy 1, France. 12 novembre 2012 (dissémination vers les professionnels, séminaire invité). AP DIV31 La Rédaction. (2012). Les champs du possible. Dossier sur l'Agroécologie. In "INRA Magazine", n°22. p.I-V. AP DIV32 La Rédaction. (2012). Agroécologie: des racines pour demain. Article sur l'Agroécologie. In "La Gazette de Côte d'Or", n°323. p.17. AP DIV33 Lecourtier V. (2012). Etude de l'adaptation de Listeria monocytogenes à son environnement. Rapport de stage IUT Génie Biologique. Dijon. Encadrants: Piveteau P., Vivant A.L. 29p. AP DIV34 Lemanceau P. (2012). Recherches en Agroécologie. "Chambre Régionale d'Agriculture de Bourgogne." Dijon, France. juin 2012 (dissémination vers les professionnels, producteurs, slides). AP DIV35 Lienhard P., Tivet F., Chabanne A., Dequiedt S., Lelièvre M., Sayphoummie S., Leudphanane B., Chemidlin Prévost-Bouré N., Séguy L., Maron P.-A., Ranjard L. (2012). Le semis direct sous couverture végétale favorise les microbes du sol. (communiqué à diffusion interne). Dijon. AP DIV36 Manaargadoo-Catin L. (2012). Evaluation de l'efficacité de deux protocoles d'extraction d'ADN du sol. Rapport de BTS Bio-Analyses et Contrôles. Dijon. Maitres de stage: Nowak V., Ranjard L. 46p. AP DIV37 Munier-Jolain N. (2012). Cultiver sans herbicides? Possible dit l'INRA. Libération. 24 septembre 2012 (interview vidéo INRA). AP DIV38 Munier-Jolain N. (2012). Cultiver sans herbicides? Possible dit l'INRA. Interview article par S. Huet. In «Libération», 24 septembre 2012. AP DIV39 Paillard G. (2012). Le Centre Inra de Dijon. Interprètes: Lemanceau P., Burstin J., Dequiedt S., Steinberg C., Mougel C., Wipf D., Munier-Jolain N., Petit S., Salon C., Reboud X., and al. (Film INRA Web TV 18 min). AP DIV40 Pauchard L.-A., Charles P.E. (2012). Impact de la modulation de la réponse inflammatoire pulmonaire et systémique de l'hôte mediée par Toll-Like Receptor 2 dans un modèle animal de pneumopathie acquise sous ventilation mécanique à Staphylococcus aureus. "18ème Forum des Jeunes Chercheurs." Besançon, France. 6-7 septembre 2012 (participation a manifestation de communication). AP DIV41 Pauchard L.-A., Charles P.E. (2012). Impact de la modulation de la réponse inflammatoire pulmonaire et systémique de l'hôte mediée par Toll-Like Receptor 2 dans un modèle animal de pneumopathie acquise sous ventilation mécanique à Staphylococcus aureus. "Journée des Doctorants " Dijon, France. 12 mars 2012 (participation a manifestation de communication). AP DIV42 Pautrat R. (2012). Effet du stress hydrique sur la biomasse racinaire de 16 espèces d'Astéracées. Mémoire de stage L2 EPX. Directeur de stage: Laitung B. 14p. AP DIV43 Perino H. (2012). "Secrets des champs ou Le potentiel du végétal". Intervenants : Guyot J.M., Frandon J.P., Cavalaglio S., Viannay D., Cortesero A.M., Vian J.F., Essiane-Ondo O., Wipf D., Supiot N., Simonneaux C., Lavier B., Chauvel B., Thomas F., Baltassat R., Serpolay J., Liagre V. Rés’OGM info. Crest, France. Octobre (Film 85m). AP DIV44 Redecker D. (2012). Un code-barre pour les champignons - La détermination d'un gène type pour tous les champignons va faciliter les analyses de biodiversité à large échelle. (communiqué à diffusion interne). Dijon. 1p. AP DIV45 Simonin G., Salon C. (2012). Dijon : une nouvelle plateforme de phénotypage haut débit. In "INRA Magazine", n°23. Décembre 2012. AP DIV46 Tripied J. (2012). Optimisation des temps réactionnel de PCR quantitative via l'évaluation de différents mix fast. Rapport de 1ère année de BTS Bio-Analyses et contrôles. Dijon. Maitres de stage: Ranjard L., Nowak V. 35p. AP DIV47 UMR Agroécologie (Pôle EcolDur, contact scientifique: Nicolas Munier-Jolain). (2012). INRA - 10 ans d'essais de systèmes de culture en protection intégrée-La Flore adventice est maîtrisable par les techniques alternatives aux herbicides. In «Terres de Bourgogne» n°1173. 6 juillet. p5.
    • 33 33 AP DIV48 van Tuinen D., Wipf D. (2012). Journées francophones de la mycorhize. (animateurs du réseau). Dijon, France. AP DIV49 Wipf D. (2012). Les champignons, un monde à découvrir, des champignons par centaines. (participation à l'organisation d'exposition grand public, co-organisateur avec la Société de Mycologie de Côte d’Or du Salon du Champignon). Dijon, France. 13-14 octobre 2012. AP DIV50 Wipf D. (2012). Les mycorhizes, un acteur clé d’une agriculture durable. Quinzaine de l’environnement du Lycée Jules Renard et Raoul Follereau. Nevers, France. 19 avril (conférence de vulgarisation). AP DIV51 Wipf D. (2012). Les mycorhizes. Bac FM. Nevers, France. 19 avril (radio). 12.11. Organisations de colloques de portée nationale/internationale 2013 AP CO1. Lichtfouse E., Schwarzbauer J., Cheronet A. (2013). Symposium - Sustainable energy, food risk and emerging pollutants: expect the unexpected. "Spring ACS meeting." New Orleans, USA, avril 7-11 2013 (organisateurs du symposium). AP CO2. Merdinoglu D., Lemoine M.-C., Pelsy F., Martin A., Butterlin G. (2013). Première Rencontre du Nouveau Réseau Vigne et Vins Septentrional Colloque RVVS 2013. Colmar, France, 1-2 juillet 2013. (organisateurs du colloque, https://colloque.inra.fr/rvvs2013). 2012 AP CO3. Equipe 1 CAPA Pôle EcolDur UMR Agroécologie. (2012). Ive journées francophones des sciences de la conservation. Le Réveil du Dodo IV. Dijon, France, 2-4 mai 2012 (membre du comité d'organisation, http://dodo.u-bourgogne.fr/). AP CO4. Lichtfouse E., Schwarzbauer J., Robert D. (2012) Symposium Environmental Chemistry for a Sustainable Word. Spring ACS meeting. San Diego, États-Unis, 25-29 mars 2012. AP CO5. Redecker D., Franken P., Wipf D. (2012). Third french-german meeting on plant-microbe interactions. Dijon, France, 26 septembre 2012. (organisateurs du colloque). AP CO6. Simon-Plas F. (2012). International Conference on Membrane Domains. 27-30 novembre 2012 Dijon, France (membre du comité d'organisation, https://colloque.inra.fr/dijon_domains).