La Unidad de Bioinformática del INTA

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La Unidad de Bioinformática del INTA

  1. 1. La Unidad de Bioinformática del INTA:Nuestra experiencia en la formación de recursos humanos
  2. 2. Genómica del girasol • Los estudios genómicos llevados a cabo son limitados para este cultivo considerando su importancia económica, siendo uno de los determinantes d este efecto el t l d t i t de t f t l tamaño d su genoma y su ñ de complejidad taxonómica. INRA de Toulousse (Francia) (Proyecto Cartisol: 1990 1997) 1990-1997). Universidad de Oregon (USA). Universidad de Davis (USA:http://compositdb.ucdavis.edu/). IB INTA IB-INTA Castelar comienza su primer proyecto de desarrollo de microsatélites para girasol en el año 1996 (iniciativa INTA/Consorcio de Empresas), continuando con un análisis g genómico del girasol en pequeña escala basado en g p q secuenciación de ESTs.2
  3. 3. Demanda de procesos bioinformáticosProyecto genómico secuenciación ESTs en girasol Colaboración FIUBA (Dr. Sergio Lew)
  4. 4. Un primer enfoque agrobioinformáticoPreguntas Biológicas – ¿Qué genes? – ¿En qué órgano? – ¿En qué proporción? Herramientas: e a e tas Secuenciación de EST Alineamientos / filtrado /etc. Participantes: FIUBA: expertise informático INTA: conocimiento biológico
  5. 5. Colecciones diferenciales de EST’s Análisis informático de secuencias moleculares Rutina “trimming” trimming Biopipeline Base de datos (Fernandez y col. 2003) (Lew y col 2004) (Fernandez y col. 2003) EST Limpieza de Análisis de Almacenam. vector redundancia Clasific. Funcionalidad Anotación hipotética BLAST Goblet (Altschul y col. 1990) (Henning y col. 2003)5
  6. 6. Instalación y puesta en funcionamiento del servidor INTA01 6
  7. 7. Diseño, creación y mantenimiento de unabase de datosb d d t 7
  8. 8. Diseño, creación y mantenimiento de una base de datos b d d t8
  9. 9. CREACIÓN DE UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA IB INTA CASTELARPPR245001: Bioinformática aplicada a proyectos deinterés agropecuario agropecuario.AEBIO245711: Análisis bioinformático, estadístico y O 5 á s s b o o át co, estad st coevolutivo de datos biológicos provenientes deproyectos genómicos de interés agropecuario.AEBIO245732: Minería de datos biológicos, gestiónde la información y los conocimientos derivados deproyectos genómicos de interés agropecuario..
  10. 10. INCORPORACIÓN Y FORMACIÓN DE RRHH Convenio marco FIUBA: régimen de pasantías ¿biólogos haciendo informática? ¿informáticos haciendo biología?El objetivo primordial es responder las preguntasbiológicas a partir de la aplicación de tecnología informática i f áti INTERDISCIPLINA
  11. 11. Formación de RRHH F ió d Año 2007 Curso Modelos lineales (EEA INTA Balcarce) Curso Bioinformática comparativa (Inst. Pasteur, Uruguay)Curso Herramientas Aplicadas a la G óC Genómica Funcional (CIPF; Valencia, España) (C ) Año 2008 Curso Bioinformática comparativa (Inst. Pasteur, Uruguay) Curso uso de Infostat® aplicado al análisis de microarreglos (UNCor) Año 2009 Taller Análisis de Microarreglos y uso de Infostat® (UNCor) Año 2010 Curso Filogenias Moleculares (FCEyN – UBA) Curso Filogenia Molecular (Fund Miguel Lillo) (Fund. Taller Mapeo por Asociación (INTA) Lic. en Bioinformática (UNER)
  12. 12. Cursos CABBIO (2002 y 2010) C Genómica y BioinformáticaMaestría en Biotecnología UBA - Fac. de Veterinaria (4 ediciones) Genómica Aplicada (3 ediciones) (Materia de Grado – FCEyN) Postgrado Otras áreas Año 2011 Entrenamiento en Bioinformática INIA Perú Curso Bioinformática Proyecto Biotec Soja Sur Bioinformática UADE
  13. 13. Participantes y colaboradoresGrupo INTA Castelar IBG C t l UNCor: • Julio Di Rienzo• Paula Fernandez• Norma Paniego• Ruth Heinz R th H i• Esteban Hopp Unidad de Bioinformática INTA:FI-UBA • Darío Príncipi • Sergio Gonzalez• Sergio Lew • Bernardo Clavijo • Máximo RivarolaFAUBA• Marcelo SoriaCIPF (Valencia, España) CIFASIS (CONICET, Rosario)• David Blesa (Unidad de Genómica) • Elizabeth T i Eli b th Tapia• Francisco García (U. de Bioinformática)• Ana Conesa (U. de Bioinformática) • Laura Angelone• Joaquín Dopazo (U. de Bioinformática) • Claudia Reynares • Alfonso Pons Fuentes de financiación: PICT 0960 PIP CONICET 5788 AECID D/016099/0 AEBIO 245732/245711 14

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