Zuleika M. Corales Tirado Krizia D í az Carrillo Dr. Carlos Ríos USDA

Desarrollar bibliotecas metagen ó micas de bajo peso molecular.

Desarrollar bibliotecas metagen ó micas de bajo peso molecular.

Combinando la biologia molecular, genética, y el reconicimiento de que la mayoría de los microorganismos en el ambiente no pueden ser cultivados utilizando métodos tradicionales, surge la metagenómica. Metagen ó mica es el estudio del material genetico que se aisla directamente de muestras ambientales, en nuestro caso de bosques.

Combinando la biologia molecular, genética, y el reconicimiento de que la mayoría de los microorganismos en el ambiente no pueden ser cultivados utilizando métodos tradicionales, surge la metagenómica.

Metagen ó mica es el estudio del material genetico que se aisla directamente de muestras ambientales, en nuestro caso de bosques.

Solamente de 0.1%-10% de los microorganismos de suelo pueden ser cultivados bajo condiciones convencionales de laboratorio, lo que indica que microorganismos cultivables proveen muy poca información de la diversidad microbiana en los suelos. La metagenómica provee las herramientas para encontrar bioprospectos no cultivables.

Solamente de 0.1%-10% de los microorganismos de suelo pueden ser cultivados bajo condiciones convencionales de laboratorio, lo que indica que microorganismos cultivables proveen muy poca información de la diversidad microbiana en los suelos.

La metagenómica provee las herramientas para encontrar bioprospectos no cultivables.

Muestreo en bosque. Extracción directa de DNAg. Digestión con enzima Pst1. Digestión de 50μl utilizando el óptimo de unidades de enzimas previamente determinadas. Gene clean del DNA digerido. Ligación de DNA con el vector. Transformacón con células competentes, E.coli. Crecimiento de células en platos de nutrient agar y tetraciclina.

Muestreo en bosque.

Extracción directa de DNAg.

Digestión con enzima Pst1.

Digestión de 50μl utilizando el óptimo de unidades de enzimas previamente determinadas.

Gene clean del DNA digerido.

Ligación de DNA con el vector.

Transformacón con células competentes, E.coli.

Crecimiento de células en platos de nutrient agar y tetraciclina.

Extracción de DNA Muestra #1 Muestra # 2 Extracción Cantidad suelo (g) Observaciones #1 0.25 No se observó banda de DNA #2 0.25 NO se observó banda de DNA Extracción Cantidad suelo (g) Observaciones #1 0.25 Banda DNA #2 0.50 No DNA #3 0.50 Banda DNA #4 0.50 Banda DNA

Extracción de DNA Muestra #3 Extracción Cantidad de suelo (g) Observaciones #1 .25 Banda de DNA

Extracción de DNA

Muestra #3

Determinación óptimo unidades de enzima Muestra #2 Muestra #3 Digestión Unidades de enzimas (u/μl) Observaciones #1 1,5,10 DNA muy fragmentado #2 1,5,10 DNA muy fragmentado #3 1,5,10 Banda muestra óptimo de unidades Digestión Unidades de enzimas (u/μl) Observaciones #1 1,5,10 Banda muestra óptimo de unidades

Determinación óptimo unidades de enzima

Muestra #2

Muestra 2 λ S1A1

KS1A1 λ ZSIA1 9-6 kb 6-4 kb Muestra 2 {Digestion 50 µl}

λ 3 4 vector Muestra 3 y 4 Vector

λ C1 C2 E1 E2 E3

9-6 kb 6-4 kb Muestra 3 λ 3

Concluir las bibliotecas metagenómicas de bajo peso molecular. Monitorear resistencia a antibióticos una vez terminada la biblioteca. Monitorear actividad de hidrocarburos de cadena corta. Realizar bibliotecas metagenomicas de alto peso molecular.

Concluir las bibliotecas metagenómicas de bajo peso molecular.

Monitorear resistencia a antibióticos una vez terminada la biblioteca.

Monitorear actividad de hidrocarburos de cadena corta.

Realizar bibliotecas metagenomicas de alto peso molecular.

Rondom, M., et al. 2000. Cloning the Soil Metagenome: a Strategy for Accessing the Genetic and Functional Diversity of Uncultured Microorganisms. Applied and Environmental Microbiology, June 2000. p. 2541–2547 Vol. 66, No. 6 . Patrick D Schloss and Jo Handelsman. 2005. Metagenomics for studying unculturable microorganisms: cutting the Gordian knot. GenomeBiology 2005. 6:229 Jo Handelsman. 2005. Metagenomics or Megagenomics?. Nature Publishing Group. JUNE 2005 .VOLUME 3. Daniel R. 2005. The metagenomics of soil. Nature Revies Microbiology. 2005 Jun;3(6):470-8.

Rondom, M., et al. 2000. Cloning the Soil Metagenome: a Strategy for Accessing the Genetic and Functional Diversity of Uncultured Microorganisms. Applied and Environmental Microbiology, June 2000. p. 2541–2547 Vol. 66, No. 6 .

Patrick D Schloss and Jo Handelsman. 2005. Metagenomics for studying unculturable microorganisms: cutting the Gordian knot. GenomeBiology 2005. 6:229

Jo Handelsman. 2005. Metagenomics or Megagenomics?. Nature Publishing Group. JUNE 2005 .VOLUME 3.

Daniel R. 2005. The metagenomics of soil. Nature Revies Microbiology. 2005 Jun;3(6):470-8.