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Panorama des logiciels de gestion de références bibliographiques

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Support de la formation "Panorama des logiciels de gestion de références bibliographiques" par Frédérique Cohen-Adad organisée par l’URFIST de Paris le 28/03/2013. …

Support de la formation "Panorama des logiciels de gestion de références bibliographiques" par Frédérique Cohen-Adad organisée par l’URFIST de Paris le 28/03/2013.
Autres documents de la formation : http://urfist.enc.sorbonne.fr/ressources/traitement-de-linformation/panorama-des-logiciels-de-gestion-de-references-bibliographiqu

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  • 1. URFIST de Paris / mars 2013 / Frédérique Cohen-Adad 1
  • 2. 2
  • 3. ✓  écrits à l’origine (début des années 80) pour la communauté scientifique et plus largement pour toute personne utilisant une grande quantité de documents ✓  une histoire liée au développement du web et des accès aux sources : avec la multiplication des bases de données en ligne (années 70) et des catalogues électroniques, puis des journaux électroniques en ligne, l’accès au texte intégral, les moteurs de recherche, aujourd’hui les ressources du web 2.0 ✓  rendus indispensables par l’essor de la production scientifique : explosion du nombre de documents disponibles, multiplicité des formats (texte, image, multimedia, …) publier, une activité vitale pour le chercheur 3
  • 4. ✓ l’essentiel : organiser ses documents sous forme de références bibliographiquesdans une base de données personnelle alimenter automatiquement cette base de données avec lesréférences bibliographiques trouvées sur le web intégrer ces références automatiquement dans un texte sous formede citations et générer une liste bibliographique ✓  et les plus : le partage de références en ligne le texte intégral et la gestion des métadonnées la capture directe de pages web nomadisme, accès mobiles et tablettes synchronisation des données … 4
  • 5. ✓ une terminologie multiple : logiciels de gestion bibliographique, logiciels de gestion de référencesbibliographiques, logiciels bibliographiques, … reference management so3ware, personal reference managementso3ware, bibliographic management so3ware, bibliographic so3ware, PDF-manager so3ware, … ✓  une définition (Carole  Zweifel  dans  la  Revue  électronique  suisse  de  science  de  linformation  (RESSI)  n°7  mai  2008)★  : "Le  logiciel  de  gestion  de  références  bibliographiques  permet  de  gérer  des  références  bibliographiques  au  sein  d’une  base  de  données  :  description  de  chaque  référence  (article,  monographie,  page  web,  thèse,…)  à  l’aide  d’une  grille  de  catalogage,  importation  des  références  depuis  des  bases  bibliographiques  en  ligne  (Medline,  ArXiv,  INSPEC,  Citeseer…),  recherches  dans  les  références,  regroupement  selon  plusieurs  critères  puis  création  automatique  d’une  liste  bibliographique  selon  les  exigences  de  présentation  spécifiques  aux  diverses  publications  scientifiques."  ★C. Zweifel. Logiciels de gestion de références bibliographiques : citons le libre ! RESSI, no 7, mai 2008http://www.ressi.ch/num07/article_045 5
  • 6. ✓  les capacités de gestion et d’organisation des références bibliographiques ✓  les fonctions d’importation de ces références ✓  les fonctions d’exportation 1) l’édition dans les traitements de texte 2) l’échange de références entre logiciels bibliographiques … et les "plus" ✓ le logiciel en pratique ✓ les développements liés au web 2.0 6
  • 7. 7
  • 8. 8
  • 9. 9
  • 10. 10
  • 11. ✓  distinguer - les formats de stockage (et par extension de sauvegarde) - les formats d’échange de références entre logiciels et entrelogiciels et bases de données, catalogues, … - les formats d’édition (ou styles d’écriture de la bibliographie) ✓  les formats de stockage sont propres à chaque logiciel ✓  les formats d’échange ou formats d’import/export de références utilisentun système de correspondance entre les structures des formats natifs. conversion   format d’échange format de stockage Attention ! - cette conversion peut être la source de pertes de données - un logiciel peut proposer plus de formats pour l’importationque pour l’exportation (et vice-versa) 11
  • 12. RIS   EndNote (Refer/BibIX)   TY    -­‐  JOUR   %0  Journal  Article   AU    -­‐  Bayer,  L.   %A  Bayer,  L.   AU    -­‐  Mairet-­‐Coello,  G.   %A  Mairet-­‐Coello,  G.   AU    -­‐  Risold,  P.  Y.   %A  Risold,  P.  Y.   AU    -­‐  Griffond,  B.   %A  Griffond,  B.   PY    -­‐  2002   %D  2002   TI    -­‐  Orexin/hypocretin  neurons:  chemical  phenotype  and  possible   %T  Orexin/hypocretin  neurons:  chemical   interactions  with  melanin-­‐concentrating  hormone  neurons   phenotype  and  possible  interactions  with  melanin-­‐ SP    -­‐  33-­‐39   concentrating  hormone  neurons   JF    -­‐  Regulatory  Peptides   %J  Regulatory  Peptides   VL    -­‐  104   %V  104   IS    -­‐  1   %N  1   N1    -­‐  Orexin/hypocretin  neurons:  chemical  phenotype  and  possible   %P  33-­‐39   interactions  with  melanin-­‐concentrating  hormone  neurons   %!  Orexin/hypocretin  neurons:  chemical   KW    -­‐  Lateral  hypothalamus;  Dynorphin;  Secretogranin  II;   phenotype  and  possible  interactions  with  melanin-­‐ Immunocytochemistry;  Slice  cultures;  Competitive  RT-­‐PCR   concentrating  hormone  neurons   ID    -­‐  1084   %K  Lateral  hypothalamus;  Dynorphin;   ER    -­‐     Secretogranin  II;  Immunocytochemistry;  Slice   cultures;  Competitive  RT-­‐PCR  BibTex    @book{Ben62,          title  =  "LOxydation  des  metaux",          author  =  "J.  B{e}nard  and  J.  Bardolle  and  F.  Bouillon  and  M.  Cagnet XML : voir la présentation de F. Kaplan, %   Comprendre à quoi sert le XML (octobre  2011)                and  J.  Moreau  and  G.  Valensi",   http://www.slideshare.net/frederickaplan/a-        publisher  =  "Gauthier-­‐Villars",   quoi-sert-xml        year  =  "1962"   12  }  
  • 13. ✓  les formats d’édition des références bibliographiques sont régis par des normes★ "norme ISO 690 (Afnor NF Z 44-005 de décembre 1987)  pour les publications  imprimées,  livres  et  publications  en  série,  leurs  parties   composantes  (chapitres,  articles)  et  les  brevets   "norme ISO 690-2 (Afnor NF Z 44-005-2 de février 1988)  pour  les  documents  électroniques,  documents  complets  ou  parties  de  documents ✓  par des recommandations spécifiques de domaines thématiques  APA : American Psychological Association  MLA : Modern Language Association (SHS)  Vancouver (Médecine)  Harvard (Science) ✓  par des recommandations spécifiques des éditeurs : Instructions to Authors, Manuscript Format Policies, etc. propres à chaque périodique ou livre ★Nadji F., Boudia D. Guide de rédaction des références bibliographiques [ en ligne ].Villeurbanne : Doc’INSA, 2011. Disponible sur : http://referencesbibliographiques.insa-lyon.fr/ 13
  • 14. 14
  • 15. 15
  • 16. 16
  • 17. 17
  • 18. 18
  • 19. 19
  • 20. ✓  propriétaire ou libre ?  logiciel libre ≠ logiciel gratuit  je choisis le logiciel libre (open source) et je suis prêt à investir un peu de temps pour comprendre le code source et le modifier selon mes propres besoins  je rentre dans une communauté (développeurs et utilisateurs) : pérennité★, mises à jour ?  je choisis le logiciel gratuit en tenant compte qu’il peut avoir des fonctionnalités limitées (choix temporaire : version d’appel vers le logiciel propriétaire payant) ★2collab (gratuit, web, produit par Elsevier), apparu en novembre 2007 et fermé en avril 2011 connotea (gratuit, web, produit par Nature Publishing Group), décembre 2004 et fermé en mars 2013 20
  • 21. libre (open source) propriétaire gratuit payant Biblioscape Aigaion Bibsonomy Citavi Bibdesk CiteULike EndNote Bibus Colwiz Papers JabRef EndNote Web Reference RefBase Mendeley★ Manager Wikindx WizFolio★ RefWorks Zotero★ Sente ★payant au-delà ★avec capacités limitées de 300 Mo   (version payante pour ↑↑)   21
  • 22. ✓ disponibilité des références ?  je voyage beaucoup et souhaite avoir mes références accessibles en permanence : accès mobiles et web   je travaille avec des personnes dans le monde entier, nous souhaitons partager des références dans un espace commun : logiciel avec intégration web et gestion des droits d’accès (public, privé)  je suis conscient(e) qu’il peut y avoir :  des difficultés d’accès aux documents déposés sur un serveur : maintenance, débits de connexion, spams, …  des problèmes de sécurité des données : possibilité ou non d’installation sur un serveur personnel 22
  • 23. en ligne (sur serveur) local (sur son poste) indépendant de l’OS dépendant de l’OS AigaionL BibdeskM Bibsonomy Biblioscape★W CiteULike Bibus EndNote Web CitaviW RefBaseL Colwiz★ Reference ManagerL EndNote RefWorks JabRef WikindxL Mendeley★ WizFolio Papers★ Reference Manager★W SenteM L serveur local que l’on peut installer soi-même   Zotero★ ★ + interface web W Windows uniquement 23 M MacOS uniquement
  • 24. ✓  choix de logiciels représentatifs  les plus anciens : Reference Manager (1984) et EndNote (1988)  uniquement sur serveur : RefWorks (2001) et EndNote Web (2005)  uniquement réseaux sociaux : CiteULike (2004)  hybrides : Zotero (2006), Papers (2007) et Mendeley (2008) ✓  critères de comparaison   la recherche de documents   la gestion des références   le partage des documents   l’édition ✓  synthèse des publications★ de  Wikipedia. Comparison of reference management so3ware, 8 mars 2013  Fenner M. Reference manager overview, PLosBlogs, septembre 2010  Information Retrieval Services (IVS-BM), Max Planck Institute of Biochemistry. A Comparison of Bibliographic Management Systems. février 2010  Documents du groupe public “logiciels bibliographiques” (sur serveur Mendeley) et de tests personnels 24 ★références complètes dia 36
  • 25. ✓ recherche documentaire  j’utilise beaucoup de sources différentes et je veux intégrerfacilement toutes les documents trouvés : logiciel avec des formatsd’importation en grand nombre, logiciel avec un plugin de type “webimporter”  je veux interroger les catalogues de bibliothèques et importerles références automatiquement : logiciel capable d’établir uneconnexion de type z39.50, logiciel avec collecte automatique depuisdes sites compatibles  je veux être à jour dans mes thématiques en permanence :logiciel avec des systèmes de veille automatique (fils RSS, alertes, …) 25
  • 26. EndNote Web Mendeley RefWorks CiteULike Manager EndNote Reference Zotero Papers import depuis les BD ★★(★) ★★(★) ★★(★) ★★ ★★★ ★★★ ★★★ ★★ connexions Z39-50 + + + + - - - - plugin navigateur + intégré + + + + - + avec import (web importer) RefGrab-it Firefox to open in post to import PDF  notices + + - - + + + - + + import DOI, ISBN + - RefGrab-it - + - - post URL capture de pages web - - + - + + + - + fils RSS - - + - web - - + modification/créationfiltres et connexions + + - - - - - - 26
  • 27. ✓  organisation - gestion des références  j’ai beaucoup de documents et je veux les retrouver et lestrier facilement : logiciel offrant la possibilité d’avoir plusieurscollections (bibliothèques), des groupes de références, dessystèmes de tri et de visualisation spécifiques, une interface derecherche avancée  j’ai des documents de formats variés à intégrer dans mabibliothèque : logiciel avec suffisamment de grilles de descriptionde référence, logiciel acceptant tout type de fichiers attachés  je dois intégrer des données dans les références : logiciel avecdes notices dont les champs sont facilement modifiables,possibilités de modifications en lot 27
  • 28. Mendeley RefWorks CiteULike Manager EndNote Reference EndNote Zotero Papers Web nombre de bibliothèques illimité illimité 1 1 1 1 1 1 ouverture/travail simultanés 10 000 300 Mo 1 Go web nombre max de documents illimité illimité illimité /25 000 web ? ? gratuit avec ENX5 gratuit modification/création + + - - - - - - champs des notices et types de documents groupes + - + + + + + + groupes dynamiques + - - - + - + - gestion des doublons + + + + + + +     + à  limport     chercher/remplacer + + + - - - ? - recherche avancée + + + - + + - + en local en local en  local  recherche texte intégral + - + - + + + - annotations PDF, capture web + - - - + page + + - web rating rating chrono- favoris rating 28 affichages/tri particuliers lu/non lu - - - logies lu/non lu favoris (partagé) lu/non lu
  • 29. ✓ disponibilité  je voyage beaucoup et souhaite avoir mes référencesaccessibles en permanence : logiciel avec intégration web etsynchronisation des données, accès PDA et tablettes ✓  partage de références   je travaille avec des personnes dans le monde entier, nous souhaitons partager des références dans un espace commun :logiciel orienté réseau social, logiciel avec intégration web,possibilité de gestion des droits d’accès et d’écriture " je gère les publications d’un centre de recherche et les publiesur le web : logiciel avec un format d’export html, interface webavec la gestion des droits d’accès (public, privé) ✓ compatibilité  je travaille avec de nombreux collaborateurs qui utilisentdifférents logiciels clients (sur poste), nous voulons échangerfacilement nos données : logiciel avec des formats d’importation/exportation en grand nombre 29
  • 30. EndNote Web Mendeley RefWorks CiteULike Manager EndNote Reference Zotero Papers formats d’import/export ★★★ ★★(★) ★★(★) ★★(★) ★★★ ★★(★) ★★(★) (★) BibTeX, XML, RIS,MODS, … groupes de références + + partagées sur le web - version + + + + réseau + réseau ordi. gestion des droits + lecture/écriture / version + + + + ? - réseau sur mobiles + + + + PDA, iPhone, iPad (9€) - Ref - ZotPad + (14€) - Mobile (9€) synchronisation + - / / + + + / communauté d’usagers (+) (+) - - + + + + forum thématique, liste de diffusion Livfe 30
  • 31. ✓ écriture – citations et listes bibliographiques  j’utilise LaTeX, mes références doivent être au format BibTeX :logiciel capable de traiter ce format (importation/exportation desréférences)  je souhaite utiliser des styles qui me sont propres : un logicielayant des formats d’édition sur lesquels on peut intervenir (création/modification)  je veux un logiciel compatible avec mon traitement de textepour insérer facilement les citations dans le texte et créer les listesbibliographiques automatiquement : logiciel avec plugins pourMicroso3 Word, OpenOffice.org Writer, Pages ‘09, … 31
  • 32. EndNote Web Mendeley RefWorks CiteULike Manager EndNote Reference Zotero Papers nombre de styles ★★★ ★★ ★★ ★★ ★★ ★★ ★★ ★ création/modification ✪ + + + de styles ++ + + - (csl) (csl) (csl) - plugin intégré Word★ + + + + + + + - dans le traitement de texte OpenOffice★ + - - - + + - - LibreOffice + - NeoOffice - - - - - - + + Pages ‘09★ + - - - - - + - LaTeX/BibTeX★ export export export export export export BibTeX - BibTeX BibTeX BibTeX + BibTeX BibTeX également modification/ également : également : création de styles : ★plugin Word : Citavi, Colwiz, Sente, WizFolio plugin Mathematica 8 : EndNote ✪Bibus, Citavi, Refbase,   ★OpenOffice : Bibus, Citavi, Colwiz, JabRef, Sente, WizFolio Sente ★Pages ‘09 : Sente ★LaTeX/BibTeX : Bibdesk, Citavi, JabRef, Refbase 32
  • 33. ✓  des limites de plus en plus floues entre les logiciels : différencesou complémentarité ? ainsi au sens strict, CiteULike (comme Bibsonomy) ne peut pas êtreconsidéré pleinement comme un logiciel de gestion de référencesbibliographiques en raison de ses fonctionnalités limitées, en particulierpour l’édition : absence de système d’intégration de références dans untraitement de texte (même s’il peut générer une liste bibliographique).Cependant il a une vraie place dans le contexte de communautés fondéessur les échanges de bibliographies. ✓ ne pas oublier que ce sont des outils en perpétuel développementqui évoluent en permanence 33
  • 34. ✓  dualité entre   un logiciel simple d’utilisation, tout en un, mais de ce fait aux fonctionnalités figées et non modulables   un logiciel plus complexe au premier abord et nécessitant un temps d’apprentissage, mais beaucoup plus configurable et d’une grande souplesse d’utilisation, en particulier pour l’organisation des données et l’édition bibliographique ✓ être attentif à  intervenir le moins possible manuellement dans les notices  un logiciel avec une grille de description de notices correcte pour tous les types de documents que l’on utilise  un logiciel avec les capacités d’import correctes pour toutes ses propres sources d’intérêt  un logiciel proposant des styles dans son domaine d’intérêt  pas de données “sensibles” sur un serveur et sauvegardes régulières 34
  • 35. ✓ proposition  choisir le logiciel avec les capacités d’importation les meilleures en fonction des sources de documents d’intérêt (BD, catalogues, pages web, sites d’éditeurs,…)   utiliser les fonctions d’échanges de références (formats d’export/ import) entre logiciels pour transférer les bibliothèques dans un logiciel ayant les meilleures capacités d’édition des références   avoir une bibliothèque principale contenant toutes les références dans un logiciel puissant en terme de gestion/organisation   créer un groupe ouvert dans un logiciel en ligne pour partager ses thèmes d’intérêt et échanger sa bibliographie avec d’autres utilisateurs ✓ ou accepter un compromis ! 35
  • 36. Comparison of reference management so3ware. Wikipedia, 8 mars 2013 http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_so3ware Reference Management Systems. Max Planck Institute of Biochemistry, Information Retrieval Services(IVS-BM), 2012 http://www.biochem.mpg.de/en/facilities/ivs/BibMgmt/index.html Reference manager overview. M Fenner, PLosBlogs, septembre 2010 http://blogs.plos.org/mfenner/reference-manager-overview/ PLUME. Zoom sur la gestion de références bibliographiques dans PLUME. janvier 2009 http://www.projet-plume.org/fr/ressource/zoom-sur-la-gestion-de-references-bibliographiques-dans-plume accès aux fiches logiciels à jour de BibTeX-Bibus-JabRef-Wikindx-Zotero CiteUlike, Connotea, BibSonomy et 2collab. JP Lardy, URFIST de Lyon, mai 2010 http://urfist.univ-lyon1.fr/servlet/com.univ.collaboratif.utils.LectureFichiergw?ID_FICHIER=1320402910756 Introduction aux logiciels de gestion de références bibliographiques. ML Malingre, URFIST de Rennes,février/mars 2013 (avec une présentation de quelques outils en ligne et en local) http://dl.dropbox.com/u/18886369/LogicielsbiblioNantes2013.ppt Documents du groupe public “logiciels bibliographiques” sur Mendeley http://www.mendeley.com/groups/2006433/logiciels-bibliographiques/papers/ 36
  • 37. Aigaion http://www.aigaion.de/ Biblioscape http://www.biblioscape.com/ BibDesk http://bibdesk.sourceforge.net/ BibTeX http://www.bibtex.org/ Bibus http://bibus-biblio.sourceforge.net/ Citavi http://www.citavi.com/ CiteULike http://www.citeulike.org/ Colwiz http://www.colwiz.com/ EndNote http://www.endnote.com/ EndNote Web http://www.myendnoteweb.com/ JabRef http://jabref.sourceforge.net/ Mendeley http://www.mendeley.com/ Papers http://www.mekentosj.com/papers/ refbase http://www.refbase.net/ Reference Manager http://www.refman.com/ RefWorks http://www.refworks.com/ Sente http: www.thirdstreetso3ware.com/   Wikindx http://wikindx.sourceforge.net/ WizFolio http://wizfolio.com/ Zotero http://www.zotero.org/ 37
  • 38. EndNote 1988 propriétaire payant, sur poste RefWorks 2001 propriétaire payant, en ligne CiteULike 2004 propriétaire gratuit, en ligne Zotero 2006 libre gratuit sur poste et en ligne EndNote Web 2006 propriétaire gratuit avec le WoK en ligne Mendeley 2008 propriétaire gratuit/payant, sur poste et en ligne 38