Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Qué es una proteína?...
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Prediccion3 D Proteinas

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Prediccion3 D Proteinas

  1. 1. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Qué es una proteína? </li></ul>= H R O H R O | | | | | | H-N-C-C-N-C-C-… | | | | | H H H H R O | | | H-N-C-C-OH | | | H H H N
  2. 2. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Qué es una proteína? Representaciones tradicionales </li></ul>7TAA PDB
  3. 3. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Axioma: No existen dos seres vivos idénticos </li></ul>-Consecuencia: La estructura molecular de los seres vivos es distinta entre individuos. <ul><li>Como demostrarlo? </li></ul><ul><li>Modelo de estudio: Estructura de proteínas (~83,000 estructuras, </li></ul><ul><li>2,800 plegamientos) </li></ul>
  4. 4. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Observación: No existen 2 proteínas que realicen la misma función en un organismo, si éstas no son idénticas. </li></ul><ul><li>Mapeo de los aminoácidos críticos para la función de las proteínas a partir </li></ul><ul><li>de la estructura 3D. </li></ul><ul><li>Evaluación de distintas formas de construcción de redes a partir de la estructura </li></ul><ul><li>3D de las proteínas de gráficas y diversas medidas de centralidad </li></ul><ul><li>Closeness centrality (BMC Bioinformatics 2005, 6:213) </li></ul><ul><li>y Betweeness (trabajo en preparación) </li></ul>
  5. 5. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Closeness Centrality: todo en uno. </li></ul>
  6. 6. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Betweeness: todos pero en partes. </li></ul>
  7. 7. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Betweeness: Confórmeros funcionales </li></ul>
  8. 8. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Predicción de la estructura de proteínas </li></ul>Red AA críticos
  9. 9. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Predicción de la estructura de proteínas ( NIM ) </li></ul>-Correlacionar los residuos conservados con los centrales observados en modelos -CASP6: Los modelos generados estuvieron a 2.0 A de la estructura experimental ASDFRGWENMVCLKPY A F M Y
  10. 10. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Predicción de la estructura de las proteínas: UniGraph </li></ul><ul><li>Conjetura: Las redes derivadas de la estructura de las proteínas poseen </li></ul><ul><li> conjuntos únicos de aa centrales. </li></ul>- Aproximaciones: NIM, UniGraph.
  11. 11. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas </li></ul>
  12. 12. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas </li></ul>
  13. 13. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas </li></ul>
  14. 14. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas </li></ul>
  15. 15. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas <ul><li>UniGraph </li></ul>- Evaluación en CASP7 (Mayo-Agosto 2006) - Generación de grafos tipo estructura 3D de proteínas <ul><li>Planteamiento de ecuaciones diferenciales para la combinatoria de </li></ul><ul><li>plegamientos observados. </li></ul>
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