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Prediccion3 D Proteinas

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  • 1. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • Qué es una proteína?
    = H R O H R O | | | | | | H-N-C-C-N-C-C-… | | | | | H H H H R O | | | H-N-C-C-OH | | | H H H N
  • 2. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • Qué es una proteína? Representaciones tradicionales
    7TAA PDB
  • 3. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • Axioma: No existen dos seres vivos idénticos
    -Consecuencia: La estructura molecular de los seres vivos es distinta entre individuos.
    • Como demostrarlo?
    • Modelo de estudio: Estructura de proteínas (~83,000 estructuras,
    • 2,800 plegamientos)
  • 4. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • Observación: No existen 2 proteínas que realicen la misma función en un organismo, si éstas no son idénticas.
    • Mapeo de los aminoácidos críticos para la función de las proteínas a partir
    • de la estructura 3D.
    • Evaluación de distintas formas de construcción de redes a partir de la estructura
    • 3D de las proteínas de gráficas y diversas medidas de centralidad
    • Closeness centrality (BMC Bioinformatics 2005, 6:213)
    • y Betweeness (trabajo en preparación)
  • 5. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • Closeness Centrality: todo en uno.
  • 6. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • Betweeness: todos pero en partes.
  • 7. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • Betweeness: Confórmeros funcionales
  • 8. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • Predicción de la estructura de proteínas
    Red AA críticos
  • 9. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • Predicción de la estructura de proteínas ( NIM )
    -Correlacionar los residuos conservados con los centrales observados en modelos -CASP6: Los modelos generados estuvieron a 2.0 A de la estructura experimental ASDFRGWENMVCLKPY A F M Y
  • 10. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • Predicción de la estructura de las proteínas: UniGraph
    • Conjetura: Las redes derivadas de la estructura de las proteínas poseen
    • conjuntos únicos de aa centrales.
    - Aproximaciones: NIM, UniGraph.
  • 11. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas
  • 12. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas
  • 13. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas
  • 14. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas
  • 15. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas
    • UniGraph
    - Evaluación en CASP7 (Mayo-Agosto 2006) - Generación de grafos tipo estructura 3D de proteínas
    • Planteamiento de ecuaciones diferenciales para la combinatoria de
    • plegamientos observados.