Rencontres ALPHY-GTGC
             Montpellier– 27/01/2009

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   de réseaux phylogénétiques
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Super-réseaux

Problème :
Reconstruire le super-réseau d'un ensemble d'arbres avec
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Idée :
reconstuire un réseau contenant tous les :

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Idée :
reconstuire un réseau contenant tous les :

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Idée :
reconstuire un réseau contenant tous les :

      ab|ce                                        a|ce
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Super-réseaux

Idée :
reconstuire un réseau contenant tous les :

      ab|ce                                        a|ce
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Super-réseaux

Idée :
reconstuire un réseau contenant tous les



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Clusters pleins / souples et réseaux
 X cluster pleinement compatible avec N (hardwired)
 si X est l'ensemble des feuilles...
Clusters pleins / souples et réseaux
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Clusters et réseaux à structure arborée

 Test de compatibilité souple polynomial sur les réseaux à
 structure arborée.


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 Test de compatibilité souple polynomial sur les réseaux à
 structure arborée.


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Reconstruction depuis les clusters


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Reconstruction depuis les clusters
Un réseau N compatible avec tous les clusters d'un arbre T
n'est pas forcément compatib...
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Une approche en deux étapes


1- Trouver un ensemble minimum de conflits parmi les
clusters :
- partie sans conflits arbre...
Une approche en deux étapes


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L'attachement minimum
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 C1, C2, et C3, et de taille minimal...
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Reconstruction de reseaux phylogenetiques a structure arboree depuis un ensemble de clusters

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Présentation d'une méthode de reconstruction de réseaux phylogénétiques à partir d'un ensemble de clusters (Alphy 2009, Montpellier).

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Reconstruction de reseaux phylogenetiques a structure arboree depuis un ensemble de clusters

  1. 1. Rencontres ALPHY-GTGC Montpellier– 27/01/2009 Reconstruction de réseaux phylogénétiques à structure arborée depuis un ensemble de clusters Daniel Huson, Regula Rupp, Vincent Berry, Philippe Gambette, Christophe Paul
  2. 2. Plan • Les réseaux phylogénétiques à structure arborée • Reconstruction depuis des clusters • Une approche en deux étapes • L'ensemble minimum de conflits • L'attachement minimum • L'implémentation dans Dendroscope
  3. 3. Plan • Les réseaux phylogénétiques à structure arborée • Reconstruction depuis des clusters • Une approche en deux étapes • L'ensemble minimum de conflits • L'attachement minimum • L'implémentation dans Dendroscope
  4. 4. Les arbres phylogénétiques D'après Woese, Kandler, Wheelis : Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya, Proceedings of the National Academy of Sciences, 87(12), 4576–4579 (1990)
  5. 5. Les réseaux phylogénétiques Réseau phylogénétique de la vie Doolittle : Uprooting the Tree of Life, Scientific American (Fév. 2000)
  6. 6. Les réseaux phylogénétiques réseau de T-Rex réseau de bipartitions niveau 2 réticulogramme Level-2 SplitsTree réseau couvrant minimum diagramme de synthèse réseau HorizStory médian Network TCS
  7. 7. Les réseaux phylogénétiques réseau de T-Rex réseau de bipartitions niveau 2 réticulogramme Level-2 SplitsTree réseau couvrant minimum diagramme de synthèse réseau HorizStory médian Network TCS
  8. 8. Réseaux abstraits ou explicites Un réseau phylogénétique explicite est un réseau phylogénétique dont tous les noeuds correspondent à des événements biologiques précis. Un réseau phylogénétique abstrait reflète des signaux phylogénétiques sans nécessairement représenter explicitement des événements biologiques.
  9. 9. Réseaux abstraits ou explicites Un réseau phylogénétique explicite est un réseau phylogénétique dont tous les noeuds correspondent à des événements biologiques précis. Un réseau phylogénétique abstrait reflète des signaux phylogénétiques sans nécessairement représenter explicitement des événements biologiques. Réseau phylogénétique explicite de levures, Leo van Iersel, Judith Keijsper, Steven Kelk, Leen Stougie, Ferry Hagen, Teun Boekhout : Constructing level-2 phylogenetic networks from triplets. RECOMB'08
  10. 10. Réseaux abstraits ou explicites Un réseau phylogénétique explicite est un réseau phylogénétique dont tous les noeuds correspondent à des événements biologiques précis. Un réseau phylogénétique abstrait reflète des signaux phylogénétiques sans nécessairement représenter explicitement des événements biologiques. Réseau phylogénétique abstrait de champignons, www.splitstree.org
  11. 11. Hiérarchie de sous-classes de réseaux Des restrictions pour obtenir des algorithmes efficaces : généralement généralement explicite abstrait http://www.lirmm.fr/~gambette/RePhylogeneticNetworks.php
  12. 12. Les réseaux à structure arborée réseau à structure arborée = galled network généralement généralement explicite abstrait http://www.lirmm.fr/~gambette/RePhylogeneticNetworks.php
  13. 13. Les réseaux à structure arborée Définition d'un réseau à structure arborée “galled network” : réseau phylogénétique tel que pour tout noeud hybride, sa suppression déconnecte le graphe. feuilles, taxons N noeud d'arbre h2 noeud hybride arc d'arbre h4 h3 h1 arc hybride abcdefghi jk Réseau enraciné : arcs orientés vers le bas
  14. 14. Les réseaux à structure arborée Définition d'un réseau à structure arborée “galled network” : réseau phylogénétique tel que pour tout noeud hybride, sa suppression déconnecte le graphe. feuilles, taxons N noeud d'arbre déconnecté en supprimant h2 noeud hybride arc d'arbre h4 h3 h1 arc hybride abcdefghi jk Réseau enraciné : arcs orientés vers le bas
  15. 15. Les réseaux à structure arborée Définition d'un réseau à structure arborée “galled network” : réseau phylogénétique tel que pour tout noeud hybride, sa suppression déconnecte le graphe. N' N' n'est pas un réseau h2 à structure arborée. h4 h5 h3 h1 abcdefghi jk
  16. 16. Les réseaux à structure arborée Définition d'un réseau à structure arborée “galled network” : réseau phylogénétique tel que pour tout noeud hybride, sa suppression déconnecte le graphe. N' N' n'est pas un réseau à structure arborée. N' reste connecté après h4 suppression de h2 h5 h3 h1 abcdefghi jk
  17. 17. Plan • Les réseaux phylogénétiques à structure arborée • Reconstruction depuis des clusters • Une approche en deux étapes • L'ensemble minimum de conflits • L'attachement minimum • L'implémentation dans Dendroscope
  18. 18. Super-réseaux Problème : Reconstruire le super-réseau d'un ensemble d'arbres avec le minimum de réticulations est difficile. Bordewich & Semple, DAM, 2007 Idée : reconstuire un réseau contenant tous les : triplets quadruplets clusters splits des arbres en entrée ? b c a f abcde d Motivation algorithmique e
  19. 19. Super-réseaux Idée : reconstuire un réseau contenant tous les : a|ce triplets abcde des arbres en entrée ?
  20. 20. Super-réseaux Idée : reconstuire un réseau contenant tous les : ab|ce a|ce triplets b c abcde a quadruplets f d e des arbres en entrée ?
  21. 21. Super-réseaux Idée : reconstuire un réseau contenant tous les : ab|ce a|ce triplets b c abcde a quadruplets f d e {c,d,e} clusters abcde des arbres en entrée ?
  22. 22. Super-réseaux Idée : reconstuire un réseau contenant tous les : ab|ce a|ce triplets b c abcde a quadruplets f d e {c,d,e} clusters b {a,b,f} abcde c {c,d,e} splits a f d des arbres en entrée ? e
  23. 23. Super-réseaux Idée : reconstuire un réseau contenant tous les {c,d,e} clusters abcde des arbres en entrée ?
  24. 24. Clusters pleins / souples et réseaux X cluster pleinement compatible avec N (hardwired) si X est l'ensemble des feuilles sous un noeud de N. X cluster souplement compatible avec N (softwired) s'il existe un arbre T dans N sur les taxons L tel que X est l'ensemble des feuilles sous un noeud de T. abc cd bc abcd
  25. 25. Clusters pleins / souples et réseaux X cluster pleinement compatible avec N (hardwired) si X est l'ensemble des feuilles sous un noeud de N. X cluster souplement compatible avec N (softwired) s'il existe un arbre T dans N sur les taxons L tel que X est l'ensemble des feuilles sous un noeud de T. abc ab cd bc abcd
  26. 26. Clusters pleins / souples et réseaux X cluster pleinement compatible avec N (hardwired) si X est l'ensemble des feuilles sous un noeud de N. X cluster souplement compatible avec N (softwired) s'il existe un arbre T dans N sur les taxons L tel que X est l'ensemble des feuilles sous un noeud de T. abc ab cd bc abcd
  27. 27. Clusters pleins / souples et réseaux X cluster pleinement compatible avec N (hardwired) si X est l'ensemble des feuilles sous un noeud de N. X cluster souplement compatible avec N (softwired) s'il existe un arbre T dans N sur les taxons L tel que X est l'ensemble des feuilles sous un noeud de T. abc ab cd bc abcd L'ensemble C(N) de tous les clusters souplement compatibles avec N peut être de taille exponentielle. Test de compatibilité souple NP-complet. Kanj, Nakhleh, Than & Xia, TCS, 2008
  28. 28. Clusters et réseaux à structure arborée Test de compatibilité souple polynomial sur les réseaux à structure arborée. Pour tout ensemble C de clusters, il existe un réseau à structure arborée compatible avec C. N Le réseau à structure arborée N est compatible avec tout cluster sur {a,b,c,d,e,f}. abcdef
  29. 29. Clusters et réseaux à structure arborée Test de compatibilité souple polynomial sur les réseaux à structure arborée. Pour tout ensemble C de clusters, il existe un réseau à structure arborée compatible avec C. {a,b,d} N Le réseau à structure arborée N est compatible avec tout cluster sur {a,b,c,d,e,f}. abcdef
  30. 30. Reconstruction depuis les clusters {arbres} {clusters} super-réseau N super-réseau N'
  31. 31. Reconstruction depuis les clusters {arbres} {clusters} super-réseau N super-réseau N' N'=N ?
  32. 32. Reconstruction depuis les clusters Un réseau N compatible avec tous les clusters d'un arbre T n'est pas forcément compatible avec T. T N pleinement/souplement compatible avec {abcd,bcd,cd,a,b,c,d} mais pas avec T abcd abcd compatible avec les clusters d'un arbre T compatible avec T.
  33. 33. Reconstruction depuis les clusters {arbres} {clusters} super-réseau N super-réseau N' N plus complexe que N'
  34. 34. Plan • Les réseaux phylogénétiques à structure arborée • Reconstruction depuis des clusters • Une approche en deux étapes • L'ensemble minimum de réticulations • L'attachement minimum • L'implémentation dans Dendroscope
  35. 35. Une approche en deux étapes 1- Trouver un ensemble minimum de conflits parmi les clusters : - partie sans conflits arbre, - taxons impliqués dans des conflits sous les réticulations. MAXIMUM COMPATIBLE SUBSET 2- Attacher les taxons impliqués dans des conflits à l'arbre avec un nombre minimal d'arcs. MINIMUM ATTACHMENT PROBLEM
  36. 36. Une approche en deux étapes 1- Trouver un ensemble minimum de conflits parmi les clusters : - partie sans conflits arbre, - taxons impliqués dans des conflits sous les réticulations. MAXIMUM COMPATIBLE SUBSET 2- Attacher les taxons impliqués dans des conflits à l'arbre avec un nombre minimal d'arcs. MINIMUM ATTACHMENT PROBLEM
  37. 37. Plan • Les réseaux phylogénétiques à structure arborée • Reconstruction depuis des clusters • Une approche en deux étapes • L'ensemble minimum de conflits • L'attachement minimum • L'implémentation dans Dendroscope
  38. 38. L'ensemble minimum de conflits Clusters incompatibles si ni inclus ni disjoints : A B Graphe d'incompatibilité d'un ensemble de clusters : - un cluster par sommet, - une arête entre deux clusters incompatibles. Exemple : {{a,b},{a,b,x},{a,x},{b,x},{b,y},{c,d},{c,d,x,y},{c,x},{d,y},{x,y}} ab abx Problème : xy ax pour chaque composante connexe du graphe, enlever le dy bx nombre minimum de taxons pour cx by supprimer toutes les arêtes. cdxy cd
  39. 39. L'ensemble minimum de conflits Exemple : {{a,b},{a,b,x},{a,x},{b,x},{b,y},{c,d},{c,d,x,y},{c,x},{d,y},{x,y}} ab abx Problème : pour chaque composante xy ax connexe du graphe, enlever un dy bx nombre minimum de taxons pour supprimer toutes les arêtes. cx by cdxy cd ({b},{a},{x}) ({x},{b},{y}) ({a},{b},{x}) ({b},{x},{c,d,y}) ({a},{b},{y}) ({b},{x},{c}) Déclaration ({a,x},{b},{y}) ({b},{x},{y}) ({a,b},{x},{c,d,y}) ({b},{y},{c,d,x}) d'incompatibilités : ({a,b},{x},{c}) ({b},{y},{d}) (AB,A∩B,BA) ({a,b},{x},{y}) ({b},{y},{x}) A B ({a},{x},{b}) ({d},{c},{x}) ({a},{x},{c,d,y}) ({c},{d},{y}) pour tous clusters A et B ({a},{x},{c}) ({c},{x},{y}) incompatibles ({a},{x},{y}) ({d},{y},{x})
  40. 40. L'ensemble minimum de conflits Exemple : {{a,b},{a,b,x},{a,x},{b,x},{b,y},{c,d},{c,d,x,y},{c,x},{d,y},{x,y}} ab abx Problème : pour chaque composante xy ax connexe du graphe, enlever un dy bx nombre minimum de taxons pour supprimer toutes les arêtes. cx by cdxy cd ({b},{a},{x}) ({x},{b},{y}) ({a},{b},{x}) ({b},{x},{c,d,y}) ({a},{b},{y}) ({b},{x},{c}) Choisir un nombre ({a,x},{b},{y}) ({b},{x},{y}) minimum de taxons ({a,b},{x},{c,d,y}) ({b},{y},{c,d,x}) pour supprimer un élément ({a,b},{x},{c}) ({b},{y},{d}) ({a,b},{x},{y}) ({b},{y},{x}) dans chaque déclaration ({a},{x},{b}) ({d},{c},{x}) d'incompatibilité ({a},{x},{c,d,y}) ({c},{d},{y}) ({a},{x},{c}) ({c},{x},{y}) A B ({a},{x},{y}) ({d},{y},{x})
  41. 41. L'ensemble minimum de conflits Exemple : {{a,b},{a,b,x},{a,x},{b,x},{b,y},{c,d},{c,d,x,y},{c,x},{d,y},{x,y}} ab abx Problème : pour chaque composante xy ax connexe du graphe, enlever un dy bx nombre minimum de taxons pour supprimer toutes les arêtes. cx by cdxy cd ({b},{a},{x}) ({x},{b},{y}) ({a},{b},{x}) ({b},{x},{c,d,y}) ({a},{b},{y}) ({b},{x},{c}) Choisir un nombre ({a,x},{b},{y}) ({b},{x},{y}) minimum de taxons (x et y) ({a,b},{x},{c,d,y}) ({b},{y},{c,d,x}) pour supprimer un élément ({a,b},{x},{c}) ({b},{y},{d}) dans chaque déclaration ({a,b},{x},{y}) ({b},{y},{x}) ({a},{x},{b}) ({d},{c},{x}) d'incompatibilité ({a},{x},{c,d,y}) ({c},{d},{y}) ({a},{x},{c}) ({c},{x},{y}) A B ({a},{x},{y}) ({d},{y},{x})
  42. 42. L'ensemble minimum de conflits Problème : enlever un nombre minimum k de taxons pour supprimer toutes les incompatibilités pour un ensemble H de déclarations d'incompatibilité. NP-complet dans le cas général Steel & Hamel, AML, 1996 NP-complet sur un graphe connexe, sans taxons “jumeaux” réduction depuis le cas général Algorithme FPT en O(3k k |H|) sur un graphe connexe, sans taxons “jumeaux” algorithme incrémental basé sur le choix du candidat de taille minimale qui résout le plus d'incompatibilités pour tenter de lui faire résoudre l'incompatibilité suivante (implémenté dans Dendroscope 2).
  43. 43. Plan • Les réseaux phylogénétiques à structure arborée • Reconstruction depuis des clusters • Une approche en deux étapes • L'ensemble minimum de conflits • L'attachement minimum • L'implémentation dans Dendroscope
  44. 44. L'attachement minimum Etape précédente : ensemble minimum de taxons R tels que les clusters sur XR sont compatibles (avec un arbre T). T : arbre représentant ab cd les clusters sur XR abx cdxy ax bx cx dy by a b c d XR xy B : réseau représentant les B clusters maximaux sur R et x y les singletons de R. R Problème : Attacher T à B avec le minimum de liens.
  45. 45. L'attachement minimum T ab cd abx cdxy ax bx cx dy by a b c d xy B x y C1 - Satisfaction des clusters de T : Pour tout arc e de l'arbre T et tout taxon r de R contenu dans un cluster de e, il existe un lien depuis un des descendants de e dans T vers le noeud correspondant à r dans B, ou un noeud de B correspondant à un cluster maximal qui contient r.
  46. 46. L'attachement minimum T ab cd abx cdxy ax bx cx dy by a b c d xy B x y C1 - Satisfaction des clusters de T : Pour tout arc e de l'arbre T et tout taxon r de R contenu dans un cluster de e, il existe un lien depuis un des descendants de e dans T vers le noeud correspondant à r dans B, ou un noeud de B correspondant à un cluster maximal qui contient r.
  47. 47. L'attachement minimum T ab cd abx cdxy ax bx cx dy by a b c d xy B x y C1 - Satisfaction des clusters de T : Pour tout arc e de l'arbre T et tout taxon r de R contenu dans un cluster de e, il existe un lien depuis un des descendants de e dans T vers le noeud correspondant à r dans B, ou un noeud de B correspondant à un cluster maximal qui contient r.
  48. 48. L'attachement minimum T ab cd abx cdxy ax dy cx a b c d xy B x y C2 - Satisfaction de la paternité des noeuds de B : Tout noeud de B correspondant à plus d'un taxon est relié à un noeud de T par un lien exactement.
  49. 49. L'attachement minimum T ab cd abx cdxy ax dy cx a b c d xy B x y C2 - Satisfaction de la paternité des noeuds de B : Tout noeud de B correspondant à plus d'un taxon est relié à un noeud de T par un lien exactement.
  50. 50. L'attachement minimum T ab cd abx cdxy ax dy cx a b c d xy B x y C2 - Satisfaction de la paternité des noeuds de B : Tout noeud de B correspondant à plus d'un taxon est relié à un noeud de T par un lien exactement.
  51. 51. L'attachement minimum T ab cd abx ax bx cx by a b c d xy B x y C3 – Absence de parasites des clusters de T dans B : Pour tout arc e de T, si un cluster correspondant à e ne contient pas un taxon r de R, il existe un chemin d'un noeud qui ne descend pas de e vers le noeud associé à r.
  52. 52. L'attachement minimum T ab cd abx ax bx cx by a b c d xy B x y C3 – Absence de parasites des clusters de T dans B : Pour tout arc e de T, si un cluster correspondant à e ne contient pas un taxon r de R, il existe un chemin d'un noeud qui ne descend pas de e vers le noeud associé à r.
  53. 53. L'attachement minimum T ab cd abx ax bx cx by a b c d xy B x y C3 – Absence de parasites des clusters de T dans B : Pour tout arc e de T, si un cluster correspondant à e ne contient pas un taxon r de R, il existe un chemin d'un noeud qui ne descend pas de e vers le noeud associé à r.
  54. 54. L'attachement minimum T ab cd abx cdxy ax bx cx dy by a b c d xy B x y Problème : Trouver un attachement respectant les contraintes C1, C2, et C3 et de taille minimale.
  55. 55. L'attachement minimum Problème : Trouver un attachement respectant les contraintes C1, C2, et C3, et de taille minimale. NP-complet réduction depuis SetCover W[2]-dur, paramétré par le nombre de liens à ajouter. réduction depuis SetCover Algorithmes : - Séparation et évaluation (branch-and-bound, implémenté dans Dendroscope 2) - Programme linéaire en nombres entiers
  56. 56. Plan • Les réseaux phylogénétiques à structure arborée • Reconstruction depuis des clusters • Une approche en deux étapes • L'ensemble minimum de conflits • L'attachement minimum • L'implémentation dans Dendroscope
  57. 57. L'implémentation dans Dendroscope google(phylogenetic networks) → http://www.lirmm.fr/~gambette/PhylogeneticNetworks
  58. 58. L'implémentation dans Dendroscope google(phylogenetic networks) → http://www.lirmm.fr/~gambette/PhylogeneticNetworks
  59. 59. L'implémentation dans Dendroscope google(Dendroscope) → http://www.dendroscope.org
  60. 60. L'implémentation dans Dendroscope
  61. 61. L'implémentation dans Dendroscope
  62. 62. L'implémentation dans Dendroscope
  63. 63. L'implémentation dans Dendroscope Données fournies par le Grass Phylogeny Working Group, Phylogeny and subfamilial classification of the grasses (poaceae), Annals of the Missouri Botanical Garden, 88(3), 373-457 (2001), Données utilisées également par Bordewich, Linz, St John et Semple dans A reduction algorithm for computing the hybridization number of two trees, Evolutionary Bioinformatics, 3, 86-98, 2007.
  64. 64. L'implémentation dans Dendroscope
  65. 65. Merci pour votre attention ! http://www.lirmm.fr/~gambette
  66. 66. Merci pour votre attention ! Réseau phylogénétique à structure arborée des clusters de co-publication http://www.lirmm.fr/~gambette
  67. 67. Annexe : figures (éventuellement) utiles Données de : Auch, Steigele, Huson, Henz – Horizontal gene transfer in a common set of prokariotic genes, in preparation.
  68. 68. Annexe : tableau (éventuellement) utile
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