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Clasificación
 

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    Clasificación Clasificación Presentation Transcript

    • Nucleoide Citoplasma MembranaCápsula celular Pared Flagelo Pili celular
    • Reino Animalia Clasificación tradicional Reino PlantaeTres Reinos:Sistema de Haeckel(1894) Protistas atípicos Reino     Protozoa Protistas Protophyta Reino Planta Reino Animal
    • Esquema de Dominio Reino BacteriaMargulis: dos Prokarya  dominios y 5 reinos   Reino Protoctista  (1988-1996) Reino Fungi Dominio Eukarya Reino Plantae Reino Animalia Dominio Subdominio EubacteriaCuatro Prokaryota Subdominio ArchaebacteriaSubdominios Dominio (Mayr 1990) Eukaryota Subdominio Protista     Subdominio Reino Metaphyta (Plants) Metabionta Reino Fungi Reino Animalia
    •     Reino MychotaSistema de Copeland: cuatroReinos (1956)      Reino Protoctista     Reino Plantae     Reino Animalia     Reino Monera     Reino Protista Whittaker: Cinco Reinos (1969)      Reino Plantae     Reino Fungi     Reino Animalia
    • Tres Dominios (Woese 1990) Dominio Bacteria Dominio Archaea Dominio Eucarya Cavalier-Smith 1998 Superreino Prokaryota Reinos BacteriaSuprareinos y Seis Reinos Superreino Eukaryota Reino Protozoa Reino Animalia Reino Fungi Reino Plantae Reino Chromista
    • La línea verde indica origen  bacteriano de los cloroplastosLa línea roja indica origen  bacteriano de las mitocondrias
    • DOMINIOS: Caracteres que los definen BACTERIA ARCHEA EUKARYA Células  procariotas eucariotasNúcleo con NO SIMembranas enlazados por enlaces eter, enlazados por lipídicas éster,  ramificado éster, no ramificados no ramificadosorganelas NO SI  ribosomas 70S 80S
    • La taxonomía es la ciencia de la clasificación, agrupa y separa losorganismos vivos de acuerdo a sus características fenotípicas ogenéticas. Para propósitos de clasificación, los organismos usualmenteson reconocidos en órdenes superiores, familias, géneros, especies ysubespecies. Es una ciencia ARTIFICIAL, influida por los avances en las ARTIFICIAL técnicas. SE DIVIDE 2. CLASIFICACION 3. NOMENCLATURA 4. IDENTIFICACION
    • “Es la ordenación de los microorganismos en grupos o taxones en función de semejanzas mutuas o de parentesco evolutivos” El objetivo es el de ser ESTABLE, OBJETIVA Y PREDICTIVA
    • “Es la asignación de un nombres específico a los grupos taxonómicos de acuerdo a criterios y normas preestablecidas y adminitidas internacionalmente”
    • “Es la parte práctica de la taxonomía, dado que permite encuadrar undeterminado organismo en un grupo taxonómico previamenteestablecido”
    • Las distintas categorías taxonómicas se definen por las propiedades ycaracterísticas que poseen las bacterias que las integran.Los datos reciben el nombre de caracteres taxonómicos. E incluyen taxonómicoscaracteres fenotípicos, genéticos y quimiotaxonómicos. quimiotaxonómicos
    • FENOTÍPICOS• 1) MORFOLÓGICOS• 2) BIOQUÍMICAS/FISIOLÓGICAS• 3) SEROLÓGICAS• 4) FAGOTIPIA• 5) PRUEBAS DE INHIBICIÓN
    • GENÉTICOS• 1 ) ADN / ARN: contenido de G+C, hibridación ADN-ADN, secuenciación del ARNr
    • QUIMIOTAXONÓMICOS• 1) MEMBRANA CITOPLASMÁTICA: ácidos grasos, tipos de lípidos polares, presencia de ácidos micólicos• 2) PARED CELULAR: tipos de peptidoglucano, presencia de ácidos teicoicos• 3) PROTEÍNAS: comparación perfil proteínas, secuencia de aminoácidos
    • TA ENFOQUEX CLÁSICOON TAXONOMÍA NUMÉRICAOMÍ ENFOQUE GENÉTICO O MOLECULARA
    • RASGO O CARACTERISTICAForma Constituyentes de pared celularTamaño Fuente de energíaMorfología de colonia Productos de fermentación Temperatura óptima de desarrollo yCaracterísticas ultraestructurales rangoTinción Tolerancia osmóticaMecanismo de motilidad Relación con el oxígenoInclusiones celulares pH óptimo y rango Sensibilidad a inhibidores yFuentes de carbono y nitrógeno antibióticos
    • Usa las características bioquímicas, morfológicas y culturales, así comolas susceptibilidad a los antibióticos y compuestos inorgánicos, paradeterminar el grado de similitud entre organismos.Se calcula luego un coeficiente o porcentaje de similitud. similitudSe construye un dendrograma o matriz de similitudes entre losorganismos.
    • Ejemplo de codificación de datos Estados Característico Cepa A Cepa B Cepa C Cepa D1 s + + - 02 + + + +3 + + + -4 - + 0 05 + + + +6 + + - +7 + + - 08 0 - + +9 + + + +10 + + + -11 + 0 - 012 + + + -
    • Coeficiente %S dispuesto de manera arbitraria 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 121 100 50 48 56 84 49 39 51 52 51 53 482 50 100 50 85 51 53 43 51 93 49 48 943 48 50 100 52 50 34 32 86 52 93 89 504 56 85 52 100 57 54 39 58 93 54 52 895 84 51 50 57 100 51 41 52 53 52 56 596 49 53 34 54 51 100 89 80 55 82 87 537 39 43 41 39 41 89 100 29 43 29 39 448 51 51 85 58 52 80 29 100 80 88 78 519 52 93 52 93 53 55 43 80 100 51 50 8910 51 49 93 54 52 82 82 29 88 100 81 4911 53 48 89 52 56 87 39 78 50 81 100 4812 48 94 50 89 59 53 44 51 89 49 48 100
    • 212 944 85 89 %S agrupados9 93 89 933 50 50 52 5210 49 49 54 51 9311 48 48 52 50 89 818 51 51 58 80 86 88 786 53 53 54 55 34 82 87 807 43 44 39 43 32 29 39 29 891 50 48 56 52 48 51 53 51 49 395 51 59 57 53 50 52 56 56 51 41 84 2 12 4 9 3 10 11 8 6 7 1
    • DENDROGRAMA GRUPO50 60 70 80 90 100 C freundii 1 Citrobacter C diversus 2 Escherichia coli 3 GÉNERO Y ESPECIE
    • El significado ideal de la identificación y clasificación debe ser comparar la secuencia de cada secuencia de genes en una cepa dada, con la secuencia de genes para cada especie conocida. El método que se usa es la hibridización. hibridizaciónEste método puede ser usado para medir el número de secuenciasde DNA que dos organismos cualesquiera tienen en común y paraestimar el porcentaje de divergencia dentro de las secuencias de DNAque están relacionadas pero no son idénticas.
    • VENCLASI TAJAS DE FICAC L ION G A ENETI CA • BRINDA UN CONCEPTO MÁS UNIFICADO DE ESPECIE • ES MÁS OBJETIVA Y ESTABLE • SE PUEDEN ORGANIZAR ESQUEMAS DE IDENTIFICACIÓN FIDEDIGNOS • INDICA CÓMO EVOLUCIONARON LOS MICROORGANISMOS Y CÓMO PUEDEN AGRUPARSE
    • ESPECIEGrupo taxonómico básicoMenos definido que para organismos superioresRasgos morfológicos no tan importantesPuede ser considerada como una colección de cepas quemuestras muchos rasgos en común y difierenconsiderablemente de otras cepasUna CEPA de una especie es considerada como CEPA TIPO(comparar)
    • SUBESPECIEBasada en variaciones fenotípicas y genotípicasmenores, pero constantes. Es la categoría más bajaaceptada oficialmente
    • CATEGORÍAS INFRASUBESPECIENombre preferido Sinónimo Cepas que tienen biovar biotipo prop bioquímicas o fisiológicas especiales serovar serotipo prop antigénicas distintivas patovar patotipo prop patogénicas para ciertos animales fagovar fagotipo lisis por ciertos fagos morfovar morfotipo rasgos morfológicos especiales
    • TIPOS DE CLASIFICACIÓN• 1) FENÉTICAS O FENOTÍPICAS• 2) FILOGENÉTICAS O FILÉTICAS
    • Se comparan macromoléculas que se comportan como “cronómetros evolutivos”. Sus característcias son: 3. distribución universal4. realizar la misma función en todos los seres vivos5. sus secuencias deben permitir la identificación de regiones de homología y heterogeneidad 6. la tasa de cambio de la secuencia de la macromolécula debe estar en correlación con la distancia evolutivaEL USADO ES EL ARNr, Y DENTRO DE ELLOS EL 16S
    • A. TINCIÓN: Gram, AAR, CápsulaB. MÉTODOS BIOQUÍMICOS: actividad enzimática, medios selectivosC. MÉTODOS SEROLÓGICOS: aglutinación en porta, ELISA, IFID. TIPIFICACIÓN POR BACTERIÓFAGOS: altamente específicos (placa)E. SECUECIACIÓN DE AMINOÁCIDOSF. PERFIL DE ÁCIDOS GRASOSG. COMPOSICIÓN DE BASES DEL DNA: % de G+C H. HIBRIDIZACIÓN DEL DNA
    • CULTIVO PURO MORFOLOGÍA DE COLONIA Y GRAMCARACTERÍSTICAS DE PROPIEDADES PROPIEDADES BIOQUÍMICAS CRECIMIENTO ANTIGÉNICAS CARACTERÍSTICAS GENÉTICAS O MOLECULARESPORCENTAJE DE G+C HIBRIDACION ESTABILIDAD TÉRMICA
    • DIFICULTADES EN LA IDENTIFICACIÓN• Asegurarse que se trabaja con un cultivo PURO• Trabajar desde categorías mayores a menores• APLICAR EL SENTIDO COMÚN EN CADA PASO• Usar el menor número de pruebas• Comparar el aislamiento con cepas tipo o dereferencia
    • DIFICULTADES EN LA IDENTIFICACIÓN CUANDO NO SE LOGRA IDENTIFICAR EL AISLAMIENTO:• Controlar pureza• Asegurarse que se han realizado las pruebasapropiadas• Controlar que los métodos sean confiables• Que se han usado correctamente las distintas claves ytablas
    • Diagnóstico Investigaciones Clínico No microbiológicas Tomar correctamente Rotular y embalar adecuadamente Almacenar y transportar correctamente No teñidos o teñidos con Gram u otra tinción Característica de colonia, morfología, hemólisis, pigmento, etc.Por difusión en discos Serología Tecnologías o MIC de DNA
    • CLASIFICACION DEL DOMINIO BACTERIA (Bergey 2001)El Manual Bergey categoriza a las bacterias en taxones basados en la secuencia de ARNr Por otra parte lista características identificatorias de las bacterias tales como: morfología celular, coloración de Gram, requerimientos de oxígeno las bacterias del phylum Proteobacterias son Gram negativas • Alfa Proteobacterias: los integrantes de este sub-phylum crecen con niveles bajos de nutrientes (oligotróficos), algunos poseen prostecas (prolongaciones celulares) . Incluye a fijadores de nitrógeno, quimioautotrofos y quimioheterotrofos • Beta Proteobacterias: los integrantes de este sub-phylum habitan en el agua y suelo. Algunos son patógenos humanos, incluyen quimioautotrofos y quimioheterotrofos. Bordetella, Burkholderia, Neisseria
    • • Gama Proteobacterias: incluye los ordenes Pseudomonadales, Legionellales, Vibrionales, Enterobacteriales, Pasteurellales, Francisella • Delta Proteobacterias: incluye los géneros Myxococcus yBdellovibrio, parásitos de otras bacterias y el género Desulfovibrio • Epsilon Proteobacterias: incluye los patógenos humanos Campylobacter y Helicobacter
    • Bacterias Gram negativas No-proteobacteriasLas phyla de bacterias Gram negativas no relacionadas filogeneticamente a Proteobacteria se clasifican en varios phyla de Gram negativas no Proteobacterias1. El phylum Cyanobacteria corresponde a los fotoautotrofos que utilizan la luz como fuente de energía y CO2 como fuente de carbono y producen O2 durante la fotosíntesis2. Los quimioheterotrofos incluyen Chlamydia (phylum Planctomyces), Bacteroides (phylum Bacteroides), Fusobacterium (phylum Fusobacteria) y Treponema, Borrelia y Leptospira (phylum Spirochetes). Muchos de ellos patógenos humanos
    • El Manual Bergey divide a las bacterias Gram Positivas de acuerdo a su contenido de G+C1. Bacterias Gram Positivas de alto contenido de G+C (phylum Actinobacteria) incluye el importante género Mycobacterium y los géneros filamentosos Actinomyces y Streptomyces, formadores de conidiosporas. Los no formadores Nocardia y Frankia también se incluyen aquí. Corynebacterium, Propionibacterium 2. Bacterias Gram Positivas de bajo contenido de G+C (phylum Firmicutes) incluye a las bacterias del suelo, las lácticas y numerosos patógenos. Los órdenes Clostridiales (Clostridium), Bacillales (Bacillus) Lacobacilalles (Staphylococcus, Streptococcus, Listeria y Lactobacillus). También incluye a Micoplasmas (todavía clasificados como Gram negativos), pero como se tiñen débilmente por su falta de pared, se incluyen entre las bacterias Gram positivas de bajo contenido de G+C
    • Las bacterias fotosintetizadoras verdes (sulfúreas y no sulfúreas) y las púrpuras (sulfúreas y no sulfúreas) son fotoautotrofas gram negativas que usan energíaluminosa y CO2 como fuente de carbono y no producen O2 (anoxigénicas). Se las clasifica por una parte dentro de dos sub-phyla diferentes de las Proteobacterias y por otra dentro de las no Proteobacterias
    • “El estudio científico de los tipos y diversidad deorganismos y de cualquiera y todas las relaciones entre ellos " (Simpson, 1961)
    • REINOS Animalia• 1753 C. Linnaeus 2 Reinos Plantae Animalia• 1800´s E. Haeckel 3 Reinos Plantae Protista
    • REINOS Animalia Plantae• 1969 H.R. Whitaker 5 Reinos Protista Fungi Monera Eukaryotes• 1977 C. Woese 3 Reinos Archaebacteria Eubacteria
    • REINO ProcaryotaeDIVISIÓN I: Gracilicutes CLASE I: Scotobacteria CLASE II: Anoxyphotobacteria CLASE III: OxyphotobacteriaDIVISIÓN II: Firmicutes CLASE I: Firmibacteria CLASE II: ThallobacteriaDIVISIÓN III: Tenericutes CLASE I: MollicutesDIVISIÓN IV: Mendosicutes CLASE I: Archaobacteria
    • REINO REINO Animalia ProcaryotaePhylum: Cordata GracilicutesClase: Mammalia ScotobacteriaOrden: Primates SpirochaetalesFamilia: Hominidae SpirochaetaceaeGénero: Homo TreponemaEspecie: sapiens pallidum
    • Las Proteobacterias son uno de los principales grupos de bacterias.Patógenas y de vida libre, e incluyen muchas de las bacterias responsablesde la fijación del nitrógeno.Gram negativas, con una pared celular formadaprincipalmente de lipopolisacáridos. Muchas se mueven utilizando flagelos.La mayoría de las proteobacterias son anaerobias, pero hay muchasexcepciones. La nutrición es usualmente heterótrofa,pero hay grupos querealizan fotosíntesis. Las proteobacterias se dividen en cinco grupos, usualmenteconsiderados clases, según los estudios de las secuencias de ARNr.Estos grupos se denominan según las letras griegas de alpha a epsilon
    • Proteobacterias alphaLas proteobacterias alpha abarcan la mayoría de los géneros fototrofos,pero también varios géneros que metabolizan componentes C1,simbiontes de plantas (por ejemplo, rhizobia) y de animales y ungrupo de patógenos peligrosos, Rickettsiaceae. Por otra parte, sepiensa que los precursores de las mitocondrias de la célulaseucariotas se han originado en este grupo bacteriano.
    • Proteobacterias betaLas proteobacterias beta abarcan varios grupos de las bacterias aerobiaso facultativas que son a menudo altamente versátiles en sus capacidadesde degradación, pero también contienen géneros quimiolitotróficosy algunos fototrofos. Las Proteobacterias beta juegan un papel importante en lafijación de nitrógeno en varios tipos de plantas, oxidando amonio para producirnitrito, un producto químico importante para la función de las plantas.Muchas de ellas se encuentran en muestras ambientales, tales como aguas residualeso el suelo. Especies patógenas dentro de esta clase son Neisseriaceae(que causa gonorrea y meningoencefalitis) y las especies del género Burkholderia.
    • Proteobacterias gammaLas proteobacterias gamma abarcan varios grupos de bacterias importantes parala ciencia y la medicina tales como Enterobacteriaceae, Vibrionaceae yPseudomonadaceae. Este grupo incluye varios patógenos importantes, como por ejemplo, Salmonella(enteritis y fiebre tifoidea), Yersinia (peste), Vibrio (cólera), Pseudomonas aeruginosa (infecciones del pulmón en pacientes hospitalizados o con fibrosis quística).
    • Proteobacterias deltaAbarcan un grupo de géneros predominante aerobios, myxobacteria, queforman cuerpos fructíferos y un grupo de géneros estrictamente anaerobios,que contienen la mayor parte de las bacterias reductoras de sulfato y de lasbacterias reductoras de sulfuro junto con otras bacterias anaerobias condiferente fisiología.
    • Proteobacterias epsilonComprenden solamente unos pocos géneros, principalmente Wolinella, Helicobacter yCampylobacter,que tienen forma helicoidal. La mayor parte de las especies conocidashabitan en el tracto digestivo de seres humanos y animales y proporcionan servicio comosimbiontes (Wolinella en el ganado vacuno) o son patógenos (Helicobacter en elestómago, Campylobacter en el duodeno). También se han recuperado numerosassecuencias ambientales de respiraderos fríos e hidrotermales.